CBTIS 24

PROTEINAS
BIOQUIMICA
TANNIA LIZETH BARRERA LOZADA

6 B

Indice.

Introduccion---------------------------------------------------- 2 Composicin qumica de las protenas--------------- 3 Aminocidos---------------------------------------------------- 4 Tipos de aminocidos-------------------------------- 5 Propiedades de las protenas----------------------------- 14 Enlace pptico------------------------------------------------- 15 Estructura de las protenas-------------------------------- 18 Propiedades de los aminocidos------------------------ 27 Funciones de las protenas en el Cuerpo humano----------------------------------------------- 29 Importancia de las protenas------------------------------- 31 Clasificacin de las protenas------------------------------ 31

Introduccin
Las protenas son biomolculas formadas bsicamente por carbono, hidrgeno, oxgeno y nitrgeno. Pueden adems contener azufre y en algunos tipos de protenas, fsforo, hierro, magnesio y cobre entre otros elementos. Pueden considerarse polmeros de unas pequeas molculas que reciben el nombre de aminocidos y seran, por tanto, los monmeros unidad. Los aminocidos estn unidos mediante enlaces peptdicos. La unin de un bajo nmero de aminocidos da lugar a un pptido; si el nmero de aminocidos que forma la molcula no es mayor de 10, se denomina oligopptido, si es superior a 10 se llama polipptido y si el nmero es superior a 50 aminocidos se habla ya de protena. Por tanto, las protenas son cadenas de aminocidos que se pliegan adquiriendo una estructura tridimensional que les permite llevar a cabo miles de funciones. Las protenas estn codificadas en el material gentico de cada organismo, donde se especifica su secuencia de aminocidos, y luego son sintetizadas por los ribosomas. Las protenas desempean un papel fundamental en los seres vivos y son las biomolculas ms verstiles y ms diversas. Realizan una enorme cantidad de funciones diferentes, entre ellas funciones estructurales, enzimticas, transportadora...

Proteinas.

Composicin qumica de las protenas. Las protenas son polmeros lineales formados por la condensacin de veinte monmeros llamados aminocidos mediante reacciones de condensacin por deshidratacin, como todas las polimerizaciones en la clula. Pueden estar compuestas slo de aminocidos (protenas simples), o bien llevar unido algn grupo no proteico, llamado prosttico, para dar numerosos tipos de protenas conjugadas: nucleoprotenas con cidos nucleicos (ribosoma, histonas), lipoprotenas con lpidos (LDL, HDL), fosfoprotenas con fsforo (casena), metaloprotenas con tomos metlicos (citocromo oxidasa), glucoprotenas con oligosacridos (-globulinas; ver 2 Glcidos). En todos los casos es la protena la que define la utilizacin de cada grupo prosttico, que aunque es indispensable para la funcin que se tiene que llevar a cabo, slo la parte proteica es capaz de utilizar el grupo prosttico como mejor convenga, como si fuera una simple herramienta capaz de ser utilizada de distintos modos segn la mano que la coja. De cualquier modo, todas las protenas simples y las partes no prostticas de las conjugadas muestran una composicin media atmica de 50% C, 23% O, 16% N, 7% H y 3% S.

Aminocidos.

Son los monmeros fundamentales de las protenas. Se conocen veinte aminocidos proteinogenticos, cada uno de los cuales responde a la frmula de la derecha y tienen una cadena lateral R distinta, que es la que define sus propiedades particulares, porque todos responden a la frmula de ser cidos 2aminocarboxlicos, aunque luego puedan tener otros grupos aadidos en su cadena lateral. Hay una excepcin a l regla comn, que es la prolina, porque ste es un iminocido, en el que el tomo de nitrgeno forma dos enlaces con el esqueleto carbonado de la molcula, resultando un heterociclo de cinco tomos como el de la izquierda. A pH fisiolgico todos los aminocidos estn ionizados tal y como se ha representado en los dibujos, aparte de cmo puedan estar los posibles grupos ionizables en las cadenas R. Esta disposicin de las cargas en los aminocidos los convierte en iones dipolares o zwitteriones, y por su composicin qumica son capaces de actuar como cidos o como bases, es decir, son anfteros. Otra caracterstica comn a todos los aminocidos es que son extremadamente solubles en agua, ms que en ningn disolvente orgnico, y que forman cristales muy duros en solucin pura, con puntos de fusin muy altos en torno a los 400 C, cosa que se explica nicamente gracias a interacciones ms fuertes que las de Van der Waals, como pueden ser las electrostticas proporcionadas por los grupos ionizables. Los aminocidos se unen mediante una reaccin de condensacin entre el grupo carboxilo del primero y el grupo amino del siguiente, que en la clula est catalizada por el ribosoma durante la traduccin. De este modo queda la estructura de la protena como una sucesin de aminocidos, empezando por el que tiene el grupo amino libre y acabando por el que tiene el grupo carboxilo libre,
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y cada uno de estos aminocidos que forman parte de una protena se llama residuo o resto. Una protena, entendida como un polmero de aminocidos, tambin puede llamarse pptido, polipptido u oligopptido, con lo que el enlace amida que se establece entre los residuos se llama generalmente peptdico. Las caractersticas de este enlace se vern ms adelante. La estructura de las protenas puede entonces verse como una hilera de tomos en la que se repite el motivo N-C-C, llamado esqueleto de la protena, del que salen lateralmente las distintas cadenas R de cada residuo, y que van a ser las que den la funcionalidad a la molcula. Tipos de aminocidos. Hay varios tipos de aminocidos, segn la naturaleza de su cadena lateral R. Cdigo de tres letras. Cdigo de una letra. Puede encontrarse tanto en el interior como en el exterior de las protenas, Alanina. Ala A -CH3 dado su pequeo tamao. Es prcticamente inerte y es el aminocido ms abundante. Valina. Val V Suelen encontrarse en el interior de las protenas porque son Leucina. Leu L ms grandes que la alanina. Son inertes Cadena lateral. Observaciones.

