Anda di halaman 1dari 10

BAB II TINJAUAN PUSTAKA

2.1

Reseptor Estrogen Reseptor estrogen termasuk keluarga reseptor steroid dari reseptor inti

yang tersusun atas tiga daerah fungsional yang saling berinteraksi, yaitu terminalNH2 atau daerah A/B, daerah ikatan DNA atau daerah C dan daerah ikatan ligan atau daerah D/E/F. Pengikatan ligan pada reseptor estrogen memicu perubahan konformasi yang mengubah laju transkripsi gen teregulasi-estrogen. Proses ini melibatkan dimerisasi reseptor, interaksi DNA-reseptor, perekrutan dan intereaksi dengan koaktivator dan faktor transkripsi lainnya serta pembentukan kompleks awal (Ikeda and Inoue, 2004). Daerah terminal-N pada reseptor inti mengkode fungsi aktivasi takbergantung-ligan (AF1), suatu daerah pada reseptor yang melibatkan interaksi protein-protein dan aktivasi transkripsional ekspresi gen target. Daerah AF1 pada reseptor--estrogen diperlukan untuk sifat agonisme estradiol dan agonisme parsial tamoxifen (Nilsson et al., 2001). Human estrogen reseptor ialah protein faktor transkripsi terinduksihormon seberat 66 kDa yang dapat bertindak secara positif maupun negatif dalam pengaturan ekspresi gen-gen yang terlibat dalam pertumbuhan dan diferensiasi jaringan, human estrogen reseptor selain itu termasuk dalam keluarga besar

10

reseptor inti yang memiliki keserupaan struktural dengan human estrogen reseptor dan reseptor inti lainnya (Jeyakumar et al., 2007). Kedua reseptor itu diketahui sebagai media untuk sinyal estrogen. Fungsi dari estrogen ini adalah sebagai factor transkripsi yang bergantung dari ligan yang berinteraksi dengannya (Lin et al., 2004). Human estrogen receptor adalah protein yang pertama kali ditemukan pada tahun 1995 dengan 470 asam amino. Melalui beberapa penelitian, telah diidentifikasi jumlah asam amino pada human estrogen receptor sebanyak 530. HER mempunyai ukuran yang lebih kecil dibandingkan dengan HER. HER mempunyai berat 67 kDa sedangkan HER mempunyai berat 59 kDa. Walaupun dengan ukuran yang lebih kecil, HER mempunyai struktur yang serupa dan diperkirakan memiliki kesamaan baik pada DNA binding domain maupun Ligand binding domain(Ascenzi, et al., 2006).

Gambar 2.1. Format genomic, struktur domain, dan varian splice umum dari HER (A) dan HER (B).

11

Human estrogen receptor adalah protein modular yang mempunyai beberapa region umum. Region ini bersifat independen dalam formasi tetapi mempunyai domain aksi fungsional : domain transaktivasi N-terminal, DBD, domain dimerisasi, lokalisasi sequens inti dan LBD. Fungsi aktivasi(AF1) pada HER dapat diabaikan jika dibandingkan dengan AF1 pada HER. Perbedaan pada region terminal-N pada HER dan HER mungkin menjadi penjelasan mengapa kedua reseptor ini memberikan respons yang berbeda untuk tiap ligan. Pada HER hilangnya dua bagian pada domain AF1 dibutuhkan untuk agonisme E2 dan agonnisme parsial dari 4-hidroksitamoxifen. Pada HER aktivitas peranan domain AF1 masih harus diklarifikasi. DBD HER terdiri dari delapan residu Cys yang ditemukan pada dua dari empat grup. Tiap grup terdiri dari kordinasi tetrahedral dengan atom tunggal seng.(Acsenzi, et al., 2006).

Gambar 2.2. HER (A) kode pdb:1G50, rantai -helix digambarkan dengan warna magenta, rantai warna hijau, dan H-12 -helix warna biru dan HER (B) kode pdb:2J7X, rantai -helix digambarkan dengan warna magenta, rantai warna hijau, dan H-12 -helix warna biru.

