Curso: Biología Celular y Molecular

Oscar Nolasco Cárdenas MSc.

oscarnol@hotmail.com
Noviembre 2008
EL DOGMA CENTRAL DE LA
BIOLOGIA MOLECULAR

ADN CCTGAGCCAACTATTGATGAA

transcripción

ARN CCUGAGCCAACUAUUGAUGAA
traducción

Proteína PEPTIDE
 ARN -historia
• - 1800s mitos sobre el origen
de la vida. Generación
espontánea.
• 1824 Luis Pasteur pone fin a la
hipótesis de generación
espontánea.
• 1924 Alexander Oparin
propuso que las formas de vida
tienen moléculas simples
orgánicas presentes en la
atmosfera de la tierra.1929
Haldane complemento la idea
• 1953 Stanley Miller realizo el
experimento con “atmosfera
primitiva” o de Miller-Urey. Otro
importante descubrimiento
también se publicaba sobre la
estructura del ADN
 ARN -historia
• 1954 Severo Ochoa
descubrió la
polinucleótido
fosforilasa, capaz de
sintetizar in vitro RNA a
partir de
ribonucleotidotrifosfatos:
RNA polimerasa.

Ese mismo año George

Gamow funda el “RNA
tie club”Se reunían 2
veces al año para
discutir sobre la
estructura del RNA y
como esta contribuye a
la formación de
Reunión del “RNA tie club”, Cambridge,
proteínas Inglaterra. Francis Crick (fondo, izquierda), Leslie
Orgel (fondo, derecha), Alexander Rich (frente,
izquierda), y James Watson (frente,
derecha).1955
 ARN -historia
• Marshall Nirenberg y Heinrich Matthaei.
1955 F Crick propuso su "Adapter
Hypothesis“ referida a la falta de
una molécula que porte el
aminoácido
• 1956 Alexander Rich y David
Davies publicaron en the journal of
the American Chemical Society
que las hebras de ARN podían
hibridizarse
• 1961 Marshall Nirenberg inicia
sus trabajos para descifrar el
código genetico (1961-1962 The
coding race: entre el laboratorio Severo Ochoa
de Ochoa y Nirenberg, el primero
desistió al ver que tan avanzado
estaban los trabajos de Nirenberg)
 ARN -historia
• 1965 Robert Holley descubre el
ARNt la molécula faltante de
Crick
• 1968 Francis Crick y Leslie
Orgel propusieron al ARN como
la primera molécula informativa
• 1972 Harry Noller propone el rol
del ARNr en la traducción del
ARNm
• 1986 Thomas Cech y Sidney
Altman descubrieron el ARN
catalitico (self-splicing) primera
evidencia sólida de primera
molécula informativa
• 1993 el laboratorio de Harry Figure 1 Schematic (A) and ribbon (B) diagrams
depicting the crystal structure of the full-length
Noller evidencio la participación hammerhead ribozyme. The sequence and secondary
del ARNr en la síntesis de structure in Figure A is color-coded to match the
proteínas structural features shown in Figure B. The cleavage site
nucleotide, C-17, is shown in green, and various helical
stems and loops are denoted using several other colors.
Tertiary hydrogen bonding contacts are denoted as thin
black lines, and tertiary stacking interactions as thin
green lines. See Figure 2 for a detailed schematic
representation of the active site.
 O

ARN estructura HN
C
C
N G
CH ARN es un polimero de
- H2N-C C
O N N ribonucleotidos
5’
5’ end -
O - P –O CH2 NH2
O C
o 4’ 1’
CH
N
C
3’ 2’
C CH
pGCUA
O OH O N
O P O CH2 O
O
O C
HN CH U
OH C CH
O O N
 Azucar ribosa
O P O CH2 NH2
 Enlace fosfodiester O
O C N
N C
A
 Cadenas Direccionales (5’ to 3’) CH
HC C
 4 Bases O OH N N
O P O CH2
purines: adenina & guanina O
O
pirimidines: citosina & uracilo
3’
OH
3’ end OH
 Las moléculas de ARN consisten de una hebra que
se pliega sobre si misma adquiriendo una
estructura secundaria
Horquilla
(hairpin)
Hebra en simple cadena Bucle interno
(single strands) A C
Bolsa (loop) A

