TUGAS GENETIKA MOLEKULER

FUNGSI DAN STRUKTUR OPERON TRIPTOFAN DALAM ORGANISME

Nama Anggota Kelompok : Dwi Ika Prastwi Sulistiana Megawati Marchelina Anggraeni (080914024) (080914037) (080914058)

JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI UNIVERSITAS AIRLANGGA 2011

I. PENGANTAR Triptofan operon adalah operon (sekelompok gen yang ditranskripsi secara bersamaan) yang mengkode komponen untuk memproduksi triptofan. Trp operon ditemukan pada banyak bakteri, tetapi pertama ditemukan pada Echerichia coli. Trp operon tidak ditranskripsi jika triptofan ada dan ditranskripsi jika triptofan tidak ada di lingkungan sekitar. Ditemukan pada tahun 1953 oleh Jacques Monod dan kolega, trp operon pada E. coli adalah operon represibel pertama yang ditemukan. Bila lac operon diaktifkan oleh sebuah senyawa bernama alolaktosa, trp operon malah diinhibisi oleh sebuah senyawa yaitu triptofanTrp operon mempunyai lima gen struktural: trp E, trp D, trp C, trp B, dan trp A, yang mengkode triptofan sintetase. Trp operon juga mengandung sebuah promoter yang berikatan dengan RNA polymerase, dan sebuah operator yang memblok transkripsi ketika berikatan dengan protein yang disintesis oleh gen represor (trp R), yang mengikatkan diri ke operator. Pada lac operon, alolaktosa mengikatkan diri ke protein represor, yang akan memicu terjadinya transkripsi, sedangkan pada trp operon triptofan mengikatkan diri ke protein represor, sehingga akan membok transkripsi gen. Berbeda dengan lac operon, trp operon mengandung sebuah leader peptide dan sebuah urutan attenuator yang membuat pengaturan transkripsi terjadi secara berjangka.

II. FUNGSI OPERON TRIPTOFAN UNTUK METABOLISME Sistem regulasi bekerja dengan cara mengatur ekspresi enzim di dalam jalur metabolisme. Sistem regulasi ini berbeda-beda ada yang berada pada tiungkat protein seperti enzim allosterik dan ada juga pada level gen seperti Lac operon. Sistem regulasi pada tingkat gen misal lac operon, bekerja dengan cara mengatur penempelan enzim transcriptase (pengendali transkripsi) dengan promoter. Sedangkan sistem Trp operon diatur oleh kuantitas triptofan di dalam lingkungan. Apabila jumlah triptofan sedikit maka sistem Trp Operon ini bekerja untuk menghasilkan triptofan, begitupula sebaliknya.

III. STRUKTUR OPERON SERTA KEBERADAAN PADA ORGANISME Tryptophan operon Trp operon adalah contoh operon biosintesis yang ekspresinya diatur oleh sebuah effector:

operon terdiri dari 5 gen struktural bahwa kode untuk tiga enzim yang diperlukan untuk mengkonversi asam chorismic ke triptofan:

Anthranilate synthetase Anthranilate sintetase component I - encoded by trpE Komponen I - dikode oleh trpE component II - encoded by trpD Komponen II dikode oleh trpD

N-(5'-phosphoribosyl)-anthranilate

isomerase/Indole-3-glycerol

phosphate

synthase - encoded by trpC N-(5'-phosphoribosyl)-anthranilate synthase fosfat isomerase/Indole-3-glycerol - dikode oleh trpC

Tryptophan synthase Tryptophan synthase -subunit - encoded by trpB - dikode oleh trpB -subunit - encoded by trpA - dikode oleh trpA

operon ini juga mengandung gen penyandi oligopeptide pendek (trpL) yang fungsi dalam redaman (di bawah). Ekspresi diatur oleh TRP represor protein yang dikodekan oleh gen trpR. Tidak seperti operon lac, trpR tidak berdekatan dengan operon. Gen-gen struktural yang berlokasi di 28 menit pada E. coli peta; trpR terletak pada 100 menit. Represor TrpR sebenarnya mengatur ekspresi dari dua operon yang lain di samping operon trp. protein TrpR tidak mampu untuk mengikat ke operator dengan sendirinya. Selama ada cukup triptofan dalam sel, ia akan tetap begitu. Namun, setelah tingkat tryptophan membangun, maka represor TRP akan memblokir lebih lanjut transkripsi operon dan, sebagai hasilnya, sintesis tiga enzim akan menurun.

