AKTIVITAS FLAVONOID SEBAGAI SENYAWA ALAMI DAUN KELOR

(Moringa oleifera L) DALAM MENGHAMBAT ANTIDIABETES

MENGGUNAKAN METODE MOLEKULER DOCKING

Rezky Marwa Ulfa, Sulfahri

Fakultas Ilmu Biomedik, Universitas Hasanuddin, Makassar, Indonesia.

ABSTRAK
Diabetes mellitus adalah penyakit gangguan endokrin yang ditandai dengan
ketidakmampuan sel-sel tubuh untuk mempergunakan glukosa. Karakteristik utama
dari penyakit ini yaitu peningkatan level glukosa, (hiperglikemia) yang disebabkan
oleh karena menurunnya produksi insulin, disfungsi insulin atau menurunnya respon
reseptor insulin pada organ target, seperti otot-otot rangka dan liver. Proses docking
dilakukan menggunakan Autodock Vina. Simulasi molecular docking dilakukan untuk
menguji potensi senyawa flavonoid yang terkandung dalam daun kelor untuk menguji
sebagai inhibitor enzim alpha glukosidase. Senyawa flavonoid memiliki afinitas
terhadap Protein Cytomichrome. Flavonoid memiliki mekanisme molekuler dalam
menghambat eznim diabetes yang ditunjukkan melalui pembentukan ikatan hidrogen
pada protein cytomichrom.

ABSTRACT
Diabetes mellitus is an endocrine disorder characterized by the inability of
the body's cells to use glucose. The main characteristic of this disease is an increase
in glucose level, (hyperglycemia) caused by decreased insulin production, insulin
dysfunction or decreased insulin receptor response in target organs, such as skeletal
muscles and liver. The docking process is done using Autodock Vina. Molecular
docking simulations were carried out to test the potential of flavonoid compounds
contained in Moringa leaves to test as alpha glucosidase enzyme inhibitors.
Flavonoid compounds have an affinity for Cytomichrome Proteins. Flavonoids have
a molecular mechanism in inhibiting the diabetic enzyme which is shown through the
formation of hydrogen bonds in cytomichrome proteins.
PENDAHULUAN

Diabetes mellitus adalah penyakit gangguan endokrin yang ditandai

dengan ketidakmampuan sel-sel tubuh untuk mempergunakan glukosa.

Karakteristik utama dari penyakit ini yaitu peningkatan level glukosa,

(hiperglikemia) yang disebabkan oleh karena menurunnya produksi insulin,

disfungsi insulin atau menurunnya respon reseptor insulin pada organ target,

seperti otot-otot rangka dan liver. (Suyono. 2009)

Menurut American Diabetes Association (ADA) 2005, Diabetes Melitus

(DM) merupakan suatu kelompok penyakit metabolik dengan karakteristik

hiperglikemia yang terjadi karena kelainan sekresi insulin, kerja insulin atau

keduaduanya. (Soegondo,S. 2011). Hiperglikemia yang timbul pada diabetes

melitus disebabkan oleh transport glukosa yang tidak adekuat dari pembuluh

darah ke sel-sel hati dan otot. Diabetes melitus ditandai dengan tiga gejala klasik

seperti poliuria, polidipsi dan polifagi. (Desmukh, et al. 2011)

Flavonoid adalah suatu keluarga besar berasal dari metabolit sekundert

tanaman yang memiliki berbagai fungsi biologis yang menakjubkan dan berbeda.

Di antaranya, aktivitas antioksidan. Baru – baru ini telah dilakukan studi yang

berfokus pada potensi flavonoid untuk menengahi saraf.

Kelor atau merunggai adalah sejenis tumbuhan dari suku Moringaceae.

Tumbuhan ini dikenal dengan nama lain seperti: limaran, moringa, ben-oil,

drumstick, horseradish tree, dan malunggay di Filipina. 

BAHAN DAN METODE

Alat

Laptop dengan spesifikasi Intel® CoreTM, RAM 4 GB dan graphic card.

Perangkat lunak yang digunakan berupa sistem operasi windows 10, paket Autodock

Toolgoogle s (The Scripp Research Intitute), Open Babel 2.3.3, Autodock Vina, dan

PyMOL.

