Mochammad Hatta, PhD, SpMK (K) Bagian Mikrobiologi, Fakultas Kedokteran, Universitas Hasanuddin, Makassar
Konsep dasar mikrobiologi untuk memecahkan masalah : Problem awal mula kehidupan (the origin of life) Pembusukan material organik yang mati (putrefaction of dead materials) Perubahan-perubahan yang dapat menular pada tubuh manusia dan hewan yang hidup (communicable change in the bodies of live men and animals).
Invisible Creatures (makhluk tak terlihat) di rekam oleh Varro pada abad II B.C. (Sebelum Masehi) -dikenali oleh penulis-penulis bangsa Yunani, bangsa Romawi dan bangsa Arab. Roger Bacon, di abad XIII seribu tahun kemudian mempostulasikan Invisible Creatures sebagai penyebab penyakit Fracastorius (venesia), di tahun 1546, menulis berdasarkan pengetahuan tentang syphilis bahwa Communicable Disease (penyakit menular) ditransmisikan oleh Living germs (benih atau bibit hidup) seminaria morbid melalui kontak langsung dikenal sebagai The germ theory of disease
Teleskop diciptakan oleh Galileo di tahun 1608, disusul oleh mikroskop di abad yang sama Anton van Leeuwenhoek (1632 1723) Delf, Holland. Penemu mikroskop -- melukiskan/ menguraikan banyak animalcules (microscopic animals) termasuk tiga bentuk utama dari bakteri (bacillus, coccus, spiral), berbagai kehidupan bebas dan protozoa parasitik dari feses manusia dan hewan, jamur, dan menemukan protozoa
Microscopic section through one-year-old ash tree (Fraxinus) wood, drawing made by Van Leeuwenhoek
Robert Hooke, 1678 , UK, yang membuat mikroskop berlensa majemuk, mengkonfirmasikan penemuan Leeuwenhoek tersebut. kemudian, mikroba kadang- kadang dipelajari oleh orang-orang yang terutama tertarik dalam pengklasifikasian berbagai bentuk kehidupan yang dapat diobservasi dengan mikroskop. Mikroskop-mikroskop yang baik, pada umumnya baru tersedia di tahun 1800-an sebagai konsekuensi revolusi industrial yang memungkinkan kemajuan- kemajuan teknologi yang cepat
Kontroversi (perdebatan) mengenai kemampuan manusia untuk menciptakan kehidupan bersumber dari mitologi (mythology, ilmu cerita purbakala) bangsa Yunani. Aristotle (384 322 BC) berpendapat bahwa hewan dapat berasal dari tanah Samson, dan kemudian Virgil, kira-kira di tahun 40 BC, menguraikan resep untuk membuat lebah dari madu. Selama berabad-abad terdapat kepercayaan bahwa ulat-ulat dapat dibuat dengan jalan memaparkan daging ke suasana hanya di dalam udara. Hal ini tidak mendapat sanggahan untuk sekian lamanya
Tahun 1813 dibuktikan jamur tertentu dapat menyebabkan penyakit pada gandum Berkeley (1845) penyakit kentang di Irlandia membawa malapetaka 1836, Agustino Bassi de Lodi, jamur mempengaruhi penyakit khusus serangga. Penyakit ulat sutera disebabkan oleh jamur Beauveria bassiana Sconlein memaparkan penyakit kulit manusia akibat infeksi jamur
Frencesca Redi (1626 1697) membuktikan bahwa gauze (rem kawat) yang diletakkan di atas sebuah stoples (jar), yang mengandung daging, mencegah pembentukan ulat- ulat (maggots) dari daging tersebut Redi juga mengamati bahwa lalat, yang tertarik oleh bau daging melalui rem kawat tersebut, bukan dari daging Dengan percobaan Redi ini, maka kepercayaan terhadap teori/konsep generatio spontances/ abiogenesis tersebut sudah memudar Namun hal ini bangkit kembali ketika mikroba ditemukan dalam keterkaitannya dengan pembusukan (putrefaction) dan fermentasi
Francesco Redi (1626 1697) was an Italian physician, naturalist, and poet. He was the first scientists to challenge the theory of spontaneous generation by demonstrating that maggots come from eggs of flies. He was also the first to recognise and correctly describe details of many important parasites, and for this reason, as many historians and scientists claim, he may rightly be called the father of modern parasitology, and also regarded as the founder of experimental biology
