ALFREDO HIDALGO MIRANDA * IRMA SILVA-ZOLEZZI EDUARDO BARRIENTOS SANTIAGO MARCH LAURA DEL BOSQUE PLATA OSCAR A.

PREZ GONZLEZ EROS BALAM ORTZ ALEJANDRA CONTRERAS CARLOS DVILA LORENA OROZCO ** GERARDO JIMNEZ-SNCHEZ

Mapa genmico de los mexicanos

El genoma humano podra compararse con el sistema operativo de una computadora o con el manual de instrucciones de un sofisticado aparato. Est compuesto de cido desoxirribonucleico (adn), formado a su vez por cuatro tipos de unidades o nucletidos1: Adenina (a), Guanina (g), Timina (t) y Citosina (c).
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Proyecto

*Estos autores han contribuido en forma similar al trabajo. **Dirigir correspondencia a: Dr. Gerardo Jimnez-Snchez, Instituto Nacional de Medicina Genmica, Torre Zafiro II Perifrico Sur 4124, 6to. Piso, Col. ExRancho de Anzaldo, Mxico, D.F. 01900, Mxico, Tel. (55) 5350-1901 / 1902, Fax. (55) 5350-1950, e-mail: gjimenez@inmegen.gob.mx 1.Son unidades qumicas que forman los cidos nucleicos.

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Mapa genmico
de los mexicanos

Proyecto

FIGURA 1

EL GENOMA HUMANO
Cada clula cuenta con 23 pares de cromosomas (46 cromosomas por clula).

EL GENOMA HUMANO Y SUS I M P L I CAC I O N E S E N L A S A L U D

a secuencia de estas unidades permite compararlo con un texto de tres mil millones de letras, escrito con un alfabeto de cuatro letras. Esta cadena mide cerca de metro y medio, pero se compacta y se alberga en el ncleo de cada una de los trillones de clulas que forman el cuerpo humano. En ella, cerca de 2% corresponde a los genes, segmentos que contienen la informacin para la produccin de protenas, las cuales llevan a cabo dentro del organismo humano la intencin de los genes a travs de sus funciones bioqumicas. El genoma humano se compacta en los cromosomas, cuyas estructuras se agrupan en 23 pares; es decir, hay 46 cromosomas (Figura 1). Los progenitores contribuyen con uno de los cromosomas de cada par, as un hijo recibe un cromosoma de cada par de su padre y la otra mitad de su madre. Todas las clulas humanas tienen 23 pares de cromosomas, menos las germinales o reproductivas (espermatozoides y vulos), las cuales tienen slo uno de los cromosomas de cada par; sin embargo, durante la concepcin se fusionan ambas clulas, restituyndose as el total del material gentico. La suma de los 23 cromosomas es igual a una molcula del genoma humano. En 1990, comenz uno de los proyectos cientficos tecnolgicos ms ambiciosos de la historia de la humanidad: el Proyecto del Genoma Humano (PGH), cuyas metas fueron conocer el orden preciso de todos los nucletidos de la cadena del genoma humano, y elaborar un mapa donde se ubicaran a los genes humanos. Once aos despus, en febrero de 2001, se anunci la culminacin del primer borrador de la secuencia, y la formacin de un mapa con la ubicacin de los cerca de 26 mil genes del genoma humano que se identificaron. Uno de los hallazgos adicionales ms significativos del PGH fue la identificacin sistemtica de variaciones en la secuencia del genoma humano. En 1998 se hizo manifiesto que las variaciones ms comunes en la secuencia, corresponden a cambios de una sola letra o nucletido (SNPs, por sus siglas en ingls y pronunciados comnmente como SNIPs)2. Los SNPs equivaldran en

Cromosomas acomodados en orden decreciente, de acuerdo con su tamao. Los primeros 22 son autosomas y el par 23 corresponde a los cromosomas sexuales: XX femenino y XY masculino.

1-3

4-5

6-12 13-15 16-18

19-20

21-22

xy (par 23)

FIGURA 2

Diagrama que muestra un fragmento de la secuencia del genoma humano. La parte sombreada representa a un gen y las flechas sealan cambios de un slo nucletido que corresponden a los SNPS.

2.Single Nucleotide Polimorfism (SNPs): Polimorfismo de un solo nucletido. Diferentes formas de un nucletido en una posicin determinada en el genoma humano.

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Tras la fusin de dos clulas germinales durante la concepcin, se obtendr como resultado una molcula del genoma humano.
Clula humana con la informacin gentica restituida.

DNDE EST EL GENOMA?

Los progenitores contribuyen con uno de los cromosomas de cada par, as un hijo recibe la mitad de los cromosomas de su padre y la otra mitad de su madre. La suma de los 23 cromosomas es igual a una molcula del genoma humano
XX CIENCIA Y DESARROLLO |

un texto a errores tipogrficos de una sola letra. Hoy sabemos que los SNPs ocurren en promedio cada 400 nucletidos y que hay cerca de 10 millones de ellos en la cadena. La gran mayora de los SNPs son biallicos, es decir, alternan entre dos nucletidos. Esto significa que en la misma posicin del genoma, algunas personas pueden tener, por ejemplo, una A mientras que otras pueden tener una G. Es as, que si bien todos los miembros de la especie humana compartimos 99.9% de la cadena, 0.1% restante es el que confiere la individualidad gentica a cada miembro de nuestra especie (Figura 2).
LA MEDICINA GENM I CA

