Le anomalie cromosomiche

criptiche

Laura Pilo
 Anomalie cromosomiche
criptiche

Le anomalie cromosomiche criptiche sono

alterazioni cromosomiche non
evidenziabili con un esame del cariotipo
eseguito con tecniche di citogenetica
tradizionale (un cariotipo ad alta
risoluzione ha una risoluzione massima di
5-10 Mb).
 Anomalie cromosomiche
criptiche

Costituzionali
Sindromi da microdelezione,
riarrangiamenti criptici subtelomerici…

Acquisite
Sindrome mielodisplastica 5q-,
cromosoma Philadelphia, t(12;21)( p13;q22)
Sarcoma di Ewing…
 Dupliconi o regioni LCR (Low Copy Repeat)
• Blocchi di poche sequenze ripeturte (LCR) con omologia reciproca
elevata (94-99%)
• Grandezza 200-400 kb
• Interspersi in tutto il genoma (10%) in siti specifici (regioni
subtelomeriche e pericentromeriche)
• Spesso duplicati inella medesima regione cromosomica a distanza
di 1,5-3Mb (causa di errori di ricombinazione al crossing-over
meiotico)
• Ricombinazione omologa non allelica causa di: delezioni,
duplicazioni, inversioni, traslocazioni e cromosomi marcatori.
Riarrangiamenti subtelomerici
e ritardo mentale

Chromosome abnormalities
are found in 4–28% of individuals with mental
retardation (Curry CJ,1997).

The subtelomeric regions are gene-rich and

are often involved in chromosomal
rearrangements (Saccone S,1992).
 SINDROME DA DELEZIONE 22q13.3
sindrome Phelan-McDermid

Delezione terminale del braccio lungo (q13)

75% dei soggetti ha una delezione semplice

25% delezione causata da una traslocazione sbilanciata
o altri riarrangiamenti strutturali, come un cromosoma 22 ad anello (r22).
La taglia della porzione deleta è variabile (da 100 Kb a oltre 9Mb).

La frequenza della malattia non è nota poichè si tratta di una condizione

sottodiagnosticata a causa dell’aspecificità del fenotipo clinico,
sovrapponibile ad altre sindromi, e della difficoltà di evidenziare la delezione
22q13.3 con le indagini citogenetiche di routine.

Caratterizzata da ipotonia neonatale, crescita normale o accelerata, assenza

o grave compromissione del linguaggio, ritardo globale dello sviluppo,
lievi dismorfismi facciali
PRINCIPALI SINDROMI DA
MICRODELEZIONE

SINDROME

DiGeorge/Velocar
 La delezione 22q11.2 è associata
alla sindrome di DiGeorge/ Velocardiofacial
1:5000 neonati (Burn and Goodship 1996)
~95% delezione 3Mb
~ 5% delezione 1,5Mb
(Carlson et al.1997)
22q11.2 (gene Tuple1)
Both deletions were
found to occur as a result
of nonallelic homologous
recombination (NAHR)
(Stankiewicz et al.2002)

Controllo22q13
(geneARSA)
• Analisi citogenetica convenzionale
-Analisi solo su metafase
-Indice mitotico
-Morfologia dei cromosomi
-Limite di risoluzione: 4-5Mb
• Fish (Fluorescence in situ hybridization)
-Analisi su nuclei interfasici
-Caratterizzazione di riarrangiamenti strutturali
-Caratterizzazione di marcatori cromosomici
sovrannumerari
-Individuazione di riarrangiamenti criptici
-Diagnosi di aneuploidie su nuclei in interfase

Limite di risoluzione: preparati convenzionali (1Mb), fino ad 1Kb nei preparati estesi di fibre
cromosomiche.
Non fornisce informazioni sull’intero corredo cromosomico ma solo su uno specifico quesito
diagnostico.
Array-CGH

In array CGH arrays of genomic

BAC,P1,cosmid or cDNA clones are used
for hybridization instead of metaphase
chromosomes in conventional CGH
technique.
 Array-CGH
• Le variazioni nel numero di copie di DNA vengono così evidenziate
analizzando le differenze nell’intensità di fluorecenza dei pattern di
ibridizzazione di entrambi i DNA.

• La risoluzione è determinata dalla distanza tra cloni consecutivi

sull’array e dalla loro dimensione.

• Teoricamente, si possono costruire arrays che coprono qualsiasi

regione di interesse con qualsiasi risoluzione.

