LAS PROTEINAS

ESTRUCTURA DE LOS AMINOCIDOS: Hay unos 300 aminocidos de origen natural de diferente especie. Todos utilizan solo 20 para la brosintesis de protenas. Casi todos son alfa aminocidos. Tienen in grupo ( - NH3+) amino, y un grupo ( - COO-) carboxilo; Unidos al tomo de carbono alfa.

El carcter diferente de cada aminocido se debe a la estructura del grupo R ( radical cadena de carbonos). De acuerdo a la estructura del grupo R a los a.a los clasificamos as: Alifaticos, hidroxilados ( -OH); azufrados (- S -); Aromticos ( ciclos de benceno); cidos,(COOH adicional), amidicos, bsicos o alcalinos. ALIFATICOS: se muestra su forma inica ( PH = 7 )

Glicina (Gly, G)

Alanina (Ala, A)

Valina (Val, V)

Leucina (Leu, L)

Isoleucina (Ile, I)

Prolina (Pro, P)

PROPIEDADES: Polaridad caractersticas cido bsicas y por su actividad en el organismo humano. Glicina: apolar, neutro, no esencial Alanina: apolar- neutro - no esencial Valina: apolar neutron esencial Leucina: apolar - neutron esencial Isoleucina: apolar - neutro - esencial

HIDROXILADOS:

Serina (Ser, S)

Treonina (Thr, T)

Serina: polar neutron - no esencial Treonina: polar neutron - esencial SULFURADOS:

Cistena (Cys, C) Cisteina: polar - debidamente acido - no esencial Metionina: apolar neutron - esencial

Metionina (Met, M)

AROMTICOS:

Fenilalanina Tirosina (Tyr, Y) (Phe, F)

Triptofano (Trp, W)

Fenilalanina: apolar - neutron esencial Tirosina: polar - debilmente acido - no esencial Triptofano: polar - debilmente cido - esencial ACIDOS Y AMIDAS NEUTRAS

Aspartato (Asp, D) pKa=4.0

Glutamato (Glu, E) pKa=4.3

Asparagina (Asn, N)

Glutamina (Gln, Q)

cido aspartico: polar cido - no esencial Asparagina: polar neutron - no esencial cido glutmico: polar cido - no esencial Glutamina: polar - neutron - no esencial

BSICOS:

Lisina (Lys, K) pKa=10.8

Arginina (Arg, R) pKa=12.5

Histidina (His, H) pKa=6.0

Arginina: polar bsico - esencial Histidina: polar - dbilmente bsico esencial Lisina: polar - basico - esencial

AMINOACIDOS ESENCIALES. valina leucina isoleucina treonina metionina fenilalanina triptofano arginina histidina lisina Son aquellos que es necesario tomarlos en los alimentos, pues el organismo animal no es capaz de sintetizarlos. Aunque los dietistas recomiendan un consumo de protenas de 50 a 100 gr. al da o ms, el ser humano puede mantenerse bien con una dieta que contenga solamente 20 gr. al da, si estas protenas son de alta calidad nutricional, es decir si contienen proporciones adecuadas de los aminocidos esenciales. En general, cuanto ms prxima sea la composicin de los aminocidos de la protena ingerida a la composicin de aminocidos del animal que ingiere la protena, mayor es la calidad nutricional de esa protena. En el caso del ser humano, las protenas de los mamferos son las de mayor calidad nutricional, seguida de las del pescado y aves, y luego las de frutas y verduras. Las protenas de las plantas a menudo presentan un dficit de lisina, metionina o triptfano. ESTEREOISOMERIA DE AMINOCIDOS. El tomo de carbono alfa esta fijo en forma tetradrica. Este tipo de tomo se denomina asimtrico ( unido a diferentes tomos), esto da diferentes configuraciones estereoisomericas. Por cada tomo de carbono da dos estreo ismeros llamadas

configuraciones L y D. estas representan estructuras de imgenes especulares que no se superponen, stos se denominan enantimeros.

