Anda di halaman 1dari 87

MEMBRAN DAN PERMUKAAN SEL

PENDAHULUAN
 Membran memiliki sejumlah fungsi seluler yang essensial.
Membran menyusun batasan dari sel dan organel-
organel intraseluler. Membran juga menyediakan suatu
permukaan sebagai tempat terjadinya berbagai proses
dan reaksi biologis.
 Membran memiliki protein yang berperan sebagai
perantara, mengatur transpor metabolit, makromolekul
dan ion-ion.
 Hormon, agen-agen pengatur, dan molekul pemberi
signal biologis menunjukkan efeknya dengan interaksi
pada membran
 Fotosintesis, transpor elektron, fosforilasi oksidatif,
kontraksi otot bergantung pada membran dan protein
yang ada di dalamnya.
 Membran biologis merupakan lipid dan protein
(salah satu di antaranya dapat mengandung
gugus karbohidrat) yang tersusun secara unik
dan rapi
 Lipid yang ditemukan pada sistem biologis
merupakan molekul amfifatik (memiliki gugus
polar dan gugus non-polar)
 Bagian polar dari molekul amfifatik akan berada
pada permukaan membran dan berinteraksi
dengan molekul=molekul polar
 Protein berinteraksi dengan lipid dalam berbagai
cara yang akan dijelaskan pada bab ini
1. MEMBRAN
 Semua sel memmiliki membran sitoplasmik (plasma membrane)
yang berfungsi untuk memisahkan sitoplasma dari lingkungan
di sekeliling
 Membran sitoplasma memiliki kewajiban untuk
1. Mengeluarkan ion-ion atau molekul-molekul yang bersifat
toksik terhadap sel
2. Mengumpulkan nutrien-nutrien yang dibutuhkan oleh sel
3. Transduksi energi
4. Lokomosi sel
5. Reproduksi sel
6. Proses transduksi sinyal
7. Interaksi dengan molekul atau sel lain yang berada di
dekatnya
 Membran sitoplasma pada sel prokariotik relatif kompleks
karena tidak ada organel intraseluler, sehingga tidak ada
pembagian kerja. Bakteri menjalankan semua aktivitasnya
pada membran plasma atau di dalam sitoplasmanya
 Pada sel eukariotik, terdapat sejumlah organel
intraseluler yang memiliki tugas masing-masing.
 Proses yang terjadi pada masing-masing organel
melibatkan peran membran secara aktif.
 Beberapa enzim yang terlibat dalam metabolisme
asam nukleat terasosiasi dengan membran.
 Sistem yang terasosiasi dengan rantai transpor
elektron untuk mensintesis ATP terikat pada
membran mitokondrial
 Enzim yang terlibat dalam biosintesis lipid terdapat
pada membran rektikulum endoplasma
1.1 Struktur Lipid yang terbentuk dengan spontan

A. Monolayers dan misel


 Lipid yang bersifat amfifatik membentuk variasi


struktur ketika ditambahkan pada larutan.
Struktur-struktur tersebut terbentuk untuk
meminimalkan kontak antara rantai lipid yang
hidrofobik dan larutan.
 Sebagai contoh, apabila asam lemak dalam jumlah
yang sedikit ditambahkan pada larutan, akan
terbentuk monolayer lipid pada perbatassan air
dan udara, dengan kepala gugus polar yang
berhubungan dengan permukaan air dan ekor
hidrofobik yang berhubungan dengan udara.
 Penambahan asam lemak yang lebih lanjut
mengakibatkan pembentukan misel,

 Misel yang dibentuk dari molekul lipid amfifatik
di dalam air, menempatkan bagian ekor di
dalam pusat dan bagian kepala pada bagian
permukaan misel
 Molekul amfifatik yang membentuk misel
dikarakterisasi oleh nilai CMC (critical micelle
concentration) yang unik.
 Di bawah nilai CMC, molekul lipid individual
mendominasi
 Di atas nilai CMC, molekul lipid membentuk
misel secara spontan
B. Lipid Bilayers

