Page 8

the common baker's yeast, Saccharomyces cerevisiae, contains about 7000 genes; with a microarray, one can measure qualitatively how each gene is expressed, and how that expression changes, for example, with a change in temperature. There are many different ways to fabricate microarrays; the most common are silicon chips, microscope slides with spots of ~ 100 micrometre diameter. There can be anywhere from 100 spots to more than 10,000 on a given array. Arrays can also be made with molecules other than DNA. For example, an antibody array can be used to determine what proteins or bacteria are present in a blood sample. Allele Specific Oligonucleotide
Allele specific oligonucleotide (ASO) is a technique that allows detection of single base mutations without the need for PCR or gel electrophoresis. Short (20-25 nucleotides in length), labeled probes are exposed to the non-fragmented target DNA. Hybridization occurs with high specificity due to the short length of the probes and even a single base change will hinder hybridization. The target DNA is then washed and the labeled probes that didn't hybridize are removed. The target DNA is then analyzed for the presence of the probe via radioactivity

ragi roti umum itu, Saccharomyces cerevisiae, mengandung sekitar 7000 gen, dengan microarray dapat mengukur secara kualitatif bagaimana setiap gen diekspresikan, dan bagaimana perubahan ekspresi gen, misalnya, akibat perubahan suhu. Ada banyak cara untuk membuat microarray, yang paling umum adalah chip silikon, mikroskop slide dengan diameter bintik dari 100 mikrometer. Ada juga diameter bintik yang lebih dari 10.000 mikrometer. Arrays juga bisa dibuat dengan molekul lain dari DNA. Sebagai contoh, sebuah array antibodi dapat digunakan untuk menentukan kehadiran protein atau bakteri dalam sampel darah. Alel spesifik oligonukleotida Alel spesifik Oligonukleotida (ASO) adalah teknik yang memungkinkan deteksi mutasi basa tunggal tanpa memerlukan elektroforesis PCR atau gel. Gelombang pendek (20-25 nukleotida), probe berlabel terkena DNA target tidak terfragmentasi. Hibridisasi terjadi dengan spesifisitas yang tinggi terhadap panjang gelombang yang pendek dari probe meskipun terjadi perubahan basa tunggal yang akan menghambat hibridisasi. DNA target kemudian dicuci dan probe label yang tidak berhibridisasi dihapus. DNA target kemudian dianalisa untuk mengetahui probe melalui radioaktivitas atau fluoresensi.

or fluorescence.

In this experiment, as in most molecular biology techniques, a control must be used to ensure successful experimentation. The Illumina Methylation Assay is an example of a method that takes advantage of the ASO technique to measure one base pair differences in sequence. Antiquated technologies In molecular biology, procedures and technologies are continually being developed and older technologies abandoned. For example, before the advent of DNA gel electrophoresis (agarose or polyacrylamide), the size of DNA molecules was typically determined by rate sedimentation in sucrose gradients, a slow and labor-intensive technique requiring expensive instrumentation; prior to sucrose gradients, viscometry was used. Aside from their historical interest, it is often worth knowing about older technology, as it is occasionally useful to solve another new problem for which the newer technique is inappropriate.

Dalam penelitian ini, seperti halnya kebanyakan teknik biologi molekular, kegiatan pengontrolan harus digunakan untuk memastikan keberhasilan dari percobaan. Assay Metilasi Illumina adalah contoh dari metode ASO yang bertujuan mengukur satu perbedaan pasangan basa secara berurutan. Teknologi kuno Dalam biologi molekular, prosedur penelitian dan teknologi terus mengalami kemajuan dan teknologi yang lebih tua

ditinggalkan. Misalnya, sebelum munculnya gel elektroforesis DNA (agarosa atau poliakrilamid), ukuran molekul DNA biasanya ditentukan oleh tingkat sedimentasi di gradien sukrosa, teknik yang lama dan lambat membutuhkan instrumentasi yang mahal; sebelum gradien sukrosa, viscometry digunakan untuk mengukur ukuran molekul DNA. Selain dari kepentingan sejarah, hal ini merupakan pengetahuan yang bernilai sering tentang teknologi yang lebih tua, karena kadang-kadang berguna untuk memecahkan masalah lain yang baru yang mana teknik baru tida dapat digunakan.

Laboratory of Molecular Biology Laboratory of Molecular Biology has the role in conducting research of Molecular Biology experiment. Laboratory of Molecular Biology has the following functions: 1. Perform a molecular analysis of genotype 2. Identification, isolation, cloning genes 3. Transformation and gene expression studies 5. Detection of genetically modified Electrophoresis Unit Electrophoresis nucleate acid to

Laboratorium Biologi Molekuler Laboratorium Biologi Molekuler memiliki peran dalam melakukan penelitian eksperimen Biologi Molekuler. Laboratorium Biologi Molekuler memiliki Beberapa fungsi sebagai berikut: 1. Melakukan analisis molekuler dari genotipe 2. Identifikasi, isolasi, kloning gen 3. Transformasi dan ekspresi gen studi 5. Deteksi rekayasa genetika Elektroforesis Unit Elektroforesis asam nukleat untuk memisahkan komponen asam nukleat berdasarkan ukuran

separate the component of nucleate acid based on the size

UV Stratalinker 1800 Stratagene Fixation DNA on the membrane by using UV shine.

