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ADMINISTRACION DE ARCHIVOS Un Archivo es un conjunto de elementos de informacin relacionados entre si y que fueron definidos por su creador. Por lo general, los archivos representan datos y programas. Un archivo de datos puede ser numrico, alfabtico o binario. Los archivos pueden ser de formato libre, como los archivos de texto, o pueden estar rigurosamente formateados. En general, un archivo es una secuencia de bits, bytes, lneas o registros cuyo significado es definido por el creador del archivo y por el usuario. Un archivo se puede manipular como una unidad mediante operaciones tales como abrir, cerrar, crear, destruir, copiar, renombrar y listar. Los elementos de informacin individuales que conforman un archivo se pueden manipular con acciones tales como leer, escribir, modificar y eliminar. De acuerdo a las caractersticas y tipo de trabajo que se realicen sobre los archivos, estos pueden caracterizarse por su: Volatilidad, Actividad y Tamao. VOLATILIDAD. Se refiere a la frecuencia con la que se inserta o elimina informacin. ACTIVIDAD. Se refiere al porcentaje de los elementos de informacin de un archivo al que se tuvo acceso en un periodo de tiempo dado. TAMAO. Se refiere a la cantidad de informacin que conforma el archivo. ARCHIVO FISICO. La informacin vista desde la perspectiva de hardware. Por ejemplo, el archivo 1 est formado por los sectores 3, 10 y 15 del archivo. Otro ejemplo: el archivo X es la secuencia de bytes localizados en la RAM en el bloque 0A703h:03000h al 0A703h:04200h. ARCHIVO LOGICO. Son datos cuyo significado esta definido por el usuario. Ejemplo, el archivo Y es la informacin de 1000 artculos, cada uno con su cdigo, descripcin y precio. Generalmente, un archivo lgico se representa de manera tabular. EL SISTEMA DE ARCHIVOS DE UN SISTEMA OPERATIVO.

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Lo conforman todas aquellas rutinas encargadas de administrar todos los aspectos relacionados con el manejo de Archivos. COMPONENTES DEL SISTEMA DE ARCHIVOS. En general, un Sistema de Archivos est compuesto por: Mtodos De Acceso, Administracin De Archivos, Administracin De Almacenamiento Secundario, Mecanismos De Integridad. Mtodos De Acceso. Se ocupan de la manera en que se tendr acceso a la informacin almacenada en el archivo. Ejemplo: Secuencial, Directo, indexado, etc. Administracin De Archivos. Se ocupa de ofrecer los mecanismos para almacenar, compartir y asegurar archivos, as como para hacer referencia a ellos. Administracin De Almacenamiento Secundario. Se ocupa de asignar espacio para los archivos en los dispositivos de almacenamiento secundario. Mecanismos De Integridad. Se ocupan de garantizar que no se corrompa la informacin de un archivo, de tal manera que solo la informacin que deba estar en el, se encuentre ah. ORGANIZACIN DE ARCHIVOS. Se refiere a las diferentes maneras en las que puede ser organizada la informacin de los archivos, as como las diferentes maneras en que sta puede ser accesada. Dado que hay 2 niveles de visin de los archivos (fsico y lgico), se puede hablar tambin de 2 aspectos de organizacin de archivos: Organizacin de archivos lgicos y de archivos fsicos. DE ARCHIVOS LOGICOS. Contempla la organizacin desde el punto de vista lgico. Por ejemplo, secuencial, directo, etc. DE ARCHIVOS FISICOS. Contempla la administracin de archivos desde la perspectiva fsica, particularmente la organizacin del almacenamiento en disco a nivel de pistas y sectores. Este tipo de organizacin muestra a su vez, 2 aspectos importantes: Mtodos De Asignacin De Espacio Libre y Asignacin De Espacio De Almacenamiento Del Archivo. METODOS DE ASIGNACION DE ESPACIO LIBRE Un mtodo de asignacin de espacio libre determina la manera en que un Sistema Operativo controla los lugares del disco que no estn siendo ocupados. Para el control del espacio libre se puede utilizar como base alguno de los mtodos tericos: Vector de Bits, Lista Ligada, Por Agrupacion y por Contador. VECTOR DE BITS