 Lipid bilayers terdiri atas pengaturan monolayers


yang disusun bertolak-belakang
 Fosfolipid lebih cenderung membentuk struktur
bilayer dikarenakan pasangan rantau asam
lemaknya tidak terbungkus dengan baik pada
bagian dalam misel
 Bilayers dapat terbentuk secara spontan pada luas
daerah yang besar
 Dikarenakan bagian ujung dari bilayers tidak
tertutup dan bagian yang ter-expose pada pelarut
sangat tidak diinginkan, maka bilayers yang
ekstensif pada umumnya membungkus dirinya
dan membentuk vesikel yang tertutup.
 Fosfolipid dapat membentuk vesikel unilamelar
(dengan lipid bilayer tunggal), yang dikenal juga
sebagai liposom; atau vesikel multilamelar yang
dikenal juga dengan istilah bangosomes
 Liposom merupakan struktur dengan tingkat
kestabilan yang tinggi dan dapat dimanipulasikan
dengan kromatografi gel filtrasi dan dialisis
 Liposom dapat digunakan sebagai sistem transpor
obat-obatan dan enzim dalam aplikasi terapi
 Sebagai contoh, liposom dapat digunakan sebagai agen
yang mengintroduksi agen kontras ke dalam
tubuhuntuk prosedur CT dan MRI
 Liposom dapat bergabung dengan sel. Jika liposom
dapat diarahkan enuju sel-sel tertentu , maka
liposom dapat digunakan untuk mengantarkan obat,
enzim atau agen kontras menuju sel tertentu,
misalnya sel kanker.
 Bentuk vesikel dan liposom merupakan konsekuensi
atas sifat lipid yang amfifatik dari molekul fosfolipid
 Interaksi antara gugus polar pada kepala dengan air
dimaksimalkan sedangkan interaksi hidrofobik
terjadi diantara rantai-rantai hidrokarbon
 Pembentukan vesikel mengakibatkan peningkatan
entropi di dalam lartua, karena molekul air menjadi
tidak teratur di sekeliling lipid.
 Bilayers memiliki bagian polar dan non-polar. Bagian
non-polar menghalangi masuknya ion maupun
pelarut air. Hal ini mengakibatkan pergerakan ion
melewati membran akan sangat lambat
1.2 Fluid Mosaic Model
 Pada tahun 1972, S.J. Singer dan G.L. Nicolson
mengajukan fluid mosaic model untuk struktur
membran, yang mengusulkan bahwa mwembran
merupakan struktur dinamis yang tersusun atas
protein dan fosfolipid
 Pada model ini. Bilayer merupakan matriks fluida
yang secara essensial merupakan pelarut dua
dimensi untuk protein
 Lipid dan protein dapat bergerak rotasi atau ke arah
lateral.
 Kedua peneliti tersebut mendefinisikan dua buah
kelas protein membran : protein periferal dan
protein integral
 Protein periferal (atau protein ekstrinsik) meliputi
protein-protein yang bagian molekulnya tidak
mempenetrasi lapisan bilayer. Protein tersebut hanya
menempel pada permukaan bilayer atas dasar
interaksi ionik dan ikatan hidrogen antara
permukaan membran dengan permukaan protein.
 Protein periferal dapat didisosiasikan dari membran
dengan cara penambahan larutan garam, maupun
dengan perubahan pH yang dapat mengganggu
ikatan yang terhjadi.
 Protein Integral (atau protein intrinsik), memiliki
permukaan hidrofobik sehingga dapat menpenetrasi
ke dalam lapisan bilayer. Protein ini dapat tertanam
sebagian atau tertanam menembus kedua sisi bilayer
 Fluid Mosaic Models merupakan paradigma untuk
penelitian struktur dan fungsi membran.
A.Ketebalan Membran Bilayer
 Model Singer-Nicolson mengusulkan ketebalan
membran bernilai sekitar 5 nm, sama dengan
ketebalan lipid bilayer
 Difraksi sinar-X dengan sudut rendah, pada awal
tahun 1970, menunjukkan banyak membran alami
memiliki ketebalan sekitar 5 nm
 Diketahui pula bahwa bagian interior dari membran
tersebut memiliki densitas elektron yang rendah.
Hal ini konsisten dengan model yang diajukan
karena rantai hidrokarbon memiliki densitas
elektron yang rendah
 Bagian luar dari membran yang sama menunjukkan
densitas elektron yang tinggi. Hal ini konsisten
dengan pengaturan gugus kepala yang berada di
luar permukaan membran
B. Orientasi Rantai Hidrokarbon dalam

lapisan bilayer
 Pada umumnya rantai hidrokarbon di dalam
biayer digambarkan tegk lurus terhadap bidang
permukaan membran
 Pada kenyataannya, fosfolipid dapat memiliki
orientasi yang miring berkelok atau variasi
lainnua
 Pada umumnya, rantai non-polar pada lipid yang
terletak paling dekat dengan permukaan akan
memiliki orientasi yang tegak lurus terhadap
bidang membran, dan bagian rantai yang
terletak lebih jauh dari permukaan membran
akan berkurang keteraturan orientasinya.

