Mikrobiologi Pertemuan 5

Machine Translated by Google
Bab
12 • Evolusi Mikroba
dan Sistematika
mikrobiologi sekarang
Pertukaran Gen dan Evolusi Vibrio Laut

Vibrio cholerae adalah bakteri yang ada di habitat laut pesisir di
seluruh dunia, dan beberapa strain menyebabkan kolera, penyakit diare
yang menghancurkan. Kolera disebabkan oleh strain V. cholerae yang
telah memperoleh gen penyandi toksin kolera melalui transfer gen
horizontal. Transfer gen horizontal memiliki efek kuat pada evolusi
mikroba. Faktanya, banyak sifat bakteri, termasuk patogenisitasnya,
dapat diubah oleh perolehan gen dari spesies lain.
Ahli mikrobiologi masih berjuang untuk memahami efek transfer gen

horizontal pada evolusi mikroba. Pada V. cholerae,
pola transfer gen bervariasi sehubungan dengan genom inti dan genom
yang dapat dibuang. Gen housekeeping, yang melakukan proses seluler
penting dan merupakan komponen genom inti, dipertukarkan di antara
strain V. cholerae tetapi tidak dipertukarkan antar spesies. Sebaliknya, gen
integron, komponen genom yang dapat dibuang, dapat dipertukarkan
melintasi batas spesies dan siap dipertukarkan antara spesies V. cholerae
dan V. metecus (foto inset).
Saya Bumi Awal dan Asal-usulnya dan

Ternyata pertukaran gen integron lebih diatur oleh kejadian Diversifikasi Kehidupan 348
bersama secara geografis daripada oleh batas spesies.1 Misalnya, galur
V. cholerae yang diisolasi dari kolam garam (foto) di Falmouth,
II Fosil Hidup: DNA Merekam Sejarah
Kehidupan 355
Massachusetts, berbagi lebih banyak gen integron dengan Vibrio metecus
galur yang diisolasi dari kolam yang sama dibandingkan dengan galur V. III Evolusi Mikroba 363
cholerae lainnya yang diisolasi dari lokasi yang jauh secara geografis di Sistematika Mikroba IV 369
Bangladesh.
Ketika berbicara tentang pertukaran gen dalam genom yang
dapat dibuang itu mungkin semua tentang (seperti yang akan dikatakan
oleh agen real estat) "lokasi, lokasi, lokasi." Gen integral dapat mengubah
aspek tertentu dari metabolisme dan karakteristik permukaan sel.
Kemungkinan ini dapat membantu semua spesies Vibrio beradaptasi
dengan lingkungan lokal mereka dan dapat berdampak pada evolusi patogenisitas.
1
Boucher, Y., dkk. 2011. Kumpulan gen seluler lokal dengan cepat melintasi batas spesies
untuk menciptakan endemisitas dalam populasi Vibrio cholerae global. mBio. 2:e00335–10.
347
348 UNIT 3 • Keanekaragaman Mikroba
Evolusi adalah tema pemersatu yang mendasari semua biologi. Charles penuh di lautan selama miliaran tahun sebelum kemunculan tumbuhan dan
Darwin adalah orang pertama yang mengamati bahwa makhluk hidup hewan pertama, dan aktivitas mereka telah membentuk biosfer kita.
berubah dari waktu ke waktu, dan dia mengusulkan bahwa proses evolusi ini
dihasilkan dari seleksi alam yang bekerja pada variasi acak antara keturunan. Bab ini berfokus pada evolusi kehidupan mikroba. Kami akan
Hari ini kita tahu bahwa variasi acak ini terjadi sebagai akibat dari mutasi dan mengeksplorasi sejarah evolusi kehidupan dan cara di mana urutan DNA
rekombinasi dalam urutan DNA. Sejarah evolusi ditulis dalam kode genetik dapat digunakan untuk mengklasifikasikan mikroorganisme dan untuk
kita dan urutan DNA memberikan catatan evolusi yang berlangsung selama membedakan hubungan evolusioner mereka. Secara keseluruhan, tujuan
miliaran tahun. Kita sekarang tahu bahwa mikroorganisme telah mendominasi bab ini adalah untuk menyediakan kerangka kerja evolusioner dan sistematis
sebagian besar sejarah kehidupan di Bumi. Mikroorganisme adalah untuk memahami keragaman kehidupan mikroba yang akan kita jelajahi
dalam empat bab berikutnya.
I • Awal Bumi dan Asal Usul dan Diversifikasi Kehidupan

Di bagian pertama ini, kami mempertimbangkan kemungkinan kondisi di bawah Persen dari
mana kehidupan muncul, bukti paling awal untuk kehidupan seluler, dan saat ini
perbedaannya menjadi tiga garis keturunan evolusi, Bakteri, Archaea, atmosfer
Keabadian Acara oksigen
dan Eukarya. Meskipun banyak tentang peristiwa dan proses ini tetap
0.1 1.0 10 100
spekulatif, bukti geologis dan molekuler telah digabungkan untuk membangun BYA
skenario yang masuk akal untuk peristiwa paling awal dalam evolusi Kepunahan dinosaurus
kehidupan dan untuk dampak mendasar yang dimiliki mikroba pada sejarah Fanerozoikum
Bumi kita. Asal usul hewan pertama
0,5
Awal Kambrium
ledakan
12.1 Pembentukan dan Sejarah Awal Bumi
1.0
Bumi 4 miliar tahun yang lalu akan terasa asing dan tidak ramah bagi mata
manusia, tetapi gurun tandus yang terdiri dari bebatuan yang meledak dan
Proterozoikum
lautan yang mendidih ini adalah inkubator dari mana semua kehidupan 1.5
muncul. Kisah kehidupan dimulai tidak lama setelah terbitnya tata surya kita Bukti untuk multiseluler
dengan terbentuknya Bumi itu sendiri. eukariota
2.0 Pembentukan perisai ozon
Asal Bumi
Bumi terbentuk sekitar 4,5 miliar tahun yang lalu, berdasarkan analisis isotop Awal yang Hebat
2.5 Peristiwa Oksidasi
radioaktif yang meluruh perlahan (Gambar 12.1). Planet kita dan planet-
planet lain di tata surya kita muncul dari bahan-bahan yang membentuk awan
Asal usul cyanobacteria
debu dan gas berbentuk cakram yang dilepaskan oleh supernova sebuah 3.0 dan oksigen
bintang tua yang masif. Saat bintang baru—matahari kita—terbentuk di dalam Archaean fotosintesis
awan ini, ia mulai memadat, mengalami fusi nuklir, dan melepaskan sejumlah Asal usul anoksigenik
besar energi dalam bentuk panas dan cahaya. 3.5 fotosintesis anoksik
Material yang tertinggal di awan nebular mulai menggumpal dan menyatu karena suasana
Divergensi Bakteri
dan Archaea
tumbukan dan gaya tarik gravitasi, membentuk akresi kecil yang berangsur-
4.0 Asal usul kehidupan seluler
angsur tumbuh lebih besar membentuk gumpalan yang akhirnya menyatu menjadi
hadian
planet. Energi yang dilepaskan dalam proses ini memanaskan Bumi yang muncul
pembentukan
saat terbentuk, seperti halnya energi yang dilepaskan oleh peluruhan radioaktif kerak dan lautan Bumi
4,5
di dalam bahan yang mengembun, membentuk planet Bumi dengan magma steril
Pembentukan
panas yang berapi-api. Saat Bumi mendingin dari waktu ke waktu, inti logam, dari Bumi
mantel berbatu, dan kerak permukaan tipis dengan kepadatan lebih rendah terbentuk.
Kondisi awal Bumi yang tidak ramah, ditandai dengan permukaan cair di Gambar 12.1 Penanda utama dalam evolusi biologis, perubahan geokimia bumi, dan
bawah pemboman intens oleh asteroid dan objek lain dari luar angkasa, diversifikasi metabolisme mikroba. Tanggal tertua untuk asal usul kehidupan ditentukan
diperkirakan bertahan selama lebih dari 500 juta tahun. Air di Bumi berasal oleh waktu asal Bumi, dan waktu minimum untuk asal fotosintesis oksigen ditentukan oleh
Peristiwa Oksidasi Besar, sekitar 2,4 miliar tahun yang lalu (BYA). Perhatikan bagaimana
dari tabrakan yang tak terhitung banyaknya dengan komet dan asteroid es
oksigenasi atmosfer dari metabolisme cyanobacterial adalah proses bertahap, terjadi selama
dan dari pelepasan gas vulkanik dari interior planet. Mengingat panas Bumi
sekitar 2 miliar tahun.
pada saat itu, air hanya akan hadir sebagai uap air. Belum ada batuan yang
Bandingkan gambar ini dengan pengenalan kehidupan purba di Bumi yang ditunjukkan pada
berasal dari planet Bumi yang ditemukan, mungkin karena telah mengalami Gambar 1.4.
metamorfosis geologis. Kristal kuno dari
BAB 12 • Evolusi dan Sistem Mikroba 349

mineral zirkon (ZrSiO4) telah ditemukan, dan bahan-bahan ini memberi kita
Akhirnya, lapisan ganda lipid menggantikan
gambaran sekilas tentang kondisi di Bumi saat ini. kompartemen mineral, memungkinkan sel
Kotoran yang terperangkap dalam kristal dan rasio isotop oksigen dalam pertama menyebar ke habitat baru.
mineral (Bagian 18.9) menunjukkan bahwa kerak padat mulai terbentuk
dan air mulai mengembun ke lautan mungkin sedini 4,3 miliar tahun yang
lalu. Kehadiran air cair menyiratkan bahwa kondisi bisa saja sesuai dengan
kehidupan dalam beberapa ratus juta tahun setelah Bumi terbentuk.
Beberapa batuan sedimen tertua yang ditemukan sejauh ini berada di

barat daya Greenland; batuan ini berumur sekitar 3,86 miliar tahun yang
Kompartemen
lalu. Komposisi sedimen batuan ini menunjukkan bahwa lautan hadir pada memungkinkan
saat ini. Sisa-sisa fosil dari apa yang tampak seperti sel (Gambar 12.2) dan penggabungan
reaksi energik ke Gundukan:
karbon “ringan” yang melimpah di batuan ini memberikan bukti paling awal replikasi molekul.
untuk kehidupan mikroba (kami membahas penggunaan analisis isotop endapan tanah liat,
sulfida logam, silika,
karbon dan belerang sebagai indikasi proses kehidupan di Bagian 18.9). dan karbonat
Air laut
(< 20ºC, mengandung
Asal Kehidupan Seluler logam, CO2, dan
Pori-pori mineral
Asal usul kehidupan di Bumi tetap menjadi misteri terbesar, dikaburkan membentuk PO4 2–)
oleh kedalaman waktu. Ada beberapa batu yang bertahan tidak berubah kompartemen
biologis pertama. Aliran zat
untuk bersaksi tentang periode sejarah Bumi ini. Bukti eksperimental naik melalui gundukan
menunjukkan bahwa prekursor organik untuk sel hidup dapat terbentuk Nitrogen
Asam pangkalan
secara spontan dalam kondisi tertentu, memberikan prasyarat yang amino
diperlukan untuk sistem kehidupan pertama. Namun, kondisi di permukaan gula

bumi lebih dari 4 miliar tahun yang lalu, khususnya suhu yang sangat panas Kerak laut
dan tingkat radiasi ultraviolet, kemungkinan besar tidak mendukung –
+
H2S
pembentukan kehidupan seperti yang kita kenal. Satu hipotesis menyatakan NH4 HCO3 CH3SH
–
CH4 APA
bahwa kehidupan mungkin berasal jauh di bawah permukaan bumi di mata CN
H2
air hidrotermal di dasar laut (Gambar 12.3). Nutrisi dalam panas
Jauh di dasar laut, kondisi akan lebih tidak bersahabat dan lebih stabil air hidrotermal
daripada di permukaan bumi. Pasokan energi yang stabil dan berlimpah

dalam bentuk senyawa anorganik tereduksi— Gambar 12.3 Gundukan bawah laut dan kemungkinan hubungannya dengan
asal usul kehidupan. Model interior gundukan hidrotermal dengan transisi hipotesis dari
hidrogen (H2) dan hidrogen sulfida (H2S), misalnya—akan tersedia di mata
kimia prebiotik ke kehidupan seluler digambarkan. Inset: foto gundukan hidrotermal yang
air hidrotermal ini. Geokimia unik dari situs-situs ini mungkin memungkinkan
sebenarnya. Cairan hidrotermal kaya mineral panas bercampur dengan air laut yang lebih
pembentukan molekul yang penting bagi munculnya kehidupan dan dingin dan lebih teroksidasi, membentuk endapan senyawa Fe dan S, lempung, silikat, dan karbonat.
pembentukan struktur terkotak yang diperlukan untuk menghemat energi. Endapan mineral membentuk pori-pori yang dapat berfungsi sebagai kompartemen kaya
energi yang memfasilitasi evolusi bentuk kehidupan praseluler.
Baik di dasar laut atau di tempat lain, beberapa bentuk kimia prebiotik pasti
telah memfasilitasi pengembangan sistem replikasi diri pertama, pendahulu
kehidupan seluler.
Molekul RNA kemungkinan besar merupakan komponen utama dari
sistem pertama yang mereplikasi diri dan ada kemungkinan bahwa
kehidupan dimulai di dunia RNA (Gambar 12.4). RNA adalah komponen
kofaktor dan molekul esensial tertentu yang ditemukan di semua sel (seperti
ATP, NADH, dan koenzim A); dapat mengikat molekul kecil (seperti ATP,
asam amino, dan nukleotida lainnya); dan dapat memiliki aktivitas katalitik,
karena RNA diketahui mengkatalisis sintesis protein melalui aktivitas rRNA,
tRNA, dan mRNA (Bagian 4.13). Ada kemungkinan bahwa molekul RNA
tertentu pernah memiliki kemampuan untuk mengkatalisis sintesisnya
sendiri. Kemudian, ketika berbagai jenis protein muncul, beberapa dengan
kemampuan katalitik, protein mulai mengambil alih peran katalitik RNA.
Akhirnya, DNA, sebuah molekul yang secara inheren lebih stabil daripada
Gambar 12.2 Kehidupan mikroba purba . Memindai mikrograf elektron bakteri mikrofosil
dari batuan berusia 3,45 miliar tahun di Sabuk Barberton Greenstone, Afrika Selatan. RNA dan oleh karena itu merupakan tempat penyimpanan informasi genetik
Perhatikan bakteri berbentuk batang (panah) yang menempel pada partikel materi mineral. (pengkodean) yang lebih baik, muncul dan berperan sebagai cetakan untuk
Sel-selnya berdiameter sekitar 0,7 m. sintesis RNA (Gambar 12.4). Bentuk kehidupan seluler paling awal kemungkinan besar dim
Prebiotik Kehidupan praseluler Kehidupan seluler LUCA Evolusioner

kimia awal diversifikasi
4.3–3.8 dari 3,8–3,7 dari
RNA SEBUAH
TA
GC
PADA
kamu
CG
G
C
ENCOK
CG G
TA
protein
SEBUAH
GC C
H2N
KE T
CG
KE
G
T
bakteri
KE T
CG G
COOH
GC C
TA SEBUAH
GC C
KE T
CG G
T
archaea
SEBUAH
C G
mRNA G
G G
T
SEBUAH
G
G
C
G
G
C
UU C C G
G G
SEBUAH
kamu SEBUAH
C G
C
SEBUAH
DD C G
SEBUAH
kamu
C
SEBUAH
C TA
kamu
C
CG
PADA
GC
CG
HGT antar sel
Blok dunia RNA DNA sintesis protein Lipid bilayer Divergensi Bakteri dan Archaea
bangunan biologis - RNA Katalitik - Terjemahan RNA- - Replikasi - - Komponen replikasi DNA, transkripsi,
- Asam amino - RNA yang mereplikasi sendiri template - Transkripsi Kompartemen seluler dan translasi semuanya ada
- Nukleosida - Sel awal mungkin
- Gula memiliki tingkat HGT .
yang tinggi
Gambar 12.4 Peristiwa yang dihipotesiskan mendahului asal usul kehidupan seluler. Sistem biologis yang paling awal mereplikasi diri mungkin didasarkan pada
RNA katalitik. Pada titik tertentu, enzim RNA mengembangkan kemampuan untuk mensintesis protein, dan protein menjadi molekul katalitik utama. Konversi dari RNA-
ke genom berbasis DNA membutuhkan evolusi DNA dan RNA polimerase. Lapisan ganda lipid adalah tempat transpor elektron dan evolusi struktur ini kemungkinan
penting untuk konservasi energi, selain mengandung dan melindungi biomolekul. Leluhur umum universal terakhir (LUCA), yang mendahului divergensi Bakteri dan
Archaea, adalah organisme seluler yang memiliki lapisan ganda lipid dan menggunakan DNA, RNA, dan protein.
Transfer gen horizontal (HGT) mungkin memungkinkan transfer gen yang menguntungkan secara cepat di antara bentuk-bentuk awal kehidupan.
elemen dari sistem tiga bagian DNA, RNA, dan protein ini, selain sistem untuk menghasilkan H2S bersifat eksergonik dan kemungkinan akan
membran yang mampu menghemat energi (lihat Gambar 12.5). Leluhur membutuhkan enzim yang relatif sedikit (Gambar 12.5). Selain itu,
umum terakhir (LUCA) pasti ada pada 3,8–3,7 miliar tahun yang lalu, karena banyaknya senyawa H2 dan sulfur di awal Bumi, skema ini akan
titik di mana Bakteri menyediakan sel dengan pasokan energi yang hampir tak terbatas.
dan Archaea menyimpang dan kehidupan mulai berdiversifikasi ke
dalam bentuk yang kita kenal sekarang. Seseorang dapat membayangkan
saat inovasi dan eksperimen biokimia intensif di mana banyak dari mesin Sumber alternatif H2
struktural dan fungsional dari sistem yang mereplikasi diri paling awal ini UV Gaya gerak
berevolusi dan disempurnakan oleh seleksi alam. proton mendorong
konservasi energi.
Fe2+ + 4 H+ 2 2H +2 2Fe3 +
Diversifikasi Metabolik: Konsekuensi bagi 2 H+ Primitif

ATPase
Biosfer Bumi FeS + H2S FeS2 + H2 Primitif Keluar
Mengikuti asal usul sel, kehidupan mikroba mengalami periode hidrogenase
diversifikasi metabolisme yang panjang, mengeksploitasi berbagai
sumber daya yang tersedia di Bumi. Bumi dan semua lautannya anoxic
untuk sebagian besar sejarahnya. Oksigen molekuler (O2) tidak ada
dalam jumlah yang signifikan sampai fotosintesis oksigenik oleh
cyanobacteria berkembang. Dengan demikian, metabolisme penghasil
sitoplasma ATP
energi dari sel-sel primitif akan secara eksklusif anaerobik dan selaput Di dalam
2 dan ADP + Pi 2 H+
kemungkinan besar harus stabil terhadap panas karena suhu awal Bumi.
Selama era ini CO2 mungkin telah menjadi sumber utama karbon 2 H2O + S0
S0 reduktase
H2S +2OH–
2 H2O
karbon untuk sel (autotrofi, Bagianabiotik
13.5)akan
karena
dengan
sumber
cepat
karbon
menjadi
organik
terbatas. Secara luas diperkirakan bahwa H2 adalah bahan bakar utama
untuk metabolisme energi sel awal. Hipotesis ini juga didukung oleh
pohon kehidupan (lihat Gambar 12.13), di mana hampir semua
Gambar 12.5 Skema pembangkit energi yang mungkin untuk sel primitif. Pembentukan pirit
organisme bercabang paling awal di Bakteri dan Archaea menggunakan menyebabkan produksi H2 dan reduksi S0 , yang memicu ATPase primitif. Perhatikan bagaimana H2S hanya
H2 sebagai donor elektron dalam metabolisme energi dan bersifat memainkan peran katalitik; substrat bersih akan FeS dan S0 . Perhatikan juga betapa sedikit protein berbeda
autotrof. Unsur belerang (S0 ) mungkin merupakan salah satu akseptor yang dibutuhkan. G0 = -42 kJ untuk reaksi FeS + H2S S FeS2 + H2 #
elektron paling awal, sebagai reduksi S0