John Needham (salah seorang propenent atau penganut teori generatio spontanea) di tahun 1749, mengamati timbulnya mikroorganisme pada daging yang membusuk dan menginterpretasikannya sebagai generatio spontanea atau abiogenesis Spallanzani (salah seorang penantang teori generatio spontanea) memasak kaldu daging selama 1 jam, menutup mulut kontainer kaldu daging tersebut, dan mengamati tidak adanya pembentukan mikroba pada kaldu daging tersebut
John Needham, dan 100 tahun kemudian, Pouchet (1859) menyangga hasil percobaan Spallanzani tersebut dengan alasan udara berlebihan adalah dibutuhkan untuk generatio spontanea dari makhluk hidup mikroskopik
John Needham English microscopist who performed experiments on spontaneous generation in mutton broth and hay infusions. To see if organisms came from outside or were generated in the fluid, he heated flasks of broth and corked them tightly. After a short time, he again found microorganisms. This result was, however, an indication that he had not boiled his solutions for long enough, rather than a proof of spontaneous generation. Spallanzani refuted Needham's results in more careful experiments.
Lazzaro Spallanzani, also an Italian scientist, reviewed both Redi's and Needham's data and experimental design and concluded that perhaps Needham's heating of the bottle did not kill everything inside
Spallanzani membuka jalan untuk penelitian oleh Louis Pasteur, yang mengalahkan teori generasi spontan hampir satu abad kemudian.
Franz Schulze (1815 1873) dan Theodor Schwan (1810 1882): dengan menggunakan satu set alat percobaan, Franz melewatkan udara melalui larutan asam kuat dan kemudian di dalam air kaldu daging steril (sesudah dimasak selama 1 jam), sedang Theodor melewatkan udara melalui tube panas dan melihat tak ada pertumbuhan. Kalau udara tidak diperlakukan seperti tersebut di atas, maka terjadi nampak adanya pertumbuhan dalam kaldu daging tersebut. Kedua mereka ini berkesimpulan bahwa mikroorganisme berada di udara dan bukan berasal dari kaldu daging tersebut.
Akan tetapi, proponen (extremist) teori generatio spontanea masih belum puas, dan mereka yakin bahwa asam kuat dan flaming tersebut telah merubah udara sehingga menghambat tumbuhnya mikroorganisme.
von Dusch & Schroeder (1850) melakukan percobaan untuk membuktikan bahwa mikroorganisme terdapat di udara dengan jalan melewatkan udara melalui saringan kapas dan kemudian masuk ke dalam kaldu daging yang steril (telah dimasak sebelumnya). Hasil percobaan menunjukkan tidak ada pertumbuhan dalam kaldu daging tersebut. mereka berkesimpulan bahwa mikroorganisme berada di udara dan kapas itu menahannya masuk ke dalam kaldu daging itu.
Louis Pasteur sanggup menyaring mikroorganisme dari udara dan berkesimpulan bahwa inilah sumber konstaminasi. Dia menggambarkan suatu teknik aseptik, dengan menggunakan panas (heat), agar dapat mentransfer dan mengerjakan mikrobanya, dan pada akhirnya, Tahun 1859, di dalam perdebatan umum dengan Peuchet, dia memasak kaldu daging di dalam beberapa flask dengan tube panjang dan sempit yang berbentuk leher angsa, yang terbuka terhadap udara. Udara dapat liwat secara bebas tanpa dihalanghalangi, tetapi mikroorganisme mengendap pada bagian tube yang berbentuk leher angsa, dan tidak ada pertumbuhan terjadi di dalam flask-flask tersebut.
Dengan percobaan Pasteur ini berakhirlah sudah teori generatio spontanea atau abiogenesis.
