ANALISIS BUTANA
Tujuan :
Minimisasi energi konformasi butana dengan menggunakan medan gaya
(Force Field) MM+.
Latar Belakang :
Minimisasi energi mengubah geometri dari molekul ke energi yang lebih
rendah dari suatu sistem dan untuk menghasilkan konformasi yang lebih stabil.
Selama berlangsungnya minimisasi , akan dicari suatu struktur molekul yang tidak
mengalami perubahan energi jika geometri molekul diubah dengan besaran tertentu.
Hal ini berarti bahwa turunan dari energi sebagai fungsi koordinat kartesian –yang
sering disebut gradient- berharga nol. Keadaan ini disebut sebagai titik stasioner pada
permukaan energi potensial.
Jika perubahan kecil pada parameter geometri akan menaikkan energi molekul,
konformasi relatif stabil dan posisi ini dinamakan dengan minimum. Jika energi lebih
rendah dengan perubahan kecil pada satu atau lebih dimensi tertentu, tetapi tidak pada
semua dimensi, dinamakan saddle point. Sistem molekul dapat mempunyai beberap
keadaan minimum. Satu dari keadaan minimum yan gpaling rendah energinya disebut
minimum global dan keadaan yang lain dinamakan dengan minimum lokal. Dengan
perhitungan energi untuk 6 titik stasioner dari butana, dapat dibandingkan harga
energi untuk menentukan konformasi energi pada minimum global.
Prosedur
a. Pemilihan medan gaya
Sebelum menggambarkan dan menjalankan optimisasi dengan mekanika
molekular, kita harus memilih medan gaya mekanika molekular yagn tersedia
pada program HyperChem. Medan gaya berisi jenis atom dan parameter yang
harus ditandakan pada molekul sebelum kita menjalankan perhitungan
mekanika molekular. Sebagai contoh, kita memilih medan gaya MM+.
Untuk memilih medan gaya (1) pilih Molekular Mechanics pada menu Setup,
(2) jika kotak dialog muncul, pilih MM+.
b. Menggambar butana
Bentuk butana pertama yang harus dibuat adalah bentuk eklips yaitu sudut
dihedral CCCC sebesar 0o. Untuk membuat bentuk eklips dilakukan langkah
sebagai berikut :
1. Atur Default Element pada karbon dan dapatkan dalam mode Draw.
2. Atur level pilihan pada atoms.
3. Pilih Labels pad amenu Display dan beri label atom dengan nomor.
4. Yakinkan bahwa Explicit Hydrogens pad akeadaan tidak aktif (pada
menu Build.
5. Gambarkan struktur 2D dengan mengklik dan menggeser sedemikian
hingga keempat karbon terhubungkan.
6. Pilih Add H & Model Build pada menu Build.
Model Builder akan membentuk konformasi anti dari butana sebagai
struktur default dengan sudut dihedral CCCC sebesar 180o. Kita ingin
mengubahnya menjadi sudut 0o dengan cara berikut :
7. Kembali ke dalam mode Selection
8. Yakinkan bahwa Multiple Selection dalam keadaan aktif.
9. Pilih sudut torsi 4-atom dengan memilih ikatan dengan urutan 1-2, 2-3
dan 3-4.
10. Pilih pengaturan Bond Torsion pada menu Build, dan atur Bond
Torsion pada 0o dan tekan OK.
11. R-klik pada area yang kosong pada bidang kerja.
12. Klik ganda pada Selection sebagai ganti dari Model Builder.
HyperChem akan menentukan struktur baru dengan bond torsion
sesuai yang telah ditentukan.
c. Optimasi struktur
Langkah berikutnya adalah meminimisasi struktur dengan menjalankan
optimasi mekanika molekul dengan melakukan langkah berikut :
13. Pilih Compute.
14. Pilih Single Point
15. L-klik pada OK untuk menutup kotal dialog dan memulai perhitungan.
Perhitungan dimulai dan informasi tentang akan muncul di baris status.
Setelah beberapa menit, program akan selesai. Catat energi dengan
melakukan perhitungan single point pada struktur yang telah
tergambar. Perhitungan ini akan memberikan energi tanpa optimasi
dengan sudut ikatan dihedral eksak. Ukur sudut dihedral CCCC dan
catat hasilnya.
16. Optimasi struktur dengan memilih Compute dan kemudian Geometry
Optimizisation.
