Anda di halaman 1dari 56

La Qumica Computacional

y el Diseo de Frmacos
Perspectiva
Principios del descubrimiento de frmacos
Descubrimiento de frmacos guiado por computadora
Descubrimiento de frmacos guiado por datos
Tcnicas modernas para la identificacin y seleccin
de la diana
Tcnicas modernas de identificacin de pistas
Que es un frmaco?
Se entiende por frmaco, cualquier sustancia
biolgicamente activa, capaz de modificar el
metabolismo de las clulas sobre las que hace efecto

Composicin definida con un efecto farmacolgico

Cul es el proceso del Desarrollo y Descubrimiento
de Frmacos?
Statement of the Director, NIGMS, before the House Appropriations
Subcommittee on Labor, HHS, Education Thursday, February 25, 1999
Una pequea historia del diseo de
frmacos ayudados por computadora
1960s Interaccin del frmaco revisin del objetivo
1980s- Automatizacin cribado de alto rendimiento
1980s- Bases de datos (tecnologa de la informacin)
bibliotecas combinatorias
1980s- Computadoras Rpidas - acoplamiento
1990s- Computadoras Super Rpidas - ensamblado del
genoma seleccin de objetivos basados en el
genoma
2000s- Manejo de una enorme informacin
frmacogenomica
Molcula Diana
Lnea de clulas recombinantes
Expresin gentica - Fermentacin
Purificacin de la Protena
Cristalizacin
Rayos-X - Sincrotn
Estructura 3D
Estructura 3D
Diseo Racional
Mapeo de Eptopes
Ingeniera de Protenas
NBE
Biblioteca de
Molculas Pequeas
NCE
NCE (New Chemical Entity) NBE (New Biological Entity)
Frmacos: Proceso de Descubrimiento
Molculas Pequeas
Productos Naturales
Caldos de fermentacin
Extractos de Plantas
Fluidos Animales (e.g., veneno de vbora)
Productos Qumicos Medicinales Sintticos
Derivados para la Qumica Medicinal
Derivados de la Qumica Combinatoria
Biolgicos
Productos Naturales (aislamiento)
Productos Recombinantes
Productos Quimricos
Descubrimiento vs. Desarrollo
El Descubrimiento incluye: su concepto, su mecanismo,
ensayo, cribado, identificacin de la pista, demostracin
de la pista, optimizacin de la pista

El Descubrimiento tambin incluye pruebas in vivo en
animales y demostracin concomitante del ndice
teraputico

El Desarrollo comienza cuando se toma la decisin de
poner a una molcula en la fase I de las pruebas clnicas

Descubrimiento vs. Desarrollo
El tiempo desde su concepcin hasta la aprobacin
de un nuevo frmaco es tpicamente de 10-15 aos

La vasta mayora de las molculas son desechadas
en el camino

El costo estimado de llevar al mercado un frmaco
es aproximadamente $800 millones de dlares hoy
en da!!

Descubrimiento vs. Desarrollo
Identificar la enfermedad
Aislar la protena
involucrada en la
enfermedad (2-5
aos)
Encontrar un frmaco efectivo contra la protena
(2-5 aos)
Pruebas preclnicas
(1-3 aos)
Formulacin
Pruebas clnicas en
humanos
(2-10 aos)
Escalamiento
Aprobacin de la FDA
(2-3 aos)
La tecnologa impacta este proceso
I dentificar la
enfermedad
Aislar la protena
Encontrar el
frmaco
Pruebas preclnicas
GENOMICA, PROTEOMICA & BIOFARM.
CRIBADO DE ALTO RENDIMIENTO
MODELADO MOLECULAR
CRIBADO VIRTUAL
QUIMICA COMBINATORIA
MODELOS ADME IN VITRO & IN SILICO
Potencialmente produce muchas ms
dianas, personalizadas o no
Cribado de hasta 100,000 compuestos por
da para probar su actividad contra la
protena
Usar una computadora
para predecir la actividad
Producir rpidamente un vasto
nmero de compuestos
Las graficas y modelos por computadora
ayudan a mejorar la actividad
Modelos computarizados y de tejidos comienzan a
reemplazad las pruebas en animales
Genmica, Protemica &
Biofarmacuticos
Comprendiendo la liga entre
enfermedades, el montaje gentico
y la expresin de las protenas
Genmica
La genmica est acelerando nuestra compresin de
cmo estn relacionados el ADN, los genes, las protenas
y su funcin, tanto en condiciones normales y de
enfermedad
El proyecto del Genoma Humano ha mapeado los genes
del ADN en humanos
Se espera que este conocimiento provea de muchas ms
protenas potenciales
Permite la posible personalizacin de las terapias

