Computacin con ADN Computacin con ADN

Fundamentos de bioqumica Fundamentos de bioqumica

El experimento de El experimento de Adleman Adleman
Jos M. Jos M. Sempere Sempere
Departamento de Sistemas Informticos y Computacin Departamento de Sistemas Informticos y Computacin
Universidad Politcnica de Valencia Universidad Politcnica de Valencia
Fundamentos de bioqumica Fundamentos de bioqumica
1. 1. Estructura del ADN: los nucletidos Estructura del ADN: los nucletidos
2. 2. El ARN y las El ARN y las proteinas proteinas
3. 3. Del ADN a las Del ADN a las proteinas proteinas: enzimas. : enzimas. transcripcin transcripcin y traduccin y traduccin
4. 4. Medidas sobre el ADN (los perifricos de lectura) Medidas sobre el ADN (los perifricos de lectura)
5. 5. Operaciones sobre el ADN Operaciones sobre el ADN
Bibliografa del tema Bibliografa del tema
DNA Computing. G. Pun. G. Rozenberg. A. Salomaa. Springer. 1998
Computational Molecular Biology. An Introduction. P. Clote. R. Backofen.
1ohn Wiley & Sons. Ltd. 2000.
Molecular Biology of the Cell. B. Alberts et al. Garland. NY. 1994.
Estructura del ADN Estructura del ADN
ADN ADN : polmero formado por cidos nucleicos llamados (desoxirribo)nucletidos
Grupo fosfato + Azcar
(desoxirribosa)
+ Base nitrogenada
O P O
O
O
CH
2
H
H
OH
O
C
C C
C
H
CH
3
NH
N
CH
O
C
C
C O
1` 1`
2` 2` 3` 3`
4` 4`
5` 5`
grupo hidroxil
Bases nitrogenadas de los nucletidos Bases nitrogenadas de los nucletidos
Purinas Purinas
Pirimidinas Pirimidinas
Adenina (A) Adenina (A) Guanina (G) Guanina (G)
Timina (T) Timina (T)
HC
NH
NH
H
3
C
C
C
C O
O
T T
Citosina (C) Citosina (C)
HC
N
NH
C
HC
C O
NH
2
C C
C
N
N
C
C
CH
NH
2
A A
N
HC
NH
HC
C
NH
N
C
C
C NH
2
G G
N
NH
O
Enlaces en los nucletidos Enlaces en los nucletidos (I) (I)
Enlace Enlace fosfodister fosfodister (covalentes): (covalentes): formacin de hebras
El grupo fosfato 5 de un nucletido se enlaza con el grupo
hidroxil 3 del otro nucletido. Forman un enlace fuerte
Direccionalidad
P P
P P P P
A A C C G G
5-3
P P
P P P P
A A C C G G
5` 5`- -ACG ACG
3` 3`- -ACG ACG
3-5
Enlaces no covalentes dbiles Enlaces no covalentes dbiles
Enlaces de hidrgeno:
formacin de hebras dobles
enlazando las bases.
Estructura doble helicoidal
Regla de Watson-Crick
(hebras complementarias)
A A - - T T
G G - - C C
hebra 1
hebra 2
direccin 5-3 direccin 3-5
A
T
T
C
G
C
G
A
T
...
T
A
A
G
C
G
C
T
A
...
Enlaces en los nucletidos Enlaces en los nucletidos (II) (II)
Estructura del ARN Estructura del ARN
ARN ARN : polmero formado por cidos nucleicos llamados (ribo)nucletidos
Diferencias entre el ADN y el ARN
Se sustituye el azcar desoxirribosa por el ribosa
Se sustituye la timina (T T) por el uracilo (U U)
Se forma una nica hebra que puede formar enlaces entre sus bases
Algunos tipos de ARN
mRNA (mensajero)
tRNA (de transferencia)
rRNA (ribosmico)
snRNA (pequeo nuclear)
gRNA (de gua)
Estructura de las Estructura de las proteinas proteinas (I) (I)
proteinas proteinas : polmero formado por aminocidos
N C
H
H
OH
R
O
C
grupo amino
H
grupo carboxil
cadena residual
(diferencia cada uno de los 20 posibles aminocidos)
carbono
Estructura de las Estructura de las proteinas proteinas (II) (II)
Enlaces peptdicos entre los aminocidos
N C
H
H R
O
C
H
N C
H R
O
C
H
Tipos de Tipos de proteinas proteinas
globulares (enzimas)*
fibrilares (colgeno, elastina)
de membrana
* facilitan o aceleran ciertas reacciones qumicas
Del ADN a las Del ADN a las proteinas proteinas
ADN ADN
ARN de ARN de
transcripcin transcripcin
mRNA mRNA
proteina proteina
transcripcin
traduccin
splicing
TATA ...
ncleo ncleo
secuencia promotora
(RNA polimerasa)
A C G T A C G T
U G C A U G C A
clula clula
Medidas sobre el ADN Medidas sobre el ADN (los perifricos de lectura) (I) (los perifricos de lectura) (I)
longitud del ADN ADN =
en hebras simples es el nmero de nucletidos (mer)
en hebras dobles es el nmero de pares de bases (bp)
Tcnica de medida de la longitud : electroforesis con gel
+ + - -
movimiento del ADN ADN
Medidas sobre el ADN Medidas sobre el ADN (los perifricos de lectura) (II) (los perifricos de lectura) (II)
Localizacin de molculas especficas de ADN ADN
ATTCGCC .... CGT ATTCGCC .... CGT
TAAGCGG .... GCA TAAGCGG .... GCA