C. Mobilitas membran bilayer

 Percobaan pertama yang mendemonstrasikan


pergerakan protein lateral di dalam membran
dideskripsikan oleh L.Fyre dan M. Edidin pada 1970.
 Pasa percobaan itu, sel manusia dan sel tikus difusikan
bersama untuk menentukan apakah protein
membran integral dari dua sel yang berbeda dapat
bergerak di dalam sel fusi yang baru.
 Antobodi yang spesifik untuk protein sel manusia
ditandai dengan rhodamine (fluoroesen merah)dan
antibodi yang spesifik untuk protein sel tikus
ditandai dengan fluorescein (fluoroesen hijau)
 Ketika kedua antibodi ditambahkan ke dalam sel fusi,
terindikasikan bahwa protein membran integral dari
kedua sel telah bergerak dalam arah lateral dan
terdisperdi ke seluruh permukaan sel fusi
1.3 Membran memiliki Struktur Asimetri
A.Lipid menunjukkan asimetri membran lateral
 Lipid pada sistem pada umumnya ditemukan dalam kelompok
asimetrik. Kelakuan tersebut dinamakan sebagai pemisahan
fasa, yang mana muncul secara spontan maupun akibat
pengaruh dari luar
 Sebagai contoh, Ca2+ menginduksi pemisahan fasa di dalam
membran yang terbentuk dari fosfatidilserin (PS), dan
fosfatidiletanolamin (PE) atau membran yang terbentuku dari
PS, PE dan fosfatidilkolin. Ca2+ yang ditambahkan ke dalam
membran membentuk kompleks dengan karboksil serin yang
bermuatan negatif, sehingga mengakibatkan PS untuk
membentuk kelompok dan berpisah dengan lemak lain.
 Contoh lain, Kolesterol dapat berada di antara rantai asam lemak
membran bilayers dalam kondisi tidak simetri.
 B. Protein menunjukkan asimetri membran
lateral
 Protein membran pada umumnya terdistribusi secara
acak pada bidang membran secara menyeluruh. Hal ini
ditunjukkan denan mikrograf elektron
 Akan tetapi, protein membran dapat juga terdistribusi
dalam keadaan yang tidak acak pada membran. Hal ini
dapat terjadi karena beberapa sebab. Beberapa protein
harus berinteraksi erat dengan protein lain, sehingga
membentuk kompleks dengan multisubunit yang
memiliki fungsi spesifik
 Bakteriorhodopsin membentuk pengelompokkan yang
sangat teratur pada membran Holobacterium
halobium, dikenal juga sebagai bercak ungu pada
membran.

 C. Asimetri transverse Protein
 Penemuan fakta bahwa protein membran tidak simetri
dalam arah transverse ditemukan karena percobaan
dengan glikophorin secara tidak sengaja
 Glikophorin merupakan glikoprotein pada membran
eritrosit. Perlakuan keseluruhan eritrosit dengan tripsin
dapat melepaskan gugus karbohidrat dari glikophorin.
 Dikarenakan tripsin terlalu besar dan tidak dapat masuk
melalui membran eritrosit, maka ujung-N dari
glikophorin yang mengandung karbohidrat harus
dikeluarkan dari sel eritrosit.
 Bretscher menunjukkan bahwa [35S]-formilmetionilsulfon
metil fosfat dapat mengenali ujung-C dari glikophorin
pada saat membran eritrosit dipecahkan, namun ujung-C
tidak dapat dikenali ketika membran eritrosit masih
bersifat utuh.
 Hal ini menunjukkan bahwa ujung-C hanya ter-expose
pada bagian interior sel eritrosit.

D. Asimetri Transverse Lipid

 Fosfolipid juga terdistribusikan secara asimetrik pada


membran.
 Pada eritrosit, fosfatidilkolin (PC) menyusun hampir
30% dari fosfolipid total pada membran. Dari
jumlah tersebut, 76% dari PC ditemukan pada
bagian luar dari monolayer dan 24% ditemukan
pada bagian dalam dari monolayer.
 Distribusi lipid secara asimetrik penting untuk sel
dalam beberapa hal. Gugus karbohidrat dari
glikolipid (dan glikoprotein) akan selalu mengarah
ke permukaan luar membran plasma dan berperan
dalam pengenalan sel.
 Muatan total pada permukaan dalam dan permukaan
luar membran bergantung pada persebaran lipid.
Perbedaan muatan mempengaruhi potensial
membran, yang kemudian mengaktifkan membran
protein sebagai penyalur ion
 Dari sudut pandang termodinamika, asimetri
hanya dapat terjadi karena sintesis bilayer
yang asimetri pula atau dikarenakan
mekanisme transpor yang bergantung pada
energi dan tidak simetri.
 Pada sel-sel eukariotik, fosfolipid, glikolipid
dan kolesterol disintesis oleh enzim yang
terdapat di dalam atau pada permukaan
rektikulum Endoplasma dan sistem golgi.
Sebagian besar dari proses biosintetik
tersusun tidak simetri pada membran RE dan
golgi. Selain itu, terdapat protein transfer
lipid yang mentransfer fosfolipid, glikolipid,
dan kolesterol menuju membran lain.
E. Flippase

