1.

Model replikasi DNA pada gambar

Model replikasi DNA pada gambar tersebut adalah model replikasi DNA semi-konservatif.
Replikasi ini terjadi ketika rantai DNA lama terpisah dan rantai baru disintesis dengan prinsip
komplementasi pada masing-masing rantai DNA lama. Akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru
yang masing-masing mengandung satu rantai cetakan molekul DNA lama dan satu rantai baru
hasil sintesis.

2. Kesimpulan Percobaan
Pada tahun 1958 Matthew Meselson dan Franklin Stahl berhasil menunjukkan secara empiris
bahwa replikasi DNA berlangsung dengan mekanisme secara semikonservatif. Mereka
menempatkan DNA dalam tabung yang berisi larutan CsCL, kemudian menggunakan suatu alat
yang akan menaikkan densitas dari cairan dalam tabung tersebut sehingga DNA yang berada
dalam tabung tersebut bergabung sesuai jenisnya. Setelah tergabung, diberlakukanlah berbagai
reaksi terhadap tabung tersebut yang hasilnya membuktikan bahwa DNA bereplikasi secara semi
konservatif.
Arthun Kornberg menyimpulkan bahwa DNA Polymerase I (atau Pol I) adalah enzim yang
berpartisipasi dalam proses replikasi DNA.
3. Enzim
 DNA helicase: melepaskan heliks ganda DNA untuk membentuk garpu replikasi
 topoisomerase: membantu meregangkan rantai DNA saat akan dibuka oleh DNA helicase
 RNA Primase: membentuk Primer RNA
 DNA polimerase: membacar rantai DNA utuh dan menggunakanya untuk membentuk
segmen salinan
 DNA ligase: menggabungkan segmen salina (fragmen Okazaki

1) Topoisomerase:
bertanggung jawab dalam proses dimulainya pembukaan double heliks DNA. Tegangan ikat
pada struktur gulungan double heliks DNA dapat dipatahkan dengan penorehan (nicking)
salah satu untai DNA tunggal (topoisomerase I). Topisomerase II menoreh untai DNA dua-
duanya. Topoisomerases I dan II tetap berikatan dengan DNA setelah nicking.

2) Helicase:
Menyempurnakan proses membukanya double heliks, setelah gulungan supercoil
dihilangkan oleh topoisomerase. Dua untai DNA ini secara alami ingin berikatan satu sama
lain karena adanya afinitas ikatan hidrogen, dengan demikian, aktivitas helikase memerlukan
energi dalam bentuk ATP untuk memisahkan menjadi dua untai DNA.

3) DNA polymerase:
–mengkatalisis pembentukan ikatan hidrogen antara nukleotida baru yang akan membentuk
untai baru dengan nukleotida pada untai DNA lama yang berfungsi sebagai pencetak
(template strand).
–mengkatalisis reaksi antara 5' phosphate pada nukleotida baru dan 3' OH bebas pada
polinukleotida yang sedang dibentuk (ikatan phosphodiester). Sebagai hasilnya, untai baru
DNA hanya dapat bertambah panjang pada arah dari 5' ke 3‘.

4) Primase, adalah bagian dari agregat protein yang disebut primeosome. Enzim ini berfungsi
menempelkan primer RNA pendek ke untai tunggal/ single-stranded DNA untuk bertindak
sebagai pengganti 3'OH bagi DNA polymerase sebagai tempat darimana memulai sintesis.
Primer RNA ini pada akhirnya akan dibuang oleh RNase, dan gap/ tempat lowong ini akan
diisi oleh kerja DNA polymerase I.
 5) Ligase:
mengkatalisis pembentukan ikatan phosphodiester antara 3'OH dan 5'phosphate yang
berdekatan. Enzim ini dapat menyambung gap yang tidak tersambungketika RNA primer
dibuang dan kemudian digantikan.

6) Single-stranded binding protein

sangat penting untuk menjaga stabilitas dari replication fork. Single-stranded DNA adalah
sangat labil, atau tidak stabil, oleh karena itu protein ini akan berikatan dengannya ketika
masih dalam keadaan untai tunggal (single stranded) dan menjaganya agar tdk terdegradasi.

