Anda di halaman 1dari 23

MAKALAH BIOLOGI MOLEKULER (JALUR-JALUR PERBAIKAN DNA)

Comment [MSOffice1]: Tidak ada keterangan perumus dan proofreader. Comment [MSOffice2]: Materi ini terlihat sekali bukan merupakan hasil pemikirna dari mahasiswa. Terdapat di internet, jadi harus dibuat ulang.

DISUSUN OLEH :
M.WISDA PRAJA R / 09613146 ANDAM RESCIA / 09613077 VERA NUR PRADANIA DEWI P / 09613108 NURHAYATI ASHA / 10613088 MARTA ELFIRA / 10613102 SILVI AYU VAJRIKA / 10613131 NURUL FITRI RAMADHAN S / 10613123 MELATI PERMATA HATI/ 10613142 DINY LIDYA / 10613263 KELAS : B

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM JURUSAN FARMASI UNIVERSITAS ISLAM INDONESIA 2011

A. Pendahuluan
Integritas genom organisme yang hidup di Bumi berada di bawah ancaman terus menerus dari agen eksogen dan endogen yang menyerang dan merusak asam nukleat. Faktorfaktor menyinggung termasuk sinar ultraviolet, radiasi pengion, zat kimia xenobiotic,
Comment [MSOffice3]: ?

lingkungan air, dan sel metabolit sendiri seperti pengaktifan oksigen atau pembawa gugus metil ([1, 2] dan referensi di dalamnya). Beberapa sistem kerusakan perbaikan dan toleransi dengan demikian telah berevolusi, yang tepat berfungsi sangat penting untuk kelangsungan hidup dan pencegahan mutagenesis (1). Saat ini, tidak ada estimasi terpadu baik jumlah absolut atau relatif dari perbedaan lesi DNA. Deoksinukleotida kecil (dN) lesi yang kemungkinan jenis yang paling luas kerusakannya. Seperti hasil lesi dari beberapa proses kimia, basis deaminasi menghasilkan urasil (Ura) dari sitosin; purin dNs rentan terhadap hidrolisis spontan dari ikatan Nglycosidicobligasi, sehingga oksidasi DNA dapat menyebabkan pembentukan nukleobasa yang banyak dimodifikasi; cincin nitrogen dan kelompok exocyclic dari nukleobasa adalah penambahan sisi elektrofilik, dll. Sebagai contoh dari kejadian lesi kecil dalam sel mamalia, 8-okso- 7,8-dihydroguanine (8-oxoGua), salah satu dari oksidatif yang paling berlimpah dari kerusakan basa, ditemukan di frekuensi basa dari 1 / 106 Gua (1).
Comment [MSOffice6]: Guanin? Comment [MSOffice5]: Cek kembali istilah ini. Comment [MSOffice4]: Pustaka yang mana?

B.

Pembahasan

Ada tiga jalur mekanisme perbaikan DNA, yakni :

1. Perbaikan pembalikan langsung dari kerusakan DNA


Berbeda dengan jalur perbaikan kerusakan DNA yang lain , jalur perbaikan kerusakan DNA secara langsung bukanlah proses multistep dan tidak melibatkan beberapa protein. Selanjutnya, tidak seperti perbaikan pemotongan, perbaikan langsung tidak terjadi pemotongan basa yang rusak. Sebuah contoh dari lesi DNA yang diperbaiki oleh perbaikan langsung adalah O6-alkylguanine. Agen alkylating dapat mentransfer metil atau gugus etil dengan guanin, dengan demikian dapat memodifikasi dasar dan mengganggu pasangannya dengan sitosin selama replikasi DNA. Para sitotoksik dan adisi mutagenik alkil O6 dalam DNA diperbaiki oleh pembalikan langsung, yang dimediasi oleh enzim yang ada pada Escherichia coli (E. coli) dan mamalia Methyltransferase O6-methylguanine-DNA (MGMT). MGMT, juga dikenal sebagai AGT, yakni menghilangkan adisi DNA dengan mentransfer kelompok alkil dari oksigen dalam DNA untuk sistein suatu residu dalam sisi aktif. Reaksi ini menyebabkan pembalikan kerusakan dasar, namun alkilasi MGMT mengarah ke yang inaktivasi dan ubikuitinasi berikutnya dan degradasi proteosomal. MGMT telah menarik banyak perhatian, sebagai obat-obat kemoterapi antikanker tertentu menghasilkan O alkylguanine, lebih lanjut mendukung perannya dalam modulasi terapi respon tumor terhadap obat ini. Inaktivasi MGMT telah diidentifikasi pada tikus model (2).
6 Comment [MSOffice7]: Apa maksudnya?