La interaccin del medio ambiente y la individualidad gentica da como resultado la existencia de caractersticas propias de cada individuo, por ello cada persona es diferente de otra en sus caractersticas fsicas externas y bioqumicas internas. La individualidad bioqumica cobra especial relevancia en medicina al predisponer a cada persona a padecer enfermedades comunes (por ejemplo, diabetes, hipertensin u obesidad), y al determinar su respuesta a frmacos de uso comn y a otros estmulos del medio. El conocimiento de la individualidad genmica resulta de gran relevancia al ofrecer la posibilidad de desarrollar una prctica mdica ms individualizada, ms predictiva y ms preventiva. Bajo este principio ha surgido el desarrollo inicial de la medicina genmica, que tiene como base el conocimiento de las variaciones del genoma humano de los individuos para implementar recomendaciones individuales dirigidas a retrasar o evitar la presencia de las enfermedades ante las que se tiene riesgo. Al aplicar estos principios al tratamiento farmacolgico ha surgido la farmacogenmica, nueva rea de investigacin cientfica cuyo eje es la capacidad de predecir la respuesta a frmacos con base en las caractersticas del genoma de cada individuo. As, se espera que el mdico

La medicina genmica contribuir al desarrollo de una prctica mdica ms individualizada, ms predictiva y ms preventiva, con base en las variaciones del genoma humano que afectan el riesgo a padecer enfermedades
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Mapa genmico
de los mexicanos

Proyecto

pueda prescribir los medicamentos con dosis ms personalizadas, ante las cuales el paciente debe responder de manera ms efectiva y menos txica. A futuro, las implicaciones de la medicina genmica se prevn en diferentes mbitos, como el de las aplicaciones potenciales al diagnstico preventivo y sus resultados en beneficios para la salud y la calidad de vida de un gran nmero de personas, as como en la reduccin de los costos de atencin mdica. Por otra parte, se prev que el retraso en la aparicin de enfermedades comunes reducir las prdidas en la fuerza laboral por estas causas y sus complicaciones. Conforme la medicina genmica permita identificar subgrupos en la poblacin, con riesgos especficos para algunas enfermedades, la planeacin del gasto pblico en salud podr dirigirse cada vez ms hacia las necesidades de cada poblacin. Adems, las repercusiones econmicas de la medicina genmica abarcarn tanto la industria como el comercio de cada nacin, ya que a partir de ella se desarrollarn aplicaciones efectivas para el cuidado de la salud, y se generarn nuevos productos y servicios que contribuyan a potenciar en forma significativa la economa de aquellos pases que inviertan en este tipo de innovacin cientfica y tecnolgica. Por otro lado, la medicina genmica enfrenta ya a las sociedades modernas a nuevos retos ticos, legales y sociales, los cuales requieren programas educativos y marcos jurdicos apropiados, en los cuales se permita su avance pleno, conforme a las particularidades culturales de las poblaciones y con fundamento en principios ticos universales. En 2004, el H. Congreso de la Unin de Mxico cre el Instituto Nacional de Medicina Genmica (INMEGEN) (www.inmegen.gob.mx) con el fin de generar una plataforma nacional para el desarrollo de las aplicaciones mdicas del genoma

Implicaciones futuras de la medicina genmica: >Diagnstico preventivo >Tratamiento personalizado

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La investigacin en medicina genmica se inici con el fin de identificar la relacin entre las variaciones en el genoma humano y la proclividad a padecer enfermedades comunes
humano y la atencin de problemas de salud de los mexicanos. As, el INMEGEN lleva a cabo programas de investigacin cientfica, enseanza y divulgacin con base en el programa de trabajo aprobado por su Junta de Gobierno. Su estrategia incluye seis reas iniciales de inters: metablica (diabetes y obesidad), cncer, enfermedades cardiovasculares, enfermedades infecciosas, farmacogenmica y anlisis de las caractersticas genticas de la poblacin mexicana. En la actualidad, esta institucin cuenta con las siguientes lneas de investigacin: obesidad, hipertensin arterial sistmica, rabdomiosarcoma peditrico3, asma, lupus eritematoso4, artritis reumatoide y estructura genmica de la poblacin mexicana.
R E TO S I N I C I A L E S D E L A M E D I C I N A G E N M I CA

En diferentes partes del mundo, el desarrollo de la investigacin en medicina genmica se inici con el inters de identificar la relacin entre las variaciones en el genoma humano y el aumento o la disminucin del riesgo de padecer enfermedades comunes. Las estrategias para identificar estos factores genticos se basan en el estudio de un gran nmero de SNPs en el genoma de pacientes con cierta enfermedad y controles sin ella, con el apoyo de algoritmos computacionales que permiten asociar regiones del genoma humano con aquellos individuos que padecen la enfermedad. Una vez identificadas regiones del genoma asociadas
3. Tumor maligno ms frecuente dentro del grupo de los sarcomas de partes blandas y ocupa entre 5% y 6% de todas las neoplasias malignas de la edad peditrica. 4. Trastorno inflamatorio crnico autoinmune que puede afectar muchos sistemas de rganos como la piel, las articulaciones y los rganos internos.

