Kista radikular terletak pada ujung akar gigi di mana biasanya pada pulpa sudah nekrotik akibat karies.

Kista ini berasal dari epitel rests of Malazes dan berkembang ketika inflamasi pulpa berubah menuju periapical granulomma. Sisa dari Hertwigs epithelial rooth sheath berada di bawah granuloma dan dapat berproliferasi karena adanya stimulus dari inflamasi dan melewati subsequent liquefaction necrosis pada bagian pusat dari epithelial nest yang besar, cairan yang mengisi kista dengan epitel pembentuknya. Kista radikular dibatasi oleh non-keratin squamous epithelium. Epitel ini tipis dan atrofi, tetapi pada kasus di mana terjadi perubahan inflamasi pada jar ikat dibawahnya, epitel kista menunjukan proses proliferasi yang dapat membentuk arcade. Di dalam epitel kista, hyaline body dengan berbagai ukuran dan bentuk dapat ditemukan Squmous sel biasnya bercampur dengan mucous sel atau sel dengan sillia. Terkadang, pola histologic dari kista radikural rumit karena adanya extensive intramural proliferation of squamous epithelial nest dengan berbagai ukuran.