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Amlioration des plantes : volutions des mthodes

Andr Charrier
Professeur Emrite, Montpellier SupAgro
andre.charrier@supagro.inra.fr

Stratgie de base de lamlioration des plantes (AP)

- explorer les sources de variabilit existantes (ressources gntiques) - construire des populations ou des individus associant des combinaisons gntiques plus favorables - runir dans une varit, population vgtale artificielle et reproductible constitue dun ou de plusieurs gnotypes, un maximum de gnes favorables pour les caractristiques slectionnes

= des innovations mthodologiques constantes avec les progrs des


connaissances = des ruptures conceptuelles majeures et des changements de paradigme (progrs gntique, agrobiodiversit, dveloppement durable)

XXme sicle: slection pour le progrs gntique


Consquences +
Efficacit et progrs gntique rapide Industrie performante : emploi et valeur ajoute Diffusion du progrs gntique, conseil & valuation Adaptation aux volutions de l'agriculture, Ractivit forte la demande des acteurs de la filire

Consquences Simplification des rotations : diminution du nombre despces cultives Une disparition des populations de pays (sauf dans les zones marginales) et problmatique des ressources gntiques Disparition de lhtrognit gntique des varits & Grandes surfaces avec le mme cultivar Homognet gntique : dveloppement dpidmies Plus rcemment, mergence de questions autour des droits de proprits intellectuelles

Lvaluation agronomique des varits

recombinaison

Evaluation multisite et pluriannuelle des caractristiques varitales dans diffrents environnements: - exprimentation contrle : plans dexprience - interactions Gnotype x Environnement

Le progrs gntique en question


Concept varital HYC
(intensif et Rvolution Verte)

indicateurs conomiques: productivit/ha, demande des conomiques: filires

- indicateurs agronomiques: rgularit production, agronomiques: itinraires techniques simplifis et scuriss cologiques: - indicateurs cologiques: accroissement nitrates, pesticides rduction biodiversit, invasions biologiques

=Responsabilits directe (conomie et systme de production) et indirecte (varits)

Socio-conomistes Agronomes Slectionneurs Gntique Gnomique Physiologie Ecophysiologie Maths-Info Ethnobotanistes

JC Glaszmann

1- Indicateurs de diversit gntique, varits et gestion dynamique

Indicateurs de diversit gntique Paysage (fonctionnalit des


cosystmes) Mosaque espces/cultivars (biodiversit) Rotation, association Types varitaux Caractres slectionns

Parcelle (populations, comptition,


slection)

Plante (adaptation, plasticit,


symbiose)

Gnome (organisation et
interactions gnes)

Structure gntique Carte gntique Diversit alllique Diversit nuclotidique Squences et nuclotides

Gnes ADN

Histoire dune plante cultive

Domestication -10000/-8000
Forme sauvage ancestrale Forme domestique

Diffusion

Slection moderne (1900)


Varits lites

Populations de pays

chantillonnage Slection

Diversification Adaptation Flux de gnes Sauvage/Cultiv

Expansion dmographique Slection

Consquences de la domestication et de lamlioration des plantes : perte de diversit


25

Sauvage Cultiv

20

Diversit 15 nuclotidique

10

Orge

Bl dur

Mil

Mas

Luzerne

Tournesol

la diversit utilise dans le pool cultiv est rduite

Variation agro-morphologique collections mondiales

Sorgho

Riz

Diversit mil (Niger)

Structure gntique des varits


Varit Population Ligne Hyb 2v Hyb4v/HC Synth Clone + Autogame Allogame ++ + + + ++ +++ + + ++++ X veg ++

2- Evolution des outils au niveau ADN: gnes et gnomes

Squenage ADN
Gnomes entiers vgtaux Squences particulires Evolution des outils: X 1000

Marqueurs molculaires
Microsatellites

A F L P

3- Evolution des outils au niveau cellulaire


Reproduction conforme et sanitation Rgnration in vitro et variations somaclonales Fusions somatiques Sauvetage dembryons Haplomthodes Combinaison gnomique/in vitro: Transgnse

