STRUKTUR

DNA DAN RNA

ASAM NUKLEAT
Asam nukleat
polimer yang dibentuk oleh mononukleotida
Fungsi
menyimpan, mereplikasi dan mentranskripsi
informasi
genetika

NUKLEOSIDA
Merupakan seny. N-glikosida dr bs purin dan
pirimidin yg dihubungkan oleh ikt glikosida antara
atom karbon-1 dr pentosa dg atom nitrogen 1(N
1) dr pirimidin atau nitrogen 9 (N -9) dr purin

BASA PURIN DAN PIRIMIDIN

NUKLEOTIDA
Nukleotida (nukleosida
fosfat) adl ester asam fosfat
dr
nukleosida
merupakan nukleosida yg
terfosforilasi.

NH2

O
HO

Berperan serta dlm sejumlah

besar proses biokimiawi
peran yg paling dikenal
adl sbg prekursor
monomer RNA dan
DNA

P
O

N
5

OCH2

O
1

4
3

OH

OH

Basa
(adenin)

H3C

Timin

Subunit Nukleotida dari DNA

Subunit Nukleotida dari RNA

POLINUKLEOTIDA
Polimer

mononukleotida
Deoksi asam ribonukleat (DNA)
Asam ribonuklaet (RNA)

DNA
DNA merupakan struktur yang dibangun oleh KH pentosa
(deoksiribosa), fosfat dan suatu basa dalam bentuk
polimer
dan berkombinasi membentuk helix ganda.
Blok pembangun DNA adalah 5-carbon sugar
deoxyribose
yang saling dihubungkan oleh ikatan fosfodiester
sehingga
terbentuk dua untai ganda dengan tulang punggungnya
dibentuk dari ikatan KH-fosfat pada bagian luar helix.

STRUKTUR DNA

 Kedua strand dari helix saling

merupakan komplemeternya
masing-masing.
Setiap pentosa-nya juga
terikat pada salah satu dari
keempat basa yang terdiri dari
adenine (A), guanine (G),
cytosine (C) atau thymine (T).
Gula deoksiribosa dan fosfat
yg menyusun DNA terletak
dibgn luar molekul, sdgkan bs
purin dan pirimidin tletak di
sebelah dlm untaian (heliks)

 Strand yang berlawanan diikat

oleh suatu ikatan non kovalen
diantara dua basa yang selalu
berpasangan G dengan C
oleh
tiga ikatan hidrogen dan A
dipasangkan dengan T oleh
dua ikatan hidrogen.
Terdapat dua posisi dari
pentosa yang terikat pada
gugus fosfat yaitu pada ujung
5-P dan ujung 3-OH.

Menurut James Watson &

Francis Crick
Ukuran jarak antara
pasangan basa
0,34 nm (3,4 oA)
Setiap putaran untaian td 10
ps basa dan jarak satu putar
heliks 3,4 nm
Diameter untaian DNA 2,0
nm

Bentuk Fisik Struktur DNA

Bdsrkan jml ps basa bbrp tipe (bentuk)
Tipe

Pasangan
bs/putaran

Diameter
heliks (nm)

A
B
C
D
E
Z

11
10
9,33
8
7,5
12

2,3
1,9
1,9
1,8

 Untaian (strand) DNA td

dua
lekukan (groove)
lekukan besar (major
groove)
lekukan kecil (minor
groove)
lekukan pada tipe B lebih
mudah mikat protein
drpd
tipe A ( lebih dalam)

DNA (Gen) terdiri dari tiga struktur penting yaitu :

Bagian yang disebut gene regulatory segment
mngdung srtuktur yang terlibat pada proses inisiasi
dan pengaturan proses transkripsi.
Exon bagian yang mengandung codon untuk
ditranslasikan oleh mRNA menjadi protein.
Intron bagian struktur yang tidak mengandung codon
(intervening sequence).

KROMOSOM

KROMATIN

NUKLEOSOM

RNA

Spt pd DNA molekul RNA dibentuk oleh nukleotida

yang saling dihubungkan menjadi satu rantai

KH pada DNA deoksiribosa. Sedangkan RNA KH-nya

adalah ribosa.
Basa timin diganti oleh urasil pada RNA

STRUKTUR RNA
DNA terdiri dari dua untai yang

saling komplementer membentuk

helix ganda, ttp RNA hanya terdiri
dari satu untai tunggal, akan tetapi
dapat melipat lipat dirinya dalam
suatu aturan tertentu.
Basa pada RNA sama spt DNA,
kecuali timin diganti oleh urasil.