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Mapa genmico
de los mexicanos
FIGURA 3

Proyecto

Diagrama que muestra las cromtides durante la recombinacin, proceso por el cual se lleva a cabo el intercambio de material gentico durante la formacin de vulos y espermatozoides

con la enfermedad, se procede a un proceso similar con mayor resolucin, aumentando el nmero de SNPs en la regin, hasta encontrar el gen especfico y los SNPs que confieren mayor o menor riesgo de padecer la enfermedad, a fin de calcular su implicacin en el riesgo relativo de padecer una enfermedad comn en la poblacin estudiada. El proceso de asociar una variacin gentica a enfermedades humanas es largo, complejo y costoso, sobre todo por el enorme nmero de SNPs que deben investigarse a lo largo del genoma humano para definir la variacin gentica que influye en el riesgo de desarrollar la enfermedad. La determinacin y anlisis de miles de SNPs en cada experimento representa altos costos, y requiere de una infraestructura tecnolgica con la que pocos laboratorios cuentan. En consecuencia, en los ltimos aos se han dedicado esfuerzos importantes al desarrollo de estrategias para agilizar este tipo de investigacin, y se ha buscado reducir el nmero de SNPS necesarios para cada estudio.

Los SNPS pueden ser empleados como marcadores para localizar genes en el genoma humano. Por ejemplo, si un SNP aumenta el riesgo para desarrollar hipertensin arterial, pero no se conoce la posicin en la que se encuentra esa variacin, la comparacin de los SNIPs entre personas con hipertensin arterial y sin ella permitir ubicar regiones del genoma donde se encuentren los genes asociados a la enfermedad. Sin embargo, si bien esto puede ser muy til, la comparacin de 10 millones de SNPS entre diferentes individuos resulta sumamente compleja y costosa, pero puede simplificarse si se estudian grupos de SNPs representativos de cada regin del genoma humano, lo que se podr hacer cuando se conozcan las etiquetas de SNPs representativas de las diferentes regiones del genoma humano.
S I M P L I F I CA N D O E L P R O C E S O : E S T R AT E G I A B A S A DA E N H A P LOT I P OS

La generacin de clulas germinales incluye el intercambio de material gentico de los dos

La medicina genmica enfrenta a las sociedades modernas a nuevos retos ticos, legales y sociales, los cuales requieren programas educativos y marcos jurdicos apropiados que permitan su avance pleno
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progenitores. Los miembros de cada par de cromosomas se juntan e intercambian fragmentos entre s, dando como resultado, la generacin de nuevos cromosomas formados por segmentos de cada progenitor (Figura 3), pasando a la siguiente generacin. A travs de las generaciones, los cromosomas resultan estar formados por bloques aportados por los ancestros de ese linaje, siendo algunos de estos bloques compartidos entre mltiples individuos (Figura 4). Si bien estos bloques no han sido interrumpidos por la recombinacin, estn flanqueados por sitios en donde esta s ocurri. Los SNPs que se encuentran fsicamente cercanos unos de otros tienden a heredarse juntos, siempre que el bloque en el que se encuentran no sea interrumpido por un sitio de recombinacin. A las variaciones que se heredan conjuntamente como un bloque se les llama haplotipos. Es decir, combinaciones de dos o ms polimorfismos de un mismo cromosoma que pasan juntos a la siguiente generacin. El conocimiento de los lmites de los bloques de haplotipos es de gran relevancia, pues ofrece la posibilidad de desarrollar nuevas estrategias para el estudio masivo del genoma humano, ms rpidas y menos costosas. En muchas regiones del genoma humano existen slo unos cuantos haplotipos: en una poblacin especfica, 55% puede tener una versin de un haplotipo; 30%, otra; 8%, una tercera; y el resto, variedades de haplotipos menos frecuentes. Los bloques de haplotipos miden en promedio 20 mil letras o nucletidos, por lo que un bloque promedio puede contar con cerca de 50 SNPs. Si se pudiera identificar la combinacin de esos SNPS, bastara con conocer unos cuantos del bloque (etiqueta de SNPs) para reconocer el resto de los SNPs de ese bloque. As, podramos distinguir una versin del bloque frente a otra y, con ello, estudiar al mismo tiempo la asociacin entre los SNPS de cada bloque y las diferentes enfermedades. Concretamente, el costo de conocer los SNPs de un bloque de 20 mil letras, equivale al de analizar los seis a ocho SNPs de la etiqueta. Cuando se conozca la estructura de los bloques del genoma humano, el costo de estudiar un bloque de 20 mil letras sera alrededor de 40 veces menor, independientemente de los genes que contenga el bloque o las enfermedades que se encontraran asociadas a ellos.

FIGURA 4

Los cromosomas ancestrales intercambian fragmentos a travs de las generaciones mediante mltiples procesos de recombinacin. Algunos segmentos son compartidos por varios individuos como lo indica el bloque sealado con la letra A

Muchas generaciones

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EL PROYECTO INTERNACIONAL DEL HapMap5

