Unidad 5.

Diversidad del Mundo microbiano

Objetivos Conocer
Los microorganismos ms importantes y sus caractersticas Las diferentes aplicaciones de la microbiologa

Asimilar
-Los microorganismos evolucionan, los mutantes mejor adaptados a un medio son seleccionados. Frecuentemente esta evolucin no supone una alteracin de las capacidades de los microorganismos pero permite clasificarlos filogenticamente

Comprender y discutir
-La diversidad microbiana y su cambiante clasificacin

UNIDAD V.- Diversidad del Mundo microbiano Tema 11.-. Taxonoma bacteriana: Introduccin. Concepto de especie. Clasificacin fentica y filogentica. Filogenia molecular. Principales grupos evolutivos, el rbol de la vida. Estimacin de la diversidad microbiana

Introduccin

Taxonoma

Ciencia de la clasificacin biolgica, se compone de 3 partes separadas pero interrelacionadas clasificacin ordenacin de los organismos en grupos o taxones (taxa) nomenclatura asignacin de nombres a grupos taxonmicos identificacin determinacin del taxn al que pertenece la muestra aislada Importancia de la taxonoma permite a los cientficos organizar una gran cantidad de datos permite a los cientficos hacer predicciones y plantear hiptesis sobre los organismos sita los organismos en grupos con sentido y tiles, con nombres precisos, de forma que se facilite la comunicacin cientfica esencial para la identificacin precisa de los organismos

Sistemtica: estudio de los organismos cuyo objetivo final es caracterizarlos y ordenarlos siguiendo unas pautas.

Introduccin Los organismos se agrupan en rangos taxonmicos. Cada rango

constituye un grupo que puede subdividirse en uno o ms grupos no solapados que constituyen otro nuevo rango

Un ejemplo de rangos taxonmicos y sus nombres Rango

Ejemplo

los nombre de todos los rangos taxonmicos se escriben en cursiva (o subrayados si se escriben a mano)

los microbilogos emplean frecuentemente nombres informales ej. bacterias prpuras, espiroquetas, bacterias oxidantes de metano

concepto de especie

Gnero grupo bien definido de una o ms especies que est bien separado de otros gneros Definicin de especie procariota no se puede usar una definicin basada en la posibilidad de cruzarse ya que los procariotas son asexuales dos definiciones frecuentes y ambiguas coleccin de cepas que comparten numerosas propiedades estables y difieren significativamente de otros grupos de cepas (numerosas???) coleccin de cepas con una composicin en G + C (% de guanina + citosina) similar y una similitud en su secuencia 70% (Qu secuencia?) Cepas o variedades (Ing. Strains) Una poblacin de organismos que se distingue de otras entre un taxn Descienden de un solo organismo o cultivo puro aislado unas cepas pueden variar de otras por numerosas caractersticas biovariedad se diferencia por propiedades bioqumicas y fisiolgicas morfovariedad se diferencia por la forma serovariedad se diferencia por las propiedades antignicas ecovariedad se diferencia por el ecosistema en el que se encuentra Especie tipo (Ing. Type strain) frecuentemente la primera cepa estudiada de una especie y, en general, la mejor estudiada. No necesariamente es el miembro ms representativo

concepto de especie

Diversidad gentica de Escherichia coli:.. Son de la mis especie

clasificacin fentica y filogentica

Nomenclatura: Sistema binomial cada organismo se describe con dos nombres nombre genrico en cursiva y mayscula (ej., Escherichia) epteto especfico en cursiva y minscula (ej., coli) Sistemas de clasificacin clasificacin natural* organiza los organismos en grupos cuyo miembros comparten numerosas caractersticas es el mejor sistema ya que refleja la naturaleza biolgica de los organismos dos mtodos principales para construir esta clasificacin natural fenticamente (clasificacin fentica) los organismos se agrupan juntos segn las semejanzas de sus caractersticas fenotpicas Filogenticamente (clasificacin filogentica) los organismos se agrupan segn sus probables relaciones evolutivas frecuentemente estos dos mtodos son coincidentes ya que la evolucin da como resultado organismos similares

