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Biologa Celular Obstetricia y Puericultura 2004 Hoy en da, todos aceptamos que el DNA es la molcula que porta la informacin

hereditaria en los organismos vivos actuales (la excepcin la constituyen los virus RNA, en caso de que los consideremos como "organismos vivos"). El "dogma" de la biologa molecular se refiere al flujo de informacin en la clula, ilustrndolo de la siguiente manera (figura 1): Es interesante la reflexin acerca de lo que entendemos como "molcula con informacin" o "informacin en la clula". Informacin es una palabra que se ha tomado desde el mbito del lenguaje habitual, y para subrayar las diferencias que tiene en relacin al mbito o dominio de la biologa celular y molecular, es que se suele utilizar formando la dupla "informacin molecular". En un intento por clarificar el concepto de informacin referido a molculas, despojndolo de todo viso "animista", es que se desarrollar el tema "Expresin gnica, transcripcin y traduccin" haciendo nfasis en las interacciones especficas entre las molculas que determinan estos procesos. Aclaremos que slo trataremos aqu los mecanismos mediante los cuales la "informacin de la molcula de DNA" determina la secuencia de aminocidos en una protena, es decir, la informacin que codifica para protenas. No incluiremos en la discusin, el DNA que es transcrito en rRNA, tRNA y otros RNAs los cuales no son traducidos, ni tampoco trataremos la "informacin" estructural del DNA, como por ejemplo la referida al DNA centromrico. Transcripcin y Traduccin Si hacemos temporalmente una concesin, y aceptamos un smil de idiomas y lenguas, podramos decir que tanto el DNA como el RNA estn "escritos en el lenguaje de los nucletidos" (figura 2 A), y que las protenas estn "escritas en el lenguaje de los aminocidos" (figura 2B). AB Segn la Real Academia Espaola, transcribir significa "copiar en una parte lo escrito en otra". Si pensamos en lo que ocurre en una clula eucarionte, en la cual el DNA se encuentra en el ncleo y el RNA es transportado desde el ncleo hacia el citoplasma, el smil nos lleva a pensar en lo acertado de la eleccin del trmino "Transcripcin" para indicar el proceso de sntesis de una secuencia de ribonucletidos (una molcula de RNA) basado en una secuencia de deoxiribonucletidos (DNA). Lo "escrito" en el ncleo, aparece "escrito en el mismo idioma" en el citoplasma (figura 3). Es slo un smil, por ejemplo, DNA y RNA no presentan exactamente los mismos monmeros (deoxiribonucletidos en DNA y ribonucletidos en RNA; las bases ATGC en DNA, en cambio AUGC en RNA). De la misma manera, la RAE define traducir como "expresar en una lengua lo que se ha expresado antes en otra". Nuevamente parece acertada la eleccin del trmino "Traduccin" para aludir al proceso de sntesis de una cadena de aminocidos (protena) basada en una secuencia de nucletidos (RNA) (figura 3). Transcripcin. El proceso El proceso de sntesis de RNA en la clula eucarionte ocurre en el ncleo, y participan bsicamente: DNA, 1

ribonucletidos, una enzima denominada RNA polimerasa, y una serie de otras protenas conocidas como factores de transcripcin, algunas de cuyas funciones veremos ms adelante. En este proceso, una secuencia de DNA sirve de "molde" para la sntesis de RNA; esto es, se sintetiza una molcula de RNA cuya secuencia de bases es complementaria a la secuencia de bases que presenta la hebra de DNA que acta como molde. Inicio En la especie humana, el genoma nuclear est compuesto por 3 x 109 pares de bases (bp), y slo alrededor de 30 000 genes Varias preguntas son posibles en relacin a este dato, una de ellas es... Cmo se explica que slo determinados segmentos de DNA sean transcritos? Parte de la respuesta a esta interrogante puede comenzar a deducirse comparando secuencias de DNA que son transcritas, tal como las que se muestran en la figura 4. Estas secuencias fueron alineadas haciendo coincidir en todas ellas el primer nucletido que es transcrito (+1), o sea, el primer nucletido que es "copiado" a RNA. En la figura aparece destacada una regin en la cual se aprecia una gran similitud en la secuencia de nucletidos entre todas las secuencias comparadas. Esta regin se encuentra aproximadamente en el nucletido 35, o sea 35 posiciones ro arriba (hacia el extremo 5') del primer nucletido transcrito. 