La aparicin relativamente reciente de la especie humana (150 mil aos) hace que la mayor parte de las variaciones genticas provengan de las variaciones que existieron en las poblaciones humanas ancestrales. La migracin de stas a partir de frica di lugar a la dispersin de las variaciones genticas de la poblacin ancestral: los haplotipos de las diferentes poblaciones actuales tienden a ser subgrupos de aquellos originarios de frica, y su frecuencia vara de regin en regin por factores de azar, seleccin natural y otros mecanismos genticos. Por lo anterior, cada haplotipo puede ocurrir con diferentes intensidades en las poblaciones, en particular si estn separadas geogrficamente. Adems, mutaciones de reciente origen pueden dar lugar a nuevos haplotipos cuya reciente generacin limita su dispersin ms all de la poblacin o la regin en que se orginaron. Con el fin de reducir los costos de investigacin y facilitar el desarrollo de beneficios mdicos, el estudio del genoma humano y sus implicaciones mdicas ha tomado un nuevo giro: el de las particularidades genmicas de diferentes poblaciones mundiales. Para ello se cre el Proyecto Internacional de HapMap (www.hapmap. org), cuya finalidad es la elaboracin de un catlogo de bloques de haplotipos en el genoma humano. Comenz en octubre de 2002 y termin su primera fase el 26 de octubre de 2005: se analizaron en esta etapa cerca de un milln de SNPS en tres poblaciones: africana, caucsica y asitica. Los primeros resultados incluyen el catlogo inicial de bloques genmicos en esas poblaciones y la identificacin de algunas variaciones exclusivas de cada grupo. Adems se documentaron sitios calientes de recombinacin en el genoma humano y un mapa de bloques de recombinacin a lo largo del mismo. La construccin del HapMap se lleva a cabo en tres pasos: identificacin de los SNPs en muestras de ADN de varios individuos; identificacin de haplotipos (SNPs adyacentes que se heredan juntos); y determinacin de etiquetas de SNPs dentro de los haplotipos que sirven para reconocer con gran precisin a esos haplotipos. El ADN se obtuvo a partir de 270 muestras de individuos de tres ncleos diferentes: 30 juegos de muestras de dos padres y un hijo adulto (tros) de la poblacin Yoruba de Ibadan, Nigeria; 45 individuos no relacionados del rea de Tokio, en Japn; y otras 45 muestras de personas no relacionadas de Beijing, China. Adems, el Centre dEtude du Polymorphisme Humain (CEPH, Centro de Estudio del Polimorfismo Humano) contribuy con 30 tros, stos haban sido colectados en 1980 en residentes de los Estados Unidos, originarios del norte y el occidente de Europa. A partir de las muestras de sangre se produjeron lneas celulares que se usaron para obtener ADN. Todas las muestras son annimas, es decir, cada una ha recibido un cdigo a travs del cual no es posible identificar a los donadores sino solo a la poblacin a la que pertenecen. El proyecto HapMap tiene como objetivo identificar y catalogar variaciones genticas comunes en el genoma humano, describe su ubicacin y su distribucin intra e interpoblacional. No establece conexiones entre variaciones genticas particulares y enfermedades, sin embargo provee informacin que puede acelerar la identificacin de los factores genticos que modifican el riesgo de presentar enfermedades comunes, lo que eventualmente conducir al desarrollo de nuevos mtodos de prevencin, diagnstico y tratamiento. Adems, el HapMap proveer una importante ventaja sobre estudios de asociacin entre distintos candidatos con enfermedades especficas, y de ligamiento o escaneo del genoma completo, con lo cual las estrategias complejas sern ms prcticas y menos costosas. Toda la informacin generada por el proyecto es de dominio pblico. Los resultados de la primera fase del HapMap permitieron la identificacin de la asociacin de SNPs en el gen que codifica para el Factor H del Complemento protena que participa en la inflamacin con la degeneracin macular asociada a la edad una de las causas ms importantes de ceguera en los adultos mayores. Este hallazgo es un claro ejemplo de las aplicaciones del HapMap a la medicina genmica. El estudio concluy que un SNP en este gen aumenta 2.7 veces el riesgo a desarrollar la enfermedad.
5. El HapMap (Mapa de Haplotipos) es un catlogo de variaciones genticas de la especie humana.

En 2002 comenz el Proyecto Internacional del HapMap, cuya finalidad es la elaboracin de un catlogo de bloques de haplotipos en el genoma humano en tres poblaciones: africana, europea y asitica

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Mapa genmico
de los mexicanos
M A PA D E H A P LOT I P O S E N M X I C O

Proyecto

La historia demogrfica de Mesoamrica tiene como pilar el establecimiento de grupos indgenas en su territorio a lo largo de los ltimos diez o doce siglos. El XII Censo General de Poblacin y Vivienda 2000 del Instituto Nacional de Estadstica, Geografa e Informtica (INEGI), cont 97483,412 habitantes en el pas, y estableci que seis de cada 100, de cinco aos y ms, hablan alguna lengua indgena, de las cuales hay ms de 62, adems de sus diversas variantes. Esta pluralidad lingstica y tnica constituye una de las principales riquezas culturales de Mxico y representa un claro ejemplo de la diversidad del origen poblacional de los mexicanos. Al inicio del siglo XXI, cerca de 80% de la poblacin mexicana se considera mestiza, con diferentes grados de ancestros indgenas y poblaciones europeas, y con cierto componente africano, cuyo origen principal est en la inmigracin de esclavos africanos en tiempos de la colonizacin espaola. A lo largo de las ltimas tres dcadas se han llevado a cabo importantes proyectos cientficos en torno al conocimiento y anlisis de las variaciones genticas en las poblaciones mexicanas. Para ello se han empleado estrategias que incluyen el estudio de marcadores en el suero de la sangre, grupos sanguneos, enzimas, molculas de histocompatibilidad y marcadores microsatlites en diversas poblaciones de Mxico, sobre todo en los estados de Guanajuato, Yucatn, Oaxaca, Coahuila, Puebla y la Ciudad de Mxico. Hasta el momento, las evidencias han demostrado la existencia de la variacin genmica entre los habitantes del territorio mexicano. Si bien el Proyecto Internacional del HapMap ofrecer informacin de gran valor para la investigacin en medicina genmica, en l no se incluye a la poblacin latinoamericana. La ausencia de estas poblaciones implica un riesgo de segre-

