BIOQUMICA

BIOQUMICA
La bioqumica es una ciencia que estudia la composicin qumica de los seres vivos, especialmente las

protenas, carbohidratos,

lpidos y cidos nucleicos y las reacciones qumicas que sufren

estos compuestos que les permiten obtener energa y generar biomolculas propias.

Al conjunto de reacciones que suceden dentro de los seres vivos se le llama METABOLISMO

AGUA
Descripcin de las propiedades fsicas y qumicas del agua a las que todos los aspectos de la estructura y funcin de la clula estn adaptados.

cidos y bases dbiles Soluciones buffer

BIOMOLCULAS-1

Carbohidratos

Aldosas

Cetosas

Fuente energtica y de esqueletos carbonados

D-Glucosa
Aldohexosa

D-Fructosa
Cetohexosa

Parte estructural de los cidos nucleicos

D-Ribosa
Aldopentosa

2-desoxi-ribosa
Aldopendosa

BIOMOLCULAS-2 cidos Grasos

BIOMOLCULAS-3

Aminocidos

Aminocidos
Grupo amino (protonado)

Grupo carboxilo (disociado)

COO H 3N
Cadena lateral

C H R
Carbono

ALIFTICOS

NO POLARES AROMTICOS

POLARES SIN CARGA aa CON GRUPOS CIDOS

POLARES CON CARGA CON grupos BSICOS

Aminocidos alifticos o neutros, 1

COO H3N
+ -

COO H3N
+

COOH3N+ C H CH CH3 H3C

Valina Val, V E

C H H
Glicina Gly, G NE

C H CH3

Alanina Ala, A NE

Aminocidos alifticos o neutros, 2

COOH3N+ C H CH2 CH H 3C CH3

Leucina Leu, L E

COOH3N+ C H CH H 3C CH2 CH3

Isoleucina Ile, I E

Aminocidos alifticos

Su caracterstica fundamental es la hidrofobicidad de la cadena lateral (con excepcin de G) Suelen ocupar el interior de las protenas globulares, donde contribuyen a la estructura global de la protena debido al efecto hidrofbico (micela proteica) Reactividad qumica muy escasa Glicina tiene un destacado papel estructural: suele ser invariante en series filogenticas

COO-

COOH3 N
+

H3N+

C H CH2

C H CH2
Fenilalanina Phe, F E

Triptfano Trp, W E

COOH3 N+ C H CH2

OH

Tirosina Tyr, Y NE

NH

Aminocidos aromticos

Aminocidos aromticos
La presencia de sistemas aromticos hace que absorban luz UV en torno a 280 nm; la absorcin UV de las protenas se debe a su contenido en estos aminocidos F y W son hidrofbicos

COOH3N
+

C H CH2OH

Serina Ser, S NE

COOH 3N + C H CH3 H C OH
Treonina Thr, T E

Hidroxiaminocidos

Hidroxiaminocidos
El grupo -OH de la serina es fundamental en el centro activo de muchas enzimas (serin proteinasas, p.e.) Forma enlaces glicosdicos con oligosacridos en ciertas glicoprotenas El grupo -OH tanto de S como de T es susceptible de fosforilacin: importante modificacin postraduccional que regula la actividad de muchas protenas

Tioaminocidos
COOH3N
+

C H CH2 SH

Cistena Cys, C NE

COOH 3N + C H CH2 CH2 S CH3

Metionina Met, M E

Tioaminocidos
Importante papel estructural de la cistena por la posibilidad de formar enlaces disulfuro con otro residuo de cistena La cistena participa en el centro activo de muchas enzimas La metionina es el aminocido iniciador de la sntesis de protenas (codon AUG)

Aminas secundarias (Iminocidos)

COO NH2
+

Prolina Pro, P NE

Prolina
Importante papel estructural: su presencia dificulta la formacin de estructura secundaria Por esa misma razn suele ser invariante en series filogenticas Como tal o modificado por hidroxilacin (4-hidroxiprolina) es muy abundante en el colgeno

