TUGAS REVIEW

NUTRIGENOMICS AND PROTEOMICS IN HEALTH AND DISEASE

(Chapter 22 Probiotics: Food for Thought)

Disusun oleh:
Fatimah Fitriani Mujahidah
I1604222030

PROGRAM STUDI ILMU GIZI

FAKULTAS EKOLOGI MANUSIA
SEKOLAH PASCASARJANA PROGRAM DOKTORAL
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2023
 KATA PENGANTAR

Puji syukur diucapkan kehadirat Allah Swt. atas segala rahmat-Nya sehingga
makalah ini dapat tersusun sampai selesai. Tidak lupa kami mengucapkan terima
kasih terhadap bantuan dari pihak yang telah berkontribusi dengan memberikan
sumbangan baik pikiran maupun materi. Penulis sangat berharap semoga makalah ini
dapat menambah pengetahuan dan pengalaman bagi pembaca. Bahkan kami berharap
lebih jauh lagi agar makalah ini bisa pembaca praktikkan dalam kehidupan sehari-
hari.
Bagi kami sebagai penyusun merasa bahwa masih banyak kekurangan dalam
penyusunan makalah ini karena keterbatasan pengetahuan dan pengalaman kami.
Untuk itu kami sangat mengharapkan kritik dan saran yang membangun dari pembaca
demi kesempurnaan makalah ini.

Bogor, 30 April 2023

Fatimah Fitriani Mujahidah

i
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR.......................................................................................v
DAFTAR ISI.....................................................................................................vi
BAB 1 PENDAHULUAN..................................................................................1
1.1 Tujuan Pembelajaran.....................................................................................1
1.2 Pengertian Kesehatan dan Gizi......................................................................1
1.3 Tujuan Kesehatan dan Gizi...........................................................................1
BAB 2 TINJAUAN PUSTAKA......................................................................10
2.1 Pengaruh probiotik dengan kesehatan.........................................................10
2.2 Peran mikrobiota terhadap saluran pencernaan (usu)..................................10
2.3 Peran microbiota terhadap rongga mulut ...................................................10
2.4 Peran microbiota terhadap saluran urogenital.............................................11
2.5 Interaksi antara mikroba dan inang.............................................................13
2.6 Mikroba damal merspon inang....................................................................14
BAB 3 PENUTUP............................................................................................20
3.1 Kesimpulan..................................................................................................20
3.2 Saran............................................................................................................20
DAFTAR PUSTAKA......................................................................................30

ii
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Mikroorganisme merupakan makhluk hidup yang ukurannya sangat kecil
dan tidak dapat dilihat dengan mata manusia normal pada umumnya. Harus
menggunakan alat (mikroskop) untuk melihat dan mengamatinya. Mikroorganisme
yang dipandang sebelah mata atau dianggap berbahaya oleh manusia pada umumnya
karena dianggap sebagai penyebab dari berbagai macam penyakit, ternyata juga
memiliki banyak manfaat bagi kehidupan manusia. Mikrobioma adalah seluruh
mikroba yang hidup di tubuh manusia, hewan, tumbuhan, dan sebagainya. Tubuh
manusia sebagian besar terdiri atas mikroba (Dietert , 2015). Kata mikrobioma
pertama kali digunakan oleh Joshua Lederberg untuk menggambarkan komunitas
ekologi mikroorganisme komensal, simbion atau patogen yang secara langsung
menempati suatu ruang di tubuh (Lederberg, 2001).
Terdapat sekitar 10-100 triliun mikrobioma pada manusia. Setiap 10 miliar
sel tubuh manusia, terdapat 10 sel mikroba hidup di dalamnya. Sel manusia
mengekspresikan lebih dari 20.000 gen, tetapi total ekspresi gen dalam tubuh
mencapai jutaan gen. Mayoritas sisa gen tersebut dibawa oleh mikroba. Mikroba
memiliki pengaruh yang signifikan terhadap ekspresi gen dalam tubuh manusia.
Ekspresi gen adalah proses di mana gen diaktifkan atau dinonaktifkan, dan ini dapat
mempengaruhi banyak aspek kehidupan, termasuk kesehatan dan perkembangan.
Mikroba dapat mempengaruhi ekspresi gen dengan beberapa cara. Pertama,
mikroba dapat mempengaruhi lingkungan di sekitarnya, termasuk pH, zat gizi, dan
oksigen yang dapat memengaruhi aktivitas gen dalam sel manusia. Kedua, mikroba
dapat memproduksi berbagai zat kimia, seperti asam lemak dan hormon, yang dapat
mempengaruhi ekspresi gen. Selain itu, mikroba juga dapat mempengaruhi sistem
kekebalan tubuh manusia. Ketika tubuh terpapar mikroba, sistem kekebalan tubuh
akan merespons dengan memproduksi berbagai jenis sel dan zat kimia, dan ini dapat