 protein yang dapat membalikkan fosfolipid dari


satu sisi bilayer menuju sisi lainnya
 Protein ini mengurangi waktu yang dibutuhkan
oleh fosfolipid untuk menyeberangi membran
dari 10 hari menjadi hanya dalam beberapa
menit saja.
 Beberapa sistem dapat beroperasi tanpa input
energi, namun pergerakan pasif tidak dapat
mempertahankan bentuk asimetri transverse
 Pergerakan yang bergantung pada energi
mungkin bertanggung jawab terhadap
pembentukan lapisan lipid asimetri transverse.
1.4 Transisi Fasa Membran
 Lipid pada lapisan bilayer mengalami perubahan radikal
pada keadaan fisik di dalam rentang temperatur
tertentu (temperatur transisi atau tempertur leleh) yang
dinamakan transisi fasa.
 Melibatkan perubahan substansial pada organisasi dan
pergerakan rantai asil lemak di dalam bilayer.
 Pada keadaan sebelum transisi, bilayer menunjukkan
kondisigel yang tersusun secara rapi. Pada kondisi ini
ikatan karbon-karbon pada rantai lipid mengadopsi
konformasi anti. Luas permukaan per jumlah lipid
diminimalkan dan ketebalan bilayer menjadi maksimal.
 Pada keadaan setelah transisi, terbentuk kristalin cair,
yang mana mobilitas rantai asil lemak menjadi
intermediate antara alkana padat dan alkana cair.
Ikatan karbon-karbon pada rantai lemak mengadopsi
konformasi gauche. Sebagai akibatnya, luas permukaan
per lipid meningkat dan ketebalan bilayer menurun.
 Karakteristik umum pada transisi fasa bilayer :
1. Transisi selalu endotermik
2. Fosfolipid khusus menunjukkan sifat temperatur transisi
yang khas. Tm meningkat seiring dengan
bertambahnya panajang rantai; menurun seiring
dengan sifat ketidakjenuhan, dan bergantung pada
sifat kepala (gugus polar)
3. Pada fosfolipid bilayer yang murni, transisi terjadi pada
rentang temperatur yang sempit. Transisi fasa pada
dimiristol lesitin hanya memiliki rentang 0,2 °C
4. Membran biologi menunjukkan transisi fasa yang luas dan
bergantung pada komposisi lipid dan protein pada
membran
5. Pada lipid bilayer tertentu, keadaan pra-transisi terjadi 5°
hingga 15 °Cdi bawah fasa transisi
6. Pada transisi fasa lipid bilayer, juga terjadi perubahan
volume
7. Transisi fasa bilayer sangat sensitif terhadap keberadaan
zat terlarut yang berinteraksi dengan lipid, seperti
kation multivalen, peptida, dll.
2. Struktur protein membran
 Lipid bilayer menyusun unit struktural fundamental pada
semua membran biologis
 Protein mengerjakan semua fungsi aktif membran, seperti
aktivitas transpor, fungsi reseptor, dan proses lainnya
 Protein periferal adalah protein globular yang berinteraksi
dengan membran melalui interaksi elektrostatik dan
ikatan hidrogen dengan protein integral.
 Protein integrl adalah protein yang terasosiasi secara kuat
dengan lapisan lipid bilayer, yang mana sebagian dari
protein tertanam pada bilayer ataupun menembus lapisan
bilayer
 Protein yang terjangkar pada lipid (lipid-anchored protein)
merupakan protein yang berasosiasi dengan membran
dikarenakn jangkar lipid yang terhubung secara kovalen
dengan protein
2.1 Protein membran Integral
 Dapat dibedakan ke dalam dua buah kelas:
- Protein yang terhubung atau tersangkut pada
membran oleh sebagian kecil segmen hidrofobik,
sementara sebagian besar segmen lainnya
berhubungan dengan pelarut air, baik hanya pada
satu sisi membran atau pada kedua sisinya
- Protein yang berbentuk globular dan tertanam secara
hampir sempurna di dalam membran, hanya
mengeluarkan permukaan yang sangat kecil untuk
berhubungan dengan air di luar membran.
 protein yang berada pada pusat non-polar dari
lapisan lipid bilayer didominasi bentuk α-heliks atau
lembaran-β, karena struktur-struktur ini dapat
menetralisasi gugus N-H dan C=O yang sangat polar
pada rantai tulang belakang peptida, dengan
pembentukan ikatan hidrogen.
 A. Protein dengan segmen transmembran
tunggal
 Pada protein yang hanya terhubung pada membran oleh
segmen polipeptida hidrofobik yang kecil , segmen
tersebut cenderung membentuk struktur α-heliks
 Sejumlah protein membran terhubung pada membran
dengan bagian hidrofobik yang membentuk struktur
α-heliks, sementara bagian hidrofilik berhubungan
dengan sitoplasma atau ruang ekstraseluler. Protein
sejenis ini pada umumnya berperan sebagai reseptor
molekul ekstraseluler atau sebagai tempat pengenalan
yang membuat sistem imun dapat mengenali dan
membedakan sel virus atau bakteri
 Contoh : Glikophorin. Sebagian besar dari glikophorin
berorientasi pada permukaan luar sel. Bagian
ekstraseluler berperan sebagai reseptor untuk virus
influenza. Glikophorin memiliki berat molekuler total
sekitar 31.000 serta terdiri dari 40% protein dan 60%
karbohidrat
B. Protein dengan 7 segmen transmembran -