Aminocidos dicarboxlicos y amidas

COOH3N
+

COOH3N
+

COOH3N+ C H CH2 CH2 COOc.Glutmico Glu, E NE

COOH 3N + C H CH2 CH2 CONH2

Glutamina Gln, Q NE

C H CH2 COO
-

C H CH2 CONH2

c.Asprtico Asp, P NE

Asparragina Asn, N NE

Aminocidos dicarboxlicos y sus amidas

Todos ellos son importantsimos intermediarios en el metabolismo nitrogenado, sobre todo E y Q Forman parte del centro activo de las glicosidasas y de las serin enzimas (trada SHD) Proveen a la protena de superficies aninicas que sirven para fijar cationes (p.e., Ca++)

COOH3N+ C H CH2 CH2 CH2 NH

+

Arginina Arg, R E

COOH3N+ C H CH2 NH+ HN

H2N C NH2

Aminocidos dibsicos

Aminocidos dibsicos
Lisina sirve para formar intermediarios covalentes en catlisis enzimtica (bases de Schiff) Lisina es el aminocido que une determinadas coenzimas a la estructura de la protena Arginina es un importante intermediario en el ciclo de la urea Histidina forma parte del centro activo de muchas enzimas, debido al carcter nuclefilo del imidazol Histidina contribuye al tamponamiento de los medios biolgicos por tener un pKa cercano al pH intracelular

Clasificacin de aminocidos segn polaridad

Aminocidos apolares o hidrofbicos: - A, V, L, I, F, W, M, P Aminocidos polares sin carga elctrica: - G, Y, S, T, C, N, Q Aminocidos polares con carga elctrica: - Aninicos (-): D, E - Catinicos (+): K, R, H

AMINOCIDOS ESCENCIALES

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Aminocidos que no pueden biosintetizar los animales ni el hombre. Deben ser administrados en la dieta. Son 10: val, leu, iso, trp, phe, tre, met, lys, arg, hys.

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PROPIEDADES CIDO-BASE CIDO-COOH pK1 CIDO pK2 BASE -COO- + H+

-NH2 +

H+

-NH3+

pK1

pK2

ZWITTERIN

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Punto isoelctrico
A pH cido: prevalece la especie con carga + A pH bsico: prevalece la especie con carga Hay un valor de pH para el cul la carga de la especie es cero. (zwitterin) pI = pK1 + pK2 para un aa neutro 2 Punto isoelctrico: valor de pH al cul la carga neta del aminocido es cero.

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OTRAS PROPIEDADES QUMICAS

Reaccin con cido ntrico: identificacin de aa aromticos. Reaccin con ninhidrina: compuestos coloreados Reaccin con Rvo. de Sanger ( 1-flor-2,4dinitro benceno): forma 2,4 dinitro fenilderivados de color amarillo a rojo.

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PPTIDOS

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Propiedades qumicas
Formacin de enlaces PEPTDICOS:

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PEPTIDOS

Polmeros de aminocidos de PM menor a 6000 daltons ( <50 aa) Dipptido: 2 aa Extremo N-terminal: comienzo de la cadena Tripptido: 3 aa Extremo C-terminal: fin de la cadena Tetrapptido: 4 aa Pentapptido: 5 aa
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NOMENCLATURA
Se nombran desde el extremo N-terminal al Cterminal, usando la terminacin il, excepto para el ltimo aa. Ej: ser-asp-tyr-lis-ala-cys seril-aspartil-tirosil-lisil-alanil-cystena

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PEPTIDOS
EJEMPLOS:
OCITOCINA: hormona que estimula la contraccin del tero. GLUCAGN: hormona que tiene acciones contrarias a la Insulina. ANTIBITICOS GLUTATIN: glu-cys-gli, participa en reacciones Redox de la clula.

