1

HIRARKI DARI MOLEKUL

1. BAHAN ORGANIK DALAM SEL HIDUP
2. BIOMOLEKUL
3. MAKROMOLEKUL
4. KOMPLEKS SUPRAMOLEKULER

LISOSOM
Tempat untuk reaksi degradatif
* Vesikel sferik
* Satu membran lapis ganda
* Berisi enzim yang mendegradasi protein,
polisakarida, asam nukleat & lemak
* Pusat daur ulang sel : memecah molekul
kompleks yang dimasukkan dalam sel melalui
endositosis, fragmen dari sel asing yang
dimasukkan sel melalui fagositosis
3

Lanjutan LISOSOM
Material masuk ke dalam lisosom melalui fusi
dengan endosom, fagosom, atau organel rusak
didegradasi menjadi bahan sederhana :
Asam amino
Monosakarida
Asam lemak, dll.
Dilepaskan ke dalam sitosol didaur ulang
menjadi komponen sel baru atau dikatabolisme
lebih lanjut.
4

ENZIM DEGRADATIF
* Dapat bereaksi dengan semua komponen sel &
makromolekul sitosol.
* Pencegahan :
1. Membran lisosomal
2. Perbedaan pH antara Lisosom & Sitosol
dipertahankan oleh pompa proton ATP pada
membran lisosom.
pH sitosol
7
pH lisosom 5
Reaksi Oksidatif

Pemecahan asam amino + Lemak

Radikal Bebas + Hidrogen Peroksida
5

Bahan kimia yang sangat reaktif ini dapat merusak

komponen sel.
Untuk melindungi, reaksi ini dipisahkan dalam
vesikel kecil yang dibatasi membran (Peroksisom)
Katalase

2 H2O2

2 H2O + O2
(dalam peroksisom )

Peroksisom merusak H2O2

Peroksisom khusus yang ditemukan dalam sel
tanaman tertentu disebut Glioksisom, yang
mengubah simpanan lemak menjadi karbohidrat
selama pertunasan dari biji.
6
Lisosom, peroksisom dan glioksisom secara

NUKLEUS
Terdiri dari genom hampir semua DNA sel
Sejumlah kecil DNA juga terdapat di mitokondria
* Dikelilingi oleh dinding inti
- terdiri dari membran ganda
- dipisahkan oleh celah kecil &
- berkesinambungan dengan retikulum endoplasma kasar
- secara berkala, membran inti bagian luar dan dalam menjadi
satu mengelilingi pori yang disebut Nuclear Pores

Pada pori tersebut terdapat :

* Kompleks nuclear pore
* Transporters spesifik yang menyebabkan
makromolekul dapat bergerak di antara sitoplasma
7
dan nukleoplasma

CYTOPLASM

NUCLEOPLASM

Enzymes
Replication
Proteins Synthesized
Repair

DNA

Transcription
RNA
Processing
Translated to
Precursors
Ribosome
Proteins

mRNA
Associated

Nuclear Pore

KROMATIN
Suatu material difus pada nukleus sel yang
tidak membelah.
Terdiri dari DNA + Protein yang terikat
bersama dengan kuat dan merupakan
pembentuk kromosom.
Kromosom adalah kromatin yang
dipadatkan menjadi badan diskrit.
10

NUKLEOLUS
* Suatu daerah khusus dari nukleus
* DNA mengandung banyak kopi dari gen yang
menyandi rRNA
* Untuk menghasilkan sejumlah besar ribosom yang
dibutuhkan oleh sel gen tersebut
senantiasa ditranskripsi menjadi RNA
* Kelihatan padat karena mengandung banyak
RNA.
* Pembelahan inti (mitosis) terjadi sebelum
pembelahan sel (sitokinesis).
Sel dari setiap spesies memiliki jumlah kromosom
tertentu, dengan ukuran dan jumlah yang khas. 11

Manusia memiliki 46 kromosom

* Biasanya, setiap sel memiliki 2 kopi dari masingmasing kromosom disebut Diploid.
* Gamet (telur & spermatozoa) dihasilkan oleh Meiosis
hanya memiliki satu kopi dari setiap kromosom
disebut Haploid.
Reproduksi Seksual :
2 gamet haploid bergabung untuk menghasilkan satu
sel diploid, di mana setiap pasangan kromosom
terdiri dari :
- Satu kromosom ibu
12
- Satu kromosom ayah

Kromosom & Kromatin terdiri dari :

