KERAGAMAN 

GENETIK BEBERAPA KULTIVAR TANAMAN MANGGA 
BERDASARKAN PENANDA MOLEKULER MIKROSATELIT 
 
   Agus Zainudin1), Maftuchah1), Chaireni Martasari2), Tri Joko Santoso3) 
 
1)
Pusat Pengembangan Bioteknologi, Universitas Muhammadiyah Malang. 
   Jl. Raya Tlogomas 246‐Malang. e‐mail:aguszainudinumm@gmail.com 
 
2)
Balai Penelitian Tanaman Jeruk dan Buah Sub‐Tropika Tlekung Batu. 
3)  
4)
Balai Besar Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik, Bogor. 
 
 
ABSTRAK 
Plasma  nutfah  tanaman  mangga  cukup  besar  dan  diperkirakan  terdapat  292 
kultivar  mangga di Indonesia. Kebun koleksi  plasma nutfah  tanaman  mangga di 
desa  Cukurgondang‐Pasuruan  memiliki  koleksi  tanaman  mangga  sejumlah  282 
klon  dan  208  varietas.  Program  pemuliaan  tanaman  sangat  membutuhkan 
informasi tentang keragaman genetik plasma nutfah, akan tetapi saat ini belum 
banyak  informasi  mengenai  keragaman  genetik  kultivar  mangga  secara 
molekuler.  Penelitian  ini  bertujuan  mendapatkan  informasi  keragaman  genetik 
kultivar  mangga      (Manalagi  69,  Golek  31,  Arumanis  143,  Saigon  119,  Sala‐250, 
Madu  Anggur  141,  Sophia  243,  dan  Alphonso  315)  dengan  menggunakan 
penanda  molekuler  mikrosatelit  DNA.  Analisis  PCR  dilakukan  dengan 
menggunakan  10  pasang  primer  mikrosatelit  spesifik    pada  tanaman  mangga. 
Hasil  PCR  menunjukkan  kesepuluh  primer  tersebut  dapat  mengamplifikasi  DNA 
kultivar  mangga.  Pola  pita  yang  diperoleh  dari  hasil  PCR  8  kultivar  mangga 
menggunakan penanda mikrosatelit dengan  kesepuluh primer tersebut berkisar 
antara  2  sampai  9  pita  dengan  ukuran  pita  antara  72–1353  kb.  Berdasarkan 
analisis  klaster  menggunakan  program  NTSYS  diperoleh  dua  kelompok  utama. 
Kelompok  pertama  terdiri  dari  kultivar  Sophia  dan  Golek  (koefisien  0,59),  
kelompok kedua terdiri dari kultivar Arumanis, Madu Anggur, Alphonso, Saigon, 
Manalagi, dan Sala (koefisien 0,54). Kelompok kedua terdiri dari 3 sub kelompok 
yaitu  kelompok  Manalagi  dan  Sala  (koefisien  0,61);    kelompok  Alphonso  dan 
Saigon (koefisien 0,68); kelompok gabungan Alphonso‐Saigon dan Madu Anggur 
(koefisien  0,61).  Kedua  kelompok  utama  tersebut  menunjukkan  kekerabatan 
dengan koefisien 0,53. 
 
 
Kongres Ketiga Komisi Daerah Sumber Daya  Genetik    
Hotel Singgasana, Surabaya – tanggal 3‐5 Agustus 2010 
 
 

1
PENDAHULUAN 
 
Berdasarkan  laporan  FAO  tahun  2004  Indonesia  termasuk  lima  besar 
negara  penghasil  mangga,  tetapi  ekspornya  paling  rendah.  Meskipun  ekspor 
komoditas  ini  naik  terus  tiap  tahun,  tetapi  proporsinya  belum  memadai  jika 
dikaitkan  dengan  perkembangan  panen  buah  mangga.  Artinya  produksi  masih 
lebih besar untuk mencukupi konsumsi dalam negeri yang baru mencapai 60,9% 
dari  rekomendasi  FAO  sebesar  65,75  kg/kapita/tahun.  Luas  panen  juga 
berkembang cepat dari tahun 1994 sampai dengan tahun 2004. pada tahun 2004 
luas  panen 185.773  ha  dengan  produksi  1.437.665  ton.  Pada  masa  mendatang, 
agribisnis  mangga  diperkirakan  akan  tetap  mempunyai  peranan  yang  sangat 
penting  dalam  menunjang  tumbuhnya  sektor  perekonomian,  terutama  dalam 
menciptakan  lapangan  kerja,  peluang  pasar  dan  peningkatan  devisa  negara 
(BPTP Jatim, 2006). 