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SYSMEHFRWGKPV -MSH (hormona estimulante de los melanocitos)

SYSMEHFRWGKPVGKKRRPVKVYPDAGEDQSAEAFPLEF ACTH (Hormona corticotropa)

CYIQNCPLG CYFQNCPRG

Oxitocina Arginin-Vasopresina

CYFQNCPKG

Lisin-Vasopresina

Hormonas peptdicas

PROTEINAS
DEFINICIN Biopolmeros de aminocidos de mas de 6000 daltons, indispensables para la procesos vitales de los seres vivos. Estn formadas por C, H, O, N y S

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Enlace peptdico
Estas uniones se forman por la reaccin de sntesis (va deshidratacin) entre el grupo carboxilo del primer aminocido con el grupo amino del segundo aminocido

Por su naturaleza qumica

SIMPLES CONJUGADAS

CLASIFICACIN DE LAS PROTEINAS

Por la forma que adopta

FIBROSA GLOBULAR

Por su funcin Biolgica

ENZIMAS PROTENAS DE TRANSPORTE CONTRCTILES Y MTILES DE DEFENSA REGULADORAS NUTRIENTES HORMONAS

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Funciones de las protenas

Funcin estructural: forman estructuras capaces de soportar gran tensin continuada, como un tendn o el armazn proteico de un hueso o un cartlago. Tambin pueden soportar tensin de forma intermitente, como la elastina de la piel o de un pulmn. Adems, forman estructuras celulares, como la membrana plasmtica o los ribosomas. Movimiento y contraccin: la actina y la miosina forman estructuras que producen movimiento. Mueven los msculos estriados y lisos. La actina genera movimiento de contraccin en muchos tipos de clulas animales. Transporte: algunas protenas tienen la capacidad de transportar sustancias, como oxgeno o lpidos, o electrones. Reserva energtica: protenas grandes, generalmente con grupos fosfato, sirven para acumular y producir energa, si se necesita. Funcin defensiva: las inmunoglobulinas son protenas producidas por linfocitos B, e implicadas en la defensa del organismo. Funcin hormonal: algunas protenas funcionan como mensajeros de seales hormonales, generando una respuesta en los rganos blanco. Funcin enzimtica: las enzimas funcionan como biocatalizadores, ya que controlan las reacciones metablicas, disminuyendo la energa de activacin de estas reacciones. Funcin homeosttica: consiste en regular las constantes del medio interno, tales como pH o cantidad de agua.

Propiedades de las protenas

Las propiedades que manifiestan las protenas dependen de los grupos radicales de los aminocidos que las componen. Solubilidad: los radicales de los aminocidos permiten a las protenas interaccionar con el agua. Si abundan radicales hidrfobos, la protena ser poco o nada soluble en agua. Si predominan los radicales hidrfilos, la protena ser soluble en agua. Especificidad: aparece como consecuencia de la estructura tridimensional de la protena. La especificidad puede ser de funcin, si la funcin que desempea depende de esta estructura, o de especie, que hace referencia a la sntesis de protenas exclusivas de cada especie. Desnaturalizacin: la conformacin de una protena depende del pH y de la temperatura de la disolucin en la que se encuentre. Cambiando estas condiciones, tambin puede cambiar la estructura de la protena. Esta prdida de la conformacin estructural natural se denomina desnaturalizacin. El cambio de pH produce cambios en las interacciones electrostticas entre las cargas de los radicales de los aminocidos. La modificacin de la temperatura puede romper puentes de Hidrgeno o facilitar su formacin. Si el cambio de estructura es reversible, el proceso se llama renaturalizacin.

PROPIEDADES DE LAS PROTEINAS

PROPIEDADES CIDOS-BASE: punto isoelctrico. SOLUBILIDAD:
Forman dispersiones en agua Efecto del pH: hace variar la carga. Efecto de las sales:
Baja [ ]: aumenta la solubilidad Alta [ ]: disminuye la solubilidad

Efecto de solventes poco polares: disminuye la solubilidad.