- DNA
50%
- Histon 50%
Yang diikat kuat oleh ikatan ionik.
Bila DNA bereplikasi sebelum pembelahan sel,
banyak histon juga disintesis untuk mempertahankan
ratio 1:1.
Histon & DNA berikatan dalam kompleks yang
disebut Nukleosom di mana rantai DNA
melingkari inti yang terdiri dari molekul histon.
Nukleosom menyatu untuk menghasilkan kompleks
supramolekuler padat yang sangat teratur.
13

MITOKONDRIA
Adalah sumber energi dari sel eukariotik aerobik.
- Terdapat dalam sitoplasma
- Memiliki 2 membran
- Membran Luar, tidak melipat-lipat dan membungkus
organel secara lengkap.
- Membran Dalam, memiliki lipatan yang disebut
Cristae yang membuatnya memiliki permukaan
luas.
Bagian dalam disebut Matrix enzim &
senyawa kimia antara, yang terlibat dalam
penghasilan energi.
Mitokondria adalah penghasil utama ATP.
Memiliki sendiri DNA , RNA & Ribosom.

14

VIRUS
Adalah parasit sel.
* Suatu kompleks Supramolekuler.
* Dapat bereplikasi sendiri dalam host yang cocok.
Hanya dapat bereplikasi sendiri dengan menggunakan
mesin genetik dari sel host.
* Terdiri dari molekul DNA atau RNA, dibungkus oleh
selaput yang protektif (capsid), yang terbuat dari
molekul protein.
* Pada beberapa kasus, memiliki suatu membranous
envelope.
* Virus pada sel bakteri disebut Bakteriofaga atau
disingkat Faga.
15

Virus terdapat dalam 2 fase :

1. Virion : secara sederhana merupakan non-living
particles diluar sel host yang membentuknya.
Dapat dikristalisasi.
2. Parasit Intraseluler : bila memasuki sel host
spesifik.
Asam nukleat virus membawa kode genetika yang
menentukan kekhususan struktur dari virion intak.
Virus mengalihkan enzim dan ribosom dari peran
normal mereka untuk menghasilkan partikel anak
yang baru.
16

Ratusan keturunan virus dapat dihasilkan dari satu

virion yang menginfeksi sel host.
Beberapa sistem host - virus, keturunan virion
keluar dari sel melalui :
- Membran plasma sel host.
- Menyebabkan lisis sel kerusakan
membran & kematian sel host.
Beberapa infeksi virus DNA berintegrasi ke
dalam kromosom host dan bereplikasi bersama
dengan gen host.
17

Viroid
- Suatu molekul RNA sirkuler rantai
tunggal.
- Tidak memiliki protein spesifik yang
terikat, tetapi dapat bereplikasi pada
nukleus sel yang peka.
- Jadi mirip virus tetapi tidak memiliki
selaput protein.
- Jauh lebih kecil dari asam nukleat virus
dan RNA yang dimiliki kelihatannya
tidak menyandi protein.
18

Prion
Menyebabkan penyakit infeksi seperti Scrapie pada
domba dan Penyakit Creuszfeldt-Jacob pada
manusia, tetapi kelihatannya bukan virus.
Agen infeksius kelihatannya merupakan protein atau
proteinaceous infectious particle karena
pengobatan dengan berbagai macam bahan yang
menginaktivasi atau merusak asam nukleat, tidak
mempengaruhi infektivitasnya.
Bukti akhir-akhir ini meneguhkan bahwa prion
adalah suatu kelas baru dari agen infeksius .

19

BIOMOLEKUL
Molekul seperti apa yang terdapat dalam organisme
hidup, dan terdapat dalam proporsi berapa ?
Prinsip Kimia :
- Ikatan kovalen dari C - C dan dengan elemen lain.
- Gugus fungsional.
- Struktur 3 dimensi.
- Stereokimia dari senyawa karbon.
- Subunit monomer yang membentuk
makromolekul.
99% dari massa : C - H O - N .
Karbon, membentuk lebih dari setengah berat kering
20
sel.

* C dapat membentuk ikatan tunggal dengan atom hidrogen.

* C dapat membentuk ikatan tunggal dan ganda dengan atom
oksigen dan nitrogen, dan kemampuan C untuk memakai
bersama pasangan elektron untuk membentuk ikatan
tunggal.
* 2 atom C, juga dapat membentuk ikatan ganda atau tripel.
C

21

4 ikatan kovalen tunggal oleh atom C diatur secara tetrahedral,

dengan sudut 109.50 di antara masing-masing ikatan.
- Terdapat rotasi bebas di sekeliling setiap ikatan tunggal, C C
Pada ikatan ganda C = C :
* Rotasi terbatas
* Lebih pendek
* Rigid (kaku)

- Atom karbon yang diikat secara kovalen pada

biomolekul dapat membentuk :
* Rantai Linier
* Rantai bercabang
* Struktur siklik
Molekul dengan kerangka karbon yang diikat secara
kovalen disebut senyawa organik.
22

