ALUMNAS:
RUB MEDINA CORTS TANIA PAOLA ORTEGA PARRA LIDIA AGUILAR OROZCO PAULINA ORTIZ MARTNEZ
La metabolizacin es el proceso por el cual el organismo consigue que sustancias activas se transformen en no activas. Este proceso lo realizan en los seres humanos enzimas localizadas en el hgado.
Las reacciones qumicas del metabolismo se organizan estrictamente en vas o rutas metablicas donde un sustrato es transformado en un producto y este a su vez funciona como sustrato para generar otro producto siguiendo una secuencias de reacciones bajo la intervencin de diferentes enzimas
Catabolismo Anabolismo.
CATABOLISMO
Fase destructiva del metabolismo en la cual se obtienen molculas sencillas, que servirn para construir las propias biomolculas, y energa para la realizacin de otras funciones celulares. Son procesos oxidativos en los que los eprocedentes de molculas orgnicas complejas van descendiendo progresivamente de nivel energtico.
TIPOS DE CATABOLISMO
Catabolismo aerbico Catabolismo anaerbico
Si el aceptor de electrones es el oxgeno molecular la ruta o el catabolismo es aerbico y si es otra molcula es catabolismo anaerbico.
CATABOLISMO AERBICO
El catabolismo aerobio est formado por varias rutas metablicas que conducen finalmente a la obtencin de molculas de ATP. Estas molculas de ATP ms tarde sern imprescindibles para dar energa en las rutas anablicas. La energa que no se usa se disipar en forma de calor. CICLO DE KREBS CADENA RESPIRATORIA
CATABOLISMO ANAEROBICO
Cuando el catabolismo o se realiza en condiciones anaerbicas, es decir cuando el ltimo aceptor de hidrgenos o electrones no es el oxgeno, sino una molcula orgnica sencilla, las rutas de degradacin de la glucosa se llaman fermentaciones.
FERMENTACIONES
La fermentacin es un proceso catablico de oxidacin incompleta, que no requiere oxgeno, siendo el producto final un compuesto orgnico. Estos productos finales son los que caracterizan los diversos tipos de fermentaciones.
GLICLISIS
Es la va metablica encargada de oxidar o fermentar la glucosa y as obtener energa para la clula. sta consiste de diez reacciones enzimticas que convierten a la glucosa en dos molculas de piruvato, la cual es capaz de seguir otras vas metablicas y as continuar entregando energa al organismo. Ocurre en el citosol sin necesidad de oxigeno.
CICLO DE KREBS
Forma parte de la respiracin aerobia, es decir, se realiza en presencia de oxgeno y se desarrolla entre los procesos de glicolisis y cadena respiratoria. Su fin es la obtencin de NADH, una molcula con poder reductor, que se utiliza para la produccin de ATP mediante la cadena respiratoria.
CADENA RESPIRATORIA
La energa necesaria para la sntesis del ATP por medio de la fosforilacin oxidativa se obtienen de la oxidacin del FADH+H y del NADH+H.
La cadena respiratoria esta formada por transportadores y protenas que forman los complejos
Es otro punto de entrada de electrones a la cadena y en su transferencia entre el FAD y la coenzima Q no libera energa suficiente para bombear protones. Por esta razon se genera un ATP menos cuando la cadena comienza por el FAD respecto a cuando comienza por en NAD
Cadena respiratoria
Vide
ANABOLISMO
Conjunto de reacciones metablicas mediante las cuales a partir de compuestos sencillos se sintetizan molculas ms complejas. Mediante estas reacciones se crean nuevos enlaces por lo que se requiere un aporte de energa que provendr del ATP.
GLUCONEOGNESIS
Es una ruta metablica anablica que permite la sntesis de glucosa a partir de precursores no glucdicos. Incluye la utilizacin de varios aminocidos, lactato, piruvato, glicerol y cualquiera de los intermediarios del ciclo de los cidos tricarboxlicos.
G L U C O N E O G N E S I S
El catabolismo y el anabolismo son procesos acoplados que hacen al metabolismo en conjunto, puesto que cada uno depende del otro.
La clula realiza todos los procesos con mxima eficacia y utilizando el menor consumo de energa posible. Por ello el metabolismo celular se encuentra regulado de forma precisa y constante. Se puede establecer que el ritmo del metabolismo se controla por las necesidades energticas de la clula, esto es, las clulas oxidan las molculas combustibles a la misma velocidad que requieren energa.
