BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Pendahuluan

Inti dari suatu penelitian senyawa obat adalah pengembangan zat aktif baru untuk
menyembuhkan penyakit yang dengan terapi obat sampai saat ini tidak atau belum berjalan
seperti yang diharapkan, atau untuk mengurangi resiko terapeutik jika dibandingkan dengan
obat lama.
Perkembangan kimia komputasi menawarkan sebuah solusi dalam desain senyawa
obat baru. Salah satu metode kimia komputasi yang populer dalam desain obat adalah
Hubungaan Kuantitatif Struktur-Aktivitas (HKSA). 
Setiap suatu senyawa aktif yang diketahui perubahan strukturnya dengan perubahan
aktivitas biologinya dinamakan mempelajari Structure Activity Relationship (SAR) atau
Hubungan Struktur Aktivitas (HSA). Jenis dan intensitas hubungan antaraksi antara senyawa
obat dan sistem biologik sangat ditentukan oleh sifat fisika dan kimia molekul obat. Sifat ini
adalah hasil dari jenis dan jumlah serta ikatan antar atom dan susunan ruang atom yang
membentuk molekulnya.
Dalam mempelajari aktivitas suatu obat dengan metode Quantitative Structure
Activity Relationship (QSAR) atau Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas (HKSA),
diperlukan parameter-parameter fisika kimia tertentu yang berkaitan, sehingga dapat
digunakan untuk memprediksi molekul obat baru yang lebih potensial. Ada tiga macam
parameter fisika kimia, yaitu parameter hidrofobik, efek elektronik, dan efek sterik. 
Hubungan kuantitatif struktur dan aktivitas biologis obat (HKSA) merupakan bagian
penting rancangan obat, dalam usaha mendapatkan suatu obat baru dengan aktivitas yang
lebih besar, keselektifan yang lebih tinggi, toksisitas atau efek samping sekecil mungkin dan
kenyamanan yang lebih besar. Selain itu dengan menggunakan model HKSA, akan lebih
banyak menghemat biaya atau lebih ekonomis, karena untuk mendapatkan obat baru dengan
aktivitas yang dikehendaki, faktor coba-coba ditekan sekecil mungkin sehingga jalur sintesis
menjadi lebih pendek.
Hubungan kuantitatif antara aktivitas biologis dan parameter yang menggambarkan
perubahan sifat kimia fisika, yaitu parameter hidrofobik, elektronik dan sterik, pada suatu seri
molekul, mulai dikembangkan secara lebih intensif. Hubungan atau korelasi yang baik
digunakan untuk menunjang interaksi obat-reseptor dan meramalkan jalur sintesis obat yang
lebih menguntungkan.

1.2 Rumusan Masalah

 Bagaimana hubungan kuantitatif struktur aktivitas biologis obat?

1.3 Tujuan
 Untuk mengetahui hubungan kuantitatif struktur aktivitas biologis obat
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas Biologis Obat

Analisis Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas (HKSA) merupakan salah satu

aplikasi dari kimia komputasi dan juga bagian yang dipelajari dalam bidang kimia medisinal.
Dengan metoda analisis HKSA, senyawa yang akan disintesis dapat didesain terlebih dahulu
berdasarkan hubungan antara sifat-sifat kimia serta fisik molekul dengan aktivitas
biologisnya, dengan menggunakan hubungan tersebut, aktivitas teoritik suatu senyawa baru
dapat diprediksi, dan dengan demikian fokus riset dapat dipersempit, biaya dan waktu pun
dapat dihemat.
HKSA bertujuan untuk menghubungkan struktur molekul dengan aktivitas atau sifat
biologi yang menggunakan metode statistik. dengan A/S merupakan aktivitas atau sifat dan f
merupakan fungsi yang tergantung pada struktur molekul atau deskriptor molekul. Aktivitas
biologi dapat dinyatakan dalam log 1/C, Ki, IC50, ED50, EC50, log K, dan Km.
Selain hubungan dengan aktivitas atau sifat biologis, HKSA juga dapat digunakan
untuk menentukan sifat fisik dan sifat toksik suatu senyawa. Toksisitas senyawa biasa
ditentukan secara kuantitatif dalam ukuran konsentrasi efektif (Effective Concentration, EC
atau Effective Dose, ED), konsentrasi inhibisi (Inhibiton Concentration, IC) atau konsentrasi
mematikan (Lethal Dose, LD).