En las protenas solo se conocen la existencia de L aminocidos aunque hay en los seres vivos D aminocidos como bacterias. La Interconvercin de los enantromeros D y L se denominan racemizacion. D L los a.a tienen estas conversiones con tendencia a L. Propiedades cido-base Todos los aminocidos tienen por lo menos dos grupos ionizables, y por lo tanto, su carga neta depende del pH del entorno. Los grupos carboxilo del C tienen valores de pKa entre 1.8 y 2.8, siendo ms cidos que los cidos monocarboxlicos simples. Los valores de pKa de los grupos -amino varan entre 8.8 y 10.6. A pH neutro, los aminocidos en disolucin se encuentran como iones dipolares (zwitteriones), es decir, el grupo amino se encuentra protonado y el grupo carboxilo disociado. Los aminocidos cidos y bsicos tambin tienen grupos ionizables en su cadena lateral. Para ilustrar la dependencia de la carga neta de un aminocido con respecto al pH del entorno, se considerar al aminocido histidina. Adems de los grupos carboxilo y amino en el C, (valores de pKa de 1.8 y 9.2, respectivamente), la histidina tiene un anillo de imidazol en su cadena lateral con un valor de pKa de 6.0. Por lo tanto, la carga neta (la suma de las cargas positivas y negativas) cambia de +2 a -1 a medida que se incrementa el pH. A pH de 7.6, la carga neta es cero aunque la molcula contiene dos grupos casi completamente ionizados bajo estas condiciones. Al valor de pH donde la carga neta es cero, se llama punto isoelctrico.

. Curva de titulacin de la histidina

ENLACE COVALENTE ENTRE AMINOCIDOS El enlace amidico se llama enlace peptdico. Se produce una unin entre el nitrgeno del NH2 con el C del COOH as:

NOMENCLATURA: Cada a.a de la cadena se llama residuo. Una cadena de hasta 10 residuos de a.a se llama oligopeptido que puede denominarse como: dipptido, tripeptido, tretapeptido etc. Cuando es una cadena de mas de 10 residuos de a.a es llamada polipptido. Para abreviar los enlaces peptdicos, se utilizan guiones o tambin comas entre cadenas de a.a que no es muy conocida su secuencia. Se cambia la terminacin: ina o ico por il o ilo. Eje: Arginil alanil ( glicil, glofamil, alanil, metionil, lisina) Arg ala gli glu ala met lis Segn la cantidad y la calidad, pero sobre todo la secuencia de aminocidos presentes en una cadena polipeptdica, dependen las caractersticas tridimensional de la molcula, lo que determinara su funcin.

CLASIFICACION DE LAS PROTEINAS. POR SUS FUNCIONES: Las protenas poseen muy diversas funciones biolgicas diferentes. Como por ejemplo: Catalticas: como las enzimas, que son las que permiten la multitud de reacciones en la clula viva. Se conocen cerca de dos millares de enzimas diferentes. Por ejemplo la hexoquinasa, que fosforila la glucosa; lactato deshidrogenasa, que deshidrogena el cido lctico; el citocromo c que transfiere electrones hacia el oxgeno en la cadena respiratoria. Las enzimas digestivas, que son enzimas hexgenas que actan a nivel del tracto digestivo como la tripsina, quimotripsina, pepsina, etc. Protenas de reserva: Almacenan aminocidos como elementos nutritivos, como la ovoalbmina de la clara de huevo, la casena de la leche y la gliadina de las semillas de trigo, la cena protena de las semillas de maz, ferritina como reserva de hierro en el baso. Protenas transportadoras: Son capaces de unirse y transportar molculas especiales por la sangre, como por ejemplo la seroalbmina, que se une estrechamente a los cidos grasos libres, y de ste modo transporta sus molculas, entre el tejido adiposo y otros rganos de los vertebrados. Las lipoprotenas del plasma, como LDL, VLDL, etc, transportan lpidos entre el intestino, el hgado y los tejidos adiposos. La hemoglobina de los glbulos rojos, transporta oxgeno desde los pulmones a los tejidos. En los invertebrados est la hemocianina, que tambin es transportadora de oxgeno. Protenas contrctiles: La actina y la miosina son los dos elementos proteicos principales en la contraccin muscular. Otra en los unicelulares como la dinena en los cilios y flagelos. De defensa: Las protenas de la sangre trombina y fibringeno participan en la coagulacin de la sangre e impiden de este modo la prdida de sangre. Los anticuerpos o inmunoglobulinas son las ms importantes, las cuales se combinas con protenas extraas (antgenos) y as las neutralizan. Toxinas: Son sustancias que son extremadamente txicas para los animales superiores en cantidades muy pequeas, por ejemplo la ricina de la semilla del ricino, la gosipina de las semillas de algodn, la toxina de la Clostridium botulinum que es