12

2.2

Interaksi Human Estrogen Receptor dan dengan ligan Interaksi human estrogen reseptor dengan agonis maupun antagonis

terjadi pada daerah ikatan ligan di terminal C reseptor. Ligan terikat pada sebuah kantung yang dibentuk oleh heliks 3 (H3), heliks 5/6 (H5/6), heliks 8 (H8), heliks 11 (H11), heliks 12 (H12) serta -sheet 1 (S1) dan -sheet 2 (S2) (Brzozowski et al., 1997). Interaksi dengan agonis menstabilkan bentuk dimer reseptor dan memfasilitasi interaksi keduanya secara efisien dengan elemen respon DNA dan perekrutan protein koaktivator untuk melangsungkan proses transkripsi, sedangkan interaksi dengan antagonis menginaktifkan proses transkripsi dengan cara perekrutan korepresor (Ikeda and Inoue, 2004) atau dengan mendestabilkan helix 12 (Brzozowski et al., 1997). Reseptor estrogen dapat berasosiasi dengan beragam koaktifator tergantung pada afinitas ikatan dan kelimpahan relatif kofakrtor-kofaktor tersebut. Koaktivator menyebabkan berlangsungnya transkripsi gen sedangkan koregulator negatif dan kopresor menghambat aktivasi gen. Contoh koaktivator adalah keluarga koaktivator p160/SRC. Keluarga koaktivator terdiri dari tiga anggota yang saling berhubungan, yaitu SRC-1, koaktivator reseptor inti yang pertama kali diidentifikasi; SRC-2 dan SRC-3. Koaktivator lainnya yaitu CPB/p300 merupakan koaktivator umum dan kointegrator yang terlibat dalam multijalur pensinyalan; serta kompleks koaktivator TRAP/DRIP. Contoh koregulator negatif ialah RIP140 dan SHP yang mengantagonis koaktivator SRC-1 dan berkompetisi dalam ikatan dengan AF2 in vitro. Contoh koreseptor adalah N-CoR dan SMRT, yang berasosiasi dengan reseptor--

13

estrogen pada kehadiran ligan antagonistik serta berperan dalam pengaturan aktivitas reseptor estrogen dalam tumor yang dirawat dengan antiestrogen (Ikeda and Inoue, 2004). Ligan bagi reseptor estrogen umumnya memiliki farmakofor berupa cincin fenolik. Gugus hidroksi pada cincin ini sangat penting sebab berperan dalam tahap permulaan ikatan ligan dengan daerah ikatan ligan reseptor melalui pembentukan ikatan hidrogen dengan residu asam amino Arg394 dan Glu353. Ketiadaan gugus farmakofor ini berakibat pada penurunan afinitas ikatan ligan secara signifikan terhadap reseptor (Duax et al., 1985). Selektivitas ligan pada human estrogen reseptor dibandingkan dengan Human estrogen reseptor berasal dari keberadaan dua residu asam amino pada daerah ikatan ligan yang berbeda dengan human estrogen reseptor , yaitu Leu384 dan Met421. Ukuran volume kantung ikatan ligan pada human estrogen reseptor , yaitu 490 , jauh lebih besar dari volume kantung ikatan ligan pada human estrogen reseptor , yaitu 290 . Umumnya ligan yang bersifat agonis bagi human estrogen reseptor mempunyai ukuran yang lebih kecil dibanding ligan agonis bagi human estrogen reseptor . Gangguan sterik yang kecil dapat menginduksi konformasi antagonis pada Human estrogen reseptor . Ini dapat dihubungkan dengan pengamatan bahwa volume kavitas human estrogen reseptor manusia lebih kecil dibanding volume kavitas human estrogen reseptor . Beberapa triaril-tersubtitusi heterosiklik-bercincin-lima menunjukkan potensi dan efikasi yang tinggi terhadap human estrogen reseptor . Contohnya ialah triarilalkil-tersubtitusi pirazol dan furan yagn merupakan agonis sepenuhnya bagi

