Enzimas

1700s estudios en la digestin de carne 1800s conversion del almidon en azucar por la saliva y extractos de plantas 1850s Louis Pasteur la fermentacin, del azucar hasta alcohol es catalizado por fermentos 1897 Eduard Buchner fermentacion es promovida por moleculas. Frederick W. Kuhne llamo a estas moleculas ENZIMAS 1962 Cristalizacion de la ureasa James Sumner

Todas las enzimas son protenas con excepcin de un pequeo grupo de molculas cataliticas de RNA

Se conocen mas de 3000 enzimas. Las enzimas son catalizadores biologicos que aceleran la reaccin. Las enzimas son altamente especificas y reaccionan solo con un sustrato para formar un producto y puede acelerar la reaccin en mas de 1017.

Algunas enzimas requieren cofactores / coenzymes para su actividad

Las coenzimas actan como portadores transitorios de grupos funcionales especficos

Un cofactor o coenzima que es muy relacionado o se enlaza covalentemente a una protena enzimatica es llamada grupo prostetico.

La enzima activa o completa es llamada holoenzima

La Parte proteica (sin cofactor y/o coenzima): apoenzima o apoproteina

Las enzimas se clasifican por la reaccin que realizan

Clase 1: OXIDORREDUCTASAS
Catalizan reacciones de transferencia de hidrgeno (H) o electrones (e-) de un sustrato a otro
AH2 + B

A + BH2

Ared + Box

Aox + Bred

Clase 2: TRANSFERASAS
Catalizan la transferencia de un grupo qumico (distinto del hidrgeno) de un sustrato a otro

A-B +

A + C-B

Clase 3: HIDROLASAS
Catalizan las reacciones de hidrlisis

A-B

H2O

AH + B-OH

Clase 4: LIASAS
Catalizan reacciones de ruptura o unin de sustratos

A-B

A + B

Clase 5: ISOMERASAS
Catalizan la interconversin de ismeros
A

Fosfoglucosa isomerasa
EC 5.

Catalizan la unin de dos sustratos con hidrlisis simultnea de un nucletido trifosfato (ATP, GTP, etc.)

Clase 6: LIGASAS

A + B + XTP

A-B + XDP + Pi

Sistema de Clasificacin Internacional (nomenclatura):

(Clasificacin numerica (Cuatro partes) y un nombre sistematico

ATP + D-glucose --> ADP + D-glucose-6-phospate

Hexoquinasa

Nombre sistematico: ATP:glucosa fosfotransferasa Clasificacin numerica: 2.7.1.1. 2. --> Transferasa (clase)

7. --> fosfotransferasa (subclase)

1. --> fosfotransferasa con un grupo hidroxilo como aceptor 1. --> D-glucosa como el grupo fosfato aceptor

Como actua una enzima

El sustrato se une a la enzima en el sitio activo

Formando el complejo enzima-sustrato, cuya existencia fue propuesta en 1880 por CharlesAdolphe Wurtz

Representacin de una reaccin enzimatica simple

E + S ES EP E + P

Las enzimas afectan el velocidad de reaccin, No el equilibrio

SP
Diagrama de una reaccin coordinada para una reaccion quimica Diagrama de reaccin coordinada comparando la reaccin catalizada con una enzima y una reaccin no catalizada

Equilibrio

SP

Reaccin

SP
Velocidad de Reaccin = V = k [S] Reaccin de primer orden si depende solo de la concentracion de S

De la teora del estado de transicion se puede derivar :

k BT G / RT k e h
La relacin entre k y G es inversa y exponencial. Entonces a una baja energia de activacin tendremos una rapida velocidad de reaccin

Las enzimas tienen un rango de magnitud de incrementar la reaccin de 5 a 17 ordenes de magnitud

Las interacciones covalentes entre enzima y sustrato disminuyen la energa de activacin (aceleran la reaccin) proveen una via alternativa de baja energa. Las formaciones de interacciones debiles en el complejo enzima-sustrato son acompaadas por la liberacin de una pequea cantidad de energa libre que provee un grado de estabilidad a la interaccin.

Las interacciones debiles entre enzima y sustrato son optimizadas en el estado de transicion
La energia derivada de la interaccion enzima sustrato es llamada energia de enlace, GB

El sitio activo no es complementario al sustrato per se, es por el estado de transicion por el que pasa que el sustrato es convertido en producto durante la reaccin enzimatica
Forma complementaria del sustrato y su enlace al sitio de una enzima

Estudios sobre la especificidad llevados por Emil Fischer en 1894 propusieron el modelo de llave y cerradura, pero no puede aplicarse a la catalisis enzimatica

Modelo imaginario para catalizar la ruptura de una barra de metal

Moderna nocin de catlisis enzimtica Michael Polanyi 1921, Haldane 1930 y elaborado finalmente por Linus Pauling 1946: La enzima debe ser complementario al estado de transicion

Rol de la energa de enlace en la catalisis

Los grupos cataliticos especificos que contribuyen a la catalisis : Las cadenas de aminoacidos y algunos grupos funcionales de algunos cofactores pueden servir como neutrofilos en la formacin de enlaces covalentes con los sustratos

Amino acids in general acid-base catalysis

Covalent and general acid-base catalysis

First step of the reaction

His57

His57

Cinetica Enzimatica
E+S
k1 k-1

ES

k2 k-2

E+P

Efecto de la concentracin de sustrato sobre la velocidad inicial de una reaccion catalizada por una enzima