Plasma nutfah mangga di Indonesia cukup besar dan diperkirakan terdapat 
292 kultivar mangga di Indonesia, 111 kutivar di Malaysia, 393 kultivar di Filipina 
dan Thailand 294 kultivar (Coronel, 1996). Kebun percobaan dan koleksi plasma 
nutfah  tanaman  mangga  di  desa  Cukurgondang,  Kecamatan  Grati,  Kabupaten 
Pasuruan  ‐  Jawa  Timur  memiliki  lahan  seluas  13,02  ha  dengan  koleksi  tanaman 
mangga sejumlah 282 klon dan 208 varietas. Mengingat potensinya yang cukup 
besar,  Direktorat  Budidaya  Tanaman  Buah  telah  menetapkan  pada  tahun  2010 
diharapkan  luas  panen  mangga  mencapai  291.246  ha  dengan  tingkat 
produktivitas  10,6  ton/ha  dan  tercapainya  kuota  ekspor  sebesar  64.000  ton 
(BPTP  Jatim,  2006).  Meskipun  hasil  analisis  data  selama  tahun  2000‐2004 
diperoleh  bahwa  komoditas  unggulan  buah‐buahan  yaitu  mangga,  pisang  dan 
nangka, jambu biji, sawo (Ernawanto et al., 2007). 
Rendahnya  volume  ekspor  buah  mangga  yaitu  hanya  0,006%  dari  total 
produksi  nasional  (Anonimous  1998)  disebabkan  oleh  kualitas  buah  mangga 
Indonesia  belum  memenuhi  kriteria  yang  diminta  konsumen  mancanegara. 
Berbagai  upaya  untuk  mendapatkan  kultivar  mangga  unggul  melalui  program 

2
pemulian  tanaman  sampai  saat  ini  masih  ditemukan  beberapa  kendala  utama 
dalam  pemuliaan  tanaman  mangga  antara  lain  siklus  hidup  tanaman  mangga 
yang  sangat  panjang  sehingga  proses  seleksi  hasil  persilangan  tidak  dapat 
dilakukan dalam waktu cepat, tingkat keragaman genetik yang sangat tinggi serta 
adanya  keterbatasan  pada  proses  pemuliaan  untuk  membedakan  ekspresi 
genotip  dan  pengaruh  faktor  lingkungan  yang  muncul.  Akibatnya  biaya  yang 
diperlukan dalam program pemuliaan tanaman sangat mahal dan membutuhkan 
waktu sangat panjang untuk mendapatkan kultivar unggul, sehingga pendekatan 
biologi molekuler sangat diperlukan. 
Program  pemuliaan  tanaman  sangat  membutuhkan  informasi  tentang 
keragaman  genetik  plasma  nutfah.  Akan  tetapi,  hingga  saat  ini  belum  banyak 
informasi mengenai keragaman genetik kultivar mangga unggul Indonesia secara 
molekuler. Program pemuliaan tanaman mangga sering terhambat oleh kendala 
masa  juvenil  yang  panjang  sehingga  diperlukan  waktu  lama  untuk  mengetahui 
keberhasilan persilangan. Hal ini berakibat biaya pemeliharaan bibit dan tenaga 
kerja  meningkat  serta  diperlukan  areal  yang  luas  untuk  pemeliharaan  bibit 
hibrida.  Proses  seleksi  dan  uji  lapang  untuk  karakter  morfologi  secara  umum 
telah digunakan untuk mendeskripsikan varietas mangga, namun cara  tersebut 
memakan waktu cukup lama dan kebanyakan karakter yang nampak merupakan 
interaksi genetik dan kondisi lingkungan (Jianhua, et al., 1996).  
Pengembangan  program  pemuliaan  tanaman  sangat  membutuhkan 
informasi tentang keragaman genetik plasma nutfah. Akan tetapi, hingga saat ini 
belum  banyak  informasi  mengenai  keragaman  genetik  kultivar‐kultivar  mangga 
unggul Indonesia secara molekuler.  Teknik molekuler telah memberikan peluang 
untuk  mengembangkan  dan  mengidentifikasi  peta  genetik  suatu  kultivar 
tanaman.   Pendekatan  genetika molekuler dengan menggunakan  penanda  DNA 
berhasil  membentuk  penanda  molekuler  yang  mampu  dalam  mendeteksi  gen 
dan  sifat‐sifat  tertentu,  evaluasi  keragaman  dan  evolusi  pada  tingkat  genetik 
(Hoon‐Lim et al. 1999).  

