Anlisis de Flujos

Metablicos

Flujos Metablicos
El flujo metablico se define como la
tasa o velocidad a la que un sustrato se
convierte en un producto va reacciones
y rutas metablicas.
Sustrato Metabolito Intermedio Producto

Anlisis de Flujos
metablicos
Mtodo
para
determinar
los
flujos
metablicos
Utiliza modelos estequiomtricos de las vas
y balances de masa para metabolitos
intracelulares
Se miden los flujos de metabolitos
extracelulares
Se obtiene un mapa de flujos metablicos
que permite comparar distintas condiciones
y encontrar posibles problemas en la va

Anlisis de Flujos
metablicos

El Anlisis de flujos metablicos se puede

definir como el clculo y el anlisis de la
distribucin de flujos de una va metabolica de
un sistema en estudio

Esto puede ser representado en una matriz

estequiomtrica S de m metabolitos (filas) y n reacciones
(columnas).

RNA

P+ GLUC

SOD

0.042 0.006

0.006

aa
PRO T
RIBU5P

nu
0.057

0.234

RIB5P

GLUC
0.559

4.611

0.325

0.177

GLUC6P

XIL5P

0.208

CARB

3.844

FRUC6P
SED7P

GAP

0.177

0.148

E4P

6.256

GL IC

3PG

0.029

6.151

PRO T

0.025

aa

4.130

EtO H

SOD

0.004

0.102

LIP
0.063

0.014

SOD
0.046

PRO T

4.267

0.137
0.166

AcCoAcit

aa

PEP

ACET

RNA

0.022

AC

aa
0.079 MAL

8.988

ADP

O2 E 3.564 O2

0.105
0.029

6.122
0.138

PIR

0.019

SOD

0.028

aa

0.048

aa

PRO T

0.025

0.004

aa

SOD

0.017

0.069

PRO T

0.247 AcCoAmit

nu
OAC

CO2

1.470

1.397

0.724

NH4 E

1.470

8.850

NH4
CO2 E

ISOCIT
1.470

1.397

ATP

nu

1.470

0.174

0.025

RNA

GAP

2.232

FRUC6P

LIP

4.169

FUM

AKG
1.349

1.349

SUC
1.345

SUCCoA

0.121

PRO T

aa

0.097

0.023

SOD

RATIO P-/P+ GLUC

RNA
1.11

1.82(0.96)

aa
PROT
RIBU5P

nu
1.10

1.63

RIB5P

GLUC
1.74

1.05

1.82

GLUC6P

XIL5P

1.80

1.60

CARB

0.92

FRUC6P
SED7P

GAP

1.80

1.84
0.36

E4P

FRUC6P

PROT

LIP

1.00

ACET

4.49

1.46

AcCoAcit

aa

RNA

1.11

aa
MAL

1.40

2.09

E 2.07

O2

ADP
O2

1.82(1.46)

PROT

AcCoAmit

nu
1.60

NH4E

OAC

CO2

1.60

1.61

1.38

NH4
CO2E

1.60

FUM

AKG
1.62

1.62

SUC

1.33

ISOCIT

1.61

ATP

aa

1.82(1.60)

1.60

1.32

1.82(1.41)

PROT

AC

aa

PIR

3.73
3.34

1.82(1.16)

PROT

1.60

1.23
1.39

1.09

1.11

aa

1.23

PEP

1.82(1.60)

nu

1.23

1.23

aa

EtOH

RNA

GAP

GLIC
3PG

1.60

LIP

0.99

1.62

SUCCoA

1.47

PROT
aa

1.82(1.47)

Ejemplo 1

 Se asume estado pseudoestacionario para los

intermediarios B, D y NADH, luego
son 3 restricciones en el sistema
1. 1 - 2 - 3 =
0
2. 3 - 4 - 5 =
0
3. 2 - 2 5
0

Resolviendo para v2, v3 y v4 en trminos de v1 y

v5

1. 2

2 5

2. 3
- 2 5

3. 4
- 3 5

La resolucin de este simple sistema se podra

hacer mediante clculos manuales, pero esto no
es posible en todos los casos y no es
recomendable
En vez de esto, se utiliza una aproximacin
matricial, en el cual las reacciones son tratadas
utilizando lgebra lineal

As, definimos 3 conceptos

Matriz estequiomtrica (T)
Vector de flujos en estado estacionario (v)
Vector de flujos medibles (r)

Matriz de coeficientes
estequiomtricos
S1 S2.SN P1 P2PM M1 M2MK
Reaccin 1

-2 0

0 1 0

0 0

0 0

Reaccin 2

0 -2

0 0 0

1 0

0 0

Reaccin 3

0 0 -1

0 0 0

1 0

0 0

0 0

0 0 0

0 0

0 0

0 0 -1

0 0 0

0 0

0 0

0 0

0 0 0

0 1

-1

1 0

0 0

0 -1 0 1

0 0

0 1

0 0

0 0 0

0 0

-1 -1 0

Reaccin J

0 0

0 1 0

0 0

0 -1

Ejemplo 2

Sustrato (S)

1
Metabolito Intracelular 1 (A)
2

Metabolito Intracelular 2 (B)

1 (P1)
4

Metabolito Intracelular 3 (C)

5

Producto 2 (P2)

6
Producto 3 (P3)

Producto

Reacciones

1
1.

