QUIMICA ORGANICA II Ao 2012

Profesores Responsables
Dra. Ana N. Santiago Dra. Marisa Martinelli Dr. Daniel A. Wunderlin

Aminocidos Pptidos Proteinas

O + H3NCH C O R
-Aminocido

Pptidos
-a minocidos pptidos protenas

Enlace amida (enlace peptdico)

+ H3N CH R O CO + + H3N CH R O CO
+ -H2O H N 3
calor

O C CH R N H

R CH

C O O

Dipptido

O R C .. R N H

OR C + R N H

O N

Solapamiento de los orbitales p

Carcter de doble enlace parcial barrera de rotacin = 18 Kcal/mol

Reaccin de Aminocidos - Sntesis de Pptidos

Reaccin bioqumica clave de los aminocidos conversin en pptidos
AA AA

Enlace Pptidico

AA

Secuencia: es el orden de los enlaces en un pptido Aminocido N-terminal Izquierda Aminocido Derecha

AA

O O + - C-terminal H3N CH C NHCH2C O CH3

Alanilglicina (Ala-Gly) A todos con excepcin del C-terminal se le asigna sufijo il

PPTIDOS DE CADENA LARGA PROTENAS.

LAS CARACTERSTICAS NUTRICIONALES DE PROTENAS SE ASOCIAN EN GRAN MEDIDA CON SU ESTRUCTURA PRIMARIA, AUNQUE LA BIODISPONIBILIDAD DE AA CAMBIA EN FUNCIN DE OTROS ASPECTOS (por ej. accesibilidad de la unin peptdica para las proteasas intestinales).

ESTRUCTURAS DE PROTENAS Estructura Primaria

 Estructura Secundaria Protenas (espiral)

 Estructura Secundaria Laminar

 Estructura Terciaria: El pptido se pliega sobre si mismo, manteniendo las estructuras espiraladas y las laminares, sumado a regiones amorfas

Espiral

Laminas

Estructura Cuaternaria: Constituida por sub-unidades de pptidos asociados entre s.

Las estructuras cuaternarias de las proteinas pueden ser determinadas por cristalografa de Rayos X.

Importante en enzimas, ya que la distancia entre los sitios activos est determinada por la conformacin espacial de las distintas sub-unidades de la protena (enzima en este caso).

 Estructura

Cuaternaria: algunas estructuras cuaternarias son arreglos mas lineales de una o mas protenas

 Las protenas pueden forman redes tridimensionales de una o mas protenas. Estas redes contribuyen a la estructura de alimentos, etc.

ESTRUCTURAS DE PROTENAS: Cuales son las fuerzas que provocan los pliegues y dan rigidez estructural a las protenas? Interacciones y uniones implicadas en la estructura proteica y formacin de redes:
Pte. Hidrgeno

Hidrofbica
electrsottica

Pte. Disulfuro

DipoloDipolo

Hidrofbica

 Interacciones y uniones implicadas en la estructura proteica

Enlaces e Interacciones en Protenas Tipo Enlace Covalente Puente Hidrgeno Energia kJ/mol 330-380 8-40 Distancia Interacc. A 1-2 2-3 Grupos Funcionales Condiciones que lo que participan perturban Agentes S-S REDUCTORES Amida, Oxhidrilo, Detergentes, Fenol calentamiento Aminocidos con cadenas laterales Solventes alifticas largas o Orgnicos aromticas Carboxilo, Amonio, Soluciones Salinas; etc. pH alto o bajo Dipolos permanentes o inducidos

Interaccin Hidrofbica

4-12

3-5

Interaccin Electrosttica

42-84

2-3

van der Waals

1-9

PROTENAS: DESDE NIN PEPTDICA DE AMINOCIDOS HASTA LA ESTRUCTURA CUATERNARIA.

Podemos Sintetizar Protenas?

Podemos hacer que esas protenas sintticas funcionen?

Sntesis de Pptidos no Dirigida

Phe + Gly calor

Phe-Gly

+ Phe-Phe + Gly-Phe + Gly-Gly

O NH3CHCO CH2C6H5
Fenilalanina

O NH3CHCO CH2C6H5
Fenilalanina

O H3NCH2CO
Glicina

O H3NCH2CO
Glicina

O NH3CHCO CH2C6H5
Fenilalanina

O H3NCH2CO
Glicina

O H3NCH2CO

O NH3CHCO CH2C6H5
Fenilalanina

Glicina

Sntesis de Pptidos Dirigida - Estrategia

Phe + Gly Phe-Gly

Estrategia de Sntesis

O CH2C6H5
Fenilalanina N-protegida

O Y
Glicina C-protegida

Formacin del enlace peptdico

O Z NHCHC CH2C6H5

O NHCH2C
Phe-Gly protegida
Desproteccin

Z NHCHCOH + H2NCH2C

- H2O

O O + H3N CHC NHCH2C O CH2C6H5

Phe-Gly

Reacciones de los Aminocidos

Acilacin del Grupo Amino - Proteccin N Terminal

CH3-CH-CO2 NH3
+ -

CH3-CH-CO2H NH2

Alanina

O O CH3COCCH3 Anhdrido actico

CH3 HO2C CH NH2-C-OH3C O O CCH3

Agentes acilantes: cloruros de cido anhdridos

Intermediario tetrahdrico

O CH3 HO2C + CH3COH CH NH-C H3C O

N-Acetilalanina 89-92%

Acilacin del Grupo Amino - Proteccin N Terminal

+ H3NCH-CO2- + CH3
Alanina

O 1. NaOH, H2O CH2OCCl 2. H+

O CH2OCNHCHCO2H CH3 N-Benciloxicarbonilalanina

Cloruro de benciloxicarbonilo (Cloroformiato de bencilo)