Aminocidos no polares.

pero juegan un papel importante en el plegamiento porque generan interacciones hidrofbicas. Igual que los anteriores, y adems Isoleucina. Ile I la sustitucin asimtrica en C3 da estereoismeros. Es el primero en el ARNm. El azufre puede reaccionar Metionina. Met M -CH2-CH2-S-CH3 con metales y formar enlaces de coordinacin, aunque es bastante inactivo. Es un iminocido. Su estructura rgida interfiere mucho en Prolina. Pro P el plegamiento de las protenas y obliga a la formacin de los codos . No es reactivo. Fenilalanina. Phe F Sus anillos

aromticos son extremadamente apolares y estn sepultados en el interior de las Triptfano. Trp W protenas. Dado su tamao, sobre todo el triptfano, se usan como espaciadores en la estructura proteica. Aminocidos Cdigo de Cdigo de polares. tres letras. una letra. Cadena lateral. Observaciones. Es el nico que no tiene estereoismeros. Est muy conservado y se puede encontrar en cualquier sitio porque Glicina. Gly G -H permite todas las conformaciones normales y algunas muy raras. Aunque la cadena es apolar, la molcula entera s es polar, por lo que se incluye aqu. Puede formar enlaces Serina. Ser S -CH2OH de hidrgeno y su fosforilacin regula la

actividad enzimtica. El grupo hidroxilo es muy reactivo en ciertos centros activos, pero normalmente se encara al agua para permitir la solubilidad de la protena. Como la anterior pero no tan reactivo y ms Treonina. Thr T -CHOH-CH3 hacia el interior. Tiene estereoismeros adicionales en C3. Asparagina o asparragina. Asn N -CH2-CO-NH2 Aminas derivadas de aminocidos cidos. Tambin forman enlaces de hidrgeno Glutamina. Gln Q CH2-CH2-CO-NH2 y aumentan la solubilidad. Dbilmente cido Tirosina. Tyr Y como el fenol (pKR = 10,46). Se encuentra en centros activos. Es el aminocido ms reactivo. Forma los Cistena. Cys C -CH2-SH puentes disulfuro para estabilizar la estructura de la protena, dando un

aminocido doble llamado cistina. Puede ser cido (pKR = 8,37). Observaciones. Todos se encuentran siempre hacia el exterior de las protenas, Aminocidos cargados. Cdigo de tres letras. Cdigo de una letra. Cadena lateral. porque su carga les impide estar en otro sitio a no ser que se baje la constante dielctrica del medio, como en los centros activos (1 Introduccin). Forma las bases de Schiff Lisina. Lys K -CH2-CH2-CH2-CH2-+NH3 (recordar el retinol en 3 Lpidos). El pKR es 10,54.

La forma desprotonada es una base bastante fuerte (pKR = 12,48). Arginina. Arg R La forma protonada se estabiliza por resonancia como se ve a la izquierda. Aminocido raro que se suele encontrar en el centro activo de las enzimas. El anillo de imidazol protonado se estabiliza por resonancia entre Histidina. His H las dos formas dibujadas a la izquierda. El pKR es 6,0, con lo que a pH fisiolgico y en solucin acuosa hay 10 veces ms forma desprotonada que protonada,
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pero en los centros activos puede estar en cualquier forma (ver 1 Introduccin). Se encuentra en cido asprtico. Asp D -CH2-COOel centro activo de las enzimas ATPasas. Tambin se cido glutmico. Glu E -CH2-CH2-COOencuentra en algn centro activo. Son las cadenas laterales las que definen las caractersticas fsicoqumicas de los aminocidos (polaridad, hidrofobicidad, aromaticidad, flexibilidad conformacional), pero sin embargo hay equivalencias a la hora de influir en el plegamiento de las protenas, porque ste es algo ms general y no depende estrictamente de cada uno de los aminocidos de la secuencia, sino del equilibrio de fuerzas existente en el momento de realizarse el plegamiento. Se puede hacer una lista con los aminocidos que son estructuralmente intercambiables:

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Gly, Ala y Ser. Ala y Val. Val, Ile, Leu y Met. Ile, Leu, Met, Phe, Tyr y Trp. Arg, Lys e His. Asp, Glu, Asn y Gln. Ser, Thr, Asn y Gln.

Cada una de estas equivalencias se puede dar en sitios determinados de cada protena, no todas en el mismo sitio, porque entonces casi dara igual qu aminocido hubiera. Aunque haya similitudes de tipo estructural, una mutacin que conduzca a la sustitucin de un aminocido por otro equivalente, slo ser aceptada evolutivamente si permite mantener la funcin para la que est diseada la protena. Por este mecanismo de evitar la seleccin negativa de las mutaciones con analogas estructurales y funcionales, se ha llegado a la evolucin proteica desde un solo precursor primitivo hasta las familias de molculas con funciones iguales o parecidas, pero que no tienen todas la misma secuencia de aminocidos. De este modo actualmente hay una gran diversidad de secuencias aminoacdicas con funciones y estructuras evolutivamente relacionadas, fruto del tiempo y la seleccin natural. Aminocidos esenciales.

Los aminocidos esenciales son aquellos que el cuerpo humano no puede generar por s solo. Esto implica que la nica fuente de estos aminocidos en esos organismos es la ingesta directa a travs de la dieta. Las rutas para la obtencin de estos aminocidos esenciales suelen ser largas y energticamente costosas. Cuando un alimento contiene protenas con todos los aminocidos esenciales, se
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dice que son de alta o de buena calidad. Algunos de estos alimentos son: la carne, los huevos, los lcteos y algunos vegetales como la espelta, la soja y la quinoa. Solo ocho aminocidos son esenciales para todos los organismos, algunos se pueden sintetizar, por ejemplo, los humanos podemos sintetizar la alamina a partir del piruvato.