gacin ante los beneficios de su propio catlogo de haplotipos, y de serio retraso en la investigacin en la medicina genmica referente a estos grupos y la regin. En consecuencia, el Instituto Nacional de Medicina Genmica de Mxico inici un estudio bajo principios similares a los del Proyecto Internacional del HapMap, con el objetivo de generar la informacin genmica de la poblacin mexicana y apoyar la investigacin mdica consecuente. Los resultados del proyecto ofrecern una plataforma para acelerar el descubrimiento de variaciones genmicas asociadas a enfermedades comunes y respuesta a frmacos en la poblacin mexicana. Adems, esta informacin contribuir al estudio histrico y antropolgico de los mexicanos. El proyecto Estructura Genmica y Mapa de Haplotipos de la Poblacin Mexicana comenz en junio de 2005, tras la aprobacin de las comisiones de Investigacin, tica y Bioseguridad del INMEGEN y con financiamiento del propio Instituto. En l participan ms de 20 investigadores, en las reas clnica, analtica y de bioinformtica y en la parte operativa. El proyecto generar informacin acerca de la estructura genmica en una muestra de mestizos mexicanos, y permitir realizar un anlisis inicial del grado de diversidad genmica entre los mestizos de las diferentes regiones de Mxico, de gran importancia para el desarrollo de la plataforma nacional en medicina genmica. La comparacin de la estructura gentica de los mestizos mexicanos con aquellas estudiadas por el Proyecto Internacional del HapMap ser de utilidad al orientar los esfuerzos sobre aquellas reas de divergencia que requieran mayor grado de resolucin, a diferencia de otras regiones en que las similitudes permitan aplicar a la poblacin mestiza mexicana los hallazgos de aplicacin clnica identificados en otras poblaciones. Adems, el desarrollo de este proyecto traer consigo la generacin de tecnologa genmica

Es muy importante generar recursos humanos altamente especializados en medicina genmica y reas relacionadas, para hacer el mejor uso de la informacin derivada del estudio del genoma humano
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Cerca de 80% de la poblacin mexicana se considera mestiza, con diferentes grados de ancestros indgenas y poblaciones europeas, y con cierto componente africano

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Mapa genmico
de los mexicanos

Proyecto

de alto rendimiento, base para la infraestructura sobre la cual se desarrollar la medicina genmica en los prximos aos. Las interacciones entre los estados de la repblica participantes contribuirn a la generacin y capacitacin de recursos humanos, en materia de medicina genmica. En forma conjunta, estos dos elementos favorecern el desarrollo integral de esta disciplina en Mxico. Por ltimo, la generacin de informacin genmica sobre la poblacin mestiza mexicana podr tener impacto en otras poblaciones mexicanas, particularmente en aquellas que viven en los Estados Unidos. Por otra parte, la mayor parte de la poblacin de Amrica Latina es de origen mestizo, por lo que se puede prever que la informacin que surja de este proyecto podra servir de base para la implementacin de la medicina genmica en algunos pases de la regin.
S E L E C C I N D E PA R T I C I PA N T E S Y RECOLECCIN DE MUESTRAS

La seleccin inicial de los estados de la repblica mexicana que participan en este proyecto se bas en su ubicacin geogrfica, teniendo como objetivo: incorporar una muestra de mestizos de regiones distantes a lo largo y ancho del pas. Se incorporaron inicialmente al estudio los estados de Yucatn, Zacatecas, Sonora, Veracruz y Guerrero (Figura 6). La coleccin de muestras se llev a cabo a travs de la Jornada Nacional para la Elaboracin del Mapa del Genoma de los Mexicanos, con el desarrollo de un captulo para cada estado participante. La seleccin de los participantes se hizo a partir de los miembros de las comunidades acadmicas de las universidades estatales de las entidades participantes, instituciones integradas en su mayora por poblacin mestiza

La informacin generada del HapMap de Mxico podr tener impacto en aquellas poblaciones que viven en los Estados Unidos y en algunos pases de Amrica Latina
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del estado. Esto asegur que los participantes, adems de tener acceso a la informacin relacionada con el proyecto, tuvieran la capacidad para comprender sus alcances. Tambin, permitir la posibilidad de regresar a la institucin una vez obtenidos los resultados, a fin de informar a la comunidad sobre los mismos y sus perspectivas. As, se recolectaron muestras de sangre de cuando menos 140 individuos sin parentesco entre ellos, quienes cumplieron con los siguientes criterios: ser mayores de 18 aos; hombres o mujeres (50% de cada gnero); originarios del estado en cuestin, as como sus padres y abuelos; no inmigrantes recientes de otros pases; y voluntarios para participar en el proyecto, con previa firma de consentimiento informado. A esta recoleccin se sum la firma de convenios de colaboracin entre las universidades estatales, las secretaras de salud y gobierno de los estados participantes con el INMEGEN, en torno a proyectos de investigacin, rotacin de estudiantes, recepcin de cursos y conferencias por va electrnica y asesoramiento en tecnologa genmica. Las muestras se colectaron a travs de un esfuerzo conjunto entre los investigadores del INMEGEN y personal del Centro Estatal de la Transfusin Sangunea de cada estado. Todas las muestras fueron transportadas al instituto, en donde siguieron los protocolos de registro, extraccin de ADN y almacenamiento. Actualmente las muestras se encuentran en proceso de lectura.
PROCESAMIENTO DE M U E S T R A S Y ANLISIS DE DATO S