Z-Ala
Amida de un ster carbamato (uretano)

O (CH3)3COCCl Cloruro de ter-Butoxicarbonilo (Boc-)

Desproteccin del Grupo Amino

Hidrogenlisis
O CH2OCNHCHCO2H CH3

N-Benciloxicarboalanina

CO2 H2NCHCO2H CH3

Tratamiento cido
+ ( C H 3 ) 2 C = C H 2 + C O 2 + N H 3 -C H - C O N H (CH3)3COC-NH-CH -CONH CF 3 C O O H R R 2-metilpropeno N-ter-Butoxicarbonil pptido HB r O

Boc-Pptido Boc- Resistente a la hidrogenlisis

Esterificacin del Grupo Carbonilo- Proteccin C Terminal

CH3-CH-CO2 NH3
+ -

CH3-CH-CO2H NH2

Alanina

CH3CH2 HCl

O CH3-CH-COCH2CH3 Clster etlico del hidrocloruro NH3 + de alanina (90-95%)

+

OH
Esterificacin de Fisher

+ H3NCH- CO2 CH3 Alanina

CH2OH

O + H3NCH-COCH2 CH3

ster benclico de alanina (90%)

Desproteccin del Grupo Carboxilo

Hidrlisis

O + NH3-CH-COCH2CH3 H2C Ph

+ H3O

O + NH3-CH-COH + CH3CH2OH H2C Ph

Hidrogenlisis

O + H3NCH-COCH2 CH3

CH3 H2, Pd

O + H3NCH-CO+ CH3

Sntesis de Pptidos - Mtodo en Solucin

Paso 1: Activacin del grupo carboxilo
O O CH2OCNHCHCOH + CH3

RN=C=NR

DCCI= N,N-diciclohexilcarbodiimida (R=ciclohexil)

O O NR CH2OCNHCC O C NHR CH3

O-Acilisourea

Sntesis de Pptidos - Mtodo en Solucin

Paso 2: Formacin del enlace peptdico
O NR Z NHCC O C NHR CH3 + O Valina-C-protegida NH2CHC-Y CH(CH3)2

O Z NHCC CH3

O NHCHC-Y + CH(CH3)2

NHR C O NHR

Crece por el extremo C-terminal

Sntesis de Pptidos - Fase Slida - Sntesis de Merrifield FASE SLIDA INSOLUBLE FASE LQUIDA
Premio Nobel 1984

Cl

O
O R CO l C CH NH CO O CH2

O C CH NH CO O

Poliestireno funcionalizado al 10 % Resina de Merrifield Primer aminocido fijado

Se fija un aminocido N-protegido

Crece por el extremo N-terminal

Sntesis de Pptidos - Sntesis de Merrifield FASE SLIDA INSOLUBLE FASE LQUIDA

C F3 C OOH
O R O C CH NH CO O CH2

CH2Cl2

Primer aminocido fijado

Desproteccin del grupo amino

Sntesis de Pptidos - Sntesis de Merrifield FASE SLIDA INSOLUBLE FASE LQUIDA

RN=C-NHR

O
O R O

O C CH NH CO O

CH2

C
CH NH2

Primer aminocido fijado

Se fija el segundo aminocido N-protegido, C-activado

Sntesis de Pptidos - Sntesis de Merrifield FASE SLIDA INSOLUBLE FASE LQUIDA

CH2Cl2
C F 3 C OOH
O R O C CH NH O C CH2

CH

NH

CO O

Segundo aminocido fijado

Desproteccin del grupo amino

Sntesis de Pptidos - Sntesis de Merrifield FASE SLIDA INSOLUBLE FASE LQUIDA

HF
O O C CH2

CH

NH
R

O
C CH NH2

Segundo aminocido fijado

Se libera el pptido del polmero

Sntesis de Pptidos - Sntesis de Merrifield

FASE SLIDA INSOLUBLE

FASE LQUIDA

O
F CH2

OH C O

OH C O

R CH NH C R

CH NH2

R CH NH C
R

CH NH2

Pptido obtenido

Liberacin del pptido

Merrifield estudi qumica en la Universidad de California (Los ngeles). En 1949 fue nombrado investigador auxiliar de la Escuela Mdica y Docente

Premio Nobel de Qumica 1984.Robert Bruce Merrifield

del Instituto Rockefeller, cargo que ostent hasta 1966, a partir de aquel momento ocup la ctedra de bioqumica en esta misma institucin. Merrifield muri el 14 de mayo de 2006

