Nama : Sri Siti Syarah

Nim : 3211211010

Desain Menggunakan Pick Primer di NCBI

1. Pada pasangan primer ke 3, tulis urutan primer forward dan reverse-nya ( sequence dari 5’
ke 3’)
2. Pada pasangan primer ke 3, berapa jumlah pasang basa masing-masing primer forward dan
reverse-nya ?
3. Pada pasangan primer ke 3, berapakah produk PCR (aplikon) yang dihasilkan oleh pasangan
primer ini ?
4. Pada pasangan primer ke 3, berapakah GC% pada primer forward dan reverse-nya ?
5. Pada pasangan primer ke 3, primer forward menempel pada urutan nukleotida berapa ?
6. Screnshoot hasil pasangan primer ke 3
7. Analisis semua hasil pasangan primer, dan menurut saudara pasangan mana yang paling
baik dan jelaskan kenapa ?

Jawab :

1. Forward Primer : CGAAAATCTGTTCGCTTCAT

Reverse Primer : GAGGGAAGGTTAATGGTTGA
2. Forward Primer : 20
Reverse Primer : 20
3. 558
4. Forward Primer : 40.00 %
Reverse Primer : 45.00 %
5. 6
6.
 7. Kjiijihijjihihih

Desain Menggunakan Pick Primer di Primer3Plus

1. Hasil desain primer 2, berapakah produk PCR (amplicon) yang dihasilkan ?

2. Hasil desain primer 2, berapakah panjang primer forward dan reverse ?
3. Hasil desain primer 2, berapakah GC primer forward dan reverse ?
4. Hasil desain primer 2, berapakah Tm primer forward dan reverse ?
5. Hasil desain primer 2, urutan primer forward dimulai dari nukleotida berapa ?
6. Screenshooot Hasil desain primer 2
7. Analisis semua hasil pasangan primer, dan menurut saudara pasangan mana yang paling baik
dan jelaskan kenapa ?

Jawab :

1. 505 bp
2. Left Primer 2 : 20 (AACAACCGACTAATCACCAC)
Right Primer 2 : 20 (CGAACAGCGATTTCTAGGATA)
3. Left Primer 2 : 45.0 %
Right Primer 2 : 45.0 %
4. Left Primer 2 : 55.0
Right Primer 2 : 55.7
5. Left Primer 2 : 115
Right Primer 2 : 619
6.