IV. MEKANISME DAN PEMBAHASAN Atenuasi Sebuah prediksi langsung dari model ekspresi gen operon diterapkan pada kasus operon trp adalah ekspresi dari operon dalam mutan trpR harus sensitif terhadap triptofan ditambahkan. Jika tidak ada represssor mempengaruhi transkripsi, maka sejak itu represor yang merasakan kehadiran triptofan, harus ada pengaruh. Tapi ada! Ekspresi trpEDCBA dikurangi dengan penambahan trypophan di mutan trpR. Penelitian lebih lanjut membuktikan bahwa tingkat kedua kontrol triptofan melibatkan dua komponen:

tRNA, khususnya tryptophanyl-tRNA TRP, yaitu tRNA TRP dibebankan dengan triptofan.

gen trpL

trpL kode untuk oligopeptide 14 aa pendek.. Ini mengandung dua kodon trp berturut-turut dan karena itu berfungsi sebagai ukuran pasokan triptofan dalam sel. Jika suplai yang baik, maka tRNA akan diisi dan peptida pemimpin akan diterjemahkan tanpa masalah. Jika pasokan cukup memadai, maka tRNA tidak akan dikenakan biaya, dan terjemahan akan kios di kodon trp. Bagaimana hal ini mempengaruhi transkripsi operon trp? penjelasan ini berasal dari pengamatan bahwa wilayah mRNA trpL dapat mengadopsi sejumlah konformasi yang berbeda. Daerah ini berisi beberapa pelengkap diri yang dapat membentuk berbagai struktur stem-loop sebagai berikut:

Dalam satu konformasi, ditampilkan di sebelah kiri, terminator transkripsi khas bakteri dapat terbentuk sebagai akibat dari pasangan antara daerah 3 (kotak hijau) & 4 (kotak kuning). Dalam konformasi lain, di kanan, terminator tersebut dilarang karena membentuk 3 daerah kini dipasangkan dengan wilayah 2 (kotak ungu) membentuk struktur alternatif. Sekarang, apa yang mengatur pembentukan terminator atau anti-terminator? Ingat bahwa transkripsi dan translasi dapat terjadi secara simultan pada bakteri. Ini berarti bahwa ribosom akan melampirkan mRNA dan mampu mempengaruhi pembentukan struktur sekunder oleh mRNA. Dalam kasus mRNA trpL, jika ada suplai triptofan, maka ribosom mengikuti tepat di belakang RNA polimerase sampai dihentikan oleh kodon berhenti. Hal ini memungkinkan pembentukan terminator batang-loop yang akan menyebabkan RNA polimerase untuk memisahkan.

Perhatikan kodon UGA berhenti di bagian bawah wilayah 1 di urutan diagram di atas.

Jika pasokan triptofan rendah, maka tRNA TRP tidak akan dikenakan biaya dengan triptofan, dan ribosom akan warung menunggu tRNA cocok untuk dibawa ke situs A:

