CHIMIE ORGANIQUE

chapitre 1

Gnralits sur la chimie organique

Dans ce chapitre introductif, nous prsenterons succintement la chimie organique, puis nous dnirons des concepts de base pour la comprendre. On abordera galement les problmes de nomenclature (comment nommer les composs organiques) et de conventions de reprsentation plane. Le contenu du chapitre nest pas connaitre BCPST1 Fnelon intgralement ; de nombreux renseignements sont donns titre indicatif, pour tenter de montrer la diversit et Nicolas Clatin 2007 ltendue de cette discipline.

1. Quest-ce que la chimie organique ? 2. Hydrocarbures et squelette carbon des molcules organiques
S 2.1 Valence des atomes et multiplicit des liaisons I O O O

MeSSS O O O

HO O NHCO2Me

2.2 Classe des atomes de carbone

HO 2.4 Nomenclature O

OMe

OH EtHN

N H HO

2.3 criture topologique des molcules organiques ; squelette OMe

OH 2.5 Hydrocarbures cycliques MeO MeO

2.6 Conjugaison et hydrocarbures aromatiques 3. Fonctions chimiques 3.1 Dnition 3.2 Fonctions monovalentes 3.3 Fonctions divalentes 3.4 Fonctions trivalentes 3.5 Fonctions ttravalentes 3.6 Nomenclature des fonctions chimiques 3.7 Htrocycles

certains droits rservs ne peut pas tre vendu

Certains droits rservs: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.0/fr/ Disponible gratuitement: http://campus.claroline.com/claroline/course/index.php?cid=NC03

Quest-ce que la chimie organique ?

La chimie organique est, lorigine, la chimie des molcules du monde vivant. Elle tait initialement considre comme un domaine spar de la chimie inorganique. En 1835, la synthse de lure (compos isols dorganismes vivants) a t ralise par Whler partir de composs inorganiques, montrant par l quil nexiste pas de distinction fondamentale entre les deux domaines. On appelle aujourdhui chimie organique la chimie des composs hydrocarbons, cest--dire comportant du carbone et de lhydrogne li au carbone. Il existe des composs carbons non organiques : CO2 , CO, CS2 , les ions carbonate CO2 et hydrognocarbonate HCO 3 3 (dans lequel H est li O, et non C). Les molcules dites organiques peuvent tre des substances naturelles, extraites de plantes, danimaux ou de micro-organismes, ou des molcules synthtiques, inconnues dans le monde vivant. Lun des enjeux actuels de la chimie organique est la synthse de molcules naturelles ayant des proprits thrapeutiques relles ou supposes, ce qui permet de les obtenir en quantits raisonnables, et avec une puret contrle. On peut en proter pour rappeler que deux molcules, lune naturelle lautre synthtique (par exemple de lacide salicylique extrait de lcorce de saule ou synthtis dans un laboratoire pharmaceutique), sont strictement identiques et ont exactement les mmes proprits (la seconde sera vraisemblablement obtenue avec une meilleure puret que la premire). Il est donc totalement absurde de prfrer une Fnelon naturelle la mme molcule obtenue BCPST1 molcule Nicolas Clatin 2007 par voie synthtique. En outre, sil fallait faire laspirine partir de lacide salicylique extrait de lcorce de saule, il ny aurait plus un seul saule depuis longtemps ! La chimie organique permet galement de modier certaines substances naturelles pour augmenter leur activit biologique ; cest le cas de laspirine, qui est un driv de lacide salicylique (substance naturelle), obtenu par estrication de celui-ci par lacide thanoque. Il existe galement des centaines de molcules O vise thrapeutique qui ne sont pas issues dorganismes vivants ; MeSSS HO le paractamol en est un exemple. Dune faon gnrale, des centaines de milliers de molcules organiques ont I O O t synthtises, pour des applications de toutes sortes, sansO compter le O d que constitue leur synthse. pur S
O OH Une famille trs importante de produits OMe organiques est compose des plus simples dentre eux : les hydrocarbures, composants principaux du ptrole. Toute lindustrie ptrolire est incluse dans la chimie organique. OMe O EtHN O HO Nanmoins les dirences avec les produits pharmaceutiques sont considrables, car les mthodes dirent du MeO MeO tout au tout. Lindustrie ptrolire fabrique des produits par millions de tonnes, dans dnormes racteurs, et OH peut se permettre une puret de 90 99% (cest la chimie parfois qualie de lourde ) ; en revanche, lindustrie pharmaceutique fabrique des quantits plus petites de produits, mais se doit darriver une puret bien meilleure (chimie ne ). La premire est avant tout aujourdhui une question de racteurs performants et de catalyseurs ; la seconde est encore une science trs exprimentale, et de nombreux laboratoires de recherche sont spcialiss dans lanalyse ou la synthse de substances naturelles et/ou pharmacologiques. Le principe de base certains droits rservs de la synthse organique est de partir de molcules de petites tailles facilement disponibles (alcnes et alcools ne peut pas tre vendu lgers issus de lindustrie ptrolire, glucides issus de lindustrie agroalimentaire, etc) et de les faire ragir les uns sur les autres par des voies et des ractions bien choisies, an de construire une molcule plus grande. La chimie organique a donc pour but ultime de crer des liaisons chimiques, principalement entre atomes de carbone. N H HO NHCO2Me

