+
Abstrak
: untuk membuktikan bahwa polimorfisme nukleotide tunggal (SNPs)
Tujuan
terlibat dalam angiogenesis (VEGF, PLGF, VEGFR1, VEGFR2, HIF-1) dan kadar
dalam plasma protein yang berkaitan (VEGF, PLGF, sVEGFR1, sVEGFR2) pada
endometriosis
Desain : frekuensi alel jalur SNPs VEGF dan kadar plasma protein diperiksa pada
pasien dengan endometriosis dan kontrol
Pasien : sampel DNA dari 1.931 pasien ras kaukasian (1.109 pasien dengan
endometriosis dan 822 kontrol). Sebuah kelompok tambahan meliputi 973 sampel
DNA dari sukarelawan, laporan kesehatan oleh diri sendiri tanpa konfirmasi
laparoskopi
Hasil utama yg diukur : SNPs fungsional dari gen VEGF, VEGFR1, VEGFR2, HIF-1a
dan penandaan SNPs secara Hap Map dari gen PLGF dimana diperiksa genotipe
nya mengguakan tehnologi iPLEX pada pemeriksaan genotiping dengan
Sequenom MassArray dan TaqMan SNP. Kadar VEGF diperiksa dari sampel plasma
dalam asam ethylenediaminetetraacetic menggunakan pemeriksaan sistem BioPex Protein. PLGF, sVEGFR1 dan sVEGFR2 diukur dalam sampel plasma dalam
asam ethylenediaminetetraacetic menggunakan kit ELISA Quantikine
+
Abstrak
Hasil
+
Authors
Cases
Controls
Method
Type of samples
VEGF level in
VEGF level in
p-value
Endometriosis
Controls
(pg/mL)
(pg/mL)
241164
221128
NS
<0.001
and
Time of
processing
Gagne et al.,
131
146
ELISA
2003
Luteal
Luteal phase
phase
R&D Systems
Laparoscopy or
Laparotomy: Yes
Serum
Less than 5 hours
(h.)
Matalliotakis
28
20
ELISA
et al., 2003
All stages
Laparoscopy: Yes
Neo Markers
Serum
Increased
significantly
Within 1 h.
Fremont, CA.
25
13
DuoSet ELISA
Endometrioma
Stage III-IV
R&D Systems
Laparoscopy: Yes
Serum
216
199
(173-404)
(99-246)
0.019
Within 2 h.
(luteal phase)
Oliviera et al.,
2005
10
10
ELISA
Follicular phase
Follicular
Phasa
R&D Systems
Plasma
203
108
(143.5-315.0)
(85.5-192.5)
P=0.02
Immediately
Laparoscopy: Yes
Pupo-Nogueira
et al., 2007
Othman et al.,
2008
32
14
ELISA
All stages
Laparoscopy: Yes
R&D Systems
68
70
Bio-Plex Protein
array System
Serum
Within1-2 h.
Serum
All stages
NS
26.32
31.80
(3.18-63.36)
(7.28-79-35)
NS
0.22
Laparoscopy: Yes
Bio-Rad
All phases of cycle
Bourlev et al.,
2010
32
31
ELISA
Advanced stages
Luteal phase,
Follicular phase,
Anovulatory
Luteal phase
Follicular phase
R&D Systems
Laparoscopy: Yes
Serum
734156
9811.5
<0.05
+
Material dan Metode
Sampel DNA
Kasus endometriosis minimal-ringan (n=608) atau moderatberat (n=484) klasifikasi menggunakan sistem ASRM
Characteristics
Number
Endometrios Laparoscopic
Controls
is
1109
822
Ethnicity
Caucasian
Caucasian
Caucasian
Age, years
31.54.2
32.24.7
45.66.1
BMI
23.14.2
23.74.5
24.54.6
Subfertility
1043
776
Unknown
Laparoscopically evaluation of
endometriosis status
100%
100%
Not performed
Minimal-Mild
608
Moderate-Severe
484
Stage:
17
(mean SD)
missing data
973
+
Material dan Metode
Ekstraksi DNA
+
Material dan Metode
Pemilihan
dan genotiping SNP
SNP ID
Gene
Approach
Alternative
nomenclature
472H>Q
rs1870377
VEGFR2
Functional
1719T/A
V297I
rs2305948
VEGFR2
Functional
C/T
Function
Author
rs699947
VEGF
Functional
-2578C/A
-634G/C
rs2010963
VEGF
Functional
+405G/C
rs3025039
VEGF
Functional
+936C/T
Pro582Ser
rs11549465
HIF-1 alpha
Functional
+1772C/T
A588T
rs11549467
HIF-1 alpha
Functional
+1790G/A
rs9582036
VEGFR1
Functional
A/G
rs2268613
PLGF/PGF
Tag
TagSNPs
rs1042886
PLGF/PGF
Tag
TagSNPs
rs2268614
PLGF/PGF
Tag
TagSNPs
+
Material dan Metode
Pengukuran
VEGF plasma dan Hubungannya dengan polimorfisme VEGF dan HIF-1
Kadar VEGF diukur dari sampel plasma EDTA yg didapat dari 260 pasien (92