John Tyndall (1820 1893) seorang ahli fisika bangsa Inggris membuktikan bahwa partikelpartikel debulah yang membawa bibit/ benih (germs) tersebut.
Tyndall juga menemukan bahwa spora bakteri dapat dibunuh dengan cara pemanasan berturut-turut dengan interval waktu tertentu, suatu proses yang sekarang dikenal sebagai tyndallization.
1. Tabung pengenalan debu 2. Tabung melingkar terbuka ke udara 3. Cahaya untuk mengamati debu 4. Broth steril
a. Observasi empiris Dasar yang kuat bagi sifat kausal daripada penyakit infeksius baru bisa ditentukan pada akhir pertengahan abad XIX. Salah satu dari bukti-bukti pertama datang dari Agostino Bassi, yang di awal tahun 1800-an, membuktikan bahwa suatu fungus atau jamur (yang kemudian dinamai Batrytis bassiana) menyebabkan penyakit ulat sutra (silkworm) yang disebut muserdine di Prancis dan mal segno di Italia
Di tahun 1840-an, Oliver Wendell Holmes (dokter penyakit bangsa Amerika) menulis tentang The Contagiousness of Puerpural Fever, dimana dia menyarankan bahwa penyakit itu disebabkan oleh benih atau bibit (germs) yang di bawah dari suatu ibu yang baru ke ibu yang lain Di tahun 1861, Ignaz Senmelweis, yang secara drastis menurunkan jumlah kematian persalinan dengan teknikteknik dan praktek antiseptik, mempublikasikan tulisan yang sangat penting, yaitu The Cause, Concept and Prophylaxis of Childbed Fever. Akan tetapi, pentingnya antiseptika dalam mengurangi penyakit menular belum disadari benar hingga akhir tahun 1870-an, ketikan Joseph Lister mendemonstrasikan nilai penyemprotan kamar-kamar operasi dengan larutan fenol
b. Pelajaran Yang Didapat dari Fermentasi Pengungkapan lebih lanjut terhadap aktivitas mikroba adalah melalui pekerjaan/kegiatan Louis Pasteur dari tahun 1850-an sampai 1880-an. Di dalam studi mengenai penyakit anggur, Pasteur mendemonstrasikan bahwa fermentasi alkoholik daripada anggur, buah-buahan dan biji-bijian adalah disebabkan oleh mikroba, yang kemudian disebut ferment.
Dalam kelompok atau partai anggur yang baik maka jenis-jenis ferment yang jelek dari perahan air buah segar dengan jalan memanaskan pada suhu 63C 1 jam, kemudian didinginkan dan diinokluasi kembali dengan biakan dari yang baik.
Kesuksesan Pasteur dalam mengatasi problem industri anggur menyebabkan pemerintah Prancis. Pasteur menggeluti problem ini selama beberapa tahun sebelum dua dapat mengisolasi organisme kausatif dan menunjukkan bahwa para petani dapat mengeliminasi/mengatasi problem ini dengan jalan menggunakan breeding stock yang sehat dan tidak terinfeksi.
Di tahun 1850, Rayer dan Davaine mengamati mikroorganisme yang berbentuk batang (bacillus) pada daerah hewan-hewan yang mati karena penyakit anthrax. Rayer mengulangi kembali eksperimen-eksperimen di tahun 1825 oleh Barthelemy yang telah menunjukkan bahwa anthrax dapat ditransmisikan dengan inokulasi berseri pada domba-domba, Pada tahun 1863 Davaine mentransmisikan hasil-hasil anthrax tetapi penyakit anthrax tidak terjadi dengan darah normal.