Les molcules organiques comportent toujours C et H, extrmement souvent O et N, parfois S et P. Des molcules aujourdhui indispensables, mais rarement naturelles, comprennent des halognes : Cl (des insecticides), Br, I. Enn, on introduit de nouveaux atomes dans les molcules organiques : B, Si, et des mtaux comme Na, Mg, Hg, Zn, Cd, Pb. Lintroduction de ces atomes donne aux molcules des ractivits originales et permet de raliser des ractions chimiques nouvelles et impossibles sans eux. On peut voquer lexistence dun autre domaine de la chimie, appele chimie organomtallique, qui tudie des molcules organiques dans lesquelles se trouvent des atomes de mtaux de transition. Du fait de leurs nombreux degrs doxydation et de leur aptitude se lier certaines fonctions organiques, ces atomes sont prsents dans de nombreuses enzymes. Il est intressant de dresser la classication priodique des lments ayant un rle biologique (daprs Vollhardt, Organic Chemistry, Freeman, New-York, 1987) : lments indispensables tous les tres vivants connus : C, H, N, O, Mg, P (dans les molcules dADN et dARN), S (dans plusieurs acides amins essentiels), K (inux nerveux), Ca (os et carapaces), Mn, Fe (hmoglobine chez lhumain), Cu, Zn, Mo. lments indispensables au moins une espce connue (ceux qui sont souligns sont indispensables ltre humain) : F, Na (inux nerveux), Si, Cl, V, Co, Ni, As, Se, I, Pb. lments dont on pense quils ont un rle biologique : Br, Sn.
BCPST1 Nicolas Clatin septembre 2007 Chimie organique chapitre 1 : gnralits sur la chimie organique page 2

Certains droits rservs: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.0/fr/ Disponible gratuitement: http://campus.claroline.com/claroline/course/index.php?cid=NC03

2
2.1

Hydrocarbures et squelette carbon des molcules organiques.

Valence des atomes et multiplicit des liaisons.

En chimie organique, on appelle valence le nombre de liaisons quun lment engage avec ses voisins. Elle est videmment fonction de la conguration lectronique de valence de llment. Il peut en outre exister des doublets non liants. Le carbone engage 4 liaisons ; il est ttravalent. Lhydrogne ne peut engager quune seule liaison, il est monovalent. Loxygne et le soufre sont divalents, et portent deux doublets non liants. Lazote et le phosphore sont trivalents, et portent un doublet non liant. Les halognes (chlore, brome, iode) sont monovalents et portent trois doublets non liants. Les liaisons engages peuvent tre simples (1 liaison de type ), doubles (1 liaison de type et 1 liaison de type ) ou triples (1 liaison de type et 2 liaisons de type ). Les lments C, N et O peuvent engager des liaisons doubles, N et C peuvent engager des liaisons triples.

BCPST1 Fnelon O Cl Nicolas Clatin 2007

MeSSS S O O

HO O

2.2

I Classe des atomes de carbone.