Mutan yang layak dan tidak menunjukkan peningkatan tumorigenesis spontan (Tabel I). Namun, tikus dan sel-sel homozigot MGMT yang sangat sensitif terhadap agen-agen alkilasi kemoterapi seperti methylnitrosourea. Homozigot MGMT mutan perempuan bukan yang laki-laki mengembangkan sejumlah besar induksi dimethylnitrosamine dibandingkan dengan kontrol dimethylnitrosamine dalam hati,tumor, dan paru-paru. Menanggapi alkilasi karsinogen yang menghasilkan O6-alkylguanine dalam DNA, tikus transgenik menunjukkan kerentanan secara signifikan untuk mengembangkan kanker, termasuk thymoma, tumor hati, dan tumor kulit. AlkB adalah enzim lain yang memediasi perbaikan langsung kerusakan DNA dalam E. coli. Dioksigenase ini terlibat dalam perbaikan kerusakan alkilasi, terutama 1methyladenine (1meA) dan 3-methylcytosine (3meC). Dua homolog AlkB mamalia, ABH2 dan ABH3, telah terbukti memiliki perbaikan DNA yang mirip dengan bakteri AlkB. Mirip dengan AlkB, ABH2 dan ABH3 memiliki kemampuan untuk memperbaiki residu 1meA dan 3meC. Namun, meskipun ABH2 lebih suka DNA beruntai ganda, ABH3 dan AlkB tetap mendukung DNA dan RNA beruntai tunggal (2). Selanjutnya pengetahuan tentang fungsi dari mamalia ABH2 dan ABH3 datang dari penelitian terhadap tikus yang mengalami mutasi pada gen ini. Usia tikus tergantung akumulasi dari 1meA dalam DNA genom mereka. Seperti dalam mutan AlkB dalam E. coli, fibroblast, embrio tikus (MEFs) kekurangan Abh2 yang hipersensitif terhadap metil sulfonat metana (MMS) pengobatan. Namun, tikus kekurangan Abh2 atau Abh3 tidak menunjukkan perkembangan kanker meningkat dengan spontan. Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk menilai peran dioxygenases ini, dan homolog AlkB lainnya, di alkilasi induksi kerusakan pada kanker. Ini contoh perbaikan langsung kerusakan DNA yang dimediasi oleh MGMT / Ada atau ABH / AlkB dimana menunjukkan hukum konservasi dalam mekanisme perbaikan DNA ini. Selain itu, peningkatan tumorigenesis mutan MGMT, bersama dengan resistensi MGMT tikus transgenik untuk alkilasi karsinogen yang menghasilkan O6-alkylguanine, lebih menunjukkan peran penting dalam perbaikan langsung kerusakan DNA di kanker (2).

2. Perbaikan Pemotongan Nukleotida (NER)


Perbaikan Pemotongan Nukleotida adalah proses multistep yang berfungsi untuk memperbaiki berbagai kerusakan DNA, termasuk lesi DNA yang disebabkan oleh radiasi UV , bahan kimia mutagenik, atau kemoterapi obat yang berbentuk adisi DNA besar (Gambar 1). Lebih dari 30 protein yang berbeda yang terlibat dalam NER mamalia, sedangkan hanya tiga protein (UvrA, UvrB, dan UvrC) diperlukan oleh prokariota. Dua sub jalur perbaikan pemotongan DNA yang telah diidentifikasi adalah sebagai berikut: genom global NER (GGNER) yang dapat mendeteksi dan menghilangkan lesi seluruh genom, dan gabungan transkripsi NER (TC-NER), yang aktif dalam perbaikan dengan transkip gen. NER dimulai dengan pengenalan lesi DNA, diikuti oleh potongan di lokasi yang mengapit lesi DNA, dan memuncak dalam penghapusan oligonukleotida yang mengandung lesi DNA. Ligasi oligonukleotida yang baru disintesis, melengkapi untai yang sudah ada, berfungsi untuk mengisi kesenjangan, sehingga mengakhiri proses NER. GG-NER dan TC-NER melibatkan beberapa protein umum yang sama dan melalui langkah-langkah perbaikan yang sama, kecuali pada saat pengenalan lesi DNA. Di GG-NER pengenalan ini melibatkan protein XPC-RAD23B dan protein DDB1-DDB2/XPE, sedangkan pengenalan di TC-NER dimediasi oleh sindrom Cockayne kelompok A (CSA) (ERCC8) dan CSB (ERCC6). NER telah menarik banyak perhatian karena perannya dalam tiga sindrom manusia yang langka yang ditandai oleh frekuensi kanker meningkat, neurodegeneration dan penuaan. Sindrom-sindrom ini antara lain : 1. Xeroderma pigmentosum (XP) XP individu menunjukkan kepekaan kulit yang sangat parah terhadap paparan sinar matahari sehingga mernimbulkan bintik-bintik di usia dini. Selain itu, XP individu mungkin memperlihatkan kerusakan mata karena mereka terkena imbas UV konjungtivitis kronis dan keratitis sebagai konsekuensi dari paparan sinar matahari terus-menerus. XP individu memiliki lebih dari 1000 kali lipat meningkatnya risiko kanker kulit, yang pertama kali muncul pada usia rata-rata 10 tahun. Sekitar 20% dari individu XP juga mengembangkan neurologis kelainan. XP disebabkan oleh mutasi gen XPA, XPB (ERCC3), XPC, XPD (ERCC2), XPE (DDB2), atau USD; XPG. Sedangkan XP individu membawa mutasi gen XPC atau XPE (DDB2) yang hanya kekurangan di GG-NER, yang tersisa Individu XP adalah kekurangan di kedua GG-NER dan TC-NER(2). 2. Sindrom Cockayne (CS)
Comment [MSOffice8]: Mana gambarnya?