En humanos se han descrito estos aminocidos esenciales: Fenilalanina soleucina Leucina Lisina Metionina Treonina Triptfano Valina Arginina Histidina

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Propiedades de las protenas. La solubilidad es una medida de la capacidad de disolverse una determinada sustancia (soluto) en un determinado medio (solvente); implcitamente se corresponde con la mxima cantidad de soluto disuelto en una dada cantidad de solvente a una temperatura fija y en dicho caso se establece que la solucin est saturada. Su concentracin puede expresarse en moles por litro, en gramos por litro, o tambin en porcentaje de soluto (m(g)/100 mL) . El mtodo preferido para hacer que el soluto se disuelva en esta clase de soluciones es calentar la muestra y enfriar hasta temperatura ambiente (normalmente 25 C). En algunas condiciones la solubilidad se puede sobrepasar de ese mximo y pasan a denominarse como 'soluciones sobresaturadas'.

Especificidad

La especificidad se refiere a su funcin; cada una lleva a cabo una determinada funcin y lo realiza porque posee una determinada estructura primaria y una conformacin espacial propia; por lo que un cambio en la estructura de la protena puede significar una prdida de la funcin. Adems, no todas las protenas son iguales en todos los organismos, cada individuo posee protenas especficas suyas que se ponen de manifiesto en los procesos de rechazo de rganos trasplantados. La semejanza entre protenas son un grado de parentesco entre individuos, por lo que sirve para la construccin de "rboles filogenticos" Amortiguador de ph. Un tampn, buffer, solucin amortiguadora o solucin reguladora es la mezcla en concentraciones relativamente elevadas de un cido dbil y su base conjugada, es decir, sales hidrolticamente activas. Tienen la propiedad de mantener estable el pH de una disolucin frente a la adicin de cantidades relativamente pequeas de
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cidos o bases fuertes. Este hecho es de vital importancia, ya que solamente un leve cambio en la concentracin de hidrogeniones en la clula puede producir un paro en la actividad de las enzimas. Se puede entender esta propiedad como consecuencia del efecto ion comn y las diferentes constantes de acidez o basicidad: una pequea cantidad de cido o base desplaza levemente el equilibrio cido-base dbil, lo cual tiene una consecuencia menor sobre el pH.1

Enlace peptdico. En la dcada de los treinta, Linus Pauling y descubrieron en ensayos acerca de los cambios conformacionales de las protenas que el enlace peptdico tiene unas caractersticas que lo hacen especial. La distancia del enlace C - O es la mitad entre la que correspondera a un enlace doble (que es lo previsible en una amida) y un enlace simple, y otro tanto ocurre ene el caso del enlace con el nitrgeno del resto siguiente. Estos datos hacan suponer que el enlace era un hbrido de resonancia de dos formas extremas como las que se representan en la figura de la izquierda. Esto hace que el enlace peptdico sea polar, por la mayor densidad de carga electrnica alrededor del oxgeno, y adems tiene caractersticas de doble enlace, con lo que es plano y puede presentar isomera cis-trans. De hecho, todos los restos que se van incorporando a una cadena polipeptdica en elongacin siempre forman enlaces en trans, nunca en cis, debido a la menor repulsin estrica de las cadenas laterales R y al mayor alejamiento de los C: 4,04 en el trans frente a 2,8 en el cis. Slo la prolina aparece unida mediante enlaces en cis gracias a una modificacin posttraduccional producida por la peptidil prolil cis-trans isomerasa, y de hecho aunque esta configuracin del enlace es 2 Kcal/mol ms energtica que la trans, la diferencia es inapreciable porque la cadena lateral de la prolina est ciclada con el grupo amino (imino), con lo que no hay diferencia sustancial en tanto a repulsiones estricas se refiere porque
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siempre so muy altas. La prolina se incorpora en determinados sitios de la cadena polipeptdica que necesitan un cambio brusco de direccin, porque la rigidez de este aminocido, unida a la configuracin en cis y luego generalmente una glicina, que permite giros cerrados forman los llamados giros o acodalamientos .

ngulos de enlace. Como el enlace peptdico es plano y rgido, los nicos enlaces del esqueleto proteico que pueden girar sobre su eje son los que unen el C con sus respectivos grupos amino y carboxilo (excepto la prolina, claro). Los ngulos que pueden tomar desde un cero terico en el que los dos enlaces peptdicos que flanquean un mismo carbono asimtrico se superponen en un mismo plano, estn limitados por las repulsiones estricas que podran establecerse entre los diferentes grupos cercanos. El investigador hind Ramachandran dedujo los lmites mnimos y extremos entre los que se mueve el dimetro de cada tomo y observ que slo haba una diferencia de 0,1 , por lo que la diferencia entre los radios mnimo y extremo de Van der Waals (la zona de influencia de cada tomo) es de 0,05 . Sabiendo que el ngulo es el que puede tomar el enlace C - N alrededor de su eje, y el ngulo es el que toma el enlace C - CO alrededor del suyo, ambos contados en el sentido de las agujas del reloj si se observan los enlaces desde el C, Ramachandran represent todos los pares de valores tericos teniendo en cuenta los impedimentos estricos en un cuadro bidimensional /. De esta representacin se dedujo que slo un 15% de todos los posibles valores estn permitidos en las protenas, siendo todos los dems imposibles porque los grupos se estorbaran unos a otros. Mediante ensayos de laboratorio se ha comprobado la exactitud de las representaciones de Ramachandran y su utilidad para calcular ngulos de enlace de estructuras tericas. Adems se ha comprobado cmo la glicina puede formar casi cualquier ngulo de enlace salindose de ese 15%, dado el pequeo tamao

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de su cadena lateral, y que la prolina restringe sus ngulos de enlace a un puado de pares muy cercanos unos a otros.