UV Stratalinker 1800 Stratagene Fiksasi DNA pada membran dengan menggunakan sinar UV.

Incubator
An apparatus in which

Incubator
Suatu alat yang bekerja

environmental conditions, such as temperature and humidity, can be controlled, often used for growing bacterial cultures, hatching eggs artificially, or providing suitable conditions for a chemical or

menciptakan kondisi lingkungan, seperti suhu dan kelembaban, dapat dikontrol, sering digunakan untuk menumbugkan dan mengkultur

bakteri, penetasan telur buatan, atau menyediakan kondisi yang cocok untuk suatu bahan kimia atau reaksi biologis.

biological reaction.

Biosafety cabinet/ laminar flow lab culture Esco class II type A2

Biosafety cabinet/ laminar flow lab culture Esco class II type A2

This cabinet is used to perform experiments condition. with a sterile

Kabinet ini digunakan untuk melakukan eksperimen dengan kondisi steril..

Microfuge 12 Beckman

Microfuge 12 Beckman

Used for centrifuge the materials temperature in the by room using

Digunakan

untuk

mensentrifus bahan dalam suhu kamar dengan appendorf

appendorf tube 0,5 ml until 2 ml.

menggunakan

tube 0, 5 ml sampai 2 ml..

UV illuminator Chemidoc EQ Biorad Detection the fluorescence or chemiluminescence by using UV shine (302, 254 or 364 nm) This equipment is

UV illuminator Chemidoc EQ Biorad Deteksi fluoresensi atau

chemiluminescence dengan menggunakan sinar UV

(302, 254 atau 364 nm) Peralatan ini dikembangkan dengan komputer untuk

developed with computer to see the figure of radiating result.

melihat hasil radiasi.

Spectrofotometer Smartspec Plus Biorad Spectrofotometer for sinar tampak and ultra violet shine with wave length 200-800 nm. Used to see the growth of bacteria and see the quality of nucleat acid and protein. Programmable thermal controller MJ Research DNA engine (single: PTC-100 dan tetrad: PTC-225)

Spectrofotometer Smartspec Plus Biorad Spectrofotometer for sinar tampak and ultra violet shine with wave length 200-800 nm. Used to see the growth of bacteria and see the quality of nucleat acid and protein. Programmable thermal controller MJ Research DNA engine (single: PTC-100 dan tetrad: PTC-225)

Used for reaction with various temperature in a small volume (maximal 0,5 ml). This tool can set the temperature and time which is suitable for PCR with the number of samples up to 384 (= 96 x 4).

Digunakan untuk reaksi dengan berbagai suhu dalam volume kecil (maksimal 0,5 ml). Alat ini dapat mengatur suhu dan waktu yang cocok untuk PCR dengan jumlah sampel sampai

dengan 384 (= 96 x 4).

Vertical Gel Electrophoresis Large instrument is for nucleic acid electrophoresis cell that can produce higher resolution and can be used for DNA

Vertical Gel Electrophoresis Alat besar untuk electrophoresis asam yang dapat menghasilkan resolusi yang lebih tinggi dan dapat digunakan untuk

sequencing.

menentukan urutan rantai DNA.

Centrifuge 5810 Eppendorf Centrifuge the component of

Centrifuge 5810 Eppendorf Mensentrifus komponen biomolekuler dengan menggunakan tabung PCR 1,5 ml, 2 ml Falcon tabung. Centrifuge kamar beroperasi di suhu

biomolecular by using PCR Tube 1,5 ml, 2 ml Falcon tube. Centrifuge temperature operates in room

Lemari Asam

Lemari Asam

For

saving

the

chemical

Untuk menyimpan zat kimia

substances

Laminar Air Flow Enclosed bench designed to prevent contamination of semiconductor

Laminar Air Flow Seperti dirancang kontaminasi lemari yang tertutup mencegah wafer semi-

untuk dari

wafers, biological samples, or any particle sensitive device. Air is drawn through a HEPA filter and blown in a very smooth. The cabinet is usually made of stainless steel with no gaps or joints where spores might collect.

konduktor, sampel biologis, atau perangkat partikel sensitif. Udara masuk melalui filter HEPA dan dialirkan dengan sangat halus.

Kabinet ini biasanya terbuat dari stainless steel tanpa celah .

Electroporator micropulser Biorad Transformation of bacteria, fungi and other microbes. Voltage can be set between 200-3000 V with a precision of 10 V and pulse between 1.0 to 4.0 ms with a precision of 0.1 ms.