Karena warung ribosom, wilayah 2 (ungu) sekarang dapat dasar-pasangan dengan wilayah 3 (hijau) segera setelah kedua ditranskripsi. Pembentukan terminator-anti mencegah pembentukan terminator tersebut. Operon lac adalah operon diperlukan untuk transportasi dan metabolisme dari laktosa dalam Escherichia coli dan beberapa lainnya bakteri enterik . Ini terdiri dari tiga berdekatan gen struktural , sebuah promotor , sebuah terminator , dan operator . Operon lac diatur oleh beberapa faktor termasuk ketersediaan glukosa dan laktosa . Regulasi gen dari operon lac adalah mekanisme genetik kompleks peraturan pertama yang harus ditetapkan dan merupakan salah satu contoh terkemuka prokariotik regulasi gen . Dalam lingkungan alam, operon lac memungkinkan untuk pencernaan efektif laktosa. Sel dapat menggunakan laktosa sebagai sumber energi dengan menghasilkan enzim -galaktosidase untuk mencerna laktosa yang menjadi glukosa . Namun, akan tidak efisien untuk menghasilkan enzim bila tidak ada laktosa tersedia, atau jika ada sumber energi yang tersedia lebih mudah tersedia seperti glukosa. Operon lac menggunakan-bagian pengendali mekanisme dua untuk memastikan bahwa sel mengeluarkan energi yang memproduksi -galaktosidase , -galactoside permease dan transasetilase thiogalactoside (juga dikenal sebagai O-asetiltransferase galactoside) hanya bila diperlukan. Ini mencapai ini dengan represor lac , yang menghentikan produksi karena tidak adanya laktosa, dan katabolit protein aktivator (CAP), yang membantu dalam produksi tanpa adanya glukosa. Mekanisme kontrol ini menyebabkan pemanfaatan dual sekuensial glukosa dan laktosa dalam dua tahap pertumbuhan yang berbeda, yang dikenal sebagai diauxie . Diauxic pola

pertumbuhan serupa telah diamati dalam pertumbuhan bakteri pada campuran lain gula juga, seperti campuran glukosa dan xilosa , atau glukosa dan arabinosa , dll mekanisme kontrol genetik yang mendasari pola-pola pertumbuhan tersebut diauxic dikenal sebagai xyl operon dan ara operon , dll Struktur operon lac

Struktur laktosa dan produk dari belahan dada nya.

Lac operon terdiri dari tiga gen struktural , dan promotor , sebuah terminator , regulator , dan operator . Ketiga gen struktural: lacZ, lacY, dan lacA.

. lacZ menyandikan -galaktosidase (lacZ), sebuah intraselular enzim yang melekat pada disakarida laktosa menjadi glukosa dan galaktosa . . lacY menyandikan -galactoside permease (Lacy), sebuah membran transpor protein yang terikat-pompa laktosa ke dalam sel. lacA encode -galactoside transasetilase (LacA), sebuah enzim yang mentransfer sebuah grup asetil dari asetil-KoA untuk -galactosides .

Hanya lacZ dan lacY tampaknya perlu untuk laktosa katabolisme .