A
AG A A U
CA A CC A
U G CUAC U U G
A CCU C CGU A
G
AG
AAC GAUGG

G
U G G GCA

CC
C G G
G A

CG
AU

GC
Doble A

G
helice

A A
T

En ARN, G se aparea
con C y A se aparea
con U.
 ARN tipos:
Principales ARN involucrados en los procesos de transcripción y
traducción:
-ARNm
-ARNt
-ARNr

ARNs en E. coli

Tipo Sed. Coef. Mol. Wt. Residuos % del total ARN

mRNA 6 - 25 25,000 - 1,000,000 75 -3000 ~2

tRNA ~4 23,000 - 30,000 73 - 94 16
rRNA 5 35,000 120
16 550,000 1,542 82
23 1,100,000 2,904

Células eucariotas contienen otros tipos de ARN como ARN pequeño nuclear (snRNA).
rRNA es el principal
componente de los
ribosomas
 Representación de las
estructuras secundarias
de rRNA
mRNA eucariote
 tRNA
 tRNA estructura primaria
Secuencia lineal de 60 a 95 nucleotidos de longitud
( Comunmente 76).
 tRNA estructura secundaria
La estructura de hoja de trebol muestra los brazos y
los bucles o loops.
 tRNA estructura terciaria
Nueve enlaces de hidrogeno entre las bases en los
bucles de simple cadena y el plegamkiento de la
estructura secundaria en una estructura en forma de
L con el anticodon y el brazo aceptor del aminoacido
en los extremos opuestos de la molecula.
Estructura de tRNA . (a) Cloverleaf structure mostrando
los nucleotidos invariantes y los semivariantes, donde
I = inosina, Ψ = pseudouridina, R = purina, Y =
pirimidina y * indica una modificacion. (b) Enlaces
de hidrogeno entre las bases. (c) Estructura en forma
de L del tRNATyr de levadura.
2. Brazo aceptor o tallo aceptor compuesto
de 7-bp apareadas del 5'-terminal con 3'-
terminal. Puede contener apareamiento no
tipo Watson-Crick.
3. CCA cola Secuencia en el 3' terminal, en
la adenina final se une el aminoacido. En
procariotes el CCA es transcrita, y en
eucariotes la secuenia CCA es adicionada
post transcripcional.
4. El brazo D Tiene un tallo de 4 bp que
termina en un bucle o loop que contiene
dihidrouridina.
5. El Brazo del anticodon Tiene un tallo de 5
bp y contiene el loop del anticodon.
6. El Brazo T Tiene un tallo de 5 bp que
contiene la secuencia TΨC donde Ψ es una
pseudouridina.
7. Un brazo variable que divide a los tRNAs
en dos clases dependiendo de su tamano, la
clase 1 contiene 3 a 5 bases y la clase 2
contiene 13 a 21 bases formando un tallo
de 5 bases apareadas
8. Las bases que han sido modificadas por
metilacion se encuentran fuera del
anticodon. La primera base del anticodon
algunas veces es modificada a Inosina
Aminoacil-tRNA sintetasas
Catalizan la unión aminoácido - tRNA.
• Nomenclatura de tRNA-sintetasas and charged tRNAs

Aminoacido: serine
tRNA : tRNAser
aminoacyl-tRNA sintetasa: seryl-tRNA sintetasa
Aminoacyl-tRNA: seryl-tRNAser
• Tipos de tRNA-sintetasas
Existen dos tipos de Aminoacil tRNA sintetasas clasificadas en la forma inicial de
la unión del aminoacido a la adenina del CCA terminal del tRNA:
CLASE I. Aminoacila inicialmente el 2OH de la adenina, luego por una
transesterificacion esta unión se traslada al 3OH. Comprende las sintetasas para
los tRNA de los aminoacidos: Leu,Ile,Val,Cys,Met,Glu,Gln,Arg,Tyr,Trp.
CLASE II. Aminoacila el 3OH de la adenina. Comprende las sintetasas para los
tRNA de los aminoacidos: His,Pro,Ser,Thr,Asp,Asn,Lys,Gly,Ala,Phe
Etapa de activación La aminoacil tRNA
sintetasa une una
adenosina monofosfato
AMP, al grupo –COOH
para crear un
aminoacil adenilato
Etapa de intermediario.
transferencia Luego el apropiado
tRNA desplaza el AMP.