Bukti menunjukkan bahwa nenek moyang Bakteri modern dan

Archaea telah menyimpang sekitar 3,7 miliar tahun yang lalu (
Gambar 1.4b). Bakteri awal mungkin telah menggunakan H2 dan CO2 untuk
menghasilkan asetat (Bagian 13.19). Pada saat yang sama, Archaea awal
mengembangkan kemampuan untuk menggunakan H2 dan CO2, atau mungkin
asetat saat terakumulasi, sebagai substrat untuk metanogenesis (Bagian 13.20).
Bentuk awal metabolisme chemolithotrophic ini didorong oleh H2
kemungkinan akan mendukung produksi sejumlah besar senyawa organik dari (Sebuah) (B)
fiksasi CO2 autotrofik. Seiring waktu, bahan organik ini akan terakumulasi dan
dapat menyediakan kondisi yang diperlukan untuk evolusi bakteri organotrofik
kemo baru dengan strategi metabolisme yang beragam untuk menghemat
energi dari oksidasi senyawa organik.
Kuis Mini
• Karakteristik apa yang membuat permukaan Bumi tidak ramah (C)
bagi pembentukan kehidupan 4,5 miliar tahun yang lalu?
• Bagaimana kita tahu kapan lautan pertama kali hadir di Bumi?
Mengapa keberadaan lautan penting bagi asal usul dan
diversifikasi kehidupan?
• Garis penalaran apa yang mendukung hipotesis bahwa sistem
replikasi diri pertama didasarkan pada molekul RNA? (Dan)
(D)
12.2 Fotosintesis
dan Oksidasi Bumi Gambar 12.6 Stromatolit kuno dan modern. (a) Stromatolit tertua yang
diketahui, ditemukan di batu berusia sekitar 3,5 miliar tahun, dari Grup Warrawoona
Evolusi fotosintesis merevolusi kimia Bumi. Organisme fototrofik menggunakan di Australia Barat. Ditampilkan adalah bagian vertikal melalui struktur laminasi yang
energi dari matahari untuk mengoksidasi molekul seperti H2S, S0 diawetkan dalam batuan. Panah menunjuk ke lapisan yang dilaminasi. (b) Stromatolit
, atau H2O dan untuk mensintesis molekul organik berbentuk kerucut dari batuan dolomit berumur 1,6 miliar tahun dari Australia utara.
kompleks dari karbon dioksida atau molekul organik sederhana (Bagian 13.5). (c) Stromatolit modern, Pulau Darby, Bahama. Stromatolit besar di latar depan
berdiameter sekitar 1 m. (d) Stromatolit modern terdiri dari cyanobacteria termofilik
Seiring waktu, produk fotosintesis terakumulasi di biosfer, merangsang
yang tumbuh di kolam termal di Taman Nasional Yellowstone.
diversifikasi lebih lanjut kehidupan mikroba. Fototrof pertama di bumi bersifat
Setiap struktur tingginya sekitar 2 cm. (e) Stromatolit modern dari Shark Bay, Australia.
anoksigenik (Bagian 13.3 dan 14.4-14.7), tetapi dari sini berkembang Struktur individu berdiameter 0,5-1 m.
Cyanobacteria, fototrof oksigen paling awal (Gambar 12.1, Bagian 14.3).
Formasi mikroba fosil yang disebut stromatolit dapat ditemukan di bebatuan Bentuk awal fotosintesis adalah anoksigenik, menggunakan donor elektron
yang berusia 3,5 miliar tahun, memberikan bukti konklusif awal kehidupan di seperti H2S dan menghasilkan unsur belerang (S0 ) sebagai produk limbah
Bumi (Gambar 12.6a). Stromatolit, atau “batuan berlapis”, terbentuk ketika (Bagian 13.3). Kemampuan untuk menggunakan radiasi matahari sebagai
beberapa jenis lapisan mikroba menyebabkan pengendapan mineral karbonat sumber energi memungkinkan fototrof untuk melakukan diversifikasi secara ekstensif.
atau silikat yang mendorong fosilisasi (kami membahas lapisan mikroba di Pada 2,5–3,3 miliar tahun yang lalu, garis keturunan cyanobacterial
Bagian 19.5). mengembangkan fotosistem yang mampu melakukan fotosintesis oksigenik
Stromatolit beragam dan umum di Bumi antara 2,8 dan 1 miliar tahun yang (Bagian 13.4) di mana H2O menggantikan H2S dalam reduksi fotosintesis
lalu, tetapi jumlahnya menurun secara dramatis selama miliaran tahun terakhir. CO2, sehingga menghasilkan O2 sebagai produk limbah. Seperti yang akan
Stromatolit sebagian besar hilang dari Bumi hari ini, namun contoh modern kita lihat di bagian selanjutnya, asal mula fotosintesis oksigenik dan naiknya
dari ekosistem mikroba purba ini masih dapat ditemukan di cekungan laut O2 di atmosfer bumi menyebabkan perubahan terbesar dalam sejarah biosfer
dangkal tertentu (Gambar 12.6c, e) atau di mata air panas (Gambar 12.6d; kita dan menyiapkan panggung bagi evolusi bentuk kehidupan yang lebih baru
Gambar 19.9). lagi yang berevolusi untuk mengeksploitasi energi yang tersedia dari respirasi
Bakteri fototrofik, seperti cyanobacteria penghasil oksigen (Bagian 14.3) dan O2 .
bakteri hijau nonsulfur Chlo roflexus (Bagian 14.7), memainkan peran sentral
dalam pembentukan stromatolit modern. Demikian pula, stromatolit purba Bangkitnya Oksigen: Formasi Besi Berpita
mengandung mikrofosil yang tampak sangat mirip dengan spesies cyanobacteria Dengan tidak adanya O2, semua besi Bumi akan hadir dalam bentuk tereduksi
dan ganggang hijau modern (Gambar 12.7). Oleh karena itu, organisme dan akan ada banyak besi yang terlarut di lautan Bumi, kemungkinan
fototrofik paling awal mungkin telah berevolusi lebih dari 3,5 miliar tahun yang membuatnya berwarna merah daripada biru.
lalu dan tampaknya hanya pada Bakteri, sehingga memunculkan stro matolit Bukti molekuler dan kimia menunjukkan bahwa sintesis foto oksigenik pertama
yang kita amati dalam catatan fosil. kali muncul di Bumi setidaknya 300 juta tahun sebelum kadar O2 yang
signifikan muncul di atmosfer. O2 itu _
Schopf
JW
Hayes
John
M.
(Sebuah)
Gambar 12.8 Formasi besi berpita. Sebuah tebing terbuka yang terbuat dari batuan
sedimen setinggi sekitar 10 m di Australia Barat mengandung lapisan oksida besi (panah)
diselingi dengan lapisan yang mengandung silikat besi dan bahan silika lainnya. Oksida
besi mengandung besi dalam bentuk besi (Fe3+) yang dihasilkan dari besi besi (Fe2+)
terutama oleh oksigen yang dilepaskan oleh fotosintesis cyanobacterial.
Schopf
JW
bergantung. Namun, atmosfer oksik juga menciptakan kondisi untuk evolusi

(B) berbagai skema metabolisme baru, seperti oksidasi sulfida, nitrifikasi, dan
berbagai proses kemo litotrofik aerobik lainnya (Bab 13, 14). Mikroorganisme
Gambar 12.7 Fosil bakteri dan eukariota yang lebih baru. (a) Fosil mikro berumur yang mengembangkan kapasitas untuk menghirup O2 memperoleh keuntungan
satu miliar tahun dari Australia tengah yang menyerupai cyanobacteria berfilamen
energik yang luar biasa karena potensi reduksi yang tinggi dari pasangan O2/
modern. Diameter sel, 5-7 m. (b) Mikrofosil sel eukariotik dari formasi batuan yang sama.
H2O ( Bagian 3.6), dan dengan lebih banyak energi yang mereka miliki, aerob
Struktur seluler mirip dengan ganggang hijau modern tertentu, seperti spesies Chlorella.
Diameter sel, sekitar 15 m. Warna ditambahkan untuk membuat bentuk sel lebih jelas.
dapat berkembang biak jauh lebih cepat daripada anaerob.
Perisai Ozon
Konsekuensi penting O2 bagi evolusi kehidupan adalah terbentuknya ozon
cyanobacteria yang dihasilkan tidak dapat terakumulasi di atmosfer karena
(O3). Matahari menyinari Bumi dalam jumlah radiasi ultraviolet (UV) yang
bereaksi secara spontan dengan mineral besi tereduksi di lautan untuk
intens, yang mematikan bagi sel dan dapat menyebabkan kerusakan DNA
membuat oksida besi. Pada 2,4 miliar tahun yang lalu, kadar O2 telah
yang parah. Ketika O2 terkena radiasi UV dari matahari, itu diubah menjadi
meningkat menjadi satu bagian per juta, jumlah yang kecil menurut standar
ozon, yang sangat menyerap radiasi UV dalam panjang gelombang hingga
saat ini, tetapi cukup untuk memulai apa yang kemudian disebut Peristiwa
300 nm. Konversi O2 ke O3
Oksidasi Besar (Gambar 12.1).
menciptakan perisai ozon, penghalang yang melindungi permukaan bumi dari
Metabolisme cyanobacteria menghasilkan O2 yang mengoksidasi mineral
sebagian besar radiasi UV dari matahari. Sebelum generasi pelindung ozon,
tereduksi yang mengandung Fe2+ menjadi oksida besi yang mengandung Fe3+.
iradiasi UV dari matahari akan membuat permukaan bumi cukup tidak ramah
Mineral oksida besi ini menjadi penanda yang menonjol dalam catatan
untuk kehidupan, membatasi kehidupan pada lingkungan yang memberikan
geologis. Oksida besi kurang larut dalam air dan akan mengendap di lautan,
perlindungan dari radiasi UV, seperti di lautan atau di bawah permukaan.
menghujani dasar laut dan membentuk struktur sedimen yang dikenal sebagai
Namun, saat Bumi mengembangkan pelindung ozon, organisme dapat
formasi besi berpita (Gambar 12.8), batuan sedimen laminasi yang terbentuk
menyebar di atas permukaan Bumi, mengeksploitasi habitat baru dan
dalam endapan bahan kaya besi dan silika. Sebagian besar besi dalam batuan
mengembangkan keragaman yang semakin besar. Gambar 12.1 merangkum
asal Prakambrium (>0,5 miliar tahun yang lalu, lihat Gambar 12.1) ada dalam
beberapa tonggak penting dalam evolusi biologis dan geokimia Bumi saat
formasi besi berpita ini, dan saat ini mineral ini mewakili sumber utama bijih
Bumi bertransisi dari planet anoksik ke planet yang sangat oksik.
besi. Hanya setelah Fe2+ yang melimpah di Bumi dikonsumsi, O2 dapat
terakumulasi di atmosfer, dan baru 600-900 juta tahun yang lalu O2 di atmosfer
mencapai tingkat saat ini (~21%, Gambar 12.1).
Kuis Mini
• Mengapa asal usul cyanobacteria dianggap sebagai langkah penting dalam
Saat O2 terakumulasi di Bumi, atmosfer berangsur-angsur berubah dari evolusi?
anoksik menjadi oksik (Gambar 12.1). Spesies Bakteri dan Archaea • Apa yang menyebabkan terbentuknya formasi besi berpita?
tidak dapat beradaptasi dengan perubahan ini semakin terbatas pada habitat • Garis bukti apa yang menunjukkan bahwa kehidupan mikroba ada di Bumi 3,5
anoksik karena toksisitas O2 dan karena secara kimiawi mengoksidasi zat miliar tahun yang lalu?
tereduksi yang menjadi dasar metabolisme mereka.
12.3 Endosimbiosis Asal Eukariota tidak diragukan lagi berkontribusi pada evolusi eukariota yang cepat, seperti halnya
kemampuan untuk mengeksploitasi sinar matahari untuk energi.
Sampai sekitar 2 miliar tahun yang lalu, semua sel tampaknya tidak
Fisiologi dan metabolisme keseluruhan mitokondria dan kloroplas serta
memiliki nukleus dan organel yang terbungkus membran, karakteristik
urutan dan struktur genomnya mendukung hipotesis endosimbiotik.
utama sel eukariotik (domain Eukarya). Di sini kami mempertimbangkan
Misalnya, baik mitokondria maupun kloroplas mengandung ribosom
asal usul Eukarya dan menunjukkan bagaimana eukariota adalah chimera
berukuran prokariotik (70S), termasuk molekul RNA ribosom 16S (16S
genetik yang mengandung gen dari setidaknya dua domain filogenetik yang berbeda.
rRNA) . Urutan gen 16S RNA (Bagian 12.4) mitokondria dan kloroplas juga
merupakan karakteristik Bakteri. Pohon filogenetik yang dibangun dari gen
Endosimbiosis 16S rRNA mitokondria menempatkan nenek moyang mereka di filum
Ketika Bumi menjadi lebih oxic, mikroorganisme eukariotik yang
Alphaproteobacteria, sedangkan gen 16S rRNA kloroplas menempatkan
mengandung organel muncul, dan peningkatan O2 memacu evolusi cepat
nenek moyang mereka di filum Cyanobacteria. Selain itu, antibiotik yang
mereka. Sementara asal pasti sel eukariotik masih belum jelas, mikrofosil
sama yang menghambat ribo beberapa fungsi dalam hidup bebas Bakteri
tertua yang memiliki inti yang dapat dikenali berusia sekitar 2 miliar tahun.
menghambat fungsi ribosom di organel ini. Mitokondria dan kloroplas juga
Mikrofosil alga multiseluler dan semakin kompleks terlihat dari 1,9 hingga
mengandung sejumlah kecil DNA yang tersusun dalam bentuk melingkar
1,4 miliar tahun yang lalu (Gambar 12.7b). Pada 0,6 miliar tahun yang lalu,
yang tertutup secara kovalen, yang merupakan ciri khas Bakteri, dan
dengan O2 mendekati tingkat saat ini, organisme multiseluler besar, fauna
filogeni dari urutan ini menunjukkan nenek moyang bakteri. Memang, ini
Ediacaran, hadir di laut (Gambar 12.1). Dalam waktu yang relatif singkat,
dan banyak tanda lain dari Bakteri hadir dalam organel dari sel eukariotik
eukariota multiseluler berdiversifikasi menjadi nenek moyang ganggang,
modern (Bagian 6.5).
tumbuhan, jamur, dan hewan modern (Bagian 12.4).
Penjelasan yang didukung dengan baik untuk asal usul organel dalam
sel eukariotik adalah hipotesis endosimbiotik (Gambar 12.9). Hipotesis
menyatakan bahwa mitokondria eukariota modern muncul dari Pembentukan Sel Eukariotik
penggabungan stabil bakteri yang bernafas ke dalam sel lain dan bahwa Asal pasti sel eukariotik tetap menjadi pertanyaan besar yang belum
kloroplas muncul dengan cara yang sama dari penggabungan organisme terpecahkan dalam evolusi; namun, tampak jelas bahwa sel eukariotik
mirip cyanobacterium yang melakukan fotosintesis oksigenik. Oksigen modern adalah chimera genetik, sel yang terdiri dari gen dari Bakteri dan
hampir pasti merupakan kekuatan pendorong dalam endosimbiosis melalui Archaea. Ada dukungan kuat untuk asal simbiosis endo mitokondria dan
konsumsinya oleh nenek moyang mitokondria dan produksinya oleh nenek kloroplas dari Bakteri
moyang kloroplas. Semakin besar energi yang dilepaskan oleh respirasi seperti dijelaskan di atas, dan transfer gen tertentu dari endosimbion ini ke
aerobik inti sel. Sel eukariotik berbagi beberapa
bakteri Eukarya archaea bakteri Eukarya archaea
Hewan Tanaman Hewan Tanaman
Nenek moyang dari Inti Nenek moyang dari

Inti
kloroplas terbentuk kloroplas terbentuk
Nenek moyang dari

mitokondria
menelan a
Sel Bakteri
penghasil H2 oleh a
Sel pemakan H2
dari Archaea
(Sebuah) (B)
Gambar 12.9 Model endosimbiotik untuk asal sel eukariotik. (a) Garis berinti menyimpang dari garis archaeal dan kemudian
diperoleh melalui endosimbiosis nenek moyang bakteri mitokondria dan kemudian nenek moyang cyanobacterial dari kloroplas,
di mana titik garis berinti menyimpang ke dalam garis keturunan yang menimbulkan tumbuhan dan hewan. (b) Hipotesis hidrogen.
Nenek moyang bakteri dari mitokondria diambil secara endosimbiosis oleh spesies Archaea dan nukleus dikembangkan kemudian.
Nenek moyang cyanobacteria dari kloroplas kemudian diambil secara endosimbiotik oleh nenek moyang tumbuhan dan ganggang
(tidak ditampilkan). Perhatikan posisi mitokondria dan plastida (kloroplas adalah jenis plastid) pada pohon filogenetik universal
pada Gambar 12.13.
genom Transkripsi dan Terjemahan
4 478
archaea Eukarya archaea Eukarya
6 9 10 11
15 3
11 12 13 12 15 14
17 6
18 19
5
19
8 5 19
16
3 14 2 10
20 1 2 7 13 18
16 17
bakteri bakteri
1 Kromosom melingkar 11 Helikase tipe eukariotik 1 RNA digunakan sebagai pembawa 11 Urutan RNA ribosom
versus linier Polimerase DNA keluarga 12 B pesan genetik homologi
2 Kromosom tunggal versus adalah replika utama 2 mRNA polikistronik 12 Protein ribosom
banyak enzim 3 Tutup dan ekor pada mRNA urutan homologi
kromosom 13 Geser tipe eukariotik 4 kotak TATA dan urutan BRE 13 urutan Shine–Dalgarno
3 Intron langka penjepit di promotor 14 Beberapa faktor terjemahan
4 intron tipe Archaeal 14 Enzim restriksi 5 Represor mengikat langsung ke 15 Faktor pemanjangan sensitif
5 Intens 15 RNAi DNA dalam promotor terhadap toksin difteri
6 Histon 16 Genom ganda- 6 Beberapa RNA polimerase 16 N-Formylmethionine versus
7 DNA girase DNA terdampar 7 RNA polimerase II dengan 8 or metionin
8 girase terbalik 17 Beberapa elemen umpan balik lebih banyak subunit 17 penyelamatan tmRNA terhenti
9 Beberapa asal kromosom dalam genom 8 Beberapa faktor transkripsi ribosom
18 Sentromer diperlukan 18 16S dan 23S rRNA
10 asal eukariotik 19 Telomer dan telomerase 9 Ribosom mensintesis protein 19 18S, 28S, dan 5.8S rRNA
kompleks pengenalan 20 Gen diatur menjadi operon 10 70S versus 80S ribosom
(Sebuah) (B)
Gambar 12.10 Fitur molekuler dari tiga domain. Diagram Venn menunjukkan fitur mana yang dimiliki bersama
oleh domain dan mana yang unik. (a) Fitur genomik. (b) Ciri-ciri transkripsi dan translasi.
fitur lain dengan Bakteri, seperti lipid membran ester-linked mereka, Archaea, inangnya (Gambar 12.9b). Dalam hipotesis ini, nukleus
dan lain-lain dengan Archaea, seperti fitur molekul transkripsi dan muncul setelah gen untuk sintesis lipid dipindahkan dari simbion ke
translasi. Selain itu, Bakteri dan Archaea inang. Transfer ini menyebabkan sintesis lipid yang mengandung
berbagi beberapa sifat molekuler dengan mengesampingkan Eukarya asam lemak oleh inang, lipid yang mungkin lebih kondusif untuk
(lihat Tabel 12.1 dan Gambar 12.10). Ciri-ciri Bakteri dan Archaea ini pembentukan membran internal, seperti sistem membran nukleus
menunjukkan bahwa endosimbiosis dan transfer gen mungkin (Bagian 2.20). Peningkatan ukuran genom
menyebabkan
inang secara
pengasingan
simultanDNA
memainkan peran penting dalam asal usul Eukarya. di dalam membran, yang mengaturnya dengan lebih baik dan
Dua hipotesis telah diajukan untuk menjelaskan pembentukan sel membuat replikasi dan ekspresi gen menjadi lebih efisien.
eukariotik (Gambar 12.9). Dalam satu, eukariota awalnya muncul
sebagai garis sel pembawa nukleus yang kemudian memperoleh Pada bagian selanjutnya kami menelusuri jalur evolusi sel eukariotik
mitokondria dan kloroplas melalui endosimbiosis (Gambar 12.9a). dan prokariotik secara rinci. Analisis evolusi molekuler memberikan
Dalam hipotesis ini, garis sel pembawa nukleus muncul dalam garis bukti langsung tentang sejarah evolusi sel, yang mengarah ke ”pohon
keturunan sel yang memisahkan diri dari Archaea; nukleus kehidupan” modern.
diperkirakan telah muncul dalam garis sel ini selama eksperimen
evolusioner dengan peningkatan ukuran sel dan genom, mungkin Kuis Mini
sebagai respons terhadap peristiwa oksik yang mengubah geokimia • Bukti apa yang mendukung gagasan bahwa mitokondria dan
Bumi (Bagian 12.2). Namun, masalah utama dengan hipotesis ini kloroplas pernah menjadi anggota yang hidup bebas dari domain
adalah tidak mudah menjelaskan fakta bahwa Bakteri dan Eukarya Bakteri?
memiliki lipid membran yang sama, berbeda dengan Archaea • Peristiwa besar apa yang harus terjadi dalam evolusi kehidupan mikroba?
(Bagian 2.7). terjadi sebelum asal perolehan kloroplas dan mitokondria oleh
Hipotesis kedua, yang disebut hipotesis hidrogen, menyatakan sel eukariotik?
bahwa sel eukariotik muncul dari hubungan antara spesies Bakteri • Dalam hal apa eukariota modern merupakan kombinasi atribut
penghasil H2, simbion, yang akhirnya memunculkan mitokondria, dan Bakteri dan Archaea?
spesies pemakan H2.
II • Fosil Hidup: DNA Merekam Sejarah Kehidupan