3
 Kemampuan  membedakan  genotip  individu  di  dalam  species  maupun 
beberapa  genotip  secara  tepat  sangat  diperlukan  dalam  program  pemuliaan. 
Karakter  morfologi  dan  fenotip  telah  banyak  dipergunakan,  namun  sifat 
kuantitatif  umumnya  dikendalikan  banyak  gen  dan  sangat  dipengaruhi 
lingkungan  sehingga  perbedaan  antar  species  berkerabat  dekat  seringkali  sulit 
diamati.  Kebanyakan  karakter  sulit  dianalisis  karena  tidak  memiliki  sistem 
pengendalian  genetik  yang  sederhana.  Penggunaan  penanda  molekuler  dapat 
dimanfaatkan  untuk  membantu  mengatasi  permasalahan  tersebut.  Pemakaian 
penanda  molekuler  banyak  digunakan  untuk  menyusun  kekerabatan  beberapa 
individu  dalam  spesies  maupun  kekerabatan  antar  spesies  (Maftuchah,  2001). 
Penggunaan  kekerabatan  ini  dapat  dijadikan  rujukan  dalam  pemuliaan 
persilangan  untuk  mendapatkan  keragaman  yang  tinggi  dari  hasil  persilangan. 
Penggunaan penanda DNA membantu pelaksanaan pemilihan tetua persilangan 
yang memiliki perbedaan tinggi secara genetik (Correa, 1999). 
Di  Indonesia  penelitian  keanekaragaman  genetik  secara  molekuler  pada 
kultivar mangga telah dilakukan melalui pemakaian penanda isozim (Purnomo et 
al.,  1996).  Mangga  termasuk  tanaman  menyerbuk  silang  sehingga  pada 
penanaman  banyak  klon  dalam  luasan  tertentu  berpeluang  tinggi  terjadi 
segregasi sifat antar klon sehingga diperlukan identifikasi baik morfologi maupun 
molekuler (Rebin et al 2002). Identifikasi karakter morfologi maupun molekuler 
diperlukan dalam program pemuliaan mangga untuk menguji keragaman genotip 
klon‐klon yang akan dipilih untuk tetua persilangan  (Schnell et al. 1995).  
Penanda  molekuler  mikrosatelit  merupakan  penanda  molekuler  berbasis 
DNA  yang  banyak  digunakan  untuk  analisis  keragaman  genetik  tanaman.  
Mikrosatelit  DNA  adalah  lokus  penanda  molekuler  yang  berupa  urutan  DNA 
pendek  yang  tiap  unit  ulangannya  terdiri  dari  satu  sampai  enam  nukleotida. 
Lokus mikrosatelit diapit oleh suatu urutan nukleotida yang terkonservasi.  Pada 
urutan  DNA  yang  mengapit  ini  bisa  dirancang  primer  spesifik  sehingga 
mikrosatelit bisa diamplifikasi menggunakan PCR (Treuren, 2000). Adanya variasi 

4
jumlah  pengulangan  dari  sekuens  mikrosatelit  menyebabkan  mikrosatelit 
bersifat sangat polimorfik sehingga penanda mikrosatelit sesuai digunakan dalam 
mempelajari  keragaman  genetik  suatu  populasi  dan  parental  analysis 
(Maftuchah,  2005‐b).  Penanda  mikrosatelit  juga  merupakan  penanda  genetik 
yang spesifik berasosiasi dengan suatu sifat‐sifat kuantitatif yang kompleks atau 
sederhana  seperti  rasa,  besar  dan  kecil  ukuran  buah  dan  tingi  tanaman.  Oleh 
sebab  itu  penanda  genetik  mikrosatelit  DNA  sangat  cocok  untuk  membantu 
program  pemuliaan  dengan  cara  analisis  QTL  mapping.  Kelebihan  mikrosatelit 
berupa  tingkat  polimorfisme  tinggi  dan  tersebar  pada  genom  tanaman  sesuai 
untuk  studi  keragaman  genetik  dan  heterozigositas  diantara  varietas‐varietas 
mangga (Pancoro  et  al.,  2005).  Penanda  mikrosatelit  telah dimanfaatkan  dalam 
konstruksi  peta  pautan  genetik  pada  berbagai  macam  tanaman  (Zhao  et  al., 
1993),  identifikasi  kultivar  pada  tomat,  kedelai  dan  padi  (Thomas  et  al.,  1994; 
Maughan  et  al.,  1996;  Bredemeijer  et  al.,  1998)  dan  sebagai  penanda  dalam 
sistem Marker Assisted Selection pada Glycine (Maughan et al., 1996).  
Perbaikan  sifat  tanaman  mangga seringkali  terhambat  oleh  kendala  masa 
juvenil  yang  panjang  (7‐8  tahun)  sehingga  diperlukan  waktu  lama  untuk 
mengetahui  keberhasilan  persilangan  (Jianhua,  et  al.,  1996).  Proses  seleksi  dan 
uji lapang untuk karakter morfologi secara umum telah digunakan oleh pemulia 
tanaman  untuk  mendeskripsikan  varietas,  akan  tetapi  memerlukan  waktu  yang 
cukup  lama  dan  kebanyakan  karater  yang  nampak  merupakan  interaksi  genetik 
dan  kondisi  lingkungan  (Jianhua  et  al.,  1996).  Melalui  penerapan  strategi 
pemuliaan  yang  memadukan  pendekatan  biologi  molekuler  dapat  diidentifikasi 
sifat‐sifat  penting  yang  akan  dimuliakan  pada  tingkat  DNA.  Analisis  molekuler 
sangat  dibutuhkan  untuk  membantu  proses  seleksi  tanaman  secara  lebih  cepat 
dan  akurat.  Pemakaian  penanda  molekuler  diharapkan  dapat  meningkatkan 
ketepatan proses seleksi serta meningkatkan efisiensi waktu seleksi (Jianhua, et 
al., 1996; Maftuchah, 2005‐a). 
Eiadthong  et  al.,  (1999)  mengidentifikasi  kultivar  mangga  dengan 