2.1.1 Metode Yang Digunakan Dalam Kajian HKSA:

a. Metode Hansch
Metode HKSA pertama dan yang paling terkenal adalah model yang diusulkan oleh
Hansch yang menyatakan hubungan lipofilitas relatif dengan potensi biologi yang
digabungkan dengan hubungan energi bebas linier (LFER) untuk model persamaan umum
HKSA dalam konteks biologi (Topliss, 1983). Lebih jauh, Hansch menyatakan bahwa
hubungan struktur kimia dengan aktivitas biologis (log 1/C) suatu turunan senyawa dapat
dinyatakan secara kuantitatif melalui parameter-parameter sifat fisika kimia dari substituen
yaitu parameter hidrofofobik (π), elektronik (σ), dan sterik (Es) yang terdapat pada molekul.
Persamaan Hansch yang menyatakan hubungan struktur kimia dengan aktivitas biologis
melalui parameter hidrofobik, sterik, dan elektronik dituliskan pada persamaan (3).
log (1/C) = -kπ2 + k′π + ρσ + k″ (3)
log (1/C) = -k(log P)2 + k′(log P) + ρσ + k″ (4)
dengan C merupakan konsentrasi molar (atau dosis) sebagai ukuran aktivitas biologis
(misalnya: ED50, MED, dan IC50), π merupakan lipofilisitas substituen, log P merupakan
koefisien partisi, σ merupakan efek elektronik Hammet pada substituen, dan k, k′, ρ, dan k″
merupakan koefisien regresi yang berasal dari analisis statistik. Persamaan (4) merupakan
bentuk alternatif dari persamaan (3).
Nilai 1/C mencerminkan fakta bahwa potensi yang tinggi berhubungan dengan dosis yang
lebih rendah, dan tanda negatif dari π2 atau log P2 merupakan perkiraan lipofilisitas
optimum, yang disimbolkan dengan πo atau log Po.
 Dalam analisis Hansch parameter-parameter diperlakukan sebagai variabel bebas
(prediktor) untuk menerangkan harga aktivitas biologis. Analisis regresimultilinear banyak
digunakan dalammenurunkan koefisien model. Hansch mempelajari senyawa yang sudah
mempunyai kerangka dengan variasi struktur terbatas pada gugus fungsional pada sisi yang
spesifik. dengan menggunakan cara ini telah diterapkan dalam memprediksi pengaruh
substituen dalam sejumlah besar uji biologi (Richon and Young, 2000).

b. Metode Free-Wilson
Free dan Wilson mengusulkan suatu model matematika untuk menaksir efek
substituen tambahan dan untuk memperkirakan besar efek tersebut secara kuantitatif. Model
matematika tersebut dituliskan pada persamaan (2).

BAi = Σ aj Xij + μ (2)

dengan BA merupakan aktivitas biologi, Xj merupakan substituen ke-j dengan nilai 1 bila ada
dan 0 bila tidak ada, merupakan kontribusi dari substituen ke-j kepada BA, dan μ adalah
aktivitas dari senyawa induk.
Metode Free-Wilson digunakan jika cara kerja obat tidak diketahui, uji biologis
lambat dari pada sintesis senyawa turunannya, dan atau sifat-sifat fisika kimia substituen
tidak diketahui. Model ini didasarkan pada perkiraan bahwa masing-masing substituen pada
struktur senyawa induk memberikan sumbangan tetap pada aktivitas bilogis. Perkiraan dasar
pada model Free-Wilson adalah semua obat yang diuji harus mempunyai struktur induk sama
dan substituen harus memberikan aktivitas biologis secara aditif dalam kedudukan yang sama
dengan jumlah tetapan yang bebas dari ada atau tidaknya substituen.
Keuntungan penggunaan model Free-Wilson dibanding model Hansch dalam studi
HKSA antara lain adalah pengerjaannya yang cepat, sederhana dan murah; tidak memerlukan
informasi tentang tetapan substituen seperti π, σ dan Es; lebih efektif terutama jika uji
biologis lebih lambat dibanding sintesis senyawa turunan, dan jika tidak terdapat tetapan
substituen (Seydel,1990). Kelemahan dari metoda ini adalah tak dapat digunakan untuk
memperkirakan aktivitas yang di luar substituen yang digunakan dalam seperangkat data
dengan cara ekstrapolasi persamaan regresi.
Kelemahan dari metoda ini adalah tak dapat digunakan untuk memperkirakan
aktivitas yang di luar substituen yang digunakan dalam seperangkat data dengan cara
ekstrapolasi persamaan regresi. Salah satu pemanfaatan metode analisis ini yang bisa
dilakukan adalah pengembangan senyawa antioksidan dan antiradikal.

