1.

Ttulo del Tpico Selecto

Ingeniera de Vas Metablicas en Bacterias

2. Tutores responsables Nombre completo Dr. Guillermo Gosset Lagarda Adscripcin Instituto de Biotecnologa Telfono (777) 329-1601/1648 Correo electrnico gosset@ibt.unam.mx Nombre completo Dr. Adelfo Escalante Lozada Adscripcin Instituto de Biotecnologa Telfono (777) 329-1601 Correo electrnico adelfo@ibt.unam.mx 2 a. Estudiantes Coordinadores del Curso o Tpico Nombre completo M.C. Jos Alberto Rodrguez Ruiz Adscripcin Instituto de Biotecnologa Telfono (777) 329-1601 Correo electrnico rrja@ibt.unam.mx 3. Profesores invitados Nombre completo Dr. Sergio Encarnacin Guevara Adscripcin Centro de Ciencias Genmicas Telfono 7773291899 Correo electrnico encarnac@ccg.unam.mx Nombre completo Dr. lvaro Ral Lara Rodrguez Adscripcin Universidad Autnoma Metropolitana Telfono 26362800 Correo electrnico alara@correo.cua.uam.mx Nombre completo Dr. Juan Carlos Sigala Alans Adscripcin Universidad Autnoma Metropolitana Telfono 26363800 Correo electrnico jsigala@correo.cua.uam.mx

Dr. Osbaldo Resndis Antonio Centro de Ciencias Genmicas 7773139944 resendis@ccg.unam.mx Dr. Alfredo Martnez Jimnez Instituto de Biotecnologa 7773291601 alfredo@ibt.unam.mx Dr. Adrin Ochoa Leyva INMEGEN 53501995 aochoa@inmegen.gob.mx

4. Introduccin/justificacin del Curso/Objetivos La ingeniera de vas metablicas (IVM) puede ser definida como la alteracin dirigida del metabolismo de un organismo con la finalidad de entender y utilizar sus procesos celulares para beneficio del hombre. Esta disciplina se sustenta en el conocimiento terico y metodolgico de otras ramas como la ingeniera gentica, la bioqumica, la biologa celular y molecular, y de nuevas herramientas de la biologa de sistemas, tales como el anlisis del transcriptoma, proteoma, metaboloma y fluxoma. El objetivo del presente curso es presentar un panorama general de los antecedentes, herramientas, estrategias, casos exitosos y perspectivas del empleo de la IVM en bacterias. 5. Caractersticas para la imparticin del Curso Indique el lugar en donde se realizar el Curso Nmero de sesiones y duracin en horas por sesin (mnimo 36 horas) Disponibilidad de impartirlo por videoconferencia Nmero total de alumnos que puede aceptar

Instituto de Biotecnologa 16 sesiones de 5 horas por sesin No 12

Nmero de alumnos EXTERNOS AL PMyDCB que 50% puede aceptar 6. Mtodo de evaluacin Por favor incluya en este apartado el % de la contribucin relativa de: Exmenes (nmero) No Participacin en clase 50% Asistencia Se requiere asistir como mnimo a 14 sesiones de 16 (88%) Presentacin de un proyecto 50% Otros No 7. Temario del Curso o Tpico Reunin previa (25 de Enero)
Presentacin, horarios y dinmica del tpico. Asignacin de material a discutir en la primera sesin.

1. Introduccin a la ingeniera de vas metablicas en bacterias (Dr. Alfredo Martnez; 1 de Febrero; 9:00 a.m.)
En esta sesin se discutir la importancia de la ingeniera metablica y su relacin con otras reas del conocimiento. Se expondr un panorama general de su desarrollo y de las herramientas que utiliza.

2. Mecanismos de transporte de carbohidratos e ingeniera de transportadores (Dr. Guillermo Gosset; 8 de Febrero; 9:00 a.m.)
Se estudiarn sistemas bacterianos de importe y exporte de metabolitos, haciendo nfasis en sus elementos moleculares y en su regulacin e influencia sobre otros procesos celulares. Se discutirn casos exitosos de alteracin del transporte para mejoramiento de procesos biotecnolgicos.

3. Metabolismo central: Gliclisis, TCA, va de las pentosas y ruta de Entner-Doudoroff. Redireccionamiento y acumulacin de compuestos intermediarios (M.C. Alberto Rodrguez; 15 de Febrero; 9:00 a.m.)
Se discutir el papel del metabolismo central en la generacin de energa y precursores, haciendo especial nfasis en la regulacin de las reacciones clave, su integracin con otras rutas bioqumicas y algunas estrategias empleadas para favorecer el redireccionamiento o acumulacin de compuestos intermediarios.

4. Sistemas de expresin, integracin e interrupcin del material gentico (M.C. Alberto Rodrguez; 22 de Febrero; 9:00 a.m.)
En esta sesin se comentarn diferentes tipos de sistemas y herramientas moleculares que permiten la

expresin de material gentico forneo en bacterias, as como algunas de las tcnicas existentes empleadas en la modificacin dirigida del genoma.

5. Circuitos gnicos y reprogramacin metablica (M.C. Alberto Rodrguez; 29 de Febrero; 9:00 a.m.) Se discutirn nuevas tecnologas para manipulacin de DNA en bacterias que implican combinar la expresin de diversos circuitos gnicos, con la finalidad de generar operaciones de procesamiento de seales ms complejas. Se examinarn tambin sus aplicaciones biotecnolgicas.

