MSA dan Filogeni Dengan Mega6

1. Instal Mega6
2. Masuklah ke situs Uniprot di http://www.uniprot.org
3. Search uniprotkb untuk beta globin
4. Ambil sekuen beta globin dari manusia, simpanse, monyet ekor panjang (Macaca), kelinci,
tikus, mencit, ayam dan anadara; dengan cara klik checkbox di bagian kiri sekuen yang
diinginkan dan klik tombol Retrieve.

5. Klik open pada opsi format Fasta

6. Buka file fasta tersebut di Mega6, pilih align, Edit/Build Alignment. Dari jendela yang
muncul pilih Data, Open, Retrieve Sequence From File. Masuk ke direktori tempat file fasta
Anda disimpan.
7. Perhatikan hasil alignmentnya, bila perlu edit sekuen tersebut dengan cara membuang kolom-
kolom non asam amino, dengan cara sorot dan delete kolom tersebut.

8. Setelah selesai save sekuen dalam format mega (*.meg).

9. Tutup jendela edit dan buka data sekuen tersebut di Mega6.

10. Buatlah matriks jarak. Organisme mana yang paling dekat dengan manusia berdasarkan
sekuen betaglobin?

11. Buatlah pohon filogeni organisme-organisme yang dipilih di atas berdasarkan sekuen
betaglobinnya. Pilih opsi Neighbor-Joining (NJ).
12. Perhatikan pohon filogeninya. Apakah menurut anda pohon filogeni tersebut sesuai dengan
pengetahuan kita saat ini tentang evolusi organisme-organisme tersebut?