Deriva Gnica

Deriva, Ne, Efecto Fundador y Cuellos de Botella,

Deriva+Seleccin

La deriva gnica (random genetic drift)

y el tamao efectivo (Ne) de las
poblaciones.
Qu es la deriva gnica?
El tamao efectivo de las poblaciones,
definiciones.
Efecto de fundador y cuellos de botella.
Deriva y Seleccin.

Deriva Gnica:
Azar en la evolucin

Deriva
ConsiderarunapoblacinenHWdelacualse
tomanindividuosalazarparainiciaruna
colonia
Sihacemosestonveces,ladistribucinde
frecuenciasallicasdetodaslascolonias
juntasestarrepresentadaporuna
distribucinbinomialdeprobabilidades.

Larepresentacingrficade
cmovaranlasfrecuencias
allicasenunmodelodederiva
gnica(WrightFisher)

Cada lnea representa una colonia

de tamao 2N

Deriva Gnica:
Azar en la evolucin
Cambios en las frecuencias allicas
fuerza dominante en poblaciones
pequeas y en el cambio molecular.

Central en el estudio de la
conservacin!
Su anlisis es complicado y abstracto...

Parmetro!: Tamao efectivo de la

poblacin: Ne

Deriva Gnica:

Dominante en poblaciones pequeas

(- de 100 individuos... pero...)

depende del tamao efectivo de la

poblacin, Ne
Se pierde variacin gentica H
Divergen las poblaciones
(aumenta la Fst).
En total (n replicas) se
mantiene la f. allica q

Ejemplo efectos
Deriva Gnica:
Tristan da Cunha:
Isla en medio del
Atlntico, a 2900
km de Sudfrica:
poblacin
pequea, Deriva +
Endogamia...
161 personas

Ejemplo efectos Deriva

Gnica:
Slo genes de 7 fundadoras
(mujeres), varias parientas
entre ellas
a) linaje materno, X, 5 linajes,
mitocondria hm=0.768
b) 7 apellidos (linaje
paternos, Y), 9 linajes, hy =
0.847

mitocondria, linajes maternos:

5 y slo 3 comunes, 1 raro...

9 linajes paternos, varios colados

un haplotipo Y, el cinco mucho ms comn...

Efectos de la Deriva Gnica

Errores de muestreo...
similar en todos los loci
Unos dejan ms hijos que otros
por azar... mayor en poblaciones pequeas

Efectos de la Deriva Gnica

N= 20
promedio

Efectos de la
Deriva Gnica
N=9, fijacin
desde la
generacin 4
N= 50, no se ha
fijado ninguna
en 20
generaciones

1) Entre ms pequeo el N, ms violentos (rpido y

abruptos) son los cambios (si N infinito no hay cambio,
H.-W.!)
2) Se va perdiendo variacin (H) en el tiempo
3) Se pierde toda la variacin (se fija un alelo) en dos
poblaciones, un q=1 en t= 20, en otra q= 0 en t= 28
4) Van divergiendo las poblaciones en el tiempo,
o sea aumenta la varianza en la f. allicas entre las poblaciones!

5) La q se mantiene constante en promedio!

4) Van divergiendo las poblaciones en el tiempo,

o sea aumenta la varianza en la f. allicas entre las poblaciones!

N= 20

5) La q se
mantiene
constante en
promedio!

Probabilidad
de fijacin:

igual que su
f. allica
inicial! (u = 0.5)

pr. de fijacin igual a la frec. allica inicial:

ms fcil de fijarte si ya es comn el alelo

Experimento de
Buri 1956

2 alelos neutros, bw75

y bw, locus
brown, color de ojos
en D. melanogaster
N = 16 por rplica.
107 replicas, p=q=0.5
iniciales
19 generaciones.
No se muestran las
poblaciones que se
fijan
al t= 19, 30

en bw
y 28 en bw75.

Experimento
de Buri 1956

tiem
po

Experimento

de
Buri 1956

La media de q se mantiene

La varianza aumenta
segn lo esperado
(para una Ne de 9!)

Variacin Gentica:

como se pierde la H por Deriva?