Di tahun 1872, Obermeir menemukan hubungan spirillum dengan relapsing fever dan mendemonstrasikan untuk pertama kalinya adanya mikroorganisme patogenik di dalam darah manusia.
d. Teknik Biakan Murni Teknik kultur yang pertama dikembangkan oleh Joseph Lister di tahun 1878. Lister menggunakan semprit untuk membuat pengenceran-pengenceran serial di dalam medium cair guna memperoleh kultur-kultur murni daripada tipe organisme yang simpel yang dia namakan Bacterium (Lactobacillus) Lactis. Sementara itu,
Koch, seorang mahasiswa dari Henle yang berpegang teguh pada pembuktian bahwa organisme menyebabkan penyakit, juga mengembangkan dan menyempurnakan teknik- teknik untuk pengasingan kultur murni. Dari hasil pekerjaan orang-orang lain, teristimewa Ehrlich, Koch menggunakan substansi cair yang steril dari mata hewan-hewan sebagai medium pertumbuhan. Karena medium ini banyak kendalanya, maka Koch beralih di pengembangan medium ini banyak kendalanya, maka Koch beralih ke pengembangan medium pertumbuhan yang padat yang transparan, dengan jalan mencampurkan gelatin dengan larutan Pepton Loffler. Campuran gelatin tersebut mencair pada pemanasan, dapat disterilisasi panas dan tuang ke dalam plate (misalnya lempeng petri), dan terhadap pendinginan, medium memadat (menjadi padat).
Mikroorganisme yang ditanam pada permukaannya bertumbuh menjadi kolonikoloni makroskopik dimana mereka itu dideposit sebagai hasil pertumbuhan dari sel tunggal yang tak terlihat (single invisible cell) karena medium gelatin ini mencair relatif pada suhu rendah (26C), maka Koch kemudian beralih ke agar yang memadat pada suhu di bawah 43C
1. Organisme harus selalu ditemukan di tubuh hewan yang sakit tetapi tidak di dalam tubuh hewan yang sehat. 2. Organisme tersebut harus dapat diisolasi dari hewan yang sakit itu dan ditumbuhkan dalam biakan murni. 3. Organisme yang diasingkan dalam biakan murni itu harus bisa menimbulkan penyakit bila diinokulasi kan kembali ke dalam hewan- hewan yang susceptible. 4. Organisme tersebut hendaknya bisa diisolasi lagi dari hewan-hewan yang dinfeksi secara eksperimental.
Postulat Koch itu memberikan dorongan dan jalan untuk pembuktian The germ theory of
disease.
Struktur Bakteri
FLAGELLA
FIMBRIAE CAPSULE CELL WALL PLASMA MEMBRANE CYTOPLASMA NUCLEAR BODY CONTAINING DNA
Mochammad Hatta@2013
CYTOPLASMA
NUMEROUS SMALL GRANULES CALLED RIBOSOMES DIAMETER OF RIBOSOMES IS 10 - 30 uM SOME BACTERIA CONTAINING INCLUSION GRANULES CELL METABOLISM FUNCTIONS ---- NUTRIENT RESERVE ---UNDER CONDITIONS OF ENERGY-SOURCE STARVATION
CELL WALL
10 - 25 uM THICK --- 1 um DIAMETER --- < 10.000 MOLECULAR WEIGHT LYSIS BACTERIA --- LETHAL DISINTEGRATION & DISSOLUTION PLAYS AN IMPORTANT PART IN BACTERIAL DIVISION BASAL COMPONENTS ; MUCOPEPTIDE, TEICHOIC ACID, LPS (ENDOTOXIN)
