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DNA

cidos Nuclicos: So molculas


formadas a partir da unio de
nucleotdeos a partir da ligao
fosfodiester
So responsveis em coordenar
todas as atividades celulares
incluindo o metabolismo celular e a
reproduo
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O DNA e o RNA so cidos


nuclicos formados por nucleotdeos
que consiste em um acar
(pentose), por um grupamento
fosfato e uma base nitrogenada
(prica e pirimdica).

CIDO DESOXINUCLICO

b) RNA (cido Ribonucleotdeo):


Formado por uma fita nica. A
apresenta como bases pricas a
adenina e guanina, e bases
pirimidicas uracila e citosina.
Responsvel pela expresso do
cdigo gentico com a sntese
protica.
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Nucleotdeos: So molculas
formadas por um acar (pentose),
por um grupamento fosfato e uma
base nitrogenada. So as unidades
formadoras dos cidos nuclicos
Base nitrogenada + Pentose + Fosfato

Nucleosdeo = Base nitrogenada


+ Pentose
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NUCLEOTDEOS

NUCLEOSDEOS
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Classificao dos nucleotdeos


Quanto a pentose
a) Ribonucleotdeo: a pentose a ribose
b) Desoxirribonucleotdeo: a pentose a
desoxirribose
Quanto a base nitrogenada:
a) Bases de purina: adenina e guanina
b) Base de pirimidina: citosina, timina e
uracila
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-furanose

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RNA

DNA
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15

A T

16

G C
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cidos Nuclicos
Numerao:
Pentose = Carbonos 1 a 5
Base nitrogenada pirimidinas = 1 a 6
purinas = 1 a 9
Ligao pentose pirimidina C 1 N-1
pentose purina C 1- N-9
Fosfato 5: mono-, di-, tri- = fsforo
ligao ster (baixa energia)
ligao fosfoanidro (alta energia)

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PURINAS

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PIRIMIDINAS

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Papel de nucleotdeos no metabolismo


celular:
fonte de energia no metabolismo ->
ATP
molcula-sinal em respostas
celulares - > cAMP
componente estrutural de enzimas e
co-fatores -> NAD, FAD, etc
constituinte dos cidos nucleicos RNA e DNA
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DNA: Armazenamento da informaco


gentica
RNA: vrias funes
RNA ribossomal (rRNA) - componentes
estruturais de ribossomos
RNA mensageiro (mRNA) intermedirio
RNA transferncia (tRNA) - molculas
adaptadoras que traduzem informao
do mRNA em amino cidos
snRNA, microRNA, etc
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DNA

29

RNA

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- Replicao: O DNA serve de


molde para a formao de
outra molcula de DNA.
Processo semi-conservativo
que ocorre na fase S da
interfase antes da clula se
dividir
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Transcrio: O DNA serve de molde


para a formao do RNA, originando
trs tipos:
- RNAm (RNA mensageiro): leva a
informao gentica copiada do
DNA
- RNAt (RNA transportador): leva os
aminocidos para a sntese protica
- RNAr (RNA ribossmico): forma os
ribossomos
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Traduo ou sntese
protica: com a participao
dos RNAs, ocorre a sntese da
protena a partir do RNA

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Principais diferenas entre DNA e RNA


DNA

RNA

Pentose do
nucleotdeo

Desoxirribose

Ribose

Base
Nitrogenada

A, T, G e C

A, U, G e C

Cadeia

Dupla

nica

Funo

Mantm a
Expressa a informao
informao gentica
gentica

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Nucleotdeos
Base
Adenina
Guanina
Citosina
Timina
Uracil

Nucleosdeo
Adenosina
Deoxiadenosina
Guanosina
Deoxiguanosina
Citidina
Deoxicitidina
Timidina
Uridina

Nucleotdeo
Adenilato
Deoxiadenilato
Guanilato
Deoxiguanilato
Citidilato
Deoxicitidilato
Timidilato
Uridilato

RNA
DNA
RNA
DNA
RNA
DNA
DNA
RNA

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Bases modificadas

48

Bases modificadas

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Ligao
Fosfodiester
Polaridade
5 -> 3
pH 7 = fosfatos
c/ carga negativa
neutralizados por
interaes inicas
com ptn, ions,
poliaminas

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Estrutura do DNA
2 cadeias independentes
Dupla hlice, sentido direito
Hlices anti-paralelas
Complementariedade das bases
Eixo externo hidroflico - deoxiribose + fosfato
Bases hidrofbicas (planas) no interior
Bases ligadas pontes de H + empilhadas
(stacking)
Major groove e Minor groove (ondulao)
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Estrutura do DNA
Bases hidrofbicas, relativamente
insolveis em gua pH neutro
> solublidade em pH + cido ou + bsico
interaes hidrofbicas por
empilhamento (base stacking) - duas
bases planas sobrepostas
stacking funo de fora van der Waals e
interao dipolo-dipolo entre bases
minimiza contato com gua
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Estrutura do DNA
Estabilidade da estrutura secundria:
1. Pontes de H pareamento Watson e Crick
funo de forma tautmero distncia
correta entre C-1 -> A -T e G - C
2. Interaes hidrofbicas
1.

Empilhamento (base stacking) = interao de


nuvens de eltrons

2. Hidrofobicidade (cavitation energy) = quebra de


pontes de H da gua fora bases internamente

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Estrutura do DNA
Pareamento de bases crtico:
1. Biolgico replicao, transcrio, controle
expresso gnica
2. Anlise Hibridizao, PCR, microarranjo,
seqenciamento

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Propriedades de Nucleotdeos
molculas altamente conjugadas afetando
estrutura, distribuio de eltrons e
absoro de luz UV
molculas planas (pirimidina) ou quase
(purina)
absorbncia mxima - cerca 260 nm
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Espectro de absorbncia de nucleotdeos

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Qumica de cidos Nucleicos


Estabilidade do DNA - depsito gentico!
Propriedades
Desnaturao = separao da dupla fita
quebra das pontes de H
causado por calor ou pH (e protenas in vivo)

Renaturao ou anelamento
decrscimo da temperatura ou pH

Alterao na Absorbncia (UV) Abs 260 nm


hipocromicidade: renaturao
hipercromicidade: desnaturao

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Desnaturao e renaturao do
DNA

Desnaturao
Calor melting
pH extremos DNA em pH 12

cido - hidrolisa DNA e RNA


Base hidrolisa RNA

Processo de desnaturao altera Absorbncia

Perda de stacking aumenta Abs 260 nm


DNA fita simples hidroxiapatita e S1 nuclease
Alterao Hipercrmica aprox. 30% maior

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Cintica de Renaturao
1. Soluo de DNA aquecida lentamente
2. Medir Abs260nm
3. Grfico Abs x Temperatura
4. DNA desnatura em faixa estreita de T oC de forma
cooperativa = Tm
DNA

RNA

Tm = temp. 50% DNA desnaturado


Tm = funo de [sais]
Conceito usado em sondas e
primers (estringncia)

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Cintica de Renaturao
Renaturao no apenas reverso de desnaturao!
ocorre naturalmente 5 10oC abaixo Tm
- Renaturao = funo de [DNA] freqncia de
bases complementares se encontrarem
- Depende de complexidade do genoma
-

Genoma no retorna a Abs260nm original


Genoma fragmentado renatura completamente

Renaturao = funo tamanho e complexidade


do genoma
Afetado concentrao de sais e temperatura
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Taxa de Renaturao
- Funo do tamanho
do genoma
- Genoma menor
renatura mais
rapidamente

Curvas CoT
C/Co = 1/(1 + kCoT)
C = [ssDNA]
Co = [DNA]
K = constante da taxa de
reassociao
T = tempo

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Cintica de Renaturao
Temperatura de desnaturao = Tm
Funo: composio G+C

Permite estimar tamanho de genoma


(CoT)1/2
Complexidade do Genoma

soma dos comprimentos das seqncias nicas


mais as unidades de comprimento de cada
famlia de seqncias repetitivas
Seqncias nicas componente cintico nico
> componente cinticos genoma complexo
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Curva Cot Cebola


Fold-back
Highly Repetitive

Medium Repetitive

Single/Low copy

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Cintica de Renaturao
Complexidade de Seqncia: grupo mnimo (em
pb) que define o genoma;
Valor Cot: definido como o produto da
concentrao de nucleotdeos em moles por
Litro (Co) e seu tempo de renaturao (t);
Componente Cintico: grupo de seqncias
genmicas que exibem propriedades de
renaturao similares, e consequentemente
aparecem como regio sigmoidal distinta na
curva Cot.
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Artigos publicados sobre cintica de reassociao

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Nmero de clones necessrios


para 99% certeza que todas as
seqncias esto presentes
Z = tamanho mdio inserto (pb)
G = tamanho 1 C do genoma (pb)

Nmero de clones necessrios


para 99% certeza que todas as
seqncias esto presentes
considerando as fraes de
componentes cinticos
(a, b, c e f)

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RNA
1961 - Jacob & Monod -> RNA intermedirio
RNAs ocorrem no ncleo e citoplasma

mRNA
monocistrnico - eucariotos
policistrnico - procariotos

rRNA
tRNA
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rRNA em Ribossomo

tRNA

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Hidrlise espontnea de RNA em condies alcalinas

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Estrutura de RNA
mRNA -> fita simples
tendem a assumir conformao helicoidal direita dominada
pelo emplihamento das bases (pur-pur)
auto-complementariedade - estrutura mais complexas
pareamento: A-U, G-C e G-U!
estrutura 3ria funo de seqncia (~ a ptn)
interaes com grupo OH de C-2
formas A e Z, mas no ocorre forma B!

rRNA
tRNA

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Qumica de cidos Nucleicos


Transformaes no -enzimticas
desaminao - perda de grupo
amina
alteraes espontneas, baixssima
taxa
perda de amina por C -> U reconhecido em DNA taxa 10-7 24 h-1
DNA - possui T ao invs de U!

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Qumica de cidos Nucleicos


Transformaes no -enzimticas
hidrlise da ligao N--glicosidil entre base e pentose
ou Depurinao
ocorre mais para purinas
acelerado em meio cido

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Qumica de cidos Nucleicos


Transformaes no
-enzimticas
radiao UV
condensao de 2 etilenos em
ciclobutano
DNA - 2 pirimidinas (T)
adjacentes -> dmeros

agentes ambientais
deaminanntes
alquilantes

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