4- Evolutions des mthodologies


Slection assiste par marqueurs (SAM) NoNo-domestication, base broadening Nouveaux idotypes/critres de slection Structures varitales

Approche phnotypique et statistique: bilan Etudier les caractres complexes via une stratgie base sur leur valeur phnotypique: Estimer la part gntique G de la variation phnotypique observe afin destimer des paramtres, en particulier h2, qui permettront de prdire le progrs gntique attendu dans les schmas damlioration varitale Dcomposer le phnotype complexe en caractres plus simples afin daffiner et de rendre plus efficace lestimation de cette part gntique
Population de dpart

Slection et intercroisement des meilleurs plantes

non seulement sur leur valeur phnotypique mesure mais aussi sur leur valeur gntique estime

Population amliore

cartes gntiques et QTL

Amlioration de lhva

Principe de la gntique dassociation

recherche dune corrlation statistique entre une variation gntique et lexpression phnotypique dun caractre.

Haplotype 2

Diffrents allles Population Haplotypes Phnotypes

Haplotype 1

A A A A G G G G G

A A A A A A A A A

T T T T T T T T T

A A A A A A A A A

C C C C C C C C C

G G G G A A A A A

A A A A A A A A A

---------- T ---------- T ---------- T ---------- T INDEL C INDEL C INDEL C INDEL C INDEL C

Comparaison des mthodes dassociation trait-polymorphisme nuclotidique (Yu et Buckler, 2006)

Introgression dallles favorables


Approche Backcross (BC) Introgression cible Amlioration ponctuelle Modification limite Un caractre, un gnotype Hrdit oligognique Phnotypage cibl PrePre-breeding, base broadening Introgression massive Restauration de diversit Non cible, valeur globale Gestion sous population Gntique population Slection globale

Nombres darticles publis/an


from Google Scholar (4 Aug. 2007)

Yunbi Xu and J. H. Crouch, 2008

Retrocroisement et linkage drag


Varits
L. peruvianum Vendor-Tm22 Vendor-VFT Craigella-Tm22 New yorker-Tm22 Nova-Tm22 lah Mocimor Ohio-MR13 VFNT-Cherry

Gnrati ons de BC

12 20 11 12 21 Young & Tanksley 1988

Chromosome 9 : transfert dun gne chez la Tomate La distance gntique entre TG18/ TG8 =80 cM Carte RFLP La zone transfre peut parfois tre trs large malgr un grand nombre de gnrations de rtrocroisement (voir aussi cours dEric Jenczewski dans les cas de croisements interspcifiques)

Utilisation des marqueurs pour rduire la taille de lintrogression?


Sans marqueur Rcurrent Donneur Avec marqueur Rcurrent Donneur

F1

BC 1

Plus dinformations pour acclrer le retour vers le parent rcurrent

Utilisation du back cross

Recherche des zones favorables impliques dans la variation : QTL Peu de zones sont impliques, allles effet majeurs, la plupart portes par le parent P2 Pour la variation non attribue on suppose que P2 porte les formes favorables Conception du gnotype idal : Transfert de la zone favorable de P1 dans P2 Retour au parent P2 par rtrocroisement

Moreau et Charcosset, Euphytica, 2002

largir la base gntique cultive et brassage : nouvelles approches


Fabrication et gestion des populations - Fondation des populations : formes sauvages, croisements multiples introduction dune large diversit - Introduction de systmes de contrle du rgime de reproduction : strilit mle, cytoplasme mle strile favoriser le brassage et la recombinaison

Croisement

Allofcondation, Allofcondation Allofcondation recombinaison et slection

la gestion dynamique

Leons tires de 20 ans de gestion dynamique du bl tendre en France Les populations ont-elles volu ?
- en fonction de leur composition gntique (directionnelle) - en fonction des milieux et du climat (multidirectionnelles) - en rponse aux pressions des pathognes (multidirectionnelles)

Comment fonctionnent les populations ?


