INTRODUCCION
Splicingalternativo Empleo depromotores alternativos Edicin delmRNA Sitios alternativos delinicio dela traduccin Sortear uncodon deSTOP
Genoma
Aprox.21000genesque codifican protenas
Transcriptoma
Aprox.105 transcritos
Modificaciones postraduccionales
Proteoma
Aprox.106 protenas
Modificacin postraduccional Modificaciones covalentes de la estructura de una protena Funcin: regular la funcionalidad localizacin celular interaccin con otras protenas >200 tipos: gran variabilidad presentes en el 80% de las protenas de eucariontes: alta frecuencia Secuencias consenso que determinan la existencia de una modificacin Prediccin bioinformtica
Rotura de enlaces covalentes Proteolisis: escisin de un fragmento proteico y activacin de la protena Autoproteolisis Rotura de secuencias seal: peptidasas de la seal Proteolisis intramolecular neuropptidos hormonas (insulina) morfgenos (notch, shh) activacin de zimgenos cascada de coagulacin sangunea
His: metilacin, fosforilacin, ADP-ribosilacin Lys: N-acetilacin, metilacin, oxidacin, hidroxilacin, ubiquitinacin Met: formacin de sulfxidos Phe: -hidroxilacin, O-glucosilacin Pro: hidroxilacin, O-glicosilacin Ser: fosforilacin, O-glicosilacin, acetilacin Thr: fosforilacin, O-glicosilacin, metilacin Trp: -hidroxilacin Tyr: fosforilacin, yodacin, adenilacin, sulfatacin, hidroxilacin
LOCALIZACION DE LAS MODIFICACIONES POSTRADUCCIONALES (I) Ncleo: acetilacin, fosforilacin (no exclusivas) Lisosoma: resto manosa-6P en protenas lisosomales Mitocondria: N-formilacin Aparato de Golgi: N- y O-glicosilacin, sulfatacin, palmitiolacin Retculo endoplasmtico (ER): N-glicosilacin, unin a fosfatidil-inositol Citosol: acetilacin, metilacin, fosforilacin Ribosoma: mistirilacin Membrana plasmtica: N- y O-glicosilacin, unin a fosfatidil-inositol Fluido extracelular: N- y O-glicosilacin, acetilacin, fosforilacin Matriz extracelular: N- y O-glicosilacin, fosforilacion, hidroxilacion, sulfatacin
H2N- M E P P T V T V S D
F S
M L K F P C D P I E T S W K Y Q K N L G D T W P F G L W S I G V E E D D M V V L T L S A L V V L E T C T Y C K T K K K W K V V A I H V S L A C V L Q F P I A I C I A I F I MV M V F I L V F S D H L P T V Y A T S V G F F V F A M N Y N M Y G W T P I V C I A L V F S C P A S L N P V S S L I W G L V G N T S I F T I I F A A V L V I T D A L A L L V L V V V L M L G Y C N T V C YM V A Y I Y I F V L V I N I S M M F G V V I L M I V L K D R D N R C L P R F A Y R L E T T F E T K A Y K N I R R T V K I S F T R F M K K C P A V R R R T L R V I R C L N E F H L R Q P V R A L D S G D N S K E K S F S K A HOOC- T P Q K I S E T K A C V S I P E R I V S R
S S E L K A V R G S S A V A I A V S I T A L Y
W N S L L G A P E E L F S S N H L F L P Y R E G G S
Control de la actividad Fosforilacin / defosforilacin Proteolisis: activacin de caspasas, de factores de coagulacin Regulacin de la expresin gnica: acetilacin de histonas
IDENTIFICACION DE LAS MODIFICACIONES POSTRADUCCIONALES Secuencias consenso Prediccion bioinformtica Herramientas bioinformticas para predecir modificaciones postraduccionales Bases de datos & software: ExPASy the proteomic server, PFAM, SMART, ELM, UNI-PROT etc
Espectrometra de masas Especialmente en combinacin con 2D SDS-PAGE, digestiones y HPLC Incorporacin de grupos marcados radiactivamente, con Bpa, digoxigenina
Eliminacin del pptido seal Por las enzimas peptidasas de la seal Gran utilidad en las predicciones bioinformticas del destino celular de una protena