Importancia de los ismeros en el enlace. Ramachandran fue capaz de hacer la representacin de los ngulos de enlace porque slo hay dos, es decir, porque slo hay -aminocidos en las protenas. Si en lugar de -aminocidos fueran todos -aminocidos, habra tres enlaces alrededor de los cuales se podran hacer giros, cada uno con sus propias limitaciones estricas, pero que en principio haran un nmero al cubo de posibles conformaciones, en lugar de un nmero al cuadrado. La conclusin terica a la que se llega es que, como en las protenas slo hay -aminocidos, los aminocidos han tenido que sufrir un proceso de seleccin contraria por el simple hecho de que permiten tal cantidad de conformaciones, al alejar tanto los grupos grandes, que sera imposible llegar en un tiempo biolgicamente lgico (unas horas) a una conformacin mnimamente estable en una protena. Esto llevara a la imposibilidad de realizar la funcin correctamente, porque adems cabran varias conformaciones estables a las que se podra llegar por caminos diferentes segn cmo les haya dado por colocarse a los enlaces. La existencia de aminocidos responde a la necesidad de limitar el nmero de mnimos energticos disponibles para una cadena polipeptdica porque desde un principio tienen limitado sus ngulos de giro y, por tanto, los caminos por los que puede irse plegando la protena. Todas las protenas estn adems compuestas de L-aminocidos, y las vas principales de sntesis y degradacin utilizan estos estereoismeros y no otros, salvo posteriores modificaciones. No se sabe por qu esta seleccin, pero s se ha podido comprobar que los polmeros hechos de una mezcla de D- y L-aminocidos son inestables, as que ahora la pregunta es por qu se escogi la familia L. Realmente se cree que fue por puro azar la primera que se utiliz y as sigui.

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Estructura de las protenas.

Todas las protenas poseen una misma estructura qumica central, que consiste en una cadena lineal de aminocidos. Lo que hace distinta a una protena de otra es la secuencia de aminocidos de que est hecha, a tal secuencia se conoce como estructura primaria de la protena. La estructura primaria de una protena es determinante en la funcin que cumplir despus, as las protenas estructurales (como aquellas que forman los tendones y cartlagos) poseen mayor cantidad de aminocidos rgidos y que establezcan enlaces qumicos fuertes unos con otros para dar dureza a la estructura que forman. Sin embargo, la secuencia lineal de aminocidos puede adoptar mltiples conformaciones en el espacio que se forma mediante el plegamiento del polmero lineal. Tal plegamiento se desarrolla en parte espontneamente, por la repulsin de los aminocidos hidrfobos por el agua, la atraccin de aminocidos cargados y la formacin de puentes disulfuro y tambin en parte es ayudado por otras protenas. As, la estructura primaria viene determinada por la secuencia de aminocidos en la cadena proteica, es decir, el nmero de aminocidos presentes y el orden en que estn enlazados y la forma en que se pliega la cadena se analiza en trminos de estructura secundaria. Adems las protenas adoptan distintas posiciones en el espacio, por lo que se describe una tercera estructura. La estructura terciaria, por tanto, es el modo en que la cadena polipeptdica se pliega en el espacio, es decir, cmo se enrolla una determinada protena. As mismo, las protenas no se componen, en su mayora, de una nica cadena de aminocidos, sino que se suelen agrupar varias cadenas polipeptdicas (o monmeros) para formar protenas multimricas mayores. A esto se llama estructura cuaternaria de las protenas, a la agrupacin de varias cadenas de aminocidos (o polipptidos) en complejos macromoleculares mayores.

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Por tanto, podemos distinguir cuatro niveles de estructuracin en las protenas:

estructura primaria estructura secundaria estructura terciaria estructura cuaternaria Los enlaces que determinan la estructura primaria son covalentes (enlace amida o enlace peptdico), mientras que la mayora de los enlaces que determinan la conformacin (estructuras secundaria y terciaria) y la asociacin (estructura cuaternaria y quinaria) son de tipo no covalente. Estructura primaria.

La estructura primaria viene determinada por la secuencia de aminocidos en la cadena proteica, es decir, el nmero de aminocidos presentes y el orden en que estn enlazados Las posibilidades de estructuracin a nivel primario son prcticamente ilimitadas. Como en casi todas las protenas existen 20 aminocidos diferentes, el nmero de estructuras posibles viene dado por las variaciones con repeticin de 20 elementos tomados de n en n, siendo n el nmero de aminocidos que componen la molcula proteica. Como consecuencia del establecimiento de enlaces peptdicos entre los distintos aminocidos que forman la protena se origina una cadena principal o "esqueleto" a partir del cual emergen las cadenas laterales de los aminocidos. Los tomos que componen la cadena principal de la protena son el N del grupo amino (condensado con el aminocido precedente), el C= (a partir del cual emerge la cadena lateral) y el C del grupo carboxilo (que se condensa con el aminocido siguiente). Por lo tanto, la unidad repetitiva bsica que aparece en la cadena principal de una protena es: (-NH-C=-CO-) Conocer la estructura primaria de una protena no solo es importante para entender su funcin (ya que sta depende de la secuencia de aminocidos y de la forma que adopte), sino tambin
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en el estudio de enfermedades genticas. Es posible que el origen de una enfermedad gentica radique en una secuencia anormal. Esta anomala, si es severa, podra resultar en que la funcin de la protena no se ejecute de manera adecuada o, incluso, en que no se ejecute en lo absoluto. La secuencia de aminocidos est especificada en el ADN por la secuencia de nucletidos. Existe un sistema de conversin, llamado cdigo gentico, que se puede utilizar para deducir la primera a partir de la segunda. Sin embargo, ciertas modificaciones durante la transcripcin del ADN no siempre permiten que esta conversin pueda hacerse directamente. Generalmente, el nmero de aminocidos que forman una protena oscila entre 80 y 300. Los enlaces que participan en la estructura primaria de una protena son covalentes: son los enlaces peptdicos. Estructura secundaria.

