PROTENAS

Propiedades cido-base de los aas: los grupos COO- y NH3+ de los aas disueltos en agua se encuentran ionizados.

Son entonces iones dipolares o zwitteriones.

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Ecuacin de Henderson-Haselbach
Describe la curva de titulacin de cualquier cido dbil

Titulacin de un aminocido-0,1 M glicina a 25 C

Punto Isoelctrico- pI
Es el pH caracterstico de cada aminocido en el cual la carga neta es cero. Para los aa que no tienen grupos ionizables en su R, se obtiene como el promedio aritmtico de los valores de pKa. Por ejemplo Glicina: pI= (pK1 + pK2)= (2,34 + 9.6)= 5,97

Punto Isoelctrico- pI
Para los aa que tienen grupos ionizables en su R, primero se debe estudiar su curva de titulacion. Hay que centrarse en la foma no cargada del aminoacido. El pI se obtiene como el promedio aritmtico de los valores de pKa apropiados (a ambos lados de la forma no ionizada).

Por ejemplo, para Glu:

pI= (pK1 + pK2)= (2,19 + 4,25) = 3,22

Punto Isoelctrico- pI
Por ejemplo, para His:

pI= (pK2 + pK3)= (6,0 + 9,17) = 7,59

Punto Isoelctrico- pI
A valores de pH por encima del pI, los aas tienen carga neta y al ser colocados en un campo elctrico se mueven hacia el electrdo positivo (nodo). A valores de pH por debajo de su pI , los aas tienen carga + y se mueven hacia el electrdo negativo (ctodo).

Codigo genetico

Degeneracin del Cdigo gentico Universal

22

23

SelCys (Sec) esta codificado por el codon UGA que normalmente es un codon de terminacion. Existen elementos en el ARNm y en la maquinaria traductora de las celulas que indican que debe continuar la traduccion y que no debe terminar como lo haria normalmente ante un codon UGA. Ejemplos: proteinas con actividad redox como la tioredoxina reductasa y la glutation reductasa de mamiferos.

La pirrolisina (Pyl) fue identificada en una enzima metiltransferasa de una bacteria que genera metano

22 AA que se encuentran en las proteinas

Enlace Peptidico

Nomenclatura
Dos aminocidos - dipptido Tres - tripptido Cuatro - tetrapptido Cinco - pentapptido, etc. Oligopptido o pptido: generalmente menores de 10.000-12.000 Dalton (Da) Polipptido o protena: mayores de 10.00012.000 Dalton
Nota: peso molecular promedio de los aas = 110 Da
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Pentapptido: Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu

Serilgliciltirosilalanilleucina.
Direccionalidad de la cadena peptdica: amino carboxilo

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Parte variable las cadenas laterales R

Esqueleto polipeptidico o cadena principal se repite

Ejemplo: Identifique los aminocidos que componen al siguiente pptido: W-V-E-Y-H-K Cul sera el estado de ionizacin del pptido mostrado arriba a: pH 3 pH 5 pH 7 pH 9,5 pH 11

Esqueleto polipeptidico o cadena principal se repite

El Enlace Peptidico

 Como resultado, el enlace peptidico es relativamente polar

Los seis tomos que forman el enlace peptdico se encuentran en el mismo plano

Forma trans esta favorecida energeticamente

Una helice es una estructura en la cual los residuos rotan y se desplazan de una manera repetitiva a lo largo de un eje

Hlice

Modelo: Escalones de una escalera en espiral. A medida que subimos la escalera, el ascenso entre cada escalon es la traslacion = h. Cada escalon esta rotado por un angulo Angulo de la helice o torcion de la helice =

 Como resultado de su caracter de doble enlace, el enlace peptidico es relativamente polar

# Residuos/vuelta de la helice = 3,6

Pitch de la helice = la distancia que la helice avanza en cada vuelta = 3,6 x 1,5 = 5,4

Interacciones entre grupos R de aas separados por tres residuos en hlice - Asp 100 y Arg103

Hlice de mano izquierda y de mano derecha

Dipolo elctrico de enlace peptdico en hlice

Mioglobina

Hojas plegadas

Cadena extendida h = 3,5

Hojas plegadas

Hojas plegadas

Inmunoglobulinas

Proteina CAP bacteriana

Vueltas Revierten la direccion de la cadena polipeptidica

Estructura de las vueltas -tipos I y II.

Tipo II Gly en posicin 3.

Diagramas de Ramachandran