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Se tiene un arreglo de bits, el nmero de bits que tiene, representa cada sector del disco, o sea que si los sectores 10 y 11 estn ocupados su representacion ser:

SISTEMA DE ARCHIVOS Un sistema de archivos son los mtodos y estructuras de datos que un sistema operativo utiliza para seguir la pista de los archivos de un disco o particin; es decir, es la manera en la que se organizan los archivos en el disco. El trmino tambin es utilizado para referirse a una particin o disco que se est utilizando para almacenamiento, o el tipo del sistema de archivos que utiliza. As uno puede decir tengo dos sistemas de archivo refirindose a que tiene dos particiones en las que almacenar archivos, o que uno utiliza el sistema de archivos extendido, refirindose al tipo del sistema de archivos. La diferencia entre un disco o particin y el sistema de archivos que contiene es importante. Unos pocos programas (incluyendo, razonablemente, aquellos que crean sistemas de archivos) trabajan directamente en los sectores crudos del disco o particin; si hay un archivo de sistema existente all ser destruido o corrompido severamente. La mayora de programas trabajan sobre un sistema de archivos, y por lo tanto no utilizarn una particin que no contenga uno (o que contenga uno del tipo equivocado). Antes de que una particin o disco sea utilizada como un sistema de archivos, necesita ser iniciada, y las estructura de datos necesitan escribirse al disco. Este proceso se denomina construir un sistema de archivos.

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La mayora de los sistema de archivos UNIX tienen una estructura general parecida, aunque los detalles exactos pueden variar un poco. Los conceptos centrales son superbloque, nodo-i, bloque de datos, bloque de directorio, y bloque de indireccin. El superbloque tiene informacin del sistema de archivos en conjunto, como su tamao (la informacin precisa aqu depende del sistema de archivos). Un nodo-i tiene toda la informacin de un archivo, salvo su nombre. El nombre se almacena en el directorio, junto con el nmero de nodo-i. Una entrada de directorio consiste en un nombre de archivo y el nmero de nodo-i que representa al archivo. El nodo-i contiene los nmeros de varios bloques de datos, que se utilizan para almacenar los datos en el archivo. Slo hay espacio para unos pocos nmeros de bloques de datos en el nodo-i; en cualquier caso, si se necesitan ms, ms espacio para punteros a los bloques de datos son colocados de forma dinmica. Estos bloques colocados dinmicamente son bloques indirectos; el nombre indica que para encontrar el bloque de datos, primero hay que encontrar su nmero en un bloque indirecto. Los sistemas de archivos UNIX generalmente nos permiten crear un agujero en un archivo (esto se realiza con la llamada al sistema lseek(); compruebe su pgina de manual), lo que significa que el sistema de archivos simplemente intenta que en un lugar determinado en el archivo haya justamente cero bytes, pero no existan sectores del disco reservados para ese lugar en el archivo (esto significa que el archivo utilizar un poco menos de espacio en disco). Esto ocurre frecuentemente en especial para pequeos binarios, libreras compartidas de Linux, algunas bases de datos, y algunos pocos casos especiales. (los agujeros se implementan almacenando un valor especial en la direccin del bloque de datos en el bloque indirecto o en el nodo-i. Esta direccin especial indica que ningn bloque de datos est localizado para esa parte del archivo, y por lo tanto, existe un agujero en el archivo). JERARQUIA DE ARCHIVOS / /bin /boot /dev /etc La raz, que contiene los directorios principales. Contiene los ejecutables necesarios para el sistema, utilizados por todos los usuarios. Contiene los archivos de carga para el kernel, incluyendo el cargador de la rutina de arranque. Contiene los puntos de entrada para los dispositivos. Contiene los archivos de configuracin que se necesitan para la administracin del sistema (archivos passwd, group, inittab, ld.so.conf, lilo.conf, etc.) /etc/X11 Contiene los archivos especficos para la configuracin de X (contiene, por ejemplo: XF86Config) Contiene los directorios personales del usuario. En lo que respecta a los directorios ubicados en /home, stos pretenden alojar los archivos del usuario en el sistema. Se le aconseja dedicar una particin especial para el