23

Penambahan gugus lain dengan atom lain ke

kerangka karbon disebut Gugus Fungsional.
Sebagian besar biomolekul dapat dianggap
sebagai derivat hidrokarbon atom Hidrogen
dapat diganti dengan berbagai macam gugus
fungsional untuk menghasilkan famili senyawa
organik yang berbeda.
Banyak biomolekul adalah Polifungsional
memiliki 2 atau lebih gugus fungsional, misalnya:
Histidine : - Gugus amino
- Gugus karboksil
24

R - CH 2 Alcohol

OH
Hydroxyl groups

R - CH 2 Amine
R - CH 2 (Aldehyde)
R1
- CH 2 (Ketone)

H
N H
Amino

C -

OCarbonyl

C - CH 2 O Carbonyl

R
- CH 2 Carboxylate

C - OH
OCarboxyl

R2

25

Carboxyl

COOH
H2N
Amino

C
CH2
C
H C

NH
N

CH

Imidazole

Histidine

26

Biomolekul memiliki :
- Struktur 3 dimensi
- Biasanya asimetrik
- Stereo isomer
- Enantiomer sifat kimia identik, tetapi
berbeda dalam sifat fisik.
Interaksi antara biomolekul :
adalah Stereo-specific Kemampuan untuk
membedakan di antara stereo isomer, yang
merupakan sifat umum enzim.
27

Bila binding site pada suatu protein komplementer untuk satu

isomer, dia tidak akan komplementer dengan stereo isomer
lain.
Sarung tangan kiri tidak akan cocok untuk tangan kanan.
Aspartam, pemanis buatan stereo isomernya (bentuk
D) adalah pahit.

28

- Asam amino terdapat dalam protein hanya sebagai

L - isomer.
- Glukosa, subunit monomer dari pati terdapat
secara biologik dalam bentuk D-isomer.
Reaksi pada sel hidup :
1. Transfer dari gugus fungsional.
2. Oksidasi dan reduksi.
3. Reaksi yang mengatur ulang struktur ikatan di
sekitar satu atau lebih atom karbon.
4. Reaksi yang membentuk atau memutus ikatan
karbon-karbon.
5. Reaksi di mana 2 molekul dikondensasi, dengan
mengeliminasi satu molekul air.
29

D-Glucose-6-phosphate

ADP
(adenosine diphosphate)

Satu gugus fosforil ditransfer dari ATP ke glukosa

30

Oksidasi - reduksi

H
C
H

C
NADP+

OH

HO C

OH

OH

CH2

HO

H2O
NADPH

O P O
O

D-Glucose-6-phosphate

OH

HO C

OH

OH

CH2

H+

O P O
O

6-Phosphogluconic acid

Aldehida dioksidasi menjadi suatu asam karbolik dan 31

satu pembawa elektron teroksidasi (NADP+) direduksi

Rearrangement (Pengaturan Ulang)

O

CH2OH

C
H

HO C
H
H

C
C
CH2

HO C

OH

OH

OH
H
OH
OH

O P O
O

D-Glucose-6-phosphate

CH2

O P O
O

Fructose-6-phosphate

Pengaturan ulang mengubah aldehida menjadi keton32

O
1
2

CH2

O P O

OH

OH

HO

CH2

O
CH2
C

O P O
O

Dihydroxyacetonephosphate

C H2OH
+
O
H
4
C
3

O P O
O

Fructose 1,6 bisphosphate

CH2

OH

Glyceraldehyde-3phosphate

O P O
O

Satu molekul dipecah untuk membentuk 2 molekul yang

33
lebih kecil

NH2
R1

Kondensasi

CH

NH2

C
HO

H2O

R1

+
H

C
H

N
R2

CH

CH

R2

CH

COOH

COOH
Terjadi kondensasi 2 asam amino dengan eliminasi H2O untuk
membentuk ikatan peptida; reaksi kondensasi terjadi pada banyak
proses seluler di mana molekul yang lebih besar terbentuk karena
34
penggabungan prekursor yang lebih kecil.

Banyak reaksi biokimia melibatkan interaksi antara

Nukleofil dan Elektrofil.
Nukleofil : Gugus fungsional kaya elektron dan
mampu mendonorkan elektron.
Elektrofil : Gugus fungsional kekurangan elektron
dan mencari elektron.

