KONSEP DASAR BIOLOGI MOLEKULER

(Soal Jawab)

Bertujuan untuk menjadi landasan penguasan konsep molekuler bagi kelas mata
kuliah biologi molekuler

Oleh :
Dr. Mokosuli Yermia Semuel, SSi, MSi
NIP. 198003212005011002

UNIVERSITAS NEGERI MANADO

PROGRAM STUDI BIOLOGI

Created : Dr. Yermia S. Mokosuli, SSi, MSi

1. DNA bersifat asam, basa atau netral ? jelaskan
Jawab :
Deoxyribonukleic acid (DNA)atau asam deoksiribonuklat merupakan polinulkelotida yang
berarti tersusun atas unit-unit dasar yang disebut nukleotida. Satu nukleotida DNA terdiri
atas : gugus fosfat, gula deoksiribosa dan satu jenis basa nitrogen. Struktur nukleotida
adalah sebagai berikut :

Ujung fosfat dari nukleotida bersifat negatif sehingga bersifat asam akan tetapi nukleotida
DNA juga mengandung unsur basa yaitu basa nitogen (salah satu dari Adenin, Timin,
Sitosin dan Guanin). Dengan adanya bagian asam dan basa maka molekul DNA dapat
saling menetralkan.

2. Apa unit dasar kromosom?

Jawab :
Kata Kromosom berasal dari bahasa Yunani Krom (warna) dan soma (tubuh). Kromosom
hanya nampak pada saat pembelahan sel dan akan nampak sangat jelas pada fase
metafase. Kromosom terdapat di nukleus dan mengandung pembawa informasi genetik
suatu species yaitu DNA. DNA yang terdapat dalam kromosom terlilit pada protein yang
disebut protein histon. Jadi dapat disimpulkan bahwa unit dasar kromosom adalah DNA
sementara DNA tersusun atas deretan gen-gen. Unit dasar penyusun gen adalah
nukleotida.

Created : Dr. Yermia S. Mokosuli, SSi, MSi

3. Sebutkan komponen penyusun nukleotida!
Jawab :
Satu nukleotida DNA terdiri atas : gugus fosfat, gula deoksiribosa dan satu jenis basa
nitrogen. Struktur nukleotida adalah sebagai berikut :

Karena basa nitrogen terdiri atas purin : guanin (G) dan adenin (A) dan pirimidin : sitosin
(C) dan timin (T) maka nukleotida penyusun DNA terdapat 4 jenis berdasarkan jenis basa
nitrogen yaitu:
- Nukleotida Adenin
- Nukleotida timin
- Nukleotida sitosin
- Nukleotida guanin

Created : Dr. Yermia S. Mokosuli, SSi, MSi

4. Jelaskan struktur DNA double helix
Jawab :
Berdasarkan hasil penelitian Franklin Gosling dan M.H.F. Wilkins tahun 1952 pada DNA
dengan menggunakan sinar X maka J. D. Watson dan F.H.C. Crick pada tahun 1953
mengemukkan model struktur molekul DNA double helix ( beruntai ganda) dimana
tersusun atas :
a. Gula dan gugus fosfat sebagai induk tangga
b. Basa nitrogen dengan pasangannya sebagai anak tangga.