/home

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directorio de arranque (/boot) de manera que pueda limitar el dao en caso de saturacin de espacio en el disco. /lib /mnt Contiene bibliotecas estndares que se comparten con las diferentes aplicaciones del sistema. Hace posible alojar los puntos de montaje de las particiones temporales (CD-ROM, disquete, etc.) Fusiona un conjunto de archivos virtuales y hace posible la obtencin de informacin sobre el sistema o sobre los procesos que se estn ejecutando. Directorio personal de administracin Root. El directorio de administracin personal se encuentra aislado de los otros directorios personales ya que se encuentra ubicado en la particin de la raz. As, ste se puede cargar al inicio, antes del montaje de la particin /home. Contiene los ejecutables esenciales del sistema (por ejemplo, el comando adduser). Contiene archivos temporales. Jerarqua secundaria. /usr/X11R6 /usr/X386 /usr/bin /usr/include /usr/lib /usr/local /usr/local/bin Este directorio se reserva para el sistema X versin 11 edicin 6. Utilizado anteriormente por X versin 5, es un enlace simblico a /usr/X11R6. Contiene la mayor parte de los archivos binarios y los comandos del usuario. Contiene los archivos de cabecera para los programas C y C++. Contiene la mayora de las bibliotecas compartidas del sistema. Contiene datos que pertenecen a los programas instalados en la mquina local por Root. Binarios para programas locales.

/proa

/root

/sbin /tmp /usr

/usr/local/include Archivos de cabecera locales para C y C++. /usr/local/lib Bibliotecas locales compartidas.

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/usr/local/sbin /usr/local/share /usr/local/src /usr/sbin /usr/share /usr/src

Binarios del sistema local. Jerarqua independiente. Archivos locales de fuente. Contiene los archivos binarios que no son fundamentales para el sistema y que estn reservados para el administrador del sistema. Reservado para datos independientes de la arquitectura. Contiene archivos del cdigo fuente. Contiene datos editables, como por ejemplo, archivos de bases de datos, registros, archivos para un gestor de colas de impresin o incluso archivos para la espera del correo electrnico.

/var

TIPOS DE ARCHIVOS En computacin existen bsicamente dos tipos de archivos, los archivos ascii y los archivos binarios. El vocablo ascii es un acrnimo para American Standard Code for Information Interchange. Es un estndar que asigna un valor numrico a cada carcter, con lo que se pueden representar los documentos llamados de Texto Plano, es decir, los que son legibles por seres humanos. Los archivos binarios son todos los dems. Como ejemplos tenemos: Archivos binarios:

De imagen: .jpg, .gif, .tiff, .bmp (Portable bitmap), .wmf (Windows Meta File), .png (Portable Network Graphics), .pcx (Paintbrush); entre muchos otros De video: .mpg, .mov, .avi, .gif Comprimidos o empaquetados: .zip, .Z, .gz, .tar, .lhz Ejecutables o compilados: .exe, .com, .cgi, .o, .a Procesadores de palabras: .doc

Archivos ascii

Archivos fuente: .f, .c, .p Formatos de texto: .tex, .txt, .html Formatos de intercambio: .rtf, .ps, .uu

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Dentro de los archivos ASCII de uso comn por los programas de bioinformtica estn los siguientes:

De secuencias: .seq De secuencias mltiples: .aln, .msf (Multiple Sequence Format, secuencias alineadas), .rsf (Rich Sequence Format, estos archivos pueden incluir una o ms secuencias relacionadas o no).

INTERFAZ DE USUARIO Interfaz de usuario

Las interfaces bsicas de usuario son aquellas que incluyen elementos como mens, ventanas, teclado, ratn, los beeps y algunos otros sonidos que la computadora hace, y en general, todos aquellos canales por los cuales se permite la comunicacin entre el ser humano y la computadora. La mejor interaccin humano-mquina a travs de una adecuada interfaz (Interfaz de Usuario), que le brinde tanto comodidad, como eficiencia. Tipos de interfaces de usuario