kontrol khusus dari gen lac tergantung pada ketersediaan substrat untuk bakteri laktosa.. Protein yang tidak diproduksi oleh bakteri ketika laktosa tidak tersedia sebagai sumber karbon. Gen lac diatur menjadi operon , yaitu, mereka berorientasi pada arah yang sama langsung yang berdekatan di kromosom dan co-ditranskripsi menjadi satu polisistronik molekul mRNA. Transkripsi dari semua gen dimulai dengan pengikatan enzim polimerase RNA (RNAP), yang mengikat protein DNA , yang mengikat DNA spesifik ke situs pengikatan, promotor, segera hulu dari gen.Dari posisi ini RNAP hasil untuk mencatat semua tiga gen (lacZYA) ke dalam mRNA. Urutan DNA dari E. coli lac operon , the lacZYA mRN , yang lacZYA mRNA , dan gen lacI tersedia dari GenBank (tampilan) . Mekanisme kontrol pertama adalah respons peraturan untuk laktosa, yang menggunakan sebuah protein intraselular peraturan disebut represor laktosa untuk menghambat produksi galaktosidase tanpa adanya laktosa. . LacI gen coding untuk represor terletak dekat operon lac dan selalu disajikan (konstitutif).. Jika laktosa yang hilang dari medium pertumbuhan, represor sangat erat mengikat urutan DNA pendek hanya hilir dari promotor dekat awal lacZ disebut operator lac. . represor yang mengikat operator mengganggu pengikatan RNAP ke promotor, dan karena itu lacZ mRNA encoding dan Lacy hanya dibuat pada tingkat yang sangat rendah. . Ketika sel-sel yang tumbuh dengan adanya laktosa Namun, metabolit disebut laktosa alolaktosa , yang merupakan kombinasi glukosa dan galaktosa, mengikat represor, menyebabkan perubahan dalam bentuk. Jadi diubah, represor tidak mampu untuk mengikat ke operator, memungkinkan RNAP untuk mentranskripsikan gen lac dan dengan demikian yang mengarah ke tingkat tinggi dari protein yang disandikan. Mekanisme kontrol yang kedua adalah tanggapan terhadap glukosa, yang menggunakan protein aktivator katabolit (CAP) untuk lebih meningkatkan produksi -galaktosidase dengan tidak adanya glukosa. siklik adenosine monophosphate (cAMP) adalah molekul sinyal yang prevalensi berbanding terbalik dengan yang glukosa.. Ia mengikat ke CAP, yang pada gilirannya memungkinkan CAP untuk mengikat ke situs CAP mengikat (16 pb DNA hulu promotor di sebelah kiri pada diagram di bawah), yang membantu RNAP dalam mengikat DNA. Dengan tidak adanya glukosa, cAMP konsentrasi tinggi dan mengikat CAP-cAMP untuk DNA secara signifikan meningkatkan produksi -galaktosidase , memungkinkan sel untuk hydrolyse (mencerna) laktosa dan galaktosa dan glukosa rilis.

. Diagram di bawah ini merangkum laporan.

V. PERBANDINGAN DENGAN OPERON LAIN Berikut ini akan dijelaskan dua system regulasi yang paling umum dilakukan padabakteri, yaitu system operon laktosa (operon lac) dan system operon triptofan (operon trp). Padaoperon lac ekspresi gen diatur pada tingkat promoter, yaitu mengatur kontak kontak antara promoter dengan enzim transkiptase (pengendali transkipsi). Pada operom yaitu triptofan sudah mencapai kuantitas yang dibutuhkan .

System regulasi operon laktosa Laktosa adalah gula bisakarida, yaitu gula yang tersusun atas dua molekul gula sederhana, yaitu glukosa dan galaktosa. Laktosa dapat diuraikan menjadi glukosa dan galaktosa dengan bantuan enzim B-galaktosidase. Bakteri E. coli dalam hidupnya dapat memanfaatkan baik laktosa maupun glukosa tergantung gula mana yang tersedia di lingkungan. Bakteri E. coli mempunyai kemampuan mensintesis B-galaktosidase sehingga bila laktosa yang

dimanfaatkansebagai sumber karbon maka bakteri tersebut akan mampu mengubah laktosa menjadi glukosadan galaktosa. Namun bila tersedia laktosa dan glukosa maka bakteri akan memilih glukosa sebagai sumber karbon, karena glukosa merupakan gula yang lebih langsung dimanfaatkan dalam proses metabolisme.