El anlisis de los polimorfismos se lleva a cabo en las Unidades de Alta Tecnologa del INMEGEN y con la metodologa de genotipificacin, cuya base son microarreglos de alta densidad (GeneChip arrays, Affymetrix, Sta. Clara, California, EUA). Este sistema se fundamenta en la deteccin de 500 mil SNPs, en dos experimentos de hibridacin sobre microarreglos de alta densidad. Esta plataforma utiliza una estra-

tegia reductora de la complejidad del ADN genmico hasta diez veces, lo cual se logra a partir de digerir 250ng del genoma de cada muestra con enzimas de restriccin. Tras ello se ligan adaptadores, que contienen sitios de reconocimiento para iniciadores que sern utilizados en una reaccin en cadena de la polimerasa (Polymerase Chain Reaction (PCR), por sus siglas en ingls). La complejidad de estas muestras se reduce todava ms con la optimizacin de las condiciones de amplificacin en la PCR, la cual da preferencia a los fragmentos de 250 a dos mil nucletidos. Una vez que se han amplificado estos fragmentos, se marcan con fluorescencia, y se les hibrida sobre los microarreglos. La intensidad de la seal fluorescente se analiza para determinar el genotipo presente en la muestra para ese polimorfismo en particular. La informacin resultante se deposita en una base de datos segura, en la Unidad de Supercmputo y Tecnologa de la Informacin del INMEGEN, donde se cuenta con un cluster de 30 nodos de procesamiento duales, tipo opteron (64 bits) a 2.4 Gz, de 8 G RAM por nodo, y con 3 terabytes de capacidad de almacenamiento en cinta con interconectividad gigabit tipo ethernet. La informacin que generar este proyecto estar basada en los genotipos de los participantes de cada una de las regiones estudiadas. Se definirn los haplotipos y se seleccionarn etiquetas de SNPS, para lo cual se emplearn estimadores estadsticos de asociacin de SNPs como D y r2, y se desarrollarn los anlisis de datos correspondientes. Estos resultados mostrarn patrones comunes de variacin genmica a lo largo del genoma de los mestizos mexicanos, e incluirn las variaciones entre individuos, regiones variables en frecuencias de haplotipos entre poblaciones y grado de asociaciones entre SNPs en diferentes regiones cromosmicas. Los resultados de esta investigacin sern publicados en revistas cientficas, as como tambin sern hechos pblicos,

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SONORA Ing. Eduardo Bours Castelo, Gobernador Raymundo Lpez Vucocich, Secretario de Salud Dr. Gerardo Jimnez Snchez,
INMEGEN

ZACATECAS Lic. Amalia Garca Medina, Gobernadora Dra. Esperanza valos, Secretaria de Salud Dr. Gerardo Jimnez Snchez,
INMEGEN

GUERRERO C. P. Zeferino Torreblanca G. Gobernador M. en C. Nelson Valle Lpez, Rector de la UAG Dr. Gerardo Jimnez Snchez,
INMEGEN

VERACRUZ Lic. Fidel Herrera Beltrn, Gobernador Dr. Jon Rementera Sempe, Secretario de Salud Dr. Gerardo Jimnez Snchez,
INMEGEN

QUIENES PARTICIPARON?
Al estudio se incorporaron los estados de Sonora, Zacatecas, Guerrero, Veracruz y Yucatn. La coleccin de muestras se realiz en el marco de la Jornada Nacional para la Elaboracin del Mapa del Genoma del Mexicano, para lo cual se abri un captulo por cada estado participante. A los convenios de colaboracin se sumaron las universidades, secretaras de salud todos del mbito estatal, as como los propios gobiernos de los estados.

SONORA Sr. Patricio Patrn Laviada, Gobernador Dr. Jorge Sosa Muoz, Secretario de Salud Dr. Gerardo Jimnez Snchez,
INMEGEN

FIGURA 6

JORNADAS DE RECOLECCIN
El mapa refleja las entidades en las que han sido tomadas las muestras para la elaboracin del HapMap de los mestizos mexicanos, eventos que contaron con el apoyo de los gobiernos estatales correspondientes.

140 50%

Muestras fueron recolectadas de individuos sin parentesco entre s de cada gnero

LOS VOLUNTARIOS DEBAN:

>Ser originarios del estado en cuestin, as como sus padres y abuelos >No ser inmigrantes recientes de otros pases >Participar en el proyecto de manera voluntaria y con previa firma de consentimiento informado >Tener la capacidad para comprender los alcances del proyecto

LAS MUESTRAS
Fueron transportadas al INMEGEN, en donde siguieron los protocolos de registro, extraccin de ADN y almacenamiento. Actualmente se encuentran en proceso de lectura.

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Mapa genmico
de los mexicanos

Proyecto

a travs del portal de bioinformtica del INMEGEN, una vez que se concluya el anlisis inicial. Esto con el fin de que la comunidad cientfica tenga acceso a esta informacin para generar nuevos proyectos de investigacin cientfica orientados a definir las regiones de riesgo para enfermedades comunes en los mexicanos.
I M P L I CAC I O N E S T I CA S , L E GA L E S Y SOCIALES

FIGURA 7

Carta de consentimiento informado, empleada durante la recoleccin de muestras en el proyecto Estructura genmica y mapa de haplotipos de la poblacin mexicana