c. Metode HKSA-3D
Analisis HKSA tiga dimensi (3D) dikembangkan sebagai antisipasi permasalahan
yang terdapat pada analisis Hansch, yaitu senyawa-senyawa enantiomer yang memiliki
kuantitas kimia fisika sama tetapi aktivitas biologi berbeda. Ternyata diketahui bahwa efek
stereokimia memegang peranan penting pada harga aktivitas biologis.
Metode HKSA 3D menggunakan analisis perbandingan medan molekular atau Comparative
Molecular Field Analysis (CoMFA). CoMFA dikembangkan sebagai pendekatan lain yang
memasukkan bentuk deskriptor dalam HKSA. Metode ini berusaha menyusun suatu
hubungan antara aktivitas biologi dan sifat sterik dan atau elektrostatik dari suatu seri
senyawa.
Metode CoMFA berdasarkan pada congeneric suatu seri molekul. Molekul-molekul
tersebut terhampar sehingga strukturnya tumpang tindih dan berada pada konformasi dengan
aktivitas optimum. Medan molekular masing-masing molekul kemudian dihitung dengan
menempatkan molekul yang tumpang tindih dalam bentuk tiga dimensi.

2.1.2  Parameter Sifat Kimia dan Fisika Dalam HKSA

a.      Parameter hidrofobik
Koefisien partisi oktanol/air yang dinyatakan dalam log P merupakan standar
kuantitas untuk menentukan sifat hidrofobik/hidrofilik suatu molekul. Parameter
hidrofobik/hidrofilik adalah sifat yang sangat penting dalam aplikasi biomedis. Sebagai
contoh aplikasinya adalah untuk memperkirakan distribusi obat dalam tubuh. Obat-obat yang
bersifat hidrofobik dengan koefisien partisi tinggi akan terdistribusi pada kompartemen yang
bersifat hidrofobik pula, misalnya lapisan lemak, sedangkan obat-obat yang bersifat hidrofilik
dengan koefisien partisi rendah akan terdistribusi pada kompartemen hidrofilik, misalnya
serum darah.  Nilai log P dalam oktanol/air merupakan rasio logaritma konsentrasi zat terlarut
dalam oktanol dengan konsentrasi zat terlarut dalam air. Secara matematis dituliskan dalam
persamaan (5).
b.      Parameter elektronik
Penggunaan struktur elektronik sebagai prediktor dalam studi HKSA cenderung
disukai karena dapat ditentukan secara teoritik dan hasil yang diperoleh cukup memuaskan.
Dalam hal ini, metode kimia kuatum dapat digunakan untuk meminimalkan energi potensial
dalam struktur molekul serta memperkirakan muatan atom, energi molekular orbital, dan
deskriptor elektronik lainnya yang dapat menunjang studi HKSA.
Postulat mekanika kuantum menjadi dasar perhitungan dalam kimia kuantum. Dalam
kimia kuantum, sistem digambarkan sebagai fungsi gelombang yang dapat diperoleh dengan
menyelesaikan persamaan Schrödinger. Persamaan ini terkait dengan sistem dalam keadaan
stasioner dan energi sistem dinyatakan dalam operator Hamiltonian. Operator Hamiltonian
dapat dilihat sebagai aturan untuk mendapatkan energi terasosiasi dengan sebuah fungsi
gelombang yang menggambarkan posisi dari inti atom dan elektron dalam sistem.
Energi dan fungsi gelombang sistem dalam keadaan stasioner diberikan dengan penyelesaian
persamaan Schrödinger yang ada pada persamaan (6).

ψψEH=∧                                                   (6)

