Anda di halaman 1dari 40

KINETIKA REAKSI ENZIM-KATALIS

Ghilandy Ramadhan
1206242012
KINETIKA
REAKSI
ENZIM-
KATALIS
KOMPLEKS ENZIM-SUBTRAT & AKSI
ENZIM
KINETIKA ENZIM SEDERHANA
DENGAN 1 ATAU 2 SUBSTRAT
KINETIKA MICHAELIS-MENTEN
EVALUASI PARAMETER PERSAMAAN MICHAELIS-MENTEN
KINETIKA REAKSI REVERSIBEL, REAKSI DUA SUBSTRAT & AKTIVASI
KOFAKTOR
MENENTUKAN KONSTANTA LAJU
TAHAP AWAL

KINETIKA RELAKSASI
HASIL HASIL INVESTIGASI KINETIKA-TRANSIEN
POLA POLA KONSENTRASI
SUBSTRAT TERIKAT
AKTIVASI & INHIBISI SUBSTRAT
BANYAK SUBSTRAT BEREAKSI PADA SATU ENZIM
MODULASI & REGULASI AKTIVITAS
ENZIM
MEKANISME MODULASI REVERSIBEL ENZIM
ANALISIS PENGARUH MODULATOR REVERSIBEL PADA KINETIKA
ENZIM
FAKTOR FAKTOR YANG
MEMPENGARUHI AKTIVITAS ENZIM
PENGARUH PH PADA SOLUSI KINETIKA ENZIM
LAJU REAKSI ENZIM & SUHU
DEAKTIVASI ENZIM
MEKANISME & MANIFESTASI DENATURASI PROTEIN
MODEL DEAKTIVASI & KINETIKA
GAYA AKSI MEKANIS ENZIM
STRATEGI STABILISASI ENZIM
REAKSI ENZIM PADA SISTEM
HETEROGEN
PENDAHULUAN
Ekstraksi enzim pertama Buchner, 1897
Isolasi enzim pertama Sumner, 1926
6 klasifikasi enzim :
1. Oksidoreduktase reaksi oksidasi dan reduksi
2. Transferase transfer gugus fungsional suatu substrat
3. Hidrolase reaksi hidrolisis
4. Liase reaksi adisi ikatan ganda
5. Isomerase Isomerisasi
6. Ligase pembentukan ikatan dengan bantuan ATP
Enzim sebagai katalis mempercepat atau memperlambat
reaksi tanpa ikut bereaksi tidak mengganggu
kesetimbangan reaksi yang ada




Kofaktor unsur nonprotein yang dikombinasikan dengan
apoenzim (protein inaktif) secara katalitik memberi Unsur
nonprotein
Fungsi : memaksimalkan kinerja tiap enzim yang berasal dari
mikroorganisme

Ko
fak
tor
En
zi
m

KOMPLEKS ENZIM-SUBTRAT & AKSI ENZIM

Keberadaan kompleks enzim substrat dapat diidentifikasi melalui x-ray
crystallography, spektroskopi, dan resonansi electron-spin.
Substrat menempel pada bagian spesifik dari suatu enzim yang disebut
dengan sisi aktif, tempat berlangsungnya reaksi dan produk dihasilkan
Dua pernyataan berbeda dalam menjelaskan aktifitas enzim: Enzim dapat
memegang substrat sehingga sisi aktifnya berdekatan satu sama lain, hal
ini dapat mempercepat reaksi kimia(proximity effect) dan Enzim
mempercepat reaksi dengan susbtrat yang tidak simetris dengan
memanfaatkan ketepatan orientasi(orientation effect)


Lock & Key Induced Fit
Kompleks terbentuk ketika kunci substrat bergabung
dengan gembok enzim. Pada gambar 3.2 terdapat ikatan
hydrogen yang terbentuk antara substrat dan grup yang
terpisah jauh dalam rantai asam amino pada enzim.
Molekul protein dilipat sehingga grup rantai samping asam
amino reaktif dalam enzim hadir situs yang sangat spesifik
untuk substrat.
Induced Fit Theory yaitu struktur sisi aktif enzim berubah
akibat substrat yang menempel

1. Proximity Effect enzim bekerja dengan menahan
substrat-substrat sehingga bagian aktif berada pada posisi
dekat satu sama lain dan dengan kelompok enzim katalitik
2. Orientation Effect enzim mengikat substrat pada posisi
dimana enzim dapat mempercepat reaksi



KINETIKA ENZIM SEDERHANA DENGAN 1
ATAU 2 SUBSTRAT

Jika sebuah reaksi enzimatik, yaitu , maka
laju reaksi , dalam kondisi quasi-steady state dapat
dinyatakan sebagai:



= konsentrasi molar dari substrat
= konsentrasi molar dari produk
dengan satuan mol per satuan volume per satuan
waktu