1
mempengaruhi ekspresi gen dalam tubuh manusia. dengan terungkapnya genom
manusia, pada waktunya akan menjadi jelas gen mana yang sangat dipengaruhi oleh
mikroba pada berbagai tahap kehidupan. Hal ini menunjukkan bahwa mikroba dapat
mempengaruhi ekspresi gen manusia dan memiliki peran penting dalam kesehatan
dan fungsi tubuh manusia. Beberapa contoh mikroorganisme yang dapat
berkontribusi terhadap kesehatan termasuk bakteri asam laktat, bifidobakteria, dan
beberapa jenis ragi.
1.2 Rumusan Masalah
1. Bagaimana pengaruh probiotik dengan kesehatan
2. Bagaimana peran mikrobiota terhadap saluan pencernaan (usus)
3. Bagaimana peran microbiota terhadap rongga mulut
4. Bagaimana peran microbiota terhadap saluran urogenital
5. Bagaimana interaksi antara mikroba dan inang pada sistem kekebalan tubuh
manusia
6. Bagaimana mikroba merespons inang
1.3 Tujuan
1. Untuk mengetahui pengaruh probiotik dengan Kesehatan
2. Untuk mengetahui peran mikrobiota terhadap saluan pencernaan (usus)
3. Untuk mengetahui peran microbiota terhadap rongga mulut
4. Untuk mengetahui peran microbiota terhadap saluran urogenital
5. Untuk mengetahui interaksi antara mikroba dan inang pada sistem kekebalan
tubuh manusia
6. Untuk mengetahui mikroba merespons inang

2
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Pengaruh probiotik terhadap Kesehatan

Istilah probiotik pertama kali diperkenalkan oleh Lilley dan Stillwell pada
tahun 1965 yang mendefinisikan probiotik sebagai mikroba yang menstimulasi
pertumbuhan mikroba lainnya. Menurut Food and Agriculture Organization (FAO)
dan World Health Organization (WHO) probiotik adalah mikroorganisme yang hidup
dalam tubuh host dengan jumlah yang memadai yang akan memberikan manfaat
kesehatan pada host (ledrberg, 2001). Mekanisme probiotik misalnya, memiliki
dampak pada mikrobiota usus atau meningkatkan fungsi kekebalan tubuh. Probiotik
yang efektif harus memenuhi beberapa kriteria seperti, memberikan efek yang
menguntungkan pada host, tidak patogenik dan tidak toksik, mengandung sejumlah
besar sel hidup, mampu bertahan dan melakukan kegiatan metabolisme dalam usus,
tetap hidup selama dalam penyimpanan dan waktu digunakan, mempunyai sifat
sensori yang baik, dan diisolasi dari host.
Produk-produk probiotik yang beredar di pasaran pada saat ini menggunakan
bakteri dari spesies Lactobacillus dan Bifidobacterium. Spesies Lactobacillus yang
biasa digunakan meliputi Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus johnsonii,
Lactobacillus casei, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus gaseri, Lactobacillus
reuteri sedangkan spesies dari Bifidobacterum yaitu Bifidobacterium bifidum,
Bifidobacterium longum, Bifidobacterium breve dan Bifidobactrium infantis. Baik
genus Lactobacillus maupun Bifidobacterium memiliki peran yang berbeda terhadap
pencernaan manusia. Lactobacillus acidophilus membantu pencernaan laktosa usus,
merangsang respon kekebalan tubuh terhadap mikroorganisme yang tidak diinginkan
dan membantu mengendalikan kadar kolesterol darah. Banyak publikasi yang
menunjukkan bahwa Lactobacillus acidophilus menghasilkan zat seperti lactocidine
atau acidophiline yang meningkatkan stamina dan kekebalan. Berbeda dengan
Lactobacillus acidophilus, spesies Lactobacillus casei merupakan bakteri probiotik

3
yang telah lama digunakan dalam susu fermentasi seperti pada produk Yakult,
Lactobacillus casei membantu membatasi pertumbuhan bakteri patogen dalam usus.
Spesies Lactobacillus lainnya yaitu Lactobacillus plantarum menghasilkan asam
laktat di saluran pencernaan. Lactobacillus plantarum membantu mengurangi perut
kembung. Spesies probiotik ini juga membantu penyerapan vitamin dan antioksidan
serta menghilangkan komponen beracun dari makanan.
Spesies Bifidobacterium juga memiliki manfaat yang banyak seperti
Bifidobacterium bifidum yang ditemukan dalam jumlah besar di usus dan mukosa
vagina. Bifidobacterium bifidum mencegah perkembangbiakan E. coli, salmonella
dan clostridium. Bakteri ini juga memproduksi asam laktat dan asam asetat yang
menurunkan pH usus dan mencegah pertumbuhan bakteri patogen. Hasil penelitian
menunjukkan bahwa organisme ini juga merangsang penyerapan mineral seperti besi,
kalsium, magnesium, dan seng. Bifidobacterium longum merupakan bakteri probiotik
dalam usus besar. Penelitian menunjukkan bahwa bakteri ini berkontribusi
meningkatkan nilai gizi makanan dengan memproduksi vitamin melalui sintesis
enzim pencernaan seperti fosfatase kasein atau lisozim. Bifidobacterium longum juga
berpartisipasi dalam pencernaan usus. Sedangkan Bifidobacterium breve
memungkinkan berfungsinya sistem pencernaan, membantu menghambat
pertumbuhan bakteri berbahaya dan merangsang sistem kekebalan tubuh.
Bifidobacteriumbreve juga berperan penting dalam sintesis vitamin D dan K. Adapun
Bifidobacterium lactis dikenal menjaga keseimbangan mikroflora usus, mendorong
penyerapan nutrisi, merangsang sistem kekebalan tubuh dan mendetoksifikasi usus,
darah dan hati.
Proteomik adalah studi tentang seluruh protein yang diekspresikan oleh
genom suatu organisme pada suatu waktu tertentu. Oleh karena itu, penggunaan
probiotik dapat memengaruhi ekspresi gen pada inang melalui modulasi jalur sinyal
seluler dan produksi produk metabolit yang dapat memengaruhi kesehatan inang.
Ketika genom manusia dibuka, perbedaan-perbedaan melekat pada entitas biologis
termasuk manusia. Variasi genetik dapat terjadi bahkan di antara populasi manusia