La prob. de que un mismo alelo se tome
dos veces es: 1/2N (o sea su freq.)
La prob. De que dos alelos sean diferentes
es 1-1/2N
An siendo diferentes, pueden ser idnticos
por descendencia (inbreeding coefficient) = ft

incremento
debido a que
la pobl. es finita

la autocigosis
anterior...

rearreglando
y sumando 1
en los dos lados
como ya vimos

sustituyendo:

Si Ne es infinito, Ht+1= Ht, no hay cambios,

estamos en H.-W.
Si Ne es 1 (lo menos posible)
la Ht+1 es la mitad de la Ht

Generalizando
para t
generaciones:

que es
aproximadamente:

en cuanto tiempo
se pierde un alelo?

x= Ht / Ho : que tanto queda

de la variacin gentica inicial

en cuanto tiempo
se pierde un alelo?

Para que se pierda la mitad de la

var. gentica, se necesita un tiempo del
orden de magnitud del Ne
(slo es rpido si son apenas decenas de
individuos)

Incremento en la Varianza q:

la divergencia entre poblaciones, la Varianza en q,

depende de la var. gen. inicial, de N y de t:
mayor: entre ms var. gnica, ms t y menor N

Incremento en la Varianza q:

entre mayor sea el Ne,

menor es la
varianza entre las
poblaciones

Simulacin de Deriva con

20 individuos, matriz 41 x 41

0.08 fija

casi
plana

0.08 fija

N=16
Ne= ca. 9

n= 20

En cuanto tiempo se fija un alelo

por Deriva Gnica?

Obviamente, debe de depender de la Ne

y la frec. allica inicial

se itera hasta que todas las poblaciones

se fijan... aburrido

T. de fijacin, aproximacin de Kimura y Ohta (1971)

el t de fijacin funcin lineal de Ne y decrece si la p

inicial es mayor
si q= 0.2, t= 3.57 N, si q = 0.8, t= 1.61N; si q=.01, t=3.979

tiempo de fijacin
(coalescencia) promedio de
un nuevo alelo neutro,
cuatro veces su Ne...

en realidad el t a la fijacin
es una distribucin de probabilidades
t

promedio

=1.81N

promedio

=3.57N q=0.2

Experimento de Buri
tiempos de fijacin

observados y esperados,

matriz 2N=18

El Tamao efectivo de la
poblacin Ne:
El tamao de una poblacin ideal que
experimenta los mismos efectos debidos a la
DERIVA GENICA que la poblacin real que
estudiamos...
generalmente se sugiere que debe de ser
similar al nmero de adultos reproductivos,
pero es ms complejo...

Factoresquelocomplican:
Variacinenlarelacindelossexosdeindividuos
reproductivos(dioicos)
Elnmerodedescendientesporindividuos
Nmerodeindividuosreproductivosendiferentes
generaciones
Tipodereproduccin
Mezcladeindividuosreproductivos,prereproductivos,
postreproductivosenunmismocensopoblacional

Ne: el tamao censal (real) se convierte al

de una poblacin ideal donde todo
los progenitores tiene las mismas
probabilidad de reproducirse (dif. aleatorias)

Poblacin ideal: 1) Diploide,

2) Hermafrodita (monoico),
autofertilizacin
3) Varianza fecundidad al azar.

 Conestossupuestos,ladistribucinde
nmerodegametos(progenie)porpadre(k)
seaproximaaunadistribucindePoisson
cuandolaNesgrande.
ElpuntoesestimarNeocmosedesvaN
delmodeloideal?

 Eltamaoefectivodelaspoblacioneseselnmerode
individuosenunapoblacinidealquetienenlamisma
magnituddederivaquelapoblacinreal.
Hay3aproximacionesparacalcularestimarestamagnitud:
Cambiosenendogamia(inbreeding)=inbreeding
effectivesize
Cambiosenlavarianzaenfrecuenciasallicas=variance
effectivesize
Estimarlatasadeprdidadeheterocigosis=eigenvalue
effectivesize.