CS adalah sangat jarang resesif autosomal manusia diwariskan ke penyakit genetik. Mirip dengan individu XP, CS individu disebabkan karena sensitivitas matahari yang berlebihan, tetapi tanpa peningkatan predisposisi untuk kanker kulit. Gejala umum CS termasuk hambatan pertumbuhan (dwarfisme), progresif gangguan kognitif, dan gangguan optalmologi seperti seperti katarak atau retinitis pigmentosa. CS individu biasanya mati dalam dekade pertama atau kedua dari kehidupan. CS adalah disebabkan oleh mutasi baik CSA atau CSB, dua protein yang penting untuk pengenalan DNA yang rusak dan inisiasi dari TC-NER. Oleh karena itu, meskipun CS individu kekurangan di TC-NER, tetapi mereka tetap mahir di GGNER(2). 3. Trichothiodystrophy (TTD) TTD adalah gangguan langka resesif autosomal manusia terkait dengan cacat NER, kasus yang paling parah yang berhubungan dengan mutasi pada gen XPB atau XPD. Klinis TTD meliputi karakteristik rambut rapuh dan kuku, dwarfisme, dan ataksia . Selain itu, setengah dari TTD individu menunjukkan sensitivitas terhadap sinar matahari, namun, kanker kulit predisposisi tidak dikaitkan dengan sindrom ini. Beberapa model tikus untuk mutasi NER telah dihasilkan seperti (Tabel III). Mutan-mutan homozigot untuk gen XP adalah layak dengan pengecualian dari implantasi embrio pra- mematikan dari mutan. Mutan tikus XpdR722W membawa substitusi asam amino yang meniru alel XPD manusia yang terkait dengan TTD yang dihasilkan. Demikian pula, mutan tikus XpdG602D membawa substitusi asam amino pada 602 yang dihasilkan untuk meniru XP gabungan manusia / CS. Kedua mutan, XpdR722W dan XpdG602D telah terbukti layak dan direproduksi beberapa karakteristik individu yang membawa mutasi ini. Dengan pengecualian yaitu mutan XPE (Ddb2) sel-sel mutan tikus homozigot untuk Xpa, XPC, XPF, XPG, XpdR722W, atau XpdG602D , semua UV sensitif berhubungan dengan hasil diperoleh dari sel-sel mutan manusia. Peningkatan predisposisi untuk induksi UV kanker kulit diamati dengan Xpa, XPC, XpdR722W, XpdG602D, dan mutan tikus XPE (Ddb2). Jadi, seperti yang terlihat pada manusia, protein XP memainkan peran utama dalam RPM murine. DDB1 dan HR23B adalah dua protein yang terlibat dengan XPC di pengenalan kerusakan DNA dan inisiasi GG-APM. Namun, berbeda dengan XPC, mutan Ddb1 inaktif selama perkembangan embrio awal. Inaktivasi Ddb1 di SSP berkembang dan besarnya lensa menghasilkan p53 tergantung apoptosis membagi sel dan mematikan sel setelah lahir. MEFs yang kekurangan Ddb1 akan menunjukkan proliferasi yang cacat dan UV-sensitif. Sebanyak 90% dari mutan HR23B menderita kematian intrauterin atau neonatus. Keselamatan tikus HR23B berada pada yang pertumbuhan lambat dan laki-laki yang steril, namun NER memiliki sensitivitas UV yang tetap normal.

Sebaliknya, mutan untuk HR23A, homolog lain S. cerevisiae dari NER gen Rad23, yang layak dan sel-sel mereka mahir dalam tanggapan UV. Namun, mutasi dari kedua HR23A dan HR23B menyebabkan kematian embrio dan peningkatan sensitivitas UV,sehingga menunjukkan redundansi antara dua protein NER. Masih harus ditampilkan apakah inaktivasi Ddb1 atau mHR23A / B yang akan spontan memfasilitasi atau induksi UV kanker pada model tikus (2).