L’incapacità di rilevare anomalie cromosomiche nei casi in cui non si abbia ne

perdita ne guadagno di materiale genetico rappresenta una delle grosse
limitazioni della tecnica.
 Applicazione dell’Array-CGH
• Diagnosi in ambito oncologico.
• Diagnosi in ambito pediatrico e neonatologico, delle cause di ritardo mentale
e/o malformazioni.
• Studio di malattie genetiche, congenite ed acquisite.

• I seguenti ambiti di applicazione, sebbene promettenti, sono invece ancora

in fase di ricerca: ambito ginecologico (per diagnosi prenatale), ambito
ematologico (per diagnosi e definizione della prognosi nelle leucemie).

• Si tratta di una metodica complessa che deve essere applicata soltanto a seguito di
una rigorosa selezione dei casi, quando le metodiche di alta risoluzione e di FISH non
hanno evidenziato alterazioni e solo dopo una valutazione genetica-dismorfologica
per escludere sindromi genetiche che non comportano microalterazioni
cromosomiche, ma alterazioni geniche. In ogni caso la valutazione se applicare o
meno tale metodica è effettuata dal medico genetista, in collaborazione con i clinici
pediatri, neonatologi, neuropsichiatri o altri.
J Med Genet 2004;41:198–202
The performance of CGH array for the detection of cryptic constitutional
chromosome imbalances
J Schoumans, B-M Anderlid, E Blennow, B T Teh, M Nordenskjo¨ld

Expert Rev Mol Diagn. 2005 May;5(3):421-9.

Array-based comparative genomic hybridization in clinical
diagnosis.
Bejjani BA, Theisen AP, Ballif BC, Shaffer LG

r 5, November 2006
Journal of Molecular Diagnostics, Vol. 8, No.
Application of Array-Based Comparative Genomic Hybridization to Clinical
Diagnostics
Bassem A. Bejjani and Lisa G. Shaffer

Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2008. 9:71–86

Clinical Utility of Contemporary Molecular Cytogenetics
Bassem A. Bejjani and Lisa G. Shaffer
 Anomalie cromosomiche
criptiche

Costituzionali
Sindromi da microdelezione,
riarrangiamenti criptici subtelomerici…

Acquisite
Sindrome mielodisplastica 5q-,
cromosoma Philadelphia, t(12;21)( p13;q22),
Sarcoma di Ewing…
Journal of the European Hematology Association, 2008; 93(7) 1001-1008
Fluorescence in situ hybridization improves the detection of 5q31 deletion in
myelodysplastic syndromes without cytogenetic evidence of 5q-
Mar Mallo, et al.
ACC Fish LSI 5q31
637 cariotipo normale 38 positivi (5,96%)
Casistica: n.716 pazienti
79 del 5q 79 del 5q

637 Fish 5q31

cariotipo normale 474 13 (9,2%)

no metafasi 54 11 (20,4%)

cariotipo abn chr5 11 9 (81,8%)

cariotipo abn 98 5 (5,1%)

(…) we consider that it is mandatory apply Fish of 5q31 to detect 5q deletion in cases
with an abnormal karyotype involving chromosome 5 and in cases without metaphases
or that are not evaluable.
 Cromosoma Philadelphia
• Nelle CML l’1% dei pazienti non presentano il cromosoma Ph a
causa di un riarrangiamento criptico.

• RT-PCR e FISH: rilevamento del gene di fusione BCR/ABL e di

eventuali riarrangiamenti Ph varianti.

• Sonde BAC locus specifiche per identificare i punti di rottura e la

sequenzialità degli eventi che hanno portato alla formazione dei
derivatives.

• Scelta terapeutica e monitoraggio della remissione citogenetica

dopo trattamento.
Molecular Cytogenetics 2008, 1:14
FISH mapping of Philadelphia negative BCR/ABLI positive CML
Anna Virgili, et al.
1) Analisi del cariotipo di 9 pazienti +1 linea cellulare: Ph neg
2) PCR positiva per il gene di fusione BCR/ABL1
3) Fish LSI BCR/ABL1 per la localizzazione del gene di fusione:
5 pazienti + linea cellulare in 22q11.2
3 pazienti in 9q34.1
1 paziente in 22p
4) FISH mapping con sonde BAC per determinare la localizzazione dei breakpoints.
Schematic representation of the multiple step rearrangement with
chromosomes 9 in red and 22 in green. Red arrowheads show the breakpoints.
The presence of both 9q34 sequences inserted on der(22) and 22q11.2
sequences inserted on der(9) (black arrows) can be explained by two
consecutive translocations: an initial t(9;22)(q34;q11.2) followed by a second
reciprocal translocation between the two products,
with breakpoints distal to both BCR/ABL1 and ABL1/BCR fusion genes.