To estimate Ne

How deviates from the ideal model?

model (Hartl and Clark, 1989):
1) Diploid organism
2) Sexual reproduction
3) Non-overlapping generations
4) Many independent subpopulation, each of constant size N
5) Random mating within each subpopulation
6) No migration between subpopulations
7) No selection

Fecundidad al azar: dist. de

Poisson

si
Nf=Nm
Ne=
Nf+Nm
(N total)
si un sexo
domina
Ne se
hace
mnimo

Cuando un sexo domina, la Ne es mnima

a mayores diferencia aleatorias en la

fecundidad, mayor deriva gnica

La media y la varianza en el nmero de hijos decreci ,

al punto en el que Ne es mayor que N (censal)!!!

como son Ne/N en la naturaleza?

entre 0.69 y 0.95 humanos... pero en bichos con mucha fecundidad,

como moluscos, peces, rboles puede se MUY pequeo!

media armnica de Ne afectada por valores bajos de N

variacin
y cuellos
de botella
en
poblaciones
humanas
(Egipto)

Efectofundadorycuellosde
botella
Unapoblacinpuededescenderdeunos
cuantosindividuosyaseaporque:
Lapoblacinfueiniciadaporunos
pocosindividuos(efectofundador)
Slounpequeonmerodede
individuossobrevivieronenunageneracin
enparticular(cuellodebotella)

Resultadosdereducciones
dramticasenNederiva
Cambiosalazardelasvariacingentica
Disminucindeheterocigosis
Prdidadealelos

Efecto de fundador y cuellos de botella .

Veamos los efectos de esta reduccin en el
tamao en la var. gentica:

despejando

donde Ht and Ht+1 son las heterocigosis

en la poblacin original y en
el grupo fundador

Efecto de fundador y cuellos de botella.

si hay n generaciones con una N pequea,

como cuando hay cuellos de botella

donde la Hs es la heterocigosis antes del cuello de botella.

si Ho = 0.7, Ht = 0.6, y t= 5, Ne = 16.4.

ENTRE MAYOR o ms larga sea LA REDUCCION EN LA
H, MENOR Ne

Efecto de fundador y cuellos de

botella.
Una poblacin puede descender de pocos
individuos por
a) la poblacin fue iniciada por pocos: efecto de
fundador
b) porque solo sobrevivieron unos pocos en
cuellos de botella
Esto genera cambios al azar en las frecuencia
alelicas, disminuyendo la heterocigosis y dejando
poco alelos!

Efecto de fundador y cuellos de botella .

Veamos los efectos de esta reduccin en el
tamao en la var. gentica:

despejando

donde Ht and Ht+1 son las heterocigosis

en la poblacin original y en
el grupo fundador

Efecto de fundador y cuellos de botella.

si hay n generaciones con una N pequea,

como cuando hay cuellos de botella

donde la Hs es la heterocigosis antes del cuello de botella.

si Ho = 0.7, Ht = 0.6, y t= 5, Ne = 16.4.

ENTRE MAYOR o ms larga sea LA REDUCCION EN LA
H, MENOR Ne

BORREGO CIMARRON:
El borrego cimarrn (Ovis canadensis) ha
disminudo mucho en nmero de individuos y
distribucin en el siglo pasado, debido a
enfermedad, cacera y otros factores.
Como resultado, ha habido un nmero de
introducciones en el oeste de Norte Amrica,
a manera de esfuerzos para establecer
poblaciones ms viables.

BORREGO CIMARRON: isla Tiburn

Por ejemplo, en 1975, For example, in

early 1975, 20 borregos (4 machos y 16
hembras) fueron capturados en Sonora y
trasladados a Isla Tiburn en el Mar de
Corts.
La poblacin traslocada creci rpidamente y
en 1999, se estimaron 650 borregos en la isla,
todos descendientes de el pequeo grupo
fundador.

El nmero de alelos (n) y la heterocigosis (H) en la

poblacin introducida de borrego cimarrn de la isla
y aqullos vaores para tres poblaciones de la misma
especie usando diez loci de microsatlites y un locus
MHC locus

MENOS VAR. GENTICA

Si comparamos la heterocigosis de los micros de

Arizona vs. la Isla Tiburn como Ht and Ht+t,
respectivmente, nos da, Ne=

1.9, MUY BAJO!!!