Dentro de las Interfaces de Usuario se puede distinguir bsicamente tres tipos: A) Una interfaz de hardware, a nivel de los dispositivos utilizados para ingresar, procesar y entregar los datos: teclado, ratn y pantalla visualizadora. B) Una interfaz de software, destinada a entregar informacin acerca de los procesos y herramientas de control, a travs de lo que el usuario observa habitualmente en la pantalla. C) Una interfaz de Software-Hardware, que establece un puente entre la mquina y las personas, permite a la mquina entender la instruccin y a el hombre entender el cdigo binario traducido a informacin legible. [editar]Funciones principales

Sus principales funciones son las siguientes: Puesta en marcha y apagado. Control de las funciones manipulables del equipo. Manipulacin de archivos y directorios. Herramientas de desarrollo de aplicaciones. Comunicacin con otros sistemas.

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Informacin de estado. Configuracin de la propia interfaz y entorno. Intercambio de datos entre aplicaciones. Control de acceso. Sistema de ayuda interactivo. Tipos de interfaces de usuario Segn la forma de interactuar del usuario Atendiendo a como el usuario puede interactuar con una interfaz, nos encontramos con varios tipos de interfaces de usuario: Interfaces alfanumricas (intrpretes de comandos) que solo presentan texto. Interfaces grficas de usuario (GUI, graphic user interfaces), las que permiten comunicarse con el ordenador de una forma muy rpida e intuitiva representando grficamente los elementos de control y medida. Interfaces tctiles, que representan grficamente un "panel de control" en una pantalla sensible que permite interactuar con el dedo de forma similar a si se accionara un control fsico. Segn su construccin Pueden ser de hardware o de software: Interfaces de hardware: Se trata de un conjunto de controles o dispositivos que permiten que el usuario intercambie datos con la mquina, ya sea introducindolos (pulsadores, botones, teclas, reguladores, palancas, manivelas, perillas) o leyndolos (pantallas, diales, medidores, marcadores, instrumentos). Interfaces de software: Son programas o parte de ellos, que permiten expresar nuestros deseos al ordenador o visualizar su respuesta.

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SISTEMAS DE ARCHIVOS VISTOS POR EL USUARIO Los usuarios y aplicaciones desean usar los archivos. Las operaciones tpicas que deben soportarse incluyen las siguientes: 1. Recuperar Todo ( Retrieve_all):Recuperar todos los registros de un archivo. Esto va a requerir de una aplicacin que deba procesar toda la informacin de un archivo una vez.. Esta opcion es usualmente equivalente con el termino de sequential proccessing, ( proceso secuencial), porque todos los registros son accedidos en secuencia. 2. Recuperar_Uno (Retrieve_One): Esta operacion requiere la recuperacin de un solo un registro. Las soluciones interactivas orientadas a la transaccin necesitan esta operacin. 1. Recuperar_siguiente (Retrieve_Next): Esta operacin implica la recuperacin del registro que es el siguiente ,segn una secuencia lgica, el recuperado hace menos tiempo. Un programa que realice bsquedas puede usar tambin esta operacin. 2. Recuperar Previo (Retrieve_Previous): Es similar a Recuperar Siguiente, pero en este caso el registro que es "previo" al que se esta accediendo en el momento actual. 3. Insertar Uno (Insert One): Inserta un nuevo registro dentro del archivo. Es necesario que el nuevo registro se ajuste a una posicin particular para preservar la secuencia del archivo. 4. Borrar uno (Delete One): Borra un registro existente. Ciertos enlaces o otras estructuras puede que necesiten actualizarse para preservar la secuencia del archivo. 1. Actualizar Uno ( Update_one): Recupera un registro o actualiza uno o ms de sus campos, y rescribe la actualizacin en el archivo. Es necesario preservar la secuencia con esta operacin. S el tamao del registro esta cambiado, la operacin de actualizacin es ms difcil si el tamao es preservado. 2. 1. Recuperar Varios (Retrieve_ Few): Recupero un numero de registros. La naturaleza de las operaciones que comnmente se ejecutan. sobre un archivo va a influenciar sobre el modo en que se va a organizar el mismo.