5
menggunakan penanda SSR, diperoleh tujuh primer yang dapat memberikan pola 
amplifikasi  polimorfisme  DNA  digunakan  untuk  identifikasi  22  kultivar  mangga. 
Adato et al. (1995) meneliti sidik jari untuk identifikasi genetik mangga, dan Liu 
(1998)  menyatakan  penanda  mikrosatelit  DNA  merupakan  salah  satu  penanda 
genetik  yang  paling  menjanjikan  untuk  analisis  dan  identifikasi  kultivar  serta 
variabilitas  genetik  suatu  kultivar.  Hal  ini  disebabkan  penanda  mikrosatelit 
bersifat kodominan dan sangat tersebar pada genom eukariot, sehingga penanda 
ini sesuai diaplikasikan dalam analisis genom secara menyeluruh. 
Melalui  pemakaian  penanda  DNA  yang  mencirikan  karakter  yang 
dikehendaki maka ketepatan proses seleksi akan dapat ditingkatkan dan proses 
seleksi  dapat  dilakukan  sedini  mungkin.  Pemakaian  penanda  DNA  dapat 
membantu hambatan masa juvenil yang panjang untuk seleksi dini bibit hibrida  
yang  dihasilkan.  Disamping  itu  dengan  pemanfaatan  penanda  molekuler  akan 
diperoleh  jaminan  keseragaman  tanaman  di  lapang  dan  keseragaman  kualitas 
buah  yang  dihasilkan.  Penanda  molekuler  lebih  diskriminatif  dan  akurat 
dibandingkan  fenotipiknya,  tetapi  belum  dimanfaatkan  secara  maksimal. 
Pemakaian penanda molekuler telah dipergunakan untuk menyusun kekerabatan 
beberapa individu dalam spesies maupun kekerabatan antar spesies (Maftuchah, 
2001).  Tim  peneliti  telah  melaksanakan  beberapa  kegiatan  penelitian  berupa 
analisis  variasi  genetik  tanaman  mangga  menggunakan  penanda  RAPD 
(Maftuchah,  2005‐b;  Maftuchah  et  al.,  2007).  Hasil  penelitian  tersebut  telah 
diperoleh  beberapa  primer  RAPD  berukuran  10  basa  yang  cukup  efektif  untuk 
analisis  RAPD  beberapa  kultivar  tanaman  mangga  (Maftuchah  dan  Zainudin, 
2007)  serta  diperoleh    prosedur  isolasi  DNA  yang  cukup  efisien  untuk  genom 
mangga (Maftuchah, 2005‐b).  
Penelitian  ini  bertujuan  untuk  mendapatkan  informasi  pola  pita  DNA 
beberapa kultivar mangga dengan menggunakan penanda molekuler mikrosatelit 
DNA. 
METODE PENELITIAN 

6
 Penelitian dilakukan di laboratorium dan kebun percobaan. Preparasi DNA 
genom  tanaman  mangga  dilaksanakan  di  Laboratorium  Molekuler  Tanaman 
Pusat  Pengembangan  Bioteknologi,  Universitas  Muhammadiyah  Malang  dan 
Laboratorium  Molekuler  Balai  Penelitian  Tanaman  Jeruk  dan  Buah  Sub‐Tropis, 
Tlekung,  Batu,  Jatim.  Analisis  PCR  mikrosatelit  dilakukan  di  Laboratorium 
Molekuler  Balai  Penelitian  Bioteknologi  dan  Genetika  (Balitbiogen)  Bogor. 
Kultivar  tanaman  mangga  yang  dipergunakan  sebagai  tetua  persilangan  untuk 
mendapatkan hibrida mangga unggul berasal dari Kebun Koleksi Plasma Nutfah 
Mangga di Cukurgondang‐Pasuruan.  

Kultivar  mangga    yang  akan  dipilih  dalam  penelitian  ini  berdasarkan 

kriteria: Unggul rasa (Manalagi 69, Golek 31 dan Arumanis 143), Karakter batang 
pendek dan perakaran kuat (Saigon 119), Potensi sebagai bahan sari buah (Sala‐
250,  Madu  Anggur  141)  serta  Potensi  sebagai  bahan  jelli  (Sophia  243  dan 
Alphonso  315).  Analisis  PCR  dilakukan  dengan  menggunakan  10  pasang  primer 
mikrosatelit  DNA  yang  telah  diuji  cobakan  pada  tanaman  mangga  (Duval  et  al., 
2005; Viruel et al., 2005).  

Isolasi  DNA  Genom  Mangga.  DNA  genom  mangga  diisolasi  dari  daun  muda 
tanaman  mangga  varietas:  Manalagi  69,  Golek  31,  Arumanis  143,  Saigon  119, 
Sala‐250,  Anggur  141,  Sophia  243  dan  Alphonso  315.    Prosedur  ekstraksi  DNA 
dari  daun  tanaman  mangga  dilaksanakan  berdasarkan  metode  standar 
(Sambrook  et  al.,  1989).  Setelah  DNA  hasil  isolasi  dimurnikan  dan  diketahui 
konsentrasinya, kemudian DNA disiapkan untuk dipergunakan sebagai template 
dalam reaksi PCR.  
Reaksi  PCR  (Polimerase  Chain  Reaction).  Pada  reaksi  PCR,  primer  yang 
digunakan sebanyak 10 pasang primer mikrosatelit (Duval et al., 2005; Viruel et 
al.,  2005)  yang    merupakan  primer  spesifik  yang  telah  diaplikasikan  pada 
beberapa  varietas mangga. Volume total reaksi PCR yang dipergunakan adalah 
sebanyak  25  µl,  terdiri  dari  campuran  larutan  yang  terdiri  dari  DNA  taq 
polimerase dan 10X buffer Taq Polimerase (100 mM Tris‐Cl, pH 8.3; 500 mM KCl; 

