Protein

Hartono, S.Si, S.Pd, M.biotech

Protein
Makromolekul organik yang terdiri dari > 100 asam
amino yang dihubungkan dengan ikatan peptida.
Polipeptida : kurang dari 100 asam amino
Berperan penting dalam berbagai fungsi fisiologis dalam
tubuh manusia
O
H2N

H
C
R1

O
H
N

H
C
R2

O
H
N

H
C
R3

O
H
N

H
C
R4

OH
n

FUNGSI PROTEIN
Struktural
Katalitik (enzim)
Transport (protein Transport)
Keseimbangan asam basa cairan tubuh
Sistem pertahanan tubuh (Antibodi)
Pengendalian metabolisme (hormon)

MEMBRAN SEL

Asam Amino
merupakan unit penyusun
protein
Struktur:
satu atom C sentral yang
mengikat secara kovalent:
Gugus amino,

Gugus karboksil,
Satu atom H dan
Rantai samping (gugus R)

STRUKTUR ASAM AMINO

Ion Hidrogen

H
Gugus
Aminoi

H2N

C
R
Side chain

O
C

Gugus
Karboksil

OH

Asam Amino
Mempunyai atom C asimetris,
mengakibatkan adanya D dan L isomer.
Asam amino dalam tubuh manusia ada
dalam bentuk L-asam amino.
Atom C yang mengikat gugus asam (COOH) dan gugus amino (NH2)
disebut C-alpha, berikutnya B-beta, Cgamma dst.

 Gugus R rantai samping yang berbeda-beda pada

setiap jenis asam amino
Gugus R yang berbeda-beda tersebut menentukan:
-. Struktur
-. Ukuran
-. Muatan elektrik
-. Sifat kelarutan di dalam air

POLYPEPTIDE CHAIN
N-terminus

C-terminus

H H

O H H

O H

O H H

O H

C N

C
H

C
CH3

N C

CH2

CH2

OH

C OH
O

O H H

O H H

H H

N C

C N C

C N

C N C

CH2

CH
H3 C
CH3

C
CH2

CH2
SH

OH

OH

Asam amino standar

Asam amino yang
menyusun protein
organisme ada 20 macam
disebut sebagai asam
amino standar
Diketahui asam amino ke
21 disebut selenosistein
(jarang ditemukan) Terdapat
di beberapa enzim seperti
gluthatione peroxidase

Penamaan asam amino dapat disingkat dengan satu

huruf atau 3 huruf

Klasifikasi Asam amino

Diklasifikasikan berdasar gugus R (rantai samping)
Biasanya sifat-sifat seperti: hidrofobik/hidrofilik,
polar/non polar, ada/tidaknya gugus terionisasi

AROMATIK
NON
POLAR

Asam amino

BASIC (+)

ACIDIC (-)

POLAR

Macam-macam asam amino

Rantai R-nya berupa rantai alifatis : glisin, alanin, valin,
leusin, isoleusin
Rantai R-nya mengikat gugus OH : serin, treonin,
tirosin
Rantai R-nya mengikat S : sistein dan metionin
Rantai R-nya mengikat gugus asam atau amidanya :
aspartat, asparagin, asam glutamat, glutamin
Rantai R-nya mengikat gugus basa : arginin, lisin,
hidroksilisin, histidin
Rantai R-nya mengikat cincin aromatis : histidin,
fenilalanin, tirosin, triptofan,
Asam imino : prolin dan hidroksi prolin

Asam amino esensiil : asam amino yang diperlukan

tetapi tidak dapat dapat disintesis oleh tubuh (valin,
leusin, isoleusin, lisin, treonin, fenilalanin, triptofan dan
metionin).
Asam amino semi esensiil : asam amino yang dapat
disintesis tubuh, tapi tidak cukup untuk mendukung
pertumbuhan anak-anak (arginin dan hisitidin).

Reaksi umum untuk menunjukkan asam amino adalah

reaksi ninhidrin. Apabila positif terjadi warna purple atau
biru.

Reaksi-reaksi warna untuk asam amino

Sakaguchi untuk arginin, positif warna merah
Nitroprussid dan Sullivan untuk sistein, positif
warna merah
Pauly untuk histidin, positif warna merah
Hopskin-Cole untuk triptofan, positif warna ungu
Millon-Nasse untuk tirosin, warna merah
Xantoprotein untuk triptofan, tirosin, fenilalanin,
positif warna kuning

PEPTIDA
Polimerisasi asam L-alpha amino oleh ikatan peptida
merupakan strukutur dasar protein. Apabila asam
amino < 100 disebut polipeptida; apabila asam amino
> 100 disebut protein.