Data Urutan Molekuler Telah Merevolusi
Urutan
danDNA memberikan
dapat digunakan catatan peristiwa evolusioner
untuk menentukan masamerupakan
filogeni, yang lalu
Filogeni Mikroba
sejarah evolusi organisme. Pada bagian berikut, kami mengeksplorasi Setelah publikasi Origin of Species karya Charles Darwin tahun 1859,
bagaimana urutan molekuler dapat digunakan untuk membangun pohon selama seratus tahun dan lebih, sejarah evolusi dipelajari terutama dengan
filogenetik, diagram yang menggambarkan sejarah evolusi. Kami akan alat-alat paleontologi, melalui pemeriksaan fosil, dan biologi komparatif,
mempertimbangkan bagaimana analisis filogenetik molekuler telah melalui perbandingan ciri-ciri organisme hidup. Pendekatan ini menyebabkan
mengubah pemahaman kami tentang sejarah kehidupan. banyak kemajuan dalam memahami evolusi tumbuhan dan hewan, tetapi
mereka tidak berdaya untuk menjelaskan evolusi mikroorganisme. Sebagian
12.4 Filogeni Molekuler besar mikroorganisme tidak meninggalkan fosil, dan sifat morfologis dan
fisiologisnya memberikan sedikit petunjuk tentang sejarah evolusi mereka.
dan Pohon Kehidupan Selain itu, mikroorganisme tidak memiliki ciri morfologi yang sama dengan
Asal usul evolusi mikroorganisme tetap menjadi misteri sampai ditemukan tumbuhan dan hewan; sehingga tidak mungkin untuk membuat kerangka
bahwa urutan molekuler berfungsi sebagai catatan sejarah evolusi. Pada evolusi yang kuat yang mencakup mikroorganisme.
bagian ini kita akan mempelajari bagaimana urutan gen RNA ribosom
(rRNA) , yang ditemukan di semua sel, merevolusi pemahaman evolusi
mikroba dan memungkinkan untuk membangun pohon kehidupan Upaya pertama untuk menggambarkan sejarah evolusi umum dari semua
universal pertama. sel hidup diterbitkan oleh Ernst Haeckel pada tahun 1866 (Gambar 12.11a).
Plantae Protista binatang Plantae jamur binatang
Protista
monera
(b) Pohon Whittaker
Gambar 12.11 Upaya awal untuk menggambarkan pohon kehidupan universal. (a) Pohon
kehidupan diterbitkan pada tahun 1866 oleh Ernst Haeckel dalam Generelle Morphologie der
Organisman. (b) Pohon kehidupan diterbitkan oleh Robert H. Whittaker pada tahun 1969. Istilah
"Monera" dan "Moneres" adalah istilah kuno yang digunakan untuk merujuk pada sel prokariotik.
Bandingkan pohon konseptual ini dengan pohon yang dihasilkan dari sekuens gen rRNA SSU
(a) Pohon Haeckel pada Gambar 12.13.
Haeckel dengan tepat menyatakan bahwa organisme bersel tunggal, yang Gen rRNA adalah kandidat yang sangat baik untuk analisis filogenetik karena (1)
disebutnya Monera, adalah nenek moyang dari bentuk kehidupan lain, tetapi terdistribusi secara universal, (2) konstan secara fungsional, (3) sangat lestari
skemanya, yang mencakup tumbuhan, hewan, dan protista, tidak berusaha untuk (yaitu, berubah secara perlahan), dan (4) memiliki panjang yang cukup untuk
menyelesaikan hubungan evolusioner di antara mikroorganisme. Situasinya memberikan gambaran yang mendalam tentang kapal hubungan evolusioner.
sedikit berubah hingga tahun 1967 ketika Robert Whittaker mengusulkan skema Woese membandingkan urutan molekul subunit kecil rRNA (SSU rRNA)
klasifikasi lima kingdom (Gambar 12.11b). (Gambar 12.12) dari banyak mikroorganisme dan menemukan bahwa urutan dari
Skema Whittaker membedakan jamur sebagai garis keturunan yang berbeda, prokariota penghasil metana (metanogen) sangat berbeda dari Bakteri.
tetapi sebagian besar masih tidak mungkin untuk menyelesaikan hubungan
evolusi di antara sebagian besar mikroorganisme. Oleh karena itu, filogeni Yang membuatnya heran, ia menemukan bahwa urutan ini berbeda dari Bakteri
mikroba telah membuat sedikit kemajuan sejak zaman Haeckel. seperti yang terakhir dari Eukarya.
Semuanya berubah setelah struktur DNA ditemukan dan diakui bahwa sejarah Dia menamai kelompok baru prokariota ini Archaea (awalnya Archaebacteria)
evolusi dicatat dalam urutan DNA. Carl Woese menyadari pada 1970-an bahwa dan mengenali mereka sebagai domain kehidupan ketiga di samping Bakteri dan
urutan molekul rRNA dan gennya dapat digunakan untuk menyimpulkan hubungan Eukarya (Bagian 1.3 dan Gambar 12.13). Lebih penting lagi, Woese menunjukkan
evolusioner antara organisme. Woese menyadari itu bahwa analisis sekuens gen SSU rRNA dapat digunakan untuk mengungkapkan
evolusi
AA
720 kamu G
1090 kamu kamu
G G GC
710 C 1100 1110
700 kamu GA C kamu GC
1130
G G SEBUAH
G GC
AA GAA 1120
kamu GC AUCUGGAG kamu GCG kamu GC ITU
SEBUAH
SEBUAH
SEBUAH G AC AG
G kamu
C G G C KEPITING
C UCCUUUG dan CC C GG
SEBUAH SEBUAH SEBUAH kamu kamu
C kamu
dan GCG UU UGGACC CGG

SEBUAH
G AAG G C
DD
SEBUAH
kamu kamu
GC dan C G kamu G C kamu AGGUG G AGAAAC SEBUAH DD GC C G G

690 680 730 KE 1180
KE
SEBUAH
670 GC G UC
CG DD
GC 790
V7
SEBUAH
SEBUAH
1070 kamu
1150 1140
G u.a
SEBUAH
C
GC 1080 SEBUAH
GC GU G C SEBUAH
kamu
740 TETAPI CG 1190 G G 1160

GU
SEBUAH
G
kamu kamu
1030 UU C
kamu SEBUAH GC GA C
GA G G
SEBUAH
C 1060 u.a
SEBUAH
SEBUAH
u.a GC UC G G
GC G
kamu
CG
GC
kamu
CG G C 1200 C
kamu
G
660 CG KE
kamu
u.a
CG
SEBUAH
780 AA
SEBUAH
C G
G 800
V6 1020 CG
GA
GC
u.a kamu
SEBUAH
1170
SEBUAH
SEBUAH
KE
SEBUAH
u.a kamu kamu

C KE
SEBUAH
750 C SEBUAH
UGGAGAUG 1040 G dan
GC G C
630 G SEBUAH
C 1050 CG
G
V4 640 650 kamu
G
KE
G
GA GU
DD
SEBUAH
G AKUUUUG AA
G
G
G
G
G
GC
kamu kamu
C
AA C u.a kamu
GC C G
SEBUAH
SEBUAH 1010 GC SEBUAH
1210
SEBUAH CCUGGC UGCAUCUGA
UGCAUC CUGGCAGC u.a 840 C C KE SEBUAH
kamu
620 C GC 810 C
C kamu
SEBUAH
CGC
kamu
770 CG 1000
kamu
C
C GGGCCC GUGUGACU
GUGUAG GAUUGUUUG C G
kamu
G U CA C CG SEBUAH
C C G 760 AG C CG C
SEBUAH
GG
kamu
G SEBUAH
u.a kamu
u.a A A 600 590 G SEBUAH AGU GC

SEBUAH
kamu
DD
980
SEBUAH
SEBUAH
SEBUAH
GU GC G G
610 C GC UGCG SEBUAH
u.a
SEBUAH
C 830 850
GGU CCUU CG 1220
CG G GGU
580 C SEBUAH
C CG
SEBUAH
SEBUAH
SEBUAH
AU
470
G
SEBUAH
820
GUCGACUU
kamu
G CUU
V5 G
SEBUAH
G
C 1260
C GCCG CG
SEBUAH
SEBUAH kamu
SEBUAH
SEBUAH
C G
SEBUAH
u.a
C
SEBUAH
CAGCUGGA G
G 860 G GC
kamu
kamu
GC GA
kamu
UUC 480 GC
kamu
SEBUAH
AAU GC C C C
dan G G 530 kamu
970 C kamu
GC 1250 kamu
SEBUAH
GU CG 880 CG SEBUAH
C G
SEBUAH
C 520 570 GC
SEBUAH
CG 960 kamu SEBUAH
SEBUAH kamu
dan kamu
GC 1230 SEBUAH
G SEBUAH
u.a kamu AUUG C GC CG

SEBUAH
SEBUAH
G
SEBUAH
G
SEBUAH
C 950
SEBUAH
460 G C 890 870 SEBUAH
KL dan CA AA G
CG u.a GU ITU
SEBUAH
C
SEBUAH
G u.a KE 1270
G dan SEBUAH
C
SEBUAH
GC ACG G CG 1240
G kamu
GGAG UA CG GCC
kamu
C kamu SEBUAH
GC
SEBUAH
CG
kamu
C G C G
G
kamu
AC C SEBUAH
CAG GC
510 KE GG
kamu
SEBUAH
490 CG 560 900 G
V8
SEBUAH SEBUAH
CUCA UUGG G kamu

GA
V3
SEBUAH SEBUAH
u.a 940 G
kamu
KE
GC
SEBUAH
SEBUAH CC SEBUAH
SEBUAH
SEBUAH
1280
540
SEBUAH
G C SEBUAH
CGSEBUAH
SEBUAH
910 930 G
kamu
920 GC 1290
kamu
G
SEBUAH
GG GAG
kamu
G G
ITU SEBUAH
dan G C kamu
450 CGG CG G G
CG AUUGACGGGG CCCG CACAA
SEBUAH
G CG C C kamu
SEBUAH
UAGG G G 1300
AAG 500 KE
SEBUAH
430 550 UC CA C C
C
SEBUAH
G CG G G
ACGUUCC GGGC
kamu
kamu kamu
A A GC kamu
UAAU SEBUAH
C
SEBUAH SEBUAH
kamu
AA GU dan C GC CC
G UU
kamu
dan GA C G dan G
SEBUAH
G G GU
SEBUAH SEBUAH
kamu GUAC G
UUAA 1390
C CGA 30
SEBUAH
C kamu SEBUAH
G
C kamu
kamu
SEBUAH
10 1400 C 1380 kamu

SEBUAH
SEBUAH
SEBUAH
CCGG UAUG dan C G G 1350 G

GCU 1500 G
kamu kamu
SEBUAH G AA SEBUAH
400 G
kamu
C C C kamu kamu
kamu
AAAG kamu
C 1330 SEBUAH
G
420
kamu
C G SEBUAH
SEBUAH
G
kamu
G
390 410 UAA G C G
G GCCGUC
SEBUAH
C C SEBUAH
G
kamu
C
40 1510 G SEBUAH
SEBUAH
G kamu G GA G 1310
CG CGGCA ITU kamu
1
SEBUAH
SEBUAH
G CCUG UGCA SEBUAH kamu G G 1370 C kamu
C
G C C kamu
SEBUAH
GGC C SEBUAH u.a ACCG UAGG SEBUAH
C
G G SEBUAH
G kamu
CG C G G G U ACGU C SEBUAH SEBUAH
G
kamu
AA C G
AC KE
kamu CG GU UGGC GUCC
SEBUAH
50 kamu C
KE 1410 G
SEBUAH
380
SEBUAH SEBUAH kamu
1530
SEBUAH CG SEBUAH
CAA
SEBUAH
GC CG 1520
kamu
G GG G 1320
u.a SEBUAH
C
360 GC dan
C G
SEBUAH
KE GU
SEBUAH 350 C
DD CG G C
ITU G G C
kamu
G C SEBUAH
C
SEBUAH
SEBUAH
330 G SEBUAH
60 SEBUAH
G kamu
UC G GU C
340 C 1420 u.a 1480 C
CAC kamu
1540
SEBUAH
G UG
SEBUAH
C GC kamu
CCA G GU
300 G G
kamu
AG CAA 70
GU SEBUAH 1542
GGU C
SEBUAH
kamu kamu SEBUAH
GGA G GA 320 SEBUAH

SEBUAH
CG dan
C 310 C SEBUAH
SEBUAH
kamu G
SEBUAH
SEBUAH GU
ITU G UC CG
C G
kamu SEBUAH
G
kamu
G SEBUAH
G 80
G C C G kamu
C C GG KE
G G kamu
SEBUAH
G AG SEBUAH SEBUAH kamu
CG G GCAGG kamu
UC
SEBUAH
1430 KE 1470
SEBUAH
C GA
290 G SEBUAH kamu
SEBUAH
G C C
100 G kamu SEBUAH
110 kamu kamu
C
kamu
DENGAN kamu G SEBUAH
280 C
kamu
C C
SEBUAH
GU
SEBUAH
C G SEBUAH
90 C
G dan
kamu SEBUAH
kamu
AC G G KE 120
SEBUAH
GC
G
240 GC
KE kamu
SEBUAH
V1 u.a
KE
C kamu
G CG GU
G G C G
SEBUAH
1440 G C
270 C SEBUAH
kamu dan
C 250 C GA kamu
SEBUAH
G SEBUAH
GC 1460
C G 130
kamu
SEBUAH
SEBUAH
G u.a
SEBUAH
CG
C G 230 GC dan
kamu
G C kamu kamu
dan
G kamu
G SEBUAH
G G SEBUAH
G C
SEBUAH SEBUAH
C G C CG
G 260 CG
SEBUAH
KE GU
CG
1450 kamu
UC
G V9
UA 220
KE 140 150
CG
AA
G GGC C UCUU G CG AG
G DD G KE G G
210 C
kamu
DENGAN SEBUAH DENGAN
SEBUAH 160 Gambar 12.12 RNA ribosom (rRNA). Struktur primer dan sekunder
CCG G GGAG C CC u.a GA DD C SEBUAH
16S rRNA dari Escherichia coli (Bakteri). 16S rRNA dari Archaea serupa
kamu
kamu SEBUAH
AG SEBUAH
SEBUAH
G SEBUAH
SEBUAH
C
180
V2
kamu
200 SEBUAH
kamu
SEBUAH
C C
SEBUAH
SEBUAH
170 dalam struktur sekunder (lipatan) tetapi memiliki banyak perbedaan dalam
CG
KE
GC
struktur primer (urutan). Molekul terdiri dari daerah yang dilestarikan dan
190 G
SEBUAH
AC variabel. Posisi daerah variabel ditunjukkan dalam warna.

hubungan antara semua sel, menyediakan alat efektif pertama untuk analisis sebagian besar gen yang mengkode enzim transkripsi,
klasifikasi evolusioner mikroorganisme. translasi, atau replikasi DNA. Meskipun ada banyak contoh transfer
Sejak tahun 1977 lebih dari 2,3 juta sekuens rRNA SSU telah gen horizontal (Bagian 6.12 dan 12.1) antara garis keturunan di dalam
dihasilkan dan digunakan untuk mengkarakterisasi keragaman luas dan di antara domain, tetap jelas bahwa ketiga domain tersebut mewakili
dunia mikroba. Proyek Database Ribosomal (RDP; http:// garis keturunan sel evolusioner utama yang ada di Bumi.
rdp.cme.msu.edu) berisi koleksi yang terus bertambah dari sekuens ini Cara di mana tiga domain didirikan tetap menjadi topik perdebatan.
dan menyediakan program komputasi untuk analisisnya dan untuk Ada banyak contoh gen yang dimiliki oleh Bakteri, Archaea, dan
konstruksi pohon filogenetik, topik yang akan kita bahas di Bagian 12.5. Eukarya, atau dimiliki oleh dua dari tiga domain (Gambar 12.10). Satu
hipotesis adalah bahwa di awal sejarah kehidupan, sebelum domain
primer menyimpang, transfer gen horizontal meluas, dan banyak gen
Pohon Kehidupan Berdasarkan Gen SSU rRNA yang mengkodekan fungsi penanganan informasi belum berevolusi.
Pohon filogenetik universal kehidupan berdasarkan urutan gen SSU Evolusi gen yang meningkatkan penanganan informasi, seperti gen
rRNA (Gambar 12.13) adalah silsilah semua kehidupan di Bumi. Ini yang mengkode transkripsi dan protein translasi, akan memberikan
menggambarkan sejarah evolusi semua sel dan dengan jelas manfaat yang kuat dan mungkin telah ditransfer dengan cepat di antara
mengungkapkan tiga domain. Akar pohon universal mewakili titik waktu bentuk kehidupan awal (Gambar 12.4).
ketika semua kehidupan yang masih ada di Bumi memiliki nenek
moyang yang sama, nenek moyang universal terakhir, LUCA (Gambar 12.13 danLebih
Bagian 12.1).
lanjut dihipotesiskan bahwa seiring waktu, hambatan untuk
Analisis genom telah mengungkapkan bahwa konsep tiga domain transfer gen horizontal yang tidak dibatasi berkembang. Akibatnya,
didukung tidak hanya oleh sekuens rRNA SSU, tetapi juga oleh filogenetik populasi yang sebelumnya promiscuous mulai perlahan memilah-milah
ARCHAEA
BAKTERI
Crenarchaeota Thaumarchaeta
tenericutes
Fusobakteri Firmicutes euryarchaeota
Gemmatimonadetes Aktinobakteri
Bacteroidetes
Lentisphaerae
Korarchaeota
acidobacteria
Fibrobakter
Verrukomikrobia nitrospira nanoarchaeota
Gammaproteobacteria EUKARYA
Klamidia
Betaproteobakteri
Alphaproteobacteria
Planctomycetes Tanaman
Mitokondria
cyanobacteria Deltaproteobacteria Cercozoa
Epsilonproteobacteria
Plastida Stramenopiles
Alveolat
Klorobi
Parabasalid
Spirochaeta
Termodesulfobakteri Diploma
Termotoga
Klorofleksi aquificae Euglenozoa
Deinococcus- Amoebozoa
termus
jamur
LUCA Hewan
Asal usul kehidupan
Gambar 12.13 Pohon filogenetik universal yang ditentukan dari analisis sekuens gen rRNA SSU komparatif. Hanya beberapa
organisme kunci atau garis keturunan yang ditampilkan di setiap domain. Setidaknya 84 filum Bakteri sekarang telah diidentifikasi
meskipun banyak di antaranya belum dikultur. LUCA, nenek moyang universal terakhir.
garis utama keturunan evolusi, Bakteri dan Archaea spirochetes atau fisiologi cyanobacteria, sebagian besar filum bakteri
(Gambar 12.4 dan Gambar 12.13). Ada bifurkasi lebih lanjut, sekitar 2,8 mengandung keragaman spesies yang luas dan menunjukkan
miliar tahun yang lalu, ketika Archaea dan Eukarya menyimpang sebagai keragaman fisiologis yang luar biasa. Proteobacteria menggambarkan
domain yang berbeda. Karena setiap garis keturunan terus berevolusi, konsep ini dengan baik karena mereka mencakup organisme dengan
sifat-sifat tertentu menjadi tetap dalam setiap kelompok, sehingga beragam sifat fisiologis termasuk respirasi aerobik, fermentasi, nitrifikasi,
menimbulkan perbedaan genetik (Gambar 12.10) dan perbedaan fiksasi nitrogen, denitrifikasi, reduksi sulfat, oksidasi belerang dan
fisiologis dan struktural (Tabel 12.1) yang kami amati di antara tiga domain harisulfida,
ini. fototrofi, reduksi dan oksidasi logam disimilasi, metana oksidasi,
Setelah hampir 4 miliar tahun evolusi mikroba, kita melihat hasil yang dan banyak lainnya (Bab 13 dan 14).
luar biasa: tiga domain kehidupan seluler yang masing-masing berbeda Spesies Proteobacteria juga memiliki berbagai strategi ekologi dan
secara evolusioner namun memiliki ciri-ciri tertentu yang menunjukkan dapat ditemukan di semua lingkungan kecuali lingkungan terpanas dan
keturunan yang sama dari nenek moyang seluler universal. paling asin di Bumi. Penting untuk diingat bahwa sementara sebagian
besar filum tumbuhan dan hewan berasal dari 400 juta tahun terakhir,
bakteri filum bakteri berusia miliaran tahun dan kali ini memungkinkan
Di antara Bakteri, setidaknya 84 garis keturunan (disebut filum, filum eksperimen dan diversifikasi ekstensif.
tunggal, atau divisi) telah ditemukan sejauh ini; hanya beberapa kunci
yang ditampilkan di pohon universal pada Gambar 12.13. Bakteri archaea
dibahas secara rinci dalam Bab 14 dan 15. Banyak garis keturunan Bakteri Domain Archaea terdiri dari tujuh filum utama, hanya lima yang
hanya diketahui dari sekuens gen rRNA SSU yang diperoleh dari sampel mengandung spesies yang dijelaskan berdasarkan galur yang
lingkungan (filotipe, Bagian 18.5). Hanya 32 dari filum yang berisi dibudidayakan. Sebagian besar spesies yang dideskripsikan termasuk
spesies yang dijelaskan berdasarkan strain dalam budidaya, dan lebih dalam filum Crenar chaeota dan Euryarchaeota, sementara hanya
dari 90% strain dalam budidaya termasuk salah satu dari hanya empat segelintir spesies yang telah dideskripsikan untuk Nanoarchaeota,
filum, Actinobacteria, Firmicutes, Proteobacteria, dan Bacteroidetes. Korarchaeota, dan Thaumarchaeota (Gambar 12.13). Kami membahas
Sementara usia yang tepat dari filum ini sulit ditentukan, kemungkinan Archaea secara rinci dalam Bab 16. Bercabang dekat dengan akar
banyak dari filum ini terbentuk sekitar waktu di mana Bakteri dan pohon universal adalah spesies hipertermofilik Crenarchaeota, seperti
Archaea menyimpang. Pyro lobus (Gambar 12.13), serta spesies termofilik Nanoar chaeota
Meskipun spesies dalam beberapa filum ini dicirikan oleh sifat dan Korarchaeota. Ini diikuti oleh filum Euryarchaeota, yang mencakup
fenotipik yang unik, seperti morfologi Archaea metanogenik dan
Tabel 12.1 Karakteristik struktural dan fisiologis utama Bakteri, Archaea, dan Eukaryaa
Ciri bakteri archaea Eukarya
Secara morfologi
Struktur sel prokariotik Ya Ya Tidak
Dinding sel Peptidoglikan hadir Tidak ada peptidoglikan Tidak ada peptidoglikan
Lipid membran terkait ester Tertaut dengan eter terkait ester
Nukleus tertutup membran Tidak hadir Tidak hadir Hadiah
Mekanisme flagela Rotasi Rotasi seperti cambuk
Sensitivitas terhadap kloramfenikol, streptomisin, Ya Tidak Tidak
kanamisin, dan penisilin
Struktur fisiologis/khusus
Reduksi disimilasi dari S0 atau Ya Ya Tidak
2-
SO4 menjadi H2S, atau Fe3+ menjadi Fe2+
Nitrifikasi (oksidasi amonia) Ya Ya Tidak
Fotosintesis berbasis klorofil Ya Tidak Ya (dalam kloroplas)