=



Laju reaksi besaran intensif (pada setiap titik dalam
campuran reaksi)
jika konsentrasi atau besaran intensif lainnya berubah
dari satu titik ke titik lainnya maka laju reaksi akan
bervariasi sesuai posisinya di dalam campuran.
studi kinetika eksperimental reaktor mixed-well akan
sering digunakan, laju reaksi dianggap seragam di
setiap titik dalam campuran.
titik dalam campuran : sejumlah volume yang
mengandung banyak molekul namun relatif sangat kecil
jika dibandingkan dengan keseluruhan sistem reaksi

Beberapa hal yang harus diperhatikan dalam mengukur kinetika
enzimatik, yaitu:
Pada waktu t=0, campuran antara substrat dan enzim murni
dicampur di dalam tabung tertutup isotermal yang berisi
larutan buffer untuk mengontrol pH.
Konsentrasi substrat dan/ atau produk dipantau pada waktu
yang bervariasi.
Secara umum, hanya initial-rate yang digunakan untuk
menentukan laju reaksi. Selama kondisi reaksi pada t=0
diketahui dengan baik, kurva initial slope dari substrat atau
konsentrasi produk vs. waktu dapat diestimasi dari data:

Unit atau aktivitas unit: Jumlah enzim yang
diberikan sebagai aktivitas katalis dalam
kondisi standar yang disesuaikan
Contoh: Satu unit glukoamilase didefinisikan
sebagai jumlah enzim yang memproduksi 1
mikromol glukosa per menit dalam 4% larutan
Lintner starch pada pH 4.5 dan 60 C


Kinetika Michaelis-Menten


Gambar 3.7. Data Kinetika Reaksi Enzimatik

(Sumber: James E. Bailey dan David F. Ollis. Biochemical
Engineering Fundamental)

Dari Gambar 3.7 kita mendapatkan informasi sebagai berikut :
Laju reaksi laju reaksi orde satu dengan konsentrasi
substrat yang rendah.
= .

dengan n adalah orde reaksi


Jika konsentrasi substrat ditingkatkan secara terus menerus,
maka orde reaksi dari substrat akan berkurang dari orde 1
menjadi orde 0.
Laju reaksi proporsional dengan jumlah total enzim yang
tersedia.
Observasi Henri (1902), mendapatkan persamaan laju yaitu:

=


+
, Dimana



Michaelis- Menten (1913) mendapatkan persamaan yang dapat diaplikasikan
dalam penurunan model kinetik yang cukup rumit.

(3.4.a)


(3.4b)

Mula-mula, diasumsikan bahwa enzim (E) dan substrat (S) membentuk
kompleks ES, kemudian berubah menjadi produk (P) dan enzim yang bebas
(E).

ES S E
k
1

k
1'

P E ES
k
2

Henri dan Michaelis-Menten mengasumsikan bahwa reaksi 3.4a
berada dalam kondisi setimbang. Sehingga menurut hukum mass-
action, laju molekularnya menjadi

()
=

1
= = (3.5)
*s, e, dan (es) konsentrasi dari S, E dan ES.

Perubahan kompleks ES menjadi produk dan enzim bebas,
dapat diasumsikan berlangsung secara irreversible.
=

=
2
(3.6)
Jumlah keseluruhan enzim dapat dinyatakan sebagai:
+() =

(3.7)
*

=konsentrasi total enzim yang terdapat dalam sistem.


Sehingga kinetika Michaelis-Menten dapat dideskripsikan
pula dengan persamaan 3.3, yaitu:
=


+

*Parameter

merupakan laju maksimum atau pembatas,


dan merupakan konstanta Michaelis.


Briggs dan Haldane juga menurunkan persamaan 3.3. Untuk reaksi yang
berlangsung di dalam tabung tertutup well-mixed, neraca massa dari substrat dan
kompleks ES, yaitu
=

=
1

1
()
()

=
1

1
+
2
()
Dari persamaan
+() =


diperoleh nilai s dan es pada kondisi mula-mula yaitu:
0 =
0

0 = 0
Briggs dan Haldane mengasumsikan bahwa
()

= 0 (3.8)

Asumsi ini disebut juga quasi steady-state approximation, yang dapat dibuktikan
pada reaksi enzimatik dalam sistem tertutup, saat nilai
0
/
0
bernilai cukup kecil.
Penurunan persamaan Briggs-Haldane, menjadi

=

1
+
2

1
+
(3.9)

sesuai dengan persamaan Michaelis-Menten yang
dihasilkan, maka

=
2

0
(3.10)
=

1
+
2

1
(3.11)
=

+
(3.12)

=
0
+ ln

(3.13)

Persamaan 3.13 persamaan yang seringkali digunakan untuk
menghitung waktu reaksi yang dibutuhkan untuk mencapai
konsentrasi substrat yang bervariasi.

