PONTIFICIA UNIVERSIDAD JAVERIANA FACULTAD DE CIENCIAS DEPARTAMENTO DE MICROBIOLOGIA

IDENTIFICACIN MOLECULAR DE UNA CEPA DE Candida sp.

Catalina Borrero Velasco

TRABAJO DE GRADO Presentado como requisito parcial Para optar a los titulos

MICROBIOLOGA INDUSTRIAL MICROBIOLOGA AGRICOLA VETERINARIA

Wilson Teran Perez Ph.D DIRECTOR Gerardo Moreno M.Sc CODIRECTOR

Bogot D.C. 2011

IDENTIFICACIN MOLECULAR DE UNA CEPA DE Candida sp.

CATALINA BORRERO VELASCO

APROBADO

JANETH ARIAS PALACIOS M.Sc - M.Ed DIRECTORA DE CARRERA Microbiologa

INGRID SCHULER Ph.D DECANA ACADEMICA Facultad de Ciencias

IDENTIFICACIN MOLECULAR DE UNA CEPA DE Candida sp.

CATALINA BORRERO VELASCO

APROBADO

WILSON TERN PREZ Ph.D DIRECTOR

GERARDO MORENO M.Sc. CODIRECTOR

MARA XIMENA RODRGUEZ Ph.D JURADO

NOTA DE ADVERTENCIA

"La Universidad no se hace responsable por los conceptos emitidos por sus alumnos en sus trabajos de tesis. Solo velar porque no se publique nada contrario al dogma y a la moral catlica y por que las tesis no contengan ataques personales contra persona alguna, antes bien se vea en ellas el anhelo de buscar la verdad y la justicia". Artculo 23 de la Resolucin No13 de julio de 1946.

AGRADECIMIENTOS

A Melva Linares, directora del cepario de micologa, por la facilitacin de las cepas control para el estudio. A Jos Salvador por su colaboracin con los primers universales (ITS1-ITS4) para la realizacin del trabajo. A Gina Paola Solano por su acogimiento y enseanzas en el laboratorio. A Carolina Rosero por su compaa incondicional y apoyo en los estudios bioinformticos. A Pilar Mrquez por su asesora y apoyo en la realizacin de este trabajo. A Gerardo Moreno por su gua y consejos constantes durante toda la carrera. A Wilson Tern por ser un gua para el desarrollo de este trabajo, brindando su confianza, apoyo y conocimientos constantes. A todos mis compaeros de la UBV y GeBiX por su incondicional apoyo, animo y compaa.

    

TABLA DE CONTENIDO Pg. Resumen 1. Introduccin 2. Planteamiento del problema y justificacin 3. Marco terico 3.1 Genero Candida sp. 3.2 Caracterizacin molecular 3.2.1 Polimorfismos de Longitud de Fragmentos de Restriccin (RFLP) 3.2.2 Anlisis bioinformtico 3.2.2.1 Bases de datos bioinformticas 3.2.2.2 Alineamientos de secuencias 3.2.3.3 Anlisis Filogentico 3.2.3.4 Prediccin y anlisis de estructuras secundarias del rRNA 4. Objetivos 5. Materiales y Mtodos 5.1 Cepas de levadura Candida sp. 5.2 Cultivo y conservacin de las cepas de levadura Candida sp. 5.3 Extraccin de DNA genmico 5.4 Polimorfismos de longitud de Fragmentos de Restriccin (RFLP) 5.4.1 Reaccin en cadena de la polimerasa (PCR) 5.4.2 Corte con enzimas de restriccin 5.5 Clonacin, secuenciacin, anlisis bioinformtico 5.5.1 Ligacin y transformacin por choque trmico 5.5.2 Seleccin de colonias 5.5.3 Extraccin del plsmido recombinante 5.5.4 Secuenciacin y anlisis bioinformtico 5.6 Anlisis filogentico 5.7 Anlisis de estructuras secundarias del rRNA 6. Resultados 6.1 Tcnica de Polimorfismos de longitud de Fragmentos de Restriccin (RFLP) 6.1.1 Reaccin en cadena de la polimerasa (PCR) 6.1.2 Polimorfismos de longitud de Fragmentos de Restriccin (RFLP) 6.2 Clonacin y secuenciacin 6.3 Anlisis bioinformtico 6.4 Anlisis filogentico 1 1 2 3 3 3 4 4 4 4 4 7 8 8 8 9 9 9 9 9 9 9 10 10 10 10 11 11 11 11 12 15 15 16

6.5 Anlisis de estructuras secundarias 7. Discusin 8. Conclusiones 9. Recomendaciones 10. Bibliografa

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Anexos