Para entender como son controladas las vas metablicas existen dos conceptos vinculados: Regulacin Control
La regulacin de una enzima en una ruta es cmo incrementa o disminuye su actividad en respuesta a seales o estmulos. El control llevado a cabo por esta enzima viene dado por los efectos que, dichos cambios de su actividad, tienen sobre la velocidad de la ruta.
Existen tres mecanismos por los que se regula el metabolismo en las clulas de organismos superiores.
APLICACIONES CLNICAS
Una enfermedad metablica puede derivar en la incorrecta expresin de una enzima. La determinacin de la actividad de una enzima en los lquidos biolgicos o tejidos constituye un indicador valioso de una determinada enfermedad metablica.
Se definen como aquellas cuya actividad se puede modificar en una forma que afecte la velocidad de una reaccin catalizada por la enzima.
Las enzimas se unen a los reactivos (sustratos) Cada enzima tiene una forma nica con un sitio o centro activo en el que se une al sustrato.
Despus de la reaccin, enzimas y productos se separan.. Las molculas enzimticas no han cambiado despus de participar en la reaccin
Enzimas alostricas
Son aquellos que, adems del centro activo mediante el cual interactan con el sustrato, poseen otro centro de unin llamado centro alostrico interactan mediante con otra el cual
molcula
enzimas
Estimulan la actividad del enzima al unirse al centro alostrico, reciben el nombre de moduladores positivos o activadores.
Inhiben
se
llaman o
moduladores inhibidores.
negativos
Presentan siempre dos formas, una activa y otra inactiva, interconvertibles por efecto del modulador
Inhibe enzima
al la
Una enzima sea estimulada por algn agente que se acumula en el medio. Cuando existe un exceso de sustrato, l mismo promueve activando a su la
utilizacin enzima.
Reversible
Fosforilacin Metilacin Acetilacin ADP- ribosilacin
Irreversible
Activacin proteoltica
Presentan dos formas, una activa y otra inactiva, que son interconvertibles, por modificacin covalente de sus
glucgeno-fosforilasa, que acta en el metabolismo de los glcidos liberando unidades de glucosa-1-fosfato a partir de las cadenas polisacardicas del glucgeno.
covalentemente un grupo fosfato a un resto especfico de serina en cada una de las dos subunidades del enzima modulado.
Otro
enzima
modulador,
la
fosforilasa-fosfatasa,
escinde
hidrolticamente
dichos
grupos
fosfato
desactivando as el enzima .
Lentas
Utilidad se basa para identificar los grupos funcionales esenciales para la catlisis en aquellos enzimas a los que inactivan.
Los venenos naturales son a menudo inhibidores enzimticos que han evolucionado para defender a una planta o animal contra sus depredadores.
Los inhibidores artificiales son usados como medicamentos, pero tambin existen:
Reversible
Competitiva No competitiva Acompetitiva
Irreversible
Esto es debido a que el inhibidor irreversible, acta por lo general modificando irreversiblemente o an destruyendo algunos de los grupos esenciales del centro activo
complejo
Tanto el inhibidor como el sustrato compiten por el mismo sitio y tratan de desplazarse mutuamente de la enzima.
La Vmx para una dada cantidad de enzima no se modifica por el agregado de inhibidor porque agregando una concentracin lo suficientemente grande de sustrato
La unin del sustrato con la enzima no es afectada por la presencia del inhibido.
El inhibidor disminuye el valor de la Vmx sin modificar la Km ya que la unin del sustrato a la enzima no est alterada por la simultnea unin del inhibidor.
El
inhibidor al
se
fija
nicamente
complejo
enzima-substrato
Un organismo debe regular actividades catalticas de las enzimas componentes para coordinar sus numerosos procesos metablicos, responder a los cambios de medio y diferenciarse, en forma ordenada.
La enzima cambia
para encajar con el
sustrato
de
la
estructura
tienen de
dos
formaciones
catlisis
La afinidad de la unin entre una enzima y un sustrato puede variar por la unin de pequeos efectores
La
actividad
enzimtica
puede
ser
COMPARTIMENTALIZACIN ENZIMA
DE
LA
Las enzimas pueden localizarse en diferentes compartimentos celulares, de modo que puedan tener lugar diferentes rutas metablicas de forma independiente.
ACTIVADORES ENZIMTICOS
Son molculas pequeas, estimulan la actividad cataltica de una enzima. Las enzimas pueden ser
activadas por ciertas molculas.
MODIFICACIN POSTRADUCCIONAL DE ENZIMAS Las enzimas pueden sufrir diversas modificaciones postraduccionales como fosforilacin.
La actividad enzimtica se mide por la desaparicin del sustrato o la aparicin de alguno de los productos de la reaccin, siguiendo dichos cambios en el tiempo.
