1.

Judul praktikum
Analisis Struktur Makro Molekul

2. Tujuan praktikum
 Analisis struktur primer makro molekul
 Mampu menentukan jumlah residu asam amino asam dan bsa suatu protein
 Analisis ikatan hydrogen dan jembatan garam suatu proein dan ligan nya
 Menganalisis konformasi protein melalui plot Ramachandran
 Menanalisis rigiditas dari suatu protein

3. Prosedur praktikum
buka struktur protein DHFR (kode PDB 3R8G)
 Klik file  new molecule. Pada main window akan muncul tanpilan
 Klik browse  pilih file 3R8G.PDB yang telah disediakan  klik load
 Akan muncul stuktur strukturprotein DHFR di 3D display
Analisis struktur primer
 Pilih extensions  analysis sequence view
 Informasi yang di dapat : daftar residu (asam amino dan basa nukleotida) yang
terdapat pada protein, factor -B (factor temperatur), dan struktur sekunderr protein
dengan kode warna tertentu
Jumlah asam amino asam dan basa
 Buka window TKCosole dengan cara klik Extensions TK Console
Pada main window ,akan terbuka TK Cosole
 Untuk menentukan jumlah residu asam amino yang bersifat asam pada
Protein DHFR pada TK Cosole ,ketik perintah berikut lalu tekan tombol Enter
Set r_asam [atomselect top “resname ASP GLU and name CA”] lalu tekan enter
 Untuk jumlah residu yang bersifat basa pada DHFR dengan menggunakan
kedua perintah berikut :
Set r_basa [atomselect top “resname HIS ARG LYS and name CA”]
Lalu tekan enter

Analisis konformasi protein dengan plot ramachandra

 Extension  analysis  Ramachandran plot
Untuk mengetahui rigiditas dari struktur protein ,dapat dilakukan dengan cara menampilkan
struktur protein dengan representasi ‘’NewCartoon’’ dengan metode pewarnaan ‘’beta’’
selanjutnya , buat ‘’Color Scale Bar’’ melalui
 Extension  Visualization  Color Scale Bar  akan muncul gambar

4. Hasil praktikum

 Struktur awal 3R8G

 Analisis struktur primer

 Jumlah asam amino asam dan basa

 Plot ramachandra
 Rigiditas dari struktur protein