CLASIFICACIN DE PROTENAS

1.HOLOPROTENAS
Formadas solamente por aminocidos

2.HETEROPROTENAS o Protenas Conjugadas

Formadas por una fraccin protica y por un grupo no protico, que se denomina "grupo prosttico

Protenas Conjugadas
Protena Glucoprotenas Lipoprotenas Fosfoprotenas Hemoprotena Flavoprotena Metaloprotena Gpo.Prosttico / Caracterstico Carbohidratos Lpidos Grupo fosfato Hemo Ncleo de Flavina Fe, Zn Ejemplo Globulina de la sangre Lipoprotena de la sangre Casena de la leche Hemoglobina Succinato Deshidrogenasa Ferritina Alcohol Deshidrogenasa

Niveles Estructurales

ESTRUCTURA PRIMARIA

Hace referencia a: La identidad de aminocidos. La secuencia de aminocidos. La cantidad de aminocidos. La variacin en un solo aa hace que cambie su funcin biolgica. Los aa se unen por UNIONES PEPTDICAS.

ESTRUCTURA SECUNDARIA
Interacciones entre aa que se encuentran prximos en la cadena. La cadena no es lineal, adopta formas en el espacio. Los aa interaccionan por puentes H. Tipos de estructuras secundarias:
HLICE ALFA HOJA PLEGADA BETA AL AZAR.

HELICE ALFA
Los grupos R de los aa se orientan hacia el exterior. Se forman puentes de H entre el C=O de un aa y el NH- de otro que se encuentra a 4 lugares. Hay 3.6 aa por vuelta. Ej: queratina. Dextrgira Aminocidos hidrofilicos

Estabilidad helice alfa

Puestes de Hidrgeno Aminocados hidrofilicos La prolina y la glicina desestabilizan la helice alfa

HOJA PLEGADA BETA

Los grupos R se orientan hacia arriba y abajo alternativamente. Se establecen puentes H entre C=O y NH- de aa que se encuentran en segmentos diferentes de la cadena. Ej. Fibrona (seda)

ESTRUCTURA TERCIARIA
Una cadena con estructura secundaria adquiere una determinada dispocin en el espacio por interacciones entre aa que se encuentran en sitios alejados de la cadena. Protenas globulares: se pliegan como un ovillo. Protenas fibrosas: tiene aspecto alargado. Ej: mioglobina

ESTRUCTURA TERCIARIA Corresponde a la disposicin espacial de todos los tomos de una protena. En otras palabras, es la estructura tridimensional completa de una cadena polipeptdica, formada a partir de una o varias estructuras suprasecundarias agrupadas en dominios. Estabilizadas por puentes disulfuro, puentes de hidrgeno, interacciones hidrofbicas. La estructura terciaria le confiere su configuracin absoluta.

Fuerzas que determinan una estructura terciaria La estructura terciaria de una protena est mantenida fundamentalmente por interacciones de tipo dbil, aunque tambin participan algunos enlaces covalentes, en particular el enlace disulfuro -S-S- establecido entre cadenas laterales de cistena. Entre las interacciones dbiles, sin duda las ms importantes, al menos en protenas globulares, son las determinadas por el Efecto hidrofbico.

Efecto hidrofbico

En un entorno acuoso, los residuos hidrofbicos de una protena tienden a exclurse del agua, y por lo tanto, se concentran en el interior de la estructura de la protena, del cual queda a su vez excluda el agua.

ESTRUCTURA CUATERNARIA
Surge de la asociacin de varias cadenas con estructuras terciarias. Conformacin de las protenas

ESTRUCTURA CUATERNARIA

Cuando la protena consta de varias cadenas polipeptdicas o subunidades, se dice que tiene estructura cuaternaria. Tambin se dice en ese caso que se trata de una Protena oligomrica, esto es, un oligmero formado por varios monmeros. En ocasiones los monmeros son exactamente iguales; entonces se trata de una protena que es un homodmero en el caso de dos subunidades, homotrmero de tres, homotetrmero si son cuatro, etc. Otras veces las subunidades son diferentes, en cuyo caso se utiliza el prefijo hetero-; as se habla de heterodmero, heterotetrmero, etc. Por lo que actualmente se sabe, la estructura cuaternaria es ms bien la regla que la excepcin, de manera que un gran nmero de protenas, sobre todo intracelulares, tienen estructura cuaternaria. Por otra parte, la estructura cuaternaria est a veces ntimamente relacionada con procesos regulatorios; as, formas activas e inactivas de determinadas enzimas se diferencian en su estructura cuaternaria.