- Relation entre leffectif dmographique et leffectif de drive (Ne faible) - Dans les populations autogames, quel est limpact du taux rsiduel dallofcondation (maintien recombinaison) - Variation de la recombinaison le long du chromosome (+/-) - Rle de la mutation (exprimentation bl dur)

largir la base gntique cultive et brassage : nouvelles approches

Deux types dapplication des populations base large : 1. Produire des nouvelles combinaisons allliques (no-domestication, pre breeding, slection rcurrente) 2. De nouvelles structures varitales : varits populations, varits composites, synthtiques Mlanges de gnotypes performants pour diffrents caractres (gnes de rsistance) Rusticit, stabilit des rendements dans diffrents environnements

c Elargir la base gntique cultive : nouvelles approches


Exemple : Le programme LIRA Slection de cultivars de piment multirsistants pour diffrentes rgions intertropicales Mthode : Slection multicritres, dterminismes gntiques complexes => slection rcurrente de population Slection multi-locale Caractres cibles de dterminisme connu : tests contrls (inoc. artificielles, isolats viraux locaux) Caractres complexes moins connus : slection massale in situ -sur contraintes naturelles gnriques (climat/croissance) -sur contraintes spcifiques : Cuba = Xanthomonas Guadeloupe = Ralstonia

c Elargir la base gntique cultive : nouvelles approches


Le programme LIRA : choix des gnotypes et dispositif de slection
14 gnotypes contrasts
pop1 TMV & CMV artificial inoculation intercrossing resistant plants CMV test pop2 PVY(1,2) PVY(1,2) test pop3 TEV TEV test pop4 PVMV PVMV test

Cycle de slection

Envoi des semences vers les tropiques


Evaluation au champs (agronomie + virus) Autofcondation des meilleurs individus
Afrique

Gnotypes slectionns, pour tests

Asie
Asie

c Elargir la base gntique cultive : nouvelles approches


Rsultats : aprs 11 cycles de slection Rsistance au CMV:
% resistant plants (% control) 100 80 60 40 20 0 250 200 150 100 50 0 pop1 pop2 pop3 pop4

Taille du fruit:
Cycle 4 Cycle 5 Cycle 10

control (YW,CW)

Intrt

Selection cycles

Populations cumulant des caractres dadaptation aux contraintes locales (maladies, caractres agronomiques, ) Cumul : Fond gntique commun + critres locaux spcifiques Slection en rseau multi-partenaires : Slection participative Construction de gnotypes combinant diffrents caractres Nouvelles varits

Systmes de productions innovants


Augmenter la production Maintenir la qualit et la scurit
ECOLOGIQUE

Prendre en compte la diversit et lexploiter

ALIMENTAIRE

ENVIRONNEMENTAL

AUTRES USAGES

Prserver les cosystmes et les ressources naturelles

Rduire les intrants et les cots nergtiques

Eviter la comptition alimentaire/non alimentaire

Revoir la hirarchie des critres de slection actuels

Grenelle de lenvironnement
(G2) Prserver la biodiversit et les ressources naturelles OGM connaissances partages (G3) Instaurer un environnement respectueux de la sant (G4) Adopter des modes de production et de consommation durables:
- Aller vers 100% dagriculture durable (certification), - 6% de la SAU en Bio en 2010 (20% dans la restauration collective en 2012), interdiction de substance de traitement + rduction des intrants (50% en 10 ans?), - promotion des varits ayant une faible dpendance vis vis des intrants (eau, pesticides, azote), - restaurer la biodiversit et avoir des actions territoriales cohrentes, formation des agriculteurs vers des modes dagriculture durable

Le progrs gntique en question


Durabilit en agriculture:
Nouvelle cohrence avec les impratifs socio-conomiques, socioenvironnementaux et agronomiques Adaptation du processus de slection au nouveau paradigme (rupture) Rvision des objectifs de slection: varits adaptes des systmes de culture conomes en intrants et une agriculture multifonctionnelle

Rvision (hirarchie) des critres de slection: rsistances durables aux pathognes et ravageurs comptition fumure azote rduite tolrance aux stress environnementaux (adaptabilit) valeur pour des usages non alimentaires

De nouvelles faons daborder la conception des idotypes


- Milieux standardiss (apports en intrants) - Slection pour le rendement et intensification Adapter le milieu la plante