dengan ∧H adalah operator Hamiltonian yang menyatakan energi kinetik dan energi potensial
dari suatu sistem yang mengandung elektron dan inti atom, ψ adalah fungsi gelombang yang
merupakan fungsi koordinat inti dan elektron yang berisikan semua informasi mengenai
koordinat sistem, dan E adalah energi total dari sistem. Sifat molekul yang dapat dihitung
melalui penyelesaian persamaan di atas adalah geometri molekul, stabilitas relatif, dipol, dan
muatan atomik.
Metode yang berdasarkan medan gaya molekular klasik dan metode kimia kuantum,
masing-masing dapat digunakan untuk meminimalkan energi potensial struktur molekul.
Kedua pendekatan tersebut dapat digunakan untuk perhitungan secara termodinamik dan
momen dwi kutub tetapi hanya metode kimia kuantum yang dapat memperkirakan muatan-
muatan atom, energi orbital molekul, dan beberapa deskriptor elektronik lainnya dalam studi
HKSA. Metode kimia kuantum dapat diaplikasikan dalam HKSA dengan menurunkan
deskriptor elektronik secara langsung dari fungsi gelombang molekular.
c.      Parameter sterik
Parameter sterik yang sering digunakan dalam penelitian adalah berupa indeks
topologi. Pada hampir setiap kasus, para kimiawan lebih memilih untuk menggunakan indeks
topologi sebagai parameter sterik untuk melakukan evaluasi terhadap toksisitas dan untuk
memprediksi aktivitas biologi. Hal ini karena indeks topologi menawarkan cara yang mudah
dalam pengukuran cabang molekul, bentuk, ukuran, siklisitas, simetri, sentrisitas, dan
kompleksitas.
Topologi molekul dapat digunakan sebagai pengujian molekul numerik dalam HKSA
atau HKSS. Indeks topologi menjelaskan bahwa suatu struktur kimia, disebut sebagai grafik
kimia, yaitu suatu model kimia yang digunakan untuk menjelaskan sifat interaksi antara
obyek-obyek kimia (atom, ikatan, gugusan atom, molekul, pasangan molekul, dan
sebagainya).
Suatu grafik G = G(V,E),  oleh Ivanciuc dan Balaban (1998) dijelaskan sebagai
pasangan terurut yang terdiri dari dua buah himpunan V = V(G) dan E = E(G). Unsur-unsur
pada himpunan V(G) disebut vertices(puncak) dan unsur-unsur pada himpunan E(G),
termasuk hubungan biner antara puncak-puncak disebutedges (tepi). Jumlah
puncak N menggambarkan jumlah unsur-unsur pada V(G), N = |V(G)| dan jumlah
tepi Mmenggambarkan jumlah unsur-unsur pada E(G), M = |E(G)|. Puncak-puncak suatu
grafik diberi nama dari 1 sampai N, E(G) = (ν1, ν2, ..., νN), dan tepi yang menghubungkan
puncak-puncak νi  dan νj  disebut eij. Dua buah puncak νi  dan νj  pada grafik G disebut
berdekatan atau berbatasan bila terdapat tepi eij  yang menyertainya.

2.1.3  Analisis Statistik dalam HKSA

Analisis statistik diperlukan dalam pengolahan data-data untuk menemukan sebuah
persamaan HKSA. Hubungan antara struktur dan aktivitas biologi suatu zat adalah linier.
Linieritas suatu fungsi dapat ditentukan dengan metode regresi linier. Bila dilihat dari jumlah
variabel bebas, analisis regresi linier terdiri dari dua macam, yaitu analisis regresi linier
tunggal dan analisis regresi multilinier atau Multilinear Regression (MLR).
Regresi terkait dengan prediksi, yang dengannya dapat digunakan untuk membuat
model statistik yang menggunakan beberapa data berupa satu set variabel bebas (prediktor)
untuk memperkirakan harga variabel tergantung prediksi. Dalam hal ini, analisis korelasi
sangat penting untuk mengetahui hubungan antarvariabel.
Pada analisis regresi linier tunggal, dengan hanya terdapat sebuah variabel bebas, X,
hubungan fungsional dapat dituliskan pada persamaan (10).

Yi = f(Xi) + ∈i                                                (10)

dengan Yi adalah data yang diamati, Xi adalah model fitting, dan ∈i adalah residu, yaitu data-
data yang menyebar di atas atau di bawah garis linier.
 Untuk kasus tertentu dimana terdapat beberapa variabel bebas, digunakan analisis
regresi multilinier, dengan asumsi adanya hubungan linier antara variabel-variabel bebas
dengan variabel tergantung. Persamaan regresi multilinier dituliskan pada persamaan (11).

Yi = βo + β1X1i + β2X2i + ∈i                                                  (11)