Bakteriorhodopsin
 Protein membran yang mengadopsi bentuk globular
pada umumnya sering terlibat dalam aktivitas
transpor dan fungsi lain yang memerlukan bagian
tertentu dari peptida untuk tertanam di dalam
membran
 Protein-protein ini dapat mengandung sejumlah α-
heliks hidrofobik yang terhubung dengan daerah
‘engsel’ sehingga protein dapat berbentuk zig-zag
melewati membran
 Sebagai contoh : Bakteriorhodopsin berkelompok
dalam pola heksagonal. Rantai polipeptida ini
memnyeberangi membran sebanyak 7 kali dalam
bentuk 7 segmen α-heliks, hanya sedikit bagian
yang terpapar pada bagian luar membran.

C. Protein membran dengan motif

lembaran-β : Porin
 Protein porin yang ditemukan pada
bagian luar membran dari bakteri gram
negatif dan bagian luar membran
mitokondrial sel eukariotik menggulung
membran dengan lembaran-β yang
sangat luas
 Sebagai contoh maltoporin (Protein LamB
atau reseptor Lambda) yang
berpartisipasi dalam memasukkan
maltosa dan maltodekstrin ke dalam
E.Coli
2.2 Protein Membran yang
terhubung dengan Lipid
 Dikenal dengan istilah protein yang terjangkar pada
lipid
 Beberapa protein ditemukan terhubung secara
kovalen dengan molekul lipid. Molekul lipid
tersembunyi ke dalam lapisan bilayer, sehingga
protein berada dalam keadaan terhubung pada
permukaan membran.
 Lipid yang mengikat dapat dipasangkan dan
dipisahkan dari protein secara reversibel. Hal ini
merupakan faktor dalam pengendalian jalur
transduksi sinyal pada sel eukaryotik
A. Jangkar miristoil yang terhubung dengan

amida
 Asam miristat dapat terhubung dengan ikatan
amida pada gugus α-amino pada ujung
terminal N residu glisin pada protein
tertentu.
 Proses ini dinamakan n-miristoilasi dan
dikatalisis oleh miristoil-CoA, protein N-
miristoiltransferase (NMT)
B. Jangkar asil lemak yang terhubung dengan tioester
 Sejumlah protein viral dan seluler mengandung asam
lemak yang terhubung secara kovalen melalui ikatan
ester pada rantai samping residu sistein atau serin
atau threonin yang terdapat pada rantai polipeptida
 Miristat, palmitat, stearat dan oleat dapat
terseterifikasi dengan cara ini.
C. Jangkar Prenil yang terhubung secara tioeter