Denitrifikasi Ya Ya Tidak
Fiksasi nitrogen Ya Ya Tidak
Metabolisme energi berbasis Rhodopsin Ya Ya Tidak
Kemolitotrofi (Fe2+, NH3, S0 , H2) Ya Ya Tidak
Endospora Ya Tidak Tidak
Vesikel gas Ya Ya Tidak
Ya Ya Tidak
Butiran penyimpanan poli-ÿ-hidroksialkanoat
Pertumbuhan di atas 70 ° C Ya Ya Tidak
Pertumbuhan di atas 100 ° C Tidak Ya Tidak
Perhatikan bahwa untuk banyak fitur, hanya perwakilan tertentu dalam domain yang menunjukkan properti tersebut.
Sebuah
halofil ekstrim dan asidofil ekstrim, seperti Ther moplasma (Gambar teknologi ( Bagian 6.2) telah membuat pengurutan genom sebagai alat
12.13). Filum Thaumarchaeota pertama kali diamati di laut dalam pada standar yang digunakan dalam analisis filogeni mikroba.
1990-an tetapi kemudian ditemukan di tanah dan sistem kelautan di Mendapatkan sekuens gen dari suatu mikroorganisme relatif mudah jika
seluruh dunia. Spesies pertama Thaumarchaeota terbukti mampu organisme tersebut dapat dibudidayakan secara terpisah di laboratorium.
mengoksidasi amonia. Beberapa spesies berbeda telah diisolasi dan Dalam hal ini, DNA genom diisolasi dan genom diurutkan secara langsung
semuanya memiliki sifat fisiologis ini (Bagian 16.6). Adapun Bakteri, banyak atau digunakan untuk mengamplifikasi satu atau lebih gen spesifik,
garis keturunan Archaea hanya diketahui dari gen SSU rRNA yang menggunakan reaksi berantai polimerase (PCR, Bagian 11.3).
diperoleh dari lingkungan dan masih ada peluang besar untuk penemuan Primer PCR dapat dirancang untuk menargetkan wilayah DNA mana
garis keturunan baru di masa depan. pun dari organisme apa pun. Primer standar ada untuk banyak gen yang
sangat terkonservasi, seperti gen SSU rRNA (Gambar 12.12). Primer
untuk gen SSU rRNA dapat memiliki tingkat kekhususan filogenetik yang
Eukarya berbeda yang menargetkan spesies, genera, dan filum yang berbeda, dan
Pohon filogenetik untuk Eukarya telah dibangun dari analisis sekuens bahkan ada primer “universal” yang akan mengamplifikasi gen SSU rRNA
komparatif gen 18S rRNA, ekuivalen eukariotik dari gen 16S rRNA di dari organisme mana pun. Produk PCR divisualisasikan dengan elektrofo
Bakteri dan Archaea. Seperti yang telah kita diskusikan (Bagian 12.3), resis gel agarosa, dikeluarkan dari gel, diekstraksi dan dimurnikan dari
organel eukariotik utama jelas diturunkan oleh endosimbiosis dari domain mawar aga, dan kemudian diurutkan, sering kali menggunakan
Bakteri, dengan nenek moyang mitokondria berasal dari dalam oligonukleotida yang sama sebagai primer untuk reaksi sekuensing.
Proteobacteria Langkah-langkah ini diringkas dalam Gambar 12.14. Sebagai alternatif,
dan kloroplas dari dalam cyanobacteria (Gambar 12.13). Namun, beberapa dimungkinkan juga untuk mengamplifikasi gen SSU rRNA dari DNA yang
eukariota mikroba tidak memiliki mitokondria ( telah diekstraksi langsung dari sampel lingkungan atau untuk mengurutkan
Bagian 2.21). Dalam Bab 17 di mana kita mempertimbangkan eukariota secara langsung DNA lingkungan ini menggunakan pendekatan metagenomik (Bagian 6.10
mikroba secara rinci, kita akan melihat bahwa filogeni eukariota purba sulit Pendekatan terakhir ini digunakan secara luas untuk mengkarakterisasi
ditentukan. Pohon filogenetik multigen (Bagian 12.9) menunjukkan garis organisme mikro yang sulit tumbuh dalam kultur laboratorium. Setelah
keturunan eukariotik primer yang berasal dari ledakan radiasi evolusioner urutan diperoleh, mereka harus disejajarkan dan dianalisis, masalah
sekitar 600 juta tahun yang lalu yang menyebabkan sebagian besar garis kita beralih ke sekarang.
keturunan eukariota mikroba (Gambar 17.3). Kemungkinan ledakan dalam

evolusi eukariotik ini dipicu oleh timbulnya kondisi oksik di Bumi dan Penjajaran Urutan
perkembangan selanjutnya dari pelindung ozon (Bagian 12.2). Yang Filogeni hanya dapat disimpulkan dari gen yang memiliki homologi, yaitu
terakhir akan sangat memperluas jumlah habitat permukaan yang tersedia gen yang diturunkan dari nenek moyang yang sama. Jadi homologi adalah
untuk kolonisasi. sifat biner; barisan itu homolog atau tidak. Konsep homologi sering
dikacaukan dengan kesamaan urutan. Yang terakhir adalah sifat kontinu
Kuis Mini yang didefinisikan sebagai persentase posisi nukleotida yang dibagi antara
• Jenis bukti apa yang mendukung konsep tiga domain kehidupan? dua urutan. Kesamaan barisan digunakan untuk menyimpulkan homologi,
• Bagaimana pohon universal pada Gambar 12.13 tetapi nilai kemiripan dapat dihitung antara dua barisan apa pun terlepas
mendukung hipotesis endosimbiosis (Gambar 12.9)? dari fungsi atau hubungan evolusionernya. Dengan demikian, istilah
• Sebutkan tiga alasan mengapa gen rRNA SSU cocok kesamaan dan homologi tidak dapat dipertukarkan. Gen yang memiliki
untuk analisis filogenetik. homologi dapat berupa ortolog, jika mereka berasal dari satu gen leluhur
dalam satu nenek moyang, atau paralog, jika mereka terkait sebagai hasil
dari duplikasi gen ( Bagian 6.11). Analisis filogenetik biasanya berfokus
12.5 Filogeni Molekuler: Memahami pada analisis gen ortologis yang memiliki fungsi serupa.
Urutan Molekuler
Semua sel mengandung DNA sebagai materi genetiknya, dan DNA
diturunkan dari induk ke keturunannya. Mutasi yang diwariskan terakumulasi Analisis filogenetik memperkirakan perubahan evolusioner dari jumlah
dalam urutan DNA dari waktu ke waktu. Mutasi ini terjadi secara alami dan perbedaan urutan di seluruh set posisi nukleus otida yang homolog.
merupakan penyebab utama dari variasi acak di mana seleksi bertindak, Beberapa mutasi menyebabkan penyisipan atau penghapusan nukleotida,
seperti yang dijelaskan dalam teori evolusi Darwin. Oleh karena itu, dan ini menyebabkan urutan gen berbeda panjangnya, sehingga perlu
perbedaan dalam urutan nukleotida antara dua organisme akan menjadi untuk menyelaraskan posisi nukleotida sebelum analisis filogenetik dari
fungsi dari jumlah mutasi yang telah terakumulasi sejak mereka memiliki urutan gen. Tujuan penyelarasan urutan adalah untuk menambah celah
nenek moyang yang sama. Akibatnya, perbedaan dalam urutan DNA pada urutan molekuler untuk menetapkan homologi posisi, yaitu untuk
dapat digunakan untuk menyimpulkan hubungan evolusioner. Pada bagian memastikan bahwa setiap posisi dalam urutan diwarisi dari nenek moyang
ini kita akan mempelajari bagaimana sekuens DNA digunakan dalam yang sama dari semua organisme yang dipertimbangkan (Gambar 12.15).
analisis genetik filo kehidupan mikroba. Penjajaran urutan yang tepat sangat penting untuk analisis filogenetik
karena penetapan ketidakcocokan dan kesenjangan yang disebabkan oleh
Mendapatkan Urutan DNA penghapusan pada dasarnya merupakan hipotesis eksplisit tentang
Sementara analisis filogeni mikroba sangat bergantung pada analisis bagaimana urutan menyimpang dari urutan leluhur yang sama.
sekuens gen rRNA SSU, kemajuan dalam sekuensing DNA
Urutan
Urutan sebelum penyelarasan perbedaan
123
1 GGA CCT AAA TTT ATA CCC 1 – – –
Pfennig
Norbert
2 GGA AAA GGG CCC AAA CGC 2 11 ––
3 GGA GGG CCT TTT ATA CCC 3 6 11 –
Urutan setelah penyelarasan

1. Isolasi DNA. 123
1 GGA ––– –––
CCT AAA TTT ATA CCC 1 – – –
2 GGA AAA GGG CCC ––– ––– AAA CGC 2 3 ––
3 GGA ––– GGG CCT ––– TTT ATA CCC 3 0 3 –

gen 16S
(Sebuah) (B)
2. Amplifikasi gen 16S dengan PCR. Gambar 12.15 Penjajaran sekuens DNA. ( a ) Urutan untuk wilayah hipotetis suatu gen
ditunjukkan untuk tiga spesies sebelum penyelarasan dan setelah penyelarasan.
Penjajaran urutan harus menampilkan posisi homolog dalam kolom vertikal.
Penjajaran urutan dicapai dengan menambahkan celah, yang ditunjukkan oleh tanda hubung,
untuk memaksimalkan kesamaan urutan lokal antara spesies dalam penjajaran. (b) Matriks
3. Jalankan di atas gel agarosa;
periksa ukuran yang benar. jarak menunjukkan jumlah perbedaan urutan yang akan disimpulkan untuk setiap pasangan
spesies baik sebelum dan sesudah penyelarasan.
Kilo
basis 1 2 3 4 5
2.5 Pohon Filogenetik

2.0
Pohon filogenetik adalah diagram yang menggambarkan kisah evolusionernya
tentang suatu organisme dan memiliki beberapa kemiripan dengan pohon keluarga.
1.5 Jennifer
Dunlap
Paul
dan
Ast
Kebanyakan mikroorganisme tidak meninggalkan fosil sehingga nenek moyang
mereka tidak diketahui, tetapi hubungan nenek moyang dapat disimpulkan dari
1.0 urutan DNA organisme yang hidup saat ini. Organisme yang memiliki nenek
0,75 moyang yang sama cenderung memiliki karakteristik yang sama, dan dengan
16S
demikian pohon filogenetik memungkinkan kita membuat hipotesis tentang
4. Urutan. gen
karakteristik organisme. Pohon filogenetik juga sangat berguna dalam taksonomi
dan identifikasi spesies, seperti yang akan kita bahas nanti dalam bab ini (Bagian
12.9).
Sebuah pohon filogenetik terdiri dari node dan cabang (Gambar 12.16). Ujung
cabang pada pohon filogenetik mewakili spesies yang ada saat ini. Pohon
filogenetik dapat dibangun baik itu pohon berakar atau pohon tidak berakar.
Pohon berakar menunjukkan posisi nenek moyang semua organisme yang
A C GG T diperiksa.
Pohon yang tidak berakar menggambarkan hubungan relatif di antara organ-
5. Sejajarkan urutan; organ yang diteliti tetapi tidak memberikan bukti simpul paling leluhur di pohon.
menghasilkan pohon.
Node mewakili tahap evolusi masa lalu di mana nenek moyang menyimpang
Berbeda menjadi dua garis keturunan baru. Panjang cabang mewakili jumlah perubahan
Leluhur jenis yang terjadi di sepanjang cabang itu. Dalam pohon filogenetik, hanya posisi simpul
sel
dan panjang cabang yang informatif; rotasi di sekitar node tidak berpengaruh
pada topologi pohon (Gambar 12.16b).
Berbeda
jenis Konstruksi Pohon
Hanya ada satu pohon filogenetik yang benar yang secara akurat menggambarkan
sejarah evolusi dari sekelompok urutan gen, tetapi menyimpulkan cincin pohon
Gambar 12.14 Amplifikasi PCR dari gen 16S rRNA . Setelah isolasi DNA, primer
yang benar dari data urutan dapat menjadi tugas yang menantang.
yang melengkapi ujung 16S rRNA (lihat Gambar 12.12) digunakan untuk PCR-mengamplifikasi
Kompleksitas masalah terungkap dengan mempertimbangkan jumlah pohon yang
gen 16S rRNA dari DNA genom dari lima strain bakteri yang tidak diketahui dan produk
dijalankan pada gel agarosa (foto).
dapat mewakili serangkaian urutan acak. Sebagai contoh, hanya ada tiga
Pita DNA yang diamplifikasi memiliki panjang sekitar 1465 nukleotida. Posisi penanda ukuran kemungkinan pohon yang dapat digambar untuk empat barisan sembarang.
kilobase DNA ditunjukkan di sebelah kiri. Eksisi dari gel dan pemurnian produk PCR ini diikuti Tetapi jika satu menggandakan menjadi delapan jumlah urutan, sekarang 10.395
dengan sekuensing dan analisis untuk mengidentifikasi bakteri. pohon dimungkinkan. Kompleksitas ini terus berkembang secara eksponensial
sehingga 2 * 10182 pohon berbeda dapat ditarik untuk mewakili 100 urutan arbitrer.

1
Berputar di sekitar simpul tidak
4 mengubah topologi pohon.
2
1 2 3
3 2 3 2
5
Pohon yang tidak berakar

3 1 1
1
1 4 6 7
2
2
5 7 6
3
3
simpul 6 4 5
4
4 7 5 4
Garis keturunan
Ranting Posisi garis keturunan 1 dan 7 telah

5 5 diputar di antara ketiga pohon, tetapi
pola percabangan tidak berubah.
Pohon berakar
(Sebuah)
(B)
Gambar 12.16 Pohon filogenetik dan interpretasinya. (a) Contoh pohon filogenetik yang tidak berakar dan berakar. Ujung
cabang adalah spesies (atau galur) dan simpulnya adalah nenek moyang. Hubungan leluhur diungkapkan oleh urutan
percabangan di pohon berakar. (b) Tiga versi setara dari pohon filogenetik yang sama ditampilkan. Satu-satunya perbedaan
antara pohon adalah bahwa simpulnya telah diputar pada titik yang ditunjukkan oleh panah merah. Posisi vertikal spesies
berbeda antara pohon tetapi pola nenek moyang (node yang dimiliki oleh masing-masing spesies) tetap tidak berubah.
Analisis filogenetik menggunakan data urutan molekuler dalam upaya metode statistik di mana informasi disampel ulang secara acak, adalah
untuk mengidentifikasi satu pohon yang benar yang secara akurat pendekatan yang digunakan untuk menangani ketidakpastian dalam pohon filogenetik.
mewakili sejarah evolusi serangkaian urutan. Nilai bootstrap menunjukkan persentase waktu yang diberikan node
Berbagai metode tersedia untuk menyimpulkan pohon filogenetik dari dalam pohon filogenetik didukung oleh data urutan.
data urutan molekuler. Struktur pohon filogenetik umumnya disimpulkan Nilai bootstrap yang tinggi menunjukkan bahwa sebuah node di pohon kemungkinan
dengan menerapkan salah satu algoritma atau beberapa set kriteria besar benar, sedangkan nilai bootstrap yang rendah menunjukkan bahwa
optimalitas. Algoritma adalah serangkaian langkah terprogram yang penempatan sebuah node tidak dapat ditentukan secara akurat berdasarkan data.
dirancang untuk membangun satu pohon (Gambar 12.17). Algoritma Homoplasy, juga dikenal sebagai evolusi konvergen, terjadi ketika
yang digunakan untuk membangun pohon filogenetik antara lain metode organisme berbagi sifat yang tidak diwarisi dari kesamaan
Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) dan
metode Neigh bor Joining. Sebagai alternatif, metode filogenetik yang
Langkah pertama Sebuah matriks jarak Pohon dibangun dengan
menggunakan kriteria optimalitas termasuk parsimony, kemungkinan dalam membuat dihitung dari jumlah menambahkan node untuk
maksimum, dan analisis Bayesian. Metode terakhir ini mengevaluasi pohon adalah perbedaan urutan. bergabung dengan garis
menyelaraskan urutan. keturunan yang memiliki perbedaan paling sedikit.
banyak pohon yang mungkin dan memilih satu pohon yang memiliki
skor optimalitas terbaik, yaitu, mereka memilih pohon yang paling sesuai 1234 1
1
dengan data urutan yang diberikan model evolusi molekuler diskrit. Skor 1ACTGAC 1 – 1 2
optimalitas dihitung berdasarkan model evolusioner yang menjelaskan 1
2ACTCAT 2 2–
3
bagaimana urutan molekul berubah dari waktu ke waktu. Misalnya, 3 A C A T GG 3 44– 1
1 4
model evolusioner dapat menjelaskan variasi dalam tingkat substitusi 4 A C AA G A 4 442– 1
dan frekuensi dasar antara posisi urutan. (Sebuah) (B) (C)
Keterbatasan Pohon Filogenetik Gambar 12.17 Membangun pohon filogenetik. Banyaknya perbedaan
nukleotida antar sekuens gen dapat digunakan untuk membangun pohon filogenetik.
Filogeni molekuler memberikan wawasan yang kuat ke dalam sejarah
Dalam perataan barisan (a) kita dapat menghitung jumlah selisih antara setiap
evolusi, tetapi penting untuk mempertimbangkan keterbatasan pasangan barisan untuk membangun matriks jarak (b). Matriks jarak ini dapat
membangun dan menafsirkan pohon filogenetik. Misalnya, akan sulit digunakan untuk membangun pohon (c) di mana panjang kumulatif dari cabang
untuk memilih pohon yang benar berdasarkan data urutan yang tersedia horizontal (diberi label dengan "1" merah antara dua spesies di pohon sebanding
jika beberapa pohon yang berbeda cocok dengan data yang sama. Bootstrap, dengan
dan jumlah perbedaan nukleotida antara spesies ini.
Gambar 12.18 Masalah homoplasy akibat mutasi berulang. Mutasi berulang