* otros sistemas de clasificacin como los numricos solo se emplean cuando apenas se conocen las caractersticas del organismo o como denominacin provisional Ej. Synechococcus PCC 7942

clasificacin fentica y filogentica

Clasificacin Fentica se ordenan y Matriz de similitud agrupan para formar grupos (clusters)

dendograma

dendograma diagrama en forma de rbol que se emplea para mostrar los resultados

Fenn grupo de organismos con la mayor similitud

Fenn con > 80% similitud = Especies bacterianas

clasificacin fentica y filogentica

Clasificacin filogentica tambin llamado sistema de clasificacin filtica filogenia desarrollo evolutivo de las especies
Evolucin: cambio en las caractersticas genticas de una poblacin

frecuentemente se basa en la comparacin directa del material gentico y sus productos genticos Caractersticas principales empleadas en taxonoma

Dos tipos principales caractersticas clsicas caractersticas moleculares

Caractersticas moleculares comparacin de protenas composicin en bases de cidos nucleicos % G+C hibridacin de cidos nucleicos secuencias de cidos nucleicos

Caractersticas clsicas morfolgicas fisiolgicas y metablicas ecolgicas anlisis gentico: Presencia o ausencia de genes

Hay un antes y un despus de la implantacin de la biologa molecular

clasificacin fentica y filogentica

Antes de la biologa molecular se comparaban caractersticas morfolgicas

Esto sigue siendo til para macroorganismos (pinzones, por ejemplo).........

Bacillus anthracis
pero no con las bacterias...

Bacillus japonicum

clasificacin fentica y filogentica

El estudio de las caractersticas moleculares (basada en secuencias de cidos nucleicos y protenas) frente a las morfolgicas y/o bioqumicas tienen numerosas ventajes Estrictamente heredable e inambiguos Hay modelos de evolucin accesibles al anlisis matemtico Ms fcil de valorar homogneamente (solo se comparan 4 nucletidos y 20 amino cidos) Puede comparar distancias evolutivas Muy abundante, las muestras de ADN son fciles de preparar y secuenciar El empleo de las caractersticas moleculares se basa en la premisa de organismos que tienen genes similares muestran la misma similitud a nivel fisiolgico Estimacin de la filogenia* microbiana las secuencias de cidos nucleicos y protenas pueden compararse alinendolas estas comparaciones se representan adecuadamente en rboles filogenticos identifica cronmetros moleculares y/o otras caractersticas que se emplean en la comparacin de organismos los rboles filogenticos representan las relaciones evolutivas rbol enraizado tiene un nodo que representa el ancestro comn en el rbol sin raz se desconoce el ancestro comn

*Filogenia: Relaciones evolutivas entre organismos basadas en un ancestro comn

La clasificacin natural filogentica de bacteria, arqueas y eucariotas se basa en la secuencia de nucletidos de un componente de los ribosomas comn a todos los seres vivos

Los caracteres morfolgicos y fisiolgicos de las bacterias, estudiados en la microbiologa clsica, son reconsiderados a la luz de la evolucin ..pero no sin dificultades

filogenia molecular

Descriptores del rbol filogentico

Raz: nudo ancestral de todos los elementos del rbol Rama externa Nudo: punto en el que confluyen dos o ms ramas. Representa los acontecimientos evolutivos correspondientes a las divergencias desde un hipottico ancestro Clade: el nudo y todo lo que surge de l Linajes o ramas: lneas entre dos nudos (Rama interna) o entre un nudo y una hoja , extremo (Rama externa) La longitud horizontal de la rama es proporcional a la distancia evolutiva entre las secuencias y sus ancestros (unidad = sustituciones / sitio) Topologa del rbol: distribucin y agrupamiento de las ramas en el rbol = orden de las ramas entre los nodos
0.038 0.025