responsable de algunos envenenamientos por alimentos en descomposicin. Las toxinas de los venenos de las serpientes y animales ponzoosos que actan sobre todo sobre las enzimas del sistema respiratorio. Hormonales: Son muy importantes por todos los procesos secundarios que desencadenan en la regulacin de las funciones de los animales y vegetales. Por ejemplo las hormonas como la oxitocina que estimula el msculo uterino en las hembras preada y estimulan la produccin de leche. La vasopresina, que se produce en la hipfisis, produce efectos atidiurticos. La Angiotensina que regula la presin arterial. La somatostatina que se produce en el hipotlamo, que inhibe la produccin del crecimiento producida en la hipfisis. La insulina que controla el metabolismo de la glucosa. Algunos factores de crecimiento, que aumentan la velocidad de crecimiento celular en algunos tejidos, como por ejemplo la somatotropina producida en la adenohipfisis, la EGF o hormona del crecimiento epidrmico. Neurotransmisores: como la acetilcolina, las encefalinas, que estn presentes en las sinapsis de las neuronas, que ayudan a la transmisin de los impulsos nerviosos. Antibiticos peptdicos: Como la penicilina, bactricina, gramicidina, como medicamentos que actan en combatir bacterias causantes de enfermedades. La ciclosporina que es un inmunosupresor que evita el rechazo de rganos en los transplantes. Protenas estructurales. En los vertebrados tenemos el colgeno, que es la principal protena estructural extracelular en el tejido conectivo y en el hueso. La elastina del tejido amarillo como en los tendones y cartlagos. La alfa queratina, que est presente en la estructura de uas, pelo, plumas, cuernos, etc. La fibrona, producida por los gusanos de seda y las araas, que es una protenas que se solidifica rpidamente formando hilos resistentes. Protenas del ADN. Algunas como la ADN polimerasa participa en la replicacin del ADN y otras que participan en la expresin de los genes como la ARN polimerasa, la helicasa, topoisomerasa, etc.. Las protenas cromosmicas como las histonas, que estn presentes en el superenrrollamiento del ADN. Protenas de la visin: Como la opsina y la rodopsina, que actan como molculas que absorben los rayos de luz y transmiten impulsos por el nervio ptico.

POR SUS COMPOSICIONES 1. CONJUGADAS: tienen un componente polipptido asociado a componentes no peptdicos llamados grupo prosttico. Eje: Glicoprotenas - grupo - carbohidratos Metaloproteinas - grupo - metal ( Ca, Mg, Cu, K, Co) Hempoproteinas - - heme Flavoproteinas - flavina Fosfoprotenas - fosfato Lipoprotenas - lipidito Nucleoprotenas - - cido nucleico 2. NO CONJUGADAS: solo tienen material polipptido

POR SUS FORMAS Y SOLUBILIDADES 1. 2. FIBROSAS: tienen forma de fibras que se integran en hilos poli moleculares generalmente insolubles en el agua, tienen variadas texturas y ductilidad, tenacidad, elasticidad, fragilidad, variadas. GLOBULARES: son mucho ms compactas que las fibrosas, se debe a su factor complicado de curvaturas, dobleces y torcimientos a lo largo de la cadena polipeptdica, van desde: esfricas, crpticas o con otras formas, son ms solubles y mucho mas frgiles; existen en mayor variedad y numero.

NIVELES ESTRUCTURALES NIVEL PRIMARIO:

se refiere a la cantidad relativa y a la secuencia exacta de los aminocidos presentes en la cadena o cadenas de polipptidos. Tambin si hay algn grupo prosttico. Para determinar la secuencia de aminocidos de un polipptido se siguen tcnicas diversas, directas o indirectas. Eje: DIRECTAS: reactivo de Edman ( fenilisotiocianato uno del N terminal. n = c = s. Identifica los aminocidos conforme se desprenden uno por