La estructura secundaria de las protenas es el plegamiento que la cadena polipeptdica adopta gracias a la formacin de puentes de hidrgeno entre los tomos que forman el enlace peptdico. Los puentes de hidrgeno se establecen entre los grupos -CO- y -NH- del enlace peptdico (el primero como aceptor de H, y el segundo como donador de H). De esta forma, la cadena polipeptdica es capaz de adoptar conformaciones de menor energa libre, y por tanto, ms estables.

Hlice alfa.

En esta estructura la cadena. Esta estructura se mantiene gracias a los enlaces de hidrgeno intracatenarios formados entre el grupo -NH de un enlace peptdico y el grupo -C=O del cuarto aminocido que le sigue.

Cuando la cadena polipeptdica se enrolla en espiral sobre s misma debido a los giros producidos en torno al carbono alfa de cada aminocido se adopta una

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conformacin denominada hlicea. Esta estructura es peridica y en ella cada enlace peptdico puede establecer dos puentes de hidrgeno, un puente de hidrgeno se forma entre el grupo -NH- del enlace peptdico del aminocido en posicin n y el grupo -CO- del enlace peptdico del aminocido situado en posicin n-4. El otro puente de hidrgeno se forma entre el grupo -CO- del enlace peptdico del AA en posicin n y el grupo -NH- del enlace peptdico del AA situado en posicin n+4. Cada vuelta de la hlice tiene un paso de rosca de 0,54 nm. Las cadenas laterales de los aminocidos se sitan en la parte externa del helicoide, lo que evita problemas de impedimentos estricos. En consecuencia, esta estructura puede albergar a cualquier aminocido, a excepcin de la prolina, cuyo Ca no tiene libertad de giro, por estar integrado en un heterociclo. Por este motivo, la prolina suele determinar una interrupcin en la conformacin en hlicea. Los aminocidos muy polares (Lys, Glu) tambin desestabilizan la hlice a porque los enlaces de hidrgeno pierden importancia frente a las interacciones electrostticas de atraccin o repulsin. Por este motivo, la estructura en hlicea es la que predomina a valores de pH en los que los grupos ionizables no estn cargados.

Hoja beta.

Cuando la cadena principal de un polipptido se estira al mximo que permiten sus enlaces covalentes se adopta una configuracin espacial denominada estructura b, que suele representarse como una flecha. En esta estructura las cadenas laterales de los aminocidos se sitan de forma alternante a la derecha y a la izquierda del esqueleto de la cadena polipeptdica. Las estructuras b de distintas cadenas polipeptdicas o bien las estructuras b de distintas zonas de una misma cadena polipeptdica pueden interaccionar entre s mediante puentes de hidrgeno, dando lugar a estructuras laminares llamadas por su forma hojas plegadas u hojas b. Cuando las estructuras b tienen el mismo sentido, la hoja b resultante es paralela, y si las estructuras b tienen sentidos opuestos, la hoja plegada resultante es antiparalela.

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Giros beta.

Secuencias de la cadena polipepetdica con estructura alfa o beta, a menudo estn conectadas entre s por medio de los llamados giros beta. Son secuencias cortas, con una conformacin caracterstica que impone un brusco giro de 180 gradosa la cadena principal de un polipeptido Aminocidos como Asn, Gly y Pro (que se acomodan mal en estructuras de tipo a o b) aparecen con frecuencia en este tipo de estructura. La conformacin de los giros b est estabilizada generalmente por medio de un puente de hidrgeno entre los residuos 1 y 4 del giro b.

Hlice de colgeno.

Es una variedad particular de la estructura secundaria, caracterstica del colgeno. El colgeno es una importante protena fibrosa presente en tendones y tejido conectivo con funcin estructural ya que es particularmente rgida. Presenta una secuencia tpica compuesta por la repeticin peridica de grupos de tres aminocidos. El primer aminocido de cada grupo es Gly, y los otros dos son Pro (o hidroxiprolina) y un aminocido cualquiera: -(G-P-X)-. La frecuencia peridica de la Prolina condiciona el enrollamiento peculiar del colgeno en forma de hlice levgira. La glicina, sin cadena lateral, permite la aproximacin entre distintas hlices, de forma que tres hlices levgiras se asocian para formar un helicoide dextrgiro.

Lminas beta o lminas plegadas.

Son regiones de protenas que adoptan una estructura en zigzag y se asocian entre s estableciendo uniones mediante enlaces de hidrgeno intercatenarios. Todos los enlaces peptdicos participan en estos enlaces cruzados, confiriendo as gran estabilidad a la estructura. La forma en beta es una conformacin simple formada por dos o ms cadenas polipeptdicas paralelas (que corren en el mismo
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sentido) o antparalelas (que corren en direcciones opuestas) y se adosan estrechamente por medio de puentes de hidrgeno y diversos arreglos entre los radicales libres de los aminocidos. Esta conformacin tiene una estructura laminar y plegada, a la manera de un acorden.

Estructura terciaria.