Mutasi berulang dapat menghapus informasi evolusi, menyebabkan
dimungkinkan untuk mengaburkan jumlah sebenarnya dari mutasi yang telah
perbedaan urutan meremehkan jarak sebenarnya.
terjadi sejak sepasang sekuens memiliki nenek moyang yang sama. (a) Kami
1ACTG 1ACTG mengamati dua rangkaian mutasi selama evolusi sekuens gen. Di sisi kiri, jumlah
mutasi sama dengan jumlah yang diamati antara spesies 1 dan 4. Namun, jika ada
2AGTG 2AGTG Pengganti
mutasi berulang (sisi kanan), jumlah mutasi yang diamati antara spesies 1 dan 4 bisa
mutasi
kurang dari jumlah yang benar-benar terjadi. (b) Kemungkinan mutasi berulang
3AGAC 3 AA T C
meningkat karena semakin banyak mutasi terakumulasi dari waktu ke waktu.
4CGAC 4ACTC
Empat perbedaan diamati antara leluhur. Contohnya adalah evolusi sayap pada serangga dan
Hanya satu perbedaan yang diamati
urutan 1 dan 4. antara urutan 1 dan 4. burung. Ciri-ciri ini berevolusi secara terpisah dan tidak
menunjukkan bahwa nenek moyang bersayap dibagi di antara
(Sebuah)
serangga dan burung. Homoplasy terjadi dalam urutan molekuler

juga, ketika posisi urutan yang sama dihasilkan dari mutasi
berulang dan bukan karena warisan dari nenek moyang yang
Sebenarnya
Masalah mutasi berulang sama. Masalah homoplasy dalam filogeni molekuler kemudian
meningkat seiring waktu evolusi.
meningkat sebanding dengan waktu evolusi (Gambar 12.18).
Prevalensi transfer gen horizontal ( Bagian 6.12) juga
Diamati menciptakan komplikasi ketika mempertimbangkan sejarah
evolusi mikroorganisme. Ketika urutan gen digunakan untuk
menyimpulkan filogeni suatu organisme, harus diasumsikan
bahwa gen tersebut diwariskan secara vertikal dari ibu ke anak
sepanjang sejarah evolusi organisme. Pertukaran gen
horizontal antara organisme yang tidak berhubungan melanggar
Waktu asumsi ini (Gambar 12.19). Oleh karena itu, penting untuk
(B) mempertimbangkan perbedaan antara filogeni gen, yang menggambarkan evo
Jenis
gen 1
Biru Gen 1 belum ditransfer;
Hijau filogeninya adalah kongruen
1 1 dengan sisa genom.
3 3 jeruk
2 2
merah
genom
3 2 3 2
HGT gen 2
Hijau Gen 2 dipindahkan dari sel
1 1 merah ke sel biru; filogeninya
jeruk
sekarang tidak sesuai dengan
merah
gen 1.
gen
1 1 Biru
3 2 3 2
HGT
gen 3 Gen 3 dipindahkan dari sel

1 3 1 3 Biru
oranye ke sel hijau; filogeninya
2 2 jeruk sekarang tidak sesuai dengan
Hijau gen 1 dan gen 2.
merah
Transfer gen horizontal (HGT) antara bakteri yang Karena HGT, gen 2 dan 3 memiliki perbedaan
tidak terkait sejarah evolusi dari sisa
genom mereka.
(Sebuah) (B)
Gambar 12.19 Transfer gen horizontal. Transfer horizontal gen akan menyebabkannya memiliki sejarah evolusi yang
berbeda dari genom lainnya. (a) Gen ditransfer secara horizontal antara mikroorganisme yang berkerabat jauh. Warna
digunakan untuk mencocokkan mikroorganisme dengan materi genetiknya. (b) Sebagai hasil dari peristiwa transfer horizontal di
bagian a, kami sekarang mengamati pohon filogenetik yang berbeda untuk gen 1, gen 2, dan gen 3. Hanya pohon gen untuk gen
1, yang tidak ditransfer, tetap kongruen dengan organisme filogeni.
sejarah gen individu, dan filogeni organisme, yang menggambarkan sejarah proses memiliki implikasi penting untuk evolusi mikroba, seperti yang akan
evolusi sel. Secara umum, urutan rRNA SSU tampaknya ditransfer secara kita lihat di bagian berikut.
horizontal pada frekuensi yang sangat rendah, dan filogeni gen rRNA
sebagian besar setuju dengan sebagian besar gen yang mengkodekan
Kuis Mini
fungsi informasi genetik dalam sel. Dengan demikian, urutan gen SSU
rRNA umumnya dianggap memberikan catatan filogeni organisme. Namun • Bagaimana urutan DNA diperoleh untuk analisis filogenetik?
demikian, banyak gen dalam genom mikroba telah diperoleh melalui • Apa yang digambarkan oleh pohon filogenetik?
transfer gen horizontal di beberapa titik dalam sejarah evolusi mereka dan • Mengapa keselarasan urutan penting untuk analisis filogenetik?
ini
III • Evolusi Mikroba

Seleksi dan Pergeseran Genetik
Sementara banyak
di semua prinsip
domain dasar evolusi
kehidupan, aspekdipertahankan
tertentu dari evolusi mikroba Alel baru dihasilkan ketika mutasi dan rekombinasi menyebabkan variasi
jarang terjadi pada tumbuhan dan hewan. Misalnya, Bakteri dalam urutan gen. Evolusi terjadi ketika alel yang berbeda berubah
dan Archaea umumnya haploid dan aseksual, mereka memiliki beberapa frekuensi dalam suatu populasi selama rentang banyak generasi. Ahli
mekanisme untuk transfer gen horizontal yang menghasilkan pertukaran biologi evolusioner telah menjelaskan banyak mekanisme berbeda yang
materi genetik yang tidak simetris yang terlepas dari reproduksi, dan genom
mungkin mengatur proses evolusi ini, tetapi yang utama di antaranya
mereka dapat sangat heterogen dan sangat dinamis. Pada bagian ini kami adalah kekuatan seleksi dan pergeseran genetik.
mempertimbangkan proses yang menyebabkan diversifikasi garis keturunan Seleksi didefinisikan atas dasar kebugaran, kemampuan suatu
mikroba dan bagaimana kekuatan ini memengaruhi evolusi genom mikroba. organisme untuk menghasilkan keturunan dan berkontribusi pada susunan
genetik generasi mendatang. Sebagian besar mutasi bersifat netral
sehubungan dengan kebugaran dan tidak berpengaruh pada sel karena
12.6 Proses Evolusi degenerasi kode genetik (Bagian 4.11). Mutasi ini umumnya terakumulasi
dalam DNA dari waktu ke waktu. Beberapa mutasi merusak; ini menurunkan
Dalam bentuknya yang paling sederhana, evolusi adalah perubahan
frekuensi alel dalam satu set organisme dari waktu ke waktu. Alel adalah kebugaran suatu organisme dengan mengganggu fungsi gen. Mutasi yang
versi alternatif dari gen tertentu. Alel baru muncul karena mutasi dan merusak umumnya dihilangkan dari populasi dari waktu ke waktu melalui
rekombinasi, dan perubahan frekuensi alel dapat terjadi melalui berbagai seleksi alam. Beberapa mutasi dapat bermanfaat, meningkatkan kebugaran
perubahan, termasuk seleksi dan penyimpangan genetik. Bagaimana suatu organisme, dan mutasi ini disukai oleh seleksi alam, meningkatkan
frekuensi
mekanisme sederhana ini memunculkan asal usul dan perbedaan spesies mikroba? dalam suatu populasi dari waktu ke waktu. Contoh mutasi yang
menguntungkan adalah mutasi yang menginduksi resistensi antibiotik pada
Asal Usul Keanekaragaman Genetik bakteri patogen yang menginfeksi seseorang yang menjalani terapi
Mutasi adalah perubahan acak dalam urutan DNA yang terakumulasi di antibiotik. Penting untuk diingat bahwa semua mutasi terjadi secara
semua urutan DNA dari waktu ke waktu; mereka adalah sumber fundamental kebetulan; sifat selektif lingkungan tidak menyebabkan
dari variasi alami yang mendorong proses evolusi. Sebagian besar mutasi
bersifat netral atau merusak, meskipun beberapa dapat bermanfaat. Mutasi mutasi adaptif tetapi hanya memilih untuk pertumbuhan dan reproduksi
mengambil beberapa bentuk termasuk substitusi, penghapusan, penyisipan, organisme yang telah mengalami mutasi yang memberikan keuntungan
dan duplikasi (Bab 10). Peristiwa duplikasi menghasilkan salinan gen yang kebugaran.
berlebihan yang dapat dimodifikasi oleh mutasi lebih lanjut tanpa kehilangan Sementara Darwin mengusulkan seleksi alam sebagai mekanisme di
fungsi yang dikodekan oleh gen asli. Oleh karena itu, duplikasi mana frekuensi gen berubah dari waktu ke waktu, perubahan evolusioner
memungkinkan diversifikasi fungsi gen. dapat terjadi melalui mekanisme selain seleksi. Sebuah contoh utama
adalah pergeseran genetik (Gambar 12.20), sebuah proses acak yang
Rekombinasi adalah proses di mana segmen DNA dipecah dan dapat menyebabkan frekuensi gen berubah dari waktu ke waktu,
digabungkan kembali untuk membuat kombinasi baru materi genetik menghasilkan evolusi tanpa adanya seleksi alam. Penyimpangan genetik
(Bagian 10.5). Rekombinasi dapat menyebabkan penyusunan kembali terjadi karena beberapa anggota populasi akan memiliki lebih banyak
materi genetik yang sudah ada dalam genom dan juga diperlukan untuk keturunan daripada yang lain hanya karena kebetulan; seiring waktu,
integrasi ke dalam genom DNA yang diperoleh melalui transfer gen peristiwa kebetulan ini dapat mengakibatkan perubahan evolusioner tanpa
horizontal. Rekombinasi dapat secara luas diklasifikasikan sebagai homolog adanya seleksi. Pergeseran genetik paling kuat terjadi pada populasi kecil
atau nonhomolog. Bangsa rekombinasi homolog membutuhkan segmen dan pada populasi yang sering mengalami kejadian “bottleneck”. Yang
pendek dari urutan DNA yang sangat mirip mengapit wilayah DNA yang terakhir terjadi ketika suatu populasi mengalami pengurangan ukuran
ditransfer ( Bagian 10.5). populasi yang parah diikuti oleh pertumbuhan kembali dari sel-sel yang
Sebaliknya, rekombinasi nonhomolog dimediasi oleh beberapa mekanisme tersisa. Misalnya, pergeseran genetik bisa menjadi sangat penting dalam
( Bagian 10.5) yang memiliki kesamaan fakta bahwa mereka tidak evolusi patogen karena setiap infeksi baru disebabkan oleh sejumlah kecil
memerlukan tingkat kesamaan urutan yang tinggi untuk memulai integrasi sel yang menjajah inang baru. Oleh karena itu, populasi patogen dapat
DNA yang sukses. berubah dengan cepat sebagai akibat dari pergeseran genetik acak seperti yang diilustrasik
Leluhur
Empat sel yang
25% Jeruk
diambil secara
25% Merah
acak dari tabung
25% Biru
leluhur dipindahkan
25% Hijau
ke tabung pertama
Tabung dapat (paling kiri) dari
menampung
setiap populasi.
20 sel.
Untuk semua populasi: Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3
Setelah sel leluhur

tumbuh untuk mengisi
tabung pertama, 4 sel
acak dipindahkan ke
tabung kedua.
Proses ini kemudian
diulangi antara tabung
kedua dan ketiga.
Penyimpangan genetik
menyebabkan
divergensi evolusioner
populasi karena proses
acak dan tidak
tergantung pada 50% 50% 100% 25% 0% 0% 25% 25% 50%
seleksi. 25% 0% 0% 50% 100% 100% 50% 50% 25%
25% 50% 0% 0% 0% 0% 25% 25% 25%
0% 0% 0% 25% 0% 0% 0% 0% 0%
Gambar 12.20 Penyimpangan genetik . Penyimpangan genetik adalah proses acak yang dapat menyebabkan frekuensi gen dalam suatu populasi
berubah dari waktu ke waktu, menyebabkan evolusi tanpa seleksi alam. Dalam contoh ini, sebuah populasi yang mengandung empat genotipe bakteri
yang berbeda (ditunjukkan dengan warna), masing-masing pada frekuensi yang sama, hadir dalam tabung leluhur. Empat sel secara acak kemudian
dipindahkan ke masing-masing dari tiga tabung baru dan sel-sel dibiarkan tumbuh untuk mengisi setiap tabung. Tidak ada perbedaan dalam kebugaran
antara sel-sel sehingga mereka tumbuh sama. Sel yang diambil secara acak kemudian ditransfer dalam dua putaran berturut-turut. Perbedaan
mencolok dalam frekuensi genotipe antara populasi diamati setelah hanya tiga putaran transfer.
Ciri-ciri Baru Dapat Berkembang Dengan Cepat dalam Mikroorganisme Tidak adanya O2, bukan adanya cahaya, yang menandakan sintesis
Perubahan lingkungan atau pengenalan sel ke lingkungan baru dapat pigmen pada bakteri ungu. Dalam cahaya, pigmen ini berpartisipasi
menyebabkan perubahan evolusioner yang cepat dalam populasi dalam reaksi fotosintesis yang mengarah pada sintesis ATP, tetapi
mikroba. Mikroorganisme biasanya membentuk populasi besar dan dalam kegelapan, pigmen ini tidak memberikan manfaat bagi sel.
dapat bereproduksi dengan cepat, menghasilkan generasi baru hanya Mutasi acak kadang-kadang menghasilkan sel Rhodobacter yang
dalam waktu 20 menit untuk beberapa spesies, dan dengan demikian menghasilkan tingkat fotopigmen yang berkurang atau tidak ada
peristiwa evolusi dalam populasi mikroba sering dapat diamati di fotopigmen sama sekali. Di alam, kemampuan untuk melakukan
laboratorium pada skala waktu yang relatif singkat. Variasi terwariskan fotosintesis merupakan sifat adaptif yang bernilai signifikan, dan dengan
yang sudah ada dalam suatu populasi menyediakan bahan mentah demikian mutan fotosintesis hilang dan sel tipe liar mendominasi.
yang menjadi dasar seleksi alam mengikuti perubahan lingkungan Namun, berbeda dengan kondisi alam, tidak ada seleksi terhadap
selektif tersebut. Di sini kita mempertimbangkan dua contoh perubahan sel Rhodobacter yang memiliki kapasitas yang berkurang untuk
evolusioner yang cepat pada bakteri, yang pertama melibatkan hilangnya berfotosintesis jika dikultur di laboratorium dalam kegelapan yang
suatu sifat secara cepat pada Rhodobacter, dan yang lainnya melibatkan konstan. Mutan yang menghasilkan penurunan tingkat fotopigmen
perolehan sifat baru pada Escherichia coli. muncul dalam kultur gelap seperti halnya dalam kultur fototrofik,
Rhodobacter adalah bakteri ungu fototrofik yang melakukan tetapi dalam gelap, mutan ini dipilih dan dengan cepat mengambil
fotosintesis anoksigenik ( Bagian 13.3) di lingkungan anoksik yang alih populasi (Gambar 12.21).
diterangi. Ketika dikultur secara anaerob baik dalam terang atau gelap, Fotopigmen tidak berguna dalam gelap, dan mutan menghemat
sel-sel mensintesis bakterioklorofil dan karotenoid. energi dengan menghindari biaya metabolisme untuk mensintesisnya.
Dalam LTEE, baik leluhur maupun galur yang berevolusi direkayasa

Sel tipe liar secara genetik untuk mengandung penanda netral yang membuat koloni
mutan pigmen
mereka berwarna merah atau putih. Penanda memungkinkan untuk
Lampu
15 mengukur kesesuaian galur yang berevolusi relatif terhadap leluhurnya
Gelap
dengan bersaing satu sama lain (Gambar 12.22a). Pengurutan genom
selama percobaan mengungkapkan bahwa mutasi terakumulasi secara
mutan
hilang di
acak dari waktu ke waktu dalam garis yang berevolusi. Namun, kesesuaian
lampu relatif dari galur yang berevolusi pada medium glukosa minimal meningkat
10
secara dramatis selama 500 generasi pertama sebagai hasil seleksi yang
Mutan bekerja pada mutasi yang menguntungkan dalam lingkungan baru ini
terpilih Populasi sel
(Gambar 12.22b). Kesesuaian garis yang berevolusi terus meningkat,
dalam gelap mutan pigmen meskipun pada tingkat yang berkurang, sebagai hasil dari seleksi lebih
5 lanjut selama percobaan. Yang paling menakjubkan, setelah 31.500

Liar 1 2 3 4 5 generasi, salah satu galur yang berevolusi memperoleh kemampuan untuk
Tipe menggunakan sitrat sebagai sumber energi (Gambar 12.22c). Sitrat hadir
sebagai buffer pH dalam media yang digunakan dalam percobaan ini dan
tidak dianggap sebagai sumber karbon potensial untuk E. coli karena
ketidakmampuan untuk tumbuh secara aerobik pada sitrat merupakan sifat
5 10 15 20
diagnostik untuk E. coli. Namun, akumulasi mutasi acak dalam satu garis
Nomor subkultur berevolusi ini memodifikasi gen yang sudah ada sebelumnya sedemikian
rupa untuk memungkinkan evolusi sifat adaptif baru. Strain yang
Gambar 12.21 Survival of the fittest and natural selection dalam populasi
menyimpang sekarang dapat mengeksploitasi sumber daya baru yang tidak
bakteri ungu fototrofik. Subkultur serial bakteri ungu Rhodobacter capsulatus
dalam gelap dengan cepat memilih mutan nonfototrofik yang bersaing dan tersedia untuk populasi leluhur. Karena mereka sekarang dapat
tumbuh lebih cepat daripada sel yang masih membuat bakterioklorofil dan menggunakan sitrat dan glukosa, sel-sel ini tumbuh dengan kepadatan sel
karotenoid. Foto: atas, kultur lempeng menunjukkan koloni sel fototrofik R. yang jauh lebih tinggi daripada leluhurnya (Gambar 12.22c). Fakta bahwa
capsulatus; bawah, foto close-up koloni tipe liar dan lima mutan pigmen (1-5) hanya satu dari 12 garis paralel yang berevolusi, kemampuan untuk tumbuh
yang diperoleh selama subkultur gelap serial. Sel tipe liar berwarna coklat pada sitrat, menunjukkan sifat evolusi yang kebetulan.
kemerahan dari berbagai pigmen karotenoidnya. Warna koloni mutan
Transisi yang ditunjukkan dalam eksperimen ini mengingatkan kita
mencerminkan tidak adanya (atau berkurangnya sintesis) dari satu atau lebih
tentang seberapa cepat tekanan evolusioner dapat mengubah bahkan sifat
karotenoid. Strain mutan 5 tidak memiliki bakterioklorofil dan tidak lagi dapat tumbuh
secara fototrofik. Strain mutan 1-4 dapat tumbuh secara fototrofik tetapi pada tingkat utama (seperti strategi metabolisme) dari populasi sel mikroba. Dalam
kasus Rhodobacter,
pertumbuhan yang berkurang dari tipe liar. Data diadaptasi dari Madigan, MT, dkk. 1982. J. Bakteriol. mutasi yang merugikan di alam liar memberikan
150: 1422–1429.
keuntungan selektif ketika organisme ditumbuhkan di laboratorium dalam
lingkungan yang terus menerus gelap. Di bawah kondisi baru ini, evolusi
Oleh karena itu, mutan fotosintesis mampu mengungguli sel tipe liar yang menyebabkan Rhodobacter kehilangan mesin metabolisme yang tidak
menghasilkan fotopigmen lengkap. dibutuhkan. Dalam kasus E. coli, akumulasi mutasi acak memungkinkan
Meskipun mutan ini telah mengurangi kapasitas fototrofik atau dalam akumulasi keragaman genetik dalam suatu populasi. Miliaran mutasi yang
beberapa kasus benar-benar kehilangan kemampuan untuk tumbuh secara berbeda diambil sampelnya oleh populasi selama ribuan generasi dan
fototrofik (lihat sisipan foto pada Gambar 12.21), dalam kegelapan permanen beberapa kombinasi mutasi yang langka, secara kebetulan, memberi sel
mereka dengan cepat menjadi organisme yang paling cocok dalam populasi kemampuan untuk mengeksploitasi sitrat sebagai sumber daya. Variasi
dan oleh karena itu menikmati keberhasilan reproduksi terbesar. Mutasi alami yang disebabkan oleh mutasi kebetulan menghasilkan sifat baru,
yang mempengaruhi fotosintesis terjadi pada tingkat yang sama dalam kemampuan untuk menggunakan sitrat, dan karena lingkungan tempat sel
terang seperti dalam gelap, tetapi dalam terang seleksi untuk fototrofi begitu tumbuh mengandung sitrat, mutasi ini memberikan keuntungan selektif
kuat sehingga mutan tersebut dengan cepat hilang dari populasi. pada sel-sel tersebut. Dengan tidak adanya sitrat, mutasi ini masih akan
Evolusi eksperimental adalah bidang studi yang berkembang yang terjadi pada tingkat yang sama. Namun, dengan tidak adanya manfaat
dimungkinkan oleh pertumbuhan populasi bakteri yang cepat dan selektif, sel-sel yang dapat menggunakan sitrat kemungkinan akan
kemampuan untuk melestarikan bakteri tanpa batas dengan pembekuan. menghilang dari populasi
Yang terakhir memungkinkan untuk mempertahankan "catatan fosil" tion dari waktu ke waktu.
organisme leluhur yang hidup yang dapat dicairkan nanti dan dibandingkan
dengan galur yang berevolusi. Sebagai contoh, eksperimen evolusi jangka Spesiasi Mikroorganisme Dapat Memakan Waktu Lama
panjang Escherichia coli (LTEE), yang telah berjalan sejak 1988, telah Spesies dapat memiliki berbagai individu dengan sifat yang berbeda.
melacak evolusi 12 garis alel par E. coli melalui lebih dari 50.000 generasi. Seperti yang telah kita bahas di atas, mikroorganisme dapat mengembangkan
Kultur E. coli LTEE telah ditumbuhkan secara aerobik pada media minimal sifat-sifat baru dengan kecepatan luar biasa dan sebagai hasilnya, spesies
dengan glukosa sebagai satu-satunya sumber karbon dan energi. E. coli mikroba dapat beragam secara genetik dan fenotip.
biasanya disebarkan dalam media kaya yang mengandung kelebihan Perubahan urutan dapat digunakan sebagai jam molekuler, untuk
semua nutrisi yang dibutuhkan sel untuk tumbuh dan media glukosa minimal memperkirakan waktu sejak dua garis keturunan telah menyimpang. Asumsi
yang digunakan dalam LTEE mewakili lingkungan adaptif baru di mana E. utama dari pendekatan jam molekuler adalah bahwa perubahan nukleotida
coli dapat berkembang dari waktu ke waktu. terakumulasi dalam urutan sebanding dengan waktu, bahwa:
dari catatan geologi. Pendekatan jam molekuler telah digunakan