35

* Gugus fungsional yang mengandung

O - N - S adalah Nukleofil.
* H+
(Proton)
Logam+ (Kation)

Elektrofil

* Atom C dapat bertindak sebagai Nukleofil

atau Elektrofil, tergantung pada :
- Ikatan
- Gugus fungsional di sekitarnya

36

MAKROMOLEKUL
* Sebagian besar makromolekul dijumpai di dalam sel.
* Polimer dengan berat molekul tinggi.
* Digabung dari prekursor yang relatif sederhana.
* Protein, Polisakarida & Asam Nukleat.
Makromolekul selanjutnya dapat bergabung menjadi
kompleks supramolekul, seperti :
- Ribosom
- Membran
- Organel
Konstituen utama organisme adalah makromolekul.
37

Hampir semua bahan padat dalam semua jenis sel

adalah Organik :
- Protein
- Asam nukleat
- Polisakarida
- Lemak
Keempat kelas biomolekul besar ini disintesis dalam
reaksi kondensasi.
Jumlah subunit monomer dalam makromolekul adalah
sangat besar.
Molekul lemak individual jauh lebih kecil (BM 750-1500)
tidak dikelompokkan dalam makromolekul.
Membran sel mengandung sangat banyak agregat, yang
terdiri dari jutaan molekul lemak.
38

PROTEIN
* Polimer panjang dari asam amino
* Beberapa memiliki aktivitas katalitik dan berfungsi
sebagai Enzim.
* Yang lain berfungsi sebagai elemen struktural.
* Membawa signal spesifik ( Reseptor ).
* Membawa bahan spesifik ( Transporter ).
* Subunit monomer adalah 20 asam amino yang
berbeda, di mana semuanya memiliki 1 gugus amino
dan 1 gugus karboksil yang diikatkan pada atom C
yang sama ( - karbon), kecuali pada prolin, satu
gugus imino pada atom C - .
39

ASAM NUKLEAT

* DNA & RNA

* Adalah Polimer dari Nukleotida yang :
- menyimpan
- meneruskan
- menterjemahkan informasi genetik

* Terdapat 8 nukleotida yang berbeda :

- 4 adalah unit struktural dari DNA
- 4 adalah unit struktural dari RNA
Dibentuk dari 5 basa organik yang berbeda (A-G-T-C-U),
yang diikatkan pada 2 gula yang berbeda.
Masing-masing Nukleotida dibentuk oleh 3 komponen :
1. Basa organik nitrogen
2. Gula dengan 5 atom karbon ( Pentosa )
3. Fosfat
40

POLISAKARIDA
* Polimer dari gula sederhana (Glucosa).
* Glukosa memiliki 2 fungsi utama :
- bertindak sebagai simpanan bahan bakar yang
menghasilkan energi
- sebagai elemen struktural ekstra seluler.
* D-Glukosa adalah subunit monomer dari tepung
kanji dan selulosa.
* Oligosakarida diikatkan pada protein atau lemak.
Pada permukaan sel berperan sebagai signal seluler
spesifik.
41

LEMAK
* Derivat hidrokarbon berminyak ( Bukan polimer panjang ).
* Komponen struktural membran.
* Bentuk penyimpanan dari bahan bakar yang kaya energi.
* Dibentuk dari subunit yang macamnya relatif sedikit.
* Mengandung 1 atau lebih asam lemak rantai panjang,
misalnya :
- Asam palmitat
- Asam oleat
* Banyak lemak juga mengandung :
- Alkohol, misalnya Gliserol.
- Gugus fosfat Fosfolipida.
Empat biomolekul ini dapat disintesis, dan memiliki banyak
fungsi dalam organisme hidup.
42

Amino acids

Adenine

Palmitic acid

Glucose
Setiap komponen sederhana adalah prekursor
dari banyak jenis biomolekul yang lain

Proteins
Peptide Hormones
Neurotransmitters
Toxic Alkaloid
Nucleic Acids
ATP
Coenzymes
Neurotransmitters
Membrane Lipids
Fats
Waxes
Cellulose
Starch
Fructose
Mannose
Sucrose
Lactose

43

HIRARKI DALAM STRUKTUR SEL

Subunit monomer adalah sangat kecil dibandingkan
dengan makromolekul.
Subunit individual makromolekul digabungkan oleh
ikatan kovalen
Pada kompleks supramolekuler, makromolekul
yang berbeda diikat bersama oleh ikatan nonkovalen, yang secara individual jauh lebih lemah dari
ikatan kovalen.
44

Di antara ikatan non-kovalen tersebut adalah :

1. Ikatan Hidrogen : di antara gugus polar
2. Ikatan Ionik : di antara gugus yang
bermuatan
3. Ikatan Hidrofobik : di antara gugus nonpolar
4. Ikatan van der Waals
Sejumlah besar ikatan yang lemah di antara
makromolekul dalam kompleks supramolekuler,
menstabilkan struktur non-kovalen yang
terbentuk.
45

46