7
15  mM  MgCl2;  0.01  %  gelatin);    dNTP’S  mix  (dGTP,  dATP,  dTTP  dan  dCTP) 
(Pharmacia); dH2O dan 30 ng DNA cetakan. Kondisi untuk reaksi PCR dirancang 
dengan suhu denaturasi 94oC, annealing 55‐60oC, perpanjangan 75oC dan pasca 
PCR  4oC.  Untuk  perbanyakan,  siklus  reaksi  PCR  diulang  sebanyak  45  kali.  Hasil 
amplifikasi  PCR  kemudian  dielektroforesis  pada  1,2  %  gel  agarosa  dengan 
voltase 75 V selama 1 jam dan dilakukan pemotretan gell. 
Deteksi  Polimorfisme  DNA  Mikrosatelit.  Fragmen  dideteksi  dari  pola  pita  DNA 
yang berbeda hasil elektroforesis gel agarose dari produk PCR. Penentuan posisi 
pita  DNA  dilakukan  secara  manual  (Leung  et  al.,  1993).  Untuk  memudahkan 
pengamatan ada beberapa hal yang dilakukan yaitu: a) seluruh pita DNA dengan 
laju  migrasi  yang  sama  diasumsikan  sebagai  lokus  yang  homologus,  b)  masing‐
masing  pita  DNA  ditandai,  tiap  tanda  mewakili  satu  posisi  pita  DNA  tertentu, 
yang  dilakukan  dengan  menempelkan  plastik  transparan  pada  foto  gel,  c)  Bila 
jalur  DNA  yang  dibandingkan  terpisah  satu  sama  lain,  maka  dapat  digunakan 
bantuan  alat  (misal  mistar)  untuk  membantu  menentukan  posisi  pita  DNA,  d) 
Data  profil  DNA  merupakan  data  alel  yang  teramati  dengan  ketentuan  ada  dan 
tidaknya  pita  DNA  berdasarkan  ukuran  produk  PCR  pada  satu  posisi  yang  sama 
dari beberapa individu yang dibandingkan. 
Pita  yang  muncul  pada  gel  diasumsikan  sebagai  alel  mikrosatelit. 
Keragaman alel mikrosatelit ditentukan dari perbedaan migrasi alel pada gel dari 
masing‐masing individu sampel. Berdasarkan ada atau tidaknya pita mikrosatelit, 
profil  pita  diterjemahkan  ke  dalam  data  biner,  untuk  penyusunan  matriks  data 
biner  yang  diturunkan  menjadi  matriks  kemiripan  genetika  (Nei  dan  Li  1979). 
Analisis  pengelompokan  dan  pembuatan  dendogram  dilakukan  menggunakan 
metode  Unweighted  Pair‐Group  Method  With  Arithmetic  (UPGMA)  melalui 
program  Numerical  Taxonomy  and  Multivariate  System  (NTSYS)  versi  1,8.  
Derajad  ketelitian  data  UPGMA  dianalisis  dengan  analisis  dengan  analisis 
bootstrap  menggunakan  program  WinBoot.  Berdasarkan  informasi  tersebut 
diharapkan  dapat  diperoleh  pula  informasi  spesifik  untuk  mangga  lokal 

8
Indonesia.    
 
HASIL DAN PEMBAHASAN 
 
DNA genom diisolasi  dari daun muda  tanaman mangga varietas Manalagi 
69 (No. Pohon MN‐25), Golek 31 (No. Pohon GL‐170), Arumanis 143 (No. Pohon 
AR‐1),  Saigon  119  (No.  Pohon  S‐30),  Sala‐250  (No.  Pohon  S‐248),  Madu  Anggur 
141 (No. Pohon MA‐96), Sophia 243 (No. Pohon SP‐182) dan Alphonso 315 (No. 
Pohon ALP‐2). DNA hasil isolasi dimurnikan dan dipergunakan sebagai template 
dalam reaksi PCR. Primer yang digunakan dalam reaksi PCR sebanyak 10 pasang 
primer mikrosatelit (Duval et al., 2005 dan Viruel et al., 2005) yang  merupakan 
primer spesifik pada beberapa  kultivar  mangga. DNA genom diisolasi dari daun 
muda  tanaman      mangga.    Sampel  daun  dipilih  dari  individu  tanaman  mangga 
yang  sehat  dengan  pemakaian  sampel  dari  masing‐masing  varietas  yang  diuji. 
Pada  proses  ekstraksi  DNA  tanaman  mangga,  setelah  penambahan  bufer 
pengekstrak  CTAB  pada  daun  yang  telah  dihaluskan,  terbentuk  larutan  yang 
sangat  kental,  yang  menunjukkan  tingginya  kandungan  polisacharida.  Selain 
polisacharida,  kandungan  senyawa  fenolik  pada  tanaman  mangga  juga  cukup 
tinggi,  hal  ini  dapat  dilihat  dari  cepatnya  pencoklatan  pada  ujung  daun  yang 
dipotong.  Adanya  polisacharida  dan  senyawa  metabolit  sekunder  dalam  sel 
tanaman  sering  menyulitkan  dalam  proses  isolasi  asam  nukleat.  Struktur 
polisacharida yang mirip dengan asam nukleat akan menyebabkan polisacharida 
tersebut akan mengendap bersama dengan asam nukleat.  