Namun, persamaan tersebut tidak dapat digunakan dalam beberapa
kasus, seperti saat kondisi konsentrasi total enzim mendekati
0

atau quasi steady-state approximation tidak terpenuhi, dikarenakan
hasil yang didapatkan mengalami deviasi yang sangat signifikan.

Evaluasi Parameter Persamaan
Michaelis-Menten
Parameter

dan

dapat diestimasi dengan memplot


persamaan Michaelis-Menten:

1. Plot Lineweaver-Burk
1

=
1


2. Plot Eadie-Hofstee
=


3. Plot

+
1


Persamaan lineweaver-
burk mem-plot
antara
1

, Nilai
laju yang paling akurat
adalah yang mendekati
nilai v
max
, yang titik-
titiknya akan mendekati
asalnya, sedangkan nilai
yang kurang akurat akan
jauh dari asalnya dan
biasanya menjadi acuan
yang kuat untuk
menentukan gradien



Kinetika Reaksi Reversibel, Reaksi Dua
Substrat & Aktivasi Kofaktor

1. Reaksi Reversibel
+

1
(3.17a)

2
+ (3.17b)
Nilai laju reaksi persamaan diatas adalah:
=


1 +



dimana nilai v
s
dan K
s
sama dengan nilai v
max
dan K
m
dan nilai v
p
dan K
p
,yakni :

2



2. Reaksi Dua Substrat
+
1

1
K
1

+
2

2
K
2

1
+
2

1

2
K
12

2
+
1

1

2
K
21

+
Sehingga, =
1

2


Konstanta
kesetimbangan
disosiasi
dengan menjumlahkan 4 persamaan pertama diatas, maka didapat:
=

1 +

21

1
+

12

2
+
1
2

21
+
1

12

2

Persamaan diatas dapat disederhanakan dengan memerhatikan keperluan kesetimbangan sebagai
berikut:

12
=
2

21

Lalu dihasilkan :
=

1
+
1

Dimana

2
+
12

Dan

1
=

21

2
+
1

12

2
+
12

Persamaan diatas menunjukkan laju maksimum semu dan konstanta dari fungsi konsentrasi S
2
.

3. Aktivasi Kofaktor
Ketika kofaktor terlibat, baik metal ion atau
koenzim, sehingga terdapat substrat kompleks
yang terdiri dari kompleks apoenzim-koenzim,
maka :
=





MENENTUKAN KONSTANTA LAJU
TAHAP AWAL

Parameter vmax dan km, bergantung terhadap
konstanta laju dasar. Namun parameter tersebut tidak
bisa digunakan untuk menentukan kontanta laju dasar.
Tapi, yang dibutuhkan adalah hubungan tidak terikat
dari konstanta laju dasar dengan data eksperimen.
Ada dua buah metode, yakni metode kinetika pre-
steady-state dan metode kinetika relaksasi. Untuk
metode kinetika pre-steady-state, hanya berfokus pada
periode pendek setaelah reaksi terinisiasi dan
pendekatan quasi-steady-state tidak digunakan. Untuk
metode kinetika relaksasi, hanya mengeksplor reaksi
yang terjadi pada skala nanoseconds.


Kinetika Relaksasi
Reaksi kesetimbangan antara substrat, enzim, dan kompleks enzim
substrat :
+

1

Dapat diketahui neraca massa untuk s
+ =


+ =



Maka

=
1

1

Menjadi

=
1


Jika s* dianggap konsentrasi s pada kestimbangan, setelah
perubahan langkah, maka s* dapat ditentukan dengan:

= 0

Pada eksperimen relaksasi, s mendekati s*. Sehingga f(s) dapat
ditentukan menggunakan ekspansi taylor.

+
2

Deviasi dari konsentrasi keseimbangan dapat dihitung dari :
=


Sehingga neraca massa linearisasi dapat dihitung menggunakan :

=
1
+
1

+2


Jika sistem berada pada kesetimbangan lama, saat kondisi awal
0 =


Dan =


Dimana
1

=
1
+
1

+2

=
1
+
1



Hasil Hasil Investigasi Kinetik-Transien


POLA POLA KONSENTRASI SUBSTRAT
TERIKAT


Aktivasi & Inhibisi Substrat

Banyak Subtrat Bereaksi Dengan Satu
Enzim


MODULASI & REGULASI AKTIVITAS
ENZIM


Mekanisme Modulasi Reversibel Enzim

Analisis Pengaruh Modulator Reversibel
Pada Kinetika Enzim


FAKTOR FAKTOR YANG
MEMPENGARUHI AKTIVITAS ENZIM

Pengaruh PH Pada Solusi Kinetika Enzim

Laju Reaksi Enzim & Suhu

DEAKTIVASI ENZIM

Mekanisme & Manifestasi Denaturasi
Protein

Model Deaktivasi & Kinetika

Gaya Aksi Mekanis Enzim

Strategi Stabilisasi Enzim

REAKSI ENZIM PADA SISTEM HETEROGEN