5' 3' Una hiptesis frente a la peticin de explicacin por la similitud observada en la secuencia nucleotdica en esta regin es que sta tiene alguna funcin, que tiene o es algn tipo de informacin molecular. Una manera de probar esta hiptesis es determinar si se observan o no consecuencias al modificar dicha secuencia (realizando mutaciones puntuales o deleciones). Efectivamente, si se lleva a cabo un experimento en que se deleta una parte de esta secuencia, se observa una importante disminucin en la transcripcin de las secuencias que se encuentran ro abajo (hacia 3'). Como sugieren los resultados, estas secuencias presenta una funcin relacionada con la promocin de la transcripcin, por esto se las bautiz genricamente como promotores. Los promotores estn presentes tanto en procariontes como en eucariontes, precediendo las regiones de DNA que se transcriben. En eucariontes, se observa diferencias en la secuencia y ubicacin de los promotores que promueven la transcripcin de los diferentes tipos de RNA. En los promotores de eucariontes presentes en genes que codifican para protenas, se encuentra una secuencia de Ts y Aes denominada por esto, caja TATA. (el ejemplo analizado en la figura 4). En realidad, la caja TATA es uno de los elementos que se puede encontrar en un promotor, habitualmente hay otras secuencias cercanas a la caja TATA que tambin son elementos del promotor. En los ltimos aos, se ha determinado que unos pocos genes transcritos por la RNApol II, no presentan caja TATA; en estos se encuentra la secuencia Inr. Posteriores investigaciones permitieron determinar que a estas secuencias promotoras de la transcripcin se unen protenas de manera especfica. La unin de estas. protenas es requisito para que el promotor funcione como tal, es decir, promueva la transcripcin. De hecho, es la falta reconocimiento y, por consiguiente de unin de estas protenas a un promotor mutado o con alguna delecin, lo que explica la disminucin o falta de transcripcin en el experimento mencionado ms arriba. Para ilustrar el proceso de transcripcin, permaneceremos haciendo referencia a este proceso en organismos eucariontes particularmente, de genes que codifican para protenas. qu protenas esperara usted encontrar unidas directamente a los promotores? Dada su funcin de catlisis en la reaccin de sntesis de RNA, era esperable encontrar a la RNA polimerasa unida a las secuencias promotoras. Sin embargo, esta enzima no se une directamente a los promotores. Como se esquematiza en la figura 5,en el proceso de transcripcin participan una serie de protenas o complejos proteicos, a los que se les denominada factores de transcripcin. Cada uno de estos factores de transcripcin 2

se nombra como TF (por Transcription Factor) seguido de un nmero romano y, una letra. El nmero romano (I, II o III), indica de cul de las tres polimerasas es factor. Es as como, para los factores de la RNA polimerasa II, que transcribe genes que codifican para protenas, tenemos TF IIA, TFIIB, etc. Como se muestra en el esquema de la figura 5, a la caja TATA se une directamente una protena conocida como TBP (TATA Binding Protein protena de unin a la caja TATA), que es parte del factor de transcripcin TFIID (este se compone al menos de 9 subunidades, TBP y otras subunidades pequeas conocidas como TAFs). Una vez que TBP, y TFIID se unen al DNA, se unen secuencialmente a este complejo, el resto de los factores de transcripcin y la RNA polimerasa II. Es destacable la funcin de TBP. Esta protena determina en qu puntos del DNA se ensambla la maquinaria de transcripcin, y esto es posible porque esta molcula presenta una determinada disposicin espacial de tomos que son capaces de establecer interacciones qumicas con otros presentes en la caja TATA en el DNA (interacciones qumicas termodinmicamente favorables, estables, se entiende) La figura 6, a la izquierda, muestra un esquema deTBP interactuando con la caja TATA, y a la derecha, un acercamiento que muestra los puentes de hidrgeno en que se basa dicha interaccin. Es la relacin y disposicin espacial que presentan los tomos en una molcula, lo que determina las interacciones moleculares que sta puede establecer; es a esto a lo que nos referimos cuando hablamos de informacin molecular. Una vez que se ha formado este gran complejo multiprotenasCaja TATA, comienza la etapa de elongacin, pero esto requiere al menos de dos requisitos: la separacin de las dos hebras de DNA, por la funcin helicasa de uno de los factores de transcripcin, y la fosforilacin masiva d la cola C' terminal de la RNApol II. Esta fosforilacin parece afectar la estabilidad de la unin de la RNA polimerasa al complejo, permitiendo que esta avance en la direccin de la transcripcin. Elongacin En el sitio activo de esta enzima, se ubican los nucletidos de DNA, comenzando con el +1(el primero en ser transcrito) y los ribonucletidos complementarios. La accin enzimtica de la enzima permite la formacin del enlace fosfodister entre el C 3' del primer ribonucletido y el 5' del segundo de ellos, tal como se observa en la figura 7. Las RNAs polimerasas transcriben el DNA de la hebra que "recorren" en direccin 3'5', tanto en procariontes como en eucariontes. Los ribonucletidos complementarios se unen al DNA "cabeza abajo", es decir si en el DNA se encuentra hacia la "izquierda" el extremo 3', el ribonucletido expondr en ese sentido (hacia la "izquierda") su regin del C 5'; el ribonucletido siguiente ingresar a la cadena de RNA