   Penambahan  senyawa  pereduksi  sepertri  marchaptoetanol  dan 

dithiothreitol dalam proses isolasi DNA tanaman dapat mencegah proses oksidasi 
senyawa  fenolik  sehingga  menghambak  aktivitas  radikal  bebas  yang  dihasilkan 
oleh oksidasi fenol terhadap asam nukleat. Metabolit sekunder dan polisacharida 
juga  dapat  menghambat  kerja  enzim.  Adanya  polosacharida  dalam  tanaman 
ditandai dengan terjadinya kekentalan pada hasil isolasi DNA yang menyebabkan 
kesulitan dalam reaksi PCR akibat penghambatan aktivitas Taq polymerase. Pada 

9
tanaman  dengan  kandungan  polisacharida  dan  metabolit  sekunder  tinggi  perlu 
dilakukan  modifikasi  pada  saat  ekstraksi  DNA.  Untuk  menghilangkan 
polisacharida  ekstraksi  lisat  dengan  menggunakan  kloroform  disarankan 
dibandingkan  dengan  kloroform‐isoamil  alkohol  karena  lebih  efisien  untuk 
mengisolasi asam nukleat. 

DNA  hasil  isolasi  selanjutnya  digunakan  dalam  proses  PCR  dengan 

menggunakan  10  primer.  Hasil  PCR  dielektroforesis  pada  gel  akrilamid 
sebagaimana ditampilkan pada Gambar 1 sampai Gambar 5. 
1353
1078
872
603
310
281/271
234
194
118
72

Gambar  1.  Hasil  PCR  Microsatelit  DNA  Mangga  (Arumanis,  Madu  Anggur, 
Alphonso,  Saigon,  Manalagi,  Sala,  Sophia,  Golek)  yang  dirunning 
pada gell acrilamide dengan primer D5 

1353
1078
872
603
310
281/271
234
194
118
72

Gambar 2. Hasil PCR Microsatelit DNA Mangga (Arumanis, Madu Anggur,

Alphonso, Saigon, Manalagi, Sala, Sophia, Golek) yang dirunning
pada gell acrilamide dengan primer V1

1353
1078
872
603
310
281/271
234
194
118
72

10
Gambar  3.  Hasil  PCR  Microsatelit  DNA  Mangga  (Arumanis,  Madu  Anggur, 
Alphonso,  Saigon,  Manalagi,  Sala,  Sophia,  Golek)  yang  dirunning 
pada gell acrilamide dengan primer V2 
 
Hasil  PCR  dengan  menggunakan  primer  D5  ditunjukkan  pada  Gamnar  1. 
Sedangkan  Gambar  2  menunjukkan  hasil  PCR  dengan  menggunakan  primer  V1 
yang  berukuran  antara  72  –  872  bp.    Polimorfisme  yang  terjadi  dari  analisis 
mikrosatelit ditunjukkan dengan terbentuknya pita DNA pada individu yang satu, 
sementara  individu  yang  lain  tidak  terbentuk  pita  DNA  pada  posisi  atau  ukuran 
yang sama. Adanya polimorfisme ini menggambarkan tingkat keragaman genetik 
dari  plasma  nutfah  yang  dikarakterisasi.  Semakin  tinggi  tingkat  polimorfisme 
maka tingkat keragaman genetik di antara individu juga akan semakin tinggi. 

1353
1078
872
603
310
281/271
234
194
118
72

Gambar  4.  Hasil  PCR  Microsatelit  DNA  Mangga  (Arumanis,  Madu  Anggur, 
Alphonso,  Saigon,  Manalagi,  Sala,  Sophia,  Golek)  yang  dirunning 
pada gell acrilamide dengan primer V3 
 
ARUMANIS

MADU ANGGUR

ALPHONSO

SAIGON
DU_ANGGURMW
MANALAGI

SALA

SOPHIA

GOLEK

0.53 0.57 0.60 0.64 0.68

Coefficient

Gambar 5.  Dendrogram 8 Kultivar Mangga Hasil Analisis Klaster dengan metode 
UPGMA  menggunakan  progam  NTSys  Berdasarkan  Pola  Pita  SSR 
menggunakan 10 primer Microsatelite 
  