kontrol dan 168 endometriosis (103 minimal-ringan, 65 moderat-berat),
menggunakan Bio-Plex Protein Array System (Bio-Rad Laboratories)
Sampel ini mewakili subset 350 sampel yg digunakan untuk analisis VEGF pada
studi yg lain
Pemilihan subset ini berdasar kriteria inklusi dimana inforasi genotip tersedia
dari pasien terpilih
Sampel plasma diambil selama menstruasi (n=56), fase luteal (n=108), folikular
(n=96)
+
Material dan Metode
Pengukuran
+
Material dan Metode
Pengukura kadar plasma PLGF, sVEGFR1, sVEGFR2 dan hubungannya
dengan polimorfisme gen PLGF, sVEGFR1, sVEGFR2 : studi percontohan
Kadar PLGF, sVEGFR1, sVEGFR2 diukur dari sampel plasma EDTA yang
didapat dari 39 pasien (19 kontrol dan 20 endometriosis (11 ringan, 9
moderat) menggunakan ELISA Quantikine kits (R&D Systems)
Laparoscopic
Minimal-Mild
Moderate-Severe
Caucasian
Caucasian
Caucasian
20
19
17
32
45
19
40
39
29
92
103
65
Controls
Ethnicity
Cycle phase
Menstrual
Follicular
Luteal
Total per Stage
TOTAL IN STUDY
260
+
Material dan Metode
Statistik
Data dirangkum menjadi frekuensi (prosentase) untuk variabel kategorikal dan mean ( untuk
variabel kontinyu
Kadar plasma dievaluasi dengan Mann-Whitney test dan Kruskal-Wallis test dengan Dunn's
multiple comparison test.
Sebuah kurva analisis receiver operating characteristic dibuat untuk menentukan diagnostic
performance VEGF untuk mendiagnosis endometriosis
X2 test digunakan untuk membandingkan distribusi alel dan frekuensi genotip antara
endometriosis dan kontrol
Sebuah model alelik digunakan untuk menghitung odd ratio dan 95% confidence intervals (CI)
Kasus dikelompokkan ke dalam 2 sub-kelompok berisis wanita dengan endometriosis minimalringan dan wanita dengan endometriosis sedang-berat, kemudian genotip dan distribusi alelik
dari polimorfisme masing-masing kelompok dianalisis terpisah
Genotip SNP diuji dengan Hardy-Weinberg equilibrium untuk kontrol dan semua SNP dalam
Hardy-Weinberg equilibrium
Bonferroni correction untuk tes multipel dilakukan dengan multiplikasi nilai P dengan jumlah
genotip SNP dimasukkan analisis statistik
1.931 Kaukasian
Pasien LUFC
laparoskopi
1.109 endometriosis
(+)
608
endometriosis
minimalringan
484
endometriosis
sedang-berat
Kriteria inklusi
Kriteria eksklusi
103
darah
EDTA
65 darah
EDTA
Kriteria inklusi
Kriteria eksklusi
103
darah
EDTA
+
Hasil
Hubungan gen jalur VEGF dengan endometriosis
+
Hasil
Analisis
Statistik sebelum koreksi untuk tes multipel
+
Hasil
Analisis
+
Hasil
Perbandingan
+
Hasil
Kadar VEGF plasma wanita dengan endometrosis vs kotrol LUFC
+
Hasil
Hubungan
plasma
+
Hasil
+
Hasil
Kadar PLGF, sVEGFR1, dan sVEGFR2 plasma pada
endometriosis vs kontrol LUFC
+
Hasil
Supplementary Table 6. Plasma PLGF, sVEGFR1 and sVEGFR2 levels according to disease stages: Pilot study.
PLGF pg/ml
Laparoscopic
Mild-Moderate
Controls
10.7
Endometriosis
10.31
6.13-14.37
6.54-13.89
75.32
76.18
49.34-89.0
55.8-92.16
9628
8936
4972-11480
5953-11970
Mild
Moderate
Endometriosis
10.07
Endometriosis
11.03
6.54-12.69
7.0-13.89
0.81
78.98
68.84
0.35
57.1-92.16
55.81-86.9
0.23
8553
9891
0.21
5953-11970
7288-11780
P value
0.56
p value
0.49
sVEGFR1 pg/ml
sVEGFR2 pg/ml
+
Hasil
Hubungan polimorfisme PLGF, VEGFR1, dan VEGFR2
dengan kadar PLGF, VEGFR1, dan VEGFR2 plasma
+
Hasil
+
DISKUSI
+
DISKUSI
+
DISKUSI
+
DISKUSI
+
DISKUSI
+
Simpulan
Index Case
This paper :
Yes
No
Unclear
Comment : studi
mengikutsertakan semua derajat endometriosis
No
Unclear
Comment : tidak
Total
+ ve
- ve
Total
Measure
Result
Sensitivity (Sn)
74
Specificity (Sp)
80
TERIMA KASIH