Adems
del
efecto
de
la
concentracin del sustrato en la rapidez de la reaccin enzimtica hay otros factores que afectan la actividad de las enzimas:
A mayor concentracin del sustrato, a una concentracin fija de la enzima se obtiene la velocidad mxima. Despus de que se
en la velocidad de la reaccin.
CONCENTRACIN DE LA ENZIMA
Siempre disponible,
cuando un
haya
sustrato en la
aumento
TEMPERATURA
Hay una temperatura ptima a la que habr una mayor eficiencia enzimtica. Por lo general, entre los 50 a 60C la enzima pierde efectividad y la rapidez de la reaccin disminuye bruscamente.
El calor es un factor que desnaturaliza las protenas por lo tanto si la temperatura se eleva demasiada, la enzima pierde su actividad.
pH
eficiencia enzimtica.
El pH ptimo de la actividad enzimtica es 7, excepto las enzimas del estmago cuyo pH ptimo es cido.
PRESENCIA DE COFACTORES
Muchas enzimas dependen de los cofactores, sean activadores o coenzimas para funcionar adecuadamente. Para las enzimas que tienen cofactores, la concentracin del cofactor debe ser igual o mayor que la concentracin de la enzima para obtener una actividad cataltica
mxima.
Es
una
ruta
reacciones qumicas,
aerbicas.
PASO
1 2 3 4
Acetil CoA + Oxalacetato + H2O Citrato + CoA-SH + H Citrato Isocitrato Isocitrato + NAD cetoglutarato + NADH + CO2 + H cetoglutarato + NADH + CoA-SH Succinil- CoA + NAD + CO2 + H
5 6 7 8
Succinil- CoA + GDP + Pi Succinato + GTP + CoA-SH Succinato + FAD Fumarato + FADH2 Fumarato + H2O L- malato L- malato + NAD Oxalacetato + NADH + H
El complejo de piruvato deshidrogenasa (PDH) que sintetiza el acetil-CoA necesario para la primera reaccin del ciclo a partir de piruvato, procedente de la gluclisis o del catabolismo de aminocidos. Es activado por ADP, el cual abunda
Muchas de las enzimas del ciclo de Krebs son reguladas por retroalimentacin
La citrato sintasa es una enzima alostrica inhibida por ATP, NADH y succinil-CoA y su propio producto, el
citrato.
Este es el segundo sitio de regulacin. En este caso el ADP y NAD son activadores alostricos de la enzima.
SNTESIS:
carboxilasa.
DEGRADACIN:
Regulado alostricamente:
Modulador positivo:
Citrato, que favorece la conformacin ms activa
est favorecida bloquea la sntesis de cidos grasos y si lo es la fosfatasa activa el enzima. La insulina favorece la fosfatasa y el glucagn la quinasa.
La
enzima se
puede puede
variar inducir
su su
concentracin, sntesis.
Al degradar cidos grasos se obtiene acetilCoA que puede ir al C.A.C. si hace falta energa, pero hace falta OAA. Si faltan
La
regulacin
gentica
comprende
todos aquellos procesos que afectan la accin de un gen a nivel de traduccin o transcripcin, regulando sus productos funcionales
Gran parte de la regulacin gnica es realizada por protenas que se unen a DNA y afectan su expresin.
La regulacin implica interacciones entre el ambiente qumico de la clula y ciertas protenas codificadas por genes reguladores. Los genes reguladores son aquellos genes encargados de controlar la velocidad de sntesis de los productos de uno o de varios genes o rutas biocinticas
La
regulacin
de
la
expresin
procesamiento
producto
traduccin
Positivo: El control positivo es cuando el producto del gen regulador activa la expresin de los genes, acta como un activador.
Negativo: El control negativo es cuando el producto del gen regulador reprime o impide la expresin de los genes, acta como un represor.
REGULACIN EN PROCARIOTAS
Genoma: Es la totalidad de la informacin gentica que posee un organismo o una especie en particular.
Operon Es la unidad del cromosoma bacteriano formado por los siguientes componentes:
Entre los organismos procariotas como las bacterias cuyo genoma es muy pequeo los genes se organizan en forma de operones como se describi en la historia de la gentica. Es decir que varios genes involucrados en la misma ruta metablica se transcriben juntos y son controlados por el mismo promotor y la regulacin del mismo.