dengan :
βo = intersep Y
β1 = slope dari Y dengan variabel X1 (variabel X2 konstan)
β2 = slope dari Y dengan variabel X2 (variabel X1 konstan)
∈i = tingkat kesalahan acak pada Y untuk pengamatan i
Syarat dalam analisis dengan MLR adalah bahwa masing-masing deskriptor saling
tidak tergantung dan bebas kesalahan untuk menghindari adanya kolinieritas karena akan
menyebabkan kesalahan dalam hasil regresi (Jolles dan Wooldridge, 1984). Untuk itu,
analisis korelasi antar variabel bebas sangat penting dilakukan sebelum melakukan analisis
regresi multilinier. Analisis korelasi dilakukan untuk mengukur hubungan antara satu set
variabel. Semakin tinggi nilai korelasi, maka semakin erat hubungan antara dua variabel.
Tujuan utama analisis regresi linier adalah untuk mengetahui hubungan linier antara variabel
tergantung dan variabel bebas. Semakin linier hubungan kedua variabel, maka akan semakin
baik model persamaan HKSA yang didapat. Parameter statistik yang dapat digunakan sebagai
faktor uji adalah berupa nilai r, F, dan SE.
Koefisien korelasi, yang dinyatakan dengan r, merupakan ukuran kekuatan hubungan
antara variabel tergantung (Y) dengan variabel bebas (X). Nilai r berjarak dari -1 hingga +1.
Nilai -1 menandakan bahwa hubungan X dan Y negatif sempurna, sedangkan nilai +1
menyatakan hubungan positif sempurna. Jadi, jika r mendekati ± 1, maka hubungan linier
antara X dan Y semakin kuat. Jika r = 0, slope akan sama dengan nol, dan X tidak dapat
digunakan untuk memprediksi Y.
F merupakan ukuran perbedaan tingkat signifikansi dari model regresi. Nilai F dihitung
dengan rumus yang dituliskan pada persamaan (13).
F = r2(n-k-1)
K(1-r2)                                                   (13)

Signifikansi dari persamaan regresi terjadi apabila nilai Fhitung lebih besar dariapada Ftabeluntuk
batas konfidensi yang ditentukan. Untuk analisis HKSA, tingkat konfidensi yang biasa
digunakan adalah 95% atau 99%.
Kadang-kadang dalam suatu set data, terdapat beberapa data di sekitar garis linier. dengan
Yi adalah nilai Y yang diteliti untuk nilai-nilai Xi dan yang diberikan dalam data.
Untuk suatu kasus tertentu dengan jumlah variabel yang banyak, misalnya dalam analisis
HKSA antitoksoplasma senyawa turunan kuinolon yang melibatkan tiga jenis deskriptor
dengan total variabel sebanyak 18 buah dapat dilakukan proses analisis menggunakan analisis
faktor atau PCA (Principal Component Analysis). PCA merupakan suatu teknik dalam
mereduksi sejumlah data dengan adanya korelasi dalam data tersebut. Jika masing-masing
variabel tidak mempunyai korelasi, maka teknik PCA tidak dapat digunakan.
Ide di balik PCA adalah untuk menemukan komponen-komponen utama, Z1, Z2, ..., Zn yang
merupakan kombinasi linier dari variabel asli yang mendeskripsikan masing-masing senyawa
X1, X2, ..., Xn.
Z1 = a11X1 + a12X2 + a13X3 + ... a1nXn                                                                          (15)
Z2 = a21X1 + a22X2 + a23X3 + ... a2nXn,                                                       (16)
Zn = ........ dst

Dalam analisis dengan PCA, dilakukan suatu penyederhanaan struktur data dan
dimensi yang cukup besar, khususnya apabila variabel yang dihadapi cukup banyak.
Kemudian, untuk menentukan parameter statistik yang dapat digunakan untuk memprediksi
aktivitas antitoksoplasma secara teoritis digunakan perhitungan dengan teknik Principal
Component Regression (PCR).
 BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
Analisis Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas (HKSA) merupakan salah satu
bagian yang dipelajari dalam bidang kimia medisinal untuk memetakan hubungan antara
struktur dengan aktivitas suatu senyawa kimia, sehingga didapatkan suatu model yang dapat
menjelaskan jenis senyawa yang paling potensial untuk dikembangkan dalam penemuan obat
baru. Metode HKSA yang sering digunakan dalam penentuan obat baru yaitu metode Hansch,
Free-Wilson, dan metode HKSA-3D. Parameter sifat kimia dan fisika yang terdapat pada
molekul senyawa dan berhubungan dengan HKSA yaitu parameter hidrofofobik (π),
elektronik (σ), dan sterik (Es). Dalam penemuan dan pengembangan obat baru analisa
statistik diperlukan untuk menemukan sebuah persamaan HKSA.
 DAFTAR PUSTAKA

Sari,F. 2012. Hubungan Struktur Aktivitas (HSA) dan Hubungan Kuantitatif Struktur
Aktivitas (HKSA). http://framitasari.blogspot.co.id/2012_04_01_archive.html.
07/09/15.
Siswandono., dan Soekardjo B. 2000. Kimia Medisinal I. Surabaya: Airlangga Univ. Press.
Siswandono., dan Soekardjo B. 2008. Kimia Medisinal II. Surabaya: Airlangga Univ. Press.