Mochammad Hatta@2013
FLAGELLA
ACT AS ORGAN LOCOMOTION (MOTILITY) 0.02 uM THICK --- 1- 20 FLAGELLA/ BACTERIA -- PERITRICHOUS, LATERAL, POLAR FLAGELLINE ANTIGEN (SALMONELLA TYPHI) -- Vi ANTIGEN
FIMBRIAE
CERTAIN GRAM NEGATIIVE BACILLI --- ENTEROBCTERIACEAE FUNCTION AS ORGANS OF ADHESION
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
GROWTH OF BACTERIA
STATIONER PHASE
TOTAL BACTERIA
LOG OF COUNT
DECLINE PHASE
LOG PHASE
VIABLE BACTERIA
LAG PHASE
TIME
Mochammad Hatta@2013
BIOLOGICAL CLASSIFICATION
CLASS SCHIZOMYCETES : 1. ORDER PSEUDOMONADALES : FAMILY PSEUDOMONADACEAE --- GENERA PSEUDOMONAS -- SPECIES P.AERUGINOSA 2. ORDER EUBACTERIALES : FAMILY ENTEROBACTERIACEAE --- GENERA SALMONELLA -- SPECIES S. TYPHII
CLASS MICROTATOBIOTES 1. ORDER RICKETTSIALES : FAMILY RICKETTSIALES --- GENERA RICKETTSIA -- SPECIES R. PROWAZEKII 2. ORDER VIRALES
Mochammad Hatta@2013
THE CARBON SOURCE FOR GROWTH -- CHEMO-SYNTHETIC AUTOTROPS OR PHOTOSYNTHETIC AUTOTROPS THE NITROGEN SOURCE OF GROWTH -- AMINO ACIDS AND NUCLEOTIDES THE REQUIREMENTS FOR GROWTH FACTORS
--
Mochammad Hatta@2013
ESCHERICHIA COLI CAN GROW ON A SIMPLE SYNTHETIC MEDIUM WHICH CONTAINS ONLY GLUCOSE ( CARBON AND
THE PHYSICAL CONDITIONS REQUIRED FOR GROWTH THE INFLUENCE OF OXYGEN AND REDOX POTENTIAL
Mochammad Hatta@2013
THE INFLUENCE OF TEMPERATURE 1. ON GROWTH --- THESE, AND MANY SAPROPHYTES OF SOIL AND WATER , WHICH GROW BEST AT BETWEEN 25 o AND 40 o CELCIUS. 2. ON VIABILITY --- THE THERMAL DEATH POINT OF A PARTICULAR ORGANISM MAY BE DEFINED AS THE LOWEST TEMPERATURE THAT KILL IT UNDER STANDARD CONDITIONS, WITHIN A GIVEN TIME, e.g. TEN MINUTES. ( e.g. ABOUT 105 o C . FOR CL. TETANI AND 115 o C. FOR CL. BOTULINUM )
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
ORGANISM REQUIRING
STAPH. AUREUS
L. ARABINOSUS L. CASEI CL. WELCHII
PANTHOTHENIC ACID
P AMINOBENZOIC ACID FOLIC ACID BIOTIN VITAMIN B 12
BRUCELLA ABORTUS
CL. ACETOBULYTICUM CL. TETANI CL. TETANI L. LACTIS
Mochammad Hatta@2013
NADH
asam piruvat 2. Fermentasi beralkohol (khamir)
NAD
asam laktat NADH NAD etil alkohol
Asam piruvat 3.
asetildehide CO2
Fermentasi asam campuran (E.coli dan beberapa bakteri saluran pencernaan yang lain NADH Asam piruvat CO2 NAD Asam laktat
Asetil oksalat
NADH NAD Asam suksinat
CO
Asam asetat
H2 +
Pseudomonas) Fermentasi ini menghasilkan sejumlah kecil produk akhir yang sama dengan fermentasi campuran asam, tetapi sebagai tambahan, sebagian besar asam piruvat diubah menjadi 2,3-glikol butilen seperti terlihat di bawah.
2CH2COCOOH Asam piruvat CH 2COHCOOH + CO2 C O CH3 Asam asetolaktat NAD CH3CHOHCHOHCH3 2,3-Glikol butilen NADH Asetoin CO 2
CH3CHOHCOCH3
Mochammad Hatta@2013
Veillonella
3-Asam piruvat 2-Asam oksaloasetat 2CO2 (terikat enzim) 2- Asam suksinat 2-Propionil-CoA
CoA 2-
Suksinil-CoA
2-Asam propionat
6.