5. Mengapa struktur DNA double helix antipararel? Jelaskan

Jawab :
Struktur DNA bersifat antipararel memungkinkan masing-masing untai pada DNA dapat
menjadi templete dalam proses replikasi DNA. Hal ini DNA parental dan DNA anakan hasil
replikasi bersifat sama sehingga informasi genetik terkonservasi dari generasi ke generasi.
Arah polinukleotida DNA dapat berdasarkan pada ikatan fosfodiester antar nukleotida
(diester : 2 ikatan antara gugus –OH yang bereaksi dengan gugus fosfat yang bersifat
asam). Pada punggung gula fosfat DNA, gugus fosfat terhubung dengan atom carbon 3’ dari
molekul gula deoksiribosa dan selanjutnya pada atom carbon 5’. Dua ujung dari rantai
polinukleotida berbeda. Pada ujung yang satu yang tidak berikatan dengan nukleotida
adalah ujung 5’ (gugus fosfat (-OPO3-) dimana bagian ujung ini sering disebut ujung 5’.
Pada ujung yang lain yang juga tidak berikatan dengan nukleotida juga disebut ujung 3’
(mengandung gugus hidroksil -OH). Pada DNA arah replikasi adalah 5’ → 3’, dimana pada
DNA doble helix tsb ujung 5’ akan berikatan dengan ujung 3’ pada untai berikutnya. Hal
inilah yang menyebabkan DNA doble helix disebut bersifat antipararel.

Created : Dr. Yermia S. Mokosuli, SSi, MSi

6. DNA bermuatan positif atau negatif? Mengapa
Jawab :
DNA memiliki bagian punggung fosfat yang bermuatan negatif yang memungkinkan
terjadi pengikatan antara nukleotida pada saat replikasi DNA pada lagging strand yang
bersifat diskontinu.

7. Deskripsikan tentang nukleosom dan solenoid

Jawab
Nukleosom adalah kompleks protein histon. Nukleosom adalah unit dasar dari kromatin.
Nukleosom yang membentuk lipatan melingkar disebut solenoid. Solenoid berhubungan
dengan bentuk lipatan atau supercoil DNA pada kromatin. Struktur solenoid akan
membentuk struktur spiral dan selanjutnya melekat pada protein scaffold membentuk
struktur kromosom yang terlihat pada mitosis dan meiosis.

The fundamental unit of organization in the chromatin of eukaryotic cells is the nucleosome,
which consists of histones and a 200 bp segment of DNA. A core protein particle containing
eight histones (two copies each of histones H2A, H2B, H3, and H4) is encircled by a

Created : Dr. Yermia S. Mokosuli, SSi, MSi

 segment of DNA (about 146 bp) in the form of a left-handed solenoidal supercoil.
Nucleosomes are organized into 30 nm fibers, and the fibers are extensively folded to
provide the 10,000-fold compaction required to fit a typical eukaryotic chromosome into a
cell nucleus. The higher-order folding involves attachment to a nuclear scaffold that
contains histone H1, topoisomerase II, and SMC proteins. (Nelson dan Cox, 2005).

8. Apa perbedaan fungsi protein histon dan non histon

Jawab :
Kromosom eukariotik terdiri atas komponen DNA dan protein yang dikenal sebagai
protein histon dan non histon. Protein histon berperan secara struktural pada kromosom
sedangkan protein non histon berperan dalam meregulasi ekspresi gen.
Protein histon mengemas DNA menjadi bentuk nukleosom sedangkan protein non histon
protein dalam bentuk benang-benang yang menstabilkan kromatin. Histon bersifat basa
sehingga dapat menetralkan DNA.

Created : Dr. Yermia S. Mokosuli, SSi, MSi

 SOAL LATIHAN hal 39-40

1. Bagaimana hubungan antara pemindahan informasi genetik dari sel ke sel dengan
replikasi?
Jawab :
Pemindahan informasi genetik atau transmisi informasi genetik dari sel ke sel
berlangsung pada salah satu tahap dalam siklus sel yang disebut tahap sintesis. Pada tahap
ini terjadi replikasi DNA secara semikonservatif dimana DNA replikan akan sama persis
dengan DNA parental sehingga sel hasil pembelahan akan mewarisi informasi genetik atau
DNA yang sama dengan sel sebelumnya atau sel parental. Pada sel prokariot yang
pembelahan selnya terjadi secara langsung tanpa melalui siklus sel akan tetapi proses
replikasi DNA tetap berlangsung sama.

Gambar Siklus Sel pada eukariotik.