Mutan tikus untuk CSA (Ercc8) atau CSB (Ercc6) telah dihasilkan. Mutan yang layak, tetapi meskipun sel mereka kompeten di GG-APM, yang akan tetap terganggu yaitu pada TC-APM dan UV-sensitif. Anehnya, berbeda dengan CS individu, CSA dan Csbmutant tikus rentan terhadap induksi UV kanker kulit. Perbedaan ini juga terlihat pada model tikus TTD, tikus XpdR722W rentan terhadap induksi UV kanker kulit. Seperti disebutkan sebelumnya, ada cross talk antara jalur perbaikan kerusakan DNA dan beberapa DNA memperbaiki kerusakan protein. Sebagai contoh, selama NER, endonuklease yang ERCC1/XPF memotong untai pada sisi 50-lesi DNA, memungkinkan untuk melanjutkan perbaikan. Namun, ERCC1/XPF juga

terlibat dalam perbaikan interstrand crossling (ICL) dan HR, menunjukkan bahwa fenotipe yang diamati dalam mutan Ercc1 atau XPF tidak hanya menghasilkan dari pelemahan NER. Sel kekurangan Ercc1 atau XPF menunjukkan sensitivitas yang tinggi terhadap UV dan ICL mitomycin C (MMC), dan tikus dengan inaktivasi Ercc1 atau XPF yang runted, sekarat di usia sekitar 3-4 minggu. Jadi, NER merupakan jalur perbaikan DNA yang penting dan penurunannya dikaitkan dengan cacat pertumbuhan, sensitivitas UV berlebihan, dan dalam kasus tertentu, meningkatkan kanker kulit (2).

3. Perbaikan Pemotongan Basa (BER)


Kerusakan DNA muncul dari berbagai sumber yaitu kerusakan oksidatif, kerusakan alkilasi, dan peristiwa deaminasi. Banyak lesi DNA yang dihasilkan dari beberapa jenis kerusakan yang dapat menyebabkan nonkanonik dasar pasangan yang akhirnya dapat mengakibatkan penggabungan dari salah satu basa DNA polimerase yang akan menyebabkan mutasi. Jalur untuk memperbaiki kerusakan DNA yang timbul dari alkilasi, deaminasi, dan kerusakan oksidatif, dikenal dengan jalur dasar perbaikan pemotongan basa (BER).jalur ini memiliki kemampuan untuk memperbaiki banyak jenis kerusakan dalam sel (3). Perbaikan pemotongan basa (BER) merupakan jalur primer perbaikan DNA yang memperbaiki lesi dasar yang timbul karena oksidatif, deaminasi alkali, dan depurinasi, atau kerusakan depiriminasi. BER memfasilitasi perbaikan DNA yang rusak melalui dua jalur umum yaitu jalur panjang dan jalur pendek. Pada jalur pendek BER mengarah kepada perbaikan saluran tunggal nukleotida, lama kelamaan jalur BER akan menghasilkan perbaikan saluran setidaknya dua nukleotida. Jalur BER dimulai oleh banyak DNA glycosilase dengan mengkatalisis penghapusan dari basa yang rusak. Penyelesaian jalur BER dicapai dengan tindakan terkoordinasi dengan tiga tambahan enzim, enzim yang melakukan sayatan untai, mengisi celah-celah dan ligasi (3). BER dimulai dengan pemotongan basa yang rusak oleh salah satu enzim khusus yaitu, DNA glycosylases, yang mengkatalisis hidrolisis dari ikatan N-glikosidik dari kerusakan deoxynucleoside. Penghapusan lesi sebagai basa bebas membedakan dari semua jenis perbaikan BER, yang melibatkan enzim lain yang menghapus lesi (jika sama sekali) sebagai dNMPs atau oligonukleotida pendek. Basa mengandung kerusakan dN sehingga diubah menjadi produk antara dari BER, sebuah sisi AP, yang merupakan substrat untuk endonuklease AP. enzim ini menghidrolisis ikatan fosfodiester segera 5 ' ke sisi AP. Beberapa glycosylases DNA ("AP lyases "atau" DNA glycosylases bifunctional ") juga

mampu membelah sisi AP, tetapi melakukannya dengan penghapusan yang 3'-fosfat (beliminasi). Perbedaan ini mendefinisikan titik percabangan pertama BER: AP endonuklease menghasilkan Termini 3 'yang dapat berfungsi sebagai substrat untuk DNA polimerase 5'tetapi ujung fragmen dari dN yang rusak dan harus dipangkas sebelum perbaikan selesai, sedangkan AP lyases menghasilkan dimodifikasi 5'-berakhir dan diblokir 3'-berakhir. Beberapa DNA glycosylases mengkatalisasi berturut-turut dua langkah eliminasi (b, deliminasi), menghasilkan suatu nukleotida tunggal dimana kesenjangan diapit oleh fosfat, di mana kasus fosfat 3'-terminal juga harus dihapus (1).