creciente, en la misma disposicin espacial (C 5' hacia la "izquierda"), por lo tanto, observaremos que el RNA se sintetiza desde su extremo 5' al 3', es decir ser antiparalelo a la hebra de DNA transcrita (figura 7). Un segmento de DNA puede ser transcrito por varias RNA polimerasas a la vez, las cuales se habrn unido al promotor en momentos diferentes, de tal manera que las que se unieron al promotor ms temprano, irn ms adelantadas en el proceso que las que se unieron al promotor ms tardamente. Esto se observa al MET como aparece en la figura 8. La RNApol va recorriendo el DNA, a una velocidad estimada de 50 nts/segundo en procariontes, y 20 nts/segundo en eucariontes. A medida que esto ocurre, el RNA sintetizado, hasta ese momento estrictamente formado por una secuencia de ribonucletidos complementarios al DNA que sirvi de molde, comienza a ser transformado. Aparentemente las funciones enzimticas que participan en estas transformaciones procesamiento las llevan a cabo protenas que se asocian a la RNApol.

Adicin de un capuchn (Capping): El primer segmento de RNA que asoma del complejo de transcripcin corresponde a la regin 5' de la molcula, y es aqu donde se observa la primera modificacin. Cuando se han sintetizado cerca de 25 nt, un conjunto de enzimas particulares, y distintas de la RNApol, catalizan la adicin de un ribonucletido de guanina que luego es modificado por una metilacin al ribonucletido del extremo 5' de la molcula naciente de RNA del cual se ha removido una molcula de fosfato (figura 9). Este "capuchn" molecular se une a protenas que cumplen una funcin tanto en el posterior transporte del mensajero hacia el citoplasma como en la traduccin de l, segn veremos ms adelante. Remocin de intrones (Splicing): El estudio de los genes eucariontes result, en muchos aspectos, ms complicado que el de los procariontes. Por ejemplo,1) si se busca la secuencia de DNA que codifica para un RNA mensajero de secuencia conocida no es posible encontrarla, y 2) en el ncleo se pueden encontrar RNAs mensajeros de un tipo dado, que son ms largos que los citoplasmticos del mismo tipo, es decir, en el interior del ncleo aparecen RNAs mensajeros con secuencias que finalmente no llegan al citoplasma y, por esto, no codifican para protena. Esto se debe a que los genes estn codificados en el DNA interrumpidos por secuencias no codificantes denominadas intrones. Las secuencias codificantes entre intrones se denominan exones. Los intrones son transcritos, pero luego escindidos del RNA en un proceso complejo denominado splicing (corte y empalme); en este proceso de splicing, que ocurre durante la transcripcin (cotranscripcional), participan agregados macromoleculares formados por protenas y RNAs pequeos (ribonucleoprotenas), denominados spliceosoma. El spliceosoma reconoce seales presentes en la secuencia de RNA, se une a ellas, corta en dos puntos el transcrito y luego une el extremo del RNA que se encuentra ro arriba del sitio de corte ms prximo al 5' con el extremo que se encuentra ro abajo del sitio de corte ms cercano al extremo 3' (ver figura 10). Nuevamente hemos hablado aqu de "seales" haciendo referencia al concepto de informacin molecular. En este caso, se trata, aparentemente, de interacciones entre las bases del transcrito con las de los RNAs pequeos que forman parte de las diversas subunidades del spliceosoma. Trmino La etapa de elongacin, durante la cual ocurre el capping y splicing, contina hasta que la maquinaria transcripcional encuentra una seal de trmino en la cual sta se detiene y libera tanto el DNA templado como el RNA. En los genes procariontes, las seales de trmino las podemos identificar con mayor facilidad, puesto que presentan, en general, secuencias de consenso. En eucariontes, sin embargo, resultan ms difciles de determinar, puesto que aparentemente lo que est conservado es la presencia de una secuencia de bases que produce un enlentecimiento en el desplazamiento de la maquinaria de transcripcin; la combinacin de bases capaz de producir este enlentecimiento es muy variada. Poliadenilacin: Sin embrago, ro arriba del trmino, se encuentra una secuencia ampliamente conservada (AAUAAAA), la cual es reconocida por otro grupo de enzimas que, bsicamente, realizan dos modificaciones del transcrito. En primer lugar, lo cortan, y en segundo lugar, al nucletido que queda en el extremo 3', le agregan una cola de PoliA, es decir una larga secuencia de nucletidos de adenina (aproximadamente 200 nts) (figura 11). Una de las funciones descritas para la cola de poliA est relacionada con la vida media del mensajero; una disminucin de la longitud de la cola, se relaciona con degradacin del mensajero. Esta serie de interacciones, aparentemente, producen una desestabilizacin de la maquinaria de transcripcin, con lo cual, sta se libera del DNA unos pocos cientos de nucletidos ro abajo del sitio de corte y poliadenilacin.