A
2

2.

B
3

3.

P1
4

4.

C
5

5.

P2
6

Balance Estado Estacionario para

Metabolitos Intracelulares
A:

B:
3

C:
5

+
4
+

4
6

3
5

Matriz de Coeficientes
estequiomtricos

T=

P1

P2

P3

-1

-1

-1

-1

-1

-1

Ecuacin de Balance Metablico

r
=

V : vector de flujos
r : vector de flujos medibles
T: matriz de coeficientes estequiomtricos

Ecuacin de Balance Metablico

rs

-1

rp1

rp2

rp3 =

-1

-1

-1

-1

-1

6 incgnitas, 3 metabolitos en estado

estacionario
3 grados de libertad, hay que medir 3
metabolitos:
r = -1
r = 0.3
r

= 0.5

Ecuacin de Balance Metablico

-1

-1

0.3

0.5

-1

-1

-1

-1

-1

Ecuacin de Balance Metablico

-1

-1

-1

-1

0.3

0.5

-1

-1

-1

-1

-1

-1

-1

-1

-1

-1

Resultado

1
2

0.3
0.7

0.5

0.2

Sustrato (S)
1
Met Int 1 (A)

1
Met Int 2 (B)
1 (P1)

0.3
Producto
0.7

Met Int 3 (C)

0.5
0.2
Producto 2 (P2)
3 (P3)

Producto

Ejercicio 3
A

B
1

ATP

NADH

ADP
CO2

C
4

ADP
3

ATP

CO2

D
ATP

NADH
5

ADP

CO2
ATP

7
NAD+
H

NAD+
G

NADH
ADP

NAD+

Reacciones
1.

2.
3.
4.
5.

6.

1
A + ATP C +
CO2
2
B + NAD+ C
3
C D + ATP
4
C E + CO2
5
D + ATP F +
CO2
6
D G + NAD+
7

Balance Estado Estacionario para

Metabolitos Intracelulares
C:

1 + 2 - 3 - 4 = 0 1 + 2 = 3 + 4

D:

3 - 5 - 6 = 0 3 = 5 + 6

F:

5 - 7 = 0 5 = 7

ATP:

- 1 + 3 - 5 - 7 = 0
3 = 1 + 5 + 7

NAD+: - 2 + 6 + 7 = 0 2 = 6 + 7

Matriz de Coeficientes estequiomtricos

Ecuacin de Balance Metablico

r
=

V : vector de flujos
r : vector de flujos medibles
T: matriz de coeficientes estequiomtricos

Ecuacin de Balance Metablico

7 incgnitas, 5 metabolitos en estado

estacionario
2 grados de libertad, hay que medir 2
metabolitos:

Ecuacin de Balance Metablico

Ecuacin de Balance Metablico

Resultado
A

B
2

NAD+

ATP

NADH

ADP
CO2

C
2

ADP
3

ATP

CO2

D
ATP

NADH
0.5

ADP

2.5

CO2
ATP

G
NADH

0.5

NAD+

ADP
H

NAD+

Anlisis de Flujos
metablicos
Segn la estructura de la matriz
estequiomtrica, el sistema puede encontrarse
de 3 formas:
Determinado, sobredeterminado o
subdeterminado
r TT v
Sistema exactamente determinado

(T T ) -1 r (T T ) -1 T T v
v (T T ) -1 r

Ecuacin de Balance Metablico

-1

-1

0.3

0.5

-1

-1

-1

-1

-1

Ecuacin de Balance Metablico

-1

-1

-1

-1

0.3

0.5

-1

-1

-1

-1

-1

-1

-1

-1

-1

-1

Anlisis de Flujos
metablicos
Segn la estructura de la matriz
estequiomtrica, el sistema puede encontrarse
de 3 formas:
Determinado, sobredeterminado o
r S v
subdeterminado
Sistema exactamente determinado (matriz no
invertible)

v ST S

-1

ST r

v (S) -1 r

Anlisis de Flujos
metablicos
Segn la estructura de la matriz
estequiomtrica, el sistema puede encontrarse
de 3 formas:
Determinado, sobredeterminado o
r S v
subdeterminado
Sistema exactamente determinado

v S r
-1

v S S
T

-1

ST r

Sistema sobredeterminado: Es necesario agregar

informacin al sistema, medicin de metabolitos
extracelulares (vector b).

Ecuacin de Balance Metablico

7 incgnitas, 5 metabolitos en estado

estacionario
2 grados de libertad, hay que medir 2
metabolitos:

Anlisis de Flujos
metablicos
Segn la estructura de la matriz
estequiomtrica, el sistema puede encontrarse
de 3 formas:
Determinado, sobredeterminado o
subdeterminado
r S v
Sistema subdeterminado: Es necesario agregar
restricciones, solucin con optimizacin lineal.