Se llama estructura terciaria a la disposicin tridimensional de todos los tomos que componen la protena, concepto equiparable al de conformacin absoluta en otras molculas. La estructura terciaria de una protena es la responsable directa de sus propiedades biolgicas, ya que la disposicin espacial de los distintos grupos funcionales determina su interaccin con los diversos ligandos. Para las protenas que constan de una sola cadena polipeptdica (carecen de estructura cuaternaria), la estructura terciaria es la mxima informacin estructural que se puede obtener.

Tipos de estructura terciaria.

Se distinguen dos tipos de estructura terciaria: Protenas con estructura terciaria de tipo fibroso en las que una de las dimensiones es mucho mayor que las otras dos. Son ejemplos el colgeno, la queratina del cabello o la fibrona de la seda, En este caso, los elementos de estructura secundaria (hlices a u hojas b) pueden mantener su ordenamiento sin recurrir a grandes modificaciones, tan slo introduciendo ligeras torsiones longitudinales, como en las hebras de una cuerda. Protenas con estructura terciaria de tipo globular, ms frecuentes, en las que no existe una dimensin que predomine sobre las dems, y su forma es aproximadamente esfrica. En este tipo de estructuras se suceden regiones con estructuras al azar, hlice a hoja b, acodamientos y
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estructuras supersecundarias.

Fuerzas que estabilizan la estructura terciaria.

Las fuerzas que estabilizan la estructura terciaria de una protena se establecen entre las distintas cadenas laterales de los aminocidos que la componen. Los enlaces propios de la estructura terciaria pueden ser de dos tipos: covalentes y no covalentes. Los enlaces covalentes pueden deberse a (1) la formacin de un puente disulfuro entre dos cadenas laterales de Cys, o a (2) la formacin de un enlace amida (-CO-NH-) entre las cadenas laterales de la Lys y un AA dicarboxlico (Glu o Asp). Los enlaces no covalentes pueden ser de cuatro tipos:

1. fuerzas electrostticas entre cadenas laterales ionizadas, con cargas de signo opuesto 2. puentes de hidrgeno, entre las cadenas laterales de AA polares 3. interacciones hidrofbicas entre cadenas laterales apolares 4. fuerzas de polaridad debidas a interacciones dipolo-dipolo

Como resultado de estas interacciones, en las protenas con estructura terciaria globular: Las cadenas laterales con carcter apolar se orientan hacia el interior de la molcula evitando las interacciones con el disolvente, y forman un ncleo compacto con carcter hidrofbico.

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 Las cadenas laterales de los aminocidos polares se localizan en la superficie de la molcula, interaccionando con el agua y permitiendo que la protena permanezca en disolucin. No todas estas interacciones contribuyen por igual al mantenimiento de la estructura terciaria. Obviamente, el enlace que aporta ms estabilidad es el de tipo covalente, y entre los no covalentes, las interacciones ms importantes son las de tipo hidrofbico, ya que exigen una gran proximidad entre los grupo apolares de los AA.

Existen regiones diferenciadas dentro de la estructura terciaria de las protenas que actan como unidades autnomas de plegamiento y/o desnaturalizacin de las protenas. Estas regiones constituyen un nivel estructural intermedio entre las estructuras secundaria y terciaria reciben el nombre de dominios. Los dominios se pliegan por separado a medida que se sintetiza la cadena polipeptdica. Es la asociacin de los distintos dominios la que origina la estructura terciaria.

Estructura cuaternaria.

Cuando una protena consta de ms de una cadena polipeptdica, es decir, cuando se trata de una protena oligomrica, decimos que tiene estructura cuaternaria. La estructura cuaternaria debe considerar: El nmero y la naturaleza de las distintas subunidades o monmeros que integran el oligmero La forma en que se asocian en el espacio para dar lugar al oligmero.

La estructura cuaternaria deriva de la conjuncin de varias cadenas peptdicas que, asociadas, conforman un multmero, que posee propiedades distintas a la de sus monmeros componentes. Dichas subunidades se asocian entre s mediante
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interacciones no covalentes, como pueden ser puentes de hidrgeno,interacciones hidrofbicas o puentes salinos. Para el caso de una protena constituida por dos monmeros, un dmero, ste puede ser un homodmero, si los monmeros constituyentes son iguales, o un heterodmero, si no lo son. En cuanto a uniones covalentes, tambin pueden existir uniones tipo puente disulfuro entre residuos de cistena situados en cadenas distintas.

En protenas con estructura terciaria de tipo fibroso, la estructura cuaternaria resulta de la asociacin de varias hebras para formar una fibra o soga. La miosina o la tropomiosina constan de dos hebras con estructura de hlice a enrolladas en una fibra levgira. La a-queratina del cabello y el fibringeno de la sangre presentan tres hebras en cada fibra levgira. El colgeno consta de tres hebras helicoidales levgiras que forman una fibra dextrgira. La fibrona de la seda presenta varias hebras con estructura de hoja b orientadas de forma antiparalela.

Cuando varias protenas con estructura terciaria de tipo globular se asocian para formar una estructura de tipo cuaternario, los monmeros pueden ser: Exactamente iguales, como en el caso de la fosfoglucoisomerasa o de la hexoquinasa. Muy parecidos, como en el caso de la lactato deshidrogenasa. Con estructura distinta pero con una misma funcin, como en el caso de la hemoglobina. Estructural y funcionalmente distintos, que una vez asociados forman una unidad funcional,como en el caso de la aspartato transcarbamilasa, un enzima alostrico con seis subunidades con actividad cataltica y seis con actividad reguladora. Aspartato transcarbamilasa.