berevolusi Leluhur
sekarang- ara +
untuk memperkirakan waktu divergensi dari organisme yang
ara +
berkerabat jauh, seperti domain Archaea dan Eukarya (sekitar 2,8
miliar tahun yang lalu, Gambar 1.4b). Data ini telah digabungkan
Leluhur ara + dengan bukti dari catatan geologi dari isotop stabil (Bagian 18.9)
+ dan penanda biologis spesifik untuk memperkirakan kapan pola
sekarang-
metabolisme yang berbeda mungkin muncul pada bakteri (Bagian
12.1, 12.2; Gambar 12.1). Perkiraan jam molekuler telah dikalibrasi
Persaingan terjadi antara
sekarang- galur ara+ dan ara– . pada skala waktu yang lebih kontemporer menggunakan simbion
bakteri obligat serangga (Bagian 22.9) di mana inang serangga
berevolusi Agar tetrazolium arabinosa menyediakan catatan fosil yang sesuai hingga peristiwa evolusi
(Sebuah) saat ini. Dari perhitungan tersebut, dimungkinkan untuk
memperkirakan bahwa dua galur E. coli yang bercirikan baik, galur
K-12 yang tidak berbahaya dan galur patogen bawaan makanan
Setelah peningkatan awal, O157:H7, menyimpang sekitar 4,5 juta tahun yang lalu. Demikian
perubahan kebugaran menjadi
juga, diperkirakan bahwa E. coli dan Salmonella enterica serovar
lebih bertahap.
Kebugaran meningkat Typhimurium yang terkait erat, yang memiliki perbedaan 2,8%
secara dramatis pada
awalnya.
dalam gen 16S rRNA mereka, terakhir memiliki nenek moyang yang sama sekitar 12
Oleh karena itu, sementara mikroorganisme dapat mengembangkan sifat-sifat baru dengan
cepat, sebagian besar spesies mikroba adalah purba dan spesiasi mikroba tampaknya
Tingkat mutasi membutuhkan waktu yang sangat lama.
konstan dari waktu
ke waktu.
Kuis Mini
• Apa saja proses berbeda yang memunculkan genetik?
5.000 10.000 15.000 variasi?
Jumlah generasi • Apa perbedaan antara seleksi dan penyimpangan genetik dan?
(B) bagaimana mereka mempromosikan perubahan evolusioner?
• Dalam percobaan Gambar 12.21, mengapa sel gelap?

populasi kehilangan pigmennya?
Sitrat awal menggunakan

12.7 Evolusi Genom Mikroba
mutan memiliki kebugaran yang Sifat dinamis genom mikroba terungkap secara dramatis ketika
Sebuah mutan rendah, tetapi kebugaran
diamati yang dapat
genom pertama diurutkan dari beberapa galur dari satu spesies.
meningkat dari waktu ke waktu.
menggunakan sitrat. Pengurutan genom Escherichia coli strain K-12 dan dua strain
patogen menunjukkan bahwa hanya 39% gen mereka yang dibagi
di antara ketiga genom (Gambar 12.23). Ketiga genom memiliki
ukuran yang bervariasi dengan panjang lebih dari satu juta
30.000 31.000 32.000 33.000 34.000 35.000 36.000 pasangan basa dan masing-masing berisi pelengkap gen yang unik
Jumlah generasi
dan beragam yang diperoleh melalui transfer gen horizontal. Genom
(C)
dari banyak spesies mikroba sekarang telah diperiksa dengan cara
ini dan telah mengungkapkan bahwa gen dalam genom mikroba
Gambar 12.22 Evolusi jangka panjang E. coli. (a) Dalam eksperimen evolusi jangka panjang dapat ditempatkan ke dalam dua kelas: genom inti, gen yang
Escherichia coli (LTEE), garis keturunan dan leluhur berbeda dalam mutasi yang mempengaruhi
dimiliki oleh semua anggota spesies, dan genom pan, genom inti
kemampuan mereka untuk menggunakan arabinosa, memungkinkan mereka untuk dibedakan
ditambah gen. yang tidak dimiliki oleh semua anggota spesies dan
berdasarkan warna koloninya ketika ditanam pada agar tetrazolium arabinosa. (b) Eksperimen persaingan
antara galur yang berevolusi dan galur leluhur menunjukkan bahwa kebugaran relatif dalam media
yang sering diperoleh melalui transfer gen horizontal (Gambar
glukosa minimal meningkat secara dramatis untuk galur yang berevolusi. (c) Kemampuan untuk 12.19). Dalam Bab 6 kami memperkenalkan konsep ini dan di sini
menggunakan sitrat secara aerobik berkembang di salah satu dari 12 jalur LTEE. Sel yang tumbuh dengan kami mempertimbangkan kekuatan yang mendorong pola evolusi
glukosa minimal biasanya tumbuh dengan kepadatan sel yang rendah, tetapi kemampuan untuk genom ini.
menggunakan glukosa dan sitrat memungkinkan garis sel mutan mencapai kepadatan sel yang jauh lebih
tinggi. Kebugaran relatif adalah ukuran laju pertumbuhan galur yang berevolusi dengan galur leluhurnya.
Sifat Dinamis Genom Escherichia coli
Lebih dari 20 genom telah diurutkan dari strain E. coli yang berbeda,
perubahan tersebut umumnya netral dan tidak mengganggu fungsi memberikan wawasan lebih lanjut tentang sifat genom inti dan pan.
gen, dan bahwa mereka acak. Perkiraan jam molekuler paling Genom E. coli memiliki rata-rata 4721 gen, dengan strain individu
dapat diandalkan ketika dapat dikalibrasi dengan bukti memiliki sedikitnya 4068 atau sebanyak
kandungan gen antara strain spesies tunggal menunjukkan bahwa

genom 1 genom 2 genom mikroba sangat dinamis; yaitu, genom dapat menyusut atau
membesar relatif cepat dari waktu ke waktu. Keberadaan genom pan
menunjukkan bahwa Bakteri dan Archaea terus-menerus mengambil
Panci sampel informasi genetik dari lingkungan mereka melalui transfer gen
Inti
horizontal.
Sifat dinamis genom mikroba adalah manifestasi dari mekanisme
genom 3
evolusi yang telah kami jelaskan (Bagian 12.6). Variasi antara genom
muncul karena kekuatan mutasi dan rekombinasi, dan dinamika
(Sebuah)
evolusi genom diatur oleh seleksi dan penyimpangan genetik. Selain

itu, bukti transfer gen horizontal tersebar luas di genom mikrobial. Pola
Genom pan
pertukaran gen tampaknya diatur oleh jarak filogenetik, dengan tingkat
15.000
pertukaran gen antara genom menurun dengan meningkatnya jarak
filogenetik. Dalam genom inti E. coli, sebagian besar transfer gen
horizontal terjadi antara kerabat dekat dan terjadi dengan penggantian
10.000 segmen DNA homolog dengan panjang 50 hingga 500 pasangan
basa. Sementara banyak peristiwa transfer gen horizontal disebabkan
oleh penggantian homolog, penyisipan yang dihasilkan dari rekombinasi
5000 nonhomolog juga umum dalam genom mikroba. Analisis komparatif
genom E. coli menunjukkan bahwa penyisipan rata-rata panjang 4 gen
Genom inti
tetapi dalam beberapa kasus mengandung 10 atau lebih gen.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Jumlah genom yang dianalisis

(B) Penghapusan Gen dalam Genom Mikroba
Gambar 12.23 Konsep genom inti dan pan . Genom mikroba bersifat dinamis
Penghapusan memainkan peran penting dalam dinamika genom
dan heterogen. Tiga genom pertama yang diurutkan dari galur E. coli yang mikroba (lihat Jelajahi Dunia Mikroba, "Hipotesis Ratu Hitam").
berbeda ditemukan hanya memiliki 39% gen yang sama. Genom inti dianggap Penghapusan terjadi dengan frekuensi yang jauh lebih besar daripada
sebagai kumpulan gen yang dimiliki oleh semua anggota spesies (hijau paling penyisipan dalam genom mikroba, dan bias terhadap penghapusan
gelap di bagian a), sedangkan genom pan adalah genom inti ditambah kumpulan ini adalah kekuatan yang mempertahankan ukuran kecil genom mikroba.
gen yang ditemukan unik untuk satu galur atau hanya ditemukan dalam subset dari Seleksi adalah kekuatan utama yang melawan efek penghapusan,
strain (hijau muda di bagian a). Ukuran genom inti dan pan dapat bervariasi antar spesies. Dalam E.coli
melestarikan gen-gen yang memberikan manfaat kebugaran untuk sel.
genom inti terdiri dari sekitar 1976 gen (b). Ukuran genom pan pada E. coli tidak
Materi non-esensial dan nonfungsional terhapus dari waktu ke waktu
tetap, karena setiap strain yang berbeda memiliki komplemen unik dari gen yang
diperoleh dari pertukaran gen horizontal. Data diadaptasi dari Touchon, M., et al. evolusi, itulah sebabnya genom mikroba dikemas dengan gen dan
2009. PLoS Genetika 5: (1) e1000344. mengandung urutan noncoding yang relatif sedikit. Sebagian besar
gen yang diperoleh melalui transfer gen horizontal, seperti kebanyakan
mutasi pada umumnya, dapat diharapkan menjadi netral atau merusak sel.
Oleh karena itu, ada kemungkinan bahwa gen baru diperoleh dari
5379 jumlah gen. Genom inti hanya terdiri dari 1976 gen yang ada di lingkungan dan gen yang tidak memberikan manfaat kebugaran
semua galur, terhitung kurang dari setengah gen yang ada di rata-rata terkikis dari genom seiring waktu karena akumulasi penghapusan
genom E. coli. Ukuran genom inti dapat diperkirakan menurun seiring tanpa henti. Selain itu, pergeseran genetik (Gambar 12.20) dapat
dengan meningkatnya jarak evolusioner galur. Mengambil prediksi ini mendorong akumulasi cepat peristiwa penghapusan ketika ukuran
secara ekstrem, hanya 50 hingga 250 gen yang diprediksi ada secara populasi kecil atau ketika populasi melewati kemacetan. Penghapusan
universal di semua spesies Bac teria dan Archaea. dianggap menyebabkan genom yang sangat kecil yang ditemukan di
banyak simbion dan patogen intraseluler obligat (Bagian 6.4 dan 22.9).
Jumlah gen unik yang diamati terus meningkat dengan setiap
genom E. coli baru yang diurutkan sehingga total 17.838 gen unik
hadir dalam 20 genom (Gambar 12.23b). Dikurangi kontribusi dari
genom inti, ini menunjukkan lebih dari 15.862 gen tidak dimiliki oleh Kuis Mini
semua strain. • Apa perbedaan antara genom inti dan genom pan dari spesies tertentu?
Banyak dari gen-gen ini jelas-jelas diwarisi melalui pertukaran gen
horizontal daripada melalui pola-pola pewarisan vertikal. Analisis • Jenis rekombinasi apa yang mungkin memiliki dampak terbesar pada genom
genom mengungkapkan bahwa inti dan konsep genom pan adalah inti?
fitur umum genom mikroba, meskipun jumlah relatif gen yang ada di • Apa efek penghapusan pada evolusi mikroba?
setiap kumpulan dapat bervariasi antar spesies. Perubahan dramatis genom?
dalam ukuran genom dan
Jelajahi Hipotesis Ratu Hitam

Dunia Mikroba
Hipotesis Ratu Hitam mengusulkan bahwa gen dalam kokultur dengan satu atau lebih spesies lain
Adalah kesalahpahaman
pasti menyebabkan umum
organisme untukbahwa evolusi
meningkatkan mikroba tertentu mengkode produk ekstraseluler, dari lingkungan mereka.
kompleksitas dari waktu ke waktu. Pada seperti metabolit atau enzim, yang dapat digunakan Berbeda dengan strategi kehilangan gen,
kenyataannya, evolusi adalah proposisi memberi dan oleh semua atau sebagian besar anggota masyarakat. organisme yang mempertahankan semua fungsi
menerima. Perubahan kebugaran sepenuhnya Jika suatu organisme tetap berada dalam komunitas, penting (yang menembakkan bulan dalam analogi
tergantung pada lingkungan, dan kebugaran di maka seleksi akan dilonggarkan pada gen yang Hati) menanggung biaya untuk mempertahankan
beberapa lingkungan sebenarnya dapat ditingkatkan mengkode sintesis produk yang disediakan oleh semua fungsi gen, yang menempatkan mereka pada
dengan hilangnya, bukan keuntungan, gen tertentu. anggota komunitas lainnya. Kehadiran produk bersama posisi yang kurang menguntungkan dari pesaing yang
Hipotesis Ratu Hitam1 mengajukan mekanisme tersebut dalam komunitas membuat gen dengan saling bergantung saat bersaing di masyarakat asli.
dan alasan untuk hilangnya fungsi ini yang hasil fungsi serupa tidak penting bagi beberapa anggota Namun, sel-sel yang mempertahankan kemampuannya
akhirnya adalah evolusi saling ketergantungan dalam komunitas (Gambar 1). Bias mutasi terhadap untuk tumbuh secara mandiri masih memiliki strategi
komunitas mikroba. Istilah Ratu Hitam mengacu pada penghapusan kemudian dapat menyebabkan gen ini kemenangan karena, tidak seperti pesaingnya yang
permainan kartu Hati di mana ada dua strategi hilang dari genom (Bagian 12.7). saling bergantung, mereka mempertahankan pilihan
kemenangan. Salah satu strategi kemenangan adalah untuk menyebar ke habitat baru dan tumbuh di luar komunitas asli.
menghindari terjebak dengan ratu sekop. Dalam Kebugaran organisme yang kehilangan fungsi Akhirnya, selain menjelaskan bagaimana
strategi ini setiap pemain berusaha untuk kehilangan dan mengembangkan ketergantungan sebenarnya interdependensi komunitas mikroba mungkin terjadi,
sebanyak mungkin kontes ("trik") agar tidak dipaksa akan meningkat dalam komunitas karena organ-organ hipotesis Black Queen juga mengingatkan kita tentang
untuk mengumpulkan ratu hitam. Strategi kemenangan ini tidak lagi menanggung biaya produksi. bagaimana interaksi mikroba terjalin.
kedua adalah "menembak bulan" dengan Organisme tersebut akan tetap kompetitif selama masyarakat sebenarnya. Kita akan melihat di bab-
mengumpulkan semua kartu truf termasuk ratu hitam. mereka tetap berada dalam komunitas, tetapi mereka bab selanjutnya bahwa beberapa alat molekuler
Dalam konteks mikrobanya, hipotesis Black Queen mungkin tidak dapat tumbuh jika terpisah dari tersedia untuk menghilangkan kerumitan ini dan
mencakup strategi permainan kartu ini dengan komunitas tempat mereka berevolusi. mengungkapkan baik keragaman komunitas maupun
mengusulkan bahwa beberapa organisme Dengan cara ini, ketergantungan timbal balik potensi genetik dan metaboliknya.
mengoptimalkan kebugaran (yaitu, "menang") dengan terakumulasi dalam komunitas mikroba dari waktu ke waktu. Itu
kehilangan gen tertentu secara selektif sementara Hipotesis Ratu Hitam juga menjelaskan pengamatan 1
Morris JJ, RE Lenski, dan ER Zinser 2012. Hipotesis Ratu
yang lain mengoptimalkan kebugaran dengan yang tidak umum bahwa beberapa organisme mikro Hitam: Evolusi ketergantungan melalui hilangnya gen adaptif.
mempertahankan semuanya. hanya dapat tumbuh di laboratorium mBio 3: e00036-12.
Awalnya, semua sel Gen dengan fungsi yang Sel individu bergantung
dapat membuat berlebihan hilang pada fungsi yang
semua produk. lembur. disediakan oleh
komunitas.
gen Produk gen