4.  Proses pembentukan origin of replication (ORI)

Proses replikasi DNA diawali dengan pemutusan (denaturasi) ikatan antara untai DNA yang satu
dengan untaian komplementernya (secara enzimatis).
Denaturasi awal terjadi pada bagian DNA yang dikenal sebagai ori (origin of replication) atau titik
awal replikasi. Titik mulai (start point) bagi enzim DNA polymerase adalah pada segmen pendek
yang dikenal sebagai RNA primer. Secara termnologi, "primer" menunjukkan perannya untuk
memulai (to "prime“) sintesis DNA pada suatu titik tertentu. Primer ini terletak secara
komplemen terhadap DNA template oleh enzima yang dikenal dengan RNA polymerase atau
Primase.
DNA polymerase, kemudian menambahkan nukleotida satu persatu dalam urutan yang betul-
betul komplemen, yaitu A--T dan G--C.

5. Pembentukan garpu replikasi

Terbentuknya Garpu Replikasi. Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah
struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim
helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat
terbukanya untaian ganda tersebut menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah
untaian tunggal DNA. Masing-masing cabang tersebut menjadi “cetakan” untuk pembentukan
dua untaian DNA baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase
membentuk untaian DNA baru dengan memperpanjang oligonukleotida (RNA) yang dibentuk
oleh enzim primase dan disebut primer.

6. Perbedaan replikasi DNA pada leading strand dan lagging strand

1) Pembentukan leading strand
Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand) ialah untaian DNA yang disintesis
dengan arah 5'→3' secara berkesinambungan. Pada untaian ini, DNA polimerase mampu
membentuk DNA menggunakan ujung 3'-OH bebas dari sebuah primer RNA dan sintesis DNA
berlangsung secara berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan garpu replikasi.

2) Pembentukan lagging strand

Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang berseberangan dengan leading
strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam segmen-segmen yang disebut
fragmen Okazaki. Pada untaian ini, primase membentuk primer RNA. DNA polimerase
dengan demikian dapat menggunakan gugus OH 3' bebas pada primer RNA tersebut untuk
mensintesis DNA dengan arah 5'→3'. Fragmen primer RNA tersebut lalu disingkirkan
(misalnya dengan RNase H dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru
ditambahkan untuk mengisi celah yang tadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu
menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut sehingga sintesis lagging strand
menjadi lengkap.
7. Mekanisme proofreading
Sistem proofreading adalah kegiatan pemeriksaan, artinya enzim akan memeriksa kembali pekerjaan
mereka melalui setiap basa yang mereka tambahkan. Jika polimerase mendeteksi bahwa telah
ditambahkan nukleotida yang salah (pasangannya salah), ia akan segera melepaskan dan mengganti
nukleotida tersebut, sebelum melanjutkan sintesis DNA .
DNA polimerase 3 merupakan lini pertama sistem proofreading saat replikasi berlangsung. Selain
melakukan replikasi, DNA polimerase juga dapat berfungsi mengecek dan mengedit DNA yang salah.
Hal ini diketahui dari studi atau penelitian terhadap berbagai macam DNA polimerase seperti pada
bakteri dan bahkan virus.
Seperti dijelaskan di atas, terkadang dapat terjadi nukleotida yang salah dimasukan ke dalam strand
DNA yang baru. Dalam keadaan normal, nukleotida yang tepat membuat proses replikasi berjalan
secara lancar. Namun pada saat masuk nukleotida yang salah, proses ini berjalan lebih jauh lebih
lambat. Hal ini memungkinkan enzim untuk melakukan cek ulang apakah nukleotida yang dimasukan
sudah sesuai atau sebelum dilakukan proses pembentukan ikatan kovalen. Jadi cara ini berlaku
sebelum terjadi pembentukan ikatan kovalen fosfodiester nukleotida yang baru.
Sistem berikutnya adalah exonuclease proofreading. Proses ini berlangsung segera setelah ikatan
kovalen dengan nukleotida yang salah terbentuk. Dikarenakan adanya ketidakcocokan, maka ikatan
hidrogen tidak terbentuk dengan semestinya. Hal ini menyebabkan posisi molekul tidak sesuai
sehingga DNA polimerase akan berhenti melakukan replikasi.
Nukleotida yang salah ini kemudian akan dipindahkan ke situs lain dalam enzim DNA polimerase.
Kemudian, nukleotida yang salah ini akan dibuang dan diganti dengan nukleotida yang seharusnya.
Apabila dibandingkan dengan proses translasi RNA, kesalahan pada proses replikasi 100.000 kali
lebih sedikit. Hal ini berkat adanya sistem proofreading tersebut. RNA polimerase tidak memiliki
kemampuan editing seperti halnya DNA polimerase.
 8. Table

perbedaan replikasi DNA pada prokariot dan eukariot