 Poliprenil atau prenil merupakan rantai panjang


gugus poliisoprenoid yang diturunkan dari unit
isopren
 Melibatkan gugus farnesil atau geranilgeranil
 Penambahan gugus prenil terjadi pada residu
sistein dari ujung karboksil urutan CAAX dari
protein target (C=sistein, A=residu alifatik,
X=Asam amino apa saja)
 Hasilnya adalah farnesil atau geranilgeranil yang
terhubung secara tioeter
 Setelah reaksi prenilasi terjadi protease akan
memotong tiga residu dengan ujung karboksil
dan gugus karboksil dari residu tersisa (sistein)
dimetilais untuk memproduksi ester
D. Jangkar glikosil fosfatidilinositol

 Glikosil Fosfattidilinositol (GPI) memodifikasi


asam amino dengan ujung karboksil dari
protein target melalui residu etanolamin yang
terhubung pada oligisakarida, yang
terhubung pula pada bagian inositol dari
Fosfatidilinositol
 Oligosakarida pada umumnya terdiri dari pusat
tetrasakarida dengan tiga residu manosa dan
satu buah glukosamin, yang dapat diubah
dengan memodifikasi residu manosa atau
penambahanrantai samping galaktosil
dengan berbagai ukuran, fosfoetanolamin
ekstra, atau penambahan N-asetilgalaktosa
atau residu manosil.
3. Membran dan Polisakarida permukaan sel

3.1 Dinding sel bakteri


 Beberapa dari polisakarida yang menarik


ditemukan pada dinding sel bakteri
 Bakteri menggunakan polisakarida untuk
melindungi sel karena kekuatan dan kekakuan
yang merupakan sifat polisakarida
 Bakteri memiliki tekanan osmotik internal yang
relatif tinggi dan sering menghadapi kondisi
lingkungan yang hipotonik, atau sebaliknya.
Dinding sel berguna untuk mempertahankan
bentuk sel dan ukurannya, mencegah terjadi
penyusutan ataupun pembengkakan
A. Peptidoglikan

 Semua dinding sel bakteri memiliki lapisan


peptida-polisakarida yang kuat dan protektif,
yang dinamakan peptidoglikan
 Peptidoglikan merupakan sebuah molekul
tunggal yang dibuat mengelilingi sel dengan
struktur ikatan silang yang kontinu
 Rantai tulang belakang adalah polimer dari N-
asetilglukosamin dan asam N-asetilmuramik
yang saling bergantian dan terhubung dengan
ikatan β (14)
 Bakteri gram positif memiliki dinding sel yang
tebal (sekitar 25 nm) yang terdiri atas lapisan
peptidoglikan yang banyak
 Bakteri gram negatif memiliki dinding sel yang
lebih tipis (hanya 2-3 nm) yang terdiri atas
hanya satu lapisan peptidoglikan yang terjepit
di antara membran lipid bilayer luar dan
dalam
B. Dinding sel dari bakteri gram negatif

 Pada bakteri gram negatif,dinding peptidoglikan


merupakan bingkai kaku yang menyusun struktur
membran yang detail.
 Lapisan peptidoglikan terhubung dengan membran
luar melalui sekelompok protein hidrofobik.
Protein-protein tersebut, masing-masing memiliki
57 residu asam amino yang dihubungkan melalui
ikatan amida dari rantai samping residu lisin pada
ujung-C protein dengan gugus asam
diaminopimelik pada peptidoglikan.
 Asam diaminopimelik menggantikan salah satu dari
residu D-alanin pada 10% dari peptida pada
peptidoglikan. Pada ujung lain dari protein
hidrofobik, residu ujung-N (serin) membuat ikatan
kovalen dengan lipid yang merupakan bagian dari
membran luar
 Bagian luar dari membran bakteri gram negatif
dilapisi dengan kompeks lipopolisakarida,
yang terdiri atas gugus lipid pada membran
luar dan polisakarida rantai panjang dari
struktur yang berbeda-beda.
 Unit yang berbeda-beda dan unik menentukan
antigenesitas dari bakteri (antigenesitas =
sistem imun hewan mengenali sebagai zat
asing dan meningkatkan antibodi terhadap
mereka). Determinan antigenik dinamakan
O-antigen
 C. Dinding sel dari bakteri gram-positif
 Bagian eksterior sel bakteri gram positif lebih
sederhana
 Dikarenakan tidak ada membran luar, sel gram
positif memiliki dinding sel yang lebih tebal.
 Asam teichoic (polimer dari ribitol fosfat atau
gliserol fosfat yang terhubung dengan ikatan
fosfodiester) terhubung secara kovalen pada
lapisan peptidoglikan
3.2 Polisakarida pada Permukaan sel