Cette notion est pertinente pour les atomes de C lis par Les atomes de carbone sont NHCO2Me OH OMe diviss en quatre classes, en fonction du nombre datomes de carbone auxquels ils sont lis : un carbone primaire est li un seul autre atome de carbone, O OMe EtHN O HO un carbone secondaire est li deux autres atomes de carbone, MeO MeO un carbone tertiaire est OH trois autres atomes de carbone, li un carbone quaternaire est li quatre autres atomes de carbone.
H H C H C CH3CH3 C C CH3

O N H des liaisons simples. HO O

primaire

certains H CH3rservs H H droits quaternaire ne peut pas tre vendu

secondaire tertiaire

2.3

criture topologique des molcules organiques ; squelette.

Les molcules organiques pouvant tre complexes, il est souvent commode dutiliser lcriture topologique. Celle-ci permet de ne reprsenter que les atomes importants de la molcule. Lcriture topologique obit aux rgles suivantes : lenchainement des liaisons entre atomes de carbone est reprsent par une ligne brise ; chaque segment reprsente une liaison, dont on prcise la multiplicit (segment simple, double ou triple) ; chaque sommet de la ligne reprsente un atome de carbone ; les liaisons entre atomes de carbone et dhydrogne sont omises ; les fonctions chimiques, sil y en a, sont explicitement reprsentes. La ligne brise, qui symbolise lenchainement des atomes de carbone, reprsente le squelette carbon de la molcule. La reprsentation topologique de la molcule du paragraphe prcdent est la suivante.

BCPST1 Nicolas Clatin septembre 2007 Chimie organique chapitre 1 : gnralits sur la chimie organique page 3

Certains droits rservs: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.0/fr/ Disponible gratuitement: http://campus.claroline.com/claroline/course/index.php?cid=NC03

Les atomes dhydrogne sont omis, mais on sait quil y a autant que ncessaire pour que les atomes de carbone soient ttravalents. Le squelette peut tre linaire ou rami ; dans le premier cas, tous les atomes de carbone sont lis les uns la suite des autres, dans le second, les atomes de carbone sont rpartis sur plusieurs chaines. Dans lexemple ci-dessus, la chaine est ramie. Sil y a au moins une liaison multiple (double ou triple) ou un cycle (voir la dnition ci-aprs), la chaine est dite insature. Dans le cas contraire, elle est sature (cest le cas de lexemple ci-dessus).

2.4

Nomenclature.

Les molcules sont nommes daprs le nombre datomes de carbone de la chane principale, qui est par dnition la chaine carbone la plus longue de la molcule. La formule dun alcane non cyclique est Cn H2n+2 . nombre de C 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
HO

formule de nom de formule du lhydrocarbure lhydrocarbure substituant CH4 mthane CH3 BCPST1 Fnelon C2 H6 thane C2 H5 Nicolas Clatin 2007 C3 H8 propane C3 H7 C4 H10 butane C4 H9 C5 H12 pentane C5 H11 C6 H14 hexane C6 H13 MeSSS O C7 H16 heptane I C8 H18 O octane O O S N C9 H20 nonane H HO O OH C10 H22 OMe dcane
O OMe EtHN O

HO

nom du substituant mthyle thyle propyle butyle pentyle hexyle

O NHCO2Me

MeO Les rgles pour trouver le nom dun hydrocarbure sont les suivantes : MeO OH trouver la chaine carbone la plus longue ; la molcule prendra le nom de lhydrocarbure correspondant ; identier les substituants lis cet hydrocarbure ; donner un nom chaque substituant, et placer ces noms dans lordre alphabtique, avant le nom de lhydrocarbure ; numroter les atomes de carbone de la chaine principale en partant du bout de la chaine le plus proche dun substituant ; prciser la position de chaque substituant, en le faisant prcder du numro du carbone certains droits rservs de la chaine principale auquel il est rattach et dun tiret ; ne peut pas tre vendu quand il y a plusieurs substituants identiques, on les nomme ensemble, en faisant prcder le nom du substituant par les prxes di, tri, ttra, etc ; on prcise ensemble les numros de chaque substituant, en les sparant par une virgule ; si les substituants sont eux-mmes ramis, ils sont numrots partir du carbone li la chaine principale, et sont nomms selon les mmes rgles que le squelette carbon.