ATACGGAT
TATGCCTA
funciones
Chips Genticos
Los chips genticos
nos permiten buscar por
cambios en la expresin
de una protena en
diferentes individuos en
una variedad de
condiciones, y ver si la
presencia de frmacos
cambia esa expresin

Hace posible el diseo
de frmacos para
diferentes fenotipos
gente / condiciones
e.g. obeso, cncer,
caucsico
Perfil de expresin
(cribado de 35,000 genes)
Microarreglos
Genes impresos en vidrio
Una variedad de genomas
humanos y animales
Medirn cuanto de cada
fragmento de ADN est
presente en una muestra
desconocida
Un chip de genoma humano
contiene 14,500 genes
humanos bien caracterizados
$300-$500 por chip
www.affymetrix.com


Produccin del GeneChip
Uso del GeneChip
Biofarmaceticos
Frmacos basados en protenas, pptidos o
productos naturales en lugar de molculas pequeas
(qumica)

Promovidos por las compaas biotecnolgicas

Los biofarmaceticos se pueden descubrir ms
rpidamente que las terapias normales de molculas
pequeas

Las biotecnolgicas se estn empatando con las
compaas farmacuticas ms importantes

Cribado de alto rendimiento
El cribado de compuestos en ambiente corporativo
quiz sea de millones para ver si alguno muestra
actividad contra la protena causante de la
enfermedad
Cribado de alto rendimiento
Las compaas farmacuticas tienen ahora millones de
nuestras de compuestos qumicos

El cribado de alto rendimiento puede probar 100,000
compuestos por da

Puede ser que solo algunos miles de estos compuestos
lleguen a mostrar alguna actividad contra la protena

El qumico medicinal necesita escoger inteligentemente las
2 o 3 clases de compuestos que muestren la promesa de
ser frmacos que puedan seguir desarrollndose
Implicaciones Informticas
Tener la capacidad de almacenar la estructura
qumica y los datos biolgicos para millones de
puntos
Representacin computacional de la estructura 2D

Tener la capacidad de organizar miles de
compuestos activos en grupos de relevancia
Agrupar estructuras similares y relacionarlas a la
actividad

Capacidad de aprender tanta informacin como sea
posible a partir de los datos (minera de datos)
Aplicar mtodos estadsticos a las estructuras y
correlacionar la informacin
Herramientas para la minera de datos
Cribado Virtual
Construir un modelo computacional de la actividad
para una diana en particular

Usar un modelo para valorar los compuestos de
bibliotecas virtuales o reales

Usar esta valoracin para decidir cual hacer, o pasar
a travs de un cribado real

Modelos computacionales de la
actividad
Mtodos de Aprendizaje
E.g. Redes Neuronales, Redes de Bayes, Redes de
Kahonen
Se entrenan con compuestos de actividad conocida
Predicen la actividad de compuestos desconocidos

Mtodos de Valoracin
Compuestos con perfil basado en propiedades relativas a
la diana

Acoplamiento Rpido
Rpidamente acoplar representaciones 3D de
molculas en representaciones 3D de protenas, y valorar
de acuerdo en que tan bien se acoplan

Qumica Combinatoria
Al combinar bloques de construccin molecular,
podemos crear un gran nmero de molculas
diferentes muy rpidamente

Usualmente involucra a una molcula plataforma, y
grupos de compuestos que han reaccionado con la
plataforma para colocar diferentes estructuras en
puntos de unin

Ejemplo de Biblioteca Combinatoria
NH
R1
R2
R3
Plataforma grupos-R
R1 = OH
OCH
3
NH
2
Cl
COOH

R2 = fenilo
OH
NH
2
Br
F
CN


R3 = CF
3
NO
2

OCH
3

OH
fenoxy

Ejemplos
NH
OH
CF
3

OH
NH
OH
O
CH
3

NH
C
OH
OH O
CF
3

NH
C
OH
OH O
O
Para esta pequea biblioteca el
nmero de posibles compuestos
es de
5 x 6 x 5 =150
Puntos de Qumica Combinatoria
Cuales grupos-R escoger

Cuales bibliotecas hacer
Llenar la coleccin existente de compuestos?
Orientadas a un protena en particular?
Tantos compuestos como se posible?