= 0.57/
(2(0.57-0.42))

Los cuatro machos tenan edades de 1, 1, 2 y

7 aos, lo que sugiere que el mayor de ellos
pudo hacer una mayor contribucin inicial que
el resto.
Se asume que el macho ms viejo era el nico
macho reproductivo en la primera cohorte de
machos, entonces el tamao efectivo de la
generacin fundadora pudo ser, usando la
expresin:

Ne= 4(16)(1)/(16 + 1)
= 3.8.

Ne= 4(16)(1)/(16 + 1)
= 3.8.

Aunque esto no explica toda la prdida

de heterocisgosis, puede explicar la
mayora.

EJEMPLO Elefante marino (ELEPHANT SEAL):

Se supona que el elefante marino del norte haba sido

cazado hasta la extincin hacia finales del siglo XIX
cuando los ltimos 153 individuos fueron matados
por colectores en 1884.
Pero aparentemente algunos animales sobrevivieron
en una playa remota en Isla Guadalupe, Mexico, y
sus descendientes fueron redescubiertos en 1892.
Sin embargo, los ancestros de la poblacin de hoy en
da (200,000) pueden haber sido tan slo 20 (Bonnell
and Selander, I974).

EJEMPLO ELEPHANT SEAL:

Hoelzel et aI. (2002) encontr dos haplotipos

de mtDNA con frecuencias estimadas de 0.27
and 0.73 en las poblaciones contemporneas
dando una diversidad haplotpica de H= 0.40.

Tambin determinaron los haplotipos precuello de botella usando ejemplares de

museos H= 0.80.

Para determinar el tamao del cuello de botella que

result en esta prdidad de diversidad, se asume que
la prdida puede ser descrita con esta expresin:

En donde la diversidad de mtDNA original es Ho=0.80,

la diversidad observada contempornea es H1=0.40
y Nef.i es el tamao efectivo de hembras en la pob.

Usando la aproximacin de Hedrick (1995b)

y examinando varios tamaos y duracin de
cuellos de botella, pero permitiendo a la
poblacin crecer a los niveles del censo de
1922 y 1960, un cuello de botella de una
generacin con tamao de 15 es consistente
con la prdidad de variacin observada en
mtDNA.

PERDIDA DE ALELOS:
En loci muy variables, se pierde ms
rpido los alelos que la heterocigosis...
mejor medida de cambio
Locus de microsatlites con 20 alelos en
un cuello de botella de 5 individuos(2N=
10) pierde cuando menos la mitad de los
alelos, pero slo se espera que pierda el
10% de su heterocigosis

Seleccin en poblaciones finitas:

Deriva sola: Cuando no hay diferencia en seleccin en
un locus, un alelo puede fijarse o perderse como resultado de
de deriva.

La probabilidad de fijacin de un alelo es igual a la

frecuencia inicial, por lo que cuando un alelo es raro
su probabilidad de fijacin es muy baja.

Seleccin sola: En contraste, en una

poblacin infinita, que por definicin no tiene
deriva, un alelo favorable siempre incrementa
y se avanza asintticamente a la fijacin

Seleccin + Deriva:

En una poblacin finita, un

alelo favorable no siempre se fija, ya que
puede perderse por efectos de azar
(deriva).
La probabilidad de fijacin de un alelo
favorable en una poblacin finita u(p), es
una funcin de la frecuencia inicial, la
intensidad de la seleccin que lo favorece, y el
tamao de la poblacin.

Seleccin direccional,
Adecuaciones relativas de los genotipos
A1A1,=1 +s,
A1A2 = 1 + hs
A2A2 =1,
La ecuacin genral de difusin (Kimura, 1962, Kimura y Otha,
1971) Se vuelve:

p de fijacin mucho ms alta que

al azar si hay sel. dir.

azar (deriva)

Cuando Ns<< l, s << 1/N, el cambio en las

frecuencias allicas es principalmente
determindo por DERIVA:
SI HAY POCA SELECIN Y/O
Ne ES PEQUEO, LA EVOLUCION ES POR
AZAR
Cuando Ns>> 1, el cambio en las frecuencias
allicas es determinado por SELECCIN.
SI LA SEL. ES INTENSA O Ne GRANDE,
SOLO OPERA LA SELECCIN

DERIVA
SELECCION

Ne=20

sin sel.

con sel
s =0.1

En una poblacin infinita, un alelo desfavorable

siempre disminuye su frecuencia hasta perderse.
En contraste, en una poblacin finita, un alelo
desfavorable, particularmente si sus efectos no son
graves, puede incrementar su frecuencia por azar
y, potencialmente fijarse.
Este efecto, en el que un alelo
detrimental se comporta como
neutral en una poblacin
pequea, fue sealado por
Wright (1931).