La aminoacil tRNA
sintetasa puede
realizar el proceso de
relectura o
proofreading
valiendose de los
determinantes de
identidad del tRNA
Las sintetasas tienen que distinguir entre cerca
de 40 formas de tRNAs y para ello usa
elementos denominados determinantes de
identidad que son especificos, ubicados en su
mayoría en la region de la minihelice y en la
region del anticodon
 Transcripción
Para que la información genética almacenada en el DNA
sea utilizada por los organismos generar una copia en
RNA complementaria a la hebra de DNA que ha servido
como molde por medio de un proceso conocido como
transcripción ( de una escritura a otra).
La hebra de ADN que ha servido como molde se
denomina hebra antisentido y la otra hebra de ADN es
denominada hebra codante o con sentido y la secuencia
es identica a la del RNA sintetizado ( Excepto en las
posicion de T que son cambiadas por U)
(5')ATGCGCTATAGCTGTTT(3') Hebra de DNA no molde (+)
codante

(3')TACGCGATATCGACAAA(5') Hebra de DNA molde (-)

antisentido

(5')AUGCGCUAUAGCUGUUU(3') Transcrito de RNA

 Transcripción
• El resultado de la transcripción es una
molécula de RNA llamada transcrito.
• El transcripto puede ser :
– RNA mensajero o mRNA;
– RNA ribosomal o rRNA;
– RNA de transferencia o tRNA; o
– Otras como ribozimas (act. Enzimatica),RNA de
interferencia o iRNA (actividades de regulación de la
expresión genética), o participar en actividades
postranscripcionales de edición de mRNA (gRNA).
Inicio
Transcripción y Superenrollamiento
RNA polimerasa (a)
Burbuja
Burbuja de
de Transcripción
Transcripción
Enrollamiento Desenrollamiento
5' 3' 5'
3'
3'
5'
Híbrido RNA-DNA
RNA
Dirección
Dirección de
de la
la trancripción
trancripción

Superhélices
Superhélices (b) positivas
negativas

5' Dirección
Dirección de
de la
la trancripción
trancripción
 Localización de transcritos
Transcritos de RNA

DNA
36
36 xx 10
103 pb
3
pb

• Genoma de adenovirus, ambas hebras contienen codificación de

proteínas. Muchos de los mensajeros se sintetizan inicialmente en
forma de un transcrito largo que proviene de dos tercios de la
longitud del DNA. Este transcrito es modificado posteriormente.
 RNA polimerasa de E. coli

Subunidad
Núcleo de la
enzima
RNA polymerase of E. coli is a multisubunit protein

Subunit Number Role

α 2 uncertain
β 1 forms phosphodiester bonds
β ’ 1 binds DNA template
σ 1 recognizes promoter and facilitates initiation

α 2 β β ’σ α 2β β ’ + σ
holoenzyme core polymerase sigma factor
 Sintesis de RNA

RNA RNA

A=T A = T

U=A U=A

• La sintesis de RNA generalmente se inicia en una purina ATP or GTP

(el primer nucleotido)
• La cadena es sintetizada en dirección 5’ a 3’
• La Terminación de algunos transcriptos depende de Rho protein,
que se une a una secuencia pobre en G y Rho separa el DNA del RNA,
Otras terminaciones se dan por secuencias palindromes que generan factores intrinsecos
• La transcripción puede ser dividida en tres
etapas:
1. Iniciación
2. Elongación
3. Terminación
 Gene (DNA)
Transcription
Start Site 3’ Untranslated Region
5’ Untranslated Region

5’ Protein Coding Region 3’

RNA Transcript
Promoter/ Terminator
Control Region Sequence
 Inicio de la transcripción
• Los factores de transcripción se unen al promotor
• Si los factores de transcripción estan presentes, la RNA
polimerasa se une al complejo de iniciación
• RNA polimerasa denatura el DNA e inicia la
transcripción
 Iniciación:

T. F.
Promoter

RNA
T. F. Pol.