Rama interna
0.066 0.01

Gallus
Clade

0.011

Rattus Mus

Raiz

0.012

Bos

Nudo

Homo
0.011

Distancia evolutiva

Hoja OTU: Unidad Taxonmica operativa

filogenia molecular

Qu necesitamos para construir un rbol filogentico? Necesitamos secuencias para comparar

Obtenidas experimentalmente Obtenidas de bases de datos
por consulta directa mediante bsqueda de secuencias homlogas

Necesitamos alinear comparar las secuencias

Para esto hay muchos programas en internet Ej. ClustalW
http://www.ebi.ac.uk/clustalw/

Necesitamos aplicar un modelo evolutivo para reconstruir el pasado de estas secuencias Necesitamos representar los resultados en forma de rbol

filogenia molecular

Cmo se obtiene experimentalmente una secuencia de ADN, ARN y protena?

La secuencia de ADN se obtiene*:
se toma una muestra (un cultivo puro, una muestra de lodo, agua, etc) se extrae el ADN: hay cientos de kits en el mercado. Tambin se puede extraer con materiales domsticos se seleccionan los oligonucletidos para la amplificacin por PCR
obtenidas de artculos obtenidas de bases de datos i.e. RDB

se amplifica por PCR se enva a secuenciar

Si la muestra corresponde a un cultivo puro se realiza una secuencia S la muestra contiene muchas bacterias distintas se secuencias muchas

La empresa manda la secuencia de ADN por correo electrnico

Las secuencias de ARN se obtienen de la traduccin conceptual de secuencias de ADN Las secuencias de protenas se obtienen de la traduccin conceptual de secuencias de ADN tras la eliminacin de los intrones, si los hubiese Podemos tener las secuencias de genes de organismos que nunca han sido cultivados
* Tambin se puede obtener una secuencia de protena a partir de la secuencia de ADN obtenida por transcripcin inversa de una molcula de mRNA

filogenia molecular

Relojes moleculares los cidos nucleicos o protenas pueden emplearse como relojes para medir la cantidad de cambio evolutivo a lo largo del tiempo el fundamento es el siguiente
las secuencias cambian gradualmente a lo largo del tiempo los cambios son selectivamente neutros y ocurren al azar para un mismo gen o producto gnico, la cantidad de cambios aumentan proporcionalmente con el tiempo

La secuencia 16S del rRNA muestra una velocidad evolutiva de 1% de divergencia de secuencias por cada 50 millones de aos

Principales grupos evolutivos, el rbol de la vida

La filogenia molecular ha cambiado nuestra visin de la evolucin de las especies

hasta hace poco se crea que...
Las bacterias y otros microorganismos eran fsiles vivientes en el curso de la evolucin

Primitivos microbios como lineas evolutivas sin salida

Principales grupos evolutivos, el rbol de la vida

Como resultado se describen los 5 reinos

Plantae

Fungi

Animalia

Protista

Monera

Principales grupos evolutivos, el rbol de la vida

Actualmente se piensa que todos los organismos han evolucionado y continan evolucionando en el tiempo a lo largo de lneas divergentes

Principales grupos evolutivos, el rbol de la vida

La filogenia molecular est cambiado el concepto de especie

La filogenia molecular microbiana modifica el concepto de especie y lo refiere al % de identidad entre secuencias de rRNA

Principales grupos evolutivos, el rbol de la vida

El estudio se las relaciones evolutivas entre los seres vivos da como resultado lo que se denomina -el rbol de la vida- The Tree of Life:
El rbol se elabora frecuentemente con secuencias de rRNA la distancia evolutiva en el rbol significa la cantidad y el orden de cambios de las secuencias pero....NO el tiempo desde el que aparecieron ya que:

1. se desconoce la raz del rbol de la vida 2. la acumulacin de mutaciones en los organismos no es idntica en todos ellos

Principales grupos evolutivos, el rbol de la vida Orgnulos

El rbol de la vida permite la confirmacin de la teora de la endosimbiosis

obsrvese que el organismo con la secuencia rRNA ms prxima: a la de cloroplastos es una cianobacteria (Synechococcus) a la de mitocondrias es una proteobacteria (Agrobacterium)