Electroporator micropulser Biorad Transformasi bakteri, jamur dan mikroba lainnya. Tegangan

dapat diatur antara 200-3000 V dengan ketepatan 10 V dan pulsa antara 1,0-4,0 ms dengan presisi 0,1 ms.

Freezer Tropicalized Sansio

Freezer Tropicalized Sansio

Refrigerator to save the chemical compound on the -200 Celcius

Lemari

pendingin

untuk

menyimpan bahan-bahan pada suhu -20 derajat Celcius

CONCLUSION
Molecular biological methods for the detection and

KESIMPULAN Metode biologi molekuler untuk deteksi dan karakterisasi mikroorganisme yang telah mengalami revolusi diagnostik

characterisation of microorganisms have revolutionised diagnostic microbiology and are now part of routine specimen processing. Polymerase chain reaction (PCR) techniques have led the way into this new era by allowing rapid detection of microorganisms that were previously difficult or impossible to detect by traditional

mikrobiologi dan kini menjadi bagian dari pengolahan spesimen rutin. Polymerase chain reaction (PCR) teknik telah memimpin jalan ke era baru dengan memungkinkan deteksi cepat mikroorganisme yang sebelumnya sulit atau tidak mungkin untuk dideteksi dengan metode mikrobiologi tradisional. Selain deteksi mikroorganisme, deteksi lebih cepat dengan metode molekuler untuk bakteri patogen sangat penting bagi kesehatan masyarakat. Metode molekuler kini telah berkembang melampaui identifikasi untuk mendeteksi gen resistensi antimikroba dan memberikan informasi kesehatan masyarakat seperti karakterisasi galur oleh genotip. Pengobatan pada mikroorganisme tertentu telah ditingkatkan dengan deteksi resistensi virus dan tes viral untuk memantau respon terhadap terapi antivirus. Dengan munculnya multiplex PCR, realtime PCR dan peningkatan efisiensi melalui otomatisasi, biaya metode molekuler menurun sehingga peran metode molekuler lebih mengalami peningkatan. Ulasan ini berfokus pada kegunaan klinis metode molekuler yangdilakukan di laboratorium mikrobiologi

microbiological methods. In addition to detection of fastidious microorganisms, more rapid detection by molecular methods is now possible for pathogens of public health importance. Molecular methods have now progressed beyond identification to detect antimicrobial resistance genes and provide public health information such as strain characterisation by genotyping.
Treatment of certain microorganisms has been improved by viral resistance detection and viral load testing for the monitoring of responses to antiviral therapies. With the advent of multiplex PCR, real-time PCR and improvements in efficiency through automation, the costs of molecular methods are decreasing such that the role of molecular methods will further increase. This review will focus on the clinical utility of

molecular methods performed in the clinical microbiology laboratory, illustrated with the many examples of how they have changed laboratory
diagnosis and therefore the management of infectious diseases.

klinis/media yang diilustrasikan dengan diagnosis laboratorium dan manajemen penyakit menular.

The advent of nucleic acid amplification and detection has resulted in a change from conventional laboratory methods that rely on phenotypic expression of antigens or biochemical products, to molecular methods for the rapid identification of a number of infectious agents. Molecular methods have become increasingly incorporated into the clinical microbiology laboratory, particularly for the detection and characterisation of virus infections and for the diagnosis of diseases due to fastidious bacteria. Molecular detection has mostly come to the clinical microbiology laboratory in the form of PCR technology, initially involving single round or nested procedures with detection by gel electrophoresis. However, with the introduction of automation for the various stages of DNA or RNA extraction, amplification and product detection together with real-time PCR, molecular

Munculnya amplifikasi asam nukleat dan deteksi telah menghasilkan perubahan dari metode laboratorium konvensional yang mengandalkan ekspresi fenotipik antigen atau produk biokimia, dengan menggunakan metode molekuler dapat digunakan untuk identifikasi cepat dari sejumlah agen infeksius. Metode molekuler mengalami perkembangan dalam bidang laboratorium mikrobiologi klinis, terutama untuk deteksi dan karakterisasi virus dan infeksi untuk diagnosis penyakit karena bakteri. Deteksi molekuler sebagian besar hadir di dalam

laboratorium mikrobiologi klinik dalam bentuk teknologi PCR, awalnya melibatkan putaran tunggal atau prosedur bersarang dengan deteksi dengan elektroforesis gel. Namun, dengan pengenalan otomasi untuk berbagai tahap ekstraksi DNA atau RNA, amplifikasi dan deteksi produk bersama-sama dengan real-time PCR,

laboratories will continue to become more efficient and costeffective. Microarray technology such as the DNA chip will likely further increase the utility of molecular detection in the clinical microbiology laboratory.

laboratorium molekuler akan terus menjadi lebih efisien dan hemat biaya. Teknologi microarray seperti chip DNA kemungkinan akan lebih meningkatkan utilitas deteksi molekuler di laboratorium mikrobiologi klinis.