Skema Perbaikan Pemotongan Basa Secara Umum

Glycosylases pada langkah awal perbaikan pemotongan basa


DNA glycosylases akan membuat BER, dimana glycosylases mengenali dasar yang rusak dari genom, yang efektif untuk memulai jalur pendek BER. Fungsi utama dari DNA yang glycosylases adalah mengenali substrat dasar yang rusak dan mengkatalisis pembelahan sebuah Nglycosidic obligasi, merilis sebuah basa bebas dan menciptakan abasic situs. Selain mengkatalisis pembelahan N-glycosydic obligasi, beberapa glycosylases yang bifungsional memiliki aktivitas AP liase tambahan . Para glycosylase urasil-DNA (UNG) adalah DNA glycosylaseyang pertama untuk diidentifikasi dan di kloning (3).

Jalur Perbaikan pemotongan basa

Gambar 1 : Jalur inti BER(3). Keterangan pada gambar 1 : Merupakan jalur inti BER, Dalam jalur ini UNG glycosylase mengkatalisis pemotongan basa urasil yang rusak lalu menciptakan abasic (AP) situs. Para endonuklease APEX1 mengkatalisis sayatan dari backbone DNA 5 ke situs AP. POLB menggantikan Ap dan DNA polimerase untuk mengisi kesenjangan. POLB kemudian mengkatalisis pemindahan dari situs AP, Akhirnya, LIG3 mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester dan menyelesaikan perbaikan jalur. Jadi PLOB melakukan dua reaksi enzimatik yang berbeda, BER menggunakan aktivitas DNA polimerase untuk mengisi satu nukleotida yang kosong, dan juga penggunaan 5' deoxyribophosphatase untuk kegiatan membelah 5 fosfat yang memungkinkan efisiensi ligasi (3).

Pada gambar 1 jalur perbaikan pemotongan basa memerlukan 4 fungsi protein, protein yang dimaksud adalah protein glycosilase DNA, AP atau AP liase DNA, polimerase DNA, dan DNA ligase. Protein yang terlibat memiliki fungsi untuk menghapus DNA dasar yang rusak, dan menggantikannya dengan DNA dasar yang benar. Terdapat lima langkah enzimatik yang berbeda untuk perbaikan basa yang rusak, yaitu : 1. Ketika telah diketahui kerusakan dasar oleh DNA glucosilase maka glycosilase akan mengkatalisis ikatan N- glikosidik, ikatan ini efektif menghilangkan kerusakan dasar dan menciptakan apurinic atau apyrmidinic situs (AP situs). 2. Pada backbone DNA akan dibelah dengan baik oleh DNA endonuklease AP atau AP DNA liase, hal ini merupakan sebuah aktivitas yang ada pada beberapa glycocilase. AP endonuklease merupakan kegiatan menciptakan DNA untai tunggal dari 5 ke situs AP. Dengan jalur yang diciptakan dari 3 ke AP. 3. Dua aktivitas enzim yang berbeda mampu membelah DNA disitus AP yang ditorehkan oleh liase AP hal ini sering dikaitkan dengan glycosylase DNA bifunctional. Pada kegiatan ini liase akan menciptakan DNA yang mengandung 3 gula yang memerlukan pengolahan lebih lanjut oleh DNA polimerase dalam rangka untuk memberikan substrat yang cocok untuk DNA ligase (3).

Interaksi di jalur dasar perbaikan eksisi


XRCC adalah salah satu protein yang dihasilkan dari jalur pendek BER yang dihasilkan oleh oleh glycosylase atau AP endonuklease. XRCC1 diketahui tidak memiliki aktivitas enzimatik dan telah terbukti sebagai enzim koordinasi pada jalur pendek BER. XRCC1 diidentifikasi sebagai pemeran utama dalam aktivitas perbaikan pemotongan basa yang ditujukan untuk berinteraksi dengan LIG3 yaitu sebuah inti enzim BER dan juga XRCC1 ditujukan untuk berinteraksi dengan POLB, yang diperlukan pada jalur pendek BER(3).

Gambar 2 : merupakan interaksi protein dalam jalur BER(3).

Gambar 3 : beberapa basa DNA yang rusak yang diproses oleh jalur BER(3).

Struktur dalam perbaikan pemotongan basa. Struktur kristal telah menjadi sumber daya berharga untuk memahami dan mengelusidasi enzimatik mekanisme enzim yang terlibat dalam BER. Misalnya, glycosylase DNA memiliki mekanisme kompleks enzimatik yang tidak bisa direalistis dan dipahami tanpa menggunakan struktur kristal. Struktur kristal dari bakteri BER akan memulai banyak protein yang akan dipecahkan (3).

Informasi tentang struktur MPG tersedia untuk protein bermuatan tidak aktif yang kebanyakan dikomplekskan dengan lesi DNA yang berisi 1, N6-ethenoadenine. BER DNA glycosylases memiliki struktur yang relatif kekal, namun, MPG memiliki struktur atipikal yang terdiri dari satu a / b domain dengan sebuah jepit b-menonjol ke alur kecil DNA. Ketika MPG mengenali (Gambar 4a) muatan positif dasar substrat yang rusak yang dibebankannya adalah balik ke sisi aktif dari enzim yang distabilkan oleh penumpukan planar dan kation-p interaksi (3).