(Sebuah) (B) (C)
Gambar 1 Hipotesis Ratu Hitam dan evolusi ketergantungan dalam komunitas mikroba. (a) Tiga spesies dalam suatu
komunitas masing-masing memiliki tiga gen berbeda yang membuat produk ekstraseluler yang bermanfaat bagi seluruh
komunitas (gen dan produknya ditampilkan dalam warna yang sama). (b) Seiring waktu, mutasi acak menyebabkan hilangnya
fungsi dari genom. (c) Selama beberapa anggota komunitas terus membuat setiap produk, tidak akan ada biaya kebugaran
ketika satu spesies kehilangan satu gen. Seiring waktu, ketiga spesies menjadi saling bergantung.
368
IV • Sistematika Mikroba
strain yang memiliki ciri diagnostik tertentu dan yang secara genetik kohesif
Sistematika
hubungan.adalah ilmu yang mempelajari
Ini menghubungkan keanekaragaman
filogeni dengan taksonomi, organisme
ilmu di dan dan memiliki nenek moyang yang sama baru-baru ini. Konsep spesies ini
organisme mana yang dicirikan, diberi nama, dan diklasifikasikan menurut mensyaratkan bahwa mayoritas gen dalam spesies memiliki filogeni yang
beberapa kriteria yang ditentukan. Taksonomi bakteri secara tradisional kongruen dan memiliki nenek moyang yang sama.
berfokus pada aspek praktis dari identifikasi dan deskripsi, kegiatan yang Konsep spesies filogenetik tidak didasarkan pada model evolusi spesiasi,
sangat bergantung pada perbandingan sifat yang terlihat (fenotipe). Saat dan dengan demikian spesies yang dijelaskan dengan cara ini tidak selalu
ini, meningkatnya penggunaan informasi genetik, terutama data urutan mencerminkan unit yang berarti dalam hal ekologi atau proses evolusi.
DNA, semakin memungkinkan taksonomi untuk mencerminkan hubungan Konsep spesies filogenetik dikembangkan untuk memfasilitasi taksonomi,
filogenetik juga. dan pembenaran spesies yang berasal dari konsep ini sebagian besar
Taksonomi bakteri telah berubah secara substansial dalam beberapa didasarkan pada penilaian ahli ahli taksonomi.
dekade terakhir, mencakup kombinasi metode untuk identifikasi bakteri dan
deskripsi spesies baru. polifasik ini Di bawah konsep spesies filogenetik untuk Bakteri dan Archaea, spesies
Pendekatan taksonomi menggunakan tiga macam metode—fenotipik, didefinisikan secara operasional sebagai sekelompok galur yang berbagi
genotipik, dan filogenetik—untuk identifikasi dan deskripsi bakteri. Analisis tingkat kesamaan yang tinggi dalam banyak sifat dan berbagi nenek moyang
fenotipik mengkaji karakteristik morfologi, metabolisme, fisiologis, dan kimia yang sama baru-baru ini untuk gen 16S rRNA mereka. Karakterisasi spesies
sel. Analisis genotipe mempertimbangkan karakteristik genom. menggunakan pendekatan polifasik yang mempertimbangkan berbagai sifat
yang berbeda dalam membuat penilaian taksonomi.
Kedua jenis analisis ini mengkategorikan organisme berdasarkan Sifat yang saat ini dianggap paling penting untuk mengidentifikasi spesies
kesamaan. Mereka dilengkapi dengan analisis filogenetik, yang berupaya termasuk kesamaan genom berdasarkan hibridisasi DNA, dan perbandingan
menempatkan organisme dalam kerangka evolusi menggunakan data urutan rRNA subunit kecil.
urutan molekuler (Bagian 12.4, 12.5). Tingkat hibridisasi DNA-DNA antara genom dua organisme (Gambar
12.24) memberikan ukuran kesamaan genom mereka. Kami membahas
12.8 Konsep Spesies dalam Mikrobiologi hibridisasi asam nukleat di Bagian 11.2. Dalam percobaan hibridisasi, probe
DNA yang diperoleh dari satu organisme diberi label dengan label fluoresen
Saat ini, tidak ada konsep spesies mikroorganisme yang diterima secara
atau radioaktif, dipotong kecil-kecil, dan dipanaskan untuk memisahkan dua
universal; ini telah disebut sebagai "masalah spesies" dalam mikrobiologi.
untai DNA. Probe kemudian ditambahkan ke DNA target untai tunggal dan
Spesies adalah unit dasar keanekaragaman hayati, dan bagaimana kita
dicukur dari organisme kedua dan campuran didinginkan untuk
membedakan dan mengklasifikasikan spesies dalam mikrobiologi sangat
memungkinkan untaian DNA menyatu kembali. Kesamaan genom antara
mempengaruhi kemampuan kita untuk menjelaskan keanekaragaman dunia
dua organisme dihitung sebagai persentase probe hibridisasi untuk
mikroba. Sistematika mikroba menggabungkan data filogenetik berbasis
menargetkan relatif terhadap kontrol (probe DNA hibridisasi untuk
fenotipik, genotipik, dan sekuens dalam kerangka kerja standar dan
menargetkan DNA dari organisme yang sama).
pedoman untuk menggambarkan dan mengidentifikasi mikroorganisme
dalam kerangka taksonomi, tetapi masalah tentang apa yang sebenarnya
Nilai hibridisasi genomik 70% atau kurang dan perbedaan dalam urutan
merupakan spesies tetap kontroversial.
gen 16S rRNA (Bagian 12.3, 12.4) dari 3% atau lebih antara dua organisme
dianggap sebagai bukti bahwa keduanya adalah spesies yang berbeda.
Definisi Spesies Mikroba Saat Ini Data eksperimental menunjukkan bahwa kriteria ini valid, andal, dan
Dari sudut pandang taksonomi, semua anggota spesies harus kohesif konsisten dalam mengidentifikasi spesies mikroba baru untuk tujuan
secara genetik dan fenotipik, dan sifat mereka harus berbeda dari yang taksonomi (Gambar 12.25). Berdasarkan konsep spesies filogenetik saat
dijelaskan untuk spesies lain. Selain itu, suatu spesies harus monofiletik, ini, lebih dari 10.000 spesies Bakteri dan Archaea telah diakui secara resmi.
yaitu galur-galur yang menyusun spesies tersebut semuanya harus memiliki Kriteria yang harus digunakan untuk menentukan genus, takson tertinggi
nenek moyang yang sama dengan mengesampingkan spesies lain. Untuk berikutnya (lihat Tabel 12.3), lebih merupakan masalah penilaian, tetapi
sebagian besar sejarah mikrobiologi tidak mungkin untuk menyelesaikan genera diskrit biasanya memiliki perbedaan lebih besar dari 5% dalam
hubungan filogenetik, dan dengan demikian deskripsi spesies tidak urutan gen 16S rRNA mereka.
memperhitungkan sejarah evolusi mikroorganisme. Pengakuan bahwa Tidak ada kriteria konsensus untuk mendefinisikan peringkat taksonomi di
urutan molekuler mencatat sejarah evolusi menciptakan krisis dalam atas tingkat genera.
sistematika mikrobial karena menjadi perlu untuk mendamaikan deskripsi
spesies yang lebih klasik dengan wawasan yang diperoleh melalui analisis Berapa Banyak Spesies Mikroba yang Ada?
filogenetik. Selain itu, penemuan bahwa genom mikroba sangat heterogen Hasil dari evolusi hampir 4 miliar tahun adalah dunia mikroba yang kita lihat
dan mengandung banyak gen yang diperoleh secara horizontal menimbulkan sekarang (Gambar 12.13). Ahli taksonomi mikroba setuju bahwa tidak ada
tantangan bagi definisi spesies mikroba apa pun. perkiraan pasti jumlah spesies yang dapat diberikan saat ini, sebagian
karena ketidakpastian tentang apa yang mendefinisikan suatu spesies.
Konsep yang berlaku untuk menggambarkan spesies mikroba paling baik Namun, mereka juga sepakat bahwa dalam analisis akhir, jumlah ini akan
digambarkan sebagai konsep spesies filogenetik. Konsep spesies filogenetik sangat besar. Karena kesulitan dalam memvisualisasikan dan
mendefinisikan spesies mikroba secara pragmatis sebagai kelompok mengkarakterisasi mikroorganisme, hanya sekitar 10.000 spesies
organisme untuk Organisme 1 Organisme 2

100
dibandingkan: 98
kesamaan
(%)
DNA genom DNA genom 96

Urutan
rRNA
16S
gen
94
ENCOK
Geser dan label ( )P Geser DNA
persiapan 92
P P P P
P P
P P
90
88
Panaskan 0 20 40 60 70 80 100
bentuk
P P P P
P P
tunggal Hibridisasi DNA-DNA genom (%)
untaian. P P
Selidiki DNA DNA sasaran Gambar 12.25 Hubungan antara kesamaan urutan gen 16S rRNA dan hibridisasi DNA-
(Sebuah)
DNA genomik untuk pasangan organisme. Pasangan mikroorganisme dibandingkan

Percobaan hibridisasi: berdasarkan kesamaan 16S rRNA dan nilai hibridisasi genom. Titik di wilayah kanan atas
mewakili pasangan galur yang memiliki kesamaan urutan gen 16S rRNA lebih besar dari
Campurkan DNA pada membran nilon, tambahkan probe DNA secara berlebihan: 97% dan nilai hibridisasi genom 70%, dan dengan demikian kemungkinan merupakan
P P
P anggota spesies yang sama. Data diadaptasi dari Rosselló-Mora, R., dan R. Amann. 2001.
1x1 _ _ Hibridisasi adalah 100%.
P Mikrobiol FEMS. Pdt. 25: 39–67, dan Stackebrandt, E., dan J. Ebers. 2006. Mikrobiologi
(Kontrol)
Saat Ini. 11: 153–155.
DNA hibridisasi
P
1x2 _ _ Hibridisasi adalah 25%.
(Percobaan) Kuis Mini
DNA hibridisasi • Apa perbedaan antara taksonomi dan filogeni?
(B) • Apa saja kriteria kunci dari spesies filogenetik?
konsep yang digunakan untuk menentukan apakah dua galur termasuk dalam
Hasil dan interpretasi:
spesies yang sama?
genus yang sama, 1x1 _ _ 1x2 _ _
Sama tapi berbeda Berbeda • Berapa banyak spesies Bakteri dan Archaea yang telah diberi nama?
100% 25%
jenis jenis menghasilkan
Berapa banyak kemungkinan yang ada?
100 75 50 25 0
Strain yang sama 1 dan 2 mungkin
Persen hibridisasi beda generasi 12.9 Metode Taksonomi dalam Sistematika
(C) Pendekatan polifasik, yaitu pendekatan yang menggunakan banyak
metode berbeda dalam kombinasi, digunakan untuk mengidentifikasi dan
Gambar 12.24 Hibridisasi genom sebagai alat taksonomi. (a) DNA genom diisolasi
memberi nama spesies Bakteri dan Archaea sesuai dengan konsep
dari organisme untuk dibandingkan dan kemudian dipotong dan didenaturasi.
Probe DNA dibuat dari organisme 1 dengan memotong, mendenaturasi, dan memberi spesies taksonomi yang diterima saat ini. Pada bagian ini kami
label pada DNA (ditunjukkan di sini sebagai fosfat radioaktif). (b) DNA target untai tunggal menjelaskan metode yang biasa digunakan untuk mengkarakterisasi
terpotong dari setiap genom diimobilisasi pada membran dan kemudian dihibridisasi spesies mikroba, dan terutama prokariotik.
dengan DNA probe berlabel dari organisme 1. Radioaktivitas dalam DNA hibridisasi diukur.
(c) Radioaktivitas dalam kontrol (organisme 1 DNA hibridisasi ke dirinya sendiri) diambil
sebagai nilai hibridisasi 100%.
Analisis Urutan Gen
Seperti yang telah kami jelaskan, sekuens gen biasanya ditentukan dari
fragmen DNA yang diperkuat PCR, dan sekuens dianalisis menggunakan
analisis filogenetik (Bagian 12.5). Namun, sekuens gen rRNA sub unit
Bakteri dan Archaea telah diberi nama menggunakan konsep spesies kecil sangat terkonservasi, dan meskipun mereka memberikan informasi
taksonomi. Saat ini tidak mungkin untuk secara akurat memperkirakan filogenetik yang berharga, mereka tidak selalu berguna untuk membedakan
jumlah total spesies bakteri dan archaeal di Bumi, tetapi spesies yang berkerabat dekat.
keanekaragamannya tidak diragukan lagi lebih tinggi daripada semua Sebaliknya, gen lain yang sangat terkonservasi, seperti recA, yang
spesies tumbuhan dan hewan yang digabungkan dan jumlah spesies mengkode protein rekombinase, dan gyrB, yang mengkode protein DNA
totalnya kemungkinan beberapa kali lipat lebih tinggi daripada 10.000 girase, dapat berguna untuk membedakan bakteri pada tingkat spesies.
sudah ditandai. Urutan DNA dari gen penyandi protein mengakumulasi mutasi lebih cepat
Setiap lingkungan di Bumi mengandung komunitas mikroorganisme daripada gen rRNA; untuk alasan ini, urutan dari gen tersebut dapat
yang beragam. Analisis sekuens gen 16S rRNA menunjukkan bahwa lebih membedakan spesies bakteri yang tidak dapat diselesaikan dengan
dari 10.000 spesies berbeda dapat hidup berdampingan dalam satu gram analisis urutan gen rRNA saja (Gambar 12.26).
tanah! Hampir semua tumbuhan dan hewan memiliki sejumlah
mikroorganisme unik yang terkait dengan mereka baik sebagai patogen
atau komensal pada permukaan atau struktur internalnya. Dengan Pengetikan Urutan Multilokus
demikian, organisme mikro tidak hanya yang tertua tetapi juga bentuk Multilocus sequence typing (MLST) adalah metode di mana beberapa
kehidupan yang paling beragam di planet kita. gen "housekeeping" yang berbeda dari beberapa organisme terkait

Pohon Gen 16S rRNA Pohon Multigen
Photobacterium damselae
FS-2.1
FS-4.2 bakteri foto
50 perubahan
Photobacterium leiognathi FS-3.1 fosfor
FS-5.1
FS-2.2
Photobacterium mandapamensis ATCC 11040T
FS-5.2
bakteri foto
ATCC 51761
Photobacterium phosphoreum NCIMB 13476
bakteri foto
NCIMB 13478
iliopisarium
Photobacterium iliopiscarium NCIMB 13481
ATCC 51760T
Photobacterium kishitanii
chubb.1.1
(Sebuah)
ckamo.3.1
canat.1.2
hstri.1.1 bakteri foto
botak.1.1 kishitanii
BAA-1194T
babi hutan.2.1
ckamo.1.1
vlong.3.1
(B)
Gambar 12.26 Analisis filogenetik multigen. Sebuah filogeni ditampilkan untuk spesies dalam genus Photobacterium. ( a ) Pohon
gen 16S rRNA, menunjukkan spesies yang sulit dipecahkan. (b) Analisis multigen berdasarkan analisis gabungan gen 16S rRNA dan
gen gyrB dan luxABFE pada 21 isolat dari tiga spesies Photobacterium. Analisis multigen dengan jelas memecahkan galur menjadi
tiga spesies filogenetik yang berbeda, P. phosphoreum, P. iliopiscarium, dan P. kishitanii. Bilah skala menunjukkan panjang cabang
yang sama dengan total 50 perubahan nukleotida. Jenis galur masing-masing spesies dicantumkan dalam huruf tebal. (Semua singkatan
adalah bagian dari penunjukan regangan.) Analisis filogenetik milik Tory Hendy dan Paul V. Dunlap, University of Michigan.
diurutkan dan urutan digunakan secara kolektif untuk membedakan jarak genetik yang bervariasi dari 0 (strain identik) hingga 1 (strain hanya
organisme. Gen rumah tangga mengkodekan fungsi penting dalam sel dan berkerabat jauh, jika ada).
selalu terletak di kromosom daripada di plasmid. Untuk setiap gen, kira-kira MLST memiliki daya pisah yang cukup untuk membedakan bahkan di
sekuens 450 pasangan basa diamplifikasi dan kemudian diurutkan. Alel dari antara galur-galur yang berkerabat sangat dekat dari suatu spesies tertentu.
setiap gen (varian yang berbeda setidaknya satu nukleotida) masing-masing Dalam praktiknya, galur dapat dibedakan berdasarkan perubahan nukleotida
diberi nomor. Strain yang dipelajari kemudian diberi pro file alel, atau tipe tunggal hanya pada salah satu gen yang dianalisis. Namun, MLST tidak
urutan multilokus, yang terdiri dari serangkaian angka yang mewakili berguna untuk membandingkan organisme di atas tingkat spesies; resolusinya
kombinasi alel tertentu (Gambar 12.27). Dalam MLST, galur dengan urutan terlalu sensitif untuk menghasilkan informasi yang berarti untuk
identik untuk gen tertentu memiliki nomor alel yang sama untuk gen itu, dan mengelompokkan taksa tingkat tinggi seperti genera dan famili.
dua galur dengan urutan identik untuk semua gen memiliki profil alel yang MLST telah menemukan penggunaan terbesarnya dalam mikrobiologi
sama (dan akan dianggap identik dengan metode ini). Keterkaitan antara klinis, di mana ia telah digunakan untuk membedakan galur dari berbagai
masing-masing profil alelik dinyatakan dalam dendrogram patogen. Ini penting karena beberapa galur dalam suatu spesies—
Escherichia coli K-12, misalnya—mungkin tidak berbahaya, sedangkan yang
lain, seperti strain O157:H7, dapat menyebabkan penyakit serius dan bahkan
Jarak genetik
bakteri Berbagai "rumah" 0,6 0,4 0,2 0
kromosom menjaga" gen Analisis alel.
Strain
Isolat baru atau 1-5
sampel klinis Strain baru
Isolasi DNA. Saring 6
Amplifikasi Urutan. Dibandingkan dengan
6-7 gen target. strain lain
dan menghasilkan Saring 7
pohon.
Gambar 12.27 Pengetikan urutan multilokus. Langkah -langkah dalam MLST yang mengarah ke fenogram kesamaan ditampilkan.
Strain 1-5 hampir identik, sedangkan strain 6 dan 7 berbeda satu sama lain dan dari strain 1-5.
infeksi fatal (Bagian 31.12). MLST juga banyak digunakan dalam elemen berulang. Produk PCR ini dapat divisualisasikan
studi epidemiologi untuk melacak strain virulen dari bakteri menggunakan elektroforesis gel untuk mengungkapkan pola
patogen saat bergerak melalui populasi dan dalam studi pita yang dapat digunakan sebagai sidik jari (Gambar 12.29).
lingkungan untuk menentukan distribusi geografis strain. AFLP didasarkan pada pencernaan DNA genom dengan satu
atau dua enzim restriksi dan amplifikasi PCR selektif dari
Sidik Jari Genom fragmen yang dihasilkan, yang kemudian dipisahkan dengan
Sidik jari genom adalah pendekatan cepat untuk mengevaluasi elektroforesis gel agarosa. Pola pita spesifik strain yang serupa
polimorfisme antar strain. Sidik jari umumnya fragmen DNA dengan rep-PCR atau metode sidik jari DNA lainnya dihasilkan,
yang dihasilkan dari gen individu atau seluruh genom. Urutan dengan jumlah pita yang besar memberikan tingkat diskriminasi
gen sering diaktifkan oleh amplifikasi PCR dari fragmen gen. yang tinggi antara strain dalam suatu spesies.
Karakterisasi sekuens gen SSU rRNA adalah umum, tetapi
berbagai gen yang berbeda dapat digunakan dalam klasifikasi Analisis Multigen dan Genom Utuh
spesies. Penggunaan beberapa gen dan seluruh genom untuk identifikasi
Ribotyping adalah metode sidik jari genom berdasarkan dan deskripsi bakteri menjadi semakin umum seiring dengan
lokalisasi gen SSU rRNA pada fragmen genom. Dalam metode peningkatan kapasitas pengurutan DNA dan penurunan biaya
ini, DNA genom dari suatu organisme dicerna oleh enzim (Bagian 6.2). Berbagai analisis urutan dapat dilakukan pada
restriksi ( Bagian 11.1) dan fragmen dipisahkan oleh elektroforesis seluruh genom mikroba, memberikan wawasan tentang fisiologi
gel, dipindahkan ke membran nilon, dan diberi label dengan mikroba dan evolusi mikroba. Analisis ini telah memberikan
probe gen SSU rRNA (Gambar 12.28). Spesies mikroba yang wawasan penting tentang peran besar yang dimainkan oleh
berbeda dapat memiliki jumlah operon rRNA yang berbeda, pertukaran gen horizontal dalam evolusi mikroba dan pada sifat
mulai dari 1 hingga 15, dan jumlah operon rRNA yang ada genom mikroba yang sangat dinamis (Bagian 12.7).
dalam genom mikroba adalah fitur yang dilestarikan dari semua Ortolog bersama, yaitu gen yang homolog dan memiliki fungsi
galur suatu spesies. Selain itu, perubahan urutan genom antar yang sama (Bagian 12.5), dapat disejajarkan dan diperiksa
strain dapat menyebabkan enzim endonuklease terpotong di menggunakan metode filogenetik dan identitas nukleotida rata-
lokasi yang berbeda, menghasilkan variasi panjang fragmen rata dari gen ini ditentukan. Analisis komparatif konten gen (ada
restriksi yang divisualisasikan. Oleh karena itu, ukuran dan atau tidaknya gen) dan synteny, urutan gen dalam genom, dan
jumlah pita yang terdeteksi menghasilkan pola tertentu, sejenis konten GC genom, memberikan wawasan lebih lanjut ke dalam
sidik jari genom yang disebut ribotipe, dan pola ini dapat hubungan antara strain. Seluruh urutan genom juga dapat
dibandingkan dengan pola organisme referensi dalam database digunakan untuk rekonstruksi metabolik dan karakterisasi jalur
komputer. Ribotipe organisme tertentu dapat menjadi unik dan genetik. Berbagai metode dalam genomik komparatif dan
diagnostik, memungkinkan identifikasi cepat spesies yang genomik populasi (Bab 6) telah dikembangkan untuk digunakan
berbeda dan bahkan strain yang berbeda dari suatu spesies. dalam analisis sistematis.
Untuk alasan ini, ribotyping telah menemukan banyak aplikasi
dalam diagnostik klinis dan analisis mikroba makanan, air, dan minuman.
Metode sidik jari genom lainnya yang biasa digunakan 1234567
termasuk PCR palindromik ekstragenik berulang (rep-PCR) dan
5.0 kb
polimorfisme panjang fragmen yang diperkuat (AFLP). Metode
rep-PCR didasarkan pada adanya elemen DNA berulang yang
sangat terkonservasi yang diselingi secara acak di sekitar
kromosom bakteri. Jumlah dan posisi unsur-unsur ini berbeda
2.0 kb
di antara galur suatu spesies. Primer oligonukleotida yang
dirancang untuk melengkapi elemen-elemen ini memungkinkan
amplifikasi PCR dari fragmen genom yang ditemukan di antara 1.0 kb
Lactococcus
susu
Lactobacillus 0,5 kb
acidophilus
Lactobacillus Dunlap
Paul
pendek
Jennifer
dan
Ast
Batt
Carl
A.
Lactobacillus
kefir
Gambar 12.29 Sidik jari DNA dengan rep-PCR. DNA genom dari lima galur (1-5)
dari satu spesies bakteri diamplifikasi PCR menggunakan primer spesifik yang
Gambar 12.28 Ribotyping. Hasil ribotipe untuk empat bakteri asam laktat yang berbeda. disebut rep (palindromik ekstragenik berulang); produk PCR dipisahkan dalam gel
DNA diambil dari strain masing-masing bakteri, dicerna menjadi fragmen oleh enzim agarosa berdasarkan ukuran untuk menghasilkan sidik jari DNA. Panah menunjukkan
restriksi, dipisahkan dengan elektroforesis gel, dan kemudian diperiksa dengan probe gen beberapa band yang berbeda. Jalur 6 dan 7 adalah penanda ukuran DNA 100-bp dan 1-
16S rRNA. Variasi posisi dan intensitas pita penting dalam identifikasi. kbp, masing-masing, digunakan untuk memperkirakan ukuran fragmen DNA.
Analisis Fenotipik Kelas Asam Lemak dalam Bakteri

Karakteristik yang dapat diamati— fenotipe— bakte rium memberikan Kelas/Contoh Struktur contoh
banyak sifat yang dapat digunakan untuk membedakan spesies. HAI
Biasanya, baik untuk mendeskripsikan spesies baru atau mengidentifikasi I. Jenuh:

C (CH2)12 CH3
bakteri, beberapa sifat ini ditentukan untuk organisme yang diinginkan. asam tetradekanoat
HO
Hasilnya kemudian dibandingkan dengan fenotipe organisme yang HAI
HH
diketahui, baik diperiksa secara paralel dengan yang tidak diketahui atau II. tak jenuh:
C (CH2)6 CC (CH2)6 CH3
dari informasi yang dipublikasikan. Sifat-sifat khusus yang digunakan omega-7-cis
HO
asam heksadekanoat
bergantung pada jenis organisme, dan sifat-sifat mana yang dipilih untuk HAI
CH2
pengujian mungkin timbul dari tujuan peneliti dan dari pengetahuan AKU AKU AKU. Siklopropana:
C (CH2)7 CC (CH2)5 CH3
sebelumnya yang substansial tentang kelompok bakteri yang kemungkinan cis-7,8-metilen
asam heksadekanoat HO HH
dimiliki oleh organisme baru itu. Misalnya, dalam situasi terapan, seperti HAI
CH3
dalam mikrobiologi diagnostik klinis, di mana identifikasi mungkin menjadi IV. Bercabang:
C
C (CH2)11
tujuan itu sendiri dan waktu adalah esensinya, subset sifat yang terdefinisi asam 13-metiltetradekanoat
HO H CH3
dengan baik biasanya digunakan yang dengan cepat membedakan antara HAI H
kemungkinan yang mungkin. Tabel 12.2 mencantumkan kategori umum V. Hidroksi: C CH2 C (CH2)10 CH3
dan contoh beberapa sifat fenotipik yang digunakan dalam identifikasi asam 3-hidroksitetradekanoat HO OH
dan deskripsi spesies, dan kami memeriksa salah satu sifat ini di sini. (Sebuah)
Jenis dan proporsi asam lemak yang ada dalam lipid membran
sitoplasma dan lipid membran luar bakteri gram negatif adalah sifat IDENTIFIKASI ORGANISME
fenotipik yang sering digunakan dalam analisis taksonomi.