11
 Estimasi  tingkat  diversitas  dapat  dilakukan  secara  konvensional 
berdasarkan  analisis  karakter  morfologi,  ataupun  secara  non  konvensional 
berdasarkan pola pita isoenxym, 1995) atau pola pita DNA,  SSR adalah salah satu 
teknik  sidik  jari  DNA  yang  digunakan  untuk  mendeteksi  polimorfisme  sebuah 
genom  berdasarkan  PCR.  Kondisi  PCR  memungkinkan  primer  untuk  menempel 
pada  banyak  tempat  pada  genom,  sehingga  dihasilkan  sejumlah  pita  DNA. 
Amplifikasi  DNA  terjadi  jika  primer  menempel  pada  dua  situs  komplementer 
yang  jaraknya  berdekatan  dan  orientasinya  saling  terbalik.  Jarak  antar  situs 
amplifikasi ini menghasilkan fragmen DNA dengan berbagai ukuran pasang basa.  
Pita DNA yang diperoleh dari hjasil mikrosatelit selanjutnya dipergunakan 
sebagai dasar analisis klaster. Berdasarkan analisis klaster menggunakan metode 
UPGMA  pada  program  NTSYS  diperoleh  dua  kelompok  besar  kekerabatan  yaitu 
kelompok  pertama  terdiri  dari  kultivar  Sophia  dan  Golek  (koefisien  0,59); 
kelompok kedua terdiri dari kultivar Arumanis, Madu Anggur, Alphonso, Saigon, 
Manalagi, dan Sala (koefisien 0,54).  Kelompok kedua terdiri dari 3 sub kelompok 
yaitu  kelompok  Manalagi  dan  Sala  (koefisien  0,61);    kelompok  Alphonso  dan 
Saigon (koefisien 0,68); kelompok gabungan Alphonso‐Saigon dan Madu Anggur 
(koefisien  0,61).  Kedua  kelompok  besar  tersebut  menunjukkan  koefisien 
kekerabatan  0,53.  Hasil  analisis  kekerabatan  tersebut  dapat  dipergunakan 
sebagai  salah  satu  dasar  dalam  penentuan  tetua  persilangan  untuk  membantu 
program pemuliaan tanaman. 
 
KESIMPULAN 
 
Analisis molekuler menunjukkan bahwa pola pita yang diperoleh dari hasil 
PCR  DNA  8  varietas  tanaman  mangga  menggunakan  penanda  mikrosatelit 
dengan  primer  D1‐D5  dan  V1‐V5  berkisar  antara  2  sampai  9  pita,  dengan  pola 
yang beragam.  Ukuran pita DNA tersebut berkisar antara 72–1353 kb.  
Berdasarkan analisis klaster menggunakan metode UPGMA pada program 
NTSYS  diperoleh  dua  kelompok  besar  kekerabatan  yaitu  kelompok  pertama 

12
terdiri  dari  kultivar  Sophia  dan  Golek  (koefisien  0,59);  kelompok  kedua  terdiri 
dari  kultivar  Arumanis,  Madu  Anggur,  Alphonso,  Saigon,  Manalagi,  dan  Sala 
(koefisien  0,54).    Kelompok  kedua  terdiri  dari  3  sub  kelompok  yaitu  kelompok 
Manalagi  dan  Sala  (koefisien  0,61);    kelompok  Alphonso  dan  Saigon  (koefisien 
0,68);  kelompok  gabungan  Alphonso‐Saigon  dan  Madu  Anggur  (koefisien  0,61). 
Kedua  kelompok  besar  tersebut  menunjukkan  kekerabatan  dengan  koefisien 
0,53. 
 
DAFTAR PUSTAKA 
 
Adato,  A.,  D.  Sharon,  U.  Lavi,  J.  Hillel  dan  S.  Gazit.  1995.  Application  of  DNA 
fingerprints  for  identification  and  genetic  analyses  of  Mangifera  indica 
genotypes. J. Amer. Soc. Hort. Sci. 120 (2):259‐264. 

Anonimous. 1998.  Peta pasar ekspor Indonesia : pisang, mangga dan kentang. 
Pusat  Pengembangan  dan  Informasi  Pasar.    Badan  Agribisnis  Dep. 
Pertanian.  25 pp. 

BPTP  Jatim,  2006,  Seminar  Nasional  Agribisnis  Mangga,  Balai  Pengkajian 

Teknologi  Pertanian  Jawa  Timur,  http://jatim.litbang.deptan.go.id/ 
index.php?option=com_content&task=view&id=155&Itemid=1 

Bredemeijer  G.M.M., P. Arens, D.  Wouters, D. Visser, & B.  Vosman. 1998. The 

use  of  semi‐automatied  fluorescent  microsatellite  analysis  for  tomato 
cultivar identification. Theor. Appl. Genet. 97: 584‐590 

Coronel,  R.  1996.  Status  Report  on  Fruit  Species  Germplasm  Conservation  and 
Utilization  in  Southeast  Asia.  In:    Expert  Consultation  on  Tropical  fruits 
Species of Asia. (Ed) Arora, R.K. & V.R. Rao. IPGRI – New Delhi 

Correa, R. X.,Ricardo V. A., Fabio G. F. Cosme D. C., Maurilio A. M., dan Everaldo 
G. B., 1999. Genetic Distance in Soybean Based on RAPD Markers. (On line), 
http://www.scielo.br/scielo.php diakses 22 April 2004. 

Duval,  M.F.,  Bune,  J.,  Sitbon  and  Risterucchi,  M.    2005.    Development  of 
microsatellite markers for Mangifera indica L.  Molecular Ecology,5 : 824‐
826. 