Kemampuan bakteri untuk memilih laktosa dan glukosa sebagai sumber karbon telah memunculkan pertanyaan apakah bakteri akan tetap mensintesis B-galaktosidase seandainya glukosa yang jadi pilihan. Jawabannya ialah bahwa bakteri mampu mengatur ekspresi gen penyandi B-galaktosidase sesuai dengan pilihan sumber karbon yaitu laktosa atau glukosa. Pengaturan ekspresi gen ini disebut system regulasi ekspresi gen, dan system ini pertama kali dijelaskan oleh Jacob dan Monod. System regulasi yang ditemukan oleh mereka sekarang dikenal sebagai system regulasi operon laktosa. System regulasi ini merupakan system regulasi pada tingkat inisiasi transkipsi atau regulasi pada tingkat promoter. Jacob dan Monod memperkenalkan istilah operon, yang mempunyai pengertian sekelompok gen yang diapit secara bersamaan oleh sepasang promoter dan terminator. Gen-gen pada satu operon akan diekspresikan secara bersamaan melalui inisiasi transkipsi pada promoter yang sama dan berakhir pada terminator yang sama. Pada operon laktosa terdapat tiga gen yaitu lac-Z, lac-Y, dan lac-A, yang masing-masing menyandikan B-galaktosidase, permease, dan transasetilase. Gen-gen yang berada pada satu operon mempunyai hubungan fungsi dalam metabolisme. Pengaturan ekspresi operon laktosa dilakukan oleh suatu protein regulator yang akan berinteraksi dengan promoter. Protein regulator tersebut akan menentukan inisiasi translasi yang dilakukan oleh transkiptase. Protein pengatur dihasilkan oleh gen regulator, yaitu gen yang produk ekspresinya berperan mengatur ekspresi gen lain. Dalam kasus operon lakotsa terdapat dua gen regulator yaitu lac-I dan gen crp. Gen lac-I berhubungan dengan kehadiran laktosa,sedangkan gen crp berhubungan dengan kehadiran glukosa. Gen yang diatur tersebut dinamakangen structural, sebagai contoh gen lac-Z, lac-Y, dan lac-A pada operon laktosa. Jadi gen regulator berperan mengatur ekspresi gen structural. Gen lac-I akan menghasilkan suatu polipeptida, yang kemudian setiap empat polipeptida akan membentuk satu molekul protein tetramer yang berperan sebagai regulator. Dalam proses regulasi protein tetramer ini akan menempel pada suatu wilayah promoter yang disebut operator. Penempelan itu terjadi karena ada kecocokam tertentu antara runtutan basa operator dengan protein regulator. Akibat adanya protein regulator yang menempati wilayah operator maka transkiptase tidak dapat melakukan inisiasi translasi, sehingga gen-gen yang

terdapat di belakang promoter menjadi tidak terekspresi. Protein regulator seperti di atas bersifat menghalangi atau menekan terjadinya transkipsi maka disebut inhibitor. Lawan sifat dari represos disebut activator, yaitu bersifat mendorong terjadinya ekspresi gen. dalam systemregulasi ini laktosa yang diambil oleh bakteri dapat berinteraksi dengan protein regulator danasosiasi yang akan mengubah konfigurasi molekul protein regulator. Perubahan konfigurasi padaprotein repressor menyebabkan protein protein tersebut menjadi tidak mampu berasosiasi dengan operator. Dengan tidak adanya inhibitor pada promoter maka transkiptase menjasi tidak terhalang untuk melakukan inisiasi transkipsi, dan terjadi ekspresi gen0gen pada operon laktosa. Bila bakteri telah menkonversi laktosa menjadi glukosa, dan bila kuantitas glukosasudah mencukupi maka B-galaktosidaseharus dihentikan sintesisnya. Regulasi oleh glukosa inidisebut represi katabolit atau represi glukosa. Proses regulasi ini melibatkan tiga komponen yaituglukosa, cAMP (cyclic AMP), dan CAP (protein aktivator). CAP merupakan protein yang berperan mengaktifkan enzim transkiptase, protein ini disandikan oleh gen regulator crp.Asosiasi antara CAP dengan transkiptase menyebabkan transkiptase menjadi aktif dan mampu mengkatalis proses transkipsi, tanpa CAP transkiptase menjadi tidak aktif. Glukosa mengatur aktivitas CAP melalui pengaturan cAMP. Antara CAP dan cAMPdapat terbentuk asosiasi, dan asosiasi ini akan menyebabkan CAP aktif berperan sebagaiactivator, CAP yang terbebas dari cAMP tidak dapat berperan sebagai activator. Kuantitas cAMPberbendung terbalik dengan kuantitas glukosa. Saat glukosa di dalam sell berjumlah kecil Camp ditemukan dalam jumlah yang besar, dan sebaliknya. Dalam keadaan kuantitas rendah cAMP tidak dapat berasosiasi dengan CAP, akibatnya CAP tidak dapat menjadi activator. Jadi pada saatglukosa rendah cAMP berada dalam jumlah besar dan membentuk asosiasi cAMP-CAP yangberperan menjadi anktivator enzim transkiptase, sehingga terjadi transkipsi operon laktosa.