4
yang sehat. Alel polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) dapat berbeda di antara
kelompok geografis atau etnis. SNP dapat muncul di dalam urutan pengkodean gen
atau daerah noncoding gen atau intergenik. Variasi genetik ini dapat mempengaruhi
bagaimana tubuh manusia merespons patogen, bahan kimia, obat-obatan, dan zat gizi
termasuk probiotik. Namun, saat ini, belum ada bukti yang cukup untuk mendukung
pengaruh probiotik terhadap kesehatan melalui modulasi genomik. Penggunaan
hewan saat ini adalah satu-satunya cara untuk mempelajari peristiwa kompleks terkait
dengan zat gizi dan probiotik karena sulit untuk mengakses fungsi usus manusia
secara real time.
2.2 Peran mikrobiota terhadap saluan pencernaan (usus)
Tubuh manusia diperkirakan menjadi rumah bagi sekitar 10 14
mikroorganisme termasuk bakteri, ragi, dan virus. Jumlah ini lebih dari 1.500 spesies,
dengan 30-40 terdiri hingga 99% dari total populasi. Sebagian besar mikroorganisme
ini berada di dalam usus manusia (Guarner dan Malagelada 2003). Sistem kekebalan
tubuh manusia memainkan peran penting dalam mempertahankan homeostasis
dengan mikrobiota, sehingga memastikan bahwa hubungan mutualisme dengan inang
dapat dipertahankan. Pada waktu yang bersamaan, mikrobiota dapat membentuk
sistem kekebalan manusia. Oleh karena itu, paradigma baru mengemukakan bahwa
sistem kekebalan tubuh telah berkembang untuk mengakomodasi kolonisasi dari
mikrobiota simbiosis yang bertambah kompleks namun tetap mempertahankan
kapasitas untuk melawan patogen. Bagaimana koloni bakteri dari usus dapat
mempengaruhi perkembangan dan fungsi dari sistem imun menjadi pusat
pembelajaran yang menarik (Hooper et al., 2012).
Bakteri yang hidup di dalam tubuh manusia merupakan koloni bakteri yang
bermanfaat. Tanpa mikrobiota usus, tubuh manusia tidak akan mampu memanfaatkan
beberapa karbohidrat yang belum tercerna untuk mengkonsumsi, karena beberapa
jenis mikrobiota usus memiliki enzim dimana selsel manusia tidak mampu untuk
memecahkannya khususnya polisakarida (Clarke et al., 2014). Bakteri mengubah
karbohidrat dengan cara berfermentasi menjadi asam lemak rantai pendek (SCFAs)