Penjelasan tahapan dalam siklus sel :

Fase M adalah periode dimana sel-sel mempersiapkan diri untuk sitokenesis. Fase M (fase
mitosis atau mitosis). Selama mitosis kromosom berpasangan dan kemudian membelah pada
pembelahan sel. Kejadian pada tahap ini membawa pada tahap/tahap dalam pembelahan sel
yaitu profase, metafase, anafase dan telofase.
Fase G1 , proses yang terjadi dalam siklus sel mengikuti sitokenesis. Selama fase ini sel-sel
ditentukan apakah akan tetap bertahan dan melangsungkan siklus atau mengahiri diferensiasi.
Tahap inilah yang banyak dikaji dalam hubungan dengan apoptosis. Jika tidak terjadi
diferensiasi lagi setelah sitokenesis maka disebut fase G0. fase G0 ini dapat diinduksi lagi
setelah beberapa waktu tidak berdiferensiasi dengan stimulus spesifik untuk memasuki kembali
siklus sel pada fase G1. selama G1 sel akan memulai sintesis semua komponen seluler yang
dibutuhkan untuk menghasilkan kembali 2 sel indetik. Sebagai akibatnya ukuran sel mulai
bertambah selama G1.
Fase S, fase dalam siklus sel dimana DNA direplikasi. Fase ini merupakan fase sintesis DNA.
Protein tertentu di sintesis dalam fase S, seperti histon.
Fase G2, dicapai setelah replikasi DNA komplete. Selama G2 kromosom mulai berkondensasi,
nukleus mulai tidak tampak dan mikrotubul terorganisir pada bagian pusat memulai polimerisasi
tubulin untuk menghasilkan spindel pole.

Created : Dr. Yermia S. Mokosuli, SSi, MSi

2. Replikasi DNA memerlukan banyak enzim dan protein. Sebutkan 5 enzim yang
terlibat dalam replikasi DNA dan jelaskan masing-masing perannya.
Jawab :
a. Girase : bertugas melepatkan lilitan DNA
b. Primase : mengkatalisis sintesis RNA primer pada DNA untai tunggal yang digunakan
oleh DNA polimerase memulai fragmen Okazaki pada lagging strand.
c. DNA polimerase : berperan dalam pemanjangan nukleotida DNA. DNA polimerase
berperan menggabungkan deoksiribonukleosida trifosfat dNTP. DNA polimerase terdiri
atas DNA polimerase I, II dan III.
d. Helicase : berfungsi dalam membuka untai DNA doble helix untuk proses replikasi.
Helikase membuka untai DNA double helix menjadi untai tunggal
e. DNA ligase : berperan dalam menyambung fragmen DNA, nampak jelas pada
pemanjangan rantai DNA yang bersifat diskontinu.
f. Topoisomerase : berperan dalam membentuk topologi DNA

3. Bagaimana mekanisme dasar replikasi DNA pada bakteri ?

Jawab :
Pada bakteri replikasi dimulai pada tempat awal replikasi yang disebut ORI (origin of
replication). Proses replikasi dimulai dengan pembentukan garpu replikasi yang dalam
pembentukannya melibatkan berbagai jenis enzim. Enzim girase bertugas melepaskan
lilitan DNA, helikase berperan memisahkan untai DNA menjadi untai tunggal pada daerah
ORI sehingga akan terbentuk garfu replikasi. Dua untai DNA yang sudah terpisah
distabilkan oleh Single binding protein (SSB) agar tidak mudah patah atau terurai
sehingga dapat menjadi templete DNA baru. Proses replikasi DNA membutuhkan DNA
polimerase III yakni enzim yang menggabungkan bahan pembentuk DNA
(deoksiribonukleosida trifosfat) menjadi DNA baru.