Principales grupos evolutivos, el rbol de la vida

actualmente se sostiene que hay 3 dominios entre los seres vivos (Bacteria, Archaea, Eucarya). Esto se basa en el anlisis del rRNA

Principales grupos evolutivos, el rbol de la vida

Manual Bergeys de sistemtica bactereolgica

descripcin detallada de todas las especies procariotas actualmente identificadas El Manual est constantemente actualizndose Visin general (y rpida) de la diversidad Korarchaeota Nanoarchaeota halobacteria

Archaea

Cuatro phyla ocho clases 12 rdenes

metangenas

Principales grupos evolutivos, el rbol de la vida

Bacteria

metablicamente y morfolgicamente diversas divididos en 23 phyla

Principales grupos evolutivos, el rbol de la vida

Dos preguntas

Cmo es la punta del rbol?

Es muy frondoso el rbol de la vida? o lo que es lo mismo cul es su diversidad

Principales grupos evolutivos, el rbol de la vida

La punta de un iceberg?

Principales grupos evolutivos, el rbol de la vida

Diversidad gentica de Escherichia coli:

Principales grupos evolutivos, el rbol de la vida

Es significativa la microheterogeneidad?

Diversidad del mundo microbiano

Por lo expuesto anteriormente parece que no hay ningn problema a la hora de estimar la diversidad microbiana

Nada ms lejos... el problema es que.....

los microorganismos se estudian principalmente desde una perspectiva antropocntrica
en general la mayora de los microorganismos son desconocidos salvo aquellos implicados en patologas se presta poca atencin a los estudios de biodiversidad microbiana, por ejemplo
Se conocen ms de 500,000 especies de insectos... y menos de 5,000 especies de procariotas Si diseccionasemos cualquiera de estos insectos encontraramos en su interior cientos, incluso miles de especies distintas de microorganismos
N. Pace 97

Diversidad del mundo microbiano

Por qu se tiene una perspectiva tan limitada?

Por el pequeo tamao de los procariotas Por su limitada diversidad morfolgica La caracterizacin bioqumica requiere cultivos puros (no siempre posibles) y el nmero de reacciones bioqumicas y respuestas fisiolgicas estudiadas son limitadas Pero.... todo esto cambi con:
1. la introduccin de herramientas moleculares en el estudio de la diversidad microbiana 2. el desarrollo de algoritmos que permitan la comparacin de secuencias de ADN y protenas (bioinformtica)

Ahora podemos establecer las relaciones filogenticas de todos los seres vivos
Ahora podemos estimar la biodiversidad microbiana

La mayor diversidad reside en el mundo microbiano

Diversidad del mundo microbiano

Si podemos estudiar la biodiversidad podemos contestar a las siguientes preguntas

Cuntos organismos diferentes hay? Qu grado de similitud nos permite decir que son los mismos o diferentes? Cmo estn relacionados entre ellos? Su respuesta nos permite caracterizar los ecosistemas microbianos

Diversidad del mundo microbiano

La mayor diversidad se encuentra en organismos no cultivables

Bacteria, 2003

52 Phyla

pre-1987 (12)

desde 1987 (14 ms, cultivadas)

desde 1987 (26) no cultivables

Rapp and Giovannoni (2003) The uncultured microbial majority. Annu Rev Microbiol, 57: 369-394 ,

Diversidad del mundo microbiano

El nmero de phyla no para de crecer a medida que se desarrolla la metagenmica

Ej. Sargasso Sea:

1.045 billion base pairs
1.2 million new genes

1.800 species
148 new phyla

Venter JC et al. 2004 Environmental genome shotgun sequencing of the Sargasso Sea. Science. 2004 304(5667):66-74.

Estimacin de la diversidad microbiana

La filogenia molecular est cambiado el concepto de especie

La filogenia molecular microbiana modifica el concepto de especie y lo refiere al % de identidad entre secuencias de rRNA