(Clostridium)
NADH
NAD Aseton alkohol NADH NAD Isopropil alkohol 2-Krotonil-CoA NADH NAD 2-Butiril-CoA
Mochammad Hatta@2013
KELOMPOK
Kemoheterotrof
SUMBER ENERGI
Oksidasi senyawa organik
SUMBER KARBON
Organik
Kemoautotrof
CO2
Fotoheterotrof
Organik
Fotoautotrof
Cahaya
Mochammad Hatta@2013
CO2
Transport elektron dan fosforilasi oksidatif berdasarkan model kemiosmosis Mitchell. H+ Membran bakteri NADH dehidrogenase H NADH +
H+
CoQ e CoQ-H CoQ-H2 O2 + H+ sit a a3 H+ H+
H H
CoQ-H
FeS sit c e
Saluran protein
2H+
H2O
ATPase
ATP
ADP e H+ +1/2O2 ATP Cahaya Fotosistem II
Klorofil Fotosistem I
Cahaya
Mochammad Hatta@2013
Klorofil
Pembentukan ATP dan NADH ole Nitrosomonas yang autotrof 2NH4+ + 3O2 ATP 2e + Cyt a1 Flavoprotein 2NO2 ADP Cit C
-
ATP
Cyt a3 ADP NADP + H+
ADP
ATP H2O
Mochammad Hatta@2013
NADPH
Dihidroksiaseton fosfat
Gliserildehide 3-fosfat (tiga karbon) 2NAD penerima H terkahir 2NADH (2) 1,3-Asam difosfogliserin 2 ADP 2 ATP (2) 3-Asam fosfogliserin
(2) 2-Asam fosfogliserin H2O (2) Asam fosfoenolpiruvat 2 ADP 2 ATP (2) Asam piruvat
Mochammad Hatta@2013
Produk akhir
Ikatan Peptida mengkaitkan asam amino menjadi satu untuk membentuk protein besar CH3CHCOOH + CH2 CH COOH
NH2 Alanin
OH
NH2 serin
CH3CHCOOH + H2O
NH
C O
ikatan peptida
CH
NH2
CH2
CH
OOC4H7
OOC4H7 + 3H2O lipase
CH2 OOC4H7 tributrin CH2OH CHOH + 3CH3(CH2) 2COOH CH2OH asam butirat
Gliserol yang dibebeskan kemudian dapat dimetabolisme melalui jalur Embden- Meyerhof, dan asam lemaknya dapat diuraiakan memlaui asetat pada daur asam citrat.
Mochammad Hatta@2013
+ 4CO2
Mochammad Hatta@2013
CH3 C
CoA S
CH3 C O
COOH C O CH2 COOH Asam oksaloasetat akonitat NADH NAD COOH HCOH CH2 COOH Asam malat
HO
Asam Malat
Asam isositrat
NAD ADP ATP CO2 COOH CoA CH 2 CH2 NADH NAD C COOH 0
NADH
COOH CH2
COOH CH
FADH2 FAD
COOH CH2
GTP GDP
CH
COOH Asam fumarat Asam -keto-
CH2
COOH
CoA
CH2
CO2
CO SCoA Suksinil-CoA
Asam suksinat
glutamat
Mochammad Hatta@2013
MICROBIAL VIRULENCE
LOSS OF VIRULENCE : WHEN KEPT IN ARTIFICIAL MEDIUM --- MEASUREMENT OF VIRULENCE CONSISTS OF TESTING FOR ABILITY TO INFECT, WITH OBSERVABLE CONSEQUENCES, NORMAL ANIMALS SUCH AS A STANDARD STRAIN MICE
Mochammad Hatta@2013
Untuk mengetahui strain toxigenik (menghasilkan toksin) dan non-toxigenik (tidak menghasilkan toksin). Tes ELEK (invitro) : - Kertas saring direndam antitoksin dalam agar --- Diatas ditanam basil difteri inkubasi 24 jam. - Hasil : (+) hasilkan toksin : tampak garis presipitasi. (-) tidak hasilkan toksin : tidak ada garis presipitasi.
Mochammad Hatta@2013
Marmot
Mati
4 hari
Kesimpulan : Basil difteri penderita mengandung toksin
Mochammad Hatta@2013
Biakan
18 jam
Jaringan dalam medium RPMI 1640 + HBSS + PBS
* jaringan mati :
basil menghasilkan toksin * jaringan hidup : Basil tidak menghasil
( Complete medium)
kan toksin
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013
Mochammad Hatta@2013