Secara Ringkas replikasi DNA adalah :

Replikasi DNA terjadi pada bentuk Y dari untai DNA yang disebut garpu replikasi.
DNA polimerase mengkatalisis reaksi polimerasi mulai dari arah 5’ ke 3’, pengkopian strand
DNA tempelete dengan sangat akurat. Dua strand DNA Double helix bergerak antipararel,
sintesis DNA dengan arah 5’ ke 3’ berlangsung kontinu hanya strand pada garfu replikasi
(leading strand). Pada lagging strand, sintesis di mulai pada RNA primer yang bersifat
semikontinu. Replikasi DNA membutuhkan banyak kerja enzim/protein. Termasuk didalamnya
: 1) DNA polimerase dan DNA primase yang mengkatalisis polimerasi nukleosida trifosfat.
2)DNA helikase dan protein single strand DNA-binding (SSB) yang berperan membuka helix
DNA sehingga dapat dikopi. 3) DNA ligase, enzim yang mendegradasu DNA primer dan
menyambungkan sintesis langging strand DNA dan 4). DNA topoisomerase yang berperan
membentuk relive lilitan helikal DNA. Kebanyakan protein ini bekerja sama satu dengan
lainnya pada garfu replikasi membentuk mesin replikasi yang efesien.

Pada bakteri misalnya pada E. coli. memiliki DNA sirkuler yang disebut Plasmid hanya
memiliki satu titik awal replikasi (ORI). Pada proses replikasi ini untai induk akan
memisah pada bagian ORI membentuk bubble replication dengan 2 garpu replikasi.

4. Deskripsikan tentang fragmen okazaki!

Jawab :
Pada satu strand, strand yang baru disintesis dengan arah 5’ → 3’ dan strand ini disebut leading
strand. Pada strand yang lain, fragmen kecil DNA disintesis dengan arah 5’ → 3’, sintesis

Created : Dr. Yermia S. Mokosuli, SSi, MSi

 fragmen kecil ini berlangsung secara diskontinu pada arah 5’ → 3’, strand ini disebut langging
strand.

Bagaimana lagging strand disintesis ?

Sintesis diskontinu (panah biru) ditemukan oleh Dr. Reiji Okazaki. Fragmen DNA kecil
pada langging strand ini kemudian disebut fragmen okasaki.

5. Apa rasionalnya bahwa replikasi pada sel eukariotik diawali pada banyak ori.
Jawab :
Origins of replication (ORI) disebut juga Autonomously Replicating Sequences (ARS) atau
replicators. Pada eukariotik memiliki banyak gen yang direplikasi sehingga membutuhkan
banyak daerah ORI. Ukuran kromosom eukariotik lebih besar dibandingkan dengan ukuran
kromosom prokariotik.
Pada eukariotik mengandung beberapa ribu replikon masing-masing berukuran 50.000 –
300.000 bp. Setiap pusat replikon adalah ORI, tempat sintesis DNA di mulai.

Created : Dr. Yermia S. Mokosuli, SSi, MSi

6. Jelaskan mengapa pada replikasi DNA semikonservatif pita ‘3-5’ yang dicetak
bersifat diskontinu?
Jawab :
Karena struktur molekul DNA bersifat antipararel dengan arah replikasi 5’ → 3’, setiap
strand atau untai DNA berfungsi sebagai templete dalam proses replikasi DNA.
Dengan sifat diskontinu ini maka memungkinkan proses repair atau perbaikan DNA jika
terjadi kesalahan pasangan basa (mismatch pairing)

7. DNA ligase sangat esensial dalam proses replikasi DNA, namun ligase tidak
diperlukan dalam proses transkripsi RNA, mengapa?
Jawab :
Dalam proses transkripsi atau penyalinan informasi genetik dari DNA ke mRNA untuk
ditranslasi menjadi protein, yang disalin hanyalah fragmen DNA tertentu yang membawa
informasi sifat tertentu atau dikenal dengan istilah gen. Fragmen tersebut dapat terdiri
dari beberapa ratus nukleotida yang adalah bagian dari DNA sebagai genom (kumpulan
gen-gen). Dalam proses transkripsi tidak berlangsung proses penyambungan fragmen
DNA ataupun RNA sehingga ligase yang berperan sebagai “lem biologi” tidak diperlukan.
Tujuan transkripsi adalah menyalin informasi genetik dari DNA ke dalam bentuk mRNA
untuk dibawah ke luar dari inti sel, untuk diterjemahkan menjadi bentuk protein. Jadi RNA
bersifat “bilingual” yaitu mengetahui bahasa DNA (Transkripsi) dan dapat membahasakan
informasi genetik dari DNA menjadi bentuk protein.