17. L-klik pada OK unutk memulai perhitungan. Catat energi teroptimasi
dan sudut ikat dihedral CCCC. Cetak strutkur dan lampirkan pada
lembar laporan.
18. Kembali ke langkah 9 dan ulangi proses untuk sudut ikat dihedral 60,
120, 180, 240 dan 300o. Lengkapi lembar jawaban yang tersedia.
PERCOBAAN II
ANALISIS SIKLOHEKSANA
Tujuan :
Menentukan konformasi yang paling stabil dari sikloheksana dengan
menggunakan perhitungan medan gaya AMBER.
Latar Belakang :
Pada temperatur ruang sikloheksana secara cepat mengalami perubahan
konformasi dengan rotasi sepanjang ikatan C-C. Ketika konformasi sikloalkana
berubah, hidrogen yang terikat pada setiap atom karbon juga berganti posisi, dan
molekul diasumsikan berada pada ruang tiga dimensi. Perubahan dari konformasi
kursi ke bentuk yang lain (perubahan hidrogen aksial menjadi ekuatorial sebaliknya)
dinamakan interkonversi kursi-kursi. Dengan menentukan panas pembentukan dari
konformasi kursi dan bentuk antara dari interkonversi kursi, kita dapat menentukan
stabilitas relatif dari setiap konformasi.
Prosedur :
e. Optimasi struktur
Langkah selanjutnya adalah meminimisasi struktur kursi dengan melakukan
perhitungan optimisasi mekanika molekul dengan melakukan langkah berikut :
1. Pilih Compute
2. Pilih Geometry Optimization
3. L-klik pada OK untuk menutup kotak dialog dan memulai perhitungan.
4. Perhitungan dimulai dan informasi tentang jalannya program akan muncul
di baris status. Setelah beberapa menit, program akan selesai. Catat energi
dari struktur teroptimasi pada lembar laporan.
Tujuan :
Menghitung dan menandai speltra vibrasi dari beberapa molekul organik
menggunakan perhitungan semi empiris PM3.
Latar Belakang :
Serapan cahaya dalam daerah inframerah dari spektrum elektromagnetik akan
mengeksitasikan gerakan vibrasi. Frekuensi serapan dan intesitasnya sangat sensitif
terhadap detail dari geometri molekular. Karena itu spetroskopi vibrasi (spektroskopi
inframerah dan Raman) dapat digunakan untuk menentukan apakah dalam suatu
senyawa terdapat untuk menentukan apakah dalam suatu senyawa terdapat gugus
fungsional tertentu. Daerah spektra finger print (di bawah 1400 cm-1) dapat digunakan
untuk membandingkan suatu sampel tidak diketahui dengan sampel standar. Jika
spektra inframerah dalam daerah ini identik, dapat dikatakan bahwa dua senyawa
hanpir dapat dipastikan sama. Spektra vibrasi juga bermanfaat sebagai petunjuk yang
sensitif tentang perubahan baik pada geometri maupun struktur eketronik akibat
adanya asosiasi molekul seperti terjadinya ikatan hidrogen atau solvasi.
Dalam percobaan ini, kita akan menerapkan metoda semiempiris PM3 dalam
menghitung dan menandai spektra inframerah dari beberapa jenis senyawa organik.
Hal ini akan menggambarkan pendekatan umum pada spektra terhitung dan sekaligus
dapat mengukur kehandalan metode PM3 dalam kajian spektra vibrasi.
Prosedur:
1. Gambarkan molekul dengan menu Draw, klik dan geser untuk membuat
struktur tanpa hidrogen. Untuk meletakkan atom O dan N ke dalam struktur,
L-klik ganda pada mode Draw. Anda akan mendapatkan Table Periodik. Klik
ganda pada atom yang dipilih dan tambahkan atom tersebut ke posisi yang
diinginkan. Untuk membuat ikatan rangkap dua L-klik pada ikatan tunggal
(pada mode Draw), maka akan dihasilkan ikatan rangkap dua. L-klik lagi
untuk mendapatkan ikatan rangkap tiga. Jika anda R-klik, anda akan
mengurangi ikatan rangkap menjadi rangkap dua. Jika sudah didapatkan posisi
yang benar untuk karbon, oksigen dan nitrogen dalam strktur molekul, pilih
Add H & Build pada menu Model Build.