E+S

k1 k-1

ES

k2

E+P

Cinetica Michaelis-Menten

Medida de la velocidad inicial

[S] >> [E] [ES] ~ constante V0 = K2 [ES]

Vm ax [S] k 2 + k -1 V0 Km K m [S] k1
Constante de Michaelis

Dependencia de la velocidad inicial sobre la concentracin de sustrato

E+S

k1 k-1

ES

k2

E+P

Vm ax [S] V0 K m [S]
Cuando km > > [S]

k 2 + k -1 Km k1

Vmax [S] V0 Km

Cuando [S] > > km

V0 Vmax

Transformacin de la ecuacin de Michaelis-Menten al Doble reciproco o diagrama de Lineweaver-Burk

Vm ax [S] V0 K m [S]

1 Km 1 V0 Vmax [S] Vmax

Ecuacin Lineweaver-Burk

Si la mayora de la cantidad de enzima se encuentra en forma de EP la Vmax depender de k3 [Et ] y esta es definida como kcat, que describe la velocidad limitante de una reaccin enzimatica en saturacin. Si la reaccion tiene varios pasos y uno es claramente limitante, el kcat es equivalente a la velocidad del paso limitante . En la ecuacin de Michaelis Menten:

Vm ax [S] V0 K m [S]
kcat, es una constante de primer orden y es llamada el numero de recambio. Numero de sustrato convertido a producto por unidad de tiempo de una molecula de enzima cuando esta saturada de sustrato

Kcat describe la velocidad limitante de una reaccin enzimatica en saturacin

Cada enzima tiene un valor de Kcat y Km que refleja el medio celular, la concentracion del sustrato normalmente encontrado in vivo y la quimica de la reaccion que ha sido catalizada. Kcat y Km permiten evaluar la eficiencia de la cinetica enzimatica. Kcat/Kmes la llamada constante deespecificidad es la velocidad de conversion de E + S a E+P cuando S << Km entonces:

Muchas enzimas catalizan reacciones con dos o mas sustratos

Mecanismo comun para una reaccion bisustrato enzimatica

Esta ultima es llamada de doble desplazamiento

La cinetica del estado estacionario puede proveer evidencia para los pasos de una especifica reaccin

Un complejo ternario es formado en la reaccin

(es indicado por las lineas de interseccin)

Ping-Pong (doble desplazamiento) reaccin

Las enzimas estan sujetas a una inhibition reversible e irreversible

Las enzimas estan sujetas a una inhibition reversible e irreversible

Inhibicin irreversible: Se destruye el grupo funcional por enlace covalente al inhibidor

Reaccion de quimotripsina con diisopropylfluorofosfato

Que inhibe irreversiblemente la enzima

Inactivadores suicidas

La actividad enzimatica depende del pH

Efecto de la Temperatura

Ejemplos de reacciones enzimaticas

Quimotripsina es una proteasa especifica para enlaces peptidico adyacente a un aminoacido aromatico (Trp, Tyr, Phe)

Key active-site amino acid residues Ser195, His57, and Asp102 Aromatic amino acid side chain

Pocket in which the amino acid side chain of the substrate is bound

Three polypeptide chains linked by disulfide bonds

El mecanismo de quimotripsina involucra acilacin y deacilacin del residuo Ser

La enolasa requiere metales ionicos

Regulacin Enzimtica
Enzimas Alostericas cambian su conformacin en respuesta a un modulador enlazante

Las subunidades interactuan en una enzima alosterica, e interactuan con inhibidores y activadores

Conformational change

enzima aspartato transcarbamoylasa cataliza la sintesis de pirimidinas

Esta enzima de regulacin alosterica tiene dos agrupamientos cataliticos apilados , cada uno con tres cadenas polipeptidica catalitica (azul y purpura) y tres agrupamientos regulatorios, cada uno con dos cadenas peptidicas regulatorias (rojo y amarillo).

Los moduladores producen grandes cambios en la conformacin de actividad enzimatica

Inhibicion Feedback
La acumulacin del producto final finalmente desacelera toda la va

En sistemas multienzimaticos las etapas regulatorias son catalizados por una enzima alosterica

Example of heterotropic allosteric inhibition

Grupos fosfato afectan la estructura y la actividad catalitica de enzimas

Regulation of muscle glycogen phosphorylase activity by multiple mechanisms

Algunas enzimas y otras proteinas son reguladas por corte proteolitico de un precursor

Activation of zymogens by proteolytic cleavage

REGULACIN DE LA ACTIVIDAD ENZIMTICA POR MEDIO DE ISOENZIMAS

Algunos enzimas tienen distinta estructura molecular aunque su funcin biolgica es similar. Se llaman isozimas o isoenzimas.
Estas diferencias de estructura se traducen en ligeros cambios en sus propiedades, de forma que cada isozima se adapta perfectamente a la funcin que debe realizar. As, podemos observar la existencia de isoenzimas en funcin de:
el tipo de tejido: Por ejemplo, la lactato deshidrogenasa presenta isozimas distintos en msculo y corazn.

el compartimento celular donde acta: Por ejemplo, la malato deshidrogenasa del citoplasma es distinta de la de la mitocondria.
el momento concreto del desarrollo del individuo. Ej: algunos enzimas de la glicolisis del feto son diferentes de los mismos enzimas en el adulto.