REGULACIN EN EUCARIOTAS
En este caso el ADN posee muchas secuencias regulatorias o elementos de respuesta o secuencias internas de un promotor, algunas dentro del mismo promotor de un gen que son reconocidas por los factores de transcripcin y por protenas reguladoras aumentando la tasa de transcripcin.
informacin gentica
(transcripcin), posibilita la formacin cuyas de protenas, van a
funciones
La regulacin gentica comprende todos aquellos procesos que afectan la accin de un gen a nivel de traduccin o transcripcin, regulando sus productos funcionales. La regulacin de la expresin gnica se refiere al control de la cantidad y el momento de aparicin de los productos funcionales de un gen.
Gran parte de la regulacin gnica es realizada por protenas que se unen a DNA y afectan su expresin. Los dominios ms importantes de unin a DNA son: Hlice-giro hlice Dedos de zinc Cremallera de leucina
Hlice-giro hlice
est formado por dos segmentos peptidicos en -hlice, de estructura rgida, separados por una secuencia de aminocidos, flexibles, que permite que las 2 hlices se aproximen entre s. Una de la a-hlices se encaja en el surco mayor de DNA, de forma que los residuos aminocidos de un lado de la hlice interaccionan mediante puentes de hidrogeno con las bases nitrogenadas expuestas en ese surco.
Dedos de zinc
Los dedos de Zinc coordinan iones de Zinc con una combinacin de residuos de cistena e histidin a.
Cremallera de leucina
forma una hlice anfiptica en la que las leucinas de la cremallera de una de las protenas pueden sobresalir de la -hlice y trabarse o engranarse con las leucinas de la cremallera de otra protena que se encuentra situada de manera paralela para formar un dominio de bobina en espiral (coiled-coil).
REPRESIN
Mediante la represin se controla la formacin de cierto numero de enzimas biosintticas de importancia capital. Es decir, las enzimas que catalizan la sntesis de un producto especfico no se sintetizan si este producto est presente en el medio. Por ejemplo: Enzimas que participan en la formacin de aminocidos arginina slo se sintetiza cuando no hay arginina en el medio de cultivo.
Una molcula pequea, frecuentemente el producto final de una ruta biosinttica, el cual se le denomina correpresor, inhibe la formacin de una enzima represible que intervine en las etapas iniciales de la biosntesis del correpresor.
Muchos genes bacterianos con funciones relacionadas se encuentran agrupados y estn bajo el control de un nico promotor. Esta estructura se denomina opern.
Un opern tpico incluye varios genes estructurales y una regin reguladora formada por el promotor y el operador Los genes estructurales se transcriben a un mRNA policistrnico ( codifican ms de una protena.) que se traduce para producir las protenas correspondientes.
Por ejemplo.
Slo se forma triptfano sintetasa de E. coli cuando las clulas se desarrollan en un medio libre de triptfano.
La adicin de triptfano, que tiene carcter de correpresor, reprime completamente la formacin de sintetasa.
El
opern
triptfano
controla
biosntesis
la
de triptfano
es
un
opern reprimible.
Nivel bajo de triptfano.- la protena represor no puede unirse al operador y se permite la transcripcin.
Nivel alto de triptfano - el triptfano se une al represor provocando un cambio en su estructura y permitiendo la unin al operador. Transcripcin reprimida.
INDUCCIN
Se refiere tambin a la activacin de la trascripcin de un gen como consecuencia de un inductor que interacta con una protena reguladora.
Esto se lleva a cabo por la adicin del sustrato de la enzima al medio en que la clula se desarrolla. El sustrato se denomina inductor, y la enzima cuya sntesis se estimula en forma notable, enzima inducible.
Comparacin Represin-Induccin
Predomina en las secuencias anablicas que intervienen en la sntesis de los aminocidos y de los nucletidos.
Represin
Induccin
Un poco de historia...
En 1961, J. Monod y F. Jacob, de Francia, propusieron un mecanismo ingenioso para explicar la induccin y la represin. En 1965, se les otorg el premio Nobel de medicina por este trabajo, y por otras contribuciones importantes en el campo de la Bioqumica.
Regresando a la Represin...
Para comprender el mecanismo de la represin , se examinar la regulacin de la -galactosidasa de E. coli, la cual se ha caracterizado perfectamente por medio de estudios intensivos.
H2O
E. coli utiliza indirectamente la lactosa. Primero, debe inducirse una galactsido permeasa que haga posible el paso de la lactosa al interior de la clula; despus tambin deber inducirse una galactosidasa que hidrolice el disacrido hasta galactosa y glucosa. Asimismo se induce la formacin de una tercera enzima (tiogalactsido transacetilasa), cuya funcin an se ignora.
El sitio del DNA de E. coli en que se encuentra la clave para las enzimas que permiten la utilizacin de la lactosa se denomina lactosa opern. Este opern consta de 4 componentes principales:
El opern lactosa controla la expresin de genes responsable s del metabolism o de la lactosa. Es un opern inducible.