2. Pilih Setup, Semi Empirical dan PM3. Klik OK.
3. Pilih Compute dan kemudian Geometrycal Optimization.
4. Jika perhitungan selesai, pilih Compute dan kemudian Vibrations.
5. Setelah dari frekuensi selesai, pilih Vibrational Spectrum. Spektrum dari
frekuensi yang berkait dengan setiap mode normal akan ditampilkan. Garis
vertikal pada bagian atas menunjukkan semua frekuensi dasar vibrasi. Perlu
dicatat bahwa semua ini adalah IR-aktif. Spektrum di bagian bawah
berhubungan dengan vibrasi IR-aktif. Ketinggian baris dari spektrum pada
bagian bawah berhubungan dengan intensitas IR.
6. Klik pada Animate Vibrations dan atur Frames 10 dan Amplitude 1.
7. L-klik pada vibrasi IR-aktif. Garis yang dipilih akan ditandai dengan warna
ungu. Informasi pada garis ini akan ditunjukkan tentang sifat spektra dan akan
muncul pada bagian bawah dari kotak dialog.
8. Untuk visualisasi gerakan vibrasi dari garis yang dipilih, pilih OK. Kotak
dialog akan hilang dan gerakan vibrasi akan digambarkan. Untuk
menghentikan vibrasi, pilih Cancel. Kemudian pilih Compute dan Vibrational
Spectrum untuk kembali pada kotak dialog.
9. Untuk setiap molekul, coba untuk mencari mode vibrasi yang berhubungan
dengan ikatan yang ditandai pada Tabel. Setelah mendapatkan vibrasi,
gambarkan gerakan vibrasinya, kemudian catat frekuensi dan bandingkan
dengan harga dari literatur untuk vibrasi ini.
Menggambarkan cis-2-butena
Jika Anda memodelkan 2-butena, Anda akan mendapatkan isomer trans. Anda
harus mengubahnya menjadi bentuk cis. Klik pada Selection Tool pada sisi kiri
dan geser dari C-1 ke C-4. keempat karbon akan ditandai dengan warna hijau.
Pilih menu Build dan pilih cis kemudian OK. Matikan fungsi pilihan pada
atom karbon dengan R-klik pada bidang yang kosong. Akhirnya klik ganda
Selection Tool, bentuk trans akan diubah menjadi cis.
LAPORAN PRAKTIKUM
PERCOBAAN IV
SPEKTRA INFRA MERAH MOLEKUL ORGANIK
Molekul Ikatan Bil.Gel. Bil.Gel. Gerakan
Experimental terhitung (cm-1) vibrasi
(cm-1) (strech atau
bend)
Butana C-H dari CH3 2800 – 300
C-H dari CH2 2800 – 3000
C-H dari CH2 1450
Cis-2-butena C=C 1640
Csp3 – H 2800 – 3000
Csp2 – H 3000 – 3100
1-butena C≡C 2200
Csp – H 3300
Benzena C=C 1600,1500
Csp2 – H 3000 – 3100
Metanol O-H 3300
C-O 1050
Asetaldehida C=O 1710
O=C-H 1700,2800
Asetonitril C≡N 2200
Asam Asetat C=O 1710
O-H 3000
C-O 1100
PERCOBAAN IV
STABILITAS KARBOKATION DAN HIPERKONJUGASI
Tujuan :
Menyelidiki stabilitas beberapa karbokation dan pengaruh hiperkonjugasi
terhadap panjang ikatan dan kerapatan muatan menggunakan perhitungan semiempiris
AM1.
Latar Belakang :
Karbokation menunjukkan satu dari sangat penting dan sering dijumpai dari
jenis zat antara yan gterlibat dalam reaksi senyawa organik. Stabilitas relatif
karbikation dapat dijadikan indikasi untuk keberadaannya dalam reaksi yang sedang
berlangsung. Banyak cara untuk menjelaskan kestabilan karbokation, salah satunya
adalah hiperkonjugasi.
Hiperkonjugasi melibatkan tumpang tindih antara suatu ikatan (orbital ikatan)
dengan orbital p yang kosong yang terdapat pada atom karbon bermuatan positif (lihat
gambar di bawah). Walaupun gugus alkil yang terikat pada atom karbon positif
tersebut dapat berputar, satu dari ikatan sigma selalu sebidang dengan orbital p
kosong pada karbokation. Pasangan elektron pada ikatan sigma ini disebarkan ke
orbital p kosong sehingga menstabilkan atom karbon yang kekurangan elektron.