Struktur kristal dari sebuah katalitis aktif bermutan dari OGG1 (Gambar 4b) dalam kompleks dengan 8 - oxoG telah ditentukan dan menunjukkan bahwa keseluruhan struktur OGG1 mirip dengan bakteri endonuklease III dan Alka. Rantai heliks-tajam-helix (HHH) umumnya mengikat DNA. OGG1 merupakan instrumen dalam melakukan kontak dengan DNA dan memperbaiki dasar yang rusak sehingga keluar dari heliks ganda (3). Meskipun glycosylase SMUG1 (Gambar 4e) awalnya ditandai sebagai untai-tunggalselektif dan monofungsional urasil-DNA glycosylase, enzim-enzim kemudian ditunjukkan secara efisien untuk mengkatalisasi eksisi urasil dari kedua U:G, ketidaksesuaian U: merupakan sebuah pasangan basa . Struktur XSMUG1 memiliki lipatan yang sama secara keseluruhan. Gangguan dasar dari DNA tampaknya lebih luas dalam xSMUG1 dibandingkan dengan UNG (3). MBD4 adalah golongan dari metil-CpG yang akan mengikat protein yang berisi dua domain. Sebuah N-terminal metil-CpG mengikat domain (MBD) dan C-terminal ketidaksesuaian-spesifik domain glycosylase. Sebagai namanya, domain MBD mengikat methylated-CpGregions dari keseluruhan DNA C-terminal domain mampu mengkatalisis eksisi timin dari G: T ynag terjadi ketidaksesuaian dalam DNA. Hanya C-terminal domain MBD4 yang telah mengkristal (Gambar 4f). Struktur ini menunjukkan bahwa glycosylase yang domain memiliki struktur heliks dan berisi rantai struktural HHH (3). Enzim-enzim yang berperan dalam perbaikan pemotongan basa adalah : DNA glycosylases DNA glycosylase memulai BER jika dN yang rusak masih mengandung basa. Glycosylases DNA juga sebagai protein yang mungkin memiliki lipatan yang sangat mirip namun berbeda seluruhnya sehingga glycosylase dapat dikelompokkan menjadi tiga superfamili utama, yaitu : 1. Urasil-DNA glycosylase superfamili. Urasil-DNA superfamili glycosylase meliputi lima kelompok enzim dengan kekhususan substrat yang sama dan keseluruhan lipatan yang loops nya menghubungkan unsur-unsur ini membawa asam amino yang membentuk sisi aktif dan pengenalan lesi dan DNA yang mengikat fosfat (1). 2. FPG superfamili / Nei. Superfamili FPG / Nei didefinisikan oleh dua homolog E. coli enzim, untuk mamidopyrimidine-DNA glycosylase (FPG) dan endonuklease VIII (Nei). Keduanya memiliki 2 fungsi aktivitas DNA glycosylases b, d-eliminasi. Struktur kristal menunjukkan bahwa DNA glycosylases b, d-eliminasi terdiri dari dua domain yang dihubungkan oleh

sebuah penyambung yang fleksibel; N-terminal domain diorganisir sekitar 2-sheet-betabertumbukan dan domain C-terminal mengikat dua rantai DNA yaitu rantai heliks-dua-turnhelix dan rantai seng jari. Fungsi FPG / Nei enzim adalah perbaikan oksidatif Lesi DNA. FPG adalah enzim utama dalam E. coli yang cukai 8-oxoGua dan formamidopyrimidine derivatif Gua dan Ade, sedangkan Nei khusus untuk pirimidin teroksidasi (1). 3. Nth superfamili. Kelompok yang paling beragam dari DNA glycosylases berhubungan dengan endonuklease III (N). Enzim ini merupakan glycosylase spesifik DNA bifunctional untuk basa pirimidin teroksidasi (1).

AP endonuklease Anggota Prototypic dari kelompok ini adalah exonuclease III (Xth) dan endonuklease IV (Nfo), dua enzim E. coli dengan fungsi serupa tetapi terkait di tingkat struktur. Xth adalah anggota DNase struktural family, suatu protein a + b dengan b-bertumbukan inti, sementara Nfo adalah b TIM / protein per barel terkait dengan isomerase xilosa. selain aktivitas AP endonuklease, juga memiliki kegiatan 3-fosfatase, 3 Phosphodiesterase, dan RNase H (1).

DRP pengolahan enzim Penghapusan DRP setelah pemotongan basa prinsipnya melanjutkan dengan hydrolytical dan AP untai menakik dapat pada dengan b-elimination, dimana

atau

menggunakan produk DNA yang sama tetapi produk yang dihasilkan dipotong oleh pentosa yang berbeda. DRP berfungsi untuk menghapus aktivitas Pol b di mamalia dimana DRP berada dalam N-terminal yang terpisah (1).