Mekanisme System regulasi Operon Triptofan

Triptofan trp memiliki lima gen struktural yaitu trp-E, trp-D. trp-C, trp-B, dan trp-A.Gen pengawal trp-L pada yang berfungsi sebagai regulator. Gen-gen yang structural yang terdapat

pada operon triptofan berfungsi untuk menyandikan enzim yang memegang peranan dalam metabolism triptofan. Trp-L merupakan gen yang paling dekat pada promotor. Regulasi operon trp berlangsung pada tingkat RNA hasil transkripsi. Gen pengawal(trpL) yang terletak tepat di belakang promotor, berfungsi sebagai regulator. Inisiasi transkripsi,pada promotor, akan berjalan tanpa hambatan dan transkriptase masuk ke ruas trp-L. Regulasi terjadi ketika saat enzim transkriptase berada pada ruas trp-L, yang akan menentukan berjalannya proses transkripsi. Kuantitas tiptofan dalam sel mengendalikan ekspresi gen-gen pada operon ini. Pada ruas trp-L terdapat dua kodon yang berhubungan dengan asam amino triptofan yaitu kodon yang terletak pada basa 54 sampai 59. RNA yang dihasilkan dari proses transkripsi tersebut mulaidibaca oleh ribosom atau ditranslasikan. Pergerakan ribosom dipengaruhi oleh ketersediaan amino-asil-tRNA. Pada saat kuantitas triptofan dalam sel belum mencukupi tidak akan terbentuk triptofal-tRNA (amino-asil-tRNA untuk triptofan) dan translasi ribosom akan berhenti pada kodon trp basa 54 sampai basa 59. Ketika jumlah triptofan sudah mencukupi akan terbentuk triptofal-tRNA dan ribosom mentranslasikan kodon trp tersebut sehingga translasi dapat dilanjutkan. Trp-L terdiri atas 4 ruas yang homolog satu dengan yang lainnya sehingga mampu membentuk pasangan. Ruas-3 dan ruas-4 merupakan terminator dari gen trp-L yang merupakan signal akhir transkripsi, yang akan berakibat transkripsi berhenti. Terjadinya perpasangan 34dapat dicegah seandainya ruas-3 berpasangan dengan ruas-2. Bila kuantitas triptofan di dalam sel belum mencukupi maka tidak akan terbentuk triptofal-tRNA, sehingga ribosom akan berhenti pada basa 54-59, ruas-2 akan terbebas dari ribosom sehingga dapat berpasangan dengan ruas3.Bila triftofan dalam sel telah mencukupi maka ribosom tidak akan berhenti pada basa 5459,karena akan tersedia triptofal-tRNA. Kehadiran ribosom pada ruas-2 maka ruas-3 akanberpasangan dengan ruas-4 membentuk pasangan 3-4. Dalam kondisi ini maka transkripsi akanberakhir pada ujung trp-L atau transkripsi tidak dapat dilanjutkan.

KEPUSTAKAAN Szostak JW, Blackburn EH. Cloning yeast telomeres on linear plasmid vectors. Cell 1982; 29:245-255. Greider CW, Blackburn EH. Identification of a specific telomere terminal transferase activity in Tetrahymena extracts. Cell 1985; 43:405-13. Greider CW, Blackburn EH. A telomeric sequence in the RNA of Tetrahymena telomerase required for telomere repeat synthesis. Nature 1989; 337:331-7. Nobelforsamlingen, The Nobel Assembly at Karolinska Institute, 2009:

http://nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2009/press.html Prima Almazini, 2009: http://myhealing.wordpress.com/2009/11/08/nobel-kedokteran-2009misteri-telomer-terpecahkan/ http://www.wikipedia.com/doc/53897070/Tryptophan-operon