Kita dapat memikirkan fenomena hiperkonjugasi seperti yang kita jumpai dalam
bentuk klasik. Sebagai contoh bahwa isopropil kation distabilkan oleh hiperkonjugasi
menghasilkan beberapa bentuk resonansi seperti dinyatakan dalam bentuk berikut :
Hiperkonjugasi akan meningkatkan order ikatan dari ikatan CC (lebih bersifat ikatan
rangkap) dan akan berakibat memendekkan ikatan CC. Perlu ditekankan juga bahwa
akan terjadi fenomena melemahnya dan memanjangnya ikatan CH yang dinyatakan
dengan kerapatan elektron pada orbital p kosong. Akhirnya muatan positif yang
signifikan akan dipindahkan kepada atom H yang terlibat dalam hiperkonjugasi.
Prosedur
Langkah awal adalah menggambarkan dan mengoptimasi bebrapa karbokation yaitu t-
butil, sek-butil dan n-butil. Anda dapat memulai mengambarkan hidrokarbon dan
menghilangkan 1 atom H yang terikat pada atom karbon untuk menghasilkan
karbokation.
1. Gunakan menu Draw untuk menggambarkan isobutana
2. Klik pada Build dan kemudian Add H & Model Build.
3. Gunakan menu Selection dan hapus atom H sesuai dengan karbokation yang
akan digambar.
4. Klik Setup dan kemudian semi empiris.
5. Klik AM1 dan kemudian Options.
6. Atur Total Charge pada 1 dan Spin Multiplicity pada 1 (semua spin
terpasangkan).
7. Lakukan optimisasi dengan memilih Compute dan kemudian Geometry
Optimization.
8. Setelah perhitungan selesai, catat panas pembentukkannya.
Pencatatan data
1. Catat panjang ikatan CC, semua panjang ikatan Csp3-H (karbon Csp3 terikat
pada karbon Csp2) dan semua sudut antara pusat karbon Csp2.
2. Klik pada Display dilanjutkan dengan Labels.
3. Klik pada Charge dilanjutkan dengan OK. Muatan atom akan dimunculkan .
catat muatan pada atom H yang ikut terlibat dalam hiperkonjugasi (pada Csp3
yang terikat pada Csp2). Catat jika terjadi perbedaan. Atom H dengan muatan
terbesar akan lebih banyak terlibat dalam hiperkonjugasi. Cetak struktur
dengan muatan atomnya dan lampirkan pada lembar laporan.
PERCOBAAN V
SUBSTITUSI AROMATIK ELEKTROFILIK
Tujuan :
Untuk membandingkan kestabilan kompleks sigma hasil dari nitrasi pada
benzena tersubstitusi, dan membandingkan arah dan pengarah pengaktifan gugus
menggunakan perhitungan semi empiris AM1.
Latar Belakang :
Sustitusi aromatik elektrofilik merupakan reaksi kimia penting dari senyawa
aromatis. Rekasi terjadi pada dua tahap: adisi elektrofilik menghasilkan kompleks
sigma, dilanjutkan dengan deprotonasi dan pembentukan benzena tersubstitusi.
Langkah pertama pada umumnya merupakan tahap penentu laju reaksi. Substituen
dapat berpengaruh baik pada orientasi reaksi (orto, para dan meta) maupun laju reaksi.
Pada percobaan ini, perhitungan semi empiriis AM1 digunakan untuk menentukan sisi
yang dipilih dari reaksi nitrasi pada anilin dan nitrobenzena dan membandingkan laju
relatif dari reaksinya.
Prosedur :
1. Gambarkan benzena dan lakukan optimasi struktur dengan menggunakan
metode semiempiris AM1. Yakinkan untuk membuat cincin aromatis dengan
melakukan klik ganda pada cincin ketika Anda berada pada mode Drawing.
2. Gambarkan kompleks sigma sebagai hasil dari nitrasi benzena. Untuk
melakukan ini, modifikasi cincin benzena dengan mengganti satu atom
hidrogen dengan gugus NO2 pada salah satu atom karbon. Yakinkan untuk L-
klik pada ikatan N=o untuk mengubahnya menjadi ikatan rangkap. Ubah
karbon tersubstitusi mejadi hibridasi sp3 dengan R-klik pada dua ikatan CC
yang terikat pada karbon tersubstitusi. Akhirnya, pilih Add H & Model Build
untuk menghasilkan kompleks sigma. Akan terlihat seperti gambar berikut: