Curso de Vero em Bioinformtica

CONTROLE DA EXPRESSO GNICA

DALILA L. ZANETTE

O DNA codifica as diferentes protenas

Protenas: unidades funcionais e estruturais de todos os organismos

Estrutura dos organismos

Enzimas que catalisam as reaes bioqumicas

Hormnios

Nucleotdeo unidade bsica do DNA

Nucleotdeo : pentose (desoxirribose) + base nitrogenada + fosfato

Purinas

Pirimidinas

Estrutura do DNA
Os nucleotdeos se ligam uns aos outros de forma linear ligao fosfodister

Estrutura do RNA

Pentose : ribose (diferente do DNA)

No lugar da timina, no caso do RNA, uracila

RNA mensageiro
sintetizado no ncleo a partir do DNA
TRANSCRIO

Cdigo gentico
A cada 3 nucleotdeos no DNA, forma-se um CDON

A seqncia destes cdons no DNA copiada em RNA mensageiro

Cada cdon codifica um aminocido, que a unidade bsica da estrutura

das protenas

A seqncia dos aminocidos, determinada pela sequncia de

cdons que d origem s diferentes protenas

Cdons

Dogma central da biologia molecular

Protenas

Dogma central da biologia molecular

Informao para sntese protica

Conceito de gene

Um segmento de DNA que tem a informao necessria

para a sntese de uma protena

Composto por :
-

regies codificantes xons

regies no-codificantes - ntrons

Estrutura do gene

INTRONS
3`

5`

EXONS
As regies codificadoras so chamadas de xons e so alternadas
por regies no-codificadoras, chamadas de ntrons

Estrutura do gene

Posteriormente, ocorre o splicing para retirada dos introns, ficando

somente a parte codificadora do gene, para orientar a traduo da protena

Diferentes tipos celulares

DNA igual para todas as clulas

do mesmo indivduo

No entanto, temos tipos especializados

de clulas, que so bastante
diferentes entre si

Alm das diferentes clulas que temos,

tambm existem diferentes situaes
nas quais nossas clulas so modificadas
em resposta a um estmulo
Ex. uso de medicamentos, alteraes
hormonais e doenas

EXEMPLOS DE DIFERENTES CLULAS

Clula
epitelial

Clula
muscular

Neurnios

Clulas do tecido
conectivo

O que torna uma clula diferente da outra?

Organismos multicelulares
Sntese e acmulo de diferentes RNAs e protenas
torna uma clula diferente da outra

Apesar da sequncia de DNA ser a mesma para todas as clulas

Raras excees, como os rearranjos que conferem a diversidade

do sistema imunolgico

Como as clulas diferem umas das outras ?

1. Processos comuns a todas as clulas - protenas em comum

2. Algumas protenas so encontradas somente em clulas altamente especializadas

3. RNAs mensageiros - qualidade e quantidade

4. H outras diferenas alm do RNA. Exemplo: fatores ps-traducionais

Dogma central da biologia molecular

Igual para todas as clulas

Transcrio
Diferentes RNAs podem
ser gerados
Traduo
Diferentes protenas podem
ser geradas

Nveis de regulao da expresso gnica

- Antes da transcrio
-Aps a transcrio (ps-transcricionais)
-Mecanismos ps-traducionais vrios
entre eles, mecanismos epigenticos

Nveis de regulao da expresso gnica

DNA

RNA

Protena

Antes da transcrio
Entre o DNA e o RNA

Fatores cis e trans

Fatores Trans-Atuantes
Genes que codificam estes fatores de regulao esto em outra
regio da molcula de DNA, tendo que migrar ao local de ao

Fatores Cis-Atuantes
Seqncias reguladoras, regio de ligao dos fatores transatuantes, esto na mesma molcula que o gene, ou transcrito de
RNA, que est sendo regulado

Fatores cis e trans

Fatores cis
Esto na fita de DNA. So as regies reguladoras, como as regies
promotoras dos genes, que so regies que podem ligar ou desligara
expresso do gene

Fatores trans
Ligam-se ao DNA, mas provm de outra regio do DNA, que os codifica para
agirem sobre os fatores em cis

Fatores cis e trans

Ativadores
Repressores
Reforadores
Elementos isolantes

Regies reguladoras e regies promotoras

Incio da transcrio: ATIVADORES FATORES CIS

Forma mais simples

Ativadores:
Atraem, posicionam e
modificam os fatores de
transcrio e a RNA pol II

Ativadores dois stios

Ativadores que agem distncia

Enhacers ou reforadores
aumentam a transcrio do gene

Podem agir distncia

Acima ou abaixo

O DNA faz uma ala

Como os fatores de transcrio acessam o DNA-alvo ?

DNA empacotado para ocupar menos

espao na clula
Organizao de DNA, RNA e protenas
HISTONAS em um complexo chamado
CROMATINA
Histonas protenas que compe a cromatina
Heterocromatina
DNA condensado
Eucromatina DNA estendido

Estrutura do DNA : nucleossomos e cromatina

Unidade bsica da heterocromatina

NUCLEOSSOMOS

Nucleossomos: aproximadamente 147 nucleotdeos enrolados sobre um octmero

de histonas com 2 cpias de cada tipo de histona

Estrutura do DNA : cromossomos e cromatina

DNA dupla hlice
Nucleossomos
Contas de colar
Os nucleossomos
se enrolam
Cromossomo na
sua forma estendida
Cromossomo na
sua forma condensada

Cromossomo mittico
inteiro

Resultado : o cromossomo empacotado 10.000 vezes menor do que

sua forma estendida

Ativadores podem modificar a cromatina

Organizao em nucleossomos
Acesso dos fatores de transcrio
atravs de modificaes
na cromatina
Para ativao das regies promotoras,
Ocorre recrutamento de histona-acetiliases
e complexos de remodelagem da cromatina

Cromatina acetilada ativa, desenrolada

Fcil acesso dos fatores de transcrio e
da RNA polimerase II s regioes reguladoras
do gene

Ativadores e cromatina
Ativador se liga ao DNA
Complexo de remodelagem da cromatina

Remodelagem da cromatina
Enzimas modificadoras das histonas: histona-acetilases

Modificao covalente das histonas

Outros ativadores

Outros ativadores ligados s regies reguladoras

Fatores de transcrio e RNA pol II conseguem acessar o DNA

Montagem do complexo de iniciao no promotor

Outros ativadores e rearranjo das protenas do complexo

INCIO DA TRANSCRIO

Repressores
Represso de grandes regies - heterocromatina
Represso local : vrias maneiras, podendo haver:
1. Ativador e repressor competem pela mesma regio
reguladora do DNA
2. O repressor se liga regio de ativao, mascarando-a
e impedindo a ligao do ativador
3. O repressor interage com o complexo de transcrio
antes que ele esteja pronto, impedindo seu funcionamento
4. Recrutamento de complexos de remodelagem
de cromatina, que podem compactar o DNA
5. Os repressores recrutam histona-desacetilases, que vo inativar a cromatina,
compactando-a

Complexos de protenas reguladoras

Geralmente ocorre formao de complexos distintos que se formam de forma
especfica frente regio de DNA apropriada

As protenas reguladoras no tm funo fixa, elas podero agir como ativadoras

ou repressoras dependendo da regio que esto regulando
As unidades reguladoras que geram os complexos, vo se unir, formando
uma determinada combinao que por sua vez, ir determinar se aquele complexo
ir ativar ou reprimir a transcrio

Co-ativadores
Co-repressores

Regio de controle gnica

Regio de controle gnica todo o DNA envolvido na regulao de um gene

Quantidade de protenas reguladoras de genes

Protenas reguladoras

Sequencias
reguladoras

DNA espaador

Fatores de
transcrio
RNA POL II

promotor

Protenas reguladoras

Controle ps-transcricional

Processamento normal do RNA

SPLICING: retirada dos introns, ficam somente os exons

Processamento normal do RNA

Capeamento
-

Logo aps a transcrio

Ligao efetiva de 7-metilguanosina ao primeiro nucleotdeo 5 do
transcrito de RNA.

Protege o transcrito do ataque da exonuclease 53

Facilita o transporte do RNAm para citoplasma
Papel no encaixe da subunidade 40S dos ribossomos no mRNA

Poli-adenilao
-

Aps o trmino da transcrio clivagem terminal do RNA

Adio de cerca de 200 resduos de adenilato
. Facilitar transporte para o citoplasma
. Estabilizar o RNAm
. Facilita a traduo

Processamento normal do RNA

5CAP
RNAm

5m7G

AAAAAAAA3

CaudapoliA

Controle ps-transcricional : splicing alternativo

Combinaes diferentes de xons um gene, vrias protenas

Tipos de splicing alternativo

O que so os genes ?

Genes so sequncias de DNA transcritas como uma unidade que geram uma
determinada protena

Mecanismos de controle da expresso

gnica podem gerar diferentes transcritos,
variantes do mesmo gene, como
o mecanismo de splicing alternativo
Sequncias de DNA transcritas como uma unidade que codificam um grupo de
protenas semelhantes (isoformas)

Regulao do transporte de RNA

Somente RNAm com estrutura de 5`cap e cauda poliA vo para o

citoplasma

Grande parte dos RNAs mensageiros nem saem do ncleo

O RNAm pode ir para locais especficos no citoplasma, prximo de onde a

protena atua

Regio 3`- UTR que quem regula esse direcionamento

Estabilidade dos RNAs mensageiros

RNA mensageiro instvel codificam protenas cujas taxas

de produo mudam rpido dentro da clula
Fatores externos tambm influenciam

Degradao do RNAm sequncia do RNA

Encurtamento da cauda poli-A

Clivagem da cauda poli-A por endonucleases

Mecanismos para a criao de clulas especializadas

As diferenas dramticas que existem entre os diferentes tipos

celulares produzida por diferenas na expresso gnica

Estudo da expresso gnica

Para ajudar a entender os mecanismos que tornam uma clula diferente
da outra, seja em organismos diferentes, tecidos diferentes ou situaes
diferentes

O fato de que as clulas possuem diversos nveis de regulao da expresso

gnica indica sua importancia para definir os processos e funes de cada
tipo celular ou a resposta de cada clula a uma determinada situao

Estudos globais da expresso gnica:

Sequncias pequenas de cada gene, que o identificam
SAGE

Microarrays

Bibliotecas de ESTs: dados mais detalhados

Somente as sequncias transcritas EXPRESSED SEQUENCE TAGS

Sequncias grandes de DNA complentar, gerado a partir do RNA das clulas

O maior nmero possvel de sequncias gerado e sequenciado BIBLIOTECA

Com objetivo de acumular toda a informao possvel do TRANSCRIPTOMA
das clulas, ou seja, tornar conhecidas todas as sequncias de DNA que so
transcritas em RNAm naquela clula