S hay lactosa en el medio la lactosa se une al represor e induce un cambio conformacion al que le impide unirse al operador. Se transcriben los genes estructurales
Se cree que el inductor modifica la conformacin de la protena represora, de manera que el enlace no ocurre en el sitio del operador. En este caso la lactosa o sus derivados, actan como inductores.
Hay protenas de unin a DNA que modican la actividad transcripcional. No hay operones. Existencia de intrones (procesamientos alternativos), Un intrn es un fragmento de ADN que est presente en un gen pero que no codifica ningn fragmento de la protena. Separacin espacial entre transcripcin y traduccin La estructura de la cromatina afecta a la expresin Gnica. Son ms comunes los activadores que los represores. Las modicaciones post-traduccionales son frecuentes.
Para que ocurra la transcripcin, la estructura de la cromatina debe modicarse para que el DNA se vuelva ms accesible a los factores de transcripcin, los activadores y la RNA polimerasa.
Modicacin de histonas
Las histonas puede modificarse por fosforilacin, acetilacin, metilacin,ubiquitinaci n y sumoilacin las que pueden ocurrir en mltiples residuos como Lys, Ser o Arg. Estos residuos se encuentran en el amino terminal de las histonas, el que interacciona directamente con el DNA.
Las modificaciones en las histonas son efectuadas por familias de enzimas que generalmente se asocian a complejos activadores o represores de la transcripcin.
La familia de acetil tranferasas de histonas pueden acetilar residuos de Lys en las histonas H2A, H2B, H3 y H4, y disminuyen as la interaccin histonaDNA. Esto permite una movilizacin y reordenamiento del nucleosoma lo que facilita el acceso de la maquinaria de la transcripcin al DNA templado y la activacin de la expresin de un gen.
Acetilacin de histonas
Es llevada a cabo por una familia muy amplia de protenas denominadas histona acetil transferasas (HATs). La acetilacin en zonas reguladoras o promotoras de la transcripcin, permiten la prdida del empaquetamiento sobre el DNA y favorece la transcripcin de un gen.
Fosforilacin de histonas...
Es una modificacin que involucra mltiples procesos celulares. La enzima H1 es fosforilada en Ser, H2B y H4 en Ser 1acetilada del amino terminal de cada subunidad. Por otro lad0 se ha encontrado que la fosforilacin de la histona H3 en Ser 10 es importante en la activacin transcripcional.
Ubiquitinacin de histonas...
La Ub se une al grupo -amino de residuos de Lys en la protena. Esta reaccin puede ser por una poliubiquitina, donde se ensamblan cadenas polimricas de Ub-Ub, se asocia a la destruccin va proteosoma de la protena. En las histonas la Ub es encontrada principalmente en las subunidades H2A y H2B.
Sumoilacin de histonas...
En mamferos son 3 miembros de la familia de protenas SUMO: SUMO1, SUMO2 y SUMO3. Estas protenas son unidas covalentemente por un mecanismo similar al de la ubiquitinacin, donde existe una cascada de enzimas (E1-E2-E3). La protena SUMO se une se une -amino de residuos de Lys en la protena.
Metilacin de histonas...
Es uno de los mecanismos de regulacin que presenta diversas funciones asociadas a la activacin o a la represin de un gen. Las enzimas que catalizan esta reaccin son las histona metil transferasas (HMTs) que metilan residuos de Lys y Arg; la metilacin aumenta la afinidad de residuos bsicos por el DNA
Remodelacin de la cromatina
El trmino remodelacin de la cromatina, generalmente se refiere a cambios en la interaccin histona-DNA en el nucleosoma realizada por ciertos factores que ayudan a compactar o descompactar la cromatina, dichos factores catalizan la movilizacin y reordenamiento del nucleosoma dejando libre el templado, lo que facilita el acceso de la transcripcin.
Metilacin de DNA
La metilacin del ADN es un proceso epigentico(mecanismos de regulacin gentica que no implican cambios en la secuencias de ADN), que participa en la regulacin de la expresin gnica de dos maneras, directamente al impedir la unin de factores de transcripcin, e indirectamente propiciando la estructura "cerrada" de la cromatina.
El ADN presenta regiones de 1000-1500 pb ricas en dinucletidos CpG ("islas CpG"), que son reconocidas por las enzimas ADNmetiltransferasas, las cuales, durante la replicacin del ADN metilan el carbono 5 de las citosinas de la cadena recin sintetizada, mantenindose as la memoria del estado metilado en la molcula hija de ADN.