5
disebut fermentasi sakarolitik. Produknya meliputi asam asetat, asam propionat, dan
asam butirat. Produkini dapat digunakan oleh sel inang, menyediakan sumber utama
energi dan nutrisi bagi manusia, serta membantu tubuh menyerap mineral penting
seperti kalsium, magnesium, dan zat besi (Gibson dan Glenn, 2004). Gas dan asam
organik (seperti asam laktat) juga diproduksi oleh fermentasi sakarolitik (Guarner dan
Malagelada, 2003). Asam asetat digunakan oleh otot, asam propionat membantu hati
menghasilkan ATP, dan asam butirat memberikan energi untuk sel usus dan dapat
mencegah kanker. Bukti lain yang menunjukkan bahwa bakteri meningkatkan
penyerapan dan penyimpanan lipid kemudian memfasilitasi tubuh untuk menyerap
vitamin yang diperlukan seperti vitamin K (Sears, 2005) . Mikrobiota juga
mensintesis vitamin (seperti biotin dan folat) dan membantu penyerapan unsur
makanan (termasuk magnesium, kalsium dan zat besi) (O'Hara, 2006). Akumulasi
mikroba penyebab penyakit akan menyebabkan perubahan aktivitas gen dan
metabolik. Akibat perubahan tersebut adalah abnormalitas sistem imun, sehingga
akan menyerang zat dan jaringan yang pada keadaan normal terdapat di dalam tubuh
(Ursell et al., 2012).
Beberapa teknik yang dilakukan untuk mengidentifikasi bakteri di usus
manusia diantaranya pengambilan sampel tinja. Namun, metode ini memiliki banyak
kekurangan, tidak sedikit di antaranya adalah ketidakmampuan untuk menumbuhkan
sebagian besar kloni tinja, yang sebagian besar terdiri dari bakteri, tidak memberikan
pembacaan yang dapat diandalkan mikroba mana yang aktif di hulu usus, di musin,
atau pada sel epitel. Beberapa studi telah menggunakan teknologi molekuler baru,
seperti sekuensing DNA, untuk mempelajari mikrobiota usus pada bayi baru lahir dan
anak-anak. Teknologi ini memungkinkan identifikasi spesies bakteri secara akurat
dan dapat digunakan untuk mempelajari peran mikrobiota dalam kesehatan dan
penyakit manusia. Salah satu teknik yang digunakan adalah metode sekuensing
amplicon, yang telah digunakan dalam beberapa studi untuk mempelajari komposisi
mikrobiota usus pada bayi baru lahir. Beberapa penelitian telah menunjukkan bahwa
asupan makanan seperti ASI, susu formula, dan formula tambahan frukto-

6
oligosakarida dapat memengaruhi mikrobiota dan kesehatan usus bayi. Namun,
penentuan hasil cetak genomik nutrigenomik atau bakteri-manusia di usus bayi baru
lahir menjadi semakin sulit karena faktor melahirkan dan menyusui yang
mempengaruhi pengiriman mikroba. Studi juga menunjukkan adanya lactobacilli
dalam ASI, yang menunjukkan bahwa mikroba dapat dipilih oleh sel-sel dendritik.
2.3 Peran microbiota terhadap rongga mulut
Rongga mulut merupakan bagan dari tubuh manusia yang memiliki beragam
mikroba seperti, bakteri, fungi, virus, dan protozoa. Flora normal dalam rongga mulut
terdiri dari Streptococcus mutans/Streptococcus viridans, Staphylococcus aureus,
Lactobacillus sp dan Pseudomonas aeroginosa. Meskipun sebagai flora normal,
namun pada keadaan tertentu bakteri-bakteri tersebut dapat berubah menjadi patogen
karena adanya faktor predisposisi, seperti kebersihan rongga mulut yang rendah.
Bakteri rongga mulut dapat masuk ke dalam aliran darah melalui gigi yang berlubang,
karies gigi dan gusi yang berdarah sehingga terjadi bakterimia (Jawetz, 2005).
Staphylococcus aureus dikenal sebagai mikroorganisme gram positif patogen yang
dihubungkan dengan berbagai sindrom klinis, yang dapat melakukan invansi ke
dalam berbagai organ atau jaringan tubuh dengan menimbulkan imflamasi, nekrosis
dan abses (Bhatia, 2005).
Proteom saliva dapat membantu menjaga kesehatan mulut karena
lingkungan mulut dikelilingi oleh air liur, yang baru-baru ini digambarkan sebagai
"proteom dinamis" karena sekresi protein saliva berada di bawah kontrol neurologis,
dengan output protein tergantung pada stimulus. Selain itu, modifikasi protein saliva
ekstensif terjadi di lingkungan mulut, di mana sejumlah besar enzim yang berasal dari
inang dan bakteri bekerja pada protein yang berasal dari saluran kelenjar. Banyak
protein yang dimodifikasi terjadi dan mempengaruhi microbiota. Kelebihan mikroba
di dalam rongga mulut dapat mempengaruhi kesehatan mulut dan mungkin memicu
beberapa masalah kesehatan tertentu.
Ada beberapa metode yang dapat digunakan untuk mengukur jumlah
mikroba dalam rongga mulut, seperti analisis genomik atau analisis protein saliva.