 Bagian unik dari setiap sel dimulai dari bagian


permukaan sel. Hal ini dikarenakan sel
menghabiskan seluruh kehidupannya berkontak
dengan sel lain, sehingga diperlukan komunikasi
antar sel
 Sel mampu mempertukarkan informasi.
 Sebagai contoh, miosit dari jantung, ketika
dibiakan pada kultur mengjasilkan sinkronisasi
ketika terjadi kontak, sehingga miosit-miosit
tersebut berdetak dengan seragam. Ketika sel-sel
tersebut dipisahkan, sifat kesinkronan antara
kedua sel hilang. Ketika kedua sel dihubungkan
kembali, maka kesinkronan antara kedua sel
kembali terwujud.
 Contoh lainnya sel ginjal yang ditumbuhkan
pada kultur sel hati akan memisahkan diri,
mencari sel ginjal yang lain dan menghindari
kontak dengan sel hati. Pertumbuhan kedua sel
akan terjadi secara bebas hingga suatu saat
pertumbuhan terhenti karena sel ginjal
bertemu dengan sel hati. Fenomena ini
dinamakan inhibisi kontak
 Struktur molekular dari sel mengenali dan
memberikan respon terhadap sel yang
berdekatan. Banyak dari interaksi ini
melibatkan glikoprotein pada permukaan sel
dan proteoglikan pada matriks ekstrseluler.
4. Glikoprotein
 Banyak protein yang ditemukan di alam merupakan
glikoprotein, karena mengandung gugus oligo sakarida
dan polisakarida yang terhubung secara kovalen.
Glikoprotein meliputi protein struktural, enzim, reseptor
membran, protein transpor dan imunoglobin
 Gugus karbohidrat dapat terhubung dengan rantai
polipeptida melalui gugus hidroksil dari serin, threonin,
atau hidroksilisin (dalam sakarida yang terhubung
dengan O) atau melalui nitrogen amida dari asparagin
(dalam sakarida yang terhubung dengan N)
 Sakarida yang terhubung dengan O (O-linked saccharides)
sering ditemukan pada glikoprotein permukaan sel dan
di dalam musin (glikoprotein besar yang melapisi dan
melindungu membran mukos dalam daerah pernafasan
dan pencernaan
 Interaksi sterik yang permanen antara residu gula dan
residu protein mengakibatkan inti peptida terlipat dan
menghasilkan konformasi yang relatif keras
 Glikoprotein membran yang mengandung
sakarida yang terhubung dengan O (O-linked
saccarides) dapat dibedakan menjadi dua buah
kelompok :
 Glikoprotein yang terglikosilasi pada O sepanjang
domain ekstraseluler. Contoh :Leukosialin.
 Leukosialin mengadopsi struktur terulur yang
mengakibatkan glikoprotein menjulur jauh,
mungkin ditujukan untuk melindungi sel dari
interaksi yang tidak diinginkan
 Glikoprotein yang terglikosilasi pada O hanya pada
batang protein yang memisahkan domain
transmembran dengan domain globular. Contoh :
LDL.
 Batangan protein yang terglikosilasi berfungsi
untuk menjauhkan domain globular sehingga
dapat berinteraksi dengan molekul tertentu .
Glikoprotein anti-beku

 Glikoprotein anti beku atau Antifreeze


glycoproteins (AFGPs) ditemukan pada darah
hampir semua ikan antartika dan setidaknya lima
ikan artik.
 Glikoprotein itersebut memiliki struktur peptida :
[Ala-Ala-Thr]n-Ala-Ala, yang mana n dapat
berupa 4,5,6,12,17,28,35,45,atau 50.
 Setiap residu threonin diglikosilasikan dengan
disakarida β-galaktosil-(1 3)-α-N-
asetilgalaktosamin
 Glikoprotein anti beku menghambat pembentukan
es pada ikan dengan mengikat secara spesifik
pada tempat pertumbuhan kristal es, sehingga
menginhibisi pertumbuhan kristal lebih jauh
Oligosakarida yang terhubung dengan N