3 macam RNA penting

mRNA (messenger-RNA) yg melakukan tranfer
informasi mengenai deretan asam amino pada
protein yang akan dibangun sesuai dengan
urutan kode pada DNA asal.
rRNA (ribosomal-RNA) yang membangun
ribosom
bersama dengan protein
tRNA (transfer-RNA) yang mentransfer asam
amino ke ribosom untuk sintesis protein.

mRNA

rRNA

rRNA

tRNA

tRNA
Td 75 bh nukleotida
Td 4 lengan utama
lengan akseptor
lengan
antikodon
lengan D
lengan T C
lengan
tambahan
Fungsi sbg
penyelaras
utk translasi

FAKTOR YANG MEMPENGARUHI

KESTABILAN DNA
Kestabilan struktur DNA
Tumpukan (stacking) basa nukleotida pd satu rantai
interaksi hidrofobik antara basa-basa nukleotida
hilang krn panas & reagensia struktur tdk
teratur :
serapan cahaya
Ikatan hidrogen
antara basa-basa yg berpasangan pd rantai ganda
terutama pada ps antara C dan G
makin >> ps C-G, makin stabil struktur

Denaturasi DNA
Pecahnya ikatan hidrogen antara ps basa pada rantai ganda
rantai tunggal (single Stranded)
Penyebab Denaturasi
Panas
ikt hidrogen
stacking
Asam basa
asam protonasi ggs N dr A,G dan C
basa deprotonasi ggs N dr G dan C

Tingkat denaturasi DNA tgantung pd tinggi suhu

pubahan tk denaturasi DNA suhu btingkat
absorban 260
makin > pgeseran str, mk makin > nilai absorban
cahaya
efek hiperkromik
denaturasi lengkap DNA suhu > 90oC

Renaturasi
Proses pbentukan kembali str untai ganda dr keadaan
terdenaturasi

SINTESIS PROTEIN

SINTESIS PROTEIN
Transkripsi dan Translasi
Dua proses utama yg mhubkan gen ke protein
Gen memberi perintah utk mbuat protein ttentu,
ttp gen tdk mbangun protein secara langsung
Jembatan antara DNA dan sintesis protein adalah
RNA
Proses translasi suatu sel minterpretasikan pesan
genetik dan mbtk protein yg sesuai
pesan tsb berupa rangkaian kodon pd mRNA
dan interpreternya tRNA (anti kodon)

KODE GENETIK
Kelompok nukleotida yang mengkode asam amino
disebut dengan Kodon.
Kodon terdiri dari 3 nukleotida berdekatan
(triple kodon), menghasilkan 64 kodon spesifik

Kodon
Kodon terdiri dari 3 basa nukleotida pada
mRNA (A, G, C, U)
Rangkaian nukleotidanya selalu ditulis
dari ujung 5 3
Kombinasi basa nukleotida 64
kombinasi yg berbeda
61 kombinasi 20 asam amino yang
lazim
3 kombinasi lainnya sinyal terminasi
sintesis protein (translasi)
Kodon terminasi : UAG, UGA, UAA

Karakteristik kode genetik:

1.
2.
3.

4.

Spesifisitas: kodon spesifik mengkode asam

amino tertentu
Universalitas: spesifisitas kode genetik selalu
dipertahankan dari awal mula
Kemubaziran: walaupun setiap kodon
berhubungan dgn satu asam amino, tapi asam
amino bisa mempunyai lbh dr satu kode triplet.
Tidak tumpang tindih dan tidak berjeda: kode
yg dibaca dari titik permulaan yg tetap dlm
bentuk rangkaian basa yg kontinyu (masing2 3
basa pada 1 kali pembacaaan)