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SERVIDORES DE ARCHIVOS Un servidor de archivos es diferente a una computadora personal (PC). El servidor se encarga de almacenar archivos en una ubicacin centralizada permitiendo el acceso de muchos ordenadores. Teniendo un servidor de archivos, los usuarios pueden trabajar y tener acceso a documentos sin tener que llevar un disco. Los privilegios de acceso pueden ser restringidos a invitados o usuarios registrados. Este tipo de servidor es el ms comun de los servidores en pequeas, medianas y grandes empresas. Adems de servir como un repositorio centralizado, facilita las estrategias de backup centralizada (un solo lugar para hacer backup a los archivos) y la implementacion de seguridad (dependiendo en el sistema operativo, los individuos pueden ser asignados con diferentes derechos de acceso para almacenar informacin) Linux trabaja muy bien como sistema de archivos de red. Incluye un software llamado Samba que permite que los archivos puedan ser vistos y editados por Windows 95/98/ME/2000/XP/NT/Win 2003 o Macintosh. En realidad, Ud. se podra hacer uso de un sistema de archivos Linux, igual que con un sistema Windows NT. Todo lucir de la misma manera para sus usuarios y adems no requiere de licencias. Beneficios: Los backups son centralizados, lo que le brinda rapidez y eficiencia. Si Ud. inadvertidamente borra un archivo importante, puede restaurarlo de un cinta de backup. Adems, si tiene una falla de disco duro los archivos que guard seran recuperados rapidamente.

Los archivos pueden ser compartidos. Varias personas pueden estar trabajando en un documento. Guardar el archivo en un directorio compartido permite que cada persona trabaje colaborativamente. Si usa varias PCs durante su trabajo, los archivos en el servidor estn disponibles en cualquier PC. Por que unirse a Linux si todo es lo mismo? Performance Nuestra experiencia ha demostrado que Linux trabaja de mejor manera como Servidor de Archivos que los Sistemas NT o Windows 2000, incluso con Linux en Hardware antiguo. Y desde que Linux fue diseado para ser un Sistema Operativo robusto, centra sus recursos de hardware en procesar las peticiones de usuarios dandoles prioridad sobre las peticiones de Sistema Operativo. Confiabilidad Los servidores Linux se mantienen meses y aos. Ofrecen una arquitectura robusta que le permite tener sus archivos disponibles la mayor cantidad de tiempo.

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MECANISMO DE PROTECCION DE ARCHIVOS Dominios de Proteccin Muchos objetos del sistema necesitan proteccin, tales como la cpu, segmentos de memoria, unidades de disco, terminales, impresoras, procesos, archivos, bases de datos, etc. Cada objeto se referencia por un nombre y tiene habilitadas un conjunto de operaciones sobre l. Un dominio es un conjunto de parejas (objeto, derechos): Cada pareja determina: Un objeto. Un subconjunto de las operaciones que se pueden llevar a cabo en l. Un derecho es el permiso para realizar alguna de las operaciones. Es posible que un objeto se encuentre en varios dominios con distintos derechos en cada dominio. Un proceso se ejecuta en alguno de los dominios de proteccin: Existe una coleccin de objetos a los que puede tener acceso. Cada objeto tiene cierto conjunto de derechos. Los procesos pueden alternar entre los dominios durante la ejecucin. Una llamada al S. O. provoca una alternancia de dominio. En algunos S. O. los dominios se llaman anillos. Una forma en la que el S. O. lleva un registro de los objetos que pertenecen a cada dominio es mediante una matriz: Los renglones son los dominios. Las columnas son los objetos. Cada elemento de la matriz contiene los derechos correspondientes al objeto en ese dominio, por ej.: leer, escribir, ejecutar. Listas Para Control de Acceso Las matrices de proteccin son muy grandes y con muchos lugares vacos: Desperdician espacio de almacenamiento. Existen mtodos prcticos que almacenan solo los elementos no vacos por filas o por columnas. La lista de control de acceso (ACL: access control list): Asocia a cada objeto una lista ordenada con: Todos los dominios que pueden tener acceso al objeto. La forma de dicho acceso (ej: lectura , grabacin (w), ejecucin (x)). Una forma de implementar las ACL consiste en: Asignar tres bits (r, w, x) para cada archivo, para: El propietario, el grupo del propietario y los dems usuarios. Permitir que el propietario de cada objeto pueda modificar su ACL en cualquier momento: Permite prohibir accesos antes permitidos.