La estructura cuaternaria modula la actividad biolgica de la protena y la

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separacin de las subunidades a menudo conduce a la prdida de funcionalidad. Las fuerzas que mantienen unidas las distintas cadenas polipeptdicas son, en lneas generales, las mismas que estabilizan la estructura terciaria. Las ms abundantes son las interacciones dbiles (hidrofbicas, polares, electrostticas y puentes de hidrgeno), aunque en algunos casos, como en las inmunoglobulinas, la estructura cuaternaria se mantiene mediante puentes disulfuro. El ensamblaje de los monmeros se realiza de forma espontnea, lo que indica que el oligmero presenta un mnimo de energa libre con respecto a los monmeros.

Propiedades de los aminocidos.

Los aminoacidos son compuestos solidos; incoloros; cristalizables; de elevado punto de fusion (habitualmente por encima de los 200 aC); solubles en agua; con actividad optica y con un comportamiento anfotero. La actividad optica se manifiesta por la capacidad de desviar el plano de luz polarizada que atraviesa una disolucion de aminoacidos, y es debida a la asimetria del carbono , ya que se halla unido (excepto en la glicina) a cuatro radicales diferentes. Esta propiedad hace clasificar a los aminoacidos en Dextrogiros (+) si desvian el plano de luz polarizada hacia la derecha, y Levegiros (-) si lo desvian hacia la izquierda. El comportamiento anfotero se refiere a que, en disolucion acuosa, los aminoacidos son capaces de ionizarse, dependiendo del pH, como un acido (cuando el pH es basico), como una base (cuando el pH es acido) o como un acido y una base a la vez (cuando el pH es neutro). En este ultimo caso adoptan un estado dipolar ionico conocido como zwitterin. El pH en el cual un aminoacido tiende a adoptar una forma dipolar neutra (igual numero de cargas positivas que negativas) se denomina Punto Isoelectrico. La solubilidad en agua de un aminoacido es minima en su punto isoelectrico.

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 cido-bsicas. Comportamiento de cualquier aminocido cuando se ioniza. Cualquier aminocido puede comportarse como cido y como base, se denominan sustancias anfteras. Cuando una molcula presenta carga neta cero est en su punto isoelctrico. Si un aminocido tiene un punto isoelctrico de 6,1 su carga neta ser cero cuando el pH sea 6,1. Los aminocidos y las protenas se comportan como sustancias tampn.

pticas. Todos los aminocidos excepto la glicina tienen el carbono alfa asimtrico, lo que les confiere actividad ptica; esto es, sus disoluciones desvan el plano de polarizacin cuando un rayo de luz polarizada las atraviesa. Si el desvo del plano de polarizacin es hacia la derecha (en sentido horario), el compuesto se denomina dextrgiro, mientras que si se desva a la izquierda (sentido antihorario) se denomina levgiro. Un aminocido puede en principio existir en sus dos formas enantiomricas (una dextrgira y otra levgira), pero en la naturaleza lo habitual es encontrar slo una de ellas.

Qumicas. Las que afectan al grupo carboxilo, como la descarboxilacin, etc Las que afectan al grupo amino, como la desaminacin. Las que afectan al grupo R.

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Funciones de las protenas en el cuerpo humano. Funcin enzimtica. La gran mayora de las reacciones metablicas tienen lugar gracias a la presencia de un catalizador de naturaleza proteica especfico para cada reaccin. Estos biocatalizadores reciben el nombre de enzimas. La gran mayora de las protenas son enzimas. Funcin hormonal. Las hormonas son sustancias producidas por una clula y que una vez secretadas ejercen su accin sobre otras clulas dotadas de un receptor adecuado. Algunas hormonas son de naturaleza proteica, como la insulina y el glucagn (que regulan los niveles de glucosa en sangre) o las hormonas segregadas por la hipfisis como la hormona del crecimiento, o la calcitonina (que regula el metabolismo del calcio), pero existen hormonas que no son protenas (las hormonas sexuales). Reconocimiento de seales qumicas. La superficie celular alberga un gran nmero de protenas encargadas del reconocimiento de compuestos qumicos de muy diverso tipo: receptores de hormonas, de neurotransmisores, de anticuerpos, etc. En muchos casos, los ligandos que reconoce el receptor (hormonas y neurotransmisores) son tambin de naturaleza proteica y en otros casos son organismos (bacterias, virus). Funcin de transporte. En los seres vivos son esenciales los fenmenos de transporte, bien para llevar una molcula hidrofbica a travs de un medio acuoso (transporte de oxgeno o lpidos a travs de la sangre) o bien para transportar molculas polares a travs de barreras hidrofbicas (transporte a travs de la membrana plasmtica). Los transportadores biolgicos son siempre protenas. Funcin estructural. Las clulas poseen un citoesqueleto de naturaleza proteica que constituye un armazn alrededor del cual se organizan todos sus componentes, y que dirige fenmenos tan importantes como el transporte intracelular o la divisin celular. Por otra parte en los tejidos de sostn (conjuntivo, seo, cartilaginoso) de los vertebrados, las fibras de colgeno (una protena fibrosa) forman parte importante de la matriz extracelular y son las encargadas de conferir resistencia mecnica tanto a la traccin como a la compresin.
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Funcin de defensa. La propiedad fundamental de los mecanismos de defensa es la de discriminar lo propio de lo extrao. En bacterias, una serie de protenas llamadas endonucleasas de restriccin se encargan de identificar y destruir aquellas molculas de ADN que no identifica como propias. En los vertebrados superiores, las inmunoglobulinas (anticuerpos) se encargan de reconocer molculas u organismos extraos y se unen a ellos para facilitar su destruccin por las clulas del sistema inmunitario. Funcin de movimiento. Todas las funciones de motilidad de los seres vivos estn relacionadas con las protenas. As, la contraccin del msculo resulta de la interaccin entre dos protenas, la actina y la miosina. El movimiento de la clula mediante cilios y flagelos est relacionado con las protenas que forman los microtbulos. Funciones de reserva. La ovoalbmina de la clara de huevo, la lactoalbmina de la leche, la gliadina del grano de trigo y la hordena de la cebada, constituyen una reserva de aminocidos para el futuro desarrollo del embrin. Otras funciones. Muchas protenas se unen al ADN y de esta forma controlan la transcripcin gnica. De esta forma el organismo se asegura que la clula, en todo momento, tenga todas las protenas necesarias para desempear normalmente sus funciones. Las distintas fases del ciclo celular son el resultado de un complejo mecanismo de regulacin desempeado por protenas como las ciclinas. Los fenmenos de transduccin (cambio en la naturaleza fsico-qumica de seales) estn mediados por protenas. As, durante el proceso de la visin, la rodopsina de la retina convierte (o mejor dicho, transduce) un fotn luminoso (una seal fsica) en un impulso nervioso (una seal elctrica) y un receptor hormonal convierte una seal qumica (una hormona) en una serie de modificaciones en el estado funcional de la clula. Finalmente, muchas protenas, estn relacionadas con el crecimiento y desarrollo de tejidos (factores de crecimiento); otras se constituyen en toxinas. Estas ltimas se encuentran abundantemente entre los microorganismos.