INDIRECTAS: se deduce a partir de la secuencia de nucletidos del DNA gnico. ESTRUCTURA SECUNDARIA. El esqueleto de una cadena polipeptdica consiste en tres tomos de cada residuo de la cadena. N - C - C, - C - C N - C - C, N

La estructura secundaria se refiere a la capacidad del esqueleto de asumir orientaciones ordenadas y estabilizadas por puentes de hidrgeno. Los tomos del enlace peptdico estn en el mismo plano espacial. Los grupos H y R de los carbonos alfa se proyectan hacia fuera del plano. Los dipolos C = O y N H estn en direcciones opuestas al plano del enlace C N. O sea estn en alineamiento TRANS de los diplodos. Los tomos de C alfa tienen alineamiento TRANS. Los R estn dispuestos de manera TRANS repetitiva. El enlace peptdico tiene 1.32 A de distancia, intermedio entre el enlace covalente doble y el enlace covalente sencillo. Esto sugiere que este enlace tiene CIERTO CARCTER DE ENLACE DOBLE. Los enlaces C alfa - C y N C alfa presentan una rotacin libre en el esqueleto permitiendo un cambio en la orientacin de la cadena. La rotacin en torno al eje del enlace peptdico C N esta limitado por su carcter doble. Para enlaces C alfa C se denomina ( psi ) al valor rotacional Para enlaces N C alfa se denomina ( fi ) al valor rotacional Si gira a la derecha ( horario ) visto desde N terminal es signo + Si gira ( anti horario ) es negativo. Se observa en la naturaleza tres tipos de orientaciones: Helicoidal Laminar Aleatoria ESTRUCTURA HELICOIDAL La orientacin mas comn del L aminocidos es el alfa hlice dextrgira, Cada psi = -60 , y cada fi = -57, esta disposicin es muy estable.

En esta disposicin no hay o hay poco amontonamiento de los tomos de los grupos R. los dipolos C = O y N H de los enlaces vecinos tienen orientacin optima y hay una interaccion dipolo dipolo mxima. Lo que produce una trama de PUENTES DE HIDRGENO COOPERATIVOS INTRACATENARIOS. Los puentes de hidrgeno son una consecuencia de la orientacin TRANS del enlace peptdico coplanar. En las protena globulares hay el 0% hasta el 80 90% del contenido de doble hlice cadena mas larga de doble hlice una cadena polipeptdica globular es de 35 residuos o sea mas de 10 vueltas completas de la hlice. La presencia de prolina o hidroxiprolina induce a un dobles natural en el esqueleto del polipeptdica lo que hace que el doble hlice acabe. La presencia de repulsiones electroestticas, debido a presencia de grupos R cargados positivamente como lisina y arginina o R cargados negativamente como glutamilo o aspartilo, hacen que no sea posible un doble hlice. ESTRUCTURAS BETA LAMINARES.

Existen dos combinaciones que dan origen a orientaciones ordenadas no helicoidales. Son las estructuras beta laminares. Adquieren estabilidad gracias a los puentes de hidrgeno entre dipolos C = O y N H. Estas estructuras ocurren entre dos o mas segmentos de distintas cadenas o puentes o laminas intercaterias o tambin entre segmentos diferentes de la misma cadena. Las intracaternarias ocurren en protenas globulares. Las intercaternarias ocurren en protenas fibrosas. Si los segmentos se alinean en la misma direccin, la disposicin es una beta lamina paralela. Si estn en direcciones opuestas la disposicin es una beta lamina antiparalela.

La antiparalela es un poco mas estable porque los dipolos C = O y N H estn mejor orientados. ESTRUCTURAS ALEATORIAS. Cuando un elemento de la cadena polipeptdica carece de una combinacin repetitiva, la estructura resultante carece de un patrn geomtrico repetitivo. Se dice que es aleatoria. Los segmentos aleatorios en una protena globular siguen designndose como si estuvieran ordenados. Esto se debe a las interacciones ordenadas de los grupos R o a las limitaciones de uno o mas puentes disulfuro o quiz a las orientaciones con un grupo prosttico. DOBLECES PRONUNCIADOS.