14

human estrogen reseptor namun hampir tidak aktif terhadap human estrogen reseptor . Contoh lain ialah ligan tetrahidrokrisen yang dalam beberapa kasus berfungsi sebagai agonis poten pada human estrogen reseptor namun merupakan antagonis poten pada human estrogen reseptor (Katzenellenbogen et al., 2003). Reseptor estrogen adalah faktor transkripsi ligan teraktivasi yang membantu efek dari hormon steroid pada pertumbuhan, perkembangan, dan fungsi dari banyak jaringan. Kedua reseptor estrogen ( dan ) telah diidentifikasi dan memperlihatkan karakteristik struktur modular dari reseptor nuklear (NR) dengan aktivasi domain ligan-independen N-terminal, DBD pusat, dan sebuah Cterminal LBD yang mnetranskripsi ligan-independen AF2. ER dan ER adalah 64% homolog, tetapi kehomologannya bergantung pada domain (Margeat, et al., 2003).

2.3

Xanthorrhizol dan 12,13-dihydroxanthorrhizol Xanthorrhizol dan 12,13-dihydroxanthorrhizol mempunyai satu cincin

aromatik yang dapat menimbulkan interaksi hidrofobik dengan reseptor. Xanthorrhizol mempunyai satu gugus hidroksil yang dapat menjadi donor dan akseptor ikatan hidrogen, sedangkan 12,13-dihydroxanthorrhizol mempunyai 3 gugus hidroksil yang dapat menjadi donor dan akseptor ikatan hidrogen. Hasil uji MTT xanthorrhizol terhadap sel kanker MCF-7 mampu menghambat proliferasi sel kanker payudara (EC50 sebesar 1.71 g/ml) (Cheah et al, 2006). Penelitian

15

Aguilar (2001) menyatakan bahwa 12,13-dihydroxanthorrhizol mempunyai aktivitas sitotoksik terhadap sel tumor manusia HCT-15 dengan EC50 > 4g/ml.

2.4

Andrographolide dan Neoandrographolide Sambiloto (Andrographis paniculata [Burm.F] Ness) merupakan salah

satu tanaman obat yang banyak digunakan di Asia. Ekstrak Andrographis paniculata mengandung andrographolide, 14-deoxyandrographolide,14-deoxy11,12-dehydroandrographolide, neoandrographolide (Kumoro, 2006). Ekstrak Andrographis paniculata dilaporkan mempunyai aktivitas antiviral, antipiretik, imunostimulan dan antikanker (Suebsasana, 2009). Andrographolide [Gambar 1.2.(a)] mempunyai cincin naftalena dan lakton yang dapat menimbulkan interaksi hidrofobik. Senyawa ini mempunyai 3 gugus hidroksil yang dapat menjadi akseptor dan donor ikatan hidrogen serta satu gugus karbonil dan satu atom O pada cincin lakton yang dapat menjadi akseptor ikatan hidrogen. Neoandrographolide [Gambar 1.2.(b)] mempunyai 2 cincin lakton dan naftalena yang dapat menyebabkan interaksi hidrofobik, 4 gugus hidroksil dapat menjadi donor dan akseptor ikatan hidrogen, serta tiga atom O dan satu gugus karbonil sebagai akseptor ikatan hidrogen.

2.5

Simulasi Docking Docking adalah suatu metode yang digunakan untuk memprediksi

orientasi dari satu molekul ke molekul lainnya ketika terjadi suatu gaya satu sama

16

lain untuk membentuk suatu kompleks yang stabil (Lengauer dan Rarey, 1996). Prinsip docking ialah teknik penempatan ligan ke dalam sisi aktif reseptor yang dilanjutkan dengan evaluasi molekul berdasarkan kecocokan bentuk dan sifat seperti elektrostatik (Kroemer, 2003). Simulasi docking dapat dipergunakan untuk memperoleh pengertian yang lebih baik terhadap mekanisme kerja suatu senyawa kimia atau makromolekul seperti protein maupun peptida, dalam skala molekuler sehingga dimungkinkan untuk mendesain obat berbasis struktur (Ali et al., 2007).