- -
+
=






- - - -
Operaciones con ADN Operaciones con ADN
Separacin y fusin de hebras de ADN
desnaturalizacin : Separacin de dos hebras de ADN ADN (por calentamiento)
renaturalizacin : Fusin de dos hebras de ADN ADN (por enfriamiento)
hibridacin : Fusin de dos hebras de distinto origen
ADN ADN-ADN (radiado)
ADN-ARN
ADN-ADN (de distintos organismos)
Operaciones con ADN Operaciones con ADN
Alargamiento de hebras de ADN
Enzimas agentes : ADN ADN polimerasas
Otros componentes : nucletidos y una hebra complementaria
ACG ...
TGCGCCGCGCC ...
ACGCGGC ...
TGCGCCGCGCC ...
5-3
Enzimas agentes : ADN ADN transferasas terminales
Otros componentes : nucletidos
3-5
ACGCGGCGCGG
TGCGCCGCGCC
ACGCGGCGCGGAAAA
AAAATGCGCCGCGCC
Operaciones con ADN Operaciones con ADN
Acortamiento de hebras de ADN
Enzimas agentes : ADN ADN nucleasas (exonucleasas)
ACGCGGCGCGG
TGCGCCGCGCC
ACGCGGCGCG
GCGCCGCGCC
ACGCGGCGC
CGCCGCGCC
ACGCGGCGCGG
TGCGCCGCGCC
CGCGGCGCG
GCGCCGCGC
GCGGCGC
CGCCGCG
Bal31
Bal31
Exonucleasa III
Exonucleasa III
Operaciones con ADN Operaciones con ADN
Fragmentacin de ADN
Enzimas agentes : ADN ADN nucleasas (endonucleasas)
ACGCGGCGCGG
TGCGCCGCGCC
ACGAATTCCGG
TGCTTAAGGCC
EcoRI
S1
no especficas
ACGC
TGCG
GGCGCGG
CCGCGCC
restrictivas
ACG
TGCTTAA
AATTCCGG
GGCC
Operaciones con ADN Operaciones con ADN
Enlaces de ADN
Enzimas agentes : ADN ADN ligasas
ACGAATTCCGG
TGCTTAAGGCC
enlace de hidrgeno
ACG
TGCTTAA
AATTCCGG
GGCC
ACG
TGCTTAA
AATTCCGG
GGCC
OH
OH
P
P
ADN ADN ligasas
Operaciones con ADN Operaciones con ADN
Modificacin de los nucletidos del ADN
Enzimas agentes : ADN ADN metilasas
Multiplicacin del ADN (Reaccin en Cadena de la Polimerasa, RCP)
1 desnaturalizacin
ACGAATTCCGG
TGCTTAAGGCC
ACGAATTCCGG
TGCTTAAGGCC
ACGAATTCCGG
GCC
ACG
TGCTTAAGGCC
ACGAATTCCGG
TGCTTAAGGCC
ACGAATTCCGG
TGCTTAAGGCC
2 priming 3 extensin
Operaciones con ADN Operaciones con ADN: : Leyendo la secuencia de nucletidos
Tcnica de secuenciacin (mtodo de Sanger)
Polimerasa + nucletidos anlogos
cadena objetivo