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Importancia de las Protenas.

Las protenas son compuestos orgnicos constitudos bsicamente por carbono, hidrgeno, oxgeno y nitrgeno, y pueden contener tambin azufre, fsforo y hierro. Son vitales para las funciones corporales bsicas, incluyendo la regeneracin celular y la reparacin, mantenimiento y regulacin de tejidos, produccin enzimas y hormonas, equilibrio de fluidos, y el suministro de energa. La importancia del aporte de protenas desde la alimentacin radica fundamentalmente, en que no pueden ser obtenidas desde otros nutrientes, de modo, que para satisfacer sus necesidades siempre deben ser aportadas desde los alimentos.

Clasificacin de protenas.

Las protenas se pueden clasificar atendiendo a diversos criterios: su composicin qumica, su estructura y sensibilidad, su solubilidad una clasificacin.

que engloba dichos criterios es:

Holoprotenas o protenas simples.

Son protenas formadas nicamente por aminocidos. Pueden ser globulares o fibrosas.

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Globulares.

Las protenas globulares se caracterizan por doblar sus cadenas en una forma esfrica apretada o compacta dejando grupos hidrfobos hacia adentro de la protena y grupos hidrfilos hacia afuera, lo que hace que sean solubles en disolventes polares como el agua. La mayora de las enzimas, anticuerpos, algunas hormonas y protenas de transporte, son ejemplos de protenas globulares. Algunos tipos son:

Prolaminas: zena (maza),gliadina (trigo), hordena (cebada) Gluteninas: glutenina (trigo), orizanina (arroz).

Albminas: seroalbmina (sangre), ovoalbmina (huevo), lactoalbmina (leche) Hormonas: insulina, hormona del crecimiento, prolactina, tirotropina Enzimas: hidrolasas, oxidasas, ligasas, liasas, transferasas...etc.

Fibrosas.

Las protenas fibrosas presentan cadenas polipeptdicas largas y una estructura secundaria atpica. Son insolubles en agua y en disoluciones acuosas. Algunas protenas fibrosas son:

Colgenos: en tejidos conjuntivos, cartilaginosos Queratinas: en formaciones epidrmicas: pelos, uas, plumas, cuernos. Elastinas: en tendones y vasos sanguneos Fibronas: en hilos de seda, (araas, insectos)

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Heteroprotenas o protenas conjugadas.

Las heteroprotenas estn formadas por una fraccin protenica y por un grupo no protenico, que se denomina grupo prosttico. Dependiendo del grupo prosteico existen varios tipos:

Glucoprotenas.

Son molculas formadas por una fraccin glucdica (del 5 al 40%) y una fraccin proteica unidas por enlaces covalentes. Las principales son las mucinas de secrecin como las salivales, Glucoproteinas de la sangre, y Glucoproteinas de las membranas celulares. Algunas de ellas son:

Ribonucleasa Mucoprotenas Anticuerpos Hormona luteinizante

Lipoprotenas.

Son complejos macromoleculares esfricos formados por un ncleo que contiene lpidos apolares (colesterol esterificado y triglicridos) y una capa externa polar formada por fosfolpidos, colesterol libre y protenas (apolipoprotenas). Su funcin principal es el transporte de triglicridos, colesterol y otros lpidos entre los tejidos a travs de la sangre.

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Las lipoprotenas se clasifican segn su densidad:

Lipoprotenas de alta densidad Lipoprotenas de baja densidad Lipoprotenas de muy baja densidad

Nucleoprotenas.

Son protenas estructuralmente asociadas con un cido nucleico (que puede ser ARN o ADN). El ejemplo prototpico sera cualquiera de las histonas, que son identificables en las hebras de cromatina. Otros ejemplos seran la Telomerasa, una ribonucleoprotena (complejo de ARN/protena) y la Protamina. Su caracterstica fundamental es que forman complejos estables con los cidos nucleicos, a diferencia de otras protenas que slo se unen a stos de manera transitoria, como las queintervienen en la regulacin, sntesis y degradacin del ADN.

Cromoprotenas.

Las cromoprotenas poseen como grupo prosttico una sustancia coloreada, por lo que reciben tambin el nombre de pigmentos. Segn la naturaleza del grupo prosttico, pueden ser pigmentos porfirnicos como la hemoglobina encargada de transportar el oxgeno en la sangre o no porfirnicos como la hemocianina, un pigmento respiratorio que contiene cobre y aparece en crustceos y moluscos por ejemplo. Tambin los citocromos, que transportan electrones.

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