VARIASI GENETIK Melalui DNA atau Nukleotida

.
DNA singkatan dari deoxyribonucleic acid (asam deoksiribosa)

Ciri-ciri DNA:
1. Merupakan blue print dari makhluk hidup
2. Suatu senyawa polimer (polinukleotida)
3. Hanya terdapat 4 macam nukleotida
4. Tiap nukleotida terdiri dari gula, fosfat, senyawa basa-N
5. Gula berkarbon lima (pentosa) disebut deoksiribosa
6. Pada atom karbon 5’ atau 3’ dari pentosa tersebut terdapat satu gugus
fosfat
7. Pada atom karbon 1’ terdapat satu senyawa basa-N
8. Hanya terdapat 4 senyawa basa-N yang dikelompokkan menjadi 2
yaitu:
a. Kelompok purin (cincin ganda) adalah adenin (A) dan guanin (G)
b. Kelompok pirimidin (cincin tunggal) adalah citosin (C) dan timin
(T)
9. Berapa pun jumlah A yang terdapat dalam DNA suatu organisme.
terdapat pula T dalam jumlah sama. Demikian juga jumlah C sama
dengan G. Sehingga pada semua DNA jumlah A = T dan jumlah G =
C (buktinya dilihat pada Tabel 4.4).
10. DNA jaringan yang berbeda dari spesies yang sama mempunyai
komposisi yang sama
11. Komposisi DNA dari satu spesies berbeda dengan DNA dari spesies
yang lainnya.
12. Komposisi DNA suatu spesies tertentu adalah tetap tidak tergantung
dari: umur, status gizi, perubahan lingkungan.

Model Watson-Crick untuk struktur DNA (Gambar DNA molecule)

1. DNA terdiri dari 2 polinukeotida yang berbentuk helix berganda
(double helix) dengan diameter 20 Ao
2. Kedua rantai berpasangan anti paralel dengan arah yang berlawanan
(arah 5’—3’ sedangkan pasangannya dengan arah 3’ --- 5’)
3. Kedua rantai helix tidak dapat dipisahkan kecuali rantai tersebut
dibuka, dan satu kali putaran helix 34 Ao yang terdiri dari 10 unit
nukleotida
4. Gugus-gugus purin dan pirimidin terletak didalam struktur double helix
dan basa rantai pertama berpasangan dengan rantai kedua. Sedangkan
jarak antara basa-basa yang berpasangan adalah 34 Ao
5. Senyawa basa tersebut berpasangan yaitu A dengan T dan G dengan C
(bukti pada Tabel 1)
6. Pasangan tersebut terjadi karena ikatan hidrogen antara basa rantai
pertama dengan kedua
7. Deretan basa rantai pertama merupakan pasangan komplemen dari basa
lain. Sedangkan basa-basa dari kedua rantai tidak identik.

Tabel 1. Proporsi Relatif Dasar dalam DNA (%)

Keterangan Adenin (A) Timin (T) Citosin (C) Guanin (G)

Manusia 30,9 29,4 19,9 19,8
Ayam 28,8 29,2 20,5 21,5
Belalang 29,3 29,3 20,5 20,7
Bulu Babi 32,8 32,1 17,7 17,3

Polinukeotida pada DNA terangkai atas banyak nukleotida, dan satu

nukleotida terdiri dari:
1. Gugus Fosfat
Simbol: P
2. Deoksiribosa
Simbol: dR
3. Senyawa Basa N terdiri dari :
Adenin (A)
Guanin (G)
Citosin (C)
Timin (T)

Variasi nukleotida melalui analisis data tersedia di Gene Bank (Web)

Ada beberapa Gene bank yang bisa dimanfaatkan untuk melihat

variasi genetik melalui persamaan dan perbedaan urutan basa nukleotida.
Salah satu genevbank yang bisa diakses adalah NCBI. Misalnya kita ingin
melihat persamaan dan perbedaan gen yang menimbulkan melanin pigmen
(MC1R gene) pada ternak puyuh dan unggas. Untuk tujuan tersebut di atas,
maka perlu dilakukan tahapan berikut ini:

1. Aktifkan internet dan dibuka Mozilla firefox atau internet explorer

2. ketik www.google.co.id
3. Ketik NCBI lalu klik pada National Centre for Biotechnology
Information

4. Setelah di klik NCBI muncul menu seperti di bawah ini:

5. Gerakkan kursor menu pilihan All database, klik panah pilih nucleotide,
lalu ketik MC1R gene quail (ketik huruf em ce satu r lalu gene lalu
quail) tekan enter.
6. Kita akan menemukan tampilan seperti caption berikut, lalu tekan (klik)
coturnix japonica MC1R (kita pilih sekuens gen MC1R pada puyuh
jepang atau coturnix japonica)
8. Kita akan temukan identifikasi lengkap tentang MC1R pada puyuh
dengan caption berikut,
ar

Artinya urutan basa nukleotida nomor 1 adalah G (Guanin) dan

nomor 10 adalah G (Guanin), nomor 11 adalah C (Citosin)
Nomor 60 adalah citosin, nomor 61 adalah citosin, nomor 121
adalah guanine, nomor 241 adalah a (adenine) dst.
Pertanyaan:
1. Urutan terakhir nukleotida terakhir dari MC1R gen pada
puyuh nomor berapa dan nukleotidanya apa?
2. Apa nama nukleotida pada urutan nomor 930 dan 985?
Tugas

Mencari dari awal tentang urutan nucleotida pada ayam (Gallus gallus)
berdasarkan gen MC1R

Nanti akan ketemu seperti dibawah ini pilih yang nomor 7 (Gallus gallus
leghorn brown)

Lalu jawab pertanyaan ini berdasarkan urutan nukleotida MC1R gene pada
Gallus gallus

Nama basa nukleotida nomor 1 adalah …… dan nomor 10 adalah

…….., nomor 11 adalah …….
Nomor 60 adalah ……., nomor 61 adalah ……, nomor 121 adalah
…….., nomor 241 adalah ……………………Urutan terakhir
nukleotida terakhir dari MC1R gen pada puyuh nomor berapa dan
nukleotidanya apa? Apa nama nukleotida pada urutan nomor 930
dan 985?
Apa perbedaan urutan nukleotida pada MC1R gene pada puyuh (quail) dan
ayam (Gallus gallus) dilihat dari:
1. Dilihat dari panjang nukleotida …pada puyuh berapa dan ayam
berapa
2. Dilihat dari nukleotida 101 apakah berbeda?
3. Tolong tulis minimal 2 perbedaan lagi