KODE GENETIK
(Pemakaian Kodon dlm mRNA)
U
UUU
UUC
U

UUA
UUG

}
}

Phenylalanine
Leucine

CUU
C

CUC

Leucine

C
UCU
UCC

A
UAU

Serine

UAC

UCA

UAA

UCG

UAG

CCU

CAU
CAC

CCC

Proline

CUG

CCA
CCG

CAA
CAG

AUU

ACU

AAU

CUA

AUC

Isoleucine

ACC

Threonine

AAC

AUA

ACA

AAA

AUG START Methionine

ACG

AAG

GUU
GUC

GCU

GAU
GAC

GUA
GUG

Valine

GCC
GCA
GCG

Alanine

GAA
GAG

}
}
}
}
}
}
}
}

Tyrosine

STOP**
Histidine
Glutamine

Asparagine
Lysine

Aspartic acid

Glutamic acid

UGU
UGC

UGA
UGG
CGU
CGC

Cysteine

U
C

STOP**
Tryptophan

Arginine

CGA
CGG
AGU
AGC
AGA
AGG
GGU
GGC
GGA
GGG

G
U
C
A
G

}
}

Serine
Arginine

U
C
A
G
U

Glycine

C
A
G

MEKANISME BIOSINTESIS PROTEIN

Semua RNA (tRNA, mRNA dan rRNA) yang
berbeda terlibat dalam sintesis protein. Proses
biosintesis protein disebut
Penerjemahan,
karena
informasi
harus dipindahkan dari
bahasa empat huruf asam nukleat (U,C,A,G)
menjadi bahasa 20-huruf unsur-unsur pokok asam
amino protein.

Proses sintesis protein diuiraikan

dalam beberapa fase

Fase pembtk aminoasil-tRNA

Fase inisiasi
Fase elongasi
Fase terminasi
Pembentukan protein fungsional

FASE PBTK AMINOASIL-tRNA

Pembentukan aminoasil-tRNA dikatalisis oleh
enzim
aminoasil-tRNA sintetase
Langkah 1
Asam amino + ATP aminoasil-AMP + PPi
Langkah 2
aminoasil-AMP + tRNA aminoasil-tRNA +
AMP

FASE INISIASI
Pembentukan Ribosom 80S
1. Pengikatan subunit ribosom 40S
ke mRNA (IF 3)
2. Melekatkan antikodon tRNA pd
kodon pertama mRNA
(GTP, IF-1 dan IF-2)
3. Pegikatan ribosom 60S ke mRNA
ribosom 80S
Tempat P (peptidil-tRNA)
Tempat A (aminoasil-tRNA)
4. Kodon pertama yg ditranslasi
adl
AUG (met)

FASE ELONGASI
1. Pikatan aminoasil-tRNA ke
tempat A (msh kosong)
aa-tRNA mbtk komplk dg
EF-1 dan GTP
2. Ggs -amino pd aminoasiltRNA
(tmpt A) mrang (nukleofilik)
ggs karboksil pd peptidil-tRNA
(tmpt P) peptidil tranferase
3. Disosiasi t-RNA dr tempat P
4. Translokasi peptidil yg baru
tbtk
pd tempat A ke tempat P yg
kosong memerlukan EF-2 dan
GTP

FASE TERMINASI
Tjd ketika kodon tanpa
makna
dikenali
1. Stlh elongasi dlm proses
polimerisasi protein,
kodon terminasi (tanpa
makna) muncul di tempat A
2. Faktor pelepasan dan GTP
akan menghidrolisis ikatan
antara peptida dan t-RNA
(tmpt A)
Proses hidrolisis protein + tRNA

3. Ribosom 80S berdisosiasi mjd

40S dan 60S dan kmd didaur
ulang

PEMBENTUKAN PROTEIN FUNGSIONAL

Polipeptida yg tbtk dr proses sintesis
Membentuk protein fungsional
Sekunder
Tersier
Kuartener

PENGATURAN BIOSINTESIS
PROTEIN
Sistem lac operon (operon laktosa)
Pertama kali bakteri E Coli
Francois Jacob dan Jacques Monod
Operon kelompok (bbrp) gen struktural yg diekspresikan
secara bersama-sama dg menggunakan promoter
yg sama
Sistem lac operon sistem pengendalian ekspresi gen-gen
yang bertanggung jawab di dalam
metabolisme laktosa

Pengaturan negatif
Glukosa ada
Tanpa induksi represor + operator

Pengaturan positif
Tanpa glukosa
Induksi ada represor + penginduksi

KLASIFIKASI PROTEIN

Penggolongan protein
Protein

dibagi
dalam 4
tingkatan:

Protein tersier

Protein kuarten

Struktur Protein

Proteinmemilikiempatstratifikasistruktur:

1.)Strukturprimer:strukturprimermerupakansusunanasamaminospesifik
darisuatuprotein,Contoh:glisinfenilalaninmetioninglisindan
seterusnya.
2.)Struktursekunder:merupakanbentukyangmunculakibatdari
terbentuknyaikatanhidrogenantarasamaminoyangmenyusunrantai
protein.Terdapatduabentukstrukturskunderyaitulembaranbetadan
alfaheliks.
3.)Strukturtersier:merupakanstrukturtigadimensionaldarikeseluruhan
protein.Bentuktersierdapatbulatlonjongtakberaturandansebagainya,
strukturiniterbentukakibatadanyaikatandisulfida,garam,daninteraksi
hidrofobikdarirantaisampingasamaminoyangmenyusunprotein
tersebut.
4.)Strukturkuartener:merupakanstrukturyangdibentukdarigabungan
beberapapolipeptida/protein.

Primer protein
Urutan

asam amino dlm protein

disebut struktur primer protein.
Jika struktur primer protein yg normal
dan yg mengalami mutasi telah
diketahui mendiagnosis dan
mempelajari suatu penyakit

Protein sekunder
Struktur

inti polipeptida umumnya

membentuk susunan asam amino
yang teratur dan letaknya berdekatan
satu sama lain dalam urutan linear
Heliks-alfa, lembaran-beta, dan
lipatan-beta merupakan contoh
struktur sekunder yg ditemukan pada
protein

Heliks-alfa
Ikatan

hidrogen: suatu heliks-alfa

distabilkan o/ikatan hidrogen yg luas di
antara oksigen karbonil ikatan peptida dan
hidrogen amida yg menjadi bagian
kerangka polipeptida
Asam amino di setiap putaran: heliks-alfa
punya 3,6 asam amino di setiap putaran
Asam amino yang mengganggu heliks-alfa:
prolin, asam amino bermuatan (glutamat,
aspartat, histidin, lisin, dan arginin)

Lembaran-beta
Lembaran-beta

adalah bentuk lain

struktur sekunder dengan semua
komponen ikatan peptida yg terlibat
dlm pembentukan ikatan hidrogen

Lipatan-beta (putaran
terbalik)
Dinamakan lipatan-beta karena
bentuk ini sering menghubungkan
untaian lembaran-beta antiparalel yg
berurutan
Lembaran-beta umumnya dibentuk
oleh 4 asam amino, yg salah satunya
adalah asam imino (prolin) yg
menyebabkan bengkokan pada rantai
polipeptida

Protein tersier
Struktur primer suatu rantai polipeptida
menentukan struktur tersier rantai
polipeptida tsb
tersier merujuk pada 2 hal yaitu
pelipatan domain (unit dasar struktur dan
fungsi) dan pengaturan akhir domain pada
polipeptida
Domain adalah unit fungsional dasar dan
unit struktural tiga dimensi suatu
polipeptida

Terdapat 4 jenis interaksi yang bekerja sama

dlm menstabilkan struktur tersier protein
globular:
1. Ikatan disulfida (ikatan kovalen dr gugus
sulfuhidril) pd setiap 2 residu sistein sistin
2. Interaksi hidrofobik, asam amino dgn rantai
samping bersifat nonpolar cenderung di bag
dalam molekul polipeptida, t4 berhubungan
dgn asam amino hidrofobik lainnya
3. Ikatan hidrogen, rantai samping asam amino
yg mengandung oksigen-hidrogen yg
mengikat nitrogen dpt membentuk ikatan
hidrogen dgn atom2 yg kaya dgn elektron
4. Interaksi ionik, gugus bermuatan negatif
(spt gugus karboksil) pd rantai samping dpt
berinteraksi dgn gugus bermuatan positif
(spt gugus amino)

Protein kuartener
Banyak

protein yg mengandung
rantai polipeptida tunggal, dan
protein2 tsb disebut protein
monomerik
Susunan sub-unit polipeptida disebut
kuartener protein dimerik,
trimerik, multimerik

Antibiotika yg mhambat sintesis protein

Antibotik

Langkah yg dihambat

Kloramfenikol

Peptidil tranferase ribosom

Sreptomisin
baca

Inisiasi kodon mRNA salah

Tetrasiklin
Puromisin
dini
Sikloheksimid

Mencegah pencantelan
aminoasil-tRNA
Mengikat tempat A terminasi
Peptidil tranferase ribosom

Thank you
for your kind
attentions ..