INTRODUCCIN A LA BIOLOGA COMPUTACIONAL http://www-2.dc.uba.

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Materia optativa para la Licenciatura en Ciencias de la Computacin y para el Doctorado en Ciencias de la Computacin. Abierta a alumnos de grado y doctorado de otros departamentos, especialmente de Biologa. Profesora

Irene Loiseau irene@dc.uba.ar

Docentes auxiliares:

Cristian Rocha crocha@dc.uba.ar Roco Romero Zaliz rromero@dc.uba.ar Viviana Cotik vcotik@dc.uba.ar

Colaboradores:
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Fernan Aguero, Universidad de San Martin Norberto Iusem, Prof. Depto. FBMC, FCEN, UBA

Objetivos y organizacin de la materia: El objetivo de la materia es que los alumnos de computacin estudien los algoritmos que se usan para resolver problemas de biologa de gran actualidad, y que los alumnos de biologa u otras disciplinas afines, tengan las nociones bsicas de como funcionan los mtodos computacionales que se usan para resolver dichos problemas, cules son los que se usan en los paquetes computacionales ms conocidos, y la confiabilidad de los resultados que los mismos proveen. Tambin es un objetivo importante del curso el fomentar el trabajo interdisciplinario entre los alumnos. Parte de la materia tendr la estructura de un seminario, muchos de los temas sern expuestos por los alumnos. Para conseguir uno de los objetivos ya mencionados de la materia y como ya se hizo en oprotunidades anteriores se formarn grupos interdisciplinarios de alumnos para las exposiciones y la presentacin de trabajos. Las nociones bsicas de biologa necesarias sern presentadas por estudiantes de biologa que quieran participar, o por alguno de los bilogos que trabajan en colaboracin con nuestro grupo en estos temas. Se dar tambin una introduccin especial a las nociones

bsicas de algoritmos para los alumnos de biologa y carreras afines. Los algoritmos que se usan en cada tema sern presentados por los alumnos de computacin. Dada la modalidad de la misma se espera que los alumnos asistan a la mayora de las clases. Se realizarn trabajos prcticos haciendo algunos desarrollos y usando paquetes conocidos para estos problemas y bases de datos pblicas, includos los que estn instalados en nuestro Dpto.

Programa resumido A continuacin se presenta el temario bsico. Se podrn agregar temas que propongan los asistentes de acuerdo a su inters.
1. Nociones bsicas de algoritmos,complejidad, rboles, grafos, strings, para alumnos de biologa, mdicos, qumicos etc. 2. Conceptos bsicos de biologa molecular e introduccin a los recursos biolgicos para alumnos de computacin. Arquitectura de protenas. Introduccin a la estructura DNA. Gentica. Visin de los objetivos del proyecto Genoma. Incumbencias de la bioinformtica. Glosario de trminos genticos. 3. Algoritmos para comparacin de secuencias y bsqueda en base de datos.Alineamiento de secuencias. Modelos de scoring. Programacin dinmica. algoritmos heursticos, modelos de Markov y Hidden Markov. Comparaciones locales y globales. Algoritmos para alineamiento mltiple de secuencias. Matrices PAM. Heursticas BLAST y FASTA. 4. Bsqueda en bases de datos biolgicas. Bases de Datos de consulta: Genbank, Swiss-Prot, PDB, Medline. Visualizacin en Biologa Molecular: Medical Entity Subject Heading (MESH) Browser, PROSITE database (PRODOC). 5. Montaje de fragmentos de ADN. Mtodos alternativos para secuanciamiento de ADN. Modelos. Algoritmos. Heursticas. 6. Mapeo fsico de cromosomas. Modelos de restriccin. Algoritmos. Mapeo de hibridizacin: modelos, heursticas. 7. Construccin de rboles filogenticos. Construccin de rboles a partir de medidas de distancias, parsimonia, modelos probabilsticos evolutivos, comparacin de mtodos probabilsticos y no probabilsticos, etc.. 8. Estructura de protenas. Prediccin de estructuras secundarias. Prediccin de estructuras terciarias: Protein Folding. Recursos adicionales en la web para prediccin de estructuras: servidores SCOP, DALI , LOCK, UCLA y Zuker para RNA folding. Recursos FSSP. 9. Reordenamiento de genomas. 10. Redes genticas. Co-expresion y regulacin de genes. 11. Microarray. Mtodos de analisis de los datos (clustering, machine learning, etc.)

Bibliografa bsica

 P. Baldi, S. Brunak. "Bioinformatics: The Machine Learning Approach". MIT Press, 1998. A. Baxevanis, B.F.F. Oullette, "Bioinformatics",Willey &Sons,2001. M. Bishop, C. Rawlings. "DNA and Protein Sequence Analysis". Academic Press, 1996. Durbin, Eddy,S.,Krogh,A.,Mitchison, G., "Biological sequence analysis", Cambridge, 1998 Gusfield, D. " Algorithms on strings, trees and sequences: Computer science and computational biology", Cambridge, 1997. Hunter,L.,"Molecular Biology for Computer Scientists". Captulo 1 del libro "Artificial Inteligence and Molecular Biology", Hunter, L. (ed), AAAI Press, 1993 Mount, D. W. "Bioinformatics: sequence and genome analysis". Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001. Pevzner,P., "Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach". The MIT Press, 2000. S. Schulze-Kremer. "Advances in Molecular Bioinformatics". IOS Press, 1994. S. Schulze-Kremer. "Molecular Bioinformatics, Algorithms and Applications". Walter de Gruyter, 1996. J. Setubal, J. Meidanis. "Introduction to computational molecular biology". PWS Publishing company, 1997. Waterman, M., "Introduction to Computacional Biology: Maps Sequences and Genomes", CRC , 2000.