7
Sumber Daya Bioinformatika untuk Patogen Oral (BROP) telah dibuat untuk
membantu menganalisis dan menambang data semakin banyak urutan genom lengkap
organisme oral (kebanyakan patogen hingga saat ini). Sistem ini telah dirancang
untuk memberikan perbandingan visual berdampingan dari kumpulan data beranotasi
independen untuk genom yang sama. Salah satu cara untuk mengatasi mikroba di
rongga mulut adalah dengan menggunakan probiotik yaitu dengan mengkonsumsi
tablet hisap probiotik meningkatkan aktivitas defensin inang dan membantu
mengurangi beban patogen
2.4 Peran microbiota terhadap saluran urogenital
Mikrobiota pada saluran urogenital pada wanita dan pria yang berhubungan
dengan kesuburan, keguguran, dan kesehatan janin. Pada wanita, penelitian
menunjukkan bahwa keberadaan bakteri vaginosis (BV) dan penurunan jumlah
lactobacilli vagina dapat mengurangi tingkat konsepsi dan meningkatkan risiko
keguguran dini. Mekanisme yang mungkin adalah lactobacilli dapat mengurangi
peradangan yang disebabkan oleh BV atau menghambat infeksi yang dapat
menurunkan tingkat konsepsi. Setelah hamil, lactobacilli dapat mempengaruhi
perkembangan janin melalui molekul yang melintasi dinding plasenta atau aliran
darah ibu-janin. Pada pria, penelitian tentang mikrobiota uretra masih sangat sedikit.
Satu studi menunjukkan bahwa enterococci dan E. adalah prevalen, dengan adanya
tambahan Staphylococcus epidermidis, Corynebacterium, lactobacilli, dan
Haemophilus sp. Komposisi mikrobiota pada saluran urogenital terbentuk di awal
kehidupan dan berubah terutama dengan kadar hormon saat pubertas dan menopause.
Komposisi awal tinggi pada E., Klebsiella, Proteus, enterococci, staphylococci, dan
ini bertepatan dengan peningkatan risiko infeksi saluran kemih. Namun, masih ada
kontroversi dan perbedaan pendapat mengenai peran mikrobiota pada saluran
urogenital dalam kesuburan dan kesehatan janin.
Pada wanita, mikrobiota normal dan patogen sebagian besar berasal dari
usus orang itu sendiri, dan kemudian bermigrasi di sepanjang kulit ke vagina. Dua
studi ekspresi gen baru-baru ini telah dilakukan pada sampel vagina. Pada awalnya,

8
sebuah metode dikembangkan untuk menilai ekspresi gen sel epitel tanpa perlu
mengumpulkan biopsi (Kirjavainen et al. 2008). Hal ini menunjukkan upregulation
faktor antimikroba termasuk defensin setelah pemberian probiotik L. rhamnosus GR-
1, tetapi hasilnya masih awal karena ukuran sampel yang kecil. Dalam studi kedua
dari 20 wanita pascamenopause, tidak adanya lactobacilli dan kehadiran BV dikaitkan
dengan downregulation tujuh kali lipat faktor perangsang koloni antimikroba inang: –
9,83 kali lipat untuk IL-1α, –8,33 untuk IL-1β, dan –3,63 untuk IL-6 (Dahn et al.
2008). Dalam penelitian ini, PCR kuantitatif dilakukan pada molekul terpilih untuk
mengkonfirmasi bahwa data array genomic Affymetrix dari chip menampilkan
54.675 probe berbeda yang sesuai dengan 54.613 transkrip. Ini adalah pembacaan
genom pertama dari sel-sel vagina yang terkait dengan ada atau tidak adanya
lactobacilli.
Penelitian terbaru yang dilakukan pada sampel vagina dan upregulasi faktor
antimikroba setelah pemberian probiotik L. rhamnosus GR-1 dan L. reuteri RC-14
dalam meningkatkan lingkungan mikro vagina dan mengurangi beban penyakit yang
disebabkan oleh patogen urogenital pada wanita. Hasil uji coba acak, double-blind,
terkontrol plasebo menunjukkan bahwa pemberian oral kedua strain Lactobacillus
secara signifikan meningkatkan lingkungan mikro vagina pada wanita. Studi ini juga
menunjukkan bahwa kedua strain Lactobacillus ini dapat mencapai vagina ketika
diberikan secara oral dan dapat merusak biofilm BV.
2.5 Bagaimana interaksi antara mikroba dan inang pada sistem kekebalan
tubuh manusia
Sel dendritik adalah sel kekebalan yang berperan penting dalam merespons mikroba
pada sistem kekebalan bawaan dan adaptif manusia. sel dendritik merespons mikroba
pada kedua sistem kekebalan, diantaranya :
1. Sistem kekebalan bawaan
Pada sistem kekebalan bawaan, sel dendritik terlibat dalam mengenali dan
merespons mikroba yang masuk ke dalam tubuh dengan cara mengambil sampel
antigen yang ada pada mikroba tersebut dan mempresentasikannya kepada sel T