. F.
T

RNA
Pol.

RNA
5’
 Factor sigma factor
• La subunidad de la RNA polimerasa es un Factor de iniciación
• Existen diferentes factores sigma en E. coli y son especificos
para diferentes grupos de genes
• Factor sigma mantiene estable la unión de la RNA polimerasa
al promotor en el DNA

Ka (M-1 )
Cualquier región DNA Promotor DNA
(no especifico) (especifico)

Core 2 X 1011

Holo 1 X 107 1013 to 1015

 Secuencias concenso en promotores (control de
Promotores de E. coli. 1
transcripción)
Un tipico promotor tiene tres componentes, dos secuecias consenso -35 y -10
y el inicio de la transcripción
Terminación de la transcripción
• Una vez que el proceso de transcripción ha comenzado
la burbuja de transcripción avanza a medida que el RNA
es transcrito y se continúa hasta que la polimerasa
encuentra una secuencia que induce la disociación del
complejo DNA-RNA y la separación de la enzima.
• En eucariontes esta secuencia no ha sido bien
estudiada, mientras que para los procariontes como E.
coli se han reconocido dos tipos de señales de
terminación que se diferencian por la ausencia o
presencia de un factor proteico que parece reconocer
dicha señal.
 Terminación de la transcripción Rho independiente

• La primera de ellas, conocida

como terminación
independiente de rho (ρ ),
contiene una secuencia que
induce a la formación de una
horquilla en el transcrito de
RNA de 10 a 15 nucleótidos
antes del final, seguida por
un tramo de poliA en la
cadena molde que facilita la
disociación de los elementos
de la transcripción.
 Terminación Rho
dependiente

• En la terminación dependiente
de ρ no se presenta el tramo
de poliA, aunque sí se forma
una horquilla en la que la RNA
polimerasa hace una pausa y
si se encuentra la proteína ρ
presente se detiene la
transcripción.
• No se conoce a detalle el
mecanismo de disociación,
pero en este se produce la
hidrólisis de ATP por efecto de
ρ .
• Transcripción en eucariotes

3 RNA Polimerasas en Eucariotes

RNA polymerase I transcribes most rRNA genes

RNA polymerase II transcribes all protein-coding genes
RNA polymerase III transcribes tRNA genes and 5S rRNA genes
Reconocimiento del promotor
Formación del complejo de iniciación
Iniciación
 Compuestos que inhiben el proceso de transcripción

Se une al surco
menor del DNA

Se une al surco a G
yC
El transcripto de mRNA en eucariote sufre diversos procesos
postranscripcionales
Splicing
Mecanismo de splicing
mediado por el
splicesoma
Mecanismo
5 Capping
 Proceso de
Poliadenilación
Proceso de expresión en eucariotes
Regulación de la expresión por splicing alternativo según el tejido
Traducción
Shine-Delgarno (SD) es una secuenca que se presenta en transcriptos de
procariotes que consta de 3-9 bases del mRNA que se complementan con el
3’terminal del 16S rRNA
 Unión de la subunidad
pequeña y de los factores de
iniciación
Elongación
Elongación
Terminación
 Factores de iniciación en eucariotes

name subunits function

eIF1 1 fidelity of AUG codon recognition, destabilizes aberrant initiation complexes