DNA polimerase DNA polimerase utama mengisi kesenjangan pada bakteri dan eukariota. Enzim ini mengkatalisis kebanyakan sintesis translesi atau memiliki fungsi khusus lainnya dan umumnya tidak terlibat dalam BER. Namun demikian, beberapa polimerase translesi bisa memberikan aksesori polimerase atau fungsi DRP liase untuk BER (1). Flap endonuklease Pengolahan struktur flap selama LP-BER telah diselidiki secara rinci di sistem eukariotik FEN1 adalah Mg2+ yang tergantung dengan flap 5-(baik RNA atau DNA) endonuklease, sebagai substrat yang disukai. Enzim ini mungkin dimuat di ujung 5 dari flap

sampai menemukan persimpangan dengan DNA beruntai ganda. Dalam Eubacteria, FEN1 bukan sebagai entitas yang terpisah. Pol I berisi 5- 3 domain exonuclease dengan homologi terbatas untuk FEN1 tetapi organisasi strukturalnya mirip (1).

DNA ligases BER dilengkapi dengan ligasi dari single-strand dalam DNA. Reaksi ini dikatalisis oleh DNA ligase, enzim yang terlibat dalam aspek metabolisme DNA dan memanfaatkan energi dari hidrolisis phosphoanhydride untuk membentuk sebuah fosfodiester obligasi. Semua sel memiliki setidaknya satu jenis DNA ligase yang mutlak diperlukan untuk fragmen Okazaki bergabung selama replikasi; yang mayoritas ligases DNA bergantung pada ATP, sementara beberapa (termasuk yang dari E. coli) bergantung pada NAD+ (1).

C.

Penutup
Meskipun terdapat sejumlah protein yang digunakan oleh beberapa jalur perbaikan

kerusakan DNA, kehilangan atau inaktivasi salah satu protein dapat mengakibatkan kegagalan dalam jalur perbaikan kerusakan DNA. Sebaliknya, ada beberapa protein perbaikan kerusakan DNA mutasinya tidak diketahui atau tidak terdeteksi karena kurangnya fungsional di kedua tingkat jaringan seluler dan organisme. Pengetahuan saat ini tentang mekanisme yang mengatur perbaikan DNA telah tumbuh secara signifikan selama beberapa tahun terakhir. Selain meningkatkan diagnosis, pengetahuan ini juga memberikan kontribusi untuk desain obat-obatan dan terapi yang lebih baik untuk pengobatan penyakit, seperti kanker. Studi lanjut tentang perbaikan kerusakan DNA ini diperlukan untuk lebih menilai efek dari substitusi asam amino dan mutasi gen dalam perbaikan kerusakan DNA yang berhubungan dengan sindrom manusia dan penyakit. Karakterisasi pasca-translasi yang mengontrol fungsi dan stabilitas protein perbaikan DNA, seperti fosforilasi dan ubiquitination yang penting untuk manipulasi perbaikan di masa yang akan datang untuk membantu dalam respon terapi yang lebih baik.

SOAL 1.Jelaskan peristiwa-peristiwa kimia apa saja yang dapat menyebabkan terjadinya mutasi spontan! Jawab: Peristiwa kimia yang paling umum yang dapat menyebabkan mutasi spontan adalah depurinasi dan deaminasi basa-basa tertentu. Pada peristiwa depurinasi, adenin dan guanin tersingkir dari DNA karena terputusnya ikatan kimia antara purin dan deoksiribose. Pada peristiwa depurinasi, jika tersingkirnya purin itu tidak segera diperbaiki maka pada saat replikasi tidak terbentuk pasangan basa komplementer yang lazim. Yang terjadi adalah secara random basa apapun dapat diadakan. Pada replikasi berikutnya, keadaan tersebut dapat menyebkan mutasi jika basa baru yang diadakan secara acak tersebut tidak sama dengan basa mula-mula(4). Sementara pada proses deaminasi, peristiwa yang terjadi adalah tersingkirnya gugus amino dari basa. Contoh dari deaminasi adalah deaminasi sitosin menjadi urasil. Oleh karena urasil merupakan basa nitrogen yang tidak lazim bagi DNA maka sebagian besar urasil tersebut harus segera disingkirkan dan diadakan proses perbaikan untuk mengembalikan sitosin. Apabila urasil tidak segera diperbaiki maka hal itu akan menyebabkan pengadaan adenin pada unting DNA baru hasil replikasi berikutnya, dan sebagai hasilnya adalah terjadinya mutasi berupa perubahan pasangan bsa S-G menjadi TA(4). 2.Jelaskan penyebab mutasi dalam lingkungan yang bersifat fisik, kimiawi dan biologis! Jawab: Penyebab mutasi dalam lingkungan yang bersifat fisik adalah radiasi dan suhu. Radiasi sebagai penyebab mutasi dibedakan menjadi radiasi pengion dan radiasi bukan pengion. Radiasi pengion adalah radiasi berenergi tinggi sedangkan radiasi bukan pengion adalah radiasi berenergi rendah. Contoh radiasi pengion adalah radiasi sinar X, sinar gamma, radiasi sinar kosmik. Contoh radiasi bukan pengion adalah radiasi sinar UV. Radiasi pengion mampu menembus jaringan atau tubuh makhluk hidup karena berenergi tinggi. Sementara radiasi bukan pengion hanya daat menembus lapisan sel-sel permukaan karena

Comment [MSOffice9]: Soal seharusnya mengenai mekanisme perbaikan kerusakan DNA, bukan menyebutkan asal/ penyebab mutasi.