El Proyecto del HapMap contempla importantes retos de orden tico, legal y social al llevar a cabo el anlisis de muestras biolgicas de diferentes poblaciones. Entre ellos estn: informar a los participantes y tener su consentimiento; comunicar a la comunidad el desarrollo del proyecto y garantizarle el acceso a los resultados y beneficios que deriven de la investigacin; seleccionar las fuentes de financiamiento; y cuidar los aspectos de propiedad intelectual del conocimiento resultante. Los procedimientos del HapMap mexicano para acercamiento a las comunidades y de consentimiento informado de los participantes se llevaron a cabo en forma similar a los del HapMap internacional, y fueron aprobados por la Comisin de tica del INMEGEN. Para ello se desarroll un programa especfico, con el objetivo de sensibilizar, informar y hacer partcipe del proyecto a la mayor cantidad de personas de cada estado, a fin de asegurar que la participacin fuera fruto de una decisin individual, voluntaria y con base en informacin clara. As, se establecieron grupos de trabajo con las autoridades de los gobiernos estatales e instituciones de educacin superior, para garantizar una donacin libre de muestras de sangre. En cada estado participante, los Servicios Estatales de Salud, llevaron a cabo profusas campaas de difusin, a

El proyecto HapMap de Mxico se inici en junio de 2005 y permitir conocer el grado de diversidad genmica entre los mestizos de las diferentes regiones del pas
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travs de los medios de comunicacin estatal, a fin de informar a la comunidad sobre el desarrollo del proyecto. Esto fue apoyado con un trptico que produjo el INMEGEN, que describe el proyecto y sus alcances en un lenguaje sencillo. La participacin voluntaria de los acadmicos de las universidades estatales hace evidente que para el estudio no se incluy a ninguna poblacin en desventaja. Los acadmicos del INMEGEN y la poblacin participante revisaron el proyecto a conciencia. Por otra parte, la estructura de las universidades estatales permiti otra ventaja, ya comentada aqu: la posibilidad de que los investigadores responsables regresen a la comunidad a presentar los resultados a la poblacin participante, promoviendo que sta utilice la informacin para potenciar otros proyectos de investigacin cientfica. Previo a la toma de muestras, en cada estado se llevaron a cabo entre cuatro y cinco reuniones pblicas de informacin sobre el proyecto; en ellas participaron como moderadores miembros del instituto, de la comunidad acadmica local y representantes estudiantiles. Durante estas sesiones fue revisada la carta de consentimiento informado y se resolvieron dudas. Adems, dicho documento se produjo en forma de cartel y se public en lugares visibles de cada universidad, 15 das antes de la toma de muestras. En cada caso, firmaron esta carta el participante, el investigador responsable y dos testigos, miembros de un grupo que la comunidad acadmica local design para tal efecto. El contenido de este documento, en formato de 12 preguntas, se presenta en la figura 7. Las muestras de sangre fueron annimas y no se les puede relacionar con la informacin personal de los individuos participantes, quienes fueron identificados con una etiqueta de cdigo de barras que no hace referencia al donador, y tampoco a su informacin clnica: slo se vincula con su gnero, edad y origen geogrfico. Como medida de proteccin adicional para el participante, se recolect en cada localidad un nmero de muestras mayor al que se usara en el anlisis, con lo cual ningn donador puede saber si su muestra se incluy o no en el mapa que ser producido. As, se protegi con particular atencin la privacidad de los participantes.

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Mapa genmico
de los mexicanos

Proyecto

El proyecto no incluye estudios acerca de la asociacin de variaciones genticas con rasgos de importancia mdica.
C O N S I D E R AC I O N E S F I N A L E S

El programa de trabajo 2004-2009 del INMEGEN fue aprobado por la H. Junta de Gobierno del instituto, y entre sus seis reas de investigacin cientfica iniciales hace hincapi en el anlisis de la estructura genmica de la poblacin mexicana. El proyecto para la elaboracin del mapa de bloques de haplotipos de los mestizos mexicanos contribuir al cumplimiento de sus objetivos al ofrecer las bases para el desarrollo de la medicina genmica para los mexicanos. As, el INMEGEN lleva a cabo los esfuerzos iniciales para el desarrollo de una plataforma nacional en medicina genmica, con fundamento en una planeacin cuidadosa que se llev cabo

como parte de los trabajos del consorcio promotor del Instituto de Medicina Genmica, el cual fue establecido por la Secretara de Salud, la Universidad Nacional Autnoma de Mxico, el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologa y la Fundacin Mexicana para la Salud. La contribucin de este proyecto al desarrollo de la medicina genmica nacional no ser slo la generacin de un mapa de bloques de haplotipos del genoma de los mexicanos, sino la generacin de una herramienta pblica que contribuya a acelerar el desarrollo de proyectos de investigacin cientfica para ubicar las variaciones genticas que aumentan el riesgo de padecer enfermedades comunes, y definir la respuesta a frmacos de uso general. La incorporacin de los estados de Zacatecas y Sonora tiene, adems, la finalidad de estudiar una muestra representativa de los inmigrantes mexicanos en los Estados Unidos, y favorecer el desarrollo de una medicina genmica equitativa e incluyente. El desarrollo de este proyecto se lleva a cabo en forma paralela a proyectos similares en otras poblaciones, lo que ofrece la posibilidad de que Mxico desarrolle la medicina genmica al tiempo en que lo hacen pases en el mundo industrializado. La plataforma de informacin que se generar ser de gran beneficio no slo para los genetistas, sino para todos aquellos investigadores del rea biomdica cuyos proyectos de investigacin estn dirigidos a la identificacin de variaciones genticas asociadas a enfermedades humanas. Es por ello, que resulta de gran importancia la generacin de recursos humanos altamente especializados en medicina genmica y reas relacionadas, a fin de hacer el mejor uso de la informacin derivada del estudio del genoma humano.
Consulte la bibliografa de este artculo en www.conacyt.mx, vnculo revista Ciencia y Desarrollo