G
C T A
tubos con nucletidos anlogos
A
C
G
T
G C A A G A C A C A C A C A T
G C A A G A C A C A C A C A T
G C A A G A C A C A C A C A T
El experimento de El experimento de Adleman Adleman
El Problema del Camino Hamiltoniano
3
4
0
1
2
5
6
vin = 0
vout = 6
Solucin : 0-1-2-3-4-5-6
G
El experimento de El experimento de Adleman Adleman
Algoritmo no determinista para el Problema del Camino Hamiltoniano
Input : G, vin y vout
Paso 1: Generar aleatoriamente caminos en G
Paso 2: Eliminar los caminos que no comienzan por vin o no terminan por vout
Paso 3: Eliminar los caminos que no tienen exactamente n vrtices
Paso 4: Para cada vrtice v, rechazar los caminos que no incluyan a v
Output : SI (si queda algn camino) NO (en caso contrario)
El experimento de El experimento de Adleman Adleman
Codificacin mediante ADN de los datos de entrada
Cada vrtice se codifica con una hebra de 20 nucletidos (s
i
)
s
2
= TATCGGATCGGTATATCCGA
s
3
= GCTATTCGAGCTTAAAGCTA
Cada arista se codifica a partir de los 10 ltimos nucletidos del vrtice de origen
y los 10 primeros nucletidos del vrtice de destino. Posteriormente se le aplica un
homomorfismo complementario h(A)=T, h(T)=A, h(C)=G y h(G)=C
e
23
= CATATAGGCTCGATAAGCTC
El experimento de El experimento de Adleman Adleman
Posibles hebras de ADN formadas en un tubo
s
1
s
3
s
4
s
1
s
2
s
3
e
13
e
34
e
41
e
12
e
23
e
32
s
0
s
3
s
2
s
1
e
03
e
32
e
21
s
0
s
6
e
06
El experimento de El experimento de Adleman Adleman
Formalizacin del experimento de Adleman
Un tubo es un multiconjunto de cadenas sobre el alfabeto ] A.T.C.G ]
Operaciones sobre tubos
merge(N
1
.N
2
) Forma la unin de los tubos N
1
y N
2
amplify(N) Produce dos copias del tubo N
detect(N) Detecta si en el tubo N hay al menos una hebra de ADN (booleano)
separate(N.w) Produce dos tubos +(N.w) y -(N.w) con las hebras de ADN
que contienen w como subcadena y con las que no la contienen
Length-separate(N.n) Produce un tubo (N. n) con todas las hebras de ADN
con longitud menor o igual que n
Position-separate(N.w) Produce un tubo B(N.w) E(N.w) con todas las hebras
de ADN que empiezan o terminan por w
El experimento de El experimento de Adleman Adleman
El algoritmo de resolucin con operaciones sobre ADN
(1) input(N)
(2) N B(N.s
0
)
(3) N E(N.s
6
)
(4) N (N. 140)
(5) para i1 hasta 5 hacer
N +(N.s
i
)
(6) detect(N)