2 4 5 3 2 1 1 2 3

4 5

6 7

8 9

2,2,3-trimthylpentane

2,6,6-trimthyl-4-(1-mthylthyl)-nonane

5,8-bis-(1-mthylthyl)-dodcane

Il existe danciens noms pour les substituants. Ils sont dornavant proscrits, mais encore trs utiliss (et parfois plus commodes). titre purement culturel, en voici trois :
H3C C H3C H3C CH3 C CH3 H3C H2 C

CH CH3

isopropyle

tert-butyle

sec-butyle

BCPST1 Nicolas Clatin septembre 2007 Chimie organique chapitre 1 : gnralits sur la chimie organique page 4

Certains droits rservs: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.0/fr/ Disponible gratuitement: http://campus.claroline.com/claroline/course/index.php?cid=NC03

2.5

Hydrocarbures cycliques.

Dans certains cas, le squelette carbon est referm sur lui-mme. On dit que la molcule est cyclique. La formule gnrale des alcanes cycliques est Cn H2n . Un cycle correspond donc une insaturation.

cyclopropane

cyclobutane

cyclopentane

cyclohexane

mthylcyclohexane

Il existe des composs comportant plusieurs cycles, qui peuvent ou non tre accols (avoir deux atomes voisins en communs) ou ponts (avoir deux atomes non voisins communs).

BCPST1 Fnelon Nicolas Clatin 2007

HO

cholestrol
S OMe OH

MeSSS O O O O O

camphre
O NHCO2Me N H HO

HO

2.6

OMe Conjugaison et hydrocarbures aromatiques. EtHN O HO

MeO Par dnition, deux MeO liaisons doubles sont dites conjugues si elles sont spares par une seule liaison simple. OH 2 doubles liaisons conjugues ; la vitamine A en possde 5. Par exemple, le butadine possde

certains droits rservs ne peut pas tre vendu

butadine vitamine A

OH

Un cas particulier de molcules cycliques est celui des molcules cycliques ayant 4n+2 lectrons conjugus. Ces molcules sont dites aromatiques (il existe toute une classe de molcules odorantes qui contiennent un ou plusieurs cycles aromatiques), par opposition aux autres, qui sont dites aliphatiques. Lexemple retenir est celui du benzne C6 H6 , cycle 6 atomes de carbone et qui possde 3 doubles liaisons conjugues ; on peut en crire deux formules de Lewis quivalentes (formes msomres), et on le symbolise parfois laide dun cercle inscrit dans le cycle, pour rappeler que 6 lectrons sont rpartis sur les 6 liaisons.

Les composs aromatiques, bien que possdant des doubles liaisons dans lcriture de Lewis, ne doivent absolument pas tre assimils des alcnes. Les ractivits de ces deux familles de composs sont direntes
Les phnomnes de conjugaison et daromaticit feront lobjet dun chapitre spcique dans la partie du cours Atomes et molcules .
BCPST1 Nicolas Clatin septembre 2007 Chimie organique chapitre 1 : gnralits sur la chimie organique page 5

Certains droits rservs: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.0/fr/ Disponible gratuitement: http://campus.claroline.com/claroline/course/index.php?cid=NC03

3
3.1

Fonctions chimiques.
Dnition.

On peut substituer un ou plusieurs atomes dhydrogne de la chaine carbone dun alcane, des groupes chimiques comportant des htroatomes (atomes autres que C et H). Ces groupes sont appels des fonctions chimiques. Par exemple, lthanol comporte un squelette thane (cest--dire quil comporte deux atomes de carbone comme lthane), et une fonction alcool -OH (autrement dit, cest comme si on avait remplac un H de lthane par un OH).
squelette de l'thane
H2 C H2 C