Resulta de gran importancia la generacin de recursos humanos altamente especializados en medicina genmica y reas relacionadas, a fin de hacer el mejor uso de la informacin derivada del estudio del genoma humano
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Los autores agradecen la importante colaboracin de Alejandro Lpez Franco y Jos Bedolla a la estrategia de comunicacin y diseo grfico de la Jornada Nacional para la Elaboracin del Mapa del Genoma de los Mexicanos. Alfredo Hidalgo Miranda es bilogo y doctor en ciencias biomdicas por la UNAM. Llev a cabo su trabajo doctoral en el Laboratorio de Oncogenmica del CMN S. XXI-IMSS. Ha sido becario de la Agencia Alemana de Investigacin, del Conacyt, el IMSS y la UNAM. Es miembro fundador de la Sociedad Mexicana de Medicina Genmica y de la Human Proteome Organization, as como del SNI. Actualmente es investigador del INMEGEN, donde desarrolla investigacin sobre enfermedades multifactoriales. Irma Silva Zolezzi es QFB por la UNAM, doctora en biomedicina molecular por el CINVESTAV, IPN. Su trabajo se ha orientado al anlisis genmico de modelos animales de enfermedades genticas. Es miembro de la Asociacin Mexicana de Gentica Humana, de la Sociedad Americana de Gentica Humana y miembro fundador del INMEGEN. Actualmente es investigadora del SOMEGEN, donde desarrolla investigacin sobre enfermedades multifactoriales. Eduardo Barrientos es licenciado en ciencias polticas y administracin pblica por la Universidad Iberoamericana, as como en derecho y maestro en administracin pblica por la Universidad de Cornell. Cuenta con entrenamiento de posgrado en medicina genmica. Es miembro del INMEGEN y de la Comisin de tica del SOMEGEN. Fungi como coordinador general de la Jornada Nacional para la Elaboracin del Mapa del Genoma de los Mexicanos. Santiago March Mifsut es mdico cirujano por la UNAM, especialista en anatoma patolgica y diplomado en planeacin y desarrollo de negocios por el ITAM. Cuenta con entrenamiento de posgrado en medicina genmica. Es profesor de asignatura en la UNAM. Miembro de la Asociacin Mexicana de Gentica Humana, de la Sociedad Mexicana de Medicina Genmica y Fundador de la Human Proteome Organization (HUPO), Laura del Bosque Plata es QFB, especialista en bioqumica clnica y doctora en ciencias, con posdoctorado en la Universidad de Chicago. Colabor con el grupo cientfico que descubri el primer gen asociado a la diabetes tipo 2, mediante mapeo genmico. Actualmente es investigadora del INMEGEN, donde desarrolla investigacin sobre enfermedades multifactoriales. Es miembro de la SOMEGEN y del SNI. Recibi el Premio Eli Lilly Diabetes Mellitus Research Award 1998. scar Alberto Prez Gonzlez es mdico cirujano, con subespecialidad en oncologa peditrica y maestro en ciencias mdicas. Candidato a doctor en ciencias mdicas. Es miembro de la SOMEGEN. Actualmente investigador en ciencias mdicas del INMEGEN. Su trabajo est orientado a la identificacin de patrones de expresin genmica en neoplasias malignas peditricas y farmacogenmica. Eros Balam Ortiz es mdico cirujano, especialista medicina interna y cardiologa. Candidato a Maestro en ciencias mdicas en la UNAM. Es miembro de la SOMEGEN. Investigador en ciencias mdicas del INMEGEN. Su trabajo est orientado a la identificacin de polimorfismos genmicos asociados a las enfermedades cardiovasculares, particularmente hipertensin arterial esencial y la enfermedad arterial coronaria. Alejandra Contreras es ingeniera biotecnloga y maestra en ciencias con especialidad en administracin de negocios. Se ha desempeado en el sector farmacutico en la produccin de protenas recombinantes para uso teraputico. En el INMEGEN, participa en diversos proyectos de investigacin entre los que se encuentra el Proyecto del Mapa del Genoma de los Mexicanos. Carlos Dvila es ingeniero en sistemas electrnicos por el Instituto Tecnolgico de Monterrey, administrador y desarrollador de sistema Linux desde 1997 y cuenta con formacin de postgrado en el Linux Clusters Institute y el Wellcome Trust Sanger Institute, Inglaterra. Ha tenido a su cargo diversas responsabilidades en el rea de informtica de los Institutos Nacionales de Salud de Mxico. Actualmente es Subdirector de Supercmputo y Tecnologa de la Informacin del INMEGEN. Lorena Orozco es mdico cirujano, doctora en biologa molecular y postdocotorada en el diversidad genmica de los NIH, EUA. Es miembro del SNI, de la Sociedad Mexicana de Medicina Genmica, miembro fundador de la AMBMM y presidente de la Asociacin Mexicana de Gentica Humana. Actualmente es investigadora titular en el INMEGEN, y su lnea de investigacin es la identificacin de genes que causan susceptibilidad para desarrollar enfermedades comunes como la obesidad y enfermedades autoinmunes. Gerardo Jimnez Snchez es pediatra certificado, doctor en gentica humana y biologa molecular por la Universidad de Johns Hopkins. Miembro numerario de la Academia Nacional de Medicina y la Academia Mexicana de Pediatra. Presidente fundador de la SOMEGEN y profesor titular de medicina genmica en la UNAM. Recibi el Premio Dr. Miguel Otero del Consejo de Salubridad General de Mxico 2001 y actualmente es Director General del Instituto Nacional de Medicina Genmica.