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Posibilidades La matriz de proteccin tambin puede dividirse por renglones: Se le asocia a cada proceso una lista de objetos a los cuales puede tener acceso. Se le indican las operaciones permitidas en cada uno. Esto define su dominio. La lista de objetos se denomina lista de posibilidades y los elementos individuales se llaman posibilidades. Cada posibilidad tiene: Un campo tipo: Indica el tipo del objeto. Un campo derechos: Mapa de bits que indica las operaciones bsicas permitidas en este tipo de objeto. Un campo objeto: Apuntador al propio objeto (por ej.: su nmero de nodo-i). Las listas de posibilidades son a su vez objetos y se les puede apuntar desde otras listas de posibilidades; esto facilita la existencia de subdominios compartidos. Las listas de posibilidades o listas-c deben ser protegidas del manejo indebido por parte del usuario. Los principales mtodos de proteccin son: Arquitectura marcada: Necesita un diseo de hardware en el que cada palabra de memoria tiene un bit adicional: Indica si la palabra contiene una posibilidad o no. Solo puede ser modificado por el S. O. Lista de posibilidades dentro del S. O.: Los procesos hacen referencia a las posibilidades mediante su nmero. Lista de posibilidades cifrada dentro del espacio del usuario: Cada posibilidad est cifrada con una clave secreta desconocida por el usuario. Muy adecuado para sistemas distribuidos. Generalmente las posibilidades tienen derechos genricos aplicables a todos los objetos, por ej.: Copiar posibilidad: Crear una nueva posibilidad para el mismo objeto. Copiar objeto: Crear un duplicado del objeto con una nueva posibilidad. Eliminar posibilidad: Eliminar un dato dentro de la lista-c sin afectar al objeto. Destruir objeto: Eliminar en forma permanente un objeto y una posibilidad. Muchos sistemas con posibilidades se organizan como una coleccin de mdulos con mdulos administradores de tipos para cada tipo de objeto y entonces es esencial que el mdulo administrador de tipos pueda hacer ms cosas con la posibilidad que un proceso ordinario. Se utiliza la tcnica de amplificacin de derechos: Los administradores de tipo obtienen una plantilla de derechos que les da ms derechos sobre un objeto de los que permita la propia lista de posibilidades. Modelos de Proteccin Las matrices de proteccin no son estticas sino dinmicas. Se pueden identificar seis operaciones primitivas en la matriz de proteccin: Crear objeto. Eliminar objeto. Crear dominio.

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Eliminar dominio. Insertar derecho. Eliminar derecho. Las primitivas se pueden combinar en comandos de proteccin, que pueden ser ejecutados por los programas del usuario para modificar la matriz de proteccin. En cada momento, la matriz de proteccin determina lo que puede hacer un proceso en cualquier momento; no determina lo que no est autorizado a realizar. La matriz es impuesta por el sistema. La autorizacin tiene que ver con la poltica de administracin. Control de Acceso Por Clases de Usuarios Una matriz de control de acceso puede llegar a ser tan grande que resulte imprctico mantenerla. Una tcnica que requiere menos espacio es controlar el acceso a varias clases de usuarios. Un ejemplo de esquema de clasificacin es el siguiente: Propietario: Suele ser el usuario que cre el archivo. Usuario especificado: El propietario especifica quin ms puede usar el archivo. Grupo o proyecto: Los diferentes miembros de un grupo de trabajo sobre un proyecto, acceden a los diferentes archivos relacionados con el proyecto. Pblico: Un archivo pblico puede ser accedido por cualquier usuario de la computadora. Generalmente permite leer o ejecutar pero no escribir sobre el archivo. LLAMDAS AL SISTEMA (SYSTEM CALL) Es el mecanismo usado por una aplicacin para solicitar un servicio al sistema operativo.

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Las llamadas al sistema proveen una interfaz entre los procesos y el Sistema de Operacin. Por lo general estas llamadas se encuentran disponibles como instrucciones en lenguaje ensamblable. En algunos sistemas podemos realizar llamadas al sistema desde programas en lenguajes de alto nivel, en cuyo caso se asemejan a llamadas a funciones o procedimientos.

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