Es una de las caractersticas de las protenas globulares, los cambios de direccin que tiene un esqueleto polipeptdica. Esos cambios de direccin ( casi 180 ) se llaman dobleces pronunciados. Estos abarcan generalmente 4 residuos de a.a sucesivos. Generalmente la glicina, prolina o residuos hidrofilicos. El grupo H de la glicina no es interferencia esterica La prolina porque es cclica y cambia naturalmente la direccin de la cadena Los residuos hidrofilicos, porque los dobleces pronunciados estn cerca de la superficie de la molcula, que interacta con las molculas disolventes del agua. ESTRUCTURA TERCIARIA

Se refiere al modo como la cadena polipeptdica se curva o se pliega para formar la estructura estrechamente plegada y compacta de las protenas globulares. Se puede conocer esta estructura por la difraccin de rayos X cristalizando la protena. Se puede introducir tomos de metales pesados para tener puntos de referencia y construir matemticamente la estructura. Hoy se ha podido conocer las estructuras terciarias de la mioglobina, hemoglobina, lisozima, la ribonucleasa, quimotripsina, carboxipeptidasa, el citocromo, la lactato deshidrogenasa y la subtilisina. ( Bacteria) En las protenas fibrosas como la queratina y la colgena se presenta una conformacin enteramente laminar o helicoidal. 2 o 3 o varias cadenas forman conjuntos policatenarios. Eje: la fibroina de la seda forma varias cadenas beta laminares, antiparalelas dispuestas al lado y lado y unas enzima de otras. La colgena tiene fibras de unos 3000 A de longitud, PM 300000, y tiene una triple hlice formada por las fibras de tropo colgena. Tienen una estructura helicoidal levgira.

Cada 3 a.a es de glicina, pero contiene pro e hidroprolina lo que hace que la hlice se alargue hasta 9 A por cada vuelta, diferente a la hlice doble que es de 5.4 A. EN LAS PROTEINAS GLOBULARES EN 1960 J.C Kendrew H.F perutz se determino la estructura tridimensional completa de una molcula proteinica. Se utilizo un proceso de anlisis de la difraccin de rayos X que estudia la estructura, tomo a tomo con una revolucin de 1.5 A. Las conformaciones globulares suelen ser casi esfricas o tener formas eclipticas de acuerdo a la siguiente ecuacin: F / Fo = r3 t3 / 162 T1 (2) (MW) VN(2) D(3) N(3) N= numero de abogador La conformacin natural mas comn o representativa que una protena esta su individualidad estructural interior lo que a la vez es causa de su individualidad funcional. La conformacin natural de una protena es la de menor energa o sea la de mayor estabilidad. Una protena puede tener cierto numero de conformaciones de mnima energa ntimamente relacionados entre si y fcilmente nter convertibles, este es uno de los pilares de la bioqumica moderna. ESTABILIZACIN DE LA ESTRUCTURA TERCIARIA Son cuatro los tipos principales de interacciones o de enlaces dbiles que cooperan a su estabilizacin: 1. 2. 3. 4. los enlaces de hidrgeno, como enlaces de doble hlice los puentes de hidrgeno entre grupos interacciones hidrofbicas entre grupos no polares enlaces inicos entre grupos cargados positiva y negativamente como el COO-.grupo R del aspartato y del glutamato y el NH3 de la lis

Se percibe que las acciones hidrofbicas entre los grupos R no polares son los mas importantes. La mayora tiene entre el 30 y 50 % de a.a no polares. El anlisis de difraccin de los rayos X demuestra que casi todos estos grupos R se encuentran en el interior de las protenas globulares nativas , protegidas de su exposicin al agua. Se podra pensar que la formacin natural de las cadenas polipeptdicas globulares es una conformacin de orden superior, en el que aparentemente disminuye la entropa. Seria esto una relacion de la segunda ley de termodinmica? No porque en el equilibrio cuando la cadena anrquica esta totalmente plegada. Al incremento de la entropa las molculas de agua del entorno es mayor que el decremento en la entropa de la cadena polipeptdica, que se encuentra ahora correctamente arrollada. No se ha valorado la segunda ley porque la combinacin del sistema ( polipeptidico ) y su entorno ( agua ) han experimentado un incremento neto de la entropa, la molcula de protena siempre tiene tendencia a empaquetarse o sea a ocupar el menor espacio posible y expulsar las molculas de agua. Las fuerzas no covalentes que estabilizan la cadena polipeptdica en su estructura terciaria son:

Fuerzas de atraccin Ion Ion entre cadenas laterales que tienen grupos inicos con cargas opuestas. Eje: lis (+) / glu (-) arg (+) / asp (-).