H3C

H3C

fonction alcool

BCPST1 Fnelon Nicolas Clatin des En criture topologique, on prcise intgralement les atomes2007 fonctions chimiques. Quelques exemples de fonctions chimiques sont donns dans les paragraphes suivants. Il en existe (plein) dautres. Elles sont ranges par valence, cest--dire par le nombre datomes dhydrogne quelles remplacent formellement dans lalcane correspondant.
O MeSSS S O O O HO O NHCO2Me I

3.2

Fonctions monovalentes.
O MeO C X OH OMe

O Les fonctions monovalentes remplacent 1OMe atomeOH dhydrogne. Par extension, on y classe les alcnes. HO EtHN MeO C Mg X C OH C C O

N H HO

halognoalcane

organomagnsien

alcool

alcne

certains droits rservs ne peut pas tre vendu

C O C C N C NO2

theroxyde

amine

driv nitr

3.3

Fonctions divalentes.

Elles se substituent deux atomes dhydrogne. Il peut sagir de 2 fonctions monovalentes sur le mme carbone. Par extension, on y classe les alcynes.

O C H

O C

N C C C

aldhyde

ctone

imine

alcyne

BCPST1 Nicolas Clatin septembre 2007 Chimie organique chapitre 1 : gnralits sur la chimie organique page 6

Certains droits rservs: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.0/fr/ Disponible gratuitement: http://campus.claroline.com/claroline/course/index.php?cid=NC03

3.4

Fonctions trivalentes.

Elles se substituent 3 atomes dhydrogne ; il sagit principalement des acides carboxyliques et des fonctions qui en drivent.
O O C OH O C O O C O O C O C Cl C N C N

acide carboxylique

ester

anhydride dacide

chlorure dacyle

amide

nitrile

3.5

Fonctions ttravalentes.

Elles sont moins frquentes. titre purement informatif, on peut citer : BCPST1 Fnelon Nicolas Clatin 2007
O O C O OO I N C N MeSSS O OH EtHN MeO O HO O NHCO2Me

carbonate S
OMe

N H HO

ure

O O

3.6

HO Nomenclature des fonctions chimiques. MeO

OMe

La fonction principale de OH molcule est celle de plus grande valence. Une molcule qui possde un groupe la alcool et un groupe acide carboxylique sera donc considre comme un acide carboxylique. Les autres fonctions sont traites comme des substituants. chaque type de fonction correspond une dsinence correspondant au cas o elle est fonction principale et une au cas o elle est substituant. fonction halognoalcane alcool theroxyde amine alcne aldhyde ctone alcyne acide carboxylique ester

certains droits rservs ne peut pas tre vendu nom en tant que fonction principale nom en tant que substituant halognoalcane halognoalcanol hydroxyalcoxyalcane -oxaalcanamine aminoalcne -nalcanal -oxoalcanone -oxoalcyne -ynacide alcanoque alcanoate dalkyle

Il faut savoir nommer les molcules simples comportant une fonction chimique au programme. Les noms systmatiques devenant illisibles ds que le nombre datomes et de fonctions chimiques dans la molcule devient grand, on utilise frquemment un nom trivial (exemple : vitamine A) accompagn dun schma (qui vaut mieux quun nom rallonges). Quatre exemples pour sentrainer :
3 OH 4 OH H 1

3 4 2

butan-1-ol

butan-2-ol

butanal

butanone

BCPST1 Nicolas Clatin septembre 2007 Chimie organique chapitre 1 : gnralits sur la chimie organique page 7

Certains droits rservs: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.0/fr/ Disponible gratuitement: http://campus.claroline.com/claroline/course/index.php?cid=NC03

On remarque quil y a deux butanols possibles ; dans lun, la fonction alcool est en bout de chane, dans lautre elle est en milieu de chaine. Dans ce cas, on numrote les atomes de carbone de la chaine en partant du carbone portant la fonction prioritaire, si celle-ci est en n de chaine (aldhyde, acide...), ou de sorte attribuer le plus petit numro possible la fonction principale ; dans le nom, on place le numro juste avant le suxe dsignant la fonction. Pour le butanal, aucune prcision nest ncessaire car la fonction aldhyde est toujours en bout de chane ; pour la butanone, la fonction est ncessairement en position 2, donc il ny aucune ambigut possible. On donne trois autres exemples simples.
O O OH OH