El perfil computacional de las bibliotecas
puede ayudar
Bibliotecas virtuales pueden ser evaluadas en la
computadora

Bsqueda de Estructuras
2D bsquedas de subestructuras
3D bsquedas de subestructuras
3D bsquedas conformacionalmente flexibles
2D Bsqueda de Subestructuras
Grupos funcionales
conectividad


Aromtico substituido
con halgenos y un
grupo carboxilo


[

F

,

C

l

,

B

r

,

I

]

O

O

2D Bsqueda de Subestructuras
Buscar:
Aromtico substituido
con halgenos y un
grupo carboxilo



N

O

O

Cl

O

O

Cl



N

N

N

O

O

F

F

O

F



O

O

N

I

O

N

Query
N
O
O
N N
O
O
O
O
N N
N
N
N N
N
N O
N
N
O
O
N
O
O
N
O
O
2D Bsqueda de Subestructuras
2D Bsqueda de Similitud
O H
N
N
OH
N
H
N
NH
2
O
N
N
H
N
N H
2
N
H
N
N H
2
N
H
N
N
N
H
N
N
H
OH
Query
3D Bsqueda de Subestructuras
Relaciones espaciales
Define intervalos para
distancias y ngulos
Conformacin almacenada
generalmente la de ms baja
energa


C

(

u

)

O

(

s

1

)

O

(

s

1

)

A

A

[

O

,

S

]

O

3.6 - 4.6

3.3 - 4.3

6.8 - 7.8

O
O
N
a
b
c
a = 8.62 0.58 Angstroms
b = 7.08 0.56 Angstroms
c = 3.35 0.65 Angstroms
+
-
+
-
+
-
O
O
O
O
O O
N
O
O
O
N
N
N O
O
O
O
O
O
N
N
N
N
S
O
O
O
O P O
O
O P
O
O P
O
O
O
O
N
N
N
N
N
O
O
O
O
O
N
N
N
O
N
O
O
O
3D Bsqueda de Subestructuras
Bsquedas Conformacinalmente
Flexibles
Rotar alrededor de
uniones que giran
libremente
Muchas conformaciones
Multa por baja energa
Obtener muchos ms
aciertos
Los huspedes se
adaptan al anfitrin y el
anfitrin se adapta a los
huspedes


O

Cl

H

O

Cl

H

3.2
4.3
Bsquedas Conformacinalmente
Flexibles


O

Cl

H

O

Cl

H

3.2
4.3
360 300 240 180 120 60 0
0
1
2
3
4
5
6
Dihedral angle
S
t
e
r
i
c

E
n
e
r
g
y

(
k
c
a
l
/
m
o
l
)
Pequea multa
energtica
Modelos ADME in vitro & in silico
Tradicionalmente, animales son usados para las pruebas
pre-humanas. Sin embargo, esta pruebas resultan caras,
consumen tiempo y son ticamente indeseables

Las tcnicas ADME (Absorbtion, Distribution, Metabolism,
Excretion) pueden ayudar a modelar como el frmaco
interactuar con el cuerpo

Estos mtodos pueden ser experimentales (in vitro)
usando cultivo de tejidos, o in silico, usando modelos
computacionales

Modelos ADME in silico
Los mtodos computacionales pueden
predecir propiedades importantes del
compuesto para ADME, e.g.

LogP, una medida de lipofilicidad
Solubilidad
Permeabilidad
Metabolismo del Citocromo p450

Estimados promedio se pueden hacer para
millones de compuestos, reduciendo el
desgaste el coeficiente de fallas de los
compuestos en la ltima fase
Calculo de propiedades en la Red
http://www.molinspiration.com/cgi-bin/properties