Acilacin N-terminal Acetilacin, formilacin (bacterias) o mistirilacin CH3-COOH + NH2-Prot CH3-CONH-Prot + H2O
Amidacin C-terminal Tras la proteolisis de la ltima Gly: muchos neuropptidos Prot-Gly-COOH + NH2-group Prot-CONH2 + Gly
GLICOSILACION
La modificacin postraduccional ms importante y ms compleja Adicin de unidades glucdicas sobre cadenas laterales de Muy frecuente en protenas extracelulares de membrana plasmtica o secretadas Glucoprotenas: Pm de la cadena proteica > Pm de la parte glucdica vs. Proteoglucanos: Pm de la parte glucdica > Pm de la cadena proteica Monosacridos Glc, Gal, Man, NAcGlc, NAcGal, fucosa, acidos silicos Glicosil tansferasas Enzimas con alta especificidad de monosacrido estructura del aceptor sitio del enlace configuracin del enlace
Funciones de la Glicosilacin
Aumenta la solubilidad de la protena
Aumenta la vida media de las protenas secretadas proteccin contra proteasas y otras enzimas proteolticas Reconocimiento celular por protenas de membrana
Glicosilacion de protenas
La glicosilacin tiene lugar fundamentalmente en el ER y Golgi El plegamiento de glicoprotenas requiere de chaperones del ER Lectinas: protenas que leen el cdigo glucdico e intervienen en el reconocimiento celular, sealizacin, adhesin y destino celular de las protenas Tipos de glicosilacin
O-glicosilacin
N-GLICOSILACION (I)
Sobre Asn Secuencia consenso N-X-T/S/C; X Pro Tiene lugar en el ER Ncleo comn para todas las N-glicosilaciones: NAcGlc2Man3 Reconocido por las lectinas y por las N-glicanasas (PNGaseF) Man 1,6 prediccin bioinformtica
1,4
1,4
Man
1,3
Man Asn
NAcGlc
NAcGlc
N-glicosilacin (II)
Modelos de glicosilacin Tipo rico en manosa Tipo complejo: NAcGlc, Gal, manosa, cido silico y fucosa Hbrido
Sntesis en varios pasos 1. Sntesis sobre de un intermediario sobre el dolicol-P de la membrana del ER 2. Transferencia sobre la protena que tenga la secuencia consenso
N-glicosilacin (III)
Dolicol-P Lpido altamente hidrofbico compuesto por 20 isoprenos (C5) Localizado en la membrana del retculo endoplasmtico liso
n=15 19
Estructura deldolicolP
N-glicosilacin (IV)
1. Transferasas citoslicas Sntesis del ncleo del oligosacrido sobre el dolicol-P El grupo P del dolicol se sita en la cara citoslica de la membrana del ER Se transfieren 2 GlcNAc y 5 Man 2. Traslocacin del glicolpido a travs de la membrana del ER 3. Las transferasas del ER prosiguen con la glicosilacin Sntesis del oligosrido nuclear sobre el dolicol-P: (GlcNAc)2-(Man)9-(Glc)3 4. Transferencia del oligosacrido sobre un residuo de Asn (secuencia consenso) 5. Reciclaje del dolicol-P: dolicol-PP Enzima: fosfatasa dolicol-P + Pi
Interaccin parsito husped Unin de E. coli a las clulas epiteliales del tubo digestivo N. gonorrhoeae
Man6P
O-GLICOSILACION
Ausencia de secuencia consenso Adicin de residuos de GlcNAc Unin -O-N-acetilglucosamina sobre Ser Thr En el ncleo y en el citosol Enzimas: O-linked GlcNAc transferasas Adicin de residuos de GalNAc Sobre Ser Thr Estructura tipo mucina Tiene lugar en el Golgi N-acetil-galactosaminil-transferasas no prediccin bioinformtica
FOSFORILACIN (I)
Formacin de un ster fosfrico Entre un grupo OH de la cadena lateral de Ser, Thr & Tyr y un grupo fosfato Fosfato donado por el ATP Alta frecuencia de aparicin 1 de cada 8 protenas esta fosforilada, muchas veces, en varios residuos Funcin Regulacin de la funcin proteica: al alterar la estructura y la actividad de una protena (aparicin de un grupo cargado negativamente)
FosfoSer