pentan-2-one

acide 2-mthylbutanoque

3-mthylbutan-2-ol

BCPST1 Fnelon Lorsquune mme fonction chimique apparait plusieurs fois, on utilise les prxes di-, tri-, ttra-, etc, prcds Nicolas est une molcule comportant deux fonctions ctone. Clatin 2007 des positions o se situent les fonctions. Ainsi une dione
O OH O I O HO S MeSSS O OH O O HO HO O O NHCO Me O OH

acide 2-oxo-propanoque
HO O MeO OH OMe

but-2-n-1,4-diol OH OMe
EtHN

N H HO O

acide O

2 2-mthylpent-2-n-dioque

3.7

Htrocycles.

MeO

Les htrocyles sont des composs cycliques dont lun des atomes du cycle nest pas un carbone. Il existe des htrocycles azots, oxygns, soufrs, phosphors. Les htrocycles de base sont les suivants.

certains droits rservs ne peut pas tre vendu

O N H S

oxirane

pyridine

furane

pyrrole

thiophne

NH O

N H

oxtane

pipridine

ttrahydrofurane

pyrrolidine

1,4-dioxane

Leur importance est considrable puisquils apparaissent dans normment de composs naturels : certains acides amins essentiels sont des htrocycles amins (proline, histidine, tryptophane), ainsi que les bases azotes des acides nucliques (ADN et ARN).
H2N HN H N OH O CO2H N N H N NH2 N

proline

tryptophane

adnine

BCPST1 Nicolas Clatin septembre 2007 Chimie organique chapitre 1 : gnralits sur la chimie organique page 8

Certains droits rservs: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.0/fr/ Disponible gratuitement: http://campus.claroline.com/claroline/course/index.php?cid=NC03

Ils sont aussi prsents dans des alcalodes (composs amins ayant frquemment une action psychotrope), dans des antibiotiques, etc.
H N H N N O O OH O N S

nicotine

pnicilline G

On trouve enn des molcules htrocycliques comportant un atome mtallique au centre de la cavit forme par le cycle. Cest le cas de la cobalamine (vitamine B12). La voil, histoire de se donner le frisson du chimiste...
HO OH

BCPST1 Fnelon Nicolas Clatin 2007

N N I NH2

N N

O MeSSS O O CH3 O N CONH2 H HO CH3 O CONH2

O H2NOCS OMe H OH

HO O NHCO2Me

HO MeO

O OH

OMe H2NOC H3C H3C H H2NOC H

H O EtHN N MeO Co H N CH3 CH3 H

CH3 O

CONH2

NH H3C H O

N certains droits rservs ne peut O tre vendu pas O P O O OH N

CH3

Pour la petite histoire, elle a t synthtise pour la premire fois au dbut des annes 70 conjointement par lquipe du professeur Woodward et celle du professeur Eschenmoser, aprs une dizaine dannes de travail. Cette molcule contient un nombre non ngligeable datomes de carbone asymtriques, et si un seul dentre eux na pas la bonne conguration, la molcule na aucune activit biologique, ce qui rend sa synthse particulirement dlicate. Woodward est un grand chimiste organicien contemporain ; son quipe a ralis nombre de synthses qui ont fait date dans lhistoire de la chimie organique, en particulier celle-ci. Woodward est galement connu dans dautres domaines ; il a t lun des premiers appliquer la chimie les principes de la physique quantique (thorie des orbitales molculaires). Des rgles concernant la photochimie (ractions chimiques ralises laide dirradiation lumineuse) portent son nom (rgles de Woodward et Homann, un autre grand nom de la chimie). Il a t rcompens par le prix Nobel de chimie en 1965 pour ses travaux de synthse (Homann a empoch en 1981 le Nobel pour les rgles de Woodward et Homann, mais Woodward ne la pas eu une deuxime fois car il tait mort entre temps). Bref, un exemple suivre pour tous ceux qui rvent de gloire en chimie...

BCPST1 Nicolas Clatin septembre 2007 Chimie organique chapitre 1 : gnralits sur la chimie organique page 9