Bahan

Senyawa uji yang digunakan yaitu senyawa flavonoid. Struktur tiga dimensi

dari senyawa flavonoid di unduh pada website PubChem dengan format .sdf dan

protein target Cytochroeme yang diunduh dari situs Protein Data Bank diambil dari

https://www.rscb.org dengan format .pdb.

Prosedur Penelitian

Preparasi Protein Target

Reseptor yang digunakan diunduh dari Protein Data Bank. Reseptor yang berupa

makromolekul protein dipisahkan dari molekul lain yang tidak diperlukan beserta ligannya.

Pemisahan dilakukan menggunakan aplikasi PyMOL.

Preparasi Ligan

Ligan atau senyawa uji senyawa flavonoid dari herba Daun Kelor dibangun

menggunakan perangkat lunak Arguslab. Kemudian dilakukan Optimasi geometri

menggunakan aplikasi PyRx. Hasil optimasi tersebut kemudian dikonversi

menggunakan Open Babel untuk dijadikan file PDB. Kemudian dilakukan

penyiapan senyawa uji dengan AutodockTools1.5.6rc3.

Metode Docking dan Analisis Data

Pengaturan grid box parameter dilakukan menggunakan AutodockTools

1.5.6rc3. Koordinat grid box ditentukan berdasarkan koordinat ligan ko-kristal dari

file reseptor yang digunakan pada saat validasi, kemudian dilakukan proses

penambatan menggunakan Autodock Vina.

Penentuan konformasi ligan hasil docking (pose terbaik) dilakukan dengan

memilih konformasi ligan yang memiliki energi ikatan paling rendah. Hasil docking

dengan pose terbaik kemudian dianalisa menggunakan aplikasi PyRX. Parameter

yang dianalisa meliputi residu asam amino, ikatan hidrogen, konstanta inhibisi

prediksi, dan energi bebas ikatan.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Optimasi Stuktur 3 Dimensi Senyawa dan Ligan

Struktur 3 dimensi senyawa flavonoid dan ligan metmorfin yang diunduh dioptimasi

dengan metode komputasi di software PyMOL.

(a)
 (b)

Gambar 1. Struktur 3 Dimensi Senyawa flavonoid (a) dan Stuktur Ligan Metformin

(b)

Docking senyawa flavonoid yang telah dioptimasi pada protein target

cytochrome dilakukan menggunakan aplikasi Autodock Tools dengan prosedur dan

koordinat yang sama. Hasil docking flavonoid pada protein target cytochrome

diperoleh ikatan antara falvonoid dengan protein cytochrome, yang selanjutnya

dipilih dengan energi ikatan terendah yang menunjukkan ikatan paling stabil. Hal ini

menunjukkan sisi aktif tempat berikatan antara ligan dan senyawa pada protein

mengasilkan afinitas yang sama dalam menghambat antidiabetes.

Gambar 2. Proses Autodocking Senyawa flavonoid dan Protein Target Cytochrom

(a)

(b)

Gambar 3. Hasil visualiasia Autodock pada Software PyMOL. (a) Ikatan Senyawa
dan Protein Target pada keadaan Full dan (b) Ikatan Senaywa dan Protein Target
Setelah di Zoom.

Uji Toxicity

Uji toxicity pada senyawa flavonoid didapatkah hasil Non AMES Toxic dan

Non Carsinogens.
Uji Druglikeness

Berdasarkan uji druglikeness yaitu lipisnki didapatkan hasil pada eugenol uji

lipinski yaitu yes yang berarti memenuhi kriteria molekuler docking.

Gambar 4. Hasil uji lipisnki senyawa flavonoid

KESIMPULAN

Senyawa flavonoid memiliki afinitas terhadap Protein Cytomichrome.

Flavonoid memiliki mekanisme molekuler dalam menghambat eznim diabetes yang

ditunjukkan melalui pembentukan ikatan hidrogen pada protein cytomichrom.

DAFTAR PUSTAKA

ADA (The American Diabetes Association). Clinical Practice Recommendations.

Diabetes Care 2014. 37(Suppl 1): s14.

Desmukh, J., Basnaker, M., Kulkarni, V.K., and Katti G. Periodontal Disease and
Diabetes – A Two way Street Dual Highway, Peoples’s Journal of Scientific
Research 2011; 4(2): 65-72.

Suyono, S. Buku Ajar Ilmu Penyakit Dalam Edisi Kelima. Jakarta: Interna
Publishing. 2009; 1877-84.