Puntaje para la Lic. en Ciencias de la Computacin: 3 puntos Carga horaria semanal: 6 horas semanales: 3 de clase terica, 3 de laboratorio Horario: Martes de 18 a 21hs (Aula 4 Pabelln I) y Jueves de 18 a 21hrs (Laboratorio 4, Depto. de Computacin, Pabelln I). Correlativas: Algoritmos y Estructuras de Datos II para la Licenciatura en Ciencias de la Computacin. Para otras carreras consultar con la profesora. Forma de evaluacin: Exposiciones en el seminario, presentacin de trabajo de laboratorio. Presentacin de trabajo final.

Material bibliogrfico adicional Material de algunas clases del 2001 y 2002.

Clases 2002 El material de las clases ha sido preparado por los alumnos asistentes al curso.

Algoritmos para alineamiento de secuencias Alineamiento multiple

Ensamblado de fragmentos de ADN Mapeo fsico de ADN Arboles filogenticos : primera parte, segunda parte Bases de datos y visualizacin Plegamiento de RNA Plegamiento de Proteinas (presentacin, algoritmos genticos, Microarrays

otros algoritmos )

Clases 2001 El material de las clases ha sido preparado por los alumnos asistentes al curso. Alineamiento de secuencias Arboles filogenticos Modelos Ocultos de Markov Prediccin de Estructura Secundaria de ARN Redes Geneticas Bases de Datos Proyectos Genomas- De la clula a la computadora CLADISTICA - metodologa de reconstruccin filogentica, basada en un tipo especial de similitud Algoritmos Genticos y Prediccin de Plegamiento de Proteinas Clase Resumen Clase Mapping Clase Introduccin Clase Mtodos Heursticos Material bibliografico en la WEB:

Computer Applications in Molecular Biology (Altman) Molecular Biology for Computer Scientists (Hunter) Una pgina para mirar y utilizar las transparencias Curso de Algoritmos para Biologia Molecular, Ron Sharmir, Universidad de Tel Avid, Israel (programa, notas de clase, puntero a otros cursos, etc.) Using 'Nature's Toolbox,' a DNA Computer Solves a Complex Problem Simulador de montecarlo Simulador de algoritmo genetico Simulador de simulated annealing

Material bibliogrfico en la INFOTECA (biblioteca Depto. Computacin):

A. Baxevanis, B.F.F. Oullette, "Bioinformatics",Willey &Sons,2001. Mount, D. W. "Bioinformatics: sequence and genome analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001.

Material bibliogrfico en la fotocopiadora:

Durbin, Eddy,S.,Krogh,A.,Mitchison, G., "Biological sequence analysis", Cambridge, 1998 Hunter,L.,Molecular Biology for Computer Scientists. Mount, D. W. "Bioinformatics: sequence and genome analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001. Pevzner, P. "Computational Molecular Biology: An Algoritmic Aapproach", The MIT Press, 2000. S. Schulze-Kremer. Molecular Bioinformatics, Algorithms and Applications. Walter de Gruyter, 1996. J. Setubal, J. Meidanis. Introduction to computational molecular biology. PWS Publishing company, 1997.

El resto de los libros mencionados en la bibliografa pueden solicitarse a la profesora.

Clases 2004
Clase de base de datos Conceptos Basicos de Biologa Molecular Primera Clase sobre Alineamiento Primera Clase sobre Alineamiento (animacin) Segunda Clase sobre Alineamiento Clase sobre Alineamiento Mltiple Clase sobre Ensamblamiento de Fragmentos de ADN Clase sobre Modelos Ocultos de Markov (HMM) [Parte 1] [Parte 2] [Parte 3] Clase sobre Mapeo Fisico Clase sobreFilogenia Clase Rearreglos Genmicos Clase Estructura secundaria de proteinas: primera parte Clase Estructura secundaria de protenas: segunda parte Clase Estructura secundaria de protenas: tercera parte Clase Estructura secundaria de protenas: cuarta parte Simulador de perceptrones Clase Estructura terciaria de protenas

 Clase sobre microarrays Video microarrays Clase sobre prediccin de genes Clase sobre estructura secundaria de RNA, primera parte Clase sobre estructura secundaria de RNA, segunda parte

Ejercicios y Prcticas de Laboratorio 2004

Prctico 1 Prctico 2 Prctico 3 Prctico 4 Prctico 5 Prctico 6 Prctico 7 Ejercicio Rearreglos Genmicos Prctico 8 Prctico 9 Prctico 10

Grupos y cronograma completo de clases 2004 Trabajo final de la materia

Secuencias del Memory Stick asignadas a cada grupo.
Grupo 1 Grupo 2 Grupo 3 Grupo 4 Grupo 5 Grupo 6 Grupo 7 Grupo 8 Grupo 9 Grupo 10 Grupo 11 Grupo 12 Grupo 13

Secuencias del ejercicio 3.

Archivo 1 Archivo 2

Enlaces a pginas externas.

Curso de Python para Bioinformticos (Instituto Pasteur, Frncia).