Fuerzas de atraccin Ion dipolo entre grupos R cargados y diversas funciones dipolo en la molcula. Eje: glu (-) / S+ delion OH de tre, lis (+) / S- de un radical C = O de un enlace peptdico. Puentes de hidrgeno de los enlaces peptdicos que ocurren en regiones helicoidales y laminares Puentes de hidrgeno no peptdicos en los que no participan diversas funciones dipolo de los grupos R. Eje: ser (OH) / his (imidazol) Interacciones con grupos prostticos. Eje: Ion metlico con R de asp glu. Interacciones hidrofbicas entre cadenas laterales apolares de los residuos: fen, lev, val, ile y otros no polares. NIVEL SUPERSECUNDARIO: Entre el nivel secundario y terciario hay una forma intermedia de estructura que es importante comprenderla porque ella contribuye a aclarar el nivel terciario de la protena. Ese nivel se llama NIVEL SUPERSECUNDARIO. Este nivel sirve para designar las formas posibles de asociaciones secundarias que se repiten en forma frecuente y que son termodinmicamente estables. Estas son: 1. 2. 3. 4. ORGANIZACIN: antiparalela de hlices dobles, la misma cadena tiene hlices dobles que van acercndose. UNIDAD BETA ALFA BETA: donde hay plegamientos laterales paralelos que estn unidos del comienzo al final por una doble hlice LA GRECA: con plegamientos laterales antiparalelos unidos por unidades aleatorias o dobleces que sueltan MEADRO: estructura en que se combina una lamina con una aleatoria alternadamente.

Estos plegamientos se pueden combinar para obtener la organizacin tridimensional de la molcula polipeptdica as: PARALELA ALFA BETA: esta estructura puede formar un barril por ejemplo, la isomeras del fosfato de triosa. COJINETE DOBLADO: donde hay laminas beta paralelas y antiparalelas con algunos elementos helicoidales. Eje: la carboxipeptidasa ANTIPARALELAS BETA: en esta estructura supersecundaria se pueden dar algunas clases de proteinas desde el punto de vista estructural. MOTIVOS Y DOMINIOS Un dominio es la posibilidad de una cadena polipeptdica de organizarse con otras cadenas polipeptdicas, en forma independiente, pero formando parte de la misma protena. No designa a un segmento de la cadena polipeptdica sin tener en cuenta el resto, que puede ser otro dominio u otros. El dominio puede tener muchos motivos estructurales. Una protena globular puede tener varios dominios los cuales es posible separarlos en forma estructural, pero no en forma funcional. La funcin es el resultado del entorno entre los dominios estructurales. Eje: la enzima alcohol desidrogenasa heptica. Tiene varios dominios pero cada uno por separado no acta, mientras que otra si lo hace.

Otro ejemplo es la mioglobina que fue la primera protena de quien se conoci su estructura tridimensional. Tiene 8 segmentos diferentes de beta alfa beta asociada con un grupo prosttico heme. Su contenido helicoidal es de 80 % y con estructuras aleatorias y con dobleces pronunciados. En cada protena se ve una mezcla de estructura secundaria, donde cada dominio depende del numero de a.a de la molcula. En la estructura tridimensional pueden surgir regiones moleculares y la molcula total es el resumen de la unin de todas estas estructuras. ESTRUCTURA CUATERNARIA:

Es una asociacin de dos o mas cadenas polipeptdicas unidas tan solo por fuerzas de atraccin no covalentes entre los grupos R de la superficie de las cadenas. No hay formacin de enlaces covalentes como los puentes S S -, entre las cadenas. Es una interaccin de componentes tridimensionales ya establecidos. Es el arreglo espacial de subunidades integradas a una forma geomtricamente especifica que origina una protena como una multisubunidad. En estas protenas se presentan sitios o centros que permiten la unin con otra idntica o diferente. Ella si tiene otra que tenga los puntos de contacto forma una multisubunidad y si no la hay se queda independiente, pero generalmente la hay. Las protenas de este grupo se conocen como oligomeros (dimeros, trimeros y tetrmeros etc.) las cadenas individuales suelen llamarse subunidades, cada subunidad es un protomero. Si las cadenas subunitarias son idnticas, la protena es un oligomero homogneo. Si las cadenas subunitarias son diferentes es un oligomero heterogneo. Una estructura cuaternaria es la de la hemoglobina. Est formada por 4 cadenas polipeptdicas cada un de las cuales se asocia a un grupo heme. Tiene dos y dos . Hay una homologa de aproximadamente 40% entre las cadenas y . Cada una de ellas es codificada por un gen distinto y los tres genes est situados en cromosoma distintos. Es un oligmero (dmero) de la subunidad . Un oligmero formado por dos protmeros. Una de las funciones excibidad por algunos oligmeros es la regulacin de la actividad por Interconvercin entre estados asociados y disociados. La estructura oligomrica puede generar formas hbridas. Las protenas oligomricas confieren a la clula un espectro de actividad proteica, es decir, no se trata de un espectro de actividades diferentes sino de distintos grados de una misma actividad o de diversas respuestas ante inhibidores, activadores u otras seales ( como temperatura) que controla dicha actividad. Es un mecanismo eficaz que tienen las clulas para adaptarse a las condiciones cambiantes, a distintas necesidades o a ambas cosas. Las protenas hbridas de asocian en diferentes proporciones y forman estructuras oligomricas hbridas, que realizan la misma funcin. Esto se observa en algunas enzimas que tienen formas hbridas y se llaman isoenzimas o isozimas. DESNATURALIZACIN: Cuando las protenas con dos o ms subunidades de cadenas polipeptdicas se someten a acciones que provocan desnaturalizacin, es decir, a acidez elevada, calor o concentraciones altas de urea, mercaptoetanol o cloruro de guanidina, etc. Experimentan cambios conformacionales hacia formas ms anrquicas en dos etapas. 1. Disociacin de las cadenas entre si. 2. Desplegamiento de las cadenas separadas produciendo arrollamiento al azar.

La prdida de la estructura de la protena es un proceso reversible cuando dichas acciones desnaturalizantes no son extremas. Se supone que puede haber un estado intermedio entre el estado nativo y desplegado, para que el proceso sea reversible.

Nativa

Desnaturalizada o desplegada

inactiva

Si el tratamiento se realiza muy cuidadosamente, las cadenas polipeptdicas de un protena oligomrica pueden a veces separarse uns de otras sin alterar su estructura terciaria normal. Si se emplean condiciones ms drsticas, las subunidades polipeptdicas no solamente se separan, sino que tambin se despliegan para formar arrollamientos anrquicos. Algunas protenas oligomricas totalmente desnaturalizadas y desplegadas, pueden volver a su forma nativa. Entre ms pequea la protena puede producirse un cambio reversible. La secuencia de aminocidos en la cadena es determinante en la conformacin nativa. Un ejemplo de ello nos lo dan los experimentos de F. White y C. Anfinsen, sobre la ribonucleasa, la cual despus de haber desplegado su cadena por agentes desnaturalizantes, vuelve a producir su estado nativo al separar el agente que produjo su desplegamiento. Existe un estadio entre la forma nativa y la desplegada, el cual es un estadio intermedio semiordenado, que se denomina Glbulo Fundido. A partir de ste estadio, la renaturalizacin tiene varios pasos, como son la formacin de hlices, estabilizacin del interior apolar, agrupacin de motivos, aparicin de dominios, aparicin de la protena nativa.

MTODOS DE PURIFICACIN DE PROTENAS Se aprovechan las propiedades de las protenas en solucin para separar mezclas de stas basndose en su: Tamao (peso) molecular; Solubilidad; Carga elctrica; Afinidad biolgica por otras molculas. 1. PROCEDIMIENTOS DE SEPARACIN BASADOS EN EL TAMAO MOLECULAR A. Dilisis y Ultrafiltracin. Las protenas globulares en disolucin pueden separarse fcilmente de los solutos de bajo peso molecular por dilisis, en la cual se utiliza una membrana semipermeable para retener molculas de protena, permitiendo que las molculas pequeas de soluto y de agua las atraviesen. En la ultrafiltracin se utiliza la presin de la fuerza centrfuga para hacer pasar por una membrana semipermeable agua y molculas pequeas, reteniendo a las protenas. Centrifugacin en gradiente de densidad. Se usa una solucin de sacarosa cuya concentracin vara de 20 al 60%, se puede separar una mezcla de protenas, que al centrifugar, se separaran en bandas, segn su tamao, forma y densidad. B. Cromatografa de exclusin molecular. Tambin se le conoce como filtracin en gel. Se utiliza una columna empaquetada con esferas porosas de un polmero inerte (Sephadex , Bio-Gel ) Las molculas de protena muy grandes no pueden penetrar en los poros de las partculas y por lo tanto son las primeras en salir (excludas), mientras que las protenas ms pequeas penetran y salen de los poros retardando su salida de la columna y as se separan. 2. PROCEDIMIENTOS DE SEPARACIN BASADOS EN DIFERENCIAS DE SOLUBILIDAD.