9
 dan B. Hal ini dilakukan dengan cara sel dendritik menyerap mikroba
menggunakan receptor permukaannya, kemudian mengolah dan memproses
antigen yang diambil dari mikroba tersebut. Setelah itu, sel dendritik akan
mempresentasikan antigen tersebut pada permukaannya dengan bantuan molekul
MHC (major histocompatibility complex) kelas I atau II. Sel T dan B kemudian
akan berinteraksi dengan sel dendritik yang telah mempresentasikan antigen pada
permukaannya, dan memulai respon kekebalan bawaan yang melibatkan pelepasan
sitokin dan kemotaksis sel-sel kekebalan lainnya ke tempat infeksi.
2. Sistem kekebalan adaptif
Pada sistem kekebalan adaptif, sel dendritik berperan penting dalam mengaktifkan
sel T dan B untuk memulai respon kekebalan yang spesifik terhadap mikroba yang
telah dihadapi sebelumnya. Sel dendritik akan mempresentasikan antigen yang
diambil dari mikroba tersebut pada permukaannya dengan bantuan molekul MHC
kelas II, kemudian bertemu dengan sel T yang memiliki reseptor yang spesifik
terhadap antigen tersebut. Sel T yang teraktivasi akan memulai respon kekebalan
adaptif dengan memperbanyak diri dan menjadi sel T efektor yang dapat
membunuh mikroba atau memobilisasi respon kekebalan lainnya. Selain itu, sel
dendritik juga dapat mempresentasikan antigen kepada sel B, sehingga sel B dapat
menghasilkan antibodi yang dapat melindungi tubuh dari infeksi mikroba.
Interaksi antara mikroba dan inang manusia dapat memicu respons imun
dalam bentuk infeksi dan peradangan. Ketika mikroba masuk ke dalam tubuh
manusia, sel dendritik dapat mengenali dan menangkap mikroba tersebut untuk
kemudian mengaktifkan sistem kekebalan bawaan dan adaptif. Selanjutnya, sel
dendritik dapat mempresentasikan antigen dari mikroba pada sel T dan sel B, yang
akan menstimulasi produksi antibodi dan respon sel T untuk melawan infeksi.
Namun, interaksi antara mikroba dan inang manusia juga dapat menyebabkan
peradangan yang berlebihan atau kondisi autoimun jika sistem kekebalan terlalu aktif.
Kondisi autoimun dapat terjadi ketika sistem kekebalan secara keliru menyerang
jaringan dan sel tubuh manusia. Selain itu, peradangan yang berlebihan juga dapat

10
menyebabkan kerusakan jaringan dan organ yang parah. Dalam beberapa kasus,
mikroba dapat memanipulasi sistem kekebalan inang untuk mempertahankan
hidupnya dan menyebabkan infeksi yang berkelanjutan. Mikroba juga dapat
beradaptasi dengan cepat dengan mengubah antigen atau memanipulasi respons imun
inang.
Beberapa bakteri tertentu telah dikaitkan dengan perkembangan IBD
(Inflammatory Bowel Disease), seperti E. coli, Helicobacter pylori, dan
Campylobacter jejuni. Bakteri tersebut dapat merusak lapisan mukosa usus dan
merangsang sistem kekebalan untuk melepaskan sitokin proinflamasi, yang
mengakibatkan peradangan pada usus. Di sisi lain, beberapa bakteri yang bersifat
probiotik seperti Bifidobacterium dan Lactobacillus, telah terbukti dapat membantu
dalam remediasi IBD. Bakteri probiotik ini dapat membantu memperbaiki
keseimbangan mikroba dalam usus dan mengurangi peradangan.
Makanan juga dapat memainkan peran dalam IBD. Beberapa makanan
seperti gandum, susu, dan gula dapat memperburuk peradangan pada IBD. Di sisi
lain, diet tinggi serat, sayuran hijau, dan buah-buahan, dapat membantu memperbaiki
gejala IBD dengan meningkatkan keseimbangan mikroba dalam usus dan mengurangi
peradangan. Dalam hal remediasi IBD, terapi diet dan probiotik telah terbukti efektif
dalam mengurangi peradangan dan memperbaiki gejala.
2.6 Mikroba merespons inang
Bakteri memiliki kemampuan untuk merespon lingkungan sekitarnya
melalui berbagai mekanisme yang disebut dengan respons seluler. Beberapa contoh
kemampuan respons seluler bakteri antara lain:
1. Kemampuan untuk mendeteksi sinyal kimia: Bakteri dapat mendeteksi sinyal
kimia dari lingkungan sekitarnya melalui sensor permukaan sel dan protein
reseptor. Sensor dan reseptor ini dapat mendeteksi keberadaan nutrisi, zat kimia
beracun, dan kondisi lingkungan lainnya.