Protenas Oligomricas
Protena
Insulina (bovina) Ribonucleasa (pncreas de bovino) Lisozima (clara de huevo) Mioglobina (corazn de caballo) Quimotripsina (pncreas de bovino) Hemoglobina (humano) Seroalbmina (humano) Hexoquinasa (levadura) -Globulina (caballo) Glutamato deshidrogenasa (hgado de buey)

P.M.
5 733 12640 13930 16890 22600 64500 68500 96000 149900 1000000

No. de Residuos
51 124 129 153 241 574 550 800 1250 8300

No. de Cadenas
2 1 1 1 3 4 1 4 4 40

Organizacin Cuaternaria
Homotpica:
Asociacin entre cadenas polipeptdicas idnticas o casi idnticas

Heterotpica:
Interaccin entre subunidades con estructura muy distinta.

Desnaturalizacin de protenas
Proceso generalmente irreversible mediante el cul la protena pierde su estructura 2, 3 y 4, careciendo de importancia biolgica Agentes:
Fsicos:
Calor Radiaciones Grandes presiones

Qumicos
solventes orgnicos soluc. de urea conc. sales

HEMOGLOBINA Un ejemplo clsico de protena con estructura cuaternaria es la Hemoglobina. Se trata de una protena tetramrica cuya funcin es el transporte de oxgeno. Este transporte est regulado a travs de leves modificaciones en su estructura cuaternaria. As, la hemoglobina puede existir en dos estados diferentes, T y R. El estado T corresponde a la desoxihemoglobina y el estado R a la oxihemoglobina. Esta ltima est cargada con oxgeno molecular (O2).

PROTEINAS DEL PLASMA

ALBUMINA: transporta ac. grasos. FIBRINGENO: prot. que interviene en la coagulacin. GLOBULINAS: 1, 2, 1, 2 y IMNUNOGLOBULINAS: Ig A, Ig M, Ig E, Ig G, Ig D.

PROTEINAS FIBROSAS

COLAGENO

COLAGENO
Protena fibrosa altamente insoluble Protena ms abundante del organismo (25% del peso corporal) Soporte ideal para el organismo: Resistente a la tensin y a la traccin Flexible Alta versatilidad estructural Termoinestable (gelatiniza por encima de 45C) Estructura caracterstica basada en la unidad de tropocolgeno: Triple hlice dextrgira Biosntesis compleja: Numerosos tipos (al menos 14) Al menos 25 genes para las cadenas Modificaciones post-traduccionales importantes

ESTRUCTURA DEL COLAGENO

TIPOS DE COLAGENO
Tipo I II III IV V VI VII-XV Localizacin Piel, huesos, tendones,ligamentos, cornea Cartilago, discos intervertebrales, humor vtreo del ojo Piel, tendones, vasos sanguneos, pared del utero Lmina Basal Cornea, tejidos intersticiales Nervios y vasos sanguneos Segn el tipo. La mayora son componentes minoritarios de cartlago y tendones Estructura
Fibrillas estriadas Fibrillas estriadas Fibrillas estriadas Fibrillas finas lisas Fibrillas estriadas Fibrillas finas lisas Fibrillas finas lisas

Queratinas
Queratina

TAREA: 1. Qu es un switerion? Dibuje un ejemplo utilizando la cistena. 2. Dibuje la estructura de el tetrapptido que usted quiera (diferentes aminocidos). Escriba el nombre con 3 letras y con 1 letra. 3. Cmo se llaman los grupos que no tienen aminocidos que se unen a las protenas? De algunos ejemplos. Cmo se les llama a estas protenas? 4. Cules son los 4 niveles estructurales de las protenas? Explique cada nivel.

6. Por qu la prolina no es buen aminocido para formar alfa hlices? 7. Cules son los 2 tipos principales de protenas y cules son sus funciones? 8. Hallar el punto isoelctrico (pI) de los siguientes aminocidos: (a) Glicina (pKa1= 2,34 pKa2= 9,6); (b) Serina (pKa1= 2,1 pKa2=9,2)