Exportacin Una vez que el mRNA ha sido transcrito y completamente procesado, se encuentra en el ncleo asociado a una serie de protenas. Entre stas, algunas portan seales que, permiten su interaccin con otras protenas y con protenas del complejo de poro nuclear, determinando la apertura de ste y la salida del mRNA maduro hacia el citoplasma (figura 12). Traduccin Adems del RNA mensajero, en el proceso de traduccin existen una serie de otras molculas involucradas. Haremos una breve referencia a un par de ellas. Los ribosomas: son grandes complejos ribonucleoproteicos (protenas ribosomales+ rRNA), que se ensamblan en el nuclolo en forma de subunidad mayor y subunidad menor. La estructura tridimensional de estos agregados macromoleculares es realmente compleja y se ha comenzado a entender mejor luego de la cristalizacin de estos. Las subunidades mayor y menor slo se unen durante el proceso de traduccin durante el cual se encuentran unidos tambin al mRNA(figura 13),. Cuando se estructura el ribosoma, se constituyen sitios tridimensionales que son verdaderos bolsillos moleculares; estos se cuentan en nmero de tres y se conocen como sitio A, sitio P y sitio E. Tanto los ribosomas como el proceso de traduccin en s, presentan importantes diferencias entre procariontes y eucariontes. La base del uso de algunos antibiticos como los aminoglicsidos, por ejemplo, se encuentra precisamente en estas diferencias. En este documento nos limitaremos a ciertos aspectos del proceso de traduccin en eucariontes. El tRNA : es una molcula clave en el proceso de traduccin, volviendo al smil del inicio de esta nota, podramos decir que acta como traductor, ya que habla los dos lenguajes, el de los nucletidos y el de los 5

aminocidos. Esto es resultado de la accin de una familia de enzimas llamada aminoacil tRNA sintetasa, las cuales reconocen especficamente la regin del anticodn del tRNA (figura14), entre otras, y le transfiere a ste (catalizando la formacin de un enlace covalente) en forma epecfica, un aminocido particular. Se forma as una molcula hbrida RNAaminocido conocida como aminoaciltRNA Etapa I. Inicio de la traduccin Al llegar el mRNA al citoplasma, el capuchn 5' es reconocido por factores de traduccin. Estos factores son un grupo de protenas, que en conjunto con ribosomas, y aminoaciltRNAs, entre otros, son indispensables para el proceso de traduccin. En la etapa de inicio de la traduccin, al sitio P (o, mejor, al hemisitioP) de la subunidad ribosomal menor, se une un aminoaciltRNA iniciador (que siempre corresponde a un tipo de metioniltRNA). Este complejo, reconoce y se une al RNA mensajero por el extremo 5', al cual se encuentra unido uno de los factores de inicio de la traduccin. Este complejo subunidad_ribosomalmetioniltRNA_iniciador, recorre el mRNA hacia el extremo 3'; el complejo se detiene en el punto en que quedan confrontados la regin del anticodn del metioniltRNA con el triplete AUG (figura 15) cmo se puede explicar esta detencin del complejo? A qu se le llama codn de inicio de la traduccin? La estabilizacin del complejo est dada por la formacin de puentes de hidrgeno entre las bases del anticodn del metioniltRNA iniciador y el triplete o codn AUG del RNA mensajero. Piense cul ser, entonces, la secuencia presente en e anticodn. AUG ser el codn de inicio de la traduccin de todos los mensajeros, puesto que el nico aminoaciltRNA que es capaz de unirse a la subunidad ribosomal menor es el metioniltRNA de inicio. Luego de la estabilizacin del complejo, cuando el codn AUG se encuentra frente al hemisitio P donde se encuentra el metioniltRNA de inicio, se une la subunidad ribosomal mayor. Ahora se crean en rigor, los sitios A, P y E. En el piso del sitio A se expone ahora otro triplete, otro codn, y a l ingresar y ser estabilizado, un aminoacil tRNA cuyo anticodn presente una secuencia complementaria. Quedarn entonces muy cercanos los aminocidos metionina (unido al tRNA iniciador) y