FosfoThr
FosfoTyr
Fosforilacin (II)
Modificacin postraduccional rpida y reversible Acciones mediadas por proten kinasas vs. fosfatasas
Tipos de proten kinasas Ser/Thr proten kinasas PKA, PKC, CAM PK. Generalmente solubles Transduccin de seales, activacin de kinasas (cascadas de fosforilacin) Tyr proten kinasas Dominios TyrK en receptores de membrana para insulina y factores de crecimiento transfosforilacin, dimerizacin y activacin Proten kinasas multifuncionales
UBIQUITINACION (I)
Ubiquitina (Ub) Protena pequea de 76 (8.5 KDa) Presente en todos los organismos eucariontes Se une a otras protenas Enlace entre la Gly C-terminal de la Ub y el NH2 de una Lys de la protena diana Forma cadenas de poliubiquitina Marca las protenas para su degradacin en el proteasoma 26S
Ubiquitinacin (II)
Actualmente se admite que la ubiquitinacin puede tener funciones de sealizacin intracelular = protein targetting / trafficking - reciclaje vs. degradacin de receptores de m.p. que han sido internalizados - mecanismo de sealizacin = protein targetting
SUMOilacin Adicin de protenas similares a la ubiquitina Importancia en las casadas de sealizacin el control de la expresin gnica por modificacin de histonas
Ubiquitinacion (III)
Proceso dependiente de ATP en el que participan 3 protenas E1: enzima activadora de la ubiquitina Ub-Gly + ATP Ub-C=O-AMP + PPi (PPi 2Pi)
Formacin de un enlace tiosster E2: Protena transportadora de la ubiquitina Ub-C=O-S-E1 + E2 E3: ubiquitina ligasa E3 + Protena E3:Protena Protena-Ub + E2-SH + E3 Ub-C=O-S-E2 + E1-SH
Ub-C=O-S-E2 + E3:Protena
ACILACIN (I)
Unin de restos lipdicos
Funcin - Interaccin de la protena con las membranas biolgicas - Anclaje de las protenas en las membranas
Acilacin (II)
Palmitoilacin (C16:0) En residuos de Cys de la cara citoslica de la membrana plasmtica Formacin de un enlace tioster Importancia en GPCRs y protenas G
Cys
PalmitoilCoA Proteinaciltransferasa
Protena palmitoilada
Acilacin (III)
Prenilacin Farnesilacin, geranil-geranilacin En Cys del dominio C-terminal Secuencias consenso: CxC, Cxxx, xCC Farnesilacin del oncogen ras con farnesil-PP Ras se une a la membrana plasmtica, permitiendo la transmisin de las seales de receptores de membrana al interior celular Ras + farnesil-PP Ras-farnesilado + PPi
Union GPI-anchor, a DAG o a CHO En un residuo de Gly C-terminal Caracterstico de protenas integrales de membrana La protena se sita en la cara extracelular de la membrana plasmtica
4hidroxiPro ADP-ribosilacin
5hidroxiLys
Introduccin de una molcula de ADP-ribosa (del NAD) sobre His, Arg & Glu Enzima: ADP-ribosil transferasa - Bacterianas: inactivacin de protenas del husped toxina colrica, toxina pertsica: sobre protenas G heterotrimericas toxina diftrica: sobre el factor EF-2 de la traduccin de protenas - Intracelulares: implicadas en la transduccin de seales ADP-ribosilacin de histonas control de la expresin gnica
AcetilLys
Importante para la activacin de metaloprotenasas inactivacin de protenas (caspasas) Unin de iones metlicos Forman parte del centro activo de muchas enzimas
Unin de grupos prostticos Ejemplo: piridoxal-fosfato (PLP) - coenzima en todas las reacciones de aminotransferencia algunas reacciones de descarboxilacin reacciones de desaminacin de los aminocidos - acta como una base de Shiff
Desmosina Cross-link formado por 4 cadenas polipeptidicas distintas: 3 allicas + Lys Funcin clave en el mantenimiento de la matriz extracelular Presente en la elastina