Comment [MSOffice10]: Soal ini juga kurang tepat, karena seharusnya membahas mengenai mekanisme perbaikan kerusakan DNA! Pertanyaan dan jawaban telalu panjang lebar, kurang ringkas, tidak menyentuh esensi pertanyaan. Contoh yang diberikan terlalu kompleks.

berenergi rendah. Radiasi sinar tersebut akan menyebabkan perpindahan elektronelektron ke tingkat energi yang lebih tinggi. Ataom-ataom yang memiliki elektronelektron sedemikian dinyatakan tereksitasi atau tergiatkan. Molekul-molekul yang mengandung atom yang berada dalam keadaan tereksitasi maupun terionisasi secara kimiawi lebih reaktif daripada molekul yang memiliki atom-atom yang berada dalam kondisi stabil. Raktivitas yang meningkat tersebut mengundang terjadinya sejumlah reaksi kimia, terutama mutasi. Radiasi pengion dapat menyebabkan terjadinya mutasi gen dan pemutusan kromosom yang berakibat delesi, duplikasi, insersi, translokasi serta fragmentasi kromosom umumnya(4). Penyebab mutasi dalam lingkungan yang bersifat kimiawi disebut juga mutagen kimiawi. Mutagen-mutagen kimiawi tersebut dapat dipilah menjadi 3 kelompok, yaitu analog basa, agen pengubah basa dan agen penyela. Senyawa yang merupakan contoh analog basa adalah 5-Bromourasil (5 BU). 5-BU adalah analog timin. Dalam hubungan ini posisi karbon ke-5 ditempati oleh gugus brom padahal posisi itu sebelumnya ditempati oleh gugus metil. Keberadaan gugus brom mengubah distribusi muatan serta meningkatkan peluang terjadinya tautomerik. Senyawa yang tergolong agen pengubah basa adalah mutagen yang secara langsung mengubah struktur maupun sifat kimia dari basa, yang termasuk kelompok ini adalah agen deaminasi, agen hidroksilasi serta agen alkilasi. Perlakuan dengan asam nitrit, misalnya, terhadap sitosin akan menghasilkan urasil yang berpasangan dengan adenin sehingga terjadi mutasi dari pasangan basa S-G menjadi T-A. Agen hidroksilasi adalah mutagen hydroxammin yang bereaksi khusus dengan sitosin dan menguabhnya sehingga sitosisn hanya dapat berpasangan dengan adenin. Sebagai akibatnya terjadi mutasi dari SG menjadi TA.agen alkilasi mengintroduksi gugus alkil ke dalam basa pada sejumlah posisi sehingga menyebabkan perubahan basa yang akibatnya akan terbentuk pasangan basa yang tidak lazim. Senyawa yang tergolong agen interkalasi akan melakukan insersi antara basa-basa yang berdekatan pada sati atau kedua unting DNA. Contoh agen interkalasi adalah proflavin, aeridine, ethidium bromide, dioxin dan ICR-70(4) Penyebab mutasi gen yang disebabkan oleh faktor biologis adalah fag. Efek mutagenik yang ditimbulkan oleh fag terutama berkaitan dengan integrasi DNA fag, pemutusan dan delesi DNA inang. Mutagenesis fag dapat terjadi karena kerusakan DNA akibat

pemutusan dan delesi yang mungkin timbul oleh efek nuklease atau karena gangguan perbaikan DNA(4).

DAFTAR PUSTAKA . (1) Zharkov, D.O., 2008, Review : Base excision DNA repair, Cellular and Molecular Life Sciences, vol 14, available at http://search.proquest.com, diakses tanggal 21 november 2011. (2) Hakem, Razqallah., 2008, Focus Quality Control DNA-damage repair; the good, the bad, (3) and the ugly, the embo journal, vol 18, available at http://search.ebscohost.com, diakses tanggal 21 november 2011. A. B. Robertson, A. Klungland, T. Rognes and I. Leiros., 2009, Base excision repair: the long and short of it, Cellular and Molecular Life Sciences, vol 23, available at http://search.proquest.com, diakses tanggal 21 november 2011. (4) Yuwono,Triwibowo, 2007, Biologi moleculer, Erlangga; Jakarta.