Polipeptida pada bidang kesehatan :

Hormon : insulin, TRH
Antibiotik : valinomisin, gramisidin A
Vaksin : peptida virus
Antitumor : bleomisin

Insulin

Dehydration of adjacent carboxy & amino termini forms

peptide bond

Ikatan Peptida
gugus amino terminus di sebelah kiri
gugus karboksil terminus di sebelah kanan
dipeptida : 2 residu asam amino, 1 ikatan peptida
tripeptida : 3 residu asam asam amino, 2 ikatan peptida
penulisan dengan 3 atau 1 huruf
Glu-Ala-Lys-Gly-Tyr-Ala
E

adanya ikatan peptida dapat ditunjukkan dengan

reaksi biuret

Pembentukan ikatan peptida

ikatan yang menghubungkan atom N dan C bersifat

lebih kaku/rigid (semirigid), karena bersifat seperti
ikatan rangkap parsial
pada ikatan atom N dan C ini, tidak terdapat
kebebasan berotasi (no freedom of rotation)
atom-atom tersebut berada pada satu bidang planar
(coplanar)
Semirigiditas ikatan peptida ini penting dalam
menentukan struktur protein; atom C-alpha dan
gugus R bisa berotasi dengan bebas

Protein
Klasifikasi
Berdasar bentuk molekul
Protein fibrosa : bentuk memanjang, Contoh :
kolagen, keratin, fibrin, miosin
Protein globuler : bentuk membulat, Contoh : albumin,
globulin, insulin, enzim
Struktur menentukan fungsi protein

Berdasar elemen penyusunnya

Protein sederhana : bila dihidrolisis sempurna akan
menghasilkan asam amino saja. Contoh : albumin,
globulin, glutelin, prolamin, histon dan protamin
Protein terkonjugasi : mengandung gugus non-protein
(gugus prostetis). Contoh : nukleoprotein,
glikoprotein, lipoprotein, fosfoprotein, metaloprotein,
kromoprotein
Berdasar kelarutannya
albumin : larut dalam air dan larutan garam
globulin : larut dalam larutan garam
protamin : larut dalam etanol 70 80%
histon : larut dalam larutan garam

Berdasar fungsinya
Katalisis : enzim
Kontraksi : aktin, miosin
Regulasi gena : histon, faktor transkripsi
Hormon : insulin
Proteksi : fibrin, imunoglobulin
Pengaturan : kalmodulin
Struktural : kolagen, elastin, keratin
Transport : albumin, hemoglobin, transferin
Biosignal : reseptor hormon

Struktur Protein
Struktur protein primer
Struktur rantai polipeptida yang berupa urutan asam
amino yang dihubungkan dengan ikatan peptida

Struktur protein sekunder

Terbentuknya alpha-helix atau beta-sheet, betabends, loops dan coils karena adanya interaksiinteraksi kimia
Interaksi kimia yang menentukan struktur sekunder
yaitu ikatan hidrogen, interaksi hidrophobik, interaksi
elektrostatik, interaksi van der Waals

Pada beta-sheet, polypeptide backbone berjalan

secara zigzag
Beberapa polipeptida tersusun sebelah menyebelah
sehingga terbentuk pola seperti lembaran
Arahnya bisa sama (pararel) atau berlawanan
(antipararel)
Residu asam amino relatif kecil, misalnya glisin dan
alanin yang banyak terdapat pada keratin

Struktur protein tersier

Struktur protein yang melipat (folding) menjadi
struktur 3 dimensi
Pola folding tergantung pada urutan asam aminonya :
beta-alpha-beta loops, alpha-alpha corner dll.

Struktur protein kuartener

Beberapa rantai polipeptida/protein yang bergabung
menjadi satu. Tiap polipeptida/protein disebut dengan
subunit, bisa sama (homo) atau berbeda (hetero)
Protein yang terdiri dari 2 subunit yang sama disebut
homodimer, bila subunit berlainan disebut
heterodimer.

Denaturasi protein
Adalah rusaknya (udarnya) struktur sekunder, tersier
dan kuartener protein; yang ada tinggal struktur
primernya saja.
Interaksi yang lemah putus, tetapi ikatan peptida dan
ikatan disulfida tetap dipertahankan
Terjadi karena perubahan pH, temperatur atau
penambahan bahan kimia seperti urea, sodium
dodecyl sulfat dll.

Denaturasi / Unfolding

TERIMA KASIH