Poblacin finita:
en una poblacin finita, un alelo
desfavorable, particularmente si sus efectos
no son graves, puede incrementar su
frecuencia por azar y, potencialmente fijarse.

Ohta (1973) discuti este fenmeno en

trminos de evolucin molecular y
lo describi como el modelo CASI
neutral.

Ohta (1973) nearly neutral model.

Sugiri que el impacto relativo de la deriva
gnica y la seleccin vara con el tamao
poblacional, de tal modo que las variantes
detrimentales pueden ser efectivamente
neutras en poblaciones pequeas, mientras
que en poblaciones grandes son
seleccionadas negativamente (en contra).
POBLACIONES CHICAS,
ACUMULAN VAR. GEN.DELETEREA!!!

ESPECIES AMENAZADAS:
Algunas preocupaciones importantes para muchas
especies amenazadas son que las poblaciones
existentes son usualmente pequeas, las especies
han sufrido cuellos de botella en generaciones
recientes o las poblaciones descienden de unos
cuantos individuos.
Todos estos factores pueden causar deriva gnica
importante con el potencial de prdida de variacn
gentica til para cambios adaptativos futuros.
Adems, tamaos efectivos pequeos, pueden
resultar en aumentos azarosos de alelos
detrimentales porque los valores de Ns son muy
bajos.

ESPECIES AMENAZADAS:
Ejemplos:
- La poblacin de lobos escandinavos en cautiverio,
inici con 4 fundadores con alta frecuencia de
ceguera hereditaria (Laikre et al. 1993).
- La poblacin en cautiverio de cndor de California,
iniciada con 14 fundadores, con alta frecuencia de
una forma letal de enanismo (Ralls et al.,2000).
A pesar de que una estrategia de manejo que
seleccione negativamente a los portadores puede
reducir la frecuencia de estos alelos, tambin puede
reducir la variacin en otros genes!!!

Deriva Gnica:
FIN!!!

mexicanum:

An example:Astrocaryum
A tropical rain forest palm, Los Tuxtlas Veracruz, monoecious,

pollinated by beetles

Effective population size Ne

Astrocaryum mexicanum
To estimate Ne

How deviates from the ideal model?

model (Hartl and Clark, 1989):
1) Diploid organism
2) Sexual reproduction
3) Non-overlapping generations *
4) Many independent subpopulation, each of constant size N
5) Random mating within each subpopulation *
6) No migration between subpopulations
7) No selection
* = violated by A. mexicanum

Effective population
We estimated its effective population size
using direct and indirect methods.
Direct methods:
Analyzing how violates the ideal model:
Non- random mating in the population:
Neighborhood analysis
Overlapping generations:
Different methods

Direct methods:
Neighborhood area (Wright 1946):
Area that includes most (82 to 87%) of the
parents of the individuals in the center of the
area.
Represents a more or less panmictic area,
area and
an approximation of the effective population size
would be:
Neb = neighborhood area * effective density / m 2

Neighborhoodarea=
Neighborhoodarea

[AFp*1/2Vp*t]+[AFsp*Vsp*(1+t)/2]+
[AFss*Vss*(1+t)/2])
p=pollen
sp=seeds,primarydispersion
ss=seed,secondarydispersion

AF=Areacorrectionfactorforpollen,=4if
normal
V=Axialvarianceindispersaldistances
t=outcrossingrate(0to1)

Outcrossing rates and Pollen dispersal

estimates
t= outcrossing rate
Estimated using 5 loci, Ritland and Jains (1981) method,
several sites (6) and 3 years:
Is not different from 1.
Pollen dispersal:
Estimated using 3 methods:
a) Dispersal of fluorescent dyes in two different years.
b) Minimum distance between an active female and male
inflorescence.
c) Paternity analysis based upon progeny with a rare allele
(LAP 3) and 4 other loci.