2.6

Penggunaan Software Software yang digunakan adalah ChemOffice 8.0, Hyperchem Release for

Windows v7.03, ArgusLab, Swiss PDB viewer 4.0.1 dan AutoDock Tools v3.0.5.

2.6.1

ChemOffice 8.0 (CambridgeSoft Software Development Kit (SDK) ChemDraw adalah program molekul editor program computer untuk

membuat dan memodifikasi representasi struktur kimia. Ada beberapa jenis molekul editor. Program ini digunakan untuk menggambar molekuler dua

dimensi (flat) representasi molekul dan reaksi kimia yang dapat digunakan sebagai ilustrasi atau untuk query database kimia. Tiga dimensi molekul editor yang digunakan untuk membangun model molecular, biasanya sebagai bagian dari paket perangkat lunak pemodelan molecular.

17

2.6.2

HyperChem Release for Windows 7.03 (Hypercube, Inc) HyperChem 7.0 adalah lingkungan pemodelan molekuler canggih yang

dikenal untuk kualitas, fleksibilitas, dan kemudahan penggunaan. Menyatukan visualisasi 3D dan animasi dengan perhitungan kimia kuantum, mekanika molekul, dan dinamika, menempatkan lebih HyperChem 7.0 alat pemodelan molekul. Fungsi HyperChem 7.0 antara lain adalah untuk menentukan potensial elektrostatik, optimisasi energi dari suatu senyawa.

2.6.3

ArgusLab ArgusLab mempunyai keistimewaan yang tinggi dan mudah digunakan

dalam pemodelan molekuler, grafik, serta desain obat baru. ArgusLab terdiri dari GADock dan ArgusDock. Digunakan AScore sebagai fungsi scoring dengan beberapa parameter. Parameter yang digunakan biasanya default, hanya grid dan run yang diubah.

2.6.4

Swiss PDB viewer 4.0.1 (ExPASy inc) Swiss-PdbViewer (DeepView) adalah sebuah aplikasi yang

menggambarkan permukaan yang memungkinkan untuk menganalisis beberapa protein pada waktu yang sama. Protein dapat ditampilkan untuk menyimpulkan bentuk struktural dan membandingkan sisi aktif atau bagian-bagian yang relevan lainnya. Mutasi asam amino, H-ikatan, sudut dan jarak antara atom-atom yang

18

mudah untuk mendapatkan gambaran sederhana protein dan grafis permukaannya. Fungsi Swiss-PdbViewer (DeepView) antara lain adalah : 2.6.5 Memisahkan monomer dari makromolekul Memperbaiki struktur makromolekul yang rusak Menampilkan sequence asam amino penyusun makromolekul

AutoDock Tools v3.0.5 AutoDock adalah salah satu software docking, dirancang untuk

memprediksi bagaimana molekul-molekul kecil seperti substrat, terikat pada reseptor dalam bentuk struktur 3D. Pada dasarnya, AutoDock terdiri dari dua program utama, yaitu : AutoDock yang membantu proses docking dari ligand ke sekumpulan grids yang mendiskripsikan protein yang dituju, AutoGrid yang membantu perhitungan grids tersebut. Hal ini dapat digunakan sebagai pedoman dalam perancangan kimia organik sintesis agar diperoleh ikatan yang lebih baik lagi. AutoDockTools (ADT) membantu dalam tampilan seperti mengatur bagian rotatable pada ligan, juga untuk menganalisis docking. Keunggulan dari AutoDock yaitu hasil docking lebih akurat dan reliable, dapat dipilih fleksibilitas modelnya pada makromolekul yang dituju, serta penggunaan AutoDock mampu mengevaluasi protein.