Teknik untuk mengidentifikasi asam lemak ini telah diberi nama julukan
Bandingkan pola puncak
FAME, untuk metil ester asam lemak, dan digunakan secara luas di dengan pola dalam database
laboratorium klinis, kesehatan masyarakat, dan inspeksi makanan dan air Kultur bakteri
di mana patogen harus diidentifikasi secara rutin. Komposisi asam lemak

Bakteri bervariasi dari spesies ke spesies dalam panjang rantai dan ada
Ekstrak asam lemak Puncak dari berbagai lemak
atau tidak adanya ikatan rangkap, cincin, rantai bercabang, atau gugus metil ester asam
hidroksi (Gambar 12.30). Untuk
Turunkan ke bentuk
metil ester
Tabel 12.2 Beberapa Sifat Fenotipik Nilai Taksonomi

Kromatografi gas
Kategori Karakteristik
Morfologi morfologi koloni; reaksi gram; ukuran sel

dan bentuk; pola flagelasi; adanya spora, badan inklusi
(misalnya, PHB, glikogen, atau butiran polifosfat, vesikel
gas, magnetosom); kapsul, lapisan S, atau lapisan (B)
lendir; batang atau pelengkap; pembentukan tubuh buah
Gambar 12.30 Analisis Fatty acid methyl ester (FAME) dalam identifikasi
bakteri. (a) Kelas asam lemak dalam Bakteri. Hanya satu contoh yang diberikan untuk
Motilitas Tidak bergerak; motilitas meluncur; berenang (flagellar)
setiap kelas, tetapi pada kenyataannya, lebih dari 200 asam lemak yang berbeda secara
motilitas; berkerumun; motil oleh vesikel gas
struktural diketahui dari sumber bakteri. Metil ester mengandung gugus metil (CH3) sebagai
Metabolisme Mekanisme konservasi energi (fototrof, pengganti proton pada gugus asam karboksilat (COOH) dari asam lemak. (b) Prosedur.
kemoorganotrof, kemolitotrof); pemanfaatan masing-
Setiap puncak dari kromatografi gas disebabkan oleh satu metil ester asam lemak tertentu,
masing senyawa karbon, nitrogen, atau sulfur; fermentasi
dan tinggi puncak sebanding dengan jumlahnya.
gula; fiksasi nitrogen; persyaratan faktor pertumbuhan
Fisiologi Suhu, pH, dan rentang garam untuk pertumbuhan;

respon terhadap oksigen (aerobik, fakultatif,
anaerobik); adanya katalase atau oksidase; produksi
analisis, asam lemak yang diekstraksi dari hidrolisat sel dari kultur yang
enzim ekstraseluler tumbuh di bawah kondisi standar diuapkan secara kimia dan dianalisis
Kimia lipid sel Asam lemak; b lipid polar; kuinon pernapasan
dengan kromatografi gas. Kromatogram yang menunjukkan jenis dan
jumlah asam lemak dari bakteri yang tidak diketahui kemudian
Kimia dinding sel Ada atau tidak adanya peptidoglikan; komposisi asam amino ikatan
silang; ada atau tidak adanya cross-link interbridge dibandingkan dengan database yang berisi profil asam lemak dari ribuan
bakteri referensi yang ditumbuhkan dalam kondisi yang sama.
Sifat lainnya Pigmen; pendaran; sensitivitas antibiotik;
serotipe; produksi senyawa unik, misalnya antibiotik Profil asam lemak suatu organisme, seperti banyak sifat fenotipik lainnya,
dapat bervariasi sebagai fungsi suhu, fase pertumbuhan (eksponensial versus
PHB, asam poli-ÿ-hidroksibutirat

Sebuah
Bagian 2.14).
stasioner), dan media pertumbuhan. Oleh karena itu, untuk hasil yang valid,
( bGambar 12.30 perlu untuk menumbuhkan organisme yang tidak diketahui pada spesies tertentu
sedang dan pada suhu tertentu. Bagi banyak organisme ini tidak penamaan spesies mikroba baru. Deskripsi formal spesies mikroba
mungkin, tentu saja, membatasi penerapan analisis FAME. Selain itu, baru dan pengendapan kultur ke dalam koleksi kultur membentuk
tingkat variasi profil FAME di antara galur suatu spesies, pertimbangan fondasi penting dari sistematika prokariotik.
yang diperlukan dalam studi untuk membedakan antar spesies, belum
didokumentasikan dengan baik. Taksonomi dan Menggambarkan Spesies Baru
Karakteristik fenotipe galur umumnya sangat bergantung pada Klasifikasi adalah pengorganisasian organisme ke dalam kelompok-
kondisi pertumbuhan, dan fenotipe yang diamati di lingkungan kelompok yang semakin inklusif berdasarkan kesamaan fenotipik atau
laboratorium mungkin tidak mewakili fenotipe yang ada di lingkungan hubungan evolusioner. Suatu spesies terdiri dari satu hingga beberapa
alami dengan baik; sehingga harus berhati-hati dalam menggunakan galur, dan spesies yang serupa dikelompokkan ke dalam genus
karakteristik fenotipik dalam analisis sistematis. Nilai sistematis (tunggal, genus). Genus yang sama dikelompokkan menjadi famili,
karakteristik fenotipik yang berbeda dapat bervariasi sehubungan famili menjadi ordo, ordo menjadi kelas, hingga domain, takson tingkat
dengan kelompok taksonomi yang diperiksa. tertinggi berdasarkan kumpulan informasi fenotipik dan genotipik.
Skema hierarki ini diilustrasikan pada Tabel 12.3.
Kuis Mini Nomenklatur adalah penamaan organisme yang sebenarnya dan

mengikuti sistem binomial nomenklatur yang dirancang oleh dokter
• Kelas gen apa yang digunakan dalam analisis MLST?
dan ahli botani Swedia Carl Linnaeus dan digunakan di seluruh biologi;
• Bagaimana ribotyping berbeda dari rep-PCR?
organisme diberi nama genus dan julukan spesies. Nama-nama
• Apa itu analisis FAME? tersebut berasal dari bahasa Latin atau bahasa Yunani yang dilatinkan,
sering kali menggambarkan beberapa sifat utama organisme, dan
dicetak miring. Dengan mengklasifikasikan organisme ke dalam
12.10 Klasifikasi dan Nomenklatur kelompok dan memberi nama mereka, kami mengatur dunia mikroba
Kami menyimpulkan pengobatan kami tentang evolusi mikroba dan alami dan memungkinkan untuk berkomunikasi secara efektif tentang
sistematika dengan deskripsi singkat tentang bagaimana Bakteri dan semua aspek organisme tertentu, termasuk perilaku, ekologi, fisiologi,
Archaea diklasifikasikan dan diberi nama—ilmu taksonomi. Informasi patogenesis, dan hubungan evolusionernya. Pembuatan nama baru
juga disajikan pada koleksi kultur, yang merupakan tempat penyimpanan harus mengikuti aturan yang dijelaskan dalam Kode Internasional
untuk deposisi ilmiah kultur mikroba hidup; pada beberapa sumber Nomenklatur Bakteri. Sumber ini menyajikan kerangka kerja formal
taksonomi kunci yang tersedia untuk mikrobiologi; dan tentang prosedur untukdimana Bakteri dan Archaea akan diberi nama secara resmi dan
Tabel 12.3 Hirarki taksonomi untuk bakteri belerang ungu Allochromatium warmingii
Nama Takson Properti Dikonfirmasi oleh ÿÿÿÿÿÿÿ
Bakteri Domain sel bakteri; sekuens gen rRNA khas Mikroskopi; gen 16S rRNA Butiran belerang (S0)
Bakteri analisis urutan; adanya biomarker
unik, misalnya peptidoglikan
Filum Proteobakteri urutan gen rRNA khas dari Analisis urutan gen 16S rRNA
Proteobakteri
Kelas Gammaproteobacteria bakteri Gram-negatif; urutan rRNA Pewarnaan gram, mikroskopis
khas Gammaproteobacteria
Memesan Kromatial Bakteri ungu fototrofik Pigmen karakteristik (13.2, Angka
13.3, dan 13.9)
Famili Chromatiaceae Bakteri belerang ungu Kemampuan untuk mengoksidasi H2S dan menyimpan
S0 dalam sel; pengamatan

mikroskopis S0 (lihat foto);
Urutan gen 16S rRNA
Genus Allochromatium bakteri belerang ungu berbentuk batang; Mikroskop (lihat foto)
<95% identitas urutan gen 16S dengan
semua genera lain
Pemanasan spesiesii Sel 3,5–4,0 m * 5–11 m; penyimpanan Ukuran sel diukur secara mikroskopis
belerang terutama di kutub sel (lihat dengan mikrometer; pengamatan
foto); <97% identitas urutan gen 16S posisi kutub globul S0 dalam sel
dengan semua spesies lain (lihat foto); Urutan gen 16S rRNA
Sel A. warmingii
Tabel 12.4 Beberapa koleksi kultur mikroba nasional
Koleksi Nama Lokasi alamat web

ATCC Koleksi Budaya Tipe Amerika Manassas, Virginia http://www.atcc.org
BCCM/LMG Koleksi Mikroorganisme Terkoordinasi Belgia Gent, Belgia http://bccm.belspo.be
keping Koleksi Institut Pasteur Paris, Prancis http://www.pasteur.fr
DSMZ Koleksi mikroorganisme dan kultur sel Jerman Brunswick, Jerman http://www.dsmz.de
JCM Koleksi Mikroorganisme Jepang Saitama, Jepang http://www.jcm.riken.go.jp
NCCB Koleksi Bakteri Kultur Belanda Utrecht, Belanda http://www.cbs.knaw.nl/nccb
NCIMB Koleksi Nasional Bakteri Industri, Kelautan dan Makanan Aberdeen, Skotlandia http://www.ncib.com
prosedur di mana nama yang ada dapat diubah, misalnya, ketika data Sumber utama kedua yang menjelaskan fisiologi, ekologi, filogeni,
baru memerlukan penataan ulang taksonomi. pengayaan, isolasi, dan budidaya Bakteri dan Archaea adalah Prokariota.
Ketika mikroorganisme baru diisolasi dari alam dan dianggap unik, Karya ini tersedia secara online dengan berlangganan melalui
keputusan harus dibuat apakah cukup berbeda dari prokariota lain untuk perpustakaan universitas. Secara kolektif, Manual Bergey dan The
digambarkan sebagai takson baru. Untuk mencapai validasi formal Prokariota menawarkan ahli mikrobiologi baik konsep maupun detail
status taksonomi sebagai genus atau spesies baru, deskripsi rinci biologi Bakteri dan Archaea seperti yang kita kenal sekarang; mereka
tentang karakteristik organisme dan sifat yang membedakan, bersama adalah sumber utama bagi ahli mikrobiologi yang mengkarakterisasi
dengan nama yang diusulkan, harus dipublikasikan, dan, seperti yang organisme yang baru diisolasi.
baru saja disebutkan, kultur organisme yang layak harus disimpan di
setidaknya dua koleksi budaya internasional (Tabel 12.4). Naskah yang Koleksi Budaya
menjelaskan dan memberi nama takson baru menjalani peer review Koleksi kultur mikroba nasional (Tabel 12.4) merupakan dasar penting
sebelum publikasi. Sebuah kendaraan utama untuk deskripsi taksa baru dari sistematika mikroba. Koleksi permanen ini mengkatalog dan
adalah International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology menyimpan mikroorganisme dan menyediakan kultur berdasarkan
(IJSEM), publikasi resmi catatan untuk taksonomi dan klasifikasi Bakteri, permintaan (dengan biaya) kepada peneliti di bidang akademis,
Archaea, dan eukariota mikroba. Dalam setiap terbitan, IJSEM juga kedokteran, dan industri. Koleksi memainkan peran penting dalam
menerbitkan daftar nama yang baru divalidasi yang disetujui. melindungi keanekaragaman hayati mikroba, seperti halnya museum
dalam melestarikan spesimen tumbuhan dan hewan untuk studi masa
Dengan memberikan validasi nama baru yang diusulkan, publikasi di depan. Namun, tidak seperti museum, yang memelihara koleksi spesimen
IJSEM membuka jalan untuk dimasukkannya mereka dalam sumber mati yang diawetkan atau dikeringkan secara kimiawi, koleksi kultur
referensi taksonomi (lihat nanti). Dua situs web menyediakan daftar mikroba menyimpan organisme mikro sebagai kultur yang layak,
nama bakteri yang valid dan disetujui: Daftar Nama Prokariotik dengan biasanya beku atau dalam keadaan beku-kering. Metode penyimpanan
Tata Nama Berdiri (http://www.bacterio.net), dan Tata Nama Bakteri ini mempertahankan sel tanpa batas dalam keadaan hidup dan mencegah
Terkini (http://www.dsmz.de ). perubahan genetik yang mungkin terjadi jika organisme terus-menerus disubkultur.
Komite Internasional untuk Sistematika Prokaria (ICSP) mengawasi Peran penting dan terkait dari koleksi kultur adalah sebagai tempat
tata nama dan taksonomi Bakteri penyimpanan untuk jenis galur. Ketika spesies bakteri baru dideskripsikan
dan Archaea. ICSP juga mengawasi penerbitan IJSEM dalam jurnal ilmiah, suatu galur ditetapkan sebagai tipe tata nama takson
dan Kode Internasional Nomenklatur Bakteri dan memberikan panduan untuk perbandingan taksonomi di masa depan dengan galur lain dari
kepada beberapa subkomite yang memenuhi untuk menetapkan dan spesies itu (lihat Gambar 12.26). Pengendapan galur jenis ini dalam
merevisi standar untuk deskripsi spesies baru dalam kelompok prokariota koleksi budaya nasional setidaknya di dua negara—sehingga galur
yang berbeda. tersebut tersedia untuk umum—merupakan prasyarat untuk validasi
nama spesies baru. Beberapa koleksi besar budaya nasional tercantum
Manual Bergey dan Prokariota dalam Tabel 12.4. Situs web mereka berisi database yang dapat dicari
Karena taksonomi sebagian besar merupakan masalah penilaian ilmiah, dari kepemilikan strain bersama dengan informasi tentang sumber
tidak ada klasifikasi "resmi" Bakteri dan Archaea. Namun, sistem lingkungan strain dan deskripsi mereka.
klasifikasi yang paling banyak diterima oleh ahli mikrobiologi adalah
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, pengobatan taksonomi
utama Bakteri dan Archaea (lihat Lampiran 2 untuk daftar taksa tingkat
tinggi dari edisi terbaru Bergey's Manual). Banyak digunakan, Manual Kuis Mini
Bergey telah melayani komunitas ahli mikrobiologi sejak 1923 dan • Apa peran koleksi kultur dalam sistematika mikroba?
merupakan ringkasan informasi tentang semua prokariota yang diakui. • Apakah IJSEM dan fungsi taksonomi apa yang dipenuhinya?
Setiap bab, yang ditulis oleh para ahli, berisi tabel, gambar, dan informasi • Mengapa kultur sel yang hidup lebih berguna dalam taksonomi
sistematis lainnya yang berguna untuk tujuan identifikasi. mikroba daripada spesimen yang diawetkan?

Mikrobiologi Pertemuan 5

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Mikrobiologi Pertemuan 5

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Machine Translated by Google

Pertukaran Gen dan Evolusi Vibrio Laut

Ahli mikrobiologi masih berjuang untuk memahami efek transfer gen

Saya Bumi Awal dan Asal-usulnya dan

348 UNIT 3 • Keanekaragaman Mikroba

I • Awal Bumi dan Asal Usul dan Diversifikasi Kehidupan

BAB 12 • Evolusi dan Sistem Mikroba 349

Beberapa batuan sedimen tertua yang ditemukan sejauh ini berada di

diperlukan untuk sistem kehidupan pertama. Namun, kondisi di permukaan gula

daripada di permukaan bumi. Pasokan energi yang stabil dan berlimpah

350 UNIT 3 • Keanekaragaman Mikroba

Prebiotik Kehidupan praseluler Kehidupan seluler LUCA Evolusioner

4.3–3.8 dari 3,8–3,7 dari

HGT antar sel

Diversifikasi Metabolik: Konsekuensi bagi 2 H+ Primitif

elektron paling awal, sebagai reduksi S0

BAB 12 • Evolusi dan Sistem Mikroba 351

Bukti menunjukkan bahwa nenek moyang Bakteri modern dan

352 UNIT 3 • Keanekaragaman Mikroba

bergantung. Namun, atmosfer oksik juga menciptakan kondisi untuk evolusi

BAB 12 • Evolusi dan Sistem Mikroba 353

bakteri Eukarya archaea bakteri Eukarya archaea

Hewan Tanaman Hewan Tanaman

Nenek moyang dari Inti Nenek moyang dari

Nenek moyang dari

354 UNIT 3 • Keanekaragaman Mikroba

genom Transkripsi dan Terjemahan

BAB 12 • Evolusi dan Sistem Mikroba 355

II • Fosil Hidup: DNA Merekam Sejarah Kehidupan

Plantae Protista binatang Plantae jamur binatang

(b) Pohon Whittaker

356 UNIT 3 • Keanekaragaman Mikroba

dan GCG UU UGGACC CGG

GC dan C G kamu G C kamu AGGUG G AGAAAC SEBUAH DD GC C G G

740 TETAPI CG 1190 G G 1160

u.a kamu kamu

u.a A A 600 590 G SEBUAH AGU GC

u.a kamu AUUG C GC CG

460 G C 890 870 SEBUAH

CUCA UUGG G kamu

10 1400 C 1380 kamu

CCGG UAUG dan C G G 1350 G

GGC C SEBUAH u.a ACCG UAGG SEBUAH

CG C G G G U ACGU C SEBUAH SEBUAH

GGA G GA 320 SEBUAH

G AG SEBUAH SEBUAH kamu

110 kamu kamu

AC variabel. Posisi daerah variabel ditunjukkan dalam warna.

BAB 12 • Evolusi dan Sistem Mikroba 357

Verrukomikrobia nitrospira nanoarchaeota

Asal usul kehidupan

358 UNIT 3 • Keanekaragaman Mikroba

Struktur sel prokariotik Ya Ya Tidak

Lipid membran terkait ester Tertaut dengan eter terkait ester

Nukleus tertutup membran Tidak hadir Tidak hadir Hadiah

Mekanisme flagela Rotasi Rotasi seperti cambuk

Sensitivitas terhadap kloramfenikol, streptomisin, Ya Tidak Tidak

kanamisin, dan penisilin

Nitrifikasi (oksidasi amonia) Ya Ya Tidak

Fotosintesis berbasis klorofil Ya Tidak Ya (dalam kloroplas)

Fiksasi nitrogen Ya Ya Tidak

Metabolisme energi berbasis Rhodopsin Ya Ya Tidak

Kemolitotrofi (Fe2+, NH3, S0 , H2) Ya Ya Tidak