 Oligosakarida yang terhubung dengan N


ditemukan pada banyak protein yang berbeda,
termasuk imunoglobin G dan M, Ribonuklease
B, Ovalbumin, dan hormon peptida
 Banyak gugus yang diketahui atau dicurigai
merupakan glikosilasi N pada protein
 Glikosilasi dapat mempengaruhi sifat fisik dan
kimiawi dari protein
 Karbohidrat yang diglikosilasikan telah
dibuktikan dapat menstabilkan konformasi
protein dan melindungi protein dari proteolisis
 Pemotongan oligosakarida sebagai penentu
waktu degradasi protein
 Pemotongan residu monosakarida secara perlahan-lahan dari glikoprotein
yang terhubung dengan N (N-linked glycoproteins) yang mengalir di
dalam darah berfungsi untuk menargetkan degradasi protein pada
waktunya.
 Hati memiliki protein reseptor spesifik yang mengenali dan mengikat
glikoprotein yang siap didegradasi dan didaur ulang
 Serum glikoprotein yang baru disintesis memiliki tiga rantai oligosakarida
(triantennary) yang terhubung dengan N, yang mana asam sialic
menutupi residu galaktosa
 Ketika glikoprotein disirkulasikan di dallam darah, enzim di dalam darah
akan memotong gugus asam sialic , memaparkan residu galaktosa.
 Di dalam hati, reseptor asialoglikoprotein mengikat galaktosa yang
terpapar dari glikoprotein dengan afinitas yang sangat tinggi
 Kompleks reseptor dan glikoprotein kemudian dibawa ke dalam sel
dengan cara endositosis. Glikoprotein didegradasai di dalam lisosom
seluler.
 Afinitas pengikatan glikoprotein oleh reseptor
asialoglikoprotein akan semakin besar apabila
jumlah galaktosayang terpapar semakin banyak,
dan sebaliknya
 Dalam periode waktu tertentu, enzim di dalam
darah akan memotong asam sialic pada
glikoprotein, sehingga galaktosa hanya akan
terpapar ketiga-tiganya setelah selang waaktu
tertentu.
 Semakin lamah glikoprotein telah bersirkulasi
dalam darah, semakin besar pulakemungkinan
asam sialic telah diputuskan.
 Hal ini merupakan sistem pengaturan di dalam
tubuh yang sangat elegan

5. Proteoglikan
 Merupakan kerabat dari glikoprotein, yang mana bagian
karbohidratnya merupakan glikosaminoglikan. Hanya sedikit
dari struktur proteoglikan yang diketahui
 Memiliki variasi ukuran, dari serglisin dengan 104 residu asam
amino hingga Versikan dengan 2409 residu asam amino.
 Pada proteoglikan yang telah dikenali, unit glikosaminoglikan
terhubung dengan O pada residu serin dari urutan dipeptida
Ser-Gly
 Serglisin dinamakan karena keunikan domain pusat dari 49 asam
amino yang tersusun atas residu glisin dan serin secara
bergantian
 Proteoglikan pada matriks kartilago memiliki 117 pasang Ser-Gly
 Decorin, proteoglikan kecil yang disekresikan oleh fibrblas dan
ditemukan pada matriks ekstraseluler dari jaringan
penghubung, hanya mengandung tiga pasang Ser-gly, yang
amana hanya satu yang diglikosilasi dengan normal
Fungsi dari Proteoglikan

 Proteoglikan dapat larut dan terletak di dalam


matriks ekstraseluler (pada kasus serglisin,
versikan dan proteoglikan matriks kartilago) atau
merupakan protein integral transmembran
 Berfungsi dengan berinteraksi dengan molekul lain
melalui komponen glikosaminoglikan dan
domain reseptor spesifik di dalam polipeptida
tersebut
 Sindekan, Merupakan proteoglikan transmembran
yang berasosiasi dengan aktin sitoskeleton di
dalam sel, namun apabila berada di luar sel
berinteraksi dengan fibronektin
Proteoglikan dapat membuat kartilago

menjadi fleksibel dan resilient


 Pada kartilago, filamen panjang dari asam
hialuronik didibungkus oleh molekul
proteoglikan
 Rantai haluronik dapat memiliki panjang 4μm
dan mengendalikan 100 atau lebih unit
proteoglikan
 Proteoglikan kartolago memiliki domain
pengikatan asam hialuronik pada bagian ujung
terminal NH2 polipeptida, yang berikatan
dengan asam hialuronat dengan bantuan
protein penghubung.
 Agregat proteoglikan-hialuronat memiliki berat
molekul sebesar 2 juta atau lebih
 Agregat proteoglikan-hialuronat sangat
terhidrasi dikarenakan interaksi yang kuat
anatara molekul air dan kompleks polianionik
 Ketika kartilago ditekan (pada saat berjalan
atau berlari), air diperas dari jaringan
kartilago. Akan tetapi, ketika tekanan
dihilangkan, air kembli diabsorbsi
 Hidrasi reversible memberikan sifat kartilago
yang reversibel, pengamanan bagi
sambungan tulang yang menghindari terjadi
cedera jaringan pada saat aktivitas berat, dan
lainnya