6. Transcriptmica (Dr. Adelfo Escalante; 7 de Marzo; 9:00 a.m.)

En esta clase se discutirn los principios y las bases metodolgicas de los anlisis transcripcionales, as como la aplicacin de la informacin obtenida de ellos en el mejoramiento dirigido de la fisiologa o el metabolismo de bacterias.

7. Fluxmica (Dr. Juan Carlos Sigala; 14 de Marzo; 9:00 a.m.)

La determinacin de flujos metablicos y el anlisis derivado de ellos es una herramienta til para la caracterizacin y modificacin racional del metabolismo bacteriano. Es por ello que en esta sesin se expondrn tanto las bases tericas como algunos ejemplos de su determinacin.

8. Protemica (Dr. Sergio Encarnacin; 21 de Marzo; 9:00 a.m.)

Se discutir la valiosa aportacin que puede ofrecer el anlisis del conjunto de protenas de un genoma en el entendimiento de la fisiologa y metabolismo bacterianos.

9. Ingeniera de protenas aplicada a la modificacin del metabolismo (Dr. Adrin Ochoa; 28 de Marzo; 9:00 a.m.)
En esta sesin se realizar un anlisis de los diferentes enfoques que pueden emplearse para obtener enzimas con propiedades mejoradas en el contexto de los objetivos que persigue la ingeniera de vas metablicas (IVM).

10. Estudio y aprovechamiento de la diversidad metablica (Dr. Adelfo Escalante; 11 de Abril; 9:00 a.m.)
Considerando la amplia variedad de soluciones que presenta la naturaleza a un problema biolgico especfico, se discutir el potencial que ofrece el anlisis de metagenomas al caracterizar y utilizar macromolculas de organismos diversos para la obtencin de nuevos productos biotecnolgicos.

11. Evolucin adaptativa como estrategia de mejoramiento fisiolgico y metablico (M.C. Alberto Rodrguez; 18 de Abril; 9:00 a.m.)
En esta sesin se discutirn los conceptos generales y las implicaciones de llevar a cabo experimentos de evolucin adaptativa en el laboratorio para seleccionar cepas que generen diferentes respuestas celulares a un reto fisiolgico.

12. Aplicacin de la biologa de sistemas para la caracterizacin de nodos metablicos (Dr. Osbaldo Resndis; 25 de Abril; 9:00 a.m.)
Se estudiar el potencial del modelado metablico en el entendimiento de los sistemas biolgicos y sus alcances para predecir comportamientos de redes metablicas, otorgando propuestas para el mejoramiento de cepas de produccin.

13. Biorefineras: Produccin de biocombustibles para sustituir a los derivados del petrleo (M.C. Alberto Rodrguez; 2 de Mayo; 9:00 a.m.)
Se expondrn ejemplos exitosos de la aplicacin de estrategias de IVM para producir biocombustibles en bacterias a partir de fuentes de carbono renovables, que les permitan ser un sustituto de los hidrocarburos obtenidos a partir del petrleo.

14. Sobreproduccin de metabolitos aromticos y compuestos derivados (Dr. Guillermo Gosset; 9 de Mayo; 9:00 a.m.)
Se presentarn y discutirn ejemplos sobre estrategias empleadas en el desarrollo de cepas sobreproductoras de metabolitos aromticos y otros compuestos derivados con alto inters industrial.

15. Produccin de metabolitos secundarios en bacterias (M.C. Alberto Rodrguez; 16 de Mayo; 9:00 a.m.) En esta sesin se discutirn estrategias moleculares para elucidar los mecanismos de sntesis y

regulacin de metabolitos secundarios en bacterias.

16. Bioingeniera aplicada a la produccin de metabolitos (Dr. lvaro Lara; 23 de Mayo; 9:00 a.m.)
Se discutirn trabajos que evalan el comportamiento y la capacidad de produccin de metabolitos de inters en cepas bacterianas tras emplear diversas estrategias de cultivo y criterios de escalamiento.

8. Bibliografa Bibliografa bsica (En cada tema se proporcionar bibliografa adicional) 1. Balbs P, Gosset G (2001). Chromosomal Editing in Escherichia coli. Molecular biotechnology 19(1). 2. Bongaerts J, Kramer M, Muller U, Raeven L, Wubbolts M (2001). Metabolic Engineering for Microbial 3. 4. 5. 6. 7.
Production of Aromatic Amino Acids and Derived Compounds. Metabolic Engineering 3: 289-300. Datsenko KA, Wanner BL (2000). One-step Inactivation of Chromosomal Genes in Escherichia coli K-12 Using PCR Products. PNAS 97: 6640-6641. Graves PR, Haystead TAJ (2002). Molecular Biologists Guide to Proteomics. Microbiology and Molecular Biology Reviews. 66:39-63. Konings WN (2006). Microbial Transport: Adaptations to Natural Environments. Antoine Van Leeuwenhoek 90 :325-342. Nielsen J (2001). Metabolic Engineering. Applied Microbiology and Biotechnology 55:263-283. Postma PW, Lengeler JW, Jacobson GR (1996). Phosphoenolpyruvate: Carbohydrate Phosphotransferase System, en Escherichia coli and Salmonella. Cellular and Molecular Biology. 11491174. Saber U (2006). Metabolic Networks in Motion: 13C- based flux Analysis. Molecular systems biology. Li H, Cann AF, Liao JC (2010). Biofuels: Biomolecular Engineering Fundamentals and Advances. Ann. Rev. Chem. Biomol. Eng. 1:19-36.

8. 9.