Un renouvellement des systmes de production

Environnements changeants - rduire les intrants - milieux diversifis/marginaux

Adapter la plante au milieu 1. Prise en compte des variations environnementales Se placer linterface cophysiologie - gntique 2. Prise en compte des nouveaux systmes de production Approche pluridisciplinaire

Un modle de fonctionnement de la feuille pour MAP


Ecophysiologie permet de dfinir:
une variable cible : lexpansion foliaire (LER)

de lexprimer en fonction de diffrents paramtres et variables


A. Un modle

Tx expansion foliaire : LER = ( T - T0) (a + bVPD cY)

Des variables du milieu contrlent le LER


T : temprature du mristme VDP : deficit de pression de vapeur (statut hydrique de lair) :potentiel hydrique du sol

Existe-t-il un contrle gntique de la rponse ces facteurs du milieu ?


Tardieu, 2003, Reymond et al., 2003

Variabilit de la rponse aux variables du milieu

B. Une variation entre les gnotypes


Rsultats pour 2 lignes contrastes 10 20 30 VPD (kPa)

Tmprature du mristme (C)

C. Des QTL pour les variables-paramtres

Prdire la valeur des gnotypes comme une somme des effets chacun des QTL

Tardieu, 2003, Reymond et al., 2003

Variations du milieu

Variations du milieu

TC du mristme

Rponse des gnotypes

LER

LER

TC du mristme

Observ

Prdit

Prdire le comportement de gnotypes dans diffrents milieux Choisir la meilleure combinaison deffets aux QTL Proposition didotypes
Reymond et al., 2003

- Varits multirsistantes plusieurs races R1R2 Contournement rapide Pb: Gnes de rsistances = ressources rares

- Mosaque de parcelles de plusieurs varits ayant des rsistances diffrentes R1 R2 R3

-Associations de varits ayant des rsistances diffrentes R1 + R2 + R3 Ralentit la progression spatio-temporelle des maladies Augmente la dure defficacit des gnes de rsistances Pb: critre de compatibilit sur le plan agronomique Pb: Inscription catalogue Claude Pope

Cultures monovaritales et association de 4 varits


(2 annes, 19 parcelles, 190 ha, 1 traitement fongicide)
30

Effet association
b a a a a

Svrit de la septoriose (%) Rendement (t ha-1)

20 10 0 9,2 8,6 8,0 7,4 13,2

-6%

bc d

a cd

ab

+ 0,32 t ha1

Teneur en protines (%) Note de panification (0- 300)

ab bc c

ab

12,6 12,0 11,4 230

+ 0,54 %

a b

220

NS

210

Malacca Somme Apache Virtuose Association varitale

Belhaj Fraj et coll.,

Les associations varitales


la rouille jaune du bl
100 Svrit sur Slejpner (S) 80 60 40 20 0 6 7 8 9 10 11 12 13 semaines aprs l'inoculation

Slejpner (S pure) Slejpner + Estica (1S : 2R) effet densit Slejpner + Arcane (1S : 2R) effets densit + prmunition

Vallavieille-Pope et Goyeau, 1995

Varit sensible

Association varitale

En conclusion: Gestion des Ressources gntiques


Interactions agrobiodiversit in situ et dynamiques agroagroenvironnementales; Evaluation des RG et dveloppement des bases de donnes associes; Intgration des approches de conservation et de slection varitale Bases gntiques de ladaptation des environnements contraints Bases gntiques des interactions plante-pathognes et planteplanteplantesymbiontes Bases gntiques de la qualit des produits

En conclusion: Stratgies innovantes en AP et diffusion de linnovation


Dfinition didotypes et construction de gnotypes pour des caractres complexes et pour une amlioration multimulticaractres assiste par marqueurs molculaires (SAM) Intgration des outils molculaires dans la cration et la diffusion de varits dotes dune diversit fonctionnelle Dveloppement des biotechnologies drives de la biologie cellulaire et de la gnomique pour lamlioration et la diffusion des varits Durabilit du dploiement de rsistances aux maladies et ravageurs Bioscurit, traabilit, flux de gnes

MERCI