8. Mengapa replikasi pada sel eukariot waktunya lebih lama dibanding prokariot? Bukti-
bukti apa yang mendukung ?
Jawab :
Genom eukariot lebih besar dibandingkan dengan prokariot. Replikasi pada eukariot sangat
cepat yaitu 1000 nukleotida tidap detik (Albert, 2002).
Pada eukarioti memiliki banyak segmen noncoding yang disebut intron sedangkan pada
prokariot hanya sedikit.

Created : Dr. Yermia S. Mokosuli, SSi, MSi

 SOAL LATIHAN hal 53-54

1. DNA atau gen berekspresi dengan cara mensintesis protein, mengapa? Jelaskan
Jawab :
Melalui tahapan dogma genetik atau ekspresi genetik. DNA akan melakukan proses
replikasi untuk menghasilkan untai DNA baru yang sama persis dengan DNA asalnya.
Informasi genetik yang dibawah oleh gen-gen yang tersusun dalam molekul DNA sebagai
genom, akan ditranskripsi yaitu disalin dari sekuens DNA tersebut (gen) ke dalam bentuk
mRNA. Selanjutnya informasi genetik tersebut akan ditranslasi (diterjemahkan) menjadi
bentuk protein.

Gambar dogma genetik

Informasi genetik dari suatu gen diterjemahkan dalam bentuk protein karena sebagian
besar massa sel adalah protein. Protein dapat berfungsi struktural yaitu komponen
penyusun sel dan juga fungsional yaitu berupa enzim, hormon dan protein fungsional lain.

2. Bagaimana cara DNA melaksanakan fungsinya sebagai penyampai informasi

genetik pada keturunannya?
Jawab :
DNA melakukan proses replikasi pada salah satu tahap dalam siklus sel dimana DNA
replikan sama persis dengan DNA parental. Masing-masing untai DNA dapat berfungsi
sebagai templete (replikasi semikonservatif) sehingga informasi genetik dari generasi ke
generasi dapat dikonservasi.

3. Bagaimana hubungan antara DNA dan RNA?

Jawab :
DNA bersifat autokatalitik yaitu dapat melakukan replikasi dan juga bersifat heterokataliti
yaitu dapat membuat molekul asam nukleat lainnya yaitu RNA. RNA adalah hasil
transkripsi informasi genetik dari DNA sehingga RNA membawa informasi genetik dari
DNA untuk ditranslasikan atau diterjemakan di ribosom melalui proses sintesis protein.

Created : Dr. Yermia S. Mokosuli, SSi, MSi

4. Jelaskan perbedaan antara struktur antara DNA dan RNA
Jawab :

Karakteristik DNA RNA

Struktur molekul Terdiri atas untai ganda Terdiri atas untai tunggal
(double helix) (singgle helix)
Molekul gula penyusun Deoksiribosa Ribosa
Basa nitrogen Purin : Adenin dan Guanin Purin : Adenin dan Guanin
sedangkan pirimidin : sedangkan pirimidin :
Sitosin dan Timin Sitosin dan Urasil
Fungsi Biologis Pembawa informasi Membawa informasi
genetik, direplikasi satu segmen/fragmen DNA
kali pada fase sintesis tertentu (gen), untuk
dalam siklus Sel. ditranslasi menjadi protein.
Tidak akan meninggalkan Disintesis di inti sel tetapi
inti sel berfungsi di sitosol.

