Anda di halaman 1dari 19

KERAGAMAN MOLEKULER PROKARYOT

Ari Susilowati

Kompetensi Dasar III: Control of Gene Expressions


Bab : Operon Bab : Bacterial Signal tranduction Bab : Constitutive and Inducible expression

Kompetensi Dasar IV: Interaksi bakteri dengan tanaman


Bab: Fiksasi Nitrogen Bab: Bakteri Ice Nucleation Bab: Gen Antibiotik pada PGPR

Operon
Merupakan bagian dari: Control of Gene Expression atau Gene Regulation Mengapa Control of Gene Expression diperlukan? Dengan mengkontrol gen off ketika tidak diperlukan, sel dapat mencegah sumber daya yang terbuang. Sepertinya, ada seleksi alam dalam mendukung kemampuan mengontrol/mengubah gen untuk aktif (on) dan mematikan (off).
Organisme multiselular yang kompleks diproduksi oleh sel-sel yang mengaktifkan gen dan mematikan gen selama perkembangannya. Sel manusia umumnya mengekspresikan sekitar 3% sampai 5% dari gen tersebut pada suatu waktu tertentu. Kanker merupakan hasil dari gen yang tidak mematikan dengan benar. Sel-sel kanker telah kehilangan kemampuan untuk mengatur mitosis, sehingga pembelahan sel tidak terkendali.

Sebagian besar pemahaman kita kontrol gen berasal dari studi prokariota. Prokariota memiliki dua tingkat kontrol gen:
Mekanisme transkripsi mengontrol sintesis mRNA mekanisme translasi mengontrol sintesis protein setelah mRNA telah diproduksi.

Operon
Operon adalah kelompok gen yang berfungsi memproduksi protein/enzim yang dibutuhkan oleh sel.
Ada dua macam gen dalam operon:
Struktural gen yang mengkode protein yang dibutuhkan untuk menjalankan aktivitas normal sel. Misalnya, mereka mungkin protein yang dibutuhkan untuk pemecahan gula. Gen-gen struktural dikelompokkan bersama-sama dan molekul mRNA tunggal dihasilkan selama transkripsi. Regulator gen yang mengkode protein yang mengatur gen lain.

Operon belum ditemukan dalam eukariota

Operon lac
Operon lac diperlukan untuk metabolisme laktosa. Beberapa protein yang terlibat dalam metabolisme laktosa dalam sel E. coli adalah:
-galaktosidase - mengubah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa -galactoside permease - mengangkut laktosa ke dalam sel -galactoside transasetilase - fungsi yang tidak diketahui

Struktur lac Operon

Bagaimana cara kerja operon lac?


Tanpa laktosa dalam sel, protein represor berikatan dengan operator dan mencegah RNA polimerase menempel ke promotor dan mentranskripsi tiga gen struktural. Dengan adanya laktosa dalam sel, laktosa mengikat represor. Hal ini menyebabkan perubahan struktural dalam represor dan kehilangan afinitas terhadap operator. Jadi RNA polimerase kemudian dapat mengikat promotor dan mentranskripsikan gen struktural.
Dalam sistem ini laktosa bertindak sebagai molekul efektor. Molekul efektor adalah molekul yang berinteraksi dengan represor dan mempengaruhi afinitas represor terhadap operator

Animasi Operon lac http://www.sumanasinc.com/webcontent/a nimations/content/lacoperon.html

Animasi Repressor Mutation: http://www.biostudio.com/d_%20Lac%20Operon%20I%2 0Lac%20Repressor%20Mutations.htm


Animasi Operator Mutation: http://www.biostudio.com/d_%20Lac%20Operon%20Oc %20lac%20Operator%20Mutations.htm Animasi Super-Repressor Mutation: http://www.biostudio.com/d_%20Lac%20Operon%20IS %20Lac%20Super-Repressor%20Mutations.htm

Represi katabolit operon lac


Laktosa bukanlah sumber karbohidrat yang lebih disukai untuk E. coli. Jika laktosa dan glukosa ada, sel akan menggunakan semua glukosa sebelum operon lac dihidupkan. Ini jenis kontrol disebut represi katabolit. Untuk mencegah metabolisme laktosa, ada kontrol ekspresi gen tingkat kedua. Promotor dari operon lac memiliki dua situs pengikatan. Salah satu situs adalah tempat RNA polimerase mengikat. Lokasi kedua adalah tempat pengikatan kompleks antara protein aktivator katabolit (CAP=catabolite activator protein) dan siklik AMP (cAMP= cyclic Adenosine MonoPhosphate).

Pengikatan kompleks CAP-cAMP ke situs promotor diperlukan untuk transkripsi operon lac. Kehadiran kompleks ini sangat erat kaitannya dengan kehadiran glukosa dalam sel.

Pada saat konsentrasi glukosa meningkatkan, jumlah cAMP menurun. Pada saat cAMP menurun, jumlah kompleks CAPcAMP menurun. Penurunan kompleks CAP-cAMP menginaktivasi promotor, dan operon lac dimatikan. Karena kompleks CAP-cAMP diperlukan untuk transkripsi, kompleks memberikan sebuah kontrol positif atas ekspresi operon lac.

CAP only becomes activated if the concentration of cyclic AMP (cAMP) is high Glucose inhibits the formation of cAMP by inibiting the enzyme adenylyl cyclase If the concentration of glucose is high, the concentration of cAMP is low If the concentration of glucose is low, the concentration of cAMP is high Therefore, if the concentrations of glucose and lactose are high, the concentration of cAMP will be low, CAP will not be activated, RNA polymerase will not be able to bind well to the promoter, and the operon will be operating at a very low level (i.e. almost off) However, if the concentrations of glucose is low and lactose is high, the concentration of cAMP will be high, CAP will be activated and bind to the DNA which will promote RNA polymerase binding and initiate transcription

trp Operon
example of a repressible operon five genes (trpA, trpB, trpC, trpD, and trpE) involved in the production of the amino acid tryptophan another gene (trpR) produces an inactive repressor protein accumulation of the end product (tryptophan) represses synthesis of the enzymes tryptophan binds to the inactive repressor protein at an allosteric site the conformation changes and the repressor + tryptophan complex binds to the operator, repressing the operon tryptophan can accumulate due to internal production or from external sorces remember, E. coli is found in the intestines of humans so if you eat a tryptophan-rich meal, this will accumulate in the bacteria and turn off the operon why waste resources when a supply of this amino acid is readily available?
Note: allosteric enzyme one whose catalytic activity is altered by binding of specific ligands at sites other than the substrate binding site.

trp Operon Gene Gene Function P/O Promoter; operator sequence is found in the promoter Leader sequence; attenuator (A) sequence is found in the leader Gene for anthranilate synthetase subunit Gene for anthranilate synthetase subunit Gene for glycerolphosphate synthetase Gene for tryptophan synthetase subunit Gene for tryptophan synthetase subunit

trp L trp E trp D trp C trp B trp A