Eiadthong W., Yonemori K., Sugiura A., Utsunomiya M., Subhadrabandu S. 1999. 
Identification  of  manggo  cultivars  of  Thailand  and  evaluation  of  their 
genetic  variation  using  the  amplified  fragments  by  simple  sequence 

13
 repeat (SSR) anchored primers. Scientia Horticulturae 82: 57‐66 

Ernawanto,  Q.  D.,    G.  Kartono  dan  B.  Irianto,  2007,  Penentuan  Komoditas 
Unggulan  Di  Propinsi  Jawa  Timur  (Determination  of  main  agricultural 
commodities in East Java Province). Balai Pengkajian Teknologi Pertanian 
Jawa  Timur,  http://jatim.litbang.deptan.go.id/index.  php?option= 
com_content &task=view&id=255&Itemid=72  

Jianhua,  Z.,  M.  B.  Mcdonald  dan  P.  M.  Sweeney,  1996.  Soybean  cultivar 
identification using RAPD. Seed Science Technology., 24:589‐592. 
Leung,  H.,  Nelson  R.J.,  dan  Collin.  1993.  Population  structure  of  plant 
pathogenic fungi and bacteria. Adv.  Plant Pathol. 10:157‐205   

Liu, B.H. 1998. Statistical Genomic: Linkage, Mapping and QTL analysis. CRC Press. 
New York, pp. 62 

Maftuchah.  2001.  Strategi  pemanfaatan  penanda  molekuler  dalam 

perkembangan  bidang  hortikultura.  Makalah  Sarasehan  Pemanfaatan 
Penanda  Molekuler  di  Bidang  Hortikultura.    Indonesian  Biotechnology 
Information Centre (IndoBIC). Bogor. 

Maftuchah.  2005‐a.    Analisis  variasi  genetik  mangga  menggunakan  penanda 

RAPD  untuk  perbaikan  karakter  kualitas  buah.  Laporan  Penelitian 
Unggulan  UMM. 

Maftuchah  dan  Zainudin.  2007.  Variasi  genetik  beberapa  kultivar  mangga  

dengan  menggunakan  penanda  molekuler  RAPD.  Seminar  Nasional 
Hortikultura. Universitas Sebelas Maret. Surakarta.  

Maftuchah,  Zainudin,  A.,  dan  Nursandi,  F.  2007.    Analisis  Keragaman  Genetik 
Plasma  nutfah  Mangga  Unggul  Berdasarkan  Penanda  Molekuler  RAPD 
sebagai  Model  Strategi  Seleksi  Dini  Hibrida  Mangga.  Laporan  Program 
Penelitian Fundamental, Ditjen Dikti, Depdiknas.  

Maughan  P.J.,  M.A.  Saghai  Maroof,  &  G.R.  Buss.  1996.  Molecular‐marker 
analysis of seed‐weight: genomic locations, gene action, and evidence for 
orthologous  evolution  among  three  legume  species.  Theor.  Appl.  Genet. 
93: 574‐579. 

Pancoro,  A.,  Annisa,    Suhandhono  S.,    dan  Mulyani  Y.  2005.  Aplikasi  penanda 
molekuler  mikrosatelit  untuk  analisis  keragaman  genetik  dan 
heterozigositas  pada  mangga.  Seminar  Nasional  dan  Kongres  III 
Perhimpunan  Bioteknologi  Pertanian  Indonesia  (PBPI).  Malang,  12‐13 
April 2005. 

14
 Purnomo,  S.,  Sri  Handajani  dan  Saiful  Hosni.  1996.  Penentuan  Kriteria  dan 
Seleksi Kultivar Mangga Produktif. Jurnal Hortikultura. 6(4): 325‐334. 
Rebin, Purnomo S, Hosni S dan Effendy AR.  2002.  Evaluasi dan seleksi varietas 
mangga  Cukurgondang  untuk  karakter  unggul  mutu  buah  dan  efisiensi 
lahan.  Jurnal Hortikultura.  12(1) : 1‐10. 
Sambrook  J.,  E.F.  Fritsch  and  Maniatis,  T.    1989.    Molecular  Cloning  :  A 
laboratory  Manual.  2nd  Edition.    Cold  Spring  Harbor  Laboratory  Press.  
USA. 

Schnell  RJ.,  CM.  Ronning  and  RJ.  Knight.    1995.  Identification  of  cultivars  and 
validation  of  genetic  relationships  in  Mangifera  indica  L.  using  RAPD 
markers. Theor. Appl. Genet 90:269‐274. 

Scott,  K.D.,  P.  Eggler,  G.  Seaton,  M.  Rossetto,  E.M.  Ablett,  L.S.  Lee,  R.J.  Henry.  
2000. Analysis of SSRs derived from grape ESTs. Theor. Appl. Genet. 100: 
723 
Thomas  M.R.,  S.  Matsumoto,  P.  Cain,  &  N.S.  Scott.  1993.  Repetitive  DNA  of 
grapevine:  classes  present  and  sequences  suitable  for  cultivar 
identification. Theor Appl. Genet. 86: 173‐180. 
Treuren,  R.V.,  2000.  Genetic  Marker.  http://  www.plant.wageningen‐
ur.nl/about/Biodiversity/cgn/research/molgen 
Viruel,  MA.,  Escribano,  P.,  Barbien,  m.,  ferri,  M.,  and  Hormaza,  JL.    2005.  
Fingerprinting, embryo type and geographic differentiation in mango with 
microsatellites. Molecular Breeding, 15 : 383‐393. 

Zhao, X & G. Kochert. 1993. Phylogenetic distribution and genetic mapping of a 
(GGC)n microsatellite from Rice (Oryza sativa L.).  Plant Mol. Biol. 21: 607‐
614 
 

15