Created : Dr. Yermia S. Mokosuli, SSi, MSi

5. Bandingkan ribosom yang dimiliki organisme prokariotik dengan eukariotik!
Jawab :
Perbandingan ribosom prokariotik dan eukariotik :

Created : Dr. Yermia S. Mokosuli, SSi, MSi

6. Semua jenis RNA disintesis oleh DNA sebagai cetakannya. Apakah yang
membedakan dalam sintesis ketiga macam RNA tersebut?
Jawab :
- mRNA adalah molekul pembawa informasi genetik dari DNA, memiliki molekul yang
lebih besar dari 2 jenis RNA lainnya. mRNA membawa informasi genetik dalam bentuk
kodon triplet yang akan ditranslasi menjadi protein. Pada proses translasi mRNA
berfungsi sebagai templete sintesis protein.
- tRNA adalah molekul RNA kecil tersusun atas 70-90 nukleotida. Membentuk struktur
seperti daun semanggi karena adanya beberapa basa yang saling berpasangan. tRNA
berfungsi sebagai adaptor antara asam amino dan kodon yang terdapat pada mRNA
selama proses translasi.
- rRNA adalah komponen penting pembentuk ribosom. rRNA dihasilkan oleh gen khusus
(daerah pengatur nukleolus) pada kromatin. Fungsi ribosom adalah tempat
melekatnya mRNA dalam proses sintesis protein.
7. Bagaimana rasionalnya bahwa kode genetik tersusun dari tiga nukleotida dan
bukannya 1,2 atau 4?
Jawab :
Kode genetik dalam bentuk triplet untuk tujuan efesiensi dalam mengkode asam amino
yang berjumlah 20 jenis. Karena basa ada 4 buah maka probabilitas asam amino yang bisa
dikode jika kodon dalam bentuk 2 nukleotida (duplet) adalah 42 = 16 sedangkan asam
amino ada 20 jadi masih ada asam amino yang tidak terkode.
Apabila dalam bentuk 3 nukleotida (triplet) berarti 4 3 = 64. Kelihatan terlalu banyak
dibandingkan jumlah asam amino yang hanya 20 tetapi ternyata pada kenyataannya
dalam sintesis protein beberapa kodon bisa mengkode asam amino yang sama. Penelitian
menunjukkan bahwa kode genetik berbentuk triplet ternyata sama pada semua makluk
hidup.
Apabila dalam bentuk 4 nukleotida 4 4=265 maka terlalu banyak dibandingkan jumlah
asam amino yang hanya 20 jenis.

Gambar Kode genetik dalam bentuk triplet

DNA hanya membutuhkan 4 basa (A, G, C, T) untuk mengkode jutaan sifat genetik pada
jutaan species di bumi.

Created : Dr. Yermia S. Mokosuli, SSi, MSi

 DAFTAR PUSTAKA
Alberts B, Johnson A, Lewis J, Raff M, Keith R dan Walter P. 2003. Molecular Biology of The Cell
4th Garland Science USA.
Bansal M. 2003. DNA Structure : Revisiting The Watson – Crick Double Helix. Current science,
vol. 85, no. 11, 10 december 2003
Knight, J. 2002. All genomes great and small. Nature. 417, pg 374.
http://biology.kenyon.edu/courses/biol63/watson_06.pdf
Lodish, Berk, Zipursky, Matsudaira, Baltimore, Darnell. 2000. Mollecular Cell Biology. W.H.
Freeman Company USA
Mokosuli YS, Ngangi J, Tanor MN. 2009. Intisari Biokimia. FMIPA Universitas Negeri Manado/
Nelson DL, Cox MM.2005. Lehninger Principles of Biochemistry 4th edition. W.H. Freeman and
Company. New York.
Widiawati T, Anggraito YU. 2010. Buku ajar bibologi molekuler. Jurusan Biologi FMIPA
Universitas Negeri Semarang.

Created : Dr. Yermia S. Mokosuli, SSi, MSi