el aminocido unido al tRNA que ingres al sitio A (figura 16). La subunidad ribosomal mayor, que presenta la actividad enzimtica peptidiltransferasa, cataliza la formacin del enlace peptdico, formando un dipptido. ste pptido ir creciendo en la medida en que nuevos aminoacil tRNAs ingresen al sitio A. durante la fase de elongacin. Etapa II. Elongacin Al formarse el enlace peptdico, los aminocidos quedan unidos al, antes aminoacil, ahora peptidil tRNA que se encuentra en el sitio A. Con esto, se produce un cambio conformacional ene l complejo, se desplaza el ribosoma en relacin al mensajero, y el tRNA "descargado" sale del complejo por el sitio E (de Exit, salida); por su parte, el peptidil tRNA qu se encontraba en el sitio A, pasa al sitio P (de Peptidil), y el sitio A queda ahora libre, y exponiendo el siguiente triplete del RNA mensajero. De la manera que se explic ms arriba, sigue creciendo el polipptido (figura 17). Es necesario aclarar que en esta etapa de elongacin participan una serie de factores a los que no se har mencin aqu. Si reflexionamos sobre el proceso descrito, nos podemos dar cuenta de que el mRNA se va decodificando de a tres nucletidos lo que entendemos por codn, y que estos tripletes se "leen" de corrido, sin saltarse nucletidos. Esto ltimo est dado por la conformacin de los sitios A y P que "exponen" dos series continuas de tres nucletidos tres cada uno, sin nucletidos entre medio. Puesto que el aminocido unido a cada 6

tRNA es el mismo en todos los tRNAs que comparten la misma secuencia en el anticodn, y que son precisamente los nucletidos del anticodn los que se unen al codn del mensajero, entonces, a cada a codn de ste le corresponde un aminocido dado. A esta correspondencia entre codones del RNA mensajero y aminocidos se le denomina cdigo gentico (figura 18). v Etapa III. Trmino La elongacin del polipptido continua hasta que el sitio A es ocupado por uno de tres codones de los denominados codones de trmino. Cuando esto sucede, en lugar de ingresar al sitio A un aminoaciltRNA, ingresa una protena denominada factor de trmino o liberacin el cual produce la hidrlisis de la unin tRNApptido, liberandose la protena, tRNAs, ribosomas y mensajero, con lo cual concluye la sntesis de la protena. Todo este proceso puede suceder tanto en el citoplasma como asociado a las membranas del RER. Usualmente, el codn de trmino no se encuentra al final (extremo3') del RNA mensajero, como tampoco el codn de inicio se encuentra al principio de ste (extremo 5'). Los segmentos del mensajero que se encuentran ro arriba del codn de inicio y ro abajo del codn de trmino, se denominan secuencias UTR (no traducidas), y han sido involucradas en diferentes aspectos del control de la expresin gnica, tanto en regulacin de la vida media del mensajero, como de control a nivel traduccional. Cabe acotar aqu, que una interesante caracterstica del sistema. Un gen puede ser transcrito simultneamente por varias RNA polimerasas (figura 8), a su vez, cada RNA mensajero as sintetizado, puede ser traducido simultneamente por muchos ribosomas, muchas veces (figura 20). Esto determina que en este sistema se pueda sintetizar en un momento dado, una gran cantidad de una protena codificada slo por un gen. Terminar comentando sobre las mltiples etapas en las que se ha observado que existe o puede darse el control de la expresin de los genes, que es uno de los determinantes de que el funcionamiento y capacidad de respuesta de las clulas y el organismo completo sean compatibles con el estar vivo. Tanto el proceso de transcripcin, como el procesamiento del RNA, su salida al citoplasma, vida media y si ser o no traducido, y en qu medida, junto a las modificaciones qumicas de las protenas (que regulan su actividad) y el compartimento celular en que se encuentren (que determinan su funcionalidad), son aspectos que se encuentran finamente controlados y coordinados en el proceso de expresin de nuestros genes.