11
2. Kemampuan untuk mengubah arah gerakan: Bakteri dapat merespons stimulus
lingkungan seperti kemotaksis dan fototaksis dengan mengubah arah gerakan
flagelanya.
3. Kemampuan untuk mengatur ekspresi gen: Bakteri dapat mengatur ekspresi gen
secara cepat dan efisien sebagai respons terhadap perubahan lingkungan.
Mekanisme yang terlibat dalam regulasi ekspresi gen termasuk sistem sinyal
transduksi dan pengaturan transkripsi.
4. Kemampuan untuk membentuk biofilm: Bakteri dapat membentuk biofilm
sebagai respons terhadap perubahan lingkungan seperti kekurangan nutrisi atau
adanya zat kimia beracun. Biofilm terdiri dari bakteri yang terikat pada substrat
dan dibungkus dalam matriks ekstraseluler yang melindungi bakteri dari
perubahan lingkungan.
Ada beberapa penelitian yang mendukung bagaimana mikroba merespon
inang, diantaranya:
1. Bakteri bifido memiliki gen yang dapat memanfaatkan frukto-oligosakarida
(Schell et al. 2002) dan jumlah mereka di usus besar meningkat dengan konsumsi
prebiotik (Puccio et al. 2007; van den Broek et al. 2007).
2. Lactobacilli dan bifidobacteria di usus besar dapat dirangsang untuk
pertumbuhan dan aktivitas melalui penggunaan prebiotik, seperti frukto-
oligosakarida rantai pendek. Dasar genom metabolisme frukto-oligosakarida
rantai pendek di L. plantarum WCFS1, mengekspresikan gen yang berbeda
ketika tumbuh pada scFOS dibandingkan dengan glukosa.
3. Strain probiotik dapat dipilih karena mengekspresikan fungsi spesifik ketika
diberikan dengan produk makanan, seperti Lactococcus lactis, yang
menggunakan gen aminotransferase aspartat laktokokal atau gen B. longum
alpha-galactosidase sebagai penanda yang dapat dipilih
4. Strain lactobacilli telah terbukti memodulasi kekebalan dengan cara yang
berbeda (D'ıaz-Ropero et al. 2007), menunjukkan tidak hanya perbedaan antara

12
 organisme tetapi juga kemampuan untuk merasakan dan bereaksi terhadap
lingkungan mereka.
5. Bakteri dapat merasakan lingkungan mereka melalui quorum sensing, yaitu
fungsi komunikasi sel-sel yang menggunakan peptida autoinducer (AI) untuk
merasakan lingkungan dan memanfaatkan gen yang paling memungkinkan
adaptasi terhadap kondisi. Misalnya, beberapa AMP kelas II yang dapat
diinduksi berfungsi sebagai AI.
6. AI-2 dianggap sebagai molekul pensinyalan bakteri universal yang disintesis oleh
enzim LuxS, yang merupakan bagian integral dari metil sikel yang diaktifkan.
Probiotik L. rhamnosus GG, GR-1, dan RC-14 semuanya menghasilkan molekul
mirip AI-2.
7. Bakteriosin terlibat dalam penginderaan kuorum di lactobacilli. Kehadiran
bakteria tertentu dapat bertindak sebagai sinyal lingkungan yang mengaktifkan
produksi bakteriosin di L. plantarum NC8 melalui mekanisme quorum-sensing
yang dimediasi oleh faktor induksi PLNC8IF.
8. Organisme firmicute anaerob usus, Rose-buria inulinivorans, menghasilkan asam
butirat selama pertumbuhan glukosa, pati, atau inulin. Ini berisi satu set gen yang
mengkode pemanfaatan fucose, pemanfaatan propana-diol, dan pembentukan
propionat dan propanol yang diregulasi selama pertumbuhan fucose. Dalam
organisme ini, sistem penginderaan kuorum Gram-positif, tipe agr-tipikal
diregulasi selama pertumbuhan fucose.

1.

13
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
1. Probiotik adalah mikroorganisme yang memberikan manfaat kesehatan pada host
melalui mekanisme seperti meningkatkan fungsi kekebalan tubuh dan membantu
pencernaan. Produk probiotik yang efektif harus memenuhi kriteria tidak
patogenik dan mampu bertahan dan melakukan kegiatan metabolisme dalam
usus. Bakteri Lactobacillus dan Bifidobacterium digunakan dalam produk
probiotik dan memiliki manfaat seperti meningkatkan kekebalan tubuh,
membantu penyerapan vitamin dan mineral, serta memengaruhi ekspresi gen
pada inang melalui produksi produk metabolit.
2. Mikrobiota atau koloni bakteri di dalam tubuh manusia memiliki peran penting
dalam menghasilkan asam lemak rantai pendek (SCFAs), yang berguna bagi
tubuh manusia untuk mendapatkan energi dan zat gizi penting seperti mineral,
vitamin, dan unsur makanan. Mikrobiota juga mensintesis vitamin dan membantu
penyerapan unsur makanan. Namun, akumulasi mikroba penyebab penyakit
dapat menyebabkan perubahan aktivitas gen dan metabolik yang berdampak pada
kesehatan tubuh manusia. Beberapa penelitian menunjukkan bahwa asupan
makanan dapat memengaruhi mikrobiota dan kesehatan usus bayi.
3. Rongga mulut memiliki flora normal yang terdiri dari beragam mikroba, namun
kelebihan mikroba di dalam rongga mulut dapat mempengaruhi kesehatan mulut
dan dapat memicu beberapa masalah kesehatan tertentu. Proteom saliva dapat
membantu menjaga kesehatan mulut dengan modifikasi protein saliva ekstensif
terjadi di lingkungan mulut. Salah satu cara untuk mengatasi mikroba di rongga
mulut adalah dengan menggunakan probiotik
4. Mikrobiota pada saluran urogenital dapat memengaruhi kesuburan, keguguran,
dan kesehatan janin pada wanita dan pria. Komposisi mikrobiota dapat berubah