Las protenas en solucin muestran cambios de solubilidad en funcin del pH, la fuerza inica, propiedades dilectricas del solvente y la temperatura. A. Precipitacin isoelctrica. Las protenas muestran un mnimo de solubilidad a su pH isoelctrico, que es el valor de pH en el cual la protena no posee carga elctrica. En estas condiciones, no existe repulsin electrosttica entre molculas de protenas vecinas y tienden a coalescer y precipitar. Cada protena tiene un pI y estos van desde 1.5 hasta 11.0. B. Solubilizacin y precipitacin de protenas por salado. Las sales neutras afectan la solubilidad de las protenas globulares: a bajas concentraciones, las sales incrementan la solubilidad de las protenas ya que se induce la ionizacin de los grupos R disociables de la protena. Por otra parte, conforme aumenta la fuerza inica, se puede precipitar una protena ya que la concentracin elevada de sales puede eliminar el agua de hidratacin de las molculas de protena. El sulfato de amonio es usado frecuentemente para este propsito. C. Fraccionamiento con disolventes. La adicin de solventes orgnicos miscibles con el agua, como lo son el etanol y la acetona disminuye la solubilidad de la mayor parte de las protenas globulares, de tal forma que precipitan. El efecto del solvente es incrementar la fuerza de atraccin entre cargas opuestas, disminuyendo el grado de ionizacin de los grupos R de la protena. As, las molculas de protena tienden a agregarse y precipitan. D. Efecto de la temperatura en la solubilidad. Entre los 0 y los 40 C, la solubilidad de la mayora de las protenas aumenta conforme aumenta la temperatura. A partir de los 50 C, comienza la desnaturalizacin en muchas protenas, que se agregan y precipitan.

3. PROCEDIMIENTOS DE SEPARACION BASADOS EN LA CARGA ELECTRICA. A. Cromatografa de Intercambio Inico. Se utilizan columnas empacadas con derivados sintticos de la celulosa. Por ejemplo: dietilaminoetil celulosa (DEAE) contiene grupos cargados positivamente a pH 7.0 y es por lo tanto un intercambiador aninico, ya que protenas con carga neta negativa van a interaccionar con esta columna. Por otro lado, la carboximetil-celulosa tiene carga negativa a pH neutro y es un intercambiador catinico que retiene a protenas con carga neta positiva. La elucin sucesiva de las protenas se logra haciendo pasar soluciones amortiguadoras con pH decreciente o aumentando la fuerza inica. B. Mtodos electroforticos. La mezcla de protenas que se va a analizar se somete a un campo elctrico en un gel soporte poroso que generalmente es la poliacrilamida. La migracin va a depender de la carga elctrica de la protena. Una variacin de este mtodo es el electroisoenfoque en que se separan las protenas en un gel donde se ha establecido un gradiente de pH y al aplicar el campo elctrico, las protenas van a migrar hasta la zona del gel donde el pH sea igual a su punto isoelctrico y en ese punto se detendr. 4. SEPARACION BASADA EN LA ESPECIFICIDAD DE LIGANDOS. A. Cromatografa de Afinidad. Esta tcnica se basa en la capacidad biolgica las protenas de unirse no covalentemente a otra molcula llamada ligando. La naturaleza qumica de los ligandos es muy diversa ya que pueden ser metales, molculas orgnicas de bajo peso molecular u otras protenas. COMPILADO POR: JESUS ADRIANO ROMO R. Profesor Dpto Qumica Universidad de Nario