eIF1A 1 catalytically promotes Met-tRNAi binding to 40S; required for strong binding
of 40S subunit to mRNA
eIF2 3 GTPase, escorts Met-tRNAi onto 40S subunit
eIF2B 5 guanine nucleotide exchange factor for eIF2
eIF3 11 scaffold for the cap binding complex, binds 40S subunit; stabilizing
Met-tRNAi and preventing association with 60S subunit
eIF4A 1 RNA dependent ATPase; essential for binding of ribosomes to mRNA
eIF4B 1 RNA binding protein; promotes eIF4A activity
eIF4E 1 binds directly to the m7G cap
eIF4F 3 cap binding complex of eIFs 4A, 4E, and 4G
eIF4G 1 binds mRNA, PABP, eIF4E, eIF4A, and eIF3
eIF4H 1 similar to eIF4B
eIF5 1 AUG recognition and promote eIF2 GTPase activity

eIF5B 1 GTPase, mediates assembly of 80S from 40S and 60S

 Transcripción y traducción ocurren simultaneamente en
procariotes

5’ 3’

3’ 5’
RNA
Pol.

Ribosome

mRNA
Ribosome
5’
 En Eucariotes los procesos de transcripcion y
traducción ocurren en diversos compartimientos

Nuclear
Cytoplasm
pores
DNA

Transcription
RNA
RNA
Processing
mRNA G AAAAAA G AAAAAA

Export
Nucleus
 Un gen de eucariote
Transcription
5’ Untranslated Region 3’ Untranslated Region
Start Site
Introns

5’ Exon 1 Int. 1 Exon 2 Int. 2 Exon 3 3’

Promoter/ Terminator
Control Region Exons Sequence

Un transcripto de eucariote

RNA Transcript

5’ Exon 1 Int. 1 Exon 2 Int. 2 Exon 3 3’

Código genético.
El código génetico: Como los nucleotidos son
especificos para 20 aminoacidos?

1. 4 diferentes nucleotidos (A, G, C, U/T)

2. Posibles codones:
• 1 letra codigo ⇒ 4 AAs <20
• 2 letra codigo ⇒ 4 x 4 = 16 AAs
<20
• 3 letra codigo ⇒ 4 x 4 x 4 = 64 AAs >>20

1. Codigo de tres letras generan 64 posibilidades

para 20 aminoacido, esto sugiere que el codigo
genetico es degenerado (e., mas de un codon es
especifico para un aminoacido).
Caracteristicas del código genético (escrito en 5’ to 3’):
1. Codigo es un triplet. Un codon 3 nucleotidos consecutivos de
mRNA especifico para 1 aminoacido.
2. El codigo no se sobrelapa cada nucleotido es leido una sola vez.
3. El codigo es casi universal. La mayoria de codones tiene el
mismo significado en distintos organismos. (Diferencia del codigo
de mitocondria en animales)
4. El codigo es degenerado. Muchos aminoacidos tiene mas de un
codon a excepcion de Met y Trp.
5. Presenta un codon de inicio y otro de termino. ATG para Met
como codon de inicio. TAA, TAG, y TGA como codones stop de la
traduccion del polipeptido.
6. La tercera posicion del codon es menos especifica y ocurre el
bamboleo o alternacion del nucleotido sin alterar la secuencia del
polipeptido.
 Numero de
codones por
aminoacido
Unin codon anticodon
 Descifrando el codigo

• Marshall Nirenberg y Heinrich Matthaei

mostraron que una poly-U produce
polifenilalanine en un extracto celular libre
de celulas (E. coli)
• Poly-A da polilisina
• Poly-C da poliprolina
• Poly-G da poliglicina
 Degeneracion de la tercera base

Y la hipotesis del bamboleo

• El apareamiento es crucial en la lectura del codigo genetico
• La hipotesis de Crick esta referida a la tercera posicion del codon,
primera posicion del anticodon que se denomina posicion de
bamboleo
• En la tercera posicion del codon pueden ocurrir
apareamientos no canonicos
• En el anticodon como regla en la primera posicion para un
U este puede reconocer una A o G, La primera posicion
en G puede reconocer U o C y la primera posicion del
anticodon en I puede reconocer U, C o A
• Ventaja del bamboleo: disociación del tRNA del mRNA
mas rapida
1. Mutaciones por cambios de lectura (frameshift: adicion or
delecion) resulted in a different sequence of amino acids.
Inserciones de tres nucleotidos genera una region
incorrecta en la secuencia polipeptidica