Dibujar una estructura
Regreso de los resultados
LogP
rea de Superficie
Total Polar
#de tomos
Peso Mol.
Regla-de-5
violaciones
#uniones Rot.
Potencial
farmacolgico (N/D)
Disciplinas en el Descubrimiento
de Frmacos
Medicina
Fisiologa/patologa
Farmacologa
Biologa molecular/celular
Automatizacin/robtica
Qumica medicinal, analtica, y qumica
combinatoria
Qumica estructural y computacional
Bioinformtica
Bioinformtica - una Revolucin
Experimento Biolgico Datos I nformacin Conocimiento Descubrimiento
Coleccionar Caracterizar Comparar Modelar I nferir
Secuencia
Estructura
Ensamblado
Sub-celular
Celular
Organos
Alto -orden
Year
90 05
Poder de
Cmputo
Tecnologa de
secuenciacin
Data
1 10 100 1000 100000
95 00
Proyecto
Genoma
Humano
Genoma
E.Coli
Genoma
C.Elegans
1 Genoma
Pequeo/Mes
ESTs
Genoma
Levadura
Gene Chips
Estructura
viral
Ribosoma
Modelo pasos
metablicos de E.coli
Complejidad
Tecnologa
Mapeo del
Cerebro
Circuitos
Genticos
Modelo
Neuronal
Modelo
Cardiaco
Genoma
Humano
Completo
# Gente/Sitio Red
(C) Copyright Phil Bourne 1998
10
6
10
2
1
Bibliotecas Combinatorias
Miles de variaciones a partir de una plataforma fija

Buenas bibliotecas abarcan reas muy grandes del espacio
conformacional y qumico - diversidad molecular

Diversidad en interacciones estricas, electrostticas, e
hidrofbicas...

Deseo de ser tan amplias como los compuestos del ndice
Merck de cribado azaroso

El diseo de bibliotecas de diseo ayudadas por
computadora an est en su infancia
Modelado Molecular
Visualizacin 3D de las interacciones entre los compuestos
y las protenas
Acoplamiento computacional de los compuestos con las
protenas
Visualizacin 3D
La cristalografa de rayos-X y la espectroscopia de
RMN pueden revelar la estructura 3D de las
protenas y compuestos que se les unen.

La visualizacin de estos complejos de protenas y
potenciales frmacos pueden ayudar a los cientficos
a comprender el mecanismo de accin del frmaco y
para mejorar el diseo de un frmaco.

La visualizacin usa modelos de bolas y palitos
para los tomos y sus uniones, as como para
desplegar sus superficies.

La visualizacin Estereoscpica est disponible.
Software de Acoplamiento Disponible
DOCK (Kuntz et al, 1982, Ewing & Kuntz 2001)
AutoDock (Olson et al 1990, Morris et al 1998)
ICM (Abagyan et al 1994)
FlexX (Rarey et al 1996)
Hammerhead (Welch et al 1996)
GOLD (Jones et al 1997)
MCDock (Liu & Wang 1999)
SLIDE (Kuhn et al 2002)
FRED (McGann et al 2002)
Surflex (Jain 2003)
GemDock (Yang & Chen 2004)
Glide (Friesner et al 2004)
Yucca (Choi 2005)

Algoritmos de Acoplamiento
Bsqueda Estocstica:
Algoritmo Gentico, Monte Carlo recocido simulado
AutoDock, MCDock, ICM, GOLD, Glide

Construccin Incremental :
Fragmentos rgidos con uniones rotables
Incremental : ngulos de torsin preferidos
DOCK, FlexX, SLIDE, Surflex

Multiconformero:
Genera un conjunto de conformeros de baja-energa
Acoplamiento Rgido
FLOG, FRED, Yucca

Acoplamiento con un Algoritmo
Gentico
Colocar a un compuesto en el rea
aproximada donde el acoplamiento ocurre
El algoritmo gentico codifica la orientacin
del compuesto y sus uniones de torsin
Optimizar la unin con la protena
Minimizar la energa
Puentes de hidrgeno
Interacciones hidrofbicas
Puede se empleado para el cribado virtual
Visualizacin de Demos
en
Acoplamiento Molecular
Acoplamiento Protena-Protena
Acoplamiento Protena-Ligando
Molculas en
Movimiento
http://www.moleculesinmotion.com
/jmol/protein_intro/index.html
Instalar JMOL (jmol.org), Java 4 WinXP,
ActiveControlX y J2SE v5.0 runtime
Referencias
Cohen N. Guidebook on Molecular Modeling in Drug
Design, Academic Press (1996)
Cramer C.J. Essentials of Computational Chemistry:
Theories and Models, John Wiley & Sons (2002)
Schlick T. (Ed) Molecular Modeling and Simulation,
Springer Verlag (2002)
Leach A.R. (Ed) Molecular Modeling: Principles and
Applications, Prentice Hall (2001)
van de Waterbeemd H., Testa B. (Eds) Computer-Assisted
Lead Finding and Optimization: Current Tools for Medicinal
Chemistry, John Wiley & Sons (1997)