14
 seiring dengan faktor hormon dan dapat dipengaruhi oleh probiotik. Studi terbaru
menunjukkan bahwa pemberian oral Lactobacillus dapat meningkatkan
lingkungan mikro vagina pada wanita dan mengurangi beban penyakit yang
disebabkan oleh patogen urogenital
5. Sel dendritik memainkan peran penting dalam merespons mikroba pada sistem
kekebalan bawaan dan adaptif manusia. Sel dendritik dapat mengenali dan
menangkap mikroba, kemudian mempresentasikan antigen pada sel T dan B
untuk memulai respon kekebalan. Namun, interaksi antara mikroba dan inang
manusia juga dapat menyebabkan peradangan yang berlebihan atau kondisi
autoimun jika sistem kekebalan terlalu aktif. Beberapa bakteri telah dikaitkan
dengan perkembangan IBD, dan terapi diet dan probiotik telah terbukti efektif
dalam mengurangi peradangan dan memperbaiki gejala.
6. Bakteri memiliki kemampuan respons seluler yang meliputi kemampuan untuk
mendeteksi sinyal kimia, mengubah arah gerakan, mengatur ekspresi gen, dan
membentuk biofilm. Beberapa penelitian menunjukkan bahwa bakteri dapat
merespon lingkungan dan inang mereka melalui berbagai mekanisme seperti
quorum sensing dan modulasi kekebalan.

3.2 Saran
Disarankan kepada masyarakat untuk mengonsumsi produk probiotik yang
mengandung bakteri Lactobacillus dan Bifidobacterium serta memperhatikan asupan
makanan untuk mempengaruhi kesehatan usus, kesehatan mulut, dan perlu
diperhatikan komposisi mikrobiota pada saluran urogenital, probiotik untuk
mengurangi peradangan dan memperbaiki gejala yang terkait dengan interaksi
mikroba dan inang manusia. Selain itu, penting untuk memperhatikan kemampuan
bakteri untuk merespon lingkungan dan inang mereka melalui berbagai mekanisme
seperti quorum sensing dan modulasi kekebalan.
7.

15
 Daftar Pustaka

Beaugerie, Laurent, Petit, Jean-Claude. 2004. Antibiotic-associated diarrhoea. Best

Practice & Research Clinical Gastroenterology 18 (2): 337–52.

Bhatia R (2005). Microbiology For Dental Students. Ed. ke-3. India :New Delhi ;67

Clarke G, Stilling RM, Kennedy PJ, Stanton C, Cryan JF and Dinan TG. 2014.
Minireview: Gut microbiota: the neglected endocrine organ. Mol. Endocrinol.
28 (8): 1221–1238

Dahn A, Saunders S, Anukam KC, Hammond J-A, Carter DP, Kirjavainen P et al.
2008. Vaginal gene expression changes and Lactobacillus presence in women
treated with oral Premarin estrogen replacement therapy. Microbes Infect.
10:620–627.

Dietert RR, Dietert JM. Review: the microbiome and sustainable healthcare.
Healthcare. 2015;3:100-29. 2.

Gibson, Glenn R. 2004. Fibre and effects on probiotics (the prebiotic concept).
Clinical Nutrition Supplements 1(2): 25-31.

Guarner, F dan Malagelada, J. 2003. Gut flora in health and disease. The Lancet. 361
(9356): 512–519.

Hill C, Guarner F, Reid G, Gibson GR, Merenstein DJ, Pot B, et al. STATEMENTS
The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics consensus
statement on the scope and appropriate use of the term probiotic. 2015;11

Hooper, L.V., Littman, DR., Macpherson, A.J. 2012. Interactions between in

microbiota and the immnune system. Science 336.

Jawetz E, Melnick, Adelberg (2001). Medical Microbiology, Ed. Ke-22, McGraw

Hill Companies USA 2001: 229-31.

Kirjavainen PK, Laine RM, Carter D, Hammond J-A, and Reid G. 2008. Expression
of anti-microbial defense factors in vaginal mucosa following exposure to
Lactobacillus rhamnosus GR-1. Int J Probiotics Prebiotics. 3:99–106.

Lederberg J. McCray AT.Ome Sweet Omics—a genealogical treasury of words.

Scientist. 2001;15:8.

16
Nanak Antarini AA. Sinbiotik antara Probiotik dan Prebiotik. 2011.Volume 2. (148-
155).

O'Hara, Ann M; Shanahan, Fergus. 2006. The gut flora as a forgotten organ. EMBO
Reports 7(7): 688–693

Stappenbeck TS, Hooper LV, and Gordon JI. 2002. Developmental regulation of
intestinal angiogenesis by indigenous microbes via Paneth cells. Proc Natl Acad
Sci U S A. 99(24):15451–15455.

Sears, Cynthia L. 2005. A dynamic partnership: Celebrating our gut flora. Anaerobe.
11 (5): 247-251. Sudarmono PP. 2016. M

Ursell LK, Metcalf JL, Parfrey LW, Knight R. 2012. Defining the human
microbiome. Nutr Rev. 70: 38-44.

17