Galardonada por

Por desarrollo del mtodo de sntesis peptdica en fase slida SPPS

Resea

La sntesis peptdica en fase slida (SPPS en sus siglas en ingls), cuyo pionero fue Merrifield constituy un cambio de paradigma para la comunidad cientfica dedicada a la sntesis qumica de pptidos. En la actualidad es el mtodo usado en la creacin de pptidos y protenas en laboratorio. La SPPS permite sintetizar pptidos naturales difciles de expresar

Naci en el ao 1921 (Fort Worth, EUA ). Falleci en 2006, en Cresskill.

en bacterias, incorporar aminocidos no proteicos, modificar el esqueleto de pptidos y protenas y sintetizar protenas a

partir de D-aminocidos. En esta sntesis, pequeas partculas porosas pero insolubles, son tratadas con
unidades funcionales (agentes de acoplamiento) sobre las que se construyen las cadenas peptdicas. El pptido permanece unido covalentemente a la partcula hasta que es

Campo de trabajo

desanclado por reactivos como el fluoruro de hidrgeno lquido o el cido trifluoroactico (TFA). El pptido queda as inmovilizado en la fase slida y permanece retenido durante el proceso de filtrado, mientras que los reactivos de la fase lquida y los subproductos de la sntesis son eliminados.

Qumica Orgnica

Determinacin de Estructura de Pptidos - Anlisis de Aminocidos

Pptido HCl (6M), 100C 24 hs Aminocidos
Anlisis aminocidos totales (no secuencia)

Hidrlisis enlace peptdico O R + H3N C CH CH C O N H O R

El mtodo de hidrlisis cida / bsica se usa para conocer la composicin global de aminocidos (en alimentos por ej.). Los aminocidos hidrolizados son separados por cromatografa, coloreados por reaccin con ninhidrina y medidos por densitometra o espectrofotometra

Anlisis de la Secuencia Estructura Primaria Pptidos y Protenas.

Determinacin N-Terminal
Reactivo de Sanger (Nobel 1958) 2,4-dinitrofluorobenceno (DNP)
F NO2
O2N O F + H2NCHC NO2 Pptido CH(CH3)2

NO2

O O2N HNCHC NO2

O HNCHC

O HNCH2C

O HNCHC CH3
Se limita a conocer el aa-Nterminal, el resto se hidroliza sin conocer la secuencia

O-

CH(CH3)2 CH2C6H5 DNP-Val-Phe-Gly-Ala

H3O+

DNP-Val

Phe + Gly

Ala

Anlisis de la Secuencia Determinacin N-Terminal Degradacin de Edman

N C S
Fenil isotiocianato

O O O + H2NCHC NHCHC NHCHC R R R

S O O O N C NHCHC NHCHC NHCHC H R R R

Feniltiourea

R O HC HN N + S
Derivado de feniltiohidantona

HF anhidro

O O H2NCHC NHCHC R R

30 + ciclos de degradacin.
Permite evaluar la secuencia primaria

RESUMEN
Compuestos difuncionales Quirales (protenas son L)
O + H3NCH C O R
O OH

-Aminocido

CO2 + H3N H R

CO2 + H3N
O

R H

Anfteros Comportamiento cido-base

Punto Isoelctrico
H2NCH2 C Glicina

O forma zwitterinica de la Glicina

+ H3NCH2 C

Las sntesis de laboratorio presentadas producen mezclas racmicas: Aminacin de -halocido Sntesis de Strecker Sntesis de Gabriel y Sntesis Malnica Aminacin Reductiva La sntesis natural es quiral Dan las reacciones caractersticas de sus grupos funcionales: Acilacin del grupo amino Esterificacin del grupo carbonilo

RESUMEN
Enlace amida (enlace peptdico)
+ H3N CH R O CO + + H3N CH R O CO
-H2O + H3N O C CH R N H R CH C O O

Dipptido

Sntesis de Pptidos

Mtodo en Solucin Fase Slida

Anlisis de la secuencia de Pptidos Reactivo de Sanger Degradacin de Edman

LAS PROTENAS EN ACCIN:

DE HARINA A MASA QUMICA DE ELABORACIN DEL PAN.

Estructura del GLUTEN: Gliadina (prot. globular) + Glutenina (prot. fibrilar)

Reacciones REDOX sobre las protenas del Gluten: REDUCCIN SH

REDUCTOR

SH Cadenas de GLUTENINA unidas por puente disulfuro (S-S) intermoleculares Cadenas de GLUTENINA libres, con grupos TIOL (SH)

REDUCTOR

SH

SH
SH

SH
Cadenas de GLIADINA unidas por puentes disulfuro (S-S) intramolecular.

Cadenas de GLIADINA abierta, con grupos TIOL (SH)

Reacciones REDOX sobre las protenas del Gluten: OXIDACIN

SH
SH

SH
SH

SH OXIDANTE

SH

S S S

S S Cadenas de Gliadina + Glutenina UNIDAS por puente disulfuro (S-S) INTER-molecular

S S

 Las protenas pueden forman redes tridimensionales de una o mas protenas. Estas redes contribuyen a la estructura de alimentos, etc.