Seed dispersal estimates:

Primary dispersal (seed fall under the
mother): using isolated palms
Secondary dispersal: attaching a nylon
filament to evaluate dispersal by mammals

Total neigborhood =
pollen dispersal + primary seed
dispersal + secondary seed dispersal =
2551 m2
This has to be multiplied by the effective
density.
We used three methods to estimate it:
Nei and Imaizumi (1966) Ne = Nr* L
Crow and Kimura (1972) Ne = No *L *i
Hill (1972) Ne =(4No-2)L/(Var(f) +2)

Effective population size in

Astrocaryum mexicanum,
mexicanum direct
methods:
These methods gave the effective density by m2,
and using it in the neigborhood:
Ne = 234 (Nei and Imaizumi);
Ne = 560 (Hill);

Ne /N= 0.177

Ne /N=0.434

May be a gross subestimate, because, for

instance, long distance gene dispersal is very
difficult to estimate, but even if rare, it increases Ne
dramatically.

Other direct attempts to measure Ne in

plants:
Using non-corrected neighborhood sizes (reviewed
in Crawford, 1984; Eguiarte, 1990)
Mean Neb herbs(20 studies) = 364 individuals
(range 2- 3844)
Mean Neb trees (10 studies) = 292 individuals
(range 1- 3200)
Ne = 560 (Hill); Ne /N=0.434 in A. mexicanum
LARGE!
Ne /N in Papaver dubium = 0.07 (Mackay, 1980;
Crawford, 1994)
[In humans range Ne /N 0.34 to 0.95, mean 0.60 ]

Indirect methods to estimate Nm in A.

mexicanum:
Fst: measure of genetic differentiation = (Ht - Hs)/ Ht
Fst from 0 if there is no differences in allelic frequencies to 1 if
the populations are fixed at different alleles.

S. Wright found that Fst = 1/ 4 Ne m +1,

and Crow and Aoki (1984) developed a more general model
including mutation:

Fst = (1/ (4 Ne ma +1)), where a= [n/n-1] 2

(if the number of populations is large, both estimates converge).

A. mexicanum, indirect analyses:

Locus
Fst
Nem m(Ne=560)
Mdh1
6Pgd1
Pgi1
Adh1
Lap2

0.0318
0.0563
0.0141
0.0537
0.0422

4.3
2.4
9.8
2.5
3.2

0.008
0.004
0.018
0.005
0.005

Low or little differentiation among sites

Average Ne m 4.44:
Ne m larger than 1.
Las poblaciones se comportan como una gran
poblacin panmctica...

Otra manera indirecta de estimar el Ne:

Infinite alleles model (Kimura)

H=4Ne/(4Ne+1)

if (mutationrate)forallozymesis106
in Zea spp. Doebly et al. (1984) reported a range
H= 0.182-0.233
Ne range 55,623-75,945
in 655 plant species, Hamrick et al. (1992) found
a H=0.154
Ne = 45,508
higher than direct and ecological methods.
Vecindades genticas, entre Ne 1 a 4000!

H=4Ne /(4Ne +1)

Ne=45,50875,945

Vecindades genticas, entre Ne 1 a 4000!

The differences among estimates:

may be due to the fact that the infinite alleles model

may not describe their evolutionary process
(Barbadilla et al. , 1996)

estan midiendo cosas diferentes: vecindades el Ne

local y ecolgico, mientras que los alelos infinitos son
el resultado de la evolucin histrica de toda una
especie, formada por n poblaciones ligadas por flujo
gnico...

Vecindades el Ne local y ecolgico.

Alelos infinitos son el resultado de la evolucin histrica
de toda una especie, formada por n poblaciones
ligadas por flujo gnico...

ESPECIE
poblaciones

AA
Aa

Aa
aa
AA

AA
Aa

AA
AA

a
a
AA

A
A
A
Aa
A
AA

AA
AA

Aa

Aa

AA
Aa

AA
Aa

Aa
aa

aa

Aa
aa

aa
aa

AA
aa
Aa
Aa
AA
Aa

Aa

Aa
AA

Aa
Aa aa
AA
Aa
Aa